@article { author = {Sadeghi Alikelayeh, Amin and Mirakhorli, Neda and Akbari, Mohammad Reza and Shareghi Brojeni, Behzad}, title = {Cloning and expression of recombinant xylanase enzyme (xynA) in E. coli.}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {12}, number = {4}, pages = {1-21}, year = {2021}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2020.16372.1255}, abstract = {Objective Today, global increasing in corn prices has led to the replacement of wheat instead of corn in poultry diets. The NSPs in the cell wall prevents the uptake of wheat nutrients by poultry. Using xylanase is one of the methods to remove NSPs. Xylanases can digest xylan. The aim of current investigation was to produce xylanase (xynA) gene as a supplement of poultry diets in E. coli. Materials and methods In present study, the thermostable xylanase (xynA) gene in a bacterial secretory expression system along with: Shine-Dalgarno sequence, Usp45 signal peptide and T7 promoter was cloned in plasmid pET-22b (+) from E. coli strain BL21 (DE3) using The heat shock method. IPTG were used at different times to induce the expression of recombinant xylanase gene. In addition, catalytic indicators were done according to the DNS method.   Results PCR colony confirmed the presence of 743 bp recombinant xylanase gene sequence on 1% agarose gel. SDS-PAGE showed protein with 27 kDa molecular weight. Also, the activity of recombinant protein was 189.47 (unit/ml) using DNS method at optimum temperature of 65 °C and pH=6. As well as, michaelis-menten curve determined Km and Vmax 4.1 (mg/ml) and 87 (unit/ml), respectively.   Conclusions Xylanase are the most important complementary enzymes in poultry diets that are added to wheat-based diets. Results showed that produced recombinant xylanase is thermostable enzyme with acceptable activity and concentration. Furthermore, because of the secretory expression system, it is produced at a lower cost.}, keywords = {Recombinant xylanase enzyme,E. coli,Wheat}, title_fa = {همسانه‌سازی و بیان آنزیم نوترکیب زایلاناز (xynA) در باکتری E. coli}, abstract_fa = {هدف: امروزه، افزایش جهانی قیمت ذرت در جیره طیور سبب جایگزینی گندم به جای ذرت شده است. اما وجود پلی‌ساکاریدهای غیرنشاسته‌ای در دیواره سلولی مانع جذب ترکیبات غذایی موجود در گندم توسط طیور می‌گردند. یکی از روش‌های حذف پلی‌ساکاریدهای غیرنشاسته‌ای موجود در گندم استفاده از آنزیم زایلاناز در جیره‌ی غذای طیور می‌باشد. زایلانازها سبب شکسته شدن پیوند اندو بتا (4-1) آرابینوزایلان در دیواره سلولی گندم می‌شود. هدف از این پژوهش تولید آنزیم نوترکیب مقاوم به حرارت زایلاناز در باکتری E. coli، به عنوان مکمل جیره غذایی طیور می‌باشد. مواد و روش‌ها: در این پژوهش ژن مقاوم به حرارت زایلاناز (xynA) در یک سیستم بیان ترشحی باکتریایی شامل: توالی‌ شاین-دالگارنو، سیگنال‌پپتید ترشحی Usp45 و پروموتر T7 در پلاسمیدpET-22b (+) از باکتریE. coli  سویه BL21 (DE3) با استفاده از روش شوک حرارتی کلون شد. جهت القای بیان ژن نوترکیب زایلاناز از القاگر IPTG در زمان‌های‌ مختلف استفاده گردید. همچنین، بررسی شاخص‌های کاتالیتیکی نیز طبق روش DNS صورت پذیرفت. یافته‌ها: نتایج حاصل از کلونی PCR وجود توالی ژن نوترکیب زایلاناز به طول bp 743 را بر روی ژل آگارز 1 درصد تأیید نمود. ژل اکریل‌آمید SDS-PAGE، حضور پروتئین با وزن مولکولی kDa 27 را نشان داد. همچنین میزان فعالیت پروتئین نوترکیب به مقدار 47/189 (unit/ml) با استفاده از روش DNS در دمای بهینه °C65 و 6 pH= تعیین گردید. علاوه بر این، نتایج منحنی میکائیلیس-منتن میزان ثابت میکائیلیس (Km) و حداکثر سرعت واکنش (Vmax) را برای آنزیم نوترکیب زایلاناز به ترتیب 1/4 (mg/ml) و 87 (unit/ml) تعیین نمود. نتیجه‌گیری: زایلانازها مهمترین آنزیم‌های مکمل جیره طیور می‌باشند که در جیره‌های بر پایه گندم اضافه می‌شوند. نتایج نشان داد، آنزیم نوترکیب حاصل، دارای فعالیت و غلظت مناسب می‌باشد و مقاوم به حرارت است. همچنین آنزیم نوترکیب زایلاناز به دلیل خاصیت ترشحی بودن با هزینه اندک قابل استحصال می‌باشد.}, keywords_fa = {آنزیم نوترکیب زایلاناز,E. coli,گندم}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_2774.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_2774_989bbdd1904e85e3aae1007ca01218e8.pdf} } @article { author = {Mozafari Feizabad, Hamid and Sharifi-Sirchi, Gholam Reza and Mousavi, Seid Hadi}, title = {Evaluation of Cytotoxic and Apoptotic Mechanism of Hydro alcoholic Extract of Saffron Corm (Crocus sativus) on Molti-Form Glioblastoma Cells (U87)}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {12}, number = {4}, pages = {22-38}, year = {2021}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2020.15764.1226}, abstract = {Objective Nowadays, plant components with anti-cancer effects and multi-mechanisms are desired by scientists. Studies have shown which to control of multi-factors diseases like cancer, should emphasize on anti-cancer multi-mechanisms components. One of the most common cancers in today's societies is glioblastoma. Therefore, in this research, the effect of hydro alcoholic extract of saffron corm as an anti-tumor drug on the survival of glioblastoma cells was investigated.    Materials and methods In this study, extract of corm saffron (Crocus sativus L.) was prepared by softening method. The U87 cell line (human primary glioblastoma cell line) was prepared from a pasteurized cell bank, multiple times passage, and the cells reached the required number. Cytotoxic drugs and extract of saffron curry were performed simultaneously and simultaneously based on MTT colorimetric assay with certain concentrations of drug and extract in 24.48, and 72 hours. The apoptotic changes of 120, and 240 mg ml-1 of extract and control were measured by using flow cytometry and propidiodideid. In addition, ROS was measured for each of the concentrations of extract and control by fluorimetry and staining with DCF-DA.   Results Results of MTT test shown that the highest cytotoxic effect was related to 400 μg ml-1 hydro alcoholic corm extract with 90 % toxicity and treatment 200 μg ml-1 with about 60 % toxicity stayed on second position. Temzolamide drug 125 μM had the highest toxicity of effect 55 %. The highest amounts of apoptotic cell death 87 and 95 % were related to 240 μg ml-1 hydro alcoholic corm extract in 24 and 48 hours after treat respectively based on flow cytometry data. ROS test at 6 hours after treat shown that the highest amount of adsorption were related to 240 and 120 μg ml-1 hydro alcoholic corm extracts respectively.   Conclusion The results 24, 48, and 72 hours treatment of saffron corn extract and temzolamide showed their anti-tumor effects on glayobastoma cancer cells, and the results were dose-dependent and time-dependent. The results of the cytotoxic, apoptotic and oxidative stress determined that saffron corm extract have anti-tumor effects on U87 cancer cell line significantly (P <0.0001) level and can increase oxidative stress on them.  }, keywords = {Apoptotic effects,U87 Cell,Hydro alcoholic extract,MTT,Saffron corm}, title_fa = {بررسی مکانیسم سمیت سلولی و آپوپتوزی عصاره‌ی هیدروالکلی کورم زعفران Crocus sativus بر رده سلولی گلایوبلاستوم مولتی فرم (U87)}, abstract_fa = {هدف: امروزه، ترکیبات گیاهی با خواص ضد سرطانی و مکانیسم‌های چند‌تایی مورد علاقه دانشمندان قرار گرفته‌اند. مطالعات نشان داده است که برای درمان بیماری‌های چند عاملی مانند سرطان باید روی ترکیباتی با چند مکانیسم تاکید داشت که یکی از این ترکیبات جالب توجه، عصاره زعفران می‌باشد. از همین رو در این تحقیق، ارزیابی اثرات عصاره هیدروالکلی کورم زعفران به‌عنوان داروی ضد‌تومور بر قابلیت حیات سلول‌های سرطان گلایوبلاستوم بررسی شد. مواد و روش‌ها: در این مطالعه عصاره کورم زعفران (Crocus sativus. L) به روش خیسانده تهیه شد. سلول‌های سرطان گلایوبلاستوما رده سلولی  U87[1]از بانک سلولی پاستور تهیه گردید و چندین بار مورد پاساژ قرار داده تا سلول‌ها به تعداد لازم رسیدند. سایتوتوکسی دارو و عصاره کورم زعفران هر یک به‌طور جداگانه و همزمان براساس تست رنگ سنجی MTT با غلظت‌های معین از دارو و عصاره در تیمارهای 24،48،72 ساعت انجام شد و میزان تغییرات آپوپتوژنیک غلظت‌های  120 و  240 میکرو‌گرم بر میلی‌لیتر عصاره و شاهد به‌‌روش فلوسایتومتری و پروپیدیوم‌یداید بررسی شد. همچنین سنجش ROS  هر یک از غلظت‌های عصاره و شاهد به‌روش فلوریمتری و رنگ‌آمیزی DCF-DA انجام شد. نتایج: نتایج آزمون نشان داد که بیشترین مقدار سمیت مربوط به تیمار 400 میکرو‌گرم بر میلی‌لیتر عصاره با سمیت حدودا 90 درصد و سپس تیمار 200 میکروگرم بر میلی‌لیتر با سمیت 60 درصد بود. بیشترین مقدار سمیت داروی تموزولامید مربوط به تیمار 125 میکرو‌مولار با سمیت 55 درصد سلول‌ها بود. بیشترین مقدار آپوپتوز تیمارهای استفاده شده در 24 و 48 ساعت مربوط به تیمار 240 میکرو‌گرم بر میلی‌لیتر عصاره بود که براساس داده‌های فلوسایتومتری به‌ترتیب 87 و 95 درصد سلول‌ها در این تیمار کشته شدند. آزمون ROSدر ساعت 6 نشان داد بیشترین مقدار جذب در غلظت 240 به‌دست آمد و تیمار 120 میکرو‌گرم بر میلی لیتر عصاره هیدروالکلی کورم زعفران از لحاظ عدد جذب در کلاس b قرار گرفت. نتیجه‌گیری: نتایج حاصل از تیمار 24،48،72 ساعت عصاره کورم زعفران و تموزولامید نشان از وجود اثرات ضد توموری آنها بر روی سلول سرطانی گلایوبلاستوما داشت و نتایج وابسته به دوز و زمان بودند و در بررسی نتایج میزان اثرات سایتوتوکسیک و آپوپتوژنیک و اکسیداتیو سلولی نشان از معناداری در سطح (p <0.0001) داشت و مشخص شد که عصاره کورم زعفران می‌تواند استرس اکسیداتیو در رده سلول سرطانی U87 را تا حد قابل ملاحظه‌ای افزایش دهد. Human primary glioblastoma cell line}, keywords_fa = {اثرات آپوپتوزی,سلول U87,عصاره هیدروالکلی,MTT,پیاز زعفران}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_2775.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_2775_1ee7ab4e33e2f5bd528725535c7bffb2.pdf} } @article { author = {Zare, Nahideh and Hedayat-Evrigh, Nemat and Seyed Sharifi, Reza and Khalkhali-Evrigh, Reza}, title = {Identification and investigation of transposable elements in the Iranian bactrian camel genomes}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {12}, number = {4}, pages = {39-59}, year = {2021}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2020.15642.1218}, abstract = {About half of the human genome is covered by repetitive sequences. These sequences have a large share in the other mammalian genomes, therefore studying this part of the genome can provide researchers valuable information on evolution. The aim of this study was to sequencing and assembly the whole genome of Iranian Bactrian camels to identify transposable elements and their distribution in the genome of this species. In addition, the results of Iranian Bactrian camels were compared with non-Iranian Bactrian camels and dromedary camels.   Materials and methods In this study, the whole genome of six Iranian Bactrian camels was sequenced to transposable elements identification. Iranian Bactrian camel whole genome sequenced using Illumina HiSeq 2000 system in paired-end. FastQC and Trimmomatic software were used to quality control and quality filtering of raw sequencing reads, respectively. CLC Genomics Workbench (CLC Bio, Aarhus, Denmark) was used to de novo assembly of trimmed reads. Also, we used the RepeatMasker program to search for transposable elements using a homology-based method.   Results  Results of the assembling of sequenced genomes showed that the genome size in these samples ranged from 1.9 to 1.97 Gb. In the present study, the percentage of transposable elements for six Iranian Bactrian camels was 29.89% on average of the whole genome. The percentage of LINE sequences for the Iranian Bactrian camel was 17.58% on average. So, these sequences were considered as the largest group of transposable elements in the Bactrian camel in this study. SINE elements showed a lower number in comparison with LINEs. So that, only 3.45% of the total Bactria camel genome length was dedicated to the SINEs. In accordance with the results of Iranian dromedary camels, no Alu element was identified in the genome of Iranian Bactrian camels.   Conclusion Shortage of genomic and biological information about camels is one of the inhibiting factors in advancing the breeding goals and programs. Although this study is not enough alone, it can be a step towards starting the production of genomic data for camels. Continuing this kind of study and integrating biological and genomic information will provide the ground for the start of modern breeding in Iranian camels.}, keywords = {Iranian Bactrian Camel,Repetitive Sequences,Transposable Elements,whole genome sequencing}, title_fa = {شناسایی و بررسی عناصر متحرک (Transposable Elements) در ژنوم شترهای دو‌کوهانه ایرانی}, abstract_fa = {  هدف: حدود نیمی از ژنوم انسان توسط توالی­های تکراری پوشش داده شده است. این توالی­ها در ژنوم پستانداران دیگر نیز دارای سهم بسزایی بوده و از این­رو مطالعه این بخش ازژنوم می­تواند اطلاعات ارزشمندی را در زمینه تکامل در اختیار محققین قرار دهد.  این تحقیق با هدف توالی­یابی و گردآوری کل ژنوم شتر­های دوکوهانه ایرانی برای شناسایی عناصر متحرک و مطالعه میزان پراکنش آنها در ژنوم این گونه، طراحی و اجرا شد. همچنین نتایج مربوط به شترهای دوکوهانه ایرانی، با شترهای دوکوهانه غیرایرانی و شترهای تک‌کوهانه مورد مقایسه قرار گرفت. مواد و روش­ها: در این مطالعه ژنوم 6 نفر شتر دو­کوهانه ایرانی برای شناسایی عناصر متحرک توالی­یابی شد. توالی­یابی کل ژنوم شترهای دو­کوهانه با استفاده از پلتفرم Illumina HiSeq 2000 و به‌صورت دو انتها انجام گرفت. برای کنترل کیفیت و پالایش خوانش­های خام از به ترتیب از نرم‌افزارهای FastQC و Trimmomatic استفاده شد. با استفاده از برنامه CLC Genomics Workbench گردآوری دنوو شترهای دوکوهانه انجام گرفت. جهت شناسایی عناصر متحرک کل ژنوم نیز از روش شناسایی مبتنی بر همولوژی در برنامه RepeatMasker  استفاده شد. نتایج: نتایج گردآوری ژنوم‌های توالی‌یابی شده نشان داد که اندازه ژنوم در این نمونه‌ها در محدوده 9/1 تا Gb 97/1 قرار دارد. در پژوهش حاضر، درصد عناصر متحرک در ژنوم شش­ شتر دو­کوهانه مورد مطالعه، به‌طور میانگین 89/29 از کل ژنوم گزارش شد. در بین عناصر متحرک شناسایی شده، درصد توالی­های LINE برای شترهای دو­کوهانه به‌طور میانگین 58/17 برآورد شد. بطوریکه این توالی‌ها­، بزرگ‌ترین گروه­ توالی­های تکراری در شترهای دو­کوهانه در مطالعه حاضر بودند. توالی­های تکراری SINE نسبت به LINE­ها مقدار کمتری داشتند بطوریکه که فقط 45/3 درصد از کل ژنوم شترهای مورد مطالعه را به خود اختصاص دادند. مطابق با نتایج شترهای تک‌کوهانه ایرانی، هیچ عنصر Alu در ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی نیز شناسایی نشد. نتیجه­گیری: کمبود اطلاعات ژنومیکی و زیستی در مورد شترها، یکی از عوامل بازدارنده در پیشبرد اهداف و برنامه‌های اصلاح نژادی در این گونه به حساب می‌آید. هرچند این مطالعه به تنهایی کافی نیست اما می‌تواند گامی برای شروع تولید داده‌های ژنومیکی برای شترها باشد. ادامه این نوع مطالعات و تجمیع اطلاعات زیستی و ژنومیکی در واقع زمینه را برای شروع اصلاح نژاد نوین در شترهای ایرانی فراهم خواهد کرد.}, keywords_fa = {توالی تکراری,توالی‌یابی کل ژنوم,شترهای دو‌کوهانه ایرانی,عناصر متحرک}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_2776.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_2776_f5d05e19b509b1b0282dcb500a40c90c.pdf} } @article { author = {Vakili-Azghandi, Masoume and Nassiri, Mohammadreza and Ghovvati, Shahrokh and Javadmanesh, Ali}, title = {Engineering and production of recombinant bovine pancreatic ribonuclease enzyme (RNase A) as a potential therapeutic}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {12}, number = {4}, pages = {60-76}, year = {2021}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2020.16662.1268}, abstract = {Objective  Immunotoxins are one of the most promising ways in therapeutic fields, specially cancer therapy which have a unique toxin-antibody structure, and kill the cancer cell by passing through the cell membrane and entering the target cell. The aim of this study was to engineer and design bovine pancreatic enzyme (RNase A) for to escape from ribonuclease inhibitor (RI) as a toxin segment in designing of immunotoxins used in therapeutic fields.       Materials and Methods After bioinformatics investigation using PyMol software, engineering and substitution of target amino acid in wild gene coding RNase A sequence (K91A) were performed. The wild type and recombinant proteins in E.coli (BL21(D3) strain) were expressed and refolded, and then approved using SDS-PAGE. The purification of produced proteins was conducted using an immobilized-metal affinity chromatography for His-tagged proteins.   Results The results showed that the protein concentrations were 3 and 2.2 g/L for wild RNase A and recombinant enzyme. The hydrolysis activity measurement of the produced enzymes, in presence of different concentrations of RI, indicated that recombinant variant had lower sensitivity and higher catalytic activity in comparison with the wild enzyme. The results obtained from enzyme activity of recombinant enzyme compared to the wild enzyme, in presence or absence of RI, demonstrated that the interaction effect between RNase A and RI can be disrupted by manipulation of amino acids involved in this interaction.   Conclusion In respect to the current results, it was concluded that RNase A enzyme can be used as a promising drug in engineering and production of immunotoxins.}, keywords = {Immunotoxin,Enzyme engineering,Ribonuclease inhibitor,RNase A}, title_fa = {مهندسی و تولید آنزیم نوترکیب ریبونوکلئاز پانکراس گاوی (RNase A) به عنوان یک پتانسیل دارویی}, abstract_fa = {هدف: ایمنوتوکسین­ها یکی از امیدبخش­ترین روش­ها در حوزه­های درمانی و به ویژه درمان سرطان می­باشند که دارای ساختار منحصر به فرد توکسین-آنتی‌بادی هستند و با گذراز غشای سلولی و ورود به داخل سلول هدف باعث از بین رفتن سلول هدف می­شوند. هدف این پژوهش مهندسی و طراحی آنزیم پانکراس گاوی (RNase A) در جهت فرار از مهارکننده ریبونوکلئازی (RI) به­عنوان بخش توکسین در طراحی ایمنوتوکسین­های مورد استفاده در حوزه­های درمانی می­باشد. مواد و روش: پس از بررسی­های بیوانفورماتیک با استفاده از نرم افزار PyMol، مهندسی و تعویض آمینواسید هدف در ژن وحشی کد کننده توالی RNase A (K91A) صورت پذیرفت. پروتئین­های نوع وحشی و نوترکیب در باکتری E.coli سویه  BL21(D3) بیان، refold و با استفاده از ژل SDS-PAGE تایید گردیدند. خالص­سازی پروتئین­های تولیدی با استفاده از کروماتوگرافی تمایلی تثبیت شده با یون فلزی برای  His-tagانجام شد.  نتایج: نتایج نشان داد غلظت پروتئین­ها برای آنزیم RNase A وحشی و آنزیم نوترکیب به ترتیب 3 و 2/2 گرم بر لیتر بود. نتایج اندازه­گیری فعالیت هیدرولازی آنزیم­های تولیدی در حضور غلظت­های مختلفی از مهار‌کننده­های ریبونوکلئازی نشان داد که واریانت نوترکیب در مقایسه با آنزیم وحشی حساسیت کمتری نسبت به مهارکننده داشته و هم­چنین این واریانت افزایش فعالیت کاتالیکی را در حضور مهار کننده نسبت به آنزیم وحشی دارا می­باشد. نتایج حاصل از بررسی فعالیت آنزیمی آنزیم­ نوترکیب نسبت به آنزیم وحشی در حضور و عدم حضور ممانعت کننده ریبونوکلئازی نشان دادند که اثر متقابل بین آنزیمRNase A  و مهارکننده ریبونوکلئازی را می­توان با دست­کاری آمینو اسیدهای درگیر در این برهم­کنشمختل نمود.  نتیجه­گیری: با توجه به نتایج پژوهش حاضر می­توان این­گونه استنباط نمود که آنزیم RNase A دارای قابلیت استفاده به­عنوان یک داروی امید بخش در مهندسی و تولید ایمنوتوکسین­ها می­باشد.}, keywords_fa = {ایمنوتوکسین,مهندسی آنزیم,مهارکننده ریبونوکلئازی,RNase A}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_2777.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_2777_26b02b4a93eb905917fd820a4ecb6e72.pdf} } @article { author = {Rezainia, Majid and Maharlooei, Mohammadmehdi and Abdolshahi, Roohollah}, title = {QTL mapping of biomechanical traits related to lodging resistance in bread wheat}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {12}, number = {4}, pages = {77-98}, year = {2021}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2020.16507.1259}, abstract = {Objective  Lodging is the permanent horizontal growth of stem and has been considered as a limiting factor in cereal production. Identification of traits that affect grain yield is very important in breeding programs. Furthermore, genetic diversity is essential for breeding programs and increasing selection efficiency. This research was set up to study genetic diversity, evaluation of biomechanical traits, assess lodging stem and detect quantitative traits loci (QTLs) in a RIL population of bread wheat.    Materials and methods A large population including 225 bread wheat lines was assessed in a randomized complete block design with two replications in research field of Shahid Bahonar University of Kerman during 2017-2018 growing season. To define biomechanical properties of stems, a universal testing machine equipped with 3-point bend and shear test probes was used.      Results Results of ANOVA showed significant difference between wheat genotypes for all traits. Modulus of elasticity of stem had the highest response to selection (21.65) in comparison with other traits. Moreover, this trait had high genetic variation. Based on these results, modulus of elasticity of each individual plant stem can be used as an effective factor in selection programs. Plant height had the highest narrow sense heritability (0.59) among evaluated traits. Cross section area had strong and significant correlation with moment of inertia (r=0.818**). In the molecular assay of this research, linkage map and QTL mapping of traits performed by inclusive composite interval mapping (ICIM) method. Linkage map was constructed based on diversity array technology (DArTs) and SSR markers.    Conclusions A total of 12 QTLs have been identified which had LOD higher than 2.5. These QTLs were controlling 6 biomechanical traits including: specific shear energy, maximum shear energy, moment of inertia, flexural stiffness, maximum specific bending strength and modulus of elasticity. The information of identified QTLs could be used in wheat breeding programs using marker assisted selection.  }, keywords = {Quantitative traits loci (QTL),Bread wheat,Inclusive composite interval mapping (ICIM),DArT marker}, title_fa = {نقشه یابی QTL‌های کنترل‌کننده خصوصیات بیومکانیکی مقاومت به ورس در گندم نان}, abstract_fa = {هدف: ورس یا خوابیدگی ساقه به‌عنوان یک عامل محدودکننده تولید در غلات مطرح  است. بررسی کمی صفت‌های بیومکانیکی مانند مقاومت برشی ویژه، مساحت مقطع عرضی، گشتاور اینرسی، انرژی خمشی ویژه، قطر خارجی، ضخامت پوسته، انرژی برشی ویژه، مقاومت خمشی ویژه و ضریب ارتجاعی ساقه که میزان مقاومت ساقه در مقابل ورس را نشان می‌دهند از اهمیت زیادی برای به نژادگران برخوردار است. با این وجود تا‌کنون هیچ اطلاعاتی در مورد ژنتیک این صفات وجود ندارد. در این پژوهش QTL‌های کنترل کننده صفت‌های بیومکانیکی ساقه در جمعیت دابل هاپلوئید 225 لاینی حاصل از تلاقی RAC و Kukri بررسی شد.  مواد و روش‌ها: در این مطالعه 225‌ لاین از گندم دابل هایپلوئید در مزرعه تحقیقاتی دانشگاه شهید باهنر کرمان در سال زراعی 1396-97 در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی کشت شد. پس از برداشت، به منظور مطالعه مشخصه‌های بیومکانیکی ساقه از دستگاه بارگذاری چند منظوره با استفاده از کاوش‌گر‌های خمش سه نقطه‌ای و برشی استفاده شد. نتایج: تجزیه واریانس وجود تنوع ژنتیکی برای این صفات را به خوبی نشان داد. ضریب ارتجاعی (مدول الاستیسیته) ساقه بیشترین مقدار کارایی گزینش (65/21) را به خود اختصاص داد. با توجه به ضریب تغییرات ژنتیکی و میزان کارایی گزینش بالا، می‌توان از این صفت در گزینش برای مقاومت به ورس در گندم نان بهره جست. ارتفاع بوته بیشترین میزان وراثت پذیری خصوصی (59/0) را بین صفات مورد ارزیابی داشت. مساحت مقطع بیشترین همبستگی را با گشتاور اینرسی (**818/0=r) داشت. دراین پژوهش سه ‌QTL بر روی کروموزوم‌های A3، D2 و B1 شناسایی شد که به طور هم‌زمان کنترل ژنتیکی انرژی برشی ویژه و بیشینه مقاومت برشی ویژه را بر عهده داشتند.  نتیجه گیری: یک QTL بر روی کروموزم D3 برای ممان اینرسی سطح، دو‌QTL بر روی کروموزم‌های A4 و B4 برای انرژی خمشی ویژه، دو QTL بر روی کروموزم‌های D5 و B4 برای حداکثر مقاومت خمشی ویژه، دو‌QTL بر روی کروموزم‌های A4 و B4 برای انرژی خمشی ویژه و یک ‌QTL بر روی کروموزم A5 برای ضریب ارتجاعی شناسایی شدند. با استفاده از گزینش به کمک نشانگر می توان از این QTLهای شناسایی شده در برنامه‌های به‌نژادی بهره برد. }, keywords_fa = {خصوصیات بیومکانیک ساقه,مکان‌یابی فاصله‌ای مرکب جامع (ICIM),نشانگر DArT,خوابیدگی}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_2778.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_2778_75208171c8512c79e6ff57446a18f741.pdf} } @article { author = {Darvishi, Naser and Sabri, Morteza and Alavi, Mehdi}, title = {Toward evaluation of the monolignol biosynthesis gene network with contemplation on the role of cinnamoyl coA reductase (CCR) gene family in camelina sativa}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {12}, number = {4}, pages = {99-121}, year = {2021}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2020.16043.1245}, abstract = {  Objective Camelina (Camelina sativa L. Crantz) is a fast-growing oil crop belonging to the Brassicaceae family that can tolerate drought, salinity, cold, and many diseases and pests. Camelina seed has precious oil and protein with a number of potential attributes or benefits in both the human food and animal feed industry. Camelina also is being deemed as promising species to produce biodiesel and jet fuel in margin lands of the globe. Monolignols, as the precursor of lignin, are the common compounds in both lignification and soluble chemicals that have important roles in both normal development of healthy plants and defense-related responses in infected plant subjects. The regulatory mechanisms underlying the biosynthesis of these multifaceted secondary metabolites are poorly understood.     Material and Methods Our current study presents the mode of gene expression and analyzes data to investigate the role of monolignol biosynthesis genes in the normal development growth of Camelina. We considered the transcript level of those genes that were covered 12 different tissues in major developmental stages during the life cycle of the Camelina. Using the R programming environment, we could have visualized the pattern of gene expressions with transcript per million (TPM) data in the heatmap.    Results The results revealed the similarities as well as differences in gene expression patterns in both regulatory and functional gene groups among different tissues. Moreover, tissue-specific genes in different developmental stages were recognized.    Conclusions The scrutiny in the literature related on biotic stress experiments in Camelina and also other species determined considerable differences in transcript levels and gene regulation patterns for the genes especially for members of the gene group encoding cinnamoyl-CoA reductase (CCR). Association of the latter genes CsCCR4 and CsCCR2 in particular involved in monolignol biosynthesis with the resistance of Camelina to pathogens contributes to providing a preliminary view to contemplate the future research options in various Camelina breeding programs.}, keywords = {Biofuel,Camelina oilseed crop,Cinnamoyl CoA reductase,Monolignol Biosynthesis}, title_fa = {بازسازی شبکه بیوسنتزی منولیگنول‌ها و بررسی نقش ژن‌های سیناموئیل کوآ (CsCCR) در مراحل مختلف نموی دانه روغنی کاملینا (Camelina sativa)}, abstract_fa = {هدف: امروزه کشت کاملینا به دلیل بروز بحران‌های ناشی از مصرف انرژی‌های فسیلی، علاوه بر مصارف خوراکی، با هدف تولید سوخت زیستی هم مورد توجه قرار گرفته‌است. پژوهش حاضر ژن‌های درگیر در بیوسنتز منولیگنول‌ها را به لحاظ بیان در مراحل نموی مختلف در دانه روغنی کاملینا بررسی نموده‌است. منولیگنول‌ها جریان کربن را یا به سمت تقویت جداره سلول با افزایش لیگنینی شدن می‌برند و یا به سوی تولید ترکیبات شیمیایی مثل کملکسین هدایت می‌کنند. هر دو خصوصیت در اعطای مقاومت گیاه به بیماری‌ها اهمیت دارند. مواد و روش‌ها: در این مطالعه از داده‌های TPM مربوط به ژن‌های کارکردی و عوامل رونویسی درگیر در بیوسنتز منولیگنول در گیاه کاملینا استفاده شد. بیان این ژن‌ها در مراحل نرمال نموی مختلف دچار تغییر می‌شوند. با استفاده از زبان برنامه نویسی R این داده‌ها برای ساده‌سازی نمایش نتایج، تحلیل‌گردیدند. نتایج: ژن‌های CsCCR1 و CsCCR4 به خوبی در بافت‌های مختلف بیان شدند درحالیکه ژن CsCCR2 به میزان بسیار ناچیزی در شرایط نرمال بیان می‌شود. در عوض مدارک دیگر نشان دادند که ژن اخیر و ژن CsCCR4 تحت القای قارچ Sclerotinia sclerotiorum در کاملینا افزایش چشمگیری در بیان نشان می‌دهد. مقایسه شرایط نرمال رشد و مواقع حمله پاتوژن نشان داد که ژن CsCCR4بطور مداوم درحال بیان است و گویای اینست که این ژن همزمان دارای نقش ساختاری و دفاعی می‌‌باشد. این دو ژن‌ اخیر می‌توانند به عنوان منبع بالقوه مقاومت به بیماری مورد بررسی‌های بیشتر قرار گیرند. بطور خودکار، شبکه‌های تنظیمی بیان ژن از جمله کلیدهای اصلی نموی و عوامل رونویسی در کاملینا در برقراری تعادل میان دوگانه رشد طبیعی و سازوبرگ‌های دفاعی حاصل از مسیر بیوسنتز منولیگنول بسته به نوع پیام‌های دریافتی، عمل می‌کنند هرچند که پاسخ آفریده شده وابسته به جوهره و هویت رقم می‌باشد .}, keywords_fa = {بیوسنتز منولیگنول,دانه روغنی کاملینا,سوخت زیستی,سیناموئیل کوآ ردوکتاز}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_2779.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_2779_86bc780041188dc40ff6ec5acbca7810.pdf} } @article { author = {Ghaderi, Akram. and Jahanbakhsh Godehkahriz, Sodabeh and Raeisi sadati, Seyede Yalda}, title = {Study of total protein content, soluble sugar, proline content and P5CS gene expression in leaves of three wheat cultivars under drought stress}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {12}, number = {4}, pages = {122-141}, year = {2021}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2020.15668.1219}, abstract = {Objective The present study was designed to identify the physiological and molecular responses of drought stress induced metabolism in plants. Since the studied plants include resistant and susceptible wheat crop, it is important to know the drought tolerance mechanisms in these cultivars in order to improve the resistance and tolerance of drought stress to the climate in Iran.   Materials and Methods For this purpose, a factorial experiment based on completely randomized design with three replications was conducted in Mohaghegh Ardebil University in 2018-2019. The main factors included drought stress (35, 60 and 85% of field capacity (control)) and sub factor included three wheat cultivars (Pishgam, Pishtaz and Baharan). Drought stress in the three-leaf stage was applied for 10 days and then the seedlings were sampled to check the total protein content of the solution, the sugar content, proline content and the expression of proline-5-D gene expression -5-carboxyxyl synthase (P5CS) of the leaf tissue sample.   Results  The results showed that with increasing severity of drought stress, the amount of proline, soluble sugar and total protein increased. The highest and lowest levels of total protein, respectively, belonged to the leading cultivar under conditions of strict control and stress. The highest amount of soluble sugar (75.76 and 91.66 mg / g, respectively, wet weight of leaves) in spring wheat and severe drought stress and the lowest (57.59 and 48.7 mg / g, respectively). Examination of P5SC gene expression showed that the number of transcripts of this gene increases under stress and this shows that this gene plays an important role in responding to stress in plants. Baharan showed higher drought resistance than other cultivars by increasing P5CS gene expression and significant proline production and accumulation under drought stress.   Conclusions In general, it is inferred that drought-induced expression key gene involved in the biosynthesis of proline (P5CS) cause increased levels of proline leaves and also with the accumulation of soluble sugar probably causes more stress tolerance in cultivars.}, keywords = {Drought stress,Proline,P5CS Gene,Total Protein,Wheat}, title_fa = {مطالعه میزان پروتئین کل، قند محلول، محتوای پرولین و بیان ژن P5CS در برگ‌های سه رقم گندم تحت تنش خشکی}, abstract_fa = {هدف: پژوهش حاضر به‌منظور بررسی تاثیر سطوح مختلف تنش خشکی بر خصوصیات فیزیولوژیکی گندم در مرحله گیاهچه‌ای و بررسی بیان ژن p5cs دخیل در تنش خشکی در سه رقم زراعی گندم می‌باشد. لذا شناخت مکانیسم‌های تحمل به تنش خشکی در این ارقام، به‌منظور بررسی توان گندم در مقابله با سطوح اعمال شده تنش خشکی با توجه به اقلیم کشور، اهمیت می‌‌یابد.  مواد و روش‌ها: به این منظور آزمایشی در سال زراعی 1397-1396 به‌صورت فاکتوریل بر پایه طرح کاملاً تصادفی با سه تکرار در دانشگاه محقق اردبیل اجرا شد. فاکتورهای مورد بررسی شامل فاکتور اول تنش خشکی (35 ، 60 و 85 درصد ظرفیت زراعی (کنترل)) و فاکتور دوم ارقام گندم (پیشگام، پیشتاز و بهاران) بودند. تنش خشکی در مرحله سه برگی، به‌مدت 14 روز اعمال گردید و سپس نمونه‌برداری از گیاهچه‌ها به‌منظور بررسی میزان پروتئین کل محلول، قند محلول، محتوای پرولین و بررسی بیان ژن -1-Δ پرولین-5 –کروبوکسیل سنتتاز (P5CS) از نمونه بافت برگی انجام گرفت.  نتایج: نتایج نشان داد با افزایش شدت تنش خشکی میزان پرولین، قند محلول و میزان پروتئین کل افزایش یافت. بیش‌ترین و کمترین میزان پروتئین کل به ترتیب به رقم پیشگام در شرایط کنترل و تنش شدید تعلق داشت. بیش‌ترین میزان قند محلول (به ترتیب 76/75 و 26/91 میلی‌گرم بر گرم وزن تر برگ) در گندم رقم بهاران و تنش شدید خشکی و کمترین آن (به ترتیب 59/57 و 7/48 میلی‌گرم بر گرم وزن تر برگ) در گندم رقم پیشگام و عدم تنش خشکی به دست آمد. بررسی میزان بیان ژن P5SC نشان داد که میزان رونوشت‌های این ژن در شرایط تنش افزایش پیدا می‌کند و این موضوع نشان می‌دهد که این ژن در پاسخ به تنش در گیاهان نقش مهمی ایفا می‌کند. رقم بهاران با افزایش بیان ژن P5CS و تولید و تجمع پرولین قابل توجه در تنش خشکی، مقاومت به خشکی بیشتری را نسبت به سایر ارقام نشان می‌دهد.  نتیجه‌گیری: به‌طور کلی چنین استنباط می‌شود که ﺧﺸﻜﻲ با اﻟﻘﺎء ﺑﻴﺎن ژن ﻛﻠﻴﺪی درﮔﻴﺮ در ﺑﻴﻮﺳﻨﺘﺰ ﭘﺮوﻟﻴﻦ (P5CS) موجب افزایش ﺳﻄﺢ ﭘﺮوﻟﻴﻦ برگ‌ها شده و نیز با تجمع قند محلول احتمالاً سبب تحمل بیشتری به تنش در ارقام می‌گردد. }, keywords_fa = {پرولین,پروتئین کل,تنش خشکی,ژن P5CS,گندم}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_2780.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_2780_c79d8612b19764f3f08665c61f985b81.pdf} } @article { author = {Azizi, Zahra and Abbasi, Mokhtar ali and Kazemi, Ali and Mohammad Nazari, Behrouz and Taheri, Amir and Hasani Bafarani, Alireza}, title = {A review of the status of the native cattle and its conservation strategies in Iran}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {12}, number = {4}, pages = {142-166}, year = {2021}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2020.14869.1178}, abstract = {Objective Animal genetic resources are playing a vital role in ensuring food security and maintaining genetic diversity. Iran has a variety of livestock genetic resources and So far there are about 8.44 million registered cows. The number of native cattle is 2044000 head, which accounts for about 27% of the animal population. These breeds are adapted to different climatic conditions of Iran and their genetic diversity is due to their domestication process over the centuries. Native breeds have unique features such as the disease resistance gene and the presence of the A2 variant in the milk of some native cows has been confirmed. According to reports, there has been a 27% decrease in the native breed from 2003 to 1977.Crossbreed populations have increased over the past few decades, and they have grown by about 22 percent. Therefore, the purpose of this article is to review the situation of native cattle and conservation strategies in the country. Preservation and conservation of native cow breeds In order to conserve of native breed, activities have done include the establish of native cattle stations, the implementation of composite breed projects to conserve blood percent of native cattle, native cattle genomic projects, cooperation with the private sector to purify native populations, the allocation of subsidies, save of genetic material at the Gene Banks of the Animal Breeding Center and the National Center for Genetic Resources and these actions have not been successful. Results The animal genetic conservation programs in developing countries are confounded by different challenges and the efforts of conservation of animal genetic resources are minimal. So the future strategy for native breeds should be a combination of breedimprovement and genetic conservation. Conclusions Developing a medium-term and long-term strategy for breeding, considering the potential of each breed in different regions separately, and policy-making and presenting strategic plans is a suitable solution. The following factors are needed to economizethe native livestock such as establishment of regional gene banks in accordance with the principles of conservation, cooperation animal husbandry, governmental and non-governmental organizations, appropriate coordination and cooperation between different organizations, research institutes, Academic and animal science associations and breeding companies are required.}, keywords = {genetic diversity,Conservation,Native Cattle}, title_fa = {مروری بر وضعیت و استراتژی‌های حفاظت از گاوهای بومی ایران}, abstract_fa = {هدف: منابع ژنتیکی حیوانات در تأمین امنیت غذایی و حفظ تنوع ژنتیکی نقش حیاتی دارند. ایران با منابع ژنتیک دامی متنوع حدود 44/8 میلیون راس گاو دارد و در این میان گاوهای بومی با تعداد 2044000 رأس حدود 27 درصد جمعیت دام سنگین کشور را به خود اختصاص داده­اند. این نژادها به شرایط مختلف اقلیمی ایران سازگاری یافته و تنوع ژنتیکی آن­ها ناشی از روند اهلی­سازی آن­ها در طی قرن­ها می­باشد. نژادهای بومی دارای ویژگی­های منحصر به فردی همچون ژن مقاومت به بیماری بوده و حضور واریانت اللی A2 در شیر برخی از گاوهای بومی تایید شده است. براساس آمارها، کاهش 27 درصدی در جمعیت نژادهای بومی از سال 1382 تا سال 1397 مشاهده شده است. این در حالی است که جمعیت­های آمیخته با نژاد خارجی در طی چند دهه گذشته افزایش یافته و رشدی حدود 22 درصد داشته­اند. لذا هدف از این مقاله مروری از وضعیت گاوهای بومی کشور و استراتژی­های حفاظتی می­باشد.حفظ و حراست از نژادهای گاو بومی: اقداماتی جهت حفظ نژادهای بومی از جمله، ایجاد ایستگاه­های گاو بومی، اجرای پروژه­های ترکیب ژنی جهت حفظ سهم بومی، پروژه­های ژنومیک گاو بومی، مشارکت با بخش خصوصی جهت خالص سازی توده­های بومی، تخصیص یارانه­های بلاعوض، ذخیره مواد ژنتیکی در بانک­های ژنی در مرکز اصلاح نژاد دام و مرکز ملی ذخایر ژنتیکی انجام گرفته است ولی این اقدامات منجر به رضایت­مندی پرورش دهندگان و پرورش اقتصادی نگردیده است.نتایج: برنامه­های حفاظت از منابع ژنتیکی حیوانی در کشورهای در حال توسعه با چالش­های مختلفی روبرو بوده و تلاش برای حفاظت از آن­ها بنا به دلایلی حداقل می­باشد. عمده‌­ترین دلیل کاهش نژادهای بومی در ایران شامل عدم وجود توجیه اقتصادی و آمیخته­گری با نژادهای خارجی می­‌باشد. بنابراین، استراتژی آینده برای نژادهای بومی بایستی برنامه­ریزی جهت بهبود نژادی و حفاظت ژنتیکی باشد. نتیجه­گیری: تدوین استراتژی میان­مدت و بلند­مدت اصلاح نژادی باتوجه به پتانسیل هر کدام از نژادها در مناطق مختلف به صورت جداگانه و سیاست­گذاری و ارائه برنامه­های راهبردی راهکار مناسبی می­باشد. لذا، علاوه بر اقتصادی ساختن دام­های بومی و ایجاد بانک­های ژنی منطقه­ای، مشارکت دامداران، سازمان­های دولتی و غیر دولتی و همچنین برای اقدامات حفاظتی موثر، هماهنگی و همکاری مناسب بین سازمان­های مختلف، موسسات تحقیقاتی، دانشگاهی و انجمن­های علوم دامی و شرکت­های اصلاح نژادی (دانش بنیان) مورد نیاز می­باشد.}, keywords_fa = {تنوع ژنتیکی,حفاظت,گاوهای بومی}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_2781.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_2781_5a004300f23a88ed0565b253f171db91.pdf} } @article { author = {Mohammadabadi, Mohammadreza}, title = {Tissue-specific mRNA expression profile of ESR2 gene in goat}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {12}, number = {4}, pages = {167-181}, year = {2021}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2021.17011.1284}, abstract = {Objective Estimates show that in the world about 30 million goats and in Iran about five million Cashmere goat are bred. One of the most important of these breeds is the Raini Cashmere goat. Steroid hormones perform their physiological functions by regulating the transcription of target genes. Receptors for these hormones play a role in osteoporosis, inflammation and cancer through transcription networks. Estrogen receptor (ER) is a transcription factor that mediates the function of estrogen in many physiological and pathological processes. There are two estrogen receptors, ESR1 and ESR2, which are located in the reproductive organs. Reproduction rate, especially fertility, is one of the most important economic traits in animal production and is regulated by genetic and environmental factors. Therefore, the aim of this study was to investigate the expression profile of ESR2 gene in different tissues of fluffy goats using Real Time PCR.   Materials and methods Sampling of testis, ovarian, uterine, breast, brain, kidney and heart tissues was performed from a male and a female goat (3 replicates from each tissue). Total RNA was extracted from the tissues and the quality and quantity of the extracted RNA were evaluated. The cDNA was then synthesized and Real Time PCR was performed. The GAPDH housekeeping gene was used as a control. Melting curves were examined and data obtained from Real Time PCR were analyzed.      Results The results of Real Time PCR curves and observation of electrophoresis of PCR products on 2% agarose gel showed that ESR2 gene was expressed in testis, ovary, uterine, breast, brain, kidney, and heart tissues. The highest level of expression was observed in the ovary and then the brain and uterus and the lowest level of expression was related to kidney, heart and testis tissues.   Conclusions According to the results of the present research and the results of other studies, it can be concluded that ESR2 plays an important role in female fertility, because in the present study it was found that ESR2 is much more expressed in ovarian tissue than other tissues. Therefore, ESR2 is likely to be essential for female fertility, and the results of this study provide the basis for future research to describe the role of the ESR2 gene as a candidate gene for better fertility and normal physiology in domestic animals, especially goats.}, keywords = {ESR2,Gene expression,ovary,Raini cashmere goat}, title_fa = {پروفایل بیانی mRNA مختص بافت ژن ESR2 در بز}, abstract_fa = {هدف: برآوردها نشان می‌دهد که در دنیا تقریبا سی میلیون راس بز و در ایران حدودا پنج میلیون راس بز کرکی در حال نگهداری و پرورش است. یکی از با اهمیت‌ترین این نژادها بز کرکی راینی است. هورمون‌های استروئیدی از طریق تنظیم رونویسی ژن‌های هدف وظایف فیزیولوژیکی خود را انجام می‌دهند. به طوری‌که گیرنده‌های این هورمون‌ها از طریق شبکه‌های رونویسی در پوکی استخوان، التهاب و سرطان نقش ایفا می‌کنند. گیرنده استروژن (ER) یک فاکتور رونویسی است که واسطه عملکرد هورمون استروژن در بسیاری از فرآیندهای فیزیولوژیکی و آسیب شناختی است. دو گیرنده استروژن وجود دارد، ESR1  و  ESR2که در اندام‌های تولید مثلی واقع شده اند. میزان تولید مثل، به ویژه باروری، یکی از مهم‌ترین صفات اقتصادی در تولید حیوانات است و توسط عوامل ژنتیکی و محیطی تنظیم می‌شود. لذا، هدف این پژوهش بررسی پروفایل بیانی ژن ESR2 در بافت‌های مختلف بز کرکی راینی با استفاده از Real Time PCR بود.  مواد و روش‌ها: نمونه گیری از بافت‌های بیضه، تخمدان، رحم، پستان، مغز، کلیه و قلب یک راس بز نر و یک راس بز ماده در کشتارگاه انجام شد (از هر بافت 3 تکرار). از بافت‌های مورد نظر استخراج RNA کل انجام و کیفیت و کمیت آن ارزیابی شد. سپس cDNA ساخته و Real Time PCR اجرا شد. همچنین از ژن خانه دار GAPDH به عنوان کنترل استفاده شد. منحنی‌های ذوب بررسی و تجزیه و تحلیل داده‌های حاصل از Real Time PCR انجام شد.  نتایج: نتایج منحنی‌های Real Time PCR و مشاهده نتایج الکتروفورز محصولات PCR روی ژل آگارز 2 درصد نشان داد که ژن ESR2 در بافت‌های بیضه، تخمدان، رحم، پستان، مغز، کلیه و قلب بیان شده است. بیشترین میزان بیان در تخمدان و سپس مغز و رحم مشاهده شد و کمترین سطح بیان مربوط به بافت‌های کلیه، قلب و بیضه بود.  نتیجه‌گیری: با توجه به نتایج پژوهش حاضر و نتایج سایر محققین می‌توان نتیجه گرفت که ESR2 نقش مهمی در باروری ماده‌ها دارد، در پژوهش حاضر مشخص شد ESR2در بافت­ تخمدان نسبت به بافت‌های دیگر بسیار بیشتر بیان می‌شود. لذا، ESR2 به احتمال زیاد برای باروری ماده‌ها بسیار ضروری هستند و نتایج این پژوهش را برای پژوهش‌های آینده جهت توصیف نقش ژن ESR2 به عنوان یک ژن کاندیدا برای باروری بهتر و فیزیولوژی طبیعی در حیوانات اهلی، به ویژه بز فراهم کرده است. }, keywords_fa = {بیان ژن,بز کرکی راینی,تخمدان,ESR1}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_2782.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_2782_2721da3473e8af64215dddb5d9d15586.pdf} } @article { author = {Morammazi, Salem and Mirhosseini, Mohammad Alii}, title = {Expression of hSP90 gene and its relationship with ambient temperature and foraging rate in apis mellifera meda}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {12}, number = {4}, pages = {181-204}, year = {2021}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2020.15283.1199}, abstract = {Objective HSP90 is a member of heat shock proteins (HSPs) family which produces in response to environmental stress factors and has different roles in cells. In this study, the differential expression of HSP90 gene during the day and its relationship with ambient temperature and foraging rate of worker bees were investigated.   Material and methods The worker bees’ commuting in front of hive and ambient temperature in five different times of day (at 7:00, 9:30, 12:00, 14:30 and 17:00) were recorded for three days. The relative transcription level of HSP90 gene was measured in those times using real-time PCR method. The effects of day and different times in a day were subjected to the model as random and fixed effects, respectively, for analyzing worker bees’ commuting and ambient temperature. The regression between these traits was also run.   Results Results showed that time of day has significant effect on ambient temperature, worker bees’ commuting and relative expression of HSP90 (P < 0.01). The highest and lowest ambient temperature were recorded at 12:00 pm and 7:00 am, respectively. The highest and least worker bees’ commuting were obtained at 17:00 and 12:00 pm, respectively. In addition, the highest and lowest HSP90 gene transcription level were recorded at 12:00 pm and 7:00 am o’clock, respectively. The regression analysis revealed that worker bees’ commuting and relative expression of HSP90 gene were increased with increasing of ambient temperature; the commuting of bees was reduced in temperature above 39 ̊ C. Furthermore, the worker bees’ commuting was increased with increasing of HSP90 expression to three-fold, which was decreased with more relative expression level.   Conclusion In general, the trend of worker bees’ commuting, ambient temperature, and relative expression of HSP90 gene were clear during the day. When the ambient temperature was increased, the relative transcription level of HSP90 gene was increased in response to heat stress, while the number of commuter bees was decreased. The management of heat shock can be recommended to improve nectar gathering by commuter bees.    }, keywords = {HSP90 Gene,Gene expression,Foraging Behavior,Worker Bee,Ambient Temperature,Apis mellifera meda}, title_fa = {بیان ژن HSP90 و ارتباط آن با دمای محیط و تردد زنبور عسل ایرانی}, abstract_fa = {هدف: پروتئین HSP90 یکی از اعضای خانواده پروتئین‌های شوک گرمایی است که در پاسخ به استرس‌های محیطی تولید شده و نقش‌های مختلفی در سلول دارد. در این مطالعه تغییر بیان ژن HSP90 در ساعات مختلف روز و رابطه آن با دمای محیط و تردد زنبور عسل کارگر مورد بررسی قرار گرفت. مواد و روش: تردد زنبور عسل چراگر در جلوی دریچه کندو و دمای محیط در پنج زمان مختلف روز (ساعت‌های 7:00، 9:30، 12:00، 14:30 و 17:00) طی سه روز اندازه‌گیری شد. بیان نسبی ژن HSP90 نیز طی این پنج زمان با استفاده از روش Real-time PCR اندازه‌گیری شد. برای آنالیز آماری داده‌های دما و تردد زنبور عسل، اثر روز به عنوان بلوک (اثر تصادفی و هر روز به عنوان یک بلوک) و اثر زمان‌های مختلف روز به عنوان اثر ثابت در مدل مد نظر قرار داده شد. همچنین تابعیت بین این صفات نیز مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: نتایج نشان داد که ساعت‌های مختلف روز اثر معنی‌داری بر تردد زنبور عسل و بیان نسبی ژن HSP90 دارد (01/0 > P). حداکثر و حداقل دمای محیط به ترتیب در ساعت‌های 12:00 ظهر و 7:00 صبح ثبت شد. حداکثر و حداقل تردد زنبورهای چراگر نیز به ترتیب در ساعت‌های 17:00 و 12:00 ظهر حاصل شد. به علاوه اینکه بیشترین و کمترین میزان بیان نسبی ژن HSP90 در ساعت‌های 12:00 و و7:00 ملاحظه شد. نتایج آنالیز تابعیت مشخص کرد که تردد زنبور کارگر و بیان نسبی ژن HSP90 با افزایش دمای محیط افزایش می‌یابد؛ البته تردد زنبورها در دمای بالاتر از ۳۹ درجه سلسیوس کاهش یافت. به علاوه، تردد زنبورهای کارگر تا افزایش سه برابری بیان ژن HSP90، افزایشی بود و بعد از آن روند کاهشی داشت. نتیجه‌گیری: بطور کلی روند تردد زنبور عسل، دمای محیط و بیان نسبی ژن HSP90 طی روز الگوی مشخصی داشت. افزایش دما و وارد شدن یک تنش دمایی در اواسط روز باعث افزایش بیان ژن HSP90 و در نتیجه کاهش تردد زنبور عسل شد. توصیه می‌شود به منظور بهینه‌سازی تردد زنبورهای عسل جهت جمع آوری شهد، مدیریت لازم جهت کنترل این تنش دمایی اعمال شود. }, keywords_fa = {ژن HSP90,بیان ژن,رفتار تردد,زنبور کارگر,دمای محیط,زنبور عسل ایرانی}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_2783.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_2783_53f2f91f061359339252c080b3168e45.pdf} }