@article { author = {Aboutalebi, Shahrbanou and Fotukian, Mohammad Hossein and Zeynal abedini, Mehrshad}, title = {Evaluation of Genetic Diversity and Population Structure of Rice Cultivars using Microsatellite Markers linked to iron and zinc}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {6}, number = {4}, pages = {1-14}, year = {2015}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2015.1335}, abstract = {Determine genetic diversity in rice genetic resources is the first step toward the development of rice breeding programs. In this study genetic diversity of fifty cultivars of rice were analyzed using forty microsatellite markers linked to iron and zinc loci. Molecular analysis results showed the number of observed alleles per locus markers with average of 5.27 was varied from 2 to 10. The polymorphic information content values of loci was varied from 0.24 (RM19675) to 0.83 (RM276, RM402), respectively. The average of polymorphic information contents was estimated 0.63. RM276 marker was showed the highest genetic diversity and Shannon Index. Cultivars were classified into two sub-population groups according to analysis of population structure including landraces as first group and improved and foreign cultivars as second group. Based on the analysis of molecular variance, intra-population variance was higher than inter-population variance and the minimum and maximum genetic distance was between improved and foreign cultivars and landraces and foreign cultivars, respectively. Based on the cluster analysis, landraces cultivars were separate group than other cultivars. The results of this research could be useful in breeding programs of grain iron and zinc and expanding the genetic bases of rice cultivars.}, keywords = {Cluster analysis,population structure analysis,Shannon Index,Polymorphic Information Content}, title_fa = {ارزیابی تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت ارقام برنج با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره مرتبط با تجمع آهن و روی}, abstract_fa = {تعیین میزان تنوع ژنتیکی موجود در ذخایر ژنتیکی برنج، اولین گام در جهت پیشرفت برنامه‏های به‏نژادی برنج می‏باشد. در این مطالعه تنوع ژنتیکی 50 رقم برنج با استفاده از 40 نشانگر ریزماهواره مرتبط با آهن و روی مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج تجزیه مولکولی نشان داد که تعداد آلل‏های مشاهده شده در هر جایگاه نشانگری با میانگین 27/5 آلل از 2 تا 10 آلل متغیر بود. میزان محتوای اطلاعات چندشکلی در بین نشانگرها از 24/0 (RM19675) تا 83/0(RM276, RM402)  متغیر بود. میانگین محتوای اطلاعات چندشکلی 63/0 برآورد شد. بیشترین میزان تنوع ژنتیکی و شاخص شانون در نشانگر RM276 مشاهده گردید. در ارزیابی تجزیه ساختار، ارقام به دو زیر جمعیت تقسیم شدند، زیر جمعیت اول شامل ارقام بومی و دوم شامل ارقام اصلاحی و خارجی بودند. در تجزیه واریانس مولکولی، واریانس درون جمعیتی بیشتر از واریانس بین جمعیتی بوده و حداقل فاصله ژنتیکی بین ارقام اصلاحی و خارجی و حداکثر آن بین ارقام بومی و خارجی مشاهده شد. براساس تجزیه خوشه‏ای نیز ارقام بومی در گروه مجزایی نسبت به سایر ارقام قرار گرفتند. این نتایج می‏تواند جهت طراحی برنامه‏های به‏نژادی آهن و روی دانه و گسترش پایه‏های ژنتیکی ارقام برنج استفاده شود}, keywords_fa = {تجزیه خوشه‏ای,تجزیه ساختار جمعیت,شاخص شانون,محتوای اطلاعات چندشکلی}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1335.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1335_911ca7dba7d6561c7c8de59277c67d75.pdf} } @article { author = {Azadvar, Mehdi and Ranjbar, Somayeh and Najafiniya, Mousa and Baranwal, Virendra}, title = {First report of natural infection of Citron (Citrus medica L.) by ‘Candidatus Phytoplasma aurantifolia’ in Iran}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {6}, number = {4}, pages = {15-22}, year = {2015}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2015.1336}, abstract = {‘Candidatus Phytoplasma aurantifolia’ has been reported as causal agent of witches’ broom disease in Mexican lime (Citrus aurantifolia L.), Bakraee (Citrus sp.) and Grapefruit (Citrus paradisi Macfad) trees in Iran. Almost all of the lime orchards in Hormozgan, Sistan & Baluchistan and Kerman provinces are infected by this pathogen now. The pathogen is not naturally associated with other citrus varieties in Iran. During 2010, a several number of Citron (Citrus medica L) trees in commercial citrus orchards in Southern Kerman, Iran with witches’ broom symptoms were found. In order to detection and identification of the associated phytoplasma, nucleic acid was extracted from leaf midribs of symptomatic citron plants showing witches’ broom symptoms. Healthy citron plants were used as negative control. Mexican lime trees infected with ‘Ca. Phytoplasma aurantifolia’ were used as positive control. Nested PCR analysis of symptomatic citron as well as mexican lime trees showing witches’ broom symptoms produced an amplicon of the expected size using phytoplasma universal p1/p7 primer pair in first step and 16F2n/16R2 in second step. The healthy citron trees did not. Sequences obtained from all the amplicons were identical and consisted of 1250 bp nucleotide which had a high sequence similarity (99.8%) with ‘Ca. Phytoplasma aurantifolia’. This is the first report of a natural phytoplasma infection on citron in Iran.}, keywords = {‘Candidatus Phytoplasma aurantifolia’,Citron,Phytoplasma,witches’ broom}, title_fa = {اولین گزارش از آلودگی طبیعی بالنگ (Citrus medica L.) به ‘Candidatus Phytoplasma aurantifolia’ در ایران}, abstract_fa = {  'Candidatus Phytoplasma aurantifolia' قبلا به عنوان عامل بیماری جاروک لیموترش (Citrus aurantifolia L.)، بکرایی(Citrus sp.) و گریپ فروت (Citrus paradisi Macfad) از ایران گزارش شده است. درحال حاضر تقریبا تمامی باغات لیموترش استان های هرمزگان، سیستان و بلوچستان و کرمان به این بیماری مبتلا هستند. این بیماری روی سایر ارقام مرکبات در ایران گزارش نشده است. در سال 1389 علائم جاروک روی تعدادی درخت بالنگ (Citrus medica L.) در برخی از باغات مرکبات جنوب استان کرمان، ایران مشاهده شد. به منظور ردیابی و شناسایی فیتوپلاسمای عامل بیماری، استخراج اسید نوکلئیک از رگبرگ میانی برگ درختان بالنگ دارای علائم جاروک، درختان بالنگ سالم بدون علائم (شاهد منفی) و درختان لیموترش دارای علائم جاروک (شاهد مثبت) انجام گرفت. در آزمون واکنش زنجیره ای پلیمراز آشیانه ای (nested PCR) با استفاده از جفت آغازگرهای عمومی فیتوپلاسما P1/P7 و R16F2n/R16R2، قطعه با اندازه مورد انتظار در نمونه های بالنگ و لیموترش دارای علائم جاروک تکثیر شد. در نمونه های بالنگ سالم این باند تکثیر نشد. توالی نوکلئوتیدی باند حاصل از PCR در تمام نمونه ها یکسان و شامل 1250 جفت باز بود که 8/99% تشابه با توالی نوکلئوتیدی ‘Ca. Phytoplasma aurantifolia’ نشان دادند. این اولین گزارش از آلودگی طبیعی بالنگ به فیتوپلاسما در ایران است.}, keywords_fa = {بالنگ,جاروک,فیتوپلاسما,‘Candidatus Phytoplasma aurantifolia’}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1336.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1336_62dbff191c6bbc1c25618c0d3db12960.pdf} } @article { author = {Birani, Makiyeh and Malek Zadeh Shafa Roudi, Saeid and Malek zadeh, Khalil and Mir Shamsi Kakhaki, Amir}, title = {SSR markers for screening and estimating genetic distance of homokaryotic single spores in the white button mushroom (Agaricus bisporus)}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {6}, number = {4}, pages = {23-36}, year = {2015}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2015.1337}, abstract = {Interspecies hybridization is considered as the most important tools for improving genetic characteristics of Agaricus bisporus, which require having compatible homokaryons to cross. One challenge is low percentage of homokaryons among the basidiospores because of the secondary homothalism of this mushroom. Therefore, selection and confirmation of homokaryons among single spore isolates has always been involved with laborious efforts and researchers struggle with it. In this study, we attempted to develop a high-throughput method with high accuracy for screening and confirmation of homokaryons. We used 10 SSR markers -that represented nine linkage map groups of Agaricus bisporus-. Of 71 isolates, several isolates showed two bands as the same as those that heterokaryotic parents did, while some of them showed only one band. We were able to divide the isolates into two main groups: homoallelic and heteroallelic. The homoallelic group included 23 isolates that were monoallelic in the whole sites; which were thus confirmed as homokaryons. Further, the findings of the molecular markers were compared to the observations of a fruiting test. The results revealed that isolates that were confirmed by SSR to be heterokaryotic did not produce fruit bodies in the fruiting test. These findings obviously suggested that fruiting tests are less reliable than SSR markers. Genetic variation among 23 putative homokaryons was also calculated with the NTSYSpc software. The genetic similarity was variable between 0.3-1 among the isolates. The isolates were divided into two main groups by dendrogram. The results showed that these 10 SSR markers are able to detect homokaryons with a probability rate over 99 percent.}, keywords = {white button mushroom,homokaryon,heterokaryon,Microsatellite marker,hybrid}, title_fa = {شناسایی جدایه‌های تک اسپور هموکاریون و ارزیابی فاصله ژنتیکی آن‌ها با استفاده از نشانگر SSR در قارچ خوراکی دکمه‌ای سفید (Agaricus bisporus)}, abstract_fa = {تلاقی درون گونه‌ای مهمترین روش اصلاحی در قارچ دکمه‌ای سفید برای بهبود نژادهای تجاری آن می‌باشد و این مستلزم در اختیار داشتن جدایه‌های هموکاریون برای تلاقی است. چرخه زندگی خاص این قارچ - هموتالیسم ثانویه - سبب شده تنها درصد کمی از بازیدیوسپورها به صورت هموکاریون باشند. تشخیص و شناسایی جدایه‌های هموکاریون‌ها از جدایه‌های هتروکاریون بزرگترین مشکل پیش روی اصلاح‌گران بوده است. تاکنون روش مطمئنی برای تشخیص این جدایه­ها گزارش نشده است. در این مطالعه از 10 نشانگر ریزماهواره (SSR) که 9 عدد از آن ها هر کدام نماینده یک گروه لینکاژی از نقشه ژنتیکی این قارچ بودند؛ همراه با آزمون میوه‌دهی برای تشخیص هموکاریون­ها استفاده شد. از 71 جدایه­ی مورد آزمون برخی همانند والد مادری که به عنوان شاهد در نظر گرفته شد دارای دو باند و برخی دیگر تنها حضور یکی از باندهای والدی را نشان دادند. بر اساس نوع ترکیب آللی، جدایه­ها در دو گروه کلی هتروآللیک و هموآللیک قرار گرفتند. از گروه هموآللیک، 23 جدایه که در تمامی جایگاه­های بررسی شده الگوی تک آللی را نشان دادند به عنوان جدایه هموکاریون در نظر گرفته شدند. مقایسه نتایج  حاصل از نشانگرهای SSR و آزمون میوه­دهی بر روی جدایه‌ها نشان داد نتایج حاصل از آزمون میوه­دهی در مقایسه با نتایج نشانگرهای SSR از اطمینان کمتری برخوردارند زیرا عدم میوه­دهی در جدایه­هایی که هتروکاریون بودن آن­ها  توسط نشانگر SSR مشخص شد، مشاهده گردید. تشابه ژنتیکی محاسبه شده بر اساس ماتریس فاصله ژنتیکی بین23 جدایه هموکاریون بین 3/0 تا 1 متغیر بود و این جدایه­ها در دندروگرام ترسیم شده به دو گروه کلی تقسیم شدند. نتایج نشان دادند می­توان با احتمالی بیش از 8/99 درصد نسبت به قطعیت هموکاریون بودن جدایه‌ها پس از اجرای آزمایش با 10 آغازگر SSR  استفاده شده، اظهار نظر کرد}, keywords_fa = {قارچ خوراکی دکمه‌ای سفید,نشانگر ریزماهواره,هموکاریون,هتروکاریون,هیبرید}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1337.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1337_c5bb772cf4f2ed7e2aaf4e256e789097.pdf} } @article { author = {Tohidi Nezhad, Fatemeh and Mohammad Abadi, Mohammad Reza and Esmaeili Zadeh, Ali and Najmi Nouri, Ozra}, title = {Comparison of different levels of Rheb gene expression in different tissues of Raini Cashmir goat}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {6}, number = {4}, pages = {37-50}, year = {2015}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2015.1338}, abstract = {Rheb (Ras homolog enriched in brain) gene is originally identified as immediate early gene (IEG) in 1994, encoding 184 amino acids with a deduced molecular mass of 20 497 Da in hippocampus. Rheb belongs to Ras family that encodes a carboxylterminal CAAX box indicating that the protein may undergo post-translational farnesylation. Rheb is an upstream regulatory factor in mTOR signaling pathway and the Rheb-GTP can active mTOR that inducing strong phosphorylation of endogenous S6K1 at residues Thr389, Thr421 and Ser424. Overexpression of Rheb stimulates cell growth while knockdown of Rheb expression inhibits protein synthesis and cell growth in insects. Over expression of Rheb-GAP inhibits mTOR activation and reduces fiber cross-sectional area in mammalian skeletal muscle. There is cross-talk between Mstn and mTOR signaling pathways in mammalian skeletal muscles. Tissues including brain, heart, lung, pancreatic, spleen, kidney, liver and testis were collected from the Raini Cashmir goat after slaughter. Extracted RNA were immediately stored at -80°C. Quality and quantity of RNA were evaluated and cDNA was synthesized and PCR was performed. PCR Products were electrophoresed on 1.5% agarose gel and were evaluated different levels of expression in studied different tissues. Results showed that the Rheb gene was expressed in all the tested tissues and the highest level of expression was observed in kidney and the lowest level was detected in pancreatic and testis. Results of SPSS analyziz demonstrated that expression of Rheb gene in Raini cashmir goat significantly (P£0.01) is different in various tissues. Hence, can suggest that Rheb has probably role in goat cells and must detect in future investigations.}, keywords = {Rheb gene,Raini Cashmir Goat,Expression,tissue}, title_fa = {مقایسه سطوح مختلف بیان ژنRheb در بافت های مختلف بز کرکی راینی}, abstract_fa = {ژن Rheb تحت عنوان ژن اولیه فوری[1] (IEG) برای اولین بار در سال 1994 شناسایی شد که دارای 184 اسید آمینه و وزن ملکولی 20497 دالتون است. Rheb متعلق به خانواده Ras است که چارچوب کربوکسی ترمینال CAAX را کد می­نماید که نشان می­دهد پروتئین ممکن است تحت فارنسیلاسیون بعد از ترجمه[2]قرار گیرد. Rheb یک فاکتور تنظیم کننده بالادست مسیر سیگنال­دهی mTOR است و Rheb-GTP می­تواند mTOR را فعال کند که القا کننده قوی فسفوریلاسیون S6K1 اندوژنوس در رزیدوهای ترئونین 389، ترئونین 421 و سرین 424 می­باشد. بیان بیش از حد Rheb رشد سلولی را تحریک می­کند، در حالی­که توقف بیان Rheb سنتز پروتئین و رشد سلولی را مهار می­کند. بیان بیش از حد Rheb-GAP  فعالیت mTOR را مهار می­کند و ناحیه برش عرضی فیبر را در ماهیچه­های اسکلتی پستانداران کاهش می­دهد. بین میواستاتین و مسیرهای سیگنال­دهی mTOR در ماهیچه­های اسکلتی پستانداران اثرمتقابل وجود دارد. نمونه­ها از بافت­های مغز، قلب، شش، پانکراس، طحال، کلیه، کبد و بیضه مربوط به بز کرکی راینی تهیه شدند. RNA استخراج شده در دمای منفی80 درجه سانتیگراد نگهداری شد. کیفیت و کمیت RNA بررسی و سنتز  cDNA انجام شد. واکنش زنجیره ای پلیمراز صورت گرفت. محصولات PCR روی ژل آگارز 5/1 درصد الکتروفورز شد و با نرم افزار Gene Tools سطوح مختلف بیان در بافت های ذکر شده، مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از این بررسی نشان داد که این ژن در تمامی بافت های بررسی شده بیان شده است و بیشترین سطح بیان در بافت کلیه و کمترین سطح بیان در بافت های پانکراس و بیضه مشاهده شد. نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل آماری توسط نرم افزار SPSS نشان می دهد که بیان ژن Rheb در بز کرکی رائینی در بین بافت های مختلف تفاوت معنی داری در سطح 1 درصد دارد. لذا می­توان پیشنهاد کرد که احتمالا ژن Rheb در سلول های بز نقش دارد و باید در تحقیقات بعدی این نقش(­ها) شناسایی شوند.}, keywords_fa = {ژن Rheb,بز کرکی راینی,بیان,بافت}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1338.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1338_c7d4815e3fe1ce09e08842da0c3977f3.pdf} } @article { author = {Rezaei, Mostafa and Rahimi, Qodratollah and Ansari, Zarbakht and Rahbar, Rabei}, title = {Comparison of Genetic Structure of DGAT1 and SCD1 Loci between Holstein and Simmental Population}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {6}, number = {4}, pages = {51-62}, year = {2015}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2015.1339}, abstract = {The association of genes polymorphism of DGAT1 and SCD1 has proved with milk nutritive value. The aim of the present study was the comparison of genetic structure of DGAT1 and SCD1 loci between Holstein and Simmental population. 102 Mazandaran Simmental and Holstein cows were randomly selected and done blooding of neck vein. In digestion of SCD1 PCR products (725bp) with AluI enzyme, two alleles V and A were revealed with the frequency of 79 and 21 percent and 92 and 8 percent in Holstein and Simmental breeds, respectively. In digestion of the 325bp fragment of this gene with NcoI enzyme, two alleles of C and T were detected with the frequency of 40 and 60 percent and 45 and 55 percent in Holstein and Simmental breed, respectively. Two alleles of A and K were detected from amplification of DGAT1 locus with the frequency of 60 and 40 percent and 57 and 43 percent in Holstein and Simmental population, respectively. The result of statistical comparison of genotype and allele frequency in studied loci between two breeds indicates that DGAT1locus and second locus of SCD1 gene are same as gene frequency between two breeds and are different as genotype frequency in DGAT1 locus and are same as genotype frequency in SCD1 locus. According to observed polymorphisms, we can result that studied loci are fit for selection of animals with favorite genotype for increasing of production of milk useful fatty acids}, keywords = {DGAT1,SCD1,PCR,Holstein,Simmental}, title_fa = {مقایسه ساختارهای ژنتیکی جایگاه های DGAT1 و SCD1 در بین جمعیت هلشتاین و سیمنتال}, abstract_fa = {ارتباط چند شکلی ژن های دی آسیل گلیسرول آسیل کوآنزیم‌آ ترانسفراز 1 و استروئیل کوآنزیم آ دی استراز با ارزش غذایی شیر به اثبات رسیده است. هدف از پژوهش حاضر، مقایسه ساختارهای ژنتیکی جایگاه های DGAT1 و SCD1 در بین جمعیت هلشتاین و سیمنتال می باشد. 102 راس گاو نژاد هلشتاین و سیمنتال مازندران به طور تصادفی انتخاب و خونگیری از سیاهرگ گردنی انجام گرفت. در هضم محصولات PCR جایگاه SCD1 (قطعه 725 جفت بازی) با آنزیمAlu1، دو آلل V و A با فراوانی های 79 و 21 درصد و 92 و 8 درصد به ترتیب در نژادهای هلشتاین و سیمنتال شناسایی شد. در هضم قطعه 325 جفت بازی این ژن با آنزیم Nco1، دو آلل C و T هر یک با فراوانی به ترتیب 40 و 60 درصد در نژاد هلشتاین و 45 و 55 درصد در نژاد سیمنتال مشاهده شد. از تکثیر جایگاه DGAT1، دو آلل A و K با فراوانی 60 و 40 درصد و 57 و 43 درصد به ترتیب در نژادهای هلشتاین و سیمنتال شناسایی شد. نتیجه مقایسه آماری وفور آللی و ژنوتیپی جایگاه های مورد مطالعه در بین دو نژاد نشان داد که جایگاه DGAT1 و جایگاه دوم ژن SCD1 از لحاظ فراوانی ژنی در بین دو نژاد یکسان و از لحاظ فراوانی ژنوتیپی در جایگاه DGAT1 متفاوت و در جایگاه SCD1 یکسان هستند. با توجه به تنوع مشاهده شده، می توان نتیجه گرفت که جایگاه های مورد مطالعه برای انتخاب دام های دارای ژنوتیپ مطلوب برای افزایش تولید اسیدهای چرب مفید شیر، مناسب می باشند}, keywords_fa = {DGAT1,SCD1,PCR,هلشتاین,سیمنتال}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1339.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1339_e3fe3049e0df7aae3db0a3c349901ca5.pdf} } @article { author = {Zamani, Vahid and Rezaei, Hamid Reza and Baziani, Saloumeh and Aqili, Seyyed Mahmoud and Shabani, Ali and Asadi, Marziyeh and Zamani, Navid}, title = {Approach of molecular technique to identify Artiodactyls based on mitochondrial D-loop polymorphism}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {6}, number = {4}, pages = {63-74}, year = {2015}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2015.1340}, abstract = {In recent year species of Artiodactyla have suffered rather decrease in populations as result of poaching. In many cases detecting the organs and tissues obtained from arrested poachers is not possible visually therefore it makes difficult to affirm the occurred violation. The aim of this study was to provide a molecular technique based on mtDNA marker and universal primer for indentifying 8 species of Cervidae, Bovidae and Suidae families. Tissues samples of eight ungulate species (Cervus elaphus maral, Capreolus capreolus, Gazella bennettii, Gazella  subgutturosa, Cervus dama mesopotamica, Sus scrofa, Ovis vignei, Capra aegagrus) from different wild populations were examined and identified. The results showed that the mitochondrial control region (D-loop) is highly polymorphic in these species (Cervus elaphus maral 569 bp, Capreolus capreolus 573 bp, Gazella bennettii 598 bp, Gazella  subgutturosa 644 bp, Cervus dama mesopotamica 578 bp, Sus scrofa 566 bp, Ovis vignei 1062 bp, Capra aegagrus 990 bp). Accordingly Identification of species from tissues is accessible by this technique. The advantage of this technique is to make genetic evidence for the courts concerning poaching violations. In addition by means of this technique could discover the presence of the rare species in wide habitats which improves their ecological studies. }, keywords = {Artiodactyla,mtDNA control region,poaching violations}, title_fa = {رهیافت مولکولی برای شناسایی زوج‌سمان بر اساس چند شکلی ناحیه کنترل میتوکندری}, abstract_fa = {در سال‌های اخیر جمعیت گونه‏های زوج‌سم بواسطه شکار غیر قانونی کاهش چشمگیری داشته است. در بسیاری از موارد شناسایی اعضای بدن و بافت‏های کشف شده از شکارچیان متخلف از طریق مشاهده چشمی میسر نیست و این امر اثبات تخلف صورت گرفته را با مشکل مواجه می‏کند. هدف از تحقیق حاضر ارائه روشی ملکولی بر مبنای نشانگر متداول ژنوم میتوکندری و استفاده از آغازگرهای عمومی برای شناسایی هشت گونه‏ از خانواده‌های گوزن‌ها، گاوها و گرازها است. به منظور اجرای این تحقیق نمونه‏های بافت هشت گونه زوج­‏سم شامل: مرال(Cervus elaphus maral) ، شوکا(Capreolus capreolus) ، جبیر (Gazella bennettii)، آهو (Gazella subgutturosa)، گوزن زرد ایرانی(Cervus dama mesopotamica) ، گراز(Sus scrofa) ، پازن (Capra aegagrus) و قوچ اوریال(Ovis vignei)  از جمعیت‌های وحشی مناطق مختلف مورد بررسی و شناسایی قرار گرفتند. نتایج به دست آمده نشان داد طول ناحیه کنترل میتوکندری (D-loop)  در گونه‌های مورد مطالعه چندشکلی بالایی دارد (مرال 569 جفت باز، شوکا جفت باز 573، جبیر 598 جفت باز ، آهو 644 جفت باز ، گوزن زردایرانی 578 جفت باز، گراز 566 جفت باز ، پازن 990 جفت باز و قوچ اوریال 1062 جفت باز)، که بر این اساس تشخیص گونه‌ها به کمک این  ویژگی امکان‌پذیر می‌باشد. به این ترتیب استفاده از این روش و ارایه مدارک ژنتیکی معتبر به دادگاه، تحولی در زمینه برخورد با تخلفات شکار به وجود خواهد آورد. همچنین، می‌توان حضور این گونه‌های کمیاب را در مناطق مختلف با قطعیت مشخص نمود و مطالعات بوم‌شناسی آن‌ها را بهبود بخشید.}, keywords_fa = {زوج‌ سمان,ناحیه‌کنترل ژنوم میتوکندری,تخلفات شکار}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1340.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1340_3e183aa7c84814e124069b275284c039.pdf} } @article { author = {Sokhan sanj, Yalda and Rakhshande Rou, Farshad}, title = {Study on the molecular and biological properties of Tomato ringspot virus isolates infecting pepper plants in Tehran province}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {6}, number = {4}, pages = {75-90}, year = {2015}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2015.1341}, abstract = {Tomato ring spot virus (ToRSV) is one of the most important viruses threatening vegetable production worldwide. During the years 2010 to 2012, a total of 110 asymptomatic and symptomatic pepper leaf samples with viral affecting like symptoms were randomly collected from fields and greenhouses of Tehran province. Plant samples were tested for the presence of ToRSV using Double Antibody Sandwich Elisa (DAS-ELISA) and Dot immunobinding assay (DBIA). Results indicated that 22% of the samples were infected with ToRSV. Bioassay was performed with the mechanical inoculation of herbaceous indicator plants to evaluate the biological properties of the detected isolates. The morphological features of the virus isolates were studied using Immunosorbent electron microscopy (ISEM). Specific pair of primers designed on the basis of a portion of the RdRP gene sequence and the presence of the ToRSV was confirmed with the reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) for serologically detected samples. An PCR amplicon of a sequence related to the RdRP gene from a representative isolate, was selected and cloned into the pTZ57R/T plasmid vector. Recombinant plasmid contained ToRSV-RdRP gene was transformed into Escherichia coli DH5α. Recombinanat plasmid was isolated and the inserted DNA fragment was sequenced and submitted to NCBI with accession number (JQ972695). At the deduced amino acid and nucleotide sequence levels of the RdRP gene, Iranian ToRSV isolate showed 94-98% and 87-94% identity to corresponded American isolates respectively. Results of this study could be useful for ToRSV detection, host range determination, distribution condition and designing of control management strategies against ToRSV in pepper fields of Iran.}, keywords = {ToRSV,cloning,phylogenetic analysis,RT-PCR,Sequencing}, title_fa = {ویژگی های مولکولی و زیستی جدایه های ویروس لکه حلقوی گوجه فرنگی آلوده کننده فلفل در استان تهران}, abstract_fa = {ویروس لکه حلقوی گوجه فرنگی یا Tomato ringspot virus (ToRSV) یکی از عوامل تهدید کننده کشت سبزیجات در جهان است. در طی فصول زراعی سال های 1391-1389 تعداد 110 نمونه برگی دارای علایم مشکوک به آلودگی ویروسی و یا بدون علایم به صورت تصادفی از فلفل قلمی مزرعه ای و گلخانه‌ای استان تهران جمع آوری شد. با استفاده از آزمون های‌ سرولوژیکی Double ،Antibody Sandwich Elisa (DAS-ELISA)  وDot immunobinding assay (DBIA)  حضور ویروس در 22% نمونه ها تائید شد. خصوصیات بیولوژیکی جدایه های  ویروس با مایه زنی مکانیکی گیاهان محک و ویژگی های مورفولوژیک آن ها با مشاهده پیکره های ایزومتریک با روش Immunosorbent electron microscopy (ISEM) مورد بررسی قرار گرفت. آلودگی نمونه های گیاهی به ToRSV با استفاده از آزمون reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) و کاربرد آغازگر اختصاصی طراحی شده در این تحقیق جهت تکثیر قسمتی از ژن تولید کننده پلیمراز ویروس مورد تائید قرار گرفت. قطعه ژنی تکثیر شده مربوط به یکی از جدایه ها در پلاسمید pTZ57R/T وارد و به سویه DH5α باکتری E. coli انتقال داده شد و همسانه سازی قسمتی از ژن پلیمراز ویروس انجام پذیرفت. پلاسمید همسانه سازی شده استخراج و سپس ترادف قطعه ژنتیکی مربوط تعیین گردید و با کد دسترسی JQ972695 در NCBI ثبت گردید. مقایسه با استفاده از ابزار جستجوی Blast میزان 94-87 % شباهت بر مبنی توالی نوکلئوتیدی و 98-94% شباهت بر مبنی توالی اسید آمینه ای بین نژادهای ایرانی و آمریکایی  مشخص شد. داده های این بررسی می تواند جهت ردیابی، بررسی پراکنش و دامنه میزبانی و استفاده در روش های مدیریت مبارزه با ویروس در مزارع فلفل ایران}, keywords_fa = {ToRSV,همسانه سازی,RT-PCR,phylogenetic analysis,Sequencing}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1341.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1341_c1f0d8192a1d96c89c335f58ffbbb9ea.pdf} } @article { author = {Saeid Pour, Ali and Kavousi, Hamid Reza and Mohammadi Nezhad, Qasem and Khosravi, Sara}, title = {Gene Expression Analysis of NHX to Salinity stress in Safflower (Carthamustinctorius‌L.)}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {6}, number = {4}, pages = {91-100}, year = {2015}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2015.1342}, abstract = {Safflower (Carthamustinctorius L.) belongs to the Asteraceae familyand its high resistance to environmental stresses, cased it can be used as a model plant for investigatingthe molecular basis of stress tolerance. There is a major mechanism in the plants to transfer cytosol Na+reducing its toxic effects. In this mechanism the excess of Na+ was pumped in the vacuoles or tissues with less sensitive. This displacement was carried by vacuole antiporter (NHX). In this study, the pattern of NHX expression was studied in safflower under salt stress by using semiquantitative RT-PCR. In this experiment,14-days-old plants of resistant variety of safflower, PBR-321, were subjected to NaCl treatment (with five concentrations of 50, 100, 150 and 200mM). Sampling of control and treated plants were performed at different time points (6, 12, 24 and 48 hours) after all four salt treatments. The results showed that expression rate of NHX geneincreased in all concentrations at different times than control plant.  Maximum expression levels at different timeswere observed in 150mM of Sodium chloride. Totally, NHX antiporterhas important role in response to salt stress is safflower.}, keywords = {Safflower,Sodium chloride,Vacuole antiporter,Semiquantitative RT-PCR}, title_fa = {بررسی بیان ژن NHX در گیاه گلرنگ تحت تنش شوری}, abstract_fa = {گیاه گلرنگ (Carthamus tinctorius L.) از خانواده آفتابگردان (Asteraceae) می­باشد. به دلیل مقاومت بالای گلرنگ در مقابل تنش­های محیطی، می­توان از آن به عنوان گیاه مدل جهت مطالعه اساس مولکولی تحمل به تنش­ها استفاده نمود. در گیاهان یک مکانیزم عمده در ترابری Na+ سیتوسولی و کاهش اثرات سمی آن وجود دارد که باعث جایگذاری مقادیر اضافی یون­های سدیم در واکوئل­ها یا بافت­هایی با حساسیت کمتر می­شود که این کار توسط آنتی پورتر غشای واکوئلی (NHX) صورت می­گیرد. در این تحقیق الگوی  بیان ژن NHX در گیاه گلرنگ تحت تنش شوری با استفاده از روش RT-PCR نیمه کمی مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور گیاهچه­های 14 روزه رقم نیمه مقاوم PBR-321 گلرنگ با غلظت­های 0، 50، 100، 150 و 200 میلی­مولار کلریدسدیم مورد تیمار قرار گرفتند. نمونه برداری از گیاهان شاهد و تیمار شده 6، 12، 24 و 48 ساعت پس از اعمال تنش صورت گرفت. نتایج حاصل از آنالیز مولکولی نشان داد که میزان بیان ژن NHX در تمام غلظت­های بررسی شده در ساعات مختلف نمونه­گیری در گیاهان تحت تنش نسبت به گیاه شاهد افزایش قابل توجهی نشان داد. حداکثر میزان بیان ژن در ساعات مختلف در غلظت 150 میلی­مولار کلریدسدیم مشاهده گردید. نتاج کلی نشان دهنده نقش ژن کدکننده آنتی­پورتر غشاء واکوئلی در پاسخ گیاه گلرنگ نسبت به تنش شوری می­باشد.}, keywords_fa = {گلرنگ,آنتی پورتر واکوئلی,کلرید سدیم,RT-PCR نیمه کمی}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1342.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1342_b4afc1252388dd95b3321b8c3bcd7a10.pdf} } @article { author = {Arefnejad, Babak and Kohram, Hamid and Moradi Shahrbabak, Mohammad and Shakeri, Malak and Dong, Yang and Zhang, Xiaoli and Wang, Wen and Hoseini Salekdeh, Ghasem}, title = {Genic Variant Detection of Caspian Horse Using High-throughput Sequencing Technology}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {6}, number = {4}, pages = {101-116}, year = {2015}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2015.1343}, abstract = {Recently, new advanced high-throughput sequencing technology as a novel tool has opened the way to study of genomic variants and functional information stored within farm animals. The Caspian horse is one of the valuable horses ever exist in the world. Hence, propose of this study was to investigate genetic variants of single nucleotide polymorphisms, insertion and deletions and copy number variations within the genome of Caspian horse and their involved biological pathways. Using high-throughput sequencing technology, we generated 108 Gb (Average depth of 45.8) of DNA sequence from three Caspian horse mares resulting in an average of 14.41X coverage and 76.4% covered with reference genome. Using a stringent filtering method, we identified 1666717 single nucleotide polymorphisms, 358020 insertion and deletions, and 3109 copy number variations. Functional clustering analysis of genic variants revealed that most of the genetic variants in the Caspian horse’s genome were enriched in nervous system, GTP-related signal transduction, cellular morphogenesis, cytoskeleton organization, vascular development and cellular movement. Moreover, we have detected structural variations as like as inversion, intra- and inter-chromosomal translocations, large insertion and deletions which could be useful for marker based population genetic investigation}, keywords = {High-throughput sequencing,Caspian horse,Genic variants,Biological pathways}, title_fa = {شناسایی واریانت‌های ژنی اسب کاسپین با استفاده از نسل جدید توالی‌یابی ژنوم با کارایی بالا}, abstract_fa = {تکنیک‌های نوین توالی‌یابی با کارایی بالا به عنوان رهیافت نوینی در شناسایی واریانت‌های ژنتیکی و اطلاعات عملکردی در گونه‌های بسیاری از چمانگان قرار گرفته‌اند. اسب کاسپین با توجه به ویژگی‌های منحصر به فرد ژنتیکی و فنوتیپی خود، یکی از نژاد‌های مهم اسب در ایران و جهان است. از این‌رو، پژوهش حاضر به شناسایی واریانت‌های ژنتیکی چندشکلی‌های تک نوکلیوتیدی، حذف و اضافه‌های کوتاه و واریانت‌های تعداد در نسخه (CNV) در اسب کاسپین و بررسی نقش آن‌ها در فرآیند‌ها و مسیرهای بیولوژیک ویژه پرداخته است. با استفاده از توالی‌یابی با کارایی بالا، Gb108 از DNA ژنومی سه مادیان کاسپین با میانگین عمق 8/45 توالی‌یابی شدند. این توالی‌یابی با میانگین همپوشانی 41/14 کم و بیش 4/76 درصد از ژنوم رفرانس اسب را پوشش داد. با استفاده از فیلترینگ سختگیرانه 1666717 چندشکلی تک نوکلیوتیدی، 358020 حذف و اضافه‌های کوتاه و CNV 3109 شناسایی شدند. کلاسترینگ عملکردی واریانت‌های ژنی اسب کاسپین نشان داد که بیشتر این واریانت‌ها در ژن‌های مرتبط با فرآیندهای سیستم عصبی، تنظیم ورارسانی فرسته‌های بیوشیمیایی مرتبط با گوانیدین تری‌فسفات، موفوژنز سلولی، سازمان‌بندی اسکلت سلولی، توسعه رگی، جنبایی سلولی و انتقال غشایی روی داده است. فزون ‌بر این، واریانت‌های ساختاری ژنوم اسب کاسپین مانند اینورژن‌ها و جا‌به‌جا شدگی‌ها و نیز حذف و اضافه‌های بزرگ ژنومی که در این پژوهش شناسایی شدند، می‌توانند در طراحی نشانگرهای ژنتیکی برای کارهای اصلاح نژادی و نیز بررسی‌های جمعیتی سودمند واقع شوند}, keywords_fa = {توالی‌یابی با کارایی بالا,اسب کاسپین,واریانت ژنتیکی,مسیر‌های بیولوژیک}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1343.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1343_a18ac291149a50ca0ed96346f9e54192.pdf} } @article { author = {Farrokhi, Javad and Darvish Zadeh, Reza and Hatami Maleki, Hamid and Nasseri, Lotf Ali and Asghari, Farhad}, title = {Identification of microsatellite markers linked to morphological and biochemical traits in Iranian native apple (Malus × domestica .Borkh) cultivars}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {6}, number = {4}, pages = {117-128}, year = {2015}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2015.1344}, abstract = {In this study, genetic fingerprinting of 44 Iranian native apple cultivars were done using 16 simple sequence repeat pairs of  primers and then the association of these markers with 16 morphological and biochemical traits were inspected. Based on marker data, 45 alleles were identified using 16 SSR pairs of primers. The number of allele per SSR locus was varied between 2 to 5 with mean of 2.8. Here in, the mean of number of effective allele was 2.2. Polymorphism information content ranged from 0.18 to 0.76 with mean of 0.49. To identify positive markers associated with studied traits, step wise regression was done among marker data as independent variables and studied traits as dependent variables. Results revealed that there is not any linked marker for traits including chlorophyll index, angle of branch and trunk cross sectional area. Considering to association analysis, thirteen traits include fruit volume, fruit diameter, fruit weight, fruit length, fruit firmness, days to ripening, organic acid content, total soluble solids, vitamin C, pH, leaf size, internodes length and tree height had linked SSR markers. The maximum number of allele (6 alleles) was seen for days to ripening and minimum number of allele (1 allele) was seen for traits including PH, fruit weight, fruit firmness and tree height. Regarding linkage between some SSR alleles with some traits, this is possible to use these markers in apple breeding programs effectively.}, keywords = {Apple,Genetic fingerprinting,Microsatellite marker,Association analysis}, title_fa = {شناسایی نشانگرهای ریزماهواره مرتبط با صفات مورفولوژیک و بیوشیمیایی در ارقام سیب بومی ایران (Malus × domestica .Borkh)}, abstract_fa = {در این مطالعه، انگشت‌نگاری ژنتیکی 44 رقم سیب بومی ایران با استفاده از 16 جفت آغازگر ریز­ماهواره (SSR) انجام گرفته و سپس ارتباط این نشانگرها با 16صفت مورفولوژیکی و بیوشیمیایی مختلف بررسی شد. بر اساس داده‌های نشانگری، در مجموع 45 آلل توسط 16 جفت آغاز ریزماهواره شناسایی شد. تعداد آلل­‌ها در هر مکان ریزماهواره بین 2 الی 5 عدد متغیر بود و متوسط تعداد آلل 8/2 به دست آمد. در این مطالعه میانگین تعداد آلل مؤثر 2/2 بود محتوای اطلاعات چندشکل از 18/0(Hi03ao3) الی 76/0(CH03c02) نوسان داشت و میانگین آن 49/0 بود. برای شناسایی نشانگرهای مرتبط با صفات مورد مطالعه، تجزیه رگرسیون گام به گام بین داده‌های نشانگری (متغیرهای مستقل) و صفات مورد مطالعه (متغیرهای وابسته) انجام گرفت. نتایج تجزیه ارتباط نشان داد که برای سه صفت زاویه شاخه، شاخص کلروفیل و مساحت مقطع عرضی تنه هیچ نشانگر پیوسته­‌ای وجود ندارد. با توجه به نتایج تجزیه ارتباط، سیزده صفت شامل وزن میوه، حجم میوه، طول میوه، قطر میوه، سفتی میوه، تعداد روز برای رسیدن، اسید آلی، میزان مواد جامد محلول، ویتامین ث، pH، اندازه برگ، طول میان‌گره­‌ها و ارتفاع درخت دارای نشانگرهای ریزماهواره مرتبط با آن‌ها بودند. بیش‌ترین تعداد الل (6 عدد) برای صفت تعداد روز برای رسیدن و کمترین تعداد الل (1 عدد) برای صفات pH، وزن میوه، سفتی میوه و ارتفاع درخت مشاهده گردید. با توجه به پیوستگی برخی از آلل‌های ریزماهواره با برخی از صفات، می­‌توان از این نشانگرها در برنامه‌های به‌نژادی سیب به طور موثری استفاده نمود.}, keywords_fa = {سیب,انگشت‌نگاری ژنتیکی,نشانگر ریزماهواره,تجزیه ارتباط}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1344.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1344_1d81f0f9c654b5b9301b8b6450891b37.pdf} } @article { author = {Qareqani pour, Narges and shiran, Behrouz and Khoddam Bashi, Mahmoud and Molaei, Alireza}, title = {Study of Proline accumulation and gene expression of P5CS in leaves and flower buds of common bean cultivars under drought stress}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {6}, number = {4}, pages = {129-142}, year = {2015}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2015.1345}, abstract = {Eleven common genotypes belonging to two different groups (cranberry bean and lima bean) were submitted to drought stress during vegetative and reproductive stage under controlled glasshouse condition. Drought stress was induced at vegetative stage with the appearance of the third trifoliate and at reproductive stage when flower buds were passing through meiosis. Then proline level and D-1-proline -5-carboxylate synthetase (P5CS) gene expression were analyzed. In all genotypes free proline accumulated under drought stress, however proline levels increased earlier in drought-tolerant genotypes compared to more susceptible ones and so the content of free proline in bean flower buds was 10-fold higher than leaves under both conditions of drought and control. The expression of key gene in proline metabolism (P5CS), was studied in the leaves and flower buds of experimental plants by semi-quantitative RT-PCR under drought stress. This abiotic stress caused significant up-regulation of the expression of P5CS. An increase of expression of P5CS was observed in drought-resistant genotypes of bean, compared with sensitive ones. This may be resulted from an increase of the level of final product of the gene. Expression of P5CS gene correlates with the proline levels found in leaf and flower buds tissue.}, keywords = {Common bean,Drought stress,Gene expression,Proline}, title_fa = {مطالعه تجمع پرولین و بیان ژن P5CS دربرگ‌ها و جوانه‌های گل ژنوتیپ‌های لوبیای معمولی تحت تنش خشکی}, abstract_fa = {یازده ژنوتیپ از دو گروه متفاوت لوبیا (لوبیا چیتی و لوبیا سفید) به منظور آزمون تحمل به تنش خشکی در طی مراحل رشد رویشی و زایشی انتخاب شدند. تنش خشکی در مرحله رشد رویشی با ظهور سومین سه برگچه‌ای و در مرحله زایشی هنگامی که جوانه‌های گل در حال گذر از میوز بودند اعمال شد. سپس محتوی پرولین و بیان ژن ∆-1- پرولین -5-کربوکسیل سنتتاز (P5CS) آزمون گردید. در همه ژنوتیپ‌ها با وقوع تنش خشکی پرولین تجمع یافت ولی افزایش سطح پرولین در ژنوتیپ‌های مقاوم در مقایسه با ژنوتیپ‌های حساس بیشتر بود.  همچنین محتوی پرولین در جوانه‌های گل لوبیا 10 برابر محتوی پرولین در برگ‌ها در هر دو شرایط کنترل و تنش بدست آمد. بیان ژن کلیدی در متابولیسم پرولین (P5CS) در برگ‌ها و جوانه‌های گل تحت تنش خشکی با استفاده از RT-PCR نیمه کمی مورد بررسی قرار گرفت. تنش محیطی سبب افزایش بیان معنی‌دار از ژن P5CS  گردید. این افزایش بیان در ژنوتیپ‌های مقاوم به خشکی قابل توجه‌تر از ژنوتیپ حساس به خشکی بوده و احتمالا باعث افزایش فرآورده نهایی این ژن می‌شود. همبستگی بین سطح پرولین و بیان ژن P5CS در برگ‌ها و جوانه‌های گل مشاهده گردید.}, keywords_fa = {بیان ژن,پرولین,تنش خشکی,لوبیای معمولی}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1345.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1345_54f0e358fa83f7eadb922ddc42b02f57.pdf} } @article { author = {Moradian, Hassan and Esmaeili Zadeh, Ali and Mohammad Abadi, Mohmmad Reza and Sohrabi, saeid}, title = {Identification of quantitative trait loci associated with weight and percentage of internal organs on chromosome 1 in Japanese quail}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {6}, number = {4}, pages = {143-158}, year = {2015}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2015.1346}, abstract = {The purpose of this study was to identify genomic regions affecting weight and percentage of internal organs on chromosome 1 in an F2 population of Japanese quail. A three-generation resource population was developed by using two distinct Japanese quail strains, wild (meat type) and white (layer type). Eight pairs of white and wild birds were crossed reciprocally and 34 F1 birds were produced. The F1 birds were intercrossed to generate 422 F2 offspring. Phenotypic data including weight of organs were collected on F2 birds. All of the animals from three generations (472 birds) were genotyped for eight microsatellite markers on chromosome 1. QTL analysis was performed with least square regression interval mapping method fitting three various statistical models. Significant QTL were identified for pre-stomach weight, uropygial gland weight, bursa of fabricius weight, gizzard weight, percentage of pre-stomach, percentage of intestine, percentage of uropygial gland and percentage of bursa of fabricius. The proportion of the F2 phenotypic variation explained by the significant additive, dominance and imprinted QTL effects ranged from 4.06 to 7.29%, 1.96 to 4.65% and 2.7 to 6.25%, respectively. The results of this study show that there are quantitative trait loci associated with weight and percentage of internal organs on chromosome 1 in Japanese quail, but more studies are needed to better understand genetic structure of these traits.}, keywords = {Japanese quail,Quantitative Trait Loci,microsatellite markers,F2 design}, title_fa = {شناسایی جایگاه های ژنی مرتبط با وزن و نسبت اندام های داخلی بدن روی کروموزوم شماره 1 بلدرچین ژاپنی}, abstract_fa = {هدف از انجام این پژوهش شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با وزن و نسبت اندام ­های داخلی بدن روی کروموزوم شماره 1 در یک جمعیت F2 بلدرچین ژاپنی بود. بدین منظور یک جمعیت سه نسلی از تلاقی دوجانبه دو سویه سفید (تخمگذار) و وحشی (گوشتی) بلدرچین ژاپنی ایجاد شد. 8 جفت بلدرچین سفید و وحشی تلاقی داده شد و تعداد 34 پرنده F1 تولید شد. از تلاقی پرندگان F1 تعداد 422 پرنده F2 تولید شد. رکوردهای فنوتیپی مربوط به وزن ارگان­های مختلف پرندگان نسل F2 ثبت شدند. تمامی پرندگان مربوط به هر سه نسل (472) برای 8 نشانگر ریزماهواره موجود بر روی کروموزوم 1 تعیین ژنوتیپ شدند. آنالیز QTL به روش مکان­یابی درون فاصله­ای مبتنی بر رگرسیون انجام گردید. پس از آنالیز، QTL های معنی­داری برای وزن پیش معده، وزن غده یوروپیجیال، وزن بورس­فابریسیوس، وزن سنگدان، درصد پیش­معده نسبت به وزن لاشه، درصد روده، درصد غده یوروپیجیال و درصد بورس­فابریسیوس شناسایی گردید. واریانس QTL برآورد شده در پژوهش حاضر برای QTL های با اثر افزایشی در محدوده 29/7 – 06/4 درصد، برای QTL های با اثر غلبه در محدوده 65/4 – 96/1 درصد و برای QTL های با اثر ایمپرینتینگ در محدوده 25/6 – 7/2 درصد بود. نتایج حاصل از این پژوهش نشان می دهد که جایگاه­های ژنی مؤثری بر وزن و درصد ارگان­های داخلی بدن روی کروموزوم 1 بلدرچین وجود دارد ولی برای درک بهتر ساختار ژنتیکی این صفات به مطالعات بیشتری نیاز است}, keywords_fa = {بلدرچین ژاپنی,جایگاه صفات کمی,نشانگرهای ریزماهواره,طرح F2}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1346.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1346_817b492480fdf38169d6a863ae736ef2.pdf} } @article { author = {Marmazi, Salem and Masoudi, Ali Akbar and Vaez Torshizi, Rasoul and Pakdel, Abbas}, title = {Differential Gene Expression of Glucose Transporter 1 (GLUT1) in Different Physiological Times in Mammary Glands of Iranian Adani Goats}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {6}, number = {4}, pages = {159-173}, year = {2015}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2015.1347}, abstract = {Lactose determines the milk volume of mammary gland due to osmotic property. Glucose is essential precursor for lactose synthesis, which is mainly absorbed by glucose transporter 1 from blood to mammary gland. In the current study, the transcription levels of GLUT1 have been investigated during prenatal, milking and drying times in mammary glands of Adani goats having high and low breeding values. At the first, breeding values of the animals were estimated by multi-trait random regression model. Then, the samples were taken by biopsy gun and Real-Time PCR method was applied to study the expression of GLUT1. The results indicated that all fixed factors including breeding value groups, sampling times and interaction between them were significant (p<0.005). In addition, the expression of the gene only was different at milking times between two breeding value groups, so that the high breeding value group showed more transcription levels compared with the other group. The expression pattern of this gene in mammary gland was also different between two breeding value groups. Minimum expression of GLUT1 was observed at the prenatal time in high breeding value group, however low breeding value group presented the lowest expression at the milking time. The expression differences observed between the two groups in milking time could be due to the nucleotide variations in transcription factor or miRNA binding sites. Therefore, analysis of nucleotide polymorphisms need to be investigated in coding and promoter regions of this gene in further studies on Adani goats.  }, keywords = {Glucose Transporter 1- Gene Expression - Mammary gland - Milk Yield Breeding Value- Adani Goats}, title_fa = {تمایز بیان ژن انتقال دهنده نوع 1 گلوکز (GLUT1) در زمان های متفاوت فیزیولوژیکی در غدد پستانی بزهای عدنی ایران}, abstract_fa = {لاکتوز، به دلیل خاصیت اسمزی، تعیین کننده حجم شیر پستان می­باشد. پیش ساز ضروری ساخت لاکتوز، گلوکز می­باشد که در پستان غالباً توسط انتقال دهنده نوع 1 گلوکز از خون جذب می­شود. در مطالعه اخیر، سطوح رونوشت برداری ژن انتقال دهنده نوع 1 گلوکز در غدد پستانی بزهای عدنی در پیش از زایمان، تولید شیر و زمان خشکی در دو گروه از دامهای با ارزشهای اصلاحی بالا و پایین برای صفت تولید شیر مورد مقایسه قرار گرفت. به همین منظور ابتدا ارزش­اصلاحی به کمک روش رگرسیون تصادفی چند صفتی تخمین زده شد. سپس، از بافت پستانی توسط تفنگ بیوپسی نمونه­برداری صورت گرفت و از روش Real Time PCR برای مطالعه بیان ژن مورد نظر استفاده گردید. براساس نتایج تحقیق حاضر، تمامی عوامل ثابت مدل که شامل گروه ارزش­اصلاحی، مرحله نمونه­برداری و اثر متقابل بین این دو عامل بودند، معنی­دار گردید (005/0>p). همچنین، بیان این ژن فقط در زمان تولید شیر بین دو گروه ارزش­اصلاحی متفاوت بود، به طوری که بیشترین سطح رونوشت برداری در گروه دارای ارزش­اصلاحی بالا مشاهده شد. الگوی رونوشت برداری این ژن در غده پستانی بین دو گروه نیز متفاوت بود، به طوری که حداقل بیان این ژن در گروه با ارزش­اصلاحی بالا در پیش از زایمان بود، اما در گروه دیگر کمترین بیان در زمان تولید شیر بود. مشاهده بیان متفاوت بین دو گروه در زمان تولید شیر می­تواند حاکی از تغییرات نوکلئوتیدی در جایگاه فاکتورهای رونویسی و یا محل اتصال miRNAها باشد}, keywords_fa = {انتقال دهنده نوع 1 گلوکز,بیان ژن,غده پستانی,تولید شیر,بز عدنی}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1347.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1347_02f8ac231963888f9163e2bb3084d213.pdf} }