@article { author = {Ebrahimi, Raheleh and Jafari, Morad and Qadim Zadeh, Morteza and Abdollahi, Babak}, title = {Optimization of induction and culture conditions of transgenic hairy roots in the medicinal plant Scrophularia deserti}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {7}, number = {4}, pages = {1-20}, year = {2016}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2016.1387}, abstract = {Scrophularia deserti is an important medicinal plant belonging to the Scrophulariaceae family. Research has demonstrated that extracts of the plant have antidiabetic and anticancer effects. This species is a valuable source of biologically active compounds, specially iridoid glycosides and flavonoids. Hairy root system can be used for the in vitro production of pharmaceutically valuable compounds. In this research, transgenic hairy root induction was established through the mediation of the A13 strain of Agrobacterium rhizogenes. The effects of various explants (seedling without radicle, cotyledon and leaf) prepared from in vitro grown plants at different ages (10, 18, 25, 50 and 72-day old) and three different inoculation times (5, 15 and 30 min) on the efficiency of hairy root induction were investigated. The maximum hairy roots (22.33 roots per explant) induced from 18-day-old seedlings explants inoculated with bacterial suspension for 5 min. The transgenic status of hairy roots was confirmed by PCR using rolA and rolB genes-specific primers. Four different culture media (MS, half strength MS, B5 and PGoB) were used to determine the best suitable media composition for the optimum cell growth of two hairy root lines (G and H). The results revealed that MS medium was superior for growth and high biomass production of hairy roots . Hairy root line H showed maximum biomass production (16.33 mg/30 ml culture medium, in terms of fresh weight) after 4 weeks of culture. Hairy root lines developed in this study can be used to investigate the production of pharmaceutically important metabolites of S. deserti.}, keywords = {Scrophularia deserti,transgenic hairy root,explant,culture medium}, title_fa = {بهینه سازی القاء و شرایط کشت ریشه‌های مویین تراریخته در گیاه دارویی گل میمونی بیابانی (Scrophularia deserti)}, abstract_fa = {گل میمونی بیابانی یک دارویی مهم متعلق به خانواده Scrophulariaceae است. تحقیقات نشان داده است که عصاره این گیاه دارای خواص ضد دیابتی و ضد سرطانی است. این گونه منبع با ارزشی از ترکیبات فعال بیولوژیکی مخصوصا گلیکوزیدهای ایروئیدی و فلاونوﺋﻴﺪها است. سیستم ریشه مویین می­تواند برای تولید درون شیشه­ای ترکیبات با ارزش دارویی استفاده شود. در این تحقیق، ریشه­های مویین تراریخته در گل میمونی بیابانی بواسطه تلقیح با باکتری Agrobacterium rhizogenes سویه A13 تولید شدند. تأثیر ریزنمونه­های مختلف (گیاهچه بدون ریشه­چه، کوتیلدون و برگ) تهیه شده از گیاهچه­های درون شیشه­ای با سنین مختلف (10، 18، 25، 50 و 72 روزه) در 3 زمان مختلف تلقیح (5، 15 و 30 دقیقه) بر کارآیی القاء ریشه مویین مورد بررسی قرار گرفت. حداکثر تعداد ریشه­های مویین (33/22 ریشه در هر ریزنمونه) در ریزنمونه­های گیاهچه­ای 18 روزه تلقیح شده با باکتری به مدت 5 دقیقه حاصل شد. تأیید تراریختی ریشه­های مویین بوسیله PCR با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن­های rolA و rolB انجام گرفت. برای تعیین محیط کشت مناسب برای رشد بهینه ریشه­های مویین، دو لاین G و H در چهار محیط کشت مختلف(MS،MS  ½، B5 و PGoB) کشت شدند. نتایج نشان داد که MS بهترین محیط کشت برای افزایش زیست توده ریشه­های مویین است. لاین H بیشترین زیست­توده (33/16میلی­گرم در 30 میلی­لیتر محیط کشت) را بعد از 4 هفته کشت تولید کرد. سیستم ریشه مویین ایجاد شده در این مطالعه می­تواند برای بررسی تولید متابولیت­های مهم دارویی گل میمونی بیابانی استفاده گردد.}, keywords_fa = {گل میمونی بیابانی,ریشه مویین تراریخته,ریزنمونه,محیط کشت}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1387.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1387_ef74f66b982f12c9b8f4e7b8b25d5a13.pdf} } @article { author = {Asadian, Mehrdad and Qaranjik, Shahrokh and Mousavi, Amir and Farrokhi, Nasser}, title = {Molecular analysis of the second generation of transgenic wheat containing yeast acetyltransferase gene (AYT1)}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {7}, number = {4}, pages = {21-34}, year = {2016}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2016.1388}, abstract = {Wheat is one of the most important cereals that supply needs of the human food in all countries. Fusarium head blight (FHB), caused primarily by Fusarium graminearum is one of the most destructive diseases of wheat that produces the mycotoxin deoxynivalenol (DON), a protein synthesis inhibitor which is harmful to human and livestock. Chemical modification in DON structure could reduce DON accumulation in the grain. AYT1 gene, encoding an acetyltransferase enzyme plays a major role in reducing the toxicity of DON. In this study, we used molecular techniques such as PCR, RT-PCR and southern blotting to confirm the insertion and proper expression of this transgene in the second generation of transgenic wheat plants. Obtained results showed the presence of Ayt1 gene in most of the evaluated transformed plants, and transgene expression was confirmed by RT-PCR. Moreover, southern blot analysis for evaluation of transgene copy number showed more than one copy in some of the transgenic lines.}, keywords = {Fusarium Head bight,Deoxynivalenol,Acetyltransferase gene,Southern blotting}, title_fa = {آنالیز مولکولی و بررسی بیان ژن استیل ترانسفراز مخمریAYT1‌‌) ‌‌) جهت سم‌زدایی توکسین فوزاریومی DON در لاین‌های نسل دوم گندم تراریخته (Triticum aestivum )}, abstract_fa = {            گندم یکی از مهمترین غلات تامین­کننده نیازهای غذایی انسان در کشورهای مختلف جهان، بخصوص کشورهای در حال توسعه است. بلایت فوزاریومی سنبله گندم یکی از بیماری­های رایج و آسیب­رسان به این محصول است که عامل این بیماری قارچ Fusarium graminearum می­باشد. این بیماری علاوه بر تاثیر منفی بر روی عملکرد محصول، با تولید مایکوتوکسین­های خطرناکی نظیر توکسین دی­اکسی­نیوالنول (DON­) بر روی کیفیت دانه­های تولیدی نیز اثرات منفی می­گذارد و خطراتی را برای سلامتی انسان و دام در پی دارد. ایجاد تغییر شیمیایی در ساختار توکسین DON می­تواند از تجمع این توکسین درون دانه بکاهد. ژن ­AYT1­ کدکننده یک آنزیم استیل ترانسفرازی بوده و در کاهش سمیت توکسین DON نقش دارد. در این تحقیق گیاهان نسل دوم گندم تراریخته حاوی این ژن، جهت بررسی تلفیق پایدار و بیان مناسب ژن انتقال­یافته با استفاده از روش­های مولکولی شامل PCR، RT-PCR و روش دورگه سازی سادرن مورد آنالیز قرار گرفتند. نتایج به دست آمده حاکی از حضور پایدار و بیان مناسب ژن AYT1 در اکثر گیاهان نسل دوم گندم تراریخته مورد بررسی بود. واکنش RT-PCR از روی RNA استخراج شده در گیاهان تراریخته، نشان­دهنده رونویسی ژن در سطح RNA در 23 لاین از گیاهان مورد مطالعه بود. نتایج آنالیز دورگه­سازی سادرن جهت بررسی تعداد نسخه‌های ژنی ورودی در گیاهان تراریخته مورد بررسی، حاکی از ورود بیش از یک نسخه از ژن AYT1 در برخی از لاین­های مورد بررسی بود.}, keywords_fa = {گندم تراریخته,بلایت فوزاریومی,دی‌اکسی‌نیوالنول‌,ژن استیل ترانسفراز مخمری}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1388.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1388_fa1e10839a1bcaa4ae81615908722a0a.pdf} } @article { author = {Tourang, Sorraya and Shams Bakhsh, Masoud and Moeini, Ahmad}, title = {Elimination of Cucumber mosaic virus from gladiolus by meristem tip culture, thermotherapy and electrotherapy}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {7}, number = {4}, pages = {35-50}, year = {2016}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2016.1389}, abstract = {Flowers of Gladiolus sp. are among the top six flowers of export value and in Iran take the second place in the production of cut flowers. Cucumber mosaic virus is one of the most common viruses in gladiolus worldwide. As, the gladioli are propagated through corms, therefore viral diseases could be easily transmitted to the next generation. To produce healthy stock plants, it is important to produce and culture virus-free corms. In the present research, thermotherapy along with meristem culture, electrotherapy along with meristem culture and meristem culture alone were employed to eliminate CMV from infected gladiolus plants. CMV detection using DAS-ELISA showed that 73 percent of the regenerated plants were free of viruses whereas, RT-PCR analysis showed that 42 percent of plants were virus-free. The efficiency of virus elimination from thermo-treated meristems culture with size 0.5 were 100%. This is the first report of application of electrotherapy for CMV elimination from gladiolus plants and the best results were obtained by using 15 milliamps for 15 minutes. The results showed that thermotherapy along with meristem culture was a more efficient method for elimination of CMV from infected gladiolus plants.}, keywords = {Gladiolus,Cucumber mosaic virus,Virus elimination}, title_fa = {حذف ویروس موزاییک خیار از گلایل با استفاده از روش‎های کشت مریستم، گرمادرمانی و برق‎درمانی}, abstract_fa = {گل گلایل (Gladiolus sp.) جزء شش گل برتر صادراتی در دنیا می‎باشد و در ایران نیز مقام دوم تولید گل شاخه‎بریده را به خود اختصاص داده‎است. ویروس موزاییک خیار (Cucumber mosaic virus, CMV) از جمله ویروس‎های شایع گل گلایل است. از آنجاییکه گلایل به روش رویشی از طریق پداژه تکثیر می‎شود، آلودگی ویروسی به آسانی به نسل بعد منتقل می‎شود. از این‎رو کنترل ویروس‎های گلایل از طریق استفاده از گیاهان مادری سالم دست‎یافتنی است. در تحقیق حاضر روش‎های کشت مریستم و کشت مریستم همراه با گرمادرمانی و برق‎درمانی برای حذف CMV از گیاهان آلوده به‎کار گرفته و کارایی این روش­ها مقایسه­شد. در مجموع ردیابی CMV با استفاده از آزمون الایزا نشان داد که 73 درصد از گیاهان باززایی شده عاری از ویروس بودند درحالیکه ردیابی با آزمون RT-PCR نشان دادکه 42 درصد گیاهان عاری از ویروس شدند. بهترین نتیجه حذف ویروس از کشت مریستم گرمادرمانی شده در اندازه 5/0 میلی‎متر بدست آمد که در نتیجه همه­ی گیاهان تیمارشده عاری از ویروس شدند. این اولین گزارش از کاربرد برق‎درمانی برای حذف CMV از گیاهان گلایل آلوده می‎باشد، بهترین نتیجه برق درمانی از تیمار شدت جریان 15 میلی آمپر همراه با کشت مریستم به مدت 15 دقیقه به دست آمد. همچنین نتایج به­دست‎آمده نشان داد که گرمادرمانی همراه با کشت مریستم روش مناسب­تری برای حذف CMV از گیاهان گلایل آلوده بود.}, keywords_fa = {گلایل,ویروس موزاییک خیار,ویروس زدایی}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1389.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1389_c2af025daa5824d5c7a6e6270f8cfa40.pdf} } @article { author = {Javanmard, Arash and Ali Talesh, Leila and Moradi, Mohammad Hossein and Azizi, Zahra and Esmaeili Zadeh, Ali}, title = {Association between threshold size and motif length of microsatellite markers with growth traits and Keliber ratio in commercial goats}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {7}, number = {4}, pages = {51-66}, year = {2016}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2016.1390}, abstract = {Microsatellite genotyping can always be prone to genotyping errors which significantly affect the entire subsequent analysis. One of the new approaches to overcome this problem is an alternative method of using a clustering system of genotypes based on microsatellite motif length and allelic frequencies range instead of individual genotypes. The objective of the present study was to establish an association of 13 microsatellite markers, classified into three new groups based on allele size consisting homozygous for the short allele, homozygous for the long allele and the class of heterozygous for long and short alleles, with body weight and Keliber ratio in commercial Boer goats. The results after considering the fixed effects, revealed that the class of heterozygous for long and short alleles of TEXAN006 and CSSM32 loci were significantly associated with kids birth weight (P<0.05). The highest weaning weight was observed in individuals homozygous for long alleles at the BMC1009 locus (P<0.05). The BM4307, BM4621 and UWCA46 loci were also shown an association with average daily gain (P<0.05). In conclusion, the results showed that the use of motif length in the genotyping of microsatellite markers instead of genotype of each locus can minimize the genotyping errors and cause the higher probability to get a significant association with economically important traits.}, keywords = {microsatellite markers,Genotyping error,Motif length,Growth traits}, title_fa = {ارتباط بین حد آستانه‌ای و اندازه موتیف نشانگرهای ریزماهواره با صفات رشد و شاخص نسبت کلیبر دربزهای تجاری}, abstract_fa = {تعیین ژنوتیپ جایگاه­های ریزماهواره­ای همیشه با ریسک بروز خطا همراه است، که می­تواند به­طور معنی­داری کلیه نتایج حاصل از آنرا تحت­تأثیر قرار دهد. یکی از راهکارهای جدید برای حل این مشکل، استفاده از سامانه گروه­بندی جدید ژنوتیپی براساس ماهیت توالی موتیف و دامنه آللهای مشاهده شده به جای قرائت ژنوتیپ انفرادی هر جایگاه می­باشد. در این راستا، هدف از مطالعه حاضر ارزیابی ارتباط بین سه گروه بندی جدید ژنوتیپی هموزیگوت برای آلل­های کوتاه، هموزیگوت برای آلل­های بلند و هتروزیگوت برای ترکیب آلل­های کوتاه و بلند برای تعدا کل 13 جایگاه ریزماهواره با صفات رشد و شاخص نسبت کلیبر در بزهای تجاری بوئر بود. پس از تصحیح اثرات ثابت، نتایج مطالعه حاضر نشان داد که گروه ژنوتیپی هتروزیگوت در جایگاههای TEXAN006 وCSSM32  تاثیر معنی­داری بر روی صفت وزن تولد بزغاله­ها دارند (P<0.05). همچنین افراد متعلق به گروه هموزیگوت برای آلل­های بلند در جایگاه BMC1009 به طور معنی­دار دارای وزن از شیرگیری بالاتری در مقایسه با دیگر گروه­های ژنوتیپی بودند (P<0.05). علاوه بر این ارتباط معنی­داری درجایگاه­های ریزماهواره­ای BM4307، BM4621 و UWCA46 با صفت افزایش وزن روزانه مشاهده گردید (P<0.05). در مجموع نتایج مطالعه حاضر نشان داد، که دیدگاه گروه­بندی جدید آللهای مشاهده شده در جایگاه ریزماهواره بر مبنای تغییر طول موتیف می­تواند خطاهای تعیین ژنوتیپ ناشی از وجود باندهای کاذب در سیستم تعیین ژنوتیپ انفرادی را حداقل نماید و شانس بالاتری را برای مشاهده همبستگی بین این جایگاهها و صفات اقتصادی مورد ارزیابی ایجاد کند.}, keywords_fa = {نشانگرهای ریزماهواره,خطای تعیین ژنوتیپ,طول موتیف,صفات رشد}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1390.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1390_7d3aa5710f982bf729086fd5a6bb77e6.pdf} } @article { author = {Heydari Nezhad, Amir Masoud and Baba zad, Vali Allah and Rahimian, Heshmat Allah}, title = {Studying PR2 and PAL genes involvement in rice resistance against Acidovorax avenae subsp. Avenae}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {7}, number = {4}, pages = {67-82}, year = {2016}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2016.1391}, abstract = {Plant diseases are one of the major constraints of agricultural productions. Rice bacterial brown stripe, caused by Acidovorax avenae subsp. avenae is recognized by producing water-soaked and brown stripes on leaves and sheaths of rice seedlings in nursery. Plants have several acquired defense mechanisms to deal with pests and pathogens. The rice plant resistance genes (R genes), such as pathogenesis related proteins play an important role in rice-pathogen interactions. This research aimed to study the role of PR2 and PAL pathogenesis related genes in local Tarom and Sahel Rice cultivars inoculated with an incompatible strain of bacterial brown stripe using the Quantitative Real-time PCR technique. Sampling of leaves inoculated with bacterial suspensions was performed at different time courses. Total RNA extracted from samples then complementary DNA (cDNA) synthesized and target genes expression level were evaluated. The results of this study showed that the expression level of PR2 and PAL genes has greatly increased in Sahel resistant cultivar in comparison to Tarom susceptible cultivar. Increased expression level of the aforesaid genes, proves the role of these genes in resistance of rice plants against bacterial brown stripe disease.}, keywords = {RNA,rice,Gene expression,Resistance,Real-time PCR}, title_fa = {مطالعه نقش ژن‌هایPR2 وPAL در مقاومت گیاه برنج به باکتری Acidovorax avenae subsp. Avenae}, abstract_fa = {بیماری‌های گیاهی یکی از محدودیت‌های بزرگ در تولید محصولات کشاورزی به شمار می‌روند. نواری قهوه‌ای باکتریایی برنج با عامل Acidovorax avenae subsp. avenae از جمله بیماری‌های برنج است که در خزانه روی برگ و غلاف گیاهچه‌ها نوارهای آبسوخته و قهوه‌ای ایجاد می‌کند. گیاهان همواره برای مقابله با آفات و بیمارگرها مکانیسم‌های دفاعی مختلفی کسب کرده‌اند. در این میان ژن‌های مقاومت گیاه برنج (R genes)، از جمله پروتئین‌های در ارتباط با بیماری‌زایی نقش مهمی در تعامل برنج با عوامل بیماری‌زا دارند. هدف از این مطالعه بررسی نقش ژن‌های‌ مرتبط با بیماری‎زایی PR2 و PAL در دو رقم برنج طارم محلی و ساحل در طی تیمار با جدایه بیماری‌زای باکتری عامل نواری قهوه‌ای با استفاده از تکنیک Quantitative Real-time PCR است. نمونه برداری از برگ‌های تلقیح شده با سوسپانسیون باکتری در بازه‌های زمانی مختلف صورت گرفت. از نمونه‌ها RNA کل استخراج و DNA مکمل ساخته شد. بیان ژن‌های هدف مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج آماری حاصل از این پژوهش نشان داد که بیان ژن‌های PR2 و PAL در رقم مقاوم ساحل نسبت به رقم حساس طارم محلی پس از مایه زنی به شکل معنی داری افزایش یافت. افزایش نرخ بیان دو ژن مورد بررسی، حاکی از نقش این دو ژن در مقاومت گیاه برنج به باکتری عامل بیماری نواری قهوه‌ای می‌باشد}, keywords_fa = {RNA,برنج,بیان ژن,مقاومت,Real-time PCR}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1391.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1391_1aa16f60512297644cd39b720cb0f0e8.pdf} } @article { author = {Sajjadi, Saeideh and Bahreini Behzadi, Mohammad Reza and Fardaei, Majid}, title = {Sequencing of third exon of IGF1 gene in sheep}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {7}, number = {4}, pages = {83-96}, year = {2016}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2016.1392}, abstract = {Insulin-like growth factor is a single-chain polypeptide. The Molecular weight of it is 7.5 KDa. This factor is insulin like activity and the most important growth factor in the body and plays important role in the proliferation, differentiation and cells growth. IGF1 gene located on chromosome 3 in sheep. This gene is more proposed as a candida gene for growth and meat quality traits in animal genetic improvement programs. The aim of this research is to find Polymorphisms in the third exon. In this research blood samples of breeds of 25 sheep include Mehraban, Karakul, Ghezel, Lak Ghashghaei and Bahmaei were collected with EDTA tube. The DNA was extracted from blood samples and the third exon region was amplified with specific primers using PCR and sequencing. The results showed, there is 2 SNP in intron 2 and 3. Protein structure of IGF1 gene is investigated by using Swiss-pdb viewer software. Protein structure analysis showed that this protein is highly conserved of evolution. This protein has a structure consisting of an alpha helix with irregular structure.}, keywords = {Sequencing,polymorphism,IGF1 gene,Protein structure,sheep}, title_fa = {توالی‌یابی ناحیه اگزون سوم ژن IGF1 در گوسفند}, abstract_fa = {فاکتور رشد شبه انسولین (IGF1) پپتیدی تک زنجیره با وزن مولکولی ۵/۷ کیلو دالتون است. این فاکتور دارای فعالیتی شبیه انسولین بوده و مهمترین فاکتور رشد در بدن می­باشد که نقش مهمی در تکثیر، تمایز و رشد سلول­ها دارد. ژن IGF1 در گوسفند روی کروموزوم شماره ۳ قرار دارد. این ژن بیشتر به عنوان یک ژن منتخب برای پیش‌بینی رشد و صفات کیفی گوشت در برنامه­های بهبود ژنتیکی حیوانات مطرح است. هدف از این تحقیق، یافتن چند­شکلی در ناحیه اگزون سوم ژن IGF1 در گوسفند بود. در این پژوهش از تعداد 25 رأس گوسفندان نژاد مهربان، قره‌گل، قزل، لک‌قشقایی و بهمئی به طور تصادفی با تیوب­های حاوی EDTA خونگیری شد. پس از استخراج DNA، ناحیه اگزون سوم توسط آغازگر­های اختصاصی با روش PCR تکثیر و تعیین توالی گردید. نتایج نشان داد که دو چندشکلی در اینترون دوم و سوم وجود دارد. همچنین ساختار پروتئین ژن IGF1 با استفاده از نرم افزار Swiss-pdb viewer و VMD مورد بررسی قرار گرفت. نتایج این بررسی نشان داد که این ژن دارای سطح بالایی از حفاظت‌شدگی تکاملی است و این پروتئین دارای ساختاری متشکل از مارپیچ‌های نامنظم آلفا می­باشد.}, keywords_fa = {توالی‌یابی,چندشکلی,ژن IGF1,ساختار پروتئین,گوسفند}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1392.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1392_f1e9dfa842943c34930bef5c36e1614c.pdf} } @article { author = {Sayyari, Mohammad and Baba Zad, Vali Allah and Tajik Qanbari, Mohammad Ali and Rahimian, Heshmat Allah}, title = {Resistance of Two Rice Cultivars to the Sheath Blight Agent Rhizoctonia solani AG1-1A}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {7}, number = {4}, pages = {97-112}, year = {2016}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2016.1393}, abstract = {Contamination of ecosystems upon excessive use of pesticides and emergence of resistance in pathogens to these chemicals makes continuous research on development of new control methods and strategies to combat plant pathogens an essential task. Plant disease resistant genes are useful genetic resources that can be employed to develop resistant varieties as the best alternative to other control measures. The present investigation was carried out to analyze the interaction of two major rice cultivars grown in Northern provinces, with Rhizoctonia solani, the causative agent of rice sheath blight disease. Binam and Khazar known as the resistant and susceptible cultivars, respectively, were inoculated and their reaction to R. solani determined. The lesions in the sheath of the susceptible cultivar were twice in length compared to those on the resistant cultivar. Analysis of data by the Student’s T test showed existence of significant difference (P value < 0.05) between the two cultivars. To determine the expression profile of the genes involved in resistance to R. solani, samples were taken from leaves of two weeks old seedlings in different time courses post inoculation. RNA was extracted from the samples and analyzed by quantitative real time PCR. Results of the present study indicated that expression rates of PR-5, Proxidase, PR-10, Defensin, Thionin, and NH-1 in resistant genotype (Binam) increased greatly after inoculation with R. solani when compared to Khazar cultivar. The outcomes of this study also suggest that the genes under study are involved in resistance mechanisms of rice against sheath blight disease.}, keywords = {Pathogenesis-Related genes,Gene expression,rice,NH1,cDNA,Real-time Q-PCR}, title_fa = {بررسی مقاومت دو رقم برنج در تعامل با قارچ عامل سوختگی غلاف،AG1-1A Rhizoctonia solani}, abstract_fa = {برنج از مهم­ترین گیاهان زراعی دنیا می­باشد که سطح وسیعی از اراضی زراعی قابل کشت را به خود اختصاص داده است. Rhizoctonia solani یکی از قارچ های بیماریزا است که خسارت عمده ای به محصولات مختلف زراعی وارد می سازد. زیرگروه آناستوموزی  AG1-1Aاین قارچ، برنج را مورد حمله قرار داده و باعث ایجاد بیماری سوختگی غلاف برنج می شود. این بیماری به عنوان یکی از مهمترین بیماری های قارچی در مناطق برنجکاری دنیا شناخته شده است. به دلیل آلودگیهای زیست محیطی توسط مصرف بی رویه آفت کش ها جهت کنترل این بیماری از یک سو و مقاومت پاتوژن به این مواد شیمیایی از سویی دیگر، مطالعه مستمر برای ارایه روش و یا روش های جدید و متفاوت جهت مقابله با این بیماری  ضروری به نظر می رسد. ژن‌های مقاومت در گیاهان که منابع ژنتیکی با ارزشی هستند را می توان در این راستا استفاده کرد. بررسی های مولکولی جهت ردیابی میزان بیان ژن های فوق بسیار با ارزش است. این تحقیق با هدف آنالیز مولکولی دو رقم برنج بینام و خزر در مقابل با قارچ Rhizoctonia solani عامل سوختگی غلاف انجام شد. طول لکه های حاصل از تلقیح پاتوژن در رقم خزر به طور تقریبی دو برابر رقم بینام بود. در نتیجه رقم بینام به عنوان ژنوتیپ مقاوم و رقم خزر به عنوان ژنوتیپ حساس در مقابل بیماری سوختگی غلاف انتخاب شد. جهت تعیین نیم رخ ژنهای دخیل در مقاومت از برگ های گیاهچه های دو هفته ای  در ساعات مختلف پس از تلقیح نمونه برداری شد. پروفایل ژن های مورد آزمایش توسط تکنیک Real time Q-PCR بررسی شد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد بیان ژن هایPR-5، Proxidase، PR-10، Defensin، Thionin وNH-1  در رقم مقاوم بینام نسبت به رقم حساس خزر پس از مایه زنی به شدت افزایش یافت. در نتیجه به نظر می رسد ژن های فوق در مکانیسم های مقاومت گیاه برنج در تعامل با R. solani نقش داشته باشند.}, keywords_fa = {ژن های مرتبط با بیماری زایی,بیان ژن,برنج,NH1,cDNA,Real-time Q-PCR}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1393.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1393_1da49407a91db8fcc75deba1eecc1c88.pdf} } @article { author = {Taheri, Safoura and Zabet, Mohammd and Izanlou, Ali and Izadi Darbandi, Ali}, title = {Assessment of genetic diversity of fennel ecotypes using RAPD and ISSR markers}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {7}, number = {4}, pages = {113-128}, year = {2016}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2016.1394}, abstract = {Fennels have long been cultivated as an aromatic and medicinal plant in different regions with different climate in Iran.  In this study, the genetic diversity of 32 ecotypes of fennel was assessed by RAPD and ISSR markers. A total of 106 and 72 polymorphic fragments were amplified by RAPD and ISSR markers, respectively. Based on RAPD data, mean genetic diversity were 0.3739 and 0.552 by Nei (h) and Shannon's information index (I), respectively. Moreover, mean genetic diversity for ISSR marker were accordingly 0.2944 and 0.4563. The obtained average polymorphism content (PIC) by RAPD and ISSR markers were 0.4274 and 0.2192, respectively. Based on cluster analysis of RAPD and ISSR markers, the ecotypes were grouped in 7 and 11 clusters. These results indicate that the Iranian fennels have high genetic diversity, and RAPD and ISSR markers very well differentiated fennel genotypes based on the geographical distribution and climatic similarities. Understanding the genetic diversity can further help breeders in their breeding programs, especially in hybridization breeding, evolutionary and classifications studies.}, keywords = {Effective alleles,Cluster analysis,Genetic variation}, title_fa = {بررسی تنوع ژنتیکی اکوتیپ‏های رازیانه با استفاده از نشانگرهای ISSR و RAPD}, abstract_fa = {رازیانه بعنوان یک گیاه معطر و دارویی از زمان‏های بسیار دور توسط کشاورزان در مناطق مختلف ایران با  اقلیم های متفاوت کشت و کار می‏گردد. در این تحقیق، تنوع ژنتیکی 32 اکوتیپ رازیانه توسط دو نشانگر RAPD و ISSR مورد ارزیابی قرار گرفت. نشانگر RAPD در مجموع 106 قطعه چند شکل و توسط نشانگر ISSR ، 72 قطعه چند شکل تکثیر شد. باتوجه به داده‏های آغازگر RAPD و ISSR میانگین تنوع ژنی با استفاده از شاخص نی (h) برابر با 3739/0 و 2944/0 و با استفاده از شاخص اطلاعاتی شانون (i) برابر 552/0 و 4563/0 بدست آمد. میانگین محتوای چندشکلی (PIC) بدست آمده برای نشانگرهای RAPD و ISSR به ترتیب 4274/0 و 4192/0  برآورد گردید. در گروه‏بندی انجام شده براساس نشانگر RAPD اکوتیپ‏های مورد مطالعه در 7 و بر اساس نشانگر ISSR  در 11 گروه طبقه‏بندی شدند. این نتایج نشان می‏دهد که رازیانه‏های ایران دارای تنوع ژنتیکی بالایی هستند و نشانگرهای RAPD و ISSR  به خوبی ژنوتیپ‏های رازیانه را براساس توزیع جغرافیایی و تشابهات اقلیمی از هم تفکیک نمود. آگاهی از این تنوع ژنتیکی می‏تواند اصلاحگران را در برنامه‏های اصلاحی به خصوص دورگیری بین اکوتیپ های دور، مطالعات تکاملی و طبقه بندی یاری نماید.}, keywords_fa = {آلل‏های موثر,تجزیه خوشه ای,تنوع ژنتیکی}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1394.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1394_b8c3625291476eedad121a9cdc049e02.pdf} } @article { author = {Keshavarz Khoub, Mohammd Qasem and Qaranjik, Shahrokh and Masoumi Asl, Assad and Abdollahi, Babak}, title = {Evaluation of diversity and genetic relationships among some grapevine cultivars using ISSR markers}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {7}, number = {4}, pages = {129-142}, year = {2016}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2016.1395}, abstract = {In this research, genetic variation among 22 grapevine cultivars of Shahrood region and 3 cultivars from Sisakht city were evaluated using 6 ISSR primers. The used primers produced totally 69 bands, which 65 bands showed polymorphism among evaluated cultivars. Primers UBC825 with 16 bands and UBC857 with 6 bands produced the highest and lowest numbers of polymorphic bands, respectively. Polymorphism percentage using these markers was 94.1%. Mean of expected heterozygosis (He) and mean of Shannon index were 0.37 and 0.54, respectively. The highest (0.61) and lowest (0.48) amount of Shannon index was belong to the primers UBC 825 and UBC849, respectively. Also primer UBC825 showed the highest amount of the expected heterozygosity (0.42), highest number of effective allele (1.75) and highest number of different alleles (2). Cluster analysis using Jaccard similarity coefficients and UPGMA algorithm put the 25 studied cultivars in three different groups. The results of this study showed that ISSR markers can be used as effective tools to evaluate the genetic variation and to accelerate grapevine breeding programs.  }, keywords = {Genetic variation,Grapevine,Molecular marker,ISSR}, title_fa = {بررسی تنوع و روابط ژنتیکی برخی از ژنوتیپ‌های انگور Vitis vinifera L.)) با استفاده از نشانگرهای مولکولی ISSR}, abstract_fa = {در این تحقیق تنوع ژنتیکی 22 رقم انگور Vitis vinifera L.)) شهرستان شاهرود و 3 رقم انگور شهر سی­سخت با استفاده از 6 آغازگر مولکولی ISSR مورد ارزیابی قرار گرفت. نشانگرهای مورد استفاده در مجموع 69 باند تولید کردند که از این تعداد 65 باند در بین ارقام مورد استفاده چندشکل بودند. بیشترین باند چندشکل مربوط به آغازگر UBC825 با 16 باند و کمترین باند مربوط به آغازگر UBC857 با 6 باند بود. میانگین درصد چندشکلی آغازگرها 1/94 درصد محاسبه گردید. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار (He) و میانگین ضریب شانون (SI) برای این آغازگرها به ترتیب 37/0 و 54/0 بدست آمد. بیشترین مقدار ضریب شانون (61/0) مربوط به آغازگر UBC825 و کمترین میزان آن (48/0) مربوط به آغازگر UBC849 بود. همچنین  آغازگر UBC825 بیشترین مقدار هتروزیگوسیتی مورد انتظار (42/0)، بیشترین تعداد آلل­های موثر (75/1) و بیشترین تعداد آلل­های متفاوت (2) را نشان داد.گروه­بندی ژنوتیپ­ها به روش تجزیه خوشه­ای بر اساس ماتریس تشابه جاکارد و با استفاده از الگوریتم UPGMA ارقام مورد مطالعه را در سه گروه قرار داد. نتایج این تحقیق نشان داد که نشانگرهای ISSR می­توانند به عنوان ابزاری کارا در ارزیابی تنوع ژنتیکی و تسریع برنامه­های اصلاحی در انگور مورد استفاده قرار گیرند.}, keywords_fa = {تنوع ژنتیکی,انگور,نشانگرهای مولکولی,ISSR}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1395.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1395_958b8ad9d786041f29e8ccdcb2925124.pdf} } @article { author = {Vajed Ebrahimi, Mohammad Taqi and Mohammad Abadi, Mohammad Reza and Esmaeili Zade, Ali}, title = {Analysis of genetic diversity in five Iranian sheep population using microsatellites markers}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {7}, number = {4}, pages = {143-158}, year = {2016}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2016.1396}, abstract = {Indigenous races in each country are as a national capital and strategic product in the economy and prosperity of the country that maintenance of these races are very valuable. Due to the importance of maintaining diversity and identification of genetic resources in indigenous breeds, five breeds of Iranian sheep population (Arabi, Arman, Dalagh, Karakul and Lory) using four microsatellite markers (McMA2, McMA26, OarHH35 and BM6444 ) was evaluated in terms of genetic diversity. Genomic DNA was extracted from 225 blood samples by optimized salting-out DNA extraction procedure. The PCR reactions were successfully performed with all primers. The results showed that all loci were quite polymorph. Hardy-Weinberg equilibrium test using chi-square test showed that some various combinations of loci-population were in a state of Hardy-Weinberg disequilibrium (P<0.05). The highest number of alleles was observed in loci of McMA2, McMA26 and OarHH35 of Dalagh, Arabic, Lory and Karakul populations respectively (12 alleles) and the lowest number of alleles for OarHH35 in Dalagh population. The maximum expected heterozygosity in combination locus-population of loci McMA2، McMA26، OarHH35، BM6444 were 0.885, 0.9, 0.88 and 0.87 respectively. With respect to the studied loci, it is concluded that all studied sheep populations have wide genetic diversity.}, keywords = {sheep,microsatellite markers,Genetic variation,Heterozygosity}, title_fa = {بررسی تنوع ژنتیکی پنج جمعیت گوسفند ایرانی با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره‌ای}, abstract_fa = {نژادهای بومی در هر کشور به‌عنوان یک سرمایه ملی و محصولی استراتژیک در اقتصاد و رونق آن کشور محسوب می‌شوند که حفظ و نگهداری این نژادها بسیار ارزشمند است. با توجه به اهمیت حفظ تنوع در نژادهای بومی و شناسایی ذخایر ژنتیکی، پنج جمعیت از نژادهای گوسفند ایرانی (عربی، آرمان، دالاق، قره­گل و لری) با استفاده از 4 نشانگر ریزماهواره­ای (McMA2، McMA26، OarHH35 و BM6444) از نظر تنوع ژنتیکی مورد بررسی قرار گرفت. از تعداد 225 نمونه خون DNA ژنومی به روش استخراج نمکی بهینه‌شده، به دست آمد. واکنش‌های PCR به ‌خوبی انجام شد. نتایج نشان داد که تمامی جایگاه­ها کاملاً چندشکل بودند. آزمون تعادل هاردی–وینبرگ به روش آزمون مربع کای نشان داد که برخی ترکیبات مختلف جایگاه­ها-جمعیت در حالت عدم تعادل قرار داشتند (05/0P<). بیشترین تعداد آلل مشاهده ‌شده در جایگاه­های McMA2، McMA26 و OarHH35 به ترتیب مربوط به جمعیت­های دالاق، عربی، لری و قره­گل (12 آلل) و کمترین تعداد از آن جایگاه OarHH35 در جمعیت دالاق بود. حداکثر هتروزیگوسیتی مورد انتظار در حالت ترکیب جمعیت-جایگاه برای جایگاه­های McMA2، McMA26، OarHH35، BM6444 به ترتیب 885/0، 9/0، 88/0و 87/0 بودند. در مجموع می­توان نتیجه گرفت که جمعیت­های گوسفند مورد بررسی در این پژوهش با توجه به جایگاه­های مورد مطالعه، از تنوع ژنتیکی نسبتاً بالایی برخوردارند.}, keywords_fa = {نشانگرهای ریزماهواره‌ای,تنوع ژنتیکی,چندشکلی}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1396.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1396_8ebbb6214a7d04c1d4ad7dec40b90bd6.pdf} }