@article { author = {Ariyan Nezhad, Hamid and Nasiri, Mohammad Reza and Aslami Nezhad, Ali Asghar and Asoude, Ahmad and Dehqani, Hessam}, title = {Cloning, over Expression and Characterization of Alkalin Phytase Enzyme in Escherichia Coli}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {5}, number = {2}, pages = {1-16}, year = {2013}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2013.1197}, abstract = {Phytase (myo-inositol hexakisphosphate) is the hydrolysis enzyme of phytic acid that produces inorganic phosphate. The gene phyC encoding phytase was isolated from Bacillus subtilis ATCC12711 genomic library and sequenced. The nucleotide sequence of the phytase gene contained an open reading frame of 1089 bp, which codes for 90 bp signal peptide and a mature protein with a deduced molecular mass of 42 kDa. Target gene was inserted in pET32a (+) as expression vector and transformed to Escherichia coli BL21 (DE3) as host expression. The fusion phytase phyC-Trx gene was successfully overexpressed in E. coli as an active and cytoplasmic phytase. Recombinant protein production was induced with 1mM IPTG in shaking flasks at 300C in presence of 10 mM calcium. Samples were taken at 0-5 h after induction by 1 hour time intervals, and then protein electrophoresis was done. phyC-Trx protein was expressed in the cytoplasm of E. coli successfully. Molecular weight of recombinant phytas was estimated about 64 kDa. Phytase activity was 7.44 U/ml with using standard phosphates method. Optimum pH for the degradation of phytate was 7. The results of current study showed that thermal stability and cost effective production make this enzyme attractive for using in feed supplements.}, keywords = {phytase,Phytic acid,Overexpression,Bacillus subtilis}, title_fa = {همسانه‌سازی، بیش بیان و بررسی خصوصیات آنزیم قلیایی فیتاز (phyC) در باکتری اشرشیا کلی}, abstract_fa = {فیتاز (مایواینوزیتول هگزا کیس فسفات فسفو هیدرولاز) آنزیمی هیدرولیزی است که فسفات معدنی تولید می‌کند. ژن کد کننده فیتاز phyC از باکتری باسیلوس سابتیلیس ATCC12711 جداسازی و توالی یابی شد. توالی نوکلوتیدی ژن فیتاز حاوی ناحیه کدکننده به طول 1089 جفت باز است که 90 نوکلوتید ابتدایی آن، مربوط به سیگنال پپتید ژن می‌باشد. به منظور تولید آنزیم فیتاز نوترکیب، ژن هدف به وکتور بیانی pET32a (+) وارد شد و وکتور نوترکیب پس از تکثیر در باکتری اشرشیا کلی DH5α به باکتری اشرشیا کلی BL21(DE3) به عنوان میزبان بیان منتقل شد. تحریک بیان ژن با استفاده از IPTG در غلظت نهایی 1 میلی مولار در دمای 30 درجه سانتی­گراد و حضور کلرید کلسیم 10 میلی­مولار صورت گرفت. نمونه‌گیری در زمان‌های صفر تا پنج ساعت انجام شد و میزان تولید پروتئین نوترکیب با استفاده از الکتروفورز بررسی گردید. فیتاز محلول حاصل از ژن phyC-Trx با موفقیت به شکل درون‌سلولی در باکتری اشرشیا کلی بیان شد. وزن مولکولی فیتاز نوترکیب تولید شده در حدود 64 کیلو دالتون تخمین زده شد. اندازه­گیری فعالیت آنزیمی با استفاده از روش استاندارد فسفاتاز، فعالیت آنزیم نوترکیب تولید شده را 44/7 واحد در میلی‌لیتر نشان داد. همچنین pH بهینه برای فعالیت آنزیم فیتاز قلیایی نوترکیب در حدود 7 برآورد شد. نتایج نشان داد که فیتاز بدست آمده از باکتری باسیلوس سابتیلیس به جهت پایداری حرارتی و همچنین هزینه پایین تولیدی گزینه مطلوبی جهت استفاده در صنعت می‌باشد.}, keywords_fa = {آنزیم فیتاز,اسید فایتیک,بیش بیان,باسیلوس سابتیلیس}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1197.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1197_f9b37cf0c71e69586d7b5b3948b20f46.pdf} } @article { author = {Kharrati Koupaei, Hamed and Mohammad Abadi, Mohammad Reza}, title = {Model for prediction of fat and milk production traits using of DGAT1 gene polymorphism in Iranian Holstein cattle population}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {5}, number = {2}, pages = {17-28}, year = {2013}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2013.1198}, abstract = {   The results of multiple QTL mapping design in recent years, quantitative trait loci for milk fat percentage and milk yield was described in BTA14. With the coding of diacylglycerol-acyltransferase enzyme, DGAT1 gene has the main role in the triglyceride synthesis and finally fat milk synthesis. In this research, 398 blood samples were collected from Tehran and Esfahan province. In PCR reaction, 411 bp fragment of exon 8 DGAT1 gene was amplified. Finally, genotyping population was performed using RFLP-PCR technique. Three genotypes such as KK, AA and KA were detected. Frequencies of DGAT1 alleles (K and A) were estimated 0.37 and 0.63 respectively. Using of fitted fixed model and animals ‘records significant traits were recognized.  Finally using of parameters coding and regression model prediction models were presented. Correlation coefficient was utilized for validation of prediction models. The results of this study indicated presented model can be prediction of Milk305 (milk production adjusted for milking in 305 days), EBVFP (estimated breeding value for milk fat percentage, %) and FATP2X (milk fat percentage adjusted for two milking per day, %) traits in population.}, keywords = {DGAT1 gene,regression,prediction of production and correlation}, title_fa = {استفاده از روش رگرسیون متغیر های ظاهری برای پیش بینی مقدار تولید شیر و چربی در جمعیت گاوهای هلشتاین ایران}, abstract_fa = {ژن DGAT1  به عنوان یک  ژن کاندید در کروموزوم شماره 14 برای درصد چربی و تولید شیر مطرح می باشد. این ژن با کد کردن آنزیم دی آسیل گلیسرول اسیل ترانسفراز  نقش اصلی را در سنتز تری گلیسیرید و در نهایت چربی شیر دارد. در این پژوهش 398 نمونه خون از گاوهای هلشتاین استانهای تهران و اصفهان جمع آوری گردید، با انجام واکنش PCR یک قطعه 411 جفت بازی از اگزون شماره 8 این ژن تکثیر گردید. تعیین ژنوتیپ افراد جمعیت با استفاده از تکنیک PCR-RFLP  انجام شد. بر اساس نحوه برش آنزیم CfrI سه نوع ژنوتیپ KK ،KA ،AA  شناسایی شدند، همچنین فراوانی آللی K و A به ترتیب برابر با 37/0 و 63/0 تعیین شدند. سپس با استفاده از برازش GLM ، صفاتی که اثر ژن DGAT1 برا ی آنها معنی دار بود تعیین شدند و در نهایت با استفاده از کد بندی عامل های مدل و رگرسیون متغیر های ظاهری، مدل های پیش بینی ارائه شدند. از ضریب همبستگی بین رکورد های واقعی و پیش بینی شده به عنوان معیار اعتبار سنجی مدل های ارائه شده استفاده شد. نتایج این پژوهش نشان داد که مدل های ارائه شده برای پیش بینی صفات تولید شیر 305 روز، ارزش اصلاحی درصد چربی و درصد چربی بر اساس دو بار دوشش در روز،  تا حدودی قادر به پیش بینی تولید می باشند اما به دلیل استفاده از حجم اطلاعات کم، مقدار عددی ضرایب همبستگی به میزان کمی برآورد شدند. با استفاده از اطلاعات ژن ها  و رکورد های یبشتر می توان نتایج دقیق تری بدست آورد.}, keywords_fa = {ژن DGAT1,رگرسیون,پیش بینی تولید و همبستگی}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1198.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1198_ebf5dd80137556e483d233d1e83e3e28.pdf} } @article { author = {Dad Ras, Ahmad Reza and Sabouri, Hossein and Mohammadi Nezhad, Qasem and Sabouri, Atefeh and shoaei, Mardavij}, title = {Investigation of genetic diversity of Barley and Virginia tobacco varieties using Amplified Fragment Length Polymorphism}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {5}, number = {2}, pages = {29-44}, year = {2013}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2013.1199}, abstract = {Considering the economic importance of tobacco and its role as a model plant in molecular researches, in the present study, 50 tobacco genotypes from Barley and Virginia group were evaluated. In order to determine of genotype, 21 primer combinations of AFLP were used. According to the results, out of 480 total numbers of bands with average of 17.76 bands for each combination, 373 bands showed polymorphic pattern. Due to high polymorphic percentage of used marker (77.45%), it can be expected to consider, this marker as a powerful tool for assessment of genetic diversity in tobacco breeding programs. Investigation of Jaccard’s genetic coefficients revealed Badisher Burley E, Pennbel69, R9 and Coker 176 had the highest genetic distances than the others. Therefore, it seems the genotypes to be useful for breeding programs including hybridization and developing of segregating mapping population. The results of AMOVA showed 4% of the total genetic variation was estimated between two groups of Barley and Virginia flu-cured and 96% was related to within groups. Also diversity statistic revealed primer combinations of E060-M160, E070-M140, E070-M150, E070-M160, E080-M150, E080-M160, E100-M140 and E100-M150 were the most powerful markers in the evaluation and identifying of relationships among tobacco genotypes that can be considered in the other related studies.    }, keywords = {AFLP,AMOVA,genetic diversity,Tobacco}, title_fa = {بررسی تنوع ژنتیکی ارقام توتون دسته بارلی و ویرجینیا با استفاده از چند شکلی طولی قطعات تکثیری}, abstract_fa = {با توجه به اهمیت توتون از نظر اقتصادی و نقش آن به عنوان یک گیاه مدل در پژوهش­های مولکولی در پژوهش حاضر به بررسی میزان شباهت­ ژنتیکی 50 ژنوتیپ توتون از دو دسته بارلی و ویرجینیا پرداخته شد. به منظور تعیین ژنوتیپ از 21 ترکیب آغازگری نشانگر AFLP استفاده شد. از تعداد کل 480 نوار ایجاد شده، با تعداد متوسط 76/17 نوار در هر ترکیب، 373 نوار چندشکل بودند. با توجه به میانگین درصد چندشکلی بالا (45/77 درصد) می­توان انتظار داشت بتوان برای شناسایی تنوع ژنتیکی موجود در ارقام از این نشانگر به عنوان ابزاری قدرتمند در برنامه­های اصلاحی توتون استفاده نمود. بررسی ضرایب ژنتیکی جاکارد نشان داد ژنوتیپ­های Badisher Burley E، Pennbel69، R9 و Coker 176 واجد بالاترین فاصله ژنتیکی از بقیه ژنوتیپ­ها هستند. لذا، به نظر می­رسد بتوانند در برنامه­های اصلاحی از جمله هیبریداسیون و تشکیل جمعیت­های در حال تفرق برای مکان­یابی QTL ارزشمند باشند. نتایج تجزیه واریانس مولکولی نیز 4 درصد از کل تنوع ژنتیکی موجود در بین ژنوتیپ­ها را تنوع بین دو دسته بارلی و ویرجینیای گرمخانه­ای برآورد نمود و 96 درصد از تنوع موجود را در درون دسته­ها نشان داد. همچنین بررسی آماره­های تنوع ژنتیکی نشان داد ترکیبات آغازگری E060-M160، E070-M140، E070-M150 و E070-M160، E080-M160، E080-M150، E100-M140 و E100-M150 درکل به عنوان قدرتمندترین نشانگرها از بین کل ترکیبات آغازگری در ارزیابی و تشخیص روابط بین ژنوتیپ­های توتون مورد مطالعه هستند و می­توانند در سایر پژوهش­های توتون مورد توجه قرار گیرند.}, keywords_fa = {تجزیه واریانس مولکولی,تنوع ژنتیکی,توتون,AFLP}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1199.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1199_d6d5ffe622fbb087d8a51e6e272643f4.pdf} } @article { author = {Zare, Raziyeh and Mohammadi Nezhad, Qasem and Shahsavand Hasani, Hossein}, title = {Allelic variation of containing markers in responsible QTL for salinity tolerance (Saltol) at seedling stage in Iranian rice cultivars}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {5}, number = {2}, pages = {45-58}, year = {2013}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2013.1200}, abstract = {Due to necessity of salt tolerance in rice (Oryza sativa L.) and availability of different approaches of molecular breeding in identification of major QTLs controlling salinity tolerance, it is very important to evaluate the presence of these QTLs in Iranian cultivars and the roles in breeding strategies.  In this study, 20 different rice cultivars and two tolerance (Pokkali) and sensitive (IR29) controls were evaluated under salinity stress at, seedling stage in greenhouse conditions (EC= 0, 6 and 10 dSm-1) using 6 polymorphic SSR markers.  Analysis of variance showed the high significant difference among genotypes of different traits, rice genotypes showed different salinity tolerance at seedling stage. Obtained dendrogram by UPGMA method categorized genotypes in to 3 different groups. 20 rice cultivars based on major QTLs of Saltol region on chromosome 1 were arranged in separate haplotype groups. RM8094 marker was distinguished as the best marker for identification of salt tolerance genotypes in seedling stage.}, keywords = {Haplotype diversity,microsatellite markers,rice,Salinity tolerance}, title_fa = {تنوع آللی نشانگرهای ناحیهQTL کنترل کننده تحمل به شوری ( Saltol ) در مرحله گیاهچه ای در ارقام برنج ایرانی}, abstract_fa = {با توجه به ضرورت تحمل به شوری در برنج و از طرفی وجود تحقیقات مختلف اصلاح نباتات مولکولی در شناسایی QTL­های بزرگ اثر کنترل کننده تحمل به شوری، ضرورت شناسایی حضور این QTL­ها در ارقام مختلف ایرانی و شناسایی تاثیرگذارترین QTL­ها در پیشبرد انتخاب در برنامه­های اصلاحی بسیار مفید است. در این مطالعه، پاسخ به شوری 20 رقم مختلف برنج ایرانی و دو شاهد متحمل (Pokkali) و حساس (IR29 ) در مرحله گیاهچه­ای در شرایط گلخانه ( dsm-110 و 6 ، 0EC=) با استفاده از 6 نشانگر چند شکل ریزماهواره مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج تجزیه واریانس اختلاف بسیار معنی­داری بین ژنوتیپ­ها از نظر صفات مختلف نشان داد. ژنوتیپ­های برنج از نظر  تحمل به شوری پاسخ متفاوتی در مرحله گیاهچه­ای نشان دادند. دندروگرام به دست آمده از روش UPGMA (روش اتصال میانگین)، ارقام را به سه گروه طبقه­بندی کرد. بیست رقم برنج بر اساس  QTL بزرگ­اثر ناحیه Saltol برای تحمل به شوری بر روی کروموزوم 1 در گروه های هاپلوتیپی  جداگانه قرار گرفتند. نتایج نشان دهنده پتانسیل ژرم­پلاسم برنج­های ایرانی جهت یافتن ژن­های جدید تحمل در القاء تحمل به شوری، به غیر از ناحیه Saltol در مرحله گیاهچه­ای بود. همچنین ، نشانگر RM8094در مرحله گیاهچه ای به عنوان مؤثرترین نشانگر جهت شناسایی ژنوتیپ های متحمل به شوری می­باشد.}, keywords_fa = {برنج,تحمل شوری,تنوع هاپلوتایپی,ریز ماهواره}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1200.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1200_85ec143b480ac5a47d4c8b9266c1a920.pdf} } @article { author = {Zarei, Batoul and Kahrizi, Daniyal and Mousavi, Seyyed Alireza and Nasrollah Nezhad Qomi, Ali Asghar}, title = {Agrobacterium rhizogense - mediated transformation of Atropa belladonna}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {5}, number = {2}, pages = {59-68}, year = {2013}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2013.1201}, abstract = {Atropa belladonna is one of the most important medicinal plants in Solanaceae family. It contains tropani alkaloids that often are synthesised in root. Present study was conducted in order to induction of hairy root in A.belladonna using gene transfer via Agrobacterium rhizogenes method. The stem explants with Agrobacterium suspensions harbouring rolB gene were inoculated. Then, in order to direct regeneration, five compounds (MS, MS + 3 mg/l Kin , B5, MS+ 12 mg/l Kin,  B5+ 5 mg/l Kin) ) in a completely randomized design with three replications was used. The statistical analysis indicated that among treated hormone, 12 mg /l KIN level in MS medium showed the most shoots direct regeneration. Two methods for the analysis of transgenic plants, phenotypic (observed in hair roots of transgenic seedlings), gene amplification of the rolB (using PCR) was used.}, keywords = {Atropa belladonna,Agrobacterium rhizogenese,Transgenic,and Tropane alkaloids}, title_fa = {ترانسفورماسیون گیاه شابیزک Atropa belladonna توسط Agrobacterium rhizogense}, abstract_fa = {شابیزک (Atropa belladonna) یکی از مهمترین گیاهان دارویی خانواده سولاناسه می باشد. این گیاه حاوی منابع آلکالوئیدهای تروپانی است. این آلکالوئیدها بیشتر درریشه ها بیوسنتز می شوند. تحقیق حاضر به منظور افزایش ریشه های مویی شابیزک به روش انتقال ژن انجام شد. برای این منظور از سویه آگروباکتریوم رایزوژنز (15843 AR) استفاه شد. ابتدا ریزنمونه های ساقه  با سوسپانسیون آگروباکتریوم دارای ژن rolB تلقیح شدند. سپس جهت باززایی مستقیم از پنج ترکیب (MS، KIN mg/l 3MS +  ،B5،  KIN mg/l 12 MS+ و mg/l KIN5 B5 +) در قالب طرح کاملاٌ تصادفی در سه تکرار استفاده شد. نتایج تجزیه آماری نشان داد که سطح هورمونی KIN mg/l 12+ MS بیشترین باززایی مستقیم از نوساقه را دارا می­باشد. برای آنالیز گیاهان تراریخت از دو روش فنوتیپی (مشاهده ریشه مویی از گیاهچه تراریخت) و تکثیر بخشی از ژن rolB (به روش PCR) استفاده شد.}, keywords_fa = {شابیزک,آگروباکتریوم ریزوژنز,تراریختی,آلکالوئید های تروپانی}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1201.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1201_8098a09460d1b6418fd686f27d803161.pdf} } @article { author = {touri, Seyyed Ahmad sadat and Mortazavian, Seyyed Mohammad Mahdi and Qamari zare, Abbas and Omidi, Mansour and Houri, Maryam}, title = {Evaluation of Callus Induction and Somatic Embryogenesis in Black Cumin (Bunium persicum Boiss)}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {5}, number = {2}, pages = {69-86}, year = {2013}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2013.1202}, abstract = {Introduction: Black cumin (Bunium persicum Boiss.) belongs to Apiaceae family. Despite the importance of this medicinal plant in pharmacognesis, due to problems of germination and growth over long periods, yet in the country has not been domesticated and grown in nature wildly. Techniques such as tissue culture can reduce the period of growth in this plant effectively. The aim of the research: optimization of somatic embryogenesis toward production and commercialization of this plant for the pharmaceutical usage and artificial seed production were studied. Hypocotyl and cotyledon leaves of Esfahan ecotype were used as explants. MS medium supplemented with 14 different hormonal treatments for the production of callus and somatic embryogenesis were applied. To optimize the growth culture for conversion of somatic embryos to seedlings MS medium supplemented with 17 different hormonal treatments were used. Experiment was conducted in completely randomized design factorial layout based on multi-observations and 4 replications. Hypocotyl identified as the best explant for somatic embryogenesis. Hormonal treatment of ‌0.5 mg/l Kin + 1 mg/l NAA‌‌‌‌  and 1 mg/l NAA‌‌‌‌ revealed the highest efficiency for callus formation while medium containing 0.2 mg/l 2ip + 0.01 mg/l IBA ‌+ 1/2 ‌MS showed the highest regeneration amount of somatic embryos. Produced embryos in MS medium containing auxin IBA and Cytokinin 2ip showed the normal growth. Due to problems in the caraway seed germination, production of artificial seeds is very important. Considering the successful production of somatic embryos in this research, synthetic seed production of black cumin can be followed in future.}, keywords = {Caraway,Hypocotyl,Cotyledon leaf,Callus,Somatic embryogenesis}, title_fa = {بررسی کال زایی و جنین زایی سوماتیکی در زیره سیاه (.Bunium persicum Boiss)}, abstract_fa = {زیره سیاه (Bunium persicum Boiss.) گیاهی از خانواده چتریان است که علی‌رغم اهمیت دارویی فراوان، به خاطر مشکلات ناشی از جوانه‌زنی و طول دوره رویش طولانی، تاکنون در کشورمان اهلی نشده است و در طبیعت به‌صورت وحشی می‌روید. تکنیک‌هایی نظیر کشت بافت، می‌تواند جهت کاهش طول دوره رویش در این گیاه بسیار مؤثر باشد. در این تحقیق بهینه سازی رشد جنین های سوماتیک، در جهت تولید و تجاری شدن این گیاه دارویی و تولید بذر مصنوعی مورد مطالعه قرار گرفت. از ریزنمونه‌های هیپوکوتیل و برگ کوتیلدونی اکوتیپ منطقه اصفهان و محیط کشت MS با  14 تیمار هورمونی مختلف جهت بررسی میزان تولید کالوس و جنین های سوماتیکی استفاده گردید. آزمایش بصورت فاکتوریل و بر پایه طرح کاملاً تصادفی چند ‌مشاهده‌ای و در 4 تکرار اجرا گردید. بهترین ریزنمونه جهت تولید جنین سوماتیکی، هیپوکوتیل و بهترین تیمار هورمونی جهت کالوس زایی، ترکیب هورمونی mg/l Kin ‌5/0mg/l NAA‌+‌‌ ‌1 و mg/l NAA‌‌‌‌1 و جهت باززایی جنین رویشی mg/l 2ip2/0 + mg/l IBA‌01/0 +2/1‌MS می باشد. جنین های تولیدی در محیط کشت MS حاوی سیتوکینین 2ip و اکسین IBA رشد طبیعی نشان دادند. با توجه به مشکلات ناشی از جوانه زنی بذور در زیره سیاه، تولید بذر مصنوعی در آن از اهمیت ویژه ای برخوردار است. با توجه به موفقیت تولید جنین های سوماتیکی در این پژوهش، تولید بذر مصنوعی در زیره سیاه می تواند مورد بررسی قرار گیرد}, keywords_fa = {زیره سیاه,هیپوکوتیل,برگ لپه ای,کالوس,جنین زایی سوماتیک}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1202.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1202_e16076a41cf36e514df589f1e225cdc8.pdf} } @article { author = {Soltani, Neda and Hosseini Salkadeh, Qasem}, title = {Proteome analyses of drought signaling in rice root}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {5}, number = {2}, pages = {87-100}, year = {2013}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2013.1203}, abstract = {Rice (Oryza sativa L. cv. IR64) was grown in split-root systems in order to analyze long-distance drought signaling within root systems. This in turn underpins how root systems in heterogeneous soils adapt to drought. The approach was to compare four root tissues: Well watered (WW), water deficit (WD), split-root systems where one half was well watered (spWW) and the other half water deficit (spWD). This was specifically aimed at identifying how drought root tissues altered the proteome of adjacent wet roots by hormone signals and secondly, how wet roots reciprocally affected dry roots hydraulically. Using a 2-DE based proteomics approach, 738 protein spots were reproducibly detected, Thirty-two proteins showed reproducible and statistically significant changes in response to drought. Of them, 13 protein spots up-regulated in WD and spWD treatments. Of them 9 protein spots up-regulated  in WD, spWD and spWW treatments, 8 protein spots not detected in WW and 2 protein spots just detected in WD. Specific functional groups changed consistently in drought. Pathogenesis-related proteins were generally up-regulated in response to drought and heat-shock proteins and thioredoxin were totally absent in roots of fully watered plants.  }, keywords = {Drought,Split root,rice,proteomics}, title_fa = {بررسی پروتئوم پیام رسانی خشکی در ریشه برنج}, abstract_fa = {خشکی یکی از بزرگترین عوامل محدودکننده عملکرد گیاهان در سطح جهان می­باشد. بررسی تغییرات الگوی پروتیین­های ریشه برنج در سیستم خشکی نسبی با استفاده از تکنیک پروتئومیکس مورد مطالعه قرارگرفت. تیمارها در سه تکرار مستقل از هم اعمال شد و چهار بافت ریشه­ای مورد مقایسه قرارگرفت: ریشه­هایی که تحت آبیاری کامل قرارداشتند WW))، ریشه هایی که تحت خشکی کامل بوده (WD)، ریشه هایی که در تقسیم ریشه آب کافی دریافت کرده (SpWW) و ریشه هایی که در تقسیم ریشه در معرض خشکی کامل بودند (spWD) بررسی پروتئوم بافت­های ریشه حاصل از تیمارهای ذکر شده توسط الکتروفورز دوبعدی منجر به شناسایی 32 نقطه پروتیین شد که از این تعداد 13 نقطه پروتیینی در هر دو تیمار WD و spWD افزایش بیان داشته، تعداد 9 نقطه پروتیینی در هر سه تیمارWD، spWD و spWW نسبت به گیاهان نرمال WW افزایش نشان داده، تعداد 8 نقطه پروتیینی در گیاهان نرمال بیان نشده و 2 نقطه پروتیینی فقط در تیمار WD افزایش بیان داشت. تنش خشکی باعث تغییراتی در بیان پروتیین­ها گردید که اکثر تغییرات در ریشه­های در معرض تنش خشکی رخ داد، از جمله افزایش بیانPR  پروتیین­ها در پاسخ به خشکی افزایش و عدم بیان  Heat shock پروتیین­ها و تیرودوکسین در ریشه­های در معرض آب.}, keywords_fa = {خشکی,تقسیم ریشه,برنج,پروتئومیکس}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1203.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1203_c90cbb506769b0c6ab40fd71957c3ee3.pdf} } @article { author = {Sourani, Abouzar and Nazeri, Vahideh and Fattahi Moqaddam, Mohammad Reza and Ahadi Dowlat Sara, Elaheh}, title = {Study of genetic diversity of medicinal plant Leonurus cardiaca some populations in Iran using RAPD marker}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {5}, number = {2}, pages = {101-118}, year = {2013}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2013.1204}, abstract = {Motherwort ( Leonurus cardiaca ) is the only species of the genus Leonurus in Iran. It has many different compounds such as flavonoids, iridoids, triterpene, tannins, sterols, carotenoids useful to treat heart and therapy stomach diseases, any neurological disorders. In this study, RAPD molecular markers were used to evaluate genetic diversity among 30 accessions from six wild populations of motherwort in Iran. Totally 60 random primers were tested initially where 28 produced polymorphic and high resolution bands. In total, 364 DNA fragment were obtained, from which 325 were polymorphic. Cluster analysis of genotype based on the Dice similarity coefficient and UPGMA method was performed. The min and max population’s values of genetic similarity were recorded between Dargaz 1 and Khansar 5 (0.12) and Sari 2 and Sari 3 (0.89) respectively. In the Cluster analysis genotypes were divided into two main groups at 20 distances, on included Dargaz and the other contained Sarab, Khansar, Kerman, Sari and Taleghan. Population diversity using Nei's genetic diversity (h) and Shannon index (I) showed that genetic variation within populations Sarab and Taleghan (h=0.10, I=0.15) was the highest and within Kerman population was the least (h=0.06, I=0.10). crosses genotypes of Dargaz population with other populations according to genetic distance determined in this study can be good option for Production Hybrid with desired functions.}, keywords = {Leonurus cardiaca,Molecular markers,Breeding,polymorphism,Gene flow}, title_fa = {بررسی تنوع ژنتیکی برخی از جمعیت‌های گیاه دارویی دم شیر در ایران با استفاده از نشانگر مولکولی RAPD}, abstract_fa = {گیاه دم­شیر با نام علمی Leonurus cardiaca از خانواده Lamiaceae (نعناعیان) و زیر خانواده Lamioideae تنها گونه موجود از جنس Leonurus در ایران است. وجود ترکیبات مختلفی چون فلاونوئیدها، ایریدوئیدها، تری­ترپن­ها، تانن­ها، استرول­ها، کاروتنوئیدها خواصی چون درمان بیماری­های قلب و معده و اختلالات عصبی را برای این گیاه به همراه دارد. در این تحقیق نشانگر مولکولی RAPD برای بررسی تنوع ژنتیکی ژرم­پلاسم 47 نمونه گیاهی از 6 جمعیت وحشی جمع­آوری شده گیاه دارویی دم­شیر در ایران مورد استفاده قرار گرفت. تعداد 60 آغازگر تصادفی در انجام واکنش PCR روی DNA­ ژنومی استخراج شده از برگ آزمایش شد که 28 آغازگر نوارهای چند شکلی تولید نمودند و در کل 364 نوار DNA بدست آمد که تعداد 325 نوار چند شکل بودند. تجزیه کلاستر ژنوتیپ‌ها بر اساس ضریب تشابه دایس و به روش UPGMA انجام گرفت. میزان حداقل تشابه ژنتیکی در این تحقیق 08/0 بین نمونه­های درگز 1 و ساری 5 و حداکثر آن بین نمونه­های ساری 7 و ساری 3 معادل 87/0 بدست آمد. در تجزیه کلاستر ژنوتیپ‌ها در فاصله 20 دو کلاستر اصلی ایجاد شد که یکی از آن‌ها شامل نمونه­های درگز و کلاستر دیگر شامل نمونه­های خوانسار، کرمان، سراب، طالقان و ساری بود. بررسی تنوع درون جمعیت­ها با استفاده از میانگین تنوع ژنتیکی نی و شاخص اطلاعاتی شانون نشان داد تنوع ژنتیکی در درون جمعیت سراب و طالقان (10/0= ,h 15/0= I) نسبت به سایر جمعیت­ها، بیشترین و در جمعیت ساری (05/0 = h ,08/0 = I) کم‌ترین بوده است. تلاقی ژنوتیپ­های جمعیت درگز با دیگر جمعیت­ها با توجه به فاصله ژنتیکی تعیین شده در این مطالعه می­تواند گزینه مناسبی برای تولید هیبریدهایی با عملکردهای مورد نظر باشد.}, keywords_fa = {گیاه دم شیر,Leonurus cardiaca,چند شکلی,جریان ژنی,اصلاح}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1204.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1204_cd7d56d6328281f5acab68ea4234c02e.pdf} } @article { author = {Kakaei, Mahdi and Mazaheri Laqab, Hojjatollah and Kahrizi, Daniyal}, title = {Study of Morphological and biochemical to determine the genetic diversity of cultivated Oat (Avena sativa L.)}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {5}, number = {2}, pages = {119-138}, year = {2013}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2013.1205}, abstract = {Study of the morphological characteristics and molecular markers for genetic diversity determination is one of the basic steps in the most breeding programs. For this purpose, current investigation was carried out with ten cultivars based on randomized complete blocks design (RCBD) with three replications, during the period of October 2010 to June 2011 cropping season. Statistical analysis of agronomy data showed that there were significant differences between genotypes for almost studied traits. Cluster analysis by UPGMA method for agronomic traits divided genotypes into three groups. High genetic gains were observed for flag leaf length. Correlation between morphological and molecular traits was assessed using Mantel test and significant positive correlation was observed between them. Thus according to genetic distances between the genotypes and heterosis value based on morphological markers according to similarity coefficient, the cross between 212 with 217, 201, 202, and 204 is recommended. In conclusion, replication of such experiment with more varieties for more accurate results is recommended.}, keywords = {Avena sativa,Genetic distance,Morphological traits,Genetic Gain,SDS-PAGE}, title_fa = {مطالعه مورفولوژیکی و بیوشیمیایی جهت تشخیص تنوع ژنتیکی جمعیت‌های یولاف زراعی}, abstract_fa = {مطالعه صفات مورفولوژیکی و نشانگر­های مولکولی جهت تشخیص تنوع ژنتیکی گامی مهم و اساسی در اکثر برنامه­های اصلاحی می­باشد. در مطالعه حاضر از داده­های حاصل از صفات کمی و الگوی باندی پروتئین­های بذر برای ارزیابی تنوع ژنتیکی و طبقه بندی برخی از ژنوتیپ­های یولاف زراعی استفاده گردید. برای این منظور 10 ژنوتیپ یولاف با آرایش طرح بلوک­های کامل تصادفی با سه تکرار مورد بررسی قرار گرفت. نتایج تجزیه واریانس داده­ها نشان داد که ژنوتیپ­های مورد بررسی از نظر برخی صفات مطالعه شده دارای اختلاف معنی­دار هستند. تجزیه­ی خوشه­ای به روش UPGMA برای داده­های زراعی، ژنوتیپ­های مورد ارزیابی را در سه گروه قرار داد. بیشترین سود ژنتیکی برای صفت طول برگ پرچم (74/94) مشاهده گردید. برای تعیین همبستگی بین صفات مورفولوژیکی و مولکولی از آزمون مانتل– هانزل  (Mantel - Haenszel) استفاده گردید و همبستگی معنی­داری بین صفات مورفولوژیکی و داده­های مولکولی مشاهده نشد. با توجه به فواصل ژنتیکی بین ژنوتیپ­ها، در برنامه­های بهنژادی جهت به دست آوردن مقدار هتروزیس، تلاقی ژنوتیپ­های 212 با ژنوتیپ­های 217، 202، 204 و 201 با توجه به ضرایب تشابه مورفولوژیکی قابل توجیه می­باشد. در تحقیقات آتی، مطالعه آزمایشات مشابه به همراه تعداد بیشتری از ژنوتیپ­ها توصیه می­گردد.}, keywords_fa = {یولاف,فاصله ژنتیکی,صفات مورفولوژیکی,سود ژنتیکی,SDS-PAGE}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1205.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1205_f05ea96d5b0ed0ebf46d75cc6e1031d2.pdf} } @article { author = {Maddahian, Mohammad and Masoumi, Hossein and Heydar Nezhad, Jahangir and Hosseini Pour, Akbar}, title = {Phylogenetic analysis of Iranian Cucumber mosaic virus isolates from Kerman and Yazd provinces}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {5}, number = {2}, pages = {139-156}, year = {2013}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2013.1206}, abstract = {Cucumber mosaic virus (CMV) is one of the most important viruses of cucurbits worldwide. To study the phylogenetic relationships of several CMV isolates, a number of samples were collected from Kerman and Yazd provinces. The CMV infection of the samples was tested using DAS-ELISA method. Based on the host and geographical regions, six ELISA positive samples were chosen for molecular characterization. A 946 bp fragment comprising full-length of coat protein gene with its flankes was amplified by RT-PCR using specific primer pairs, cloned and sequenced. Sequence comparisons were done using DNAMAN software on CP gene of Iranian isolates and those of available in GenBank . Phylogenetic analysis showed that CMV isolates were divided into two subgroups I and II in which  the subgroup I was further divided into two subgroups of IA and IB. Two Iranian isolates sequenced in the present study were placed in the subgroup IA and the rest of isolates in the subgroup IB . The higest nucleotide sequence identity of 99.1% was obtained for the isolates Ker.Ker.Pep and Ker.Ker.Mel.2 (subgroup IB) while the lowest for the isolates Ker.Jir.Cu isolate (subgroup IA) and the Yaz.Yaz.Tom of 92.1 %. Isolates of subgroup IB belong almost exclusively to East Asia. It is the first report of occurrence of subgroup IB of CMV isolates in Iran and Middle East.}, keywords = {Phylogeny,Coat protein,Cucumber mosaic virus}, title_fa = {جایگاه تاکسونومیکی جدایه های ایرانی ویروس موزائیک خیار از استان های کرمان و یزد}, abstract_fa = {ویروس موزائیک خیار (CMV Cucumber mosaic virus,) یکی از ویروس های مهم کدوئیان در نقاط مختلف دنیاست. به منظور شناسایی و تعیین جایگاه تکاملی جدایه­های این ویروس، تعدادی نمونه از استان­های کرمان و یزد جمع­آوری گردید. آلودگی به CMV در این نمونه­ها توسط آزمون DAS-ELISA مورد بررسی قرار گرفت. بر اساس گیاه میزبان و مناطق نمونه­برداری، از نمونه های آلوده شش جدایه متفاوت، جهت مطالعات مولکولی انتخاب گردیدند. با استفاده از آزمون RT-PCR و آغازگرهای اختصاصی، یک قطعه 946 جفت بازی در برگیرنده ژن پروتئین پوششی، تکثیر، همسانه سازی و تعیین ترادف گردید. قطعات همسانه سازی شده جهت تعیین جایگاه تکاملی جدایه­های ایرانی با ترادف های مشابه مربوط به سایر جدایه های CMV موجود در بانک ژن مقایسه شدند. آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد که جدایه­های بررسی شده در دو زیر گروه I و II قرار می­گیرند که زیر گروه I نیز به دو زیر گروه IA وIB تقسیم می­گردد. دو جدایه ایرانی CMV در زیر گروه IA و چهار جدایه دیگر در زیر گروه IB واقع گردیدند. بیشترین میزان تشابه ترادف نوکلئوتیدی در بین جدایه­های ایرانی به میزان 1/99% دربین دو جدایه Ker.Ker.Pep و Ker.Ker.Mel.2 از زیر گروه IB و کمترین میزان تشابه به میزان 1/92% بین دو جدایه Ker.Jir.Cu از زیر گروه IA و Yaz.Yaz.Tom از زیر گروه IB تعیین گردید. جدایه­های زیر گروه IB اختصاص به کشورهای شرق آسیا داشته و این بررسی اولین گزارش از وجود تعدادی ازجدایه­های CMV مربوط به زیر گروه IB از ایران و خاورمیانه می­باشد.}, keywords_fa = {فیلوژنی,پروتئین پوششی,ویروس موزائیک خیار}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1206.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1206_11a7c7a97105d53e1d784101ec821e4b.pdf} } @article { author = {Masoudi, Nahid and Sokhandan Bashir, Nemat}, title = {A home-made T/A vector for simplification of cloning DNA fragments obtained from PCR}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {5}, number = {2}, pages = {157-169}, year = {2013}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2013.1207}, abstract = {Today, genetic engineering is an indispensable component of modern biological research and DNA cloning, as one of the most important applications of this technology, has a wide-range application. Plasmids are the most commonly used vectors that provide replication of a desired gene usually in a bacterial host. T/A cloning vectors are one type of plasmids which facilitate cloning of a DNA fragment provided that the DNA is amplified by Taq DNA polymerase through polymerase chain reaction (PCR). In cases where the resources are limited, purchasing commercial T/A cloning kits may be hardly possible. So, availability of a home-made T/A vector with a good performance in the laboratory would be important. In this study, after preparation of competent Echerchia coli cells, the circular plasmid pTZ57R (without insert) was transformed into the cells. After plasmid extraction by alkaline lysis method, the plasmid was cut with EcoRV to make it linear. Then, the enzyme was inactivated and thymine nucleotide was added to the free 5‘ ends of the linear plasmid. The efficiency of the vector was demonstrated during ligation reactions and subsequent transformations. In addition, a segment of potyvirus genome that was amplified by a pair of universal primers was inserted into the T/A vector and subjected to sequencing. Comparison of the sequencing data with that of the counterpart regions available in GenBank has ended in identification of the virus as Soybean mosaic virus.}, keywords = {T/A vector,soybean mosaic virus,Preparation of vector,pTZ75R/T}, title_fa = {تهیه آزمایشگاهی وکتور T/A برای تسهیل همسانه سازی قطعات DNA حاصل از PCR}, abstract_fa = {امروزه مهندسی ژنتیک جزء اجتناب ناپذیر پژوهش­های زیست شناسی نوین میباشد و همسانه­سازی به عنوان یکی از اصلی­ترین بخش­های این علم، کاربرد گسترده­ای دارد. پلاسمیدها یکی از پر­کاربردترین حامل­ها میباشند که امکان تکثیر ژن مورد نظر را به صورت نامحدود در میزبان عمدتا" باکتریایی فراهم میکنند. وکتورهای T/A نوعی از حامل­های پلاسمیدی میباشند که امکان همسانه­سازی قطعه دی­ان­ای تکثیر شده با آنزیم Taq DNA polymerase (در واکنش­ زنجیره­ای پلیمراز) را تسهیل می کنند. با توجه به محدودیت امکانات، خرید کیت همسانه­سازی حاوی این پلاسمید ممکن است به سختی میسر باشد. به همین جهت تهیه این وکتور با کارایی خوب در آزمایشگاه حائز اهمیت است. در این پژوهش، بعد از تهیه سلول های مستعد (رقیب) از باکتری Escherchia coli، پلاسمید حلقوی و فاقد قطعه خارجی pTZ57R به این سلول­ها ترانسفورم گردید. پس از استخراج پلاسمید به روش لیز­آلکالینی، با آنزیم EcoRV پلاسمید برش داده شده و خطی گردید. سپس آنزیم برشی غیرفعال گردید و نوکلئوتید تیمین به انتهای آزاد این پلاسمید خطی اضافه شد. سپس کارایی حامل تهیه شده طی واکنش اتصال دی­ان­ای به پلاسمید و متعاقب آن، ترانسفورماسیون­­ باکتری تأیید گردید. بعلاوه، بخشی از ژنوم پوتی­ویروس که با جفت آغازگر یونیورسال مورد تکثیر قرار گرفته بود در پلاسمید ساخته شده مورد همسانه سازی وترادف یابی قرار گرفت که در مقایسه با توالی­های هم­قطار موجود در پایگاه ژن بانک بعنوان ویروس موزائیک سویا تشخیص داده شد.}, keywords_fa = {T/A وکتور,ویروس موزائیک سویا,تهیه حامل همسانه سازی,pTZ57R/T}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1207.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1207_88b20f94e57e151adf0ac956e5bcce02.pdf} }