@article { author = {Gholam Nezhad, Jalal and Sanjarian, Forough and Mohammadi Gol Tappeh, Ebrahim and Safaei, Nasser and Razavi, Khadijeh}, title = {Study of Wheat ESTs in its interaction with Mycosphaerella graminicola}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {7}, number = {2}, pages = {87-106}, year = {2015}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2015.1364}, abstract = {In this study, 10438 ESTs related to the interaction of wheat and Mycosphaerella graminicola (Anamorph: Zymoseptoria tritici) were searched in the NCBI Genebank. Non redundant related proteins of these ESTs in NCBI genebank were analyzed by Seqtools software. Among 10438 studied ESTs, 3868 ESTs had related proteins. These proteins were classified in 279 groups based on the type of them. Related pathways of 112 proteins were found in the KEGG site. Subsequently, the relationship between 55 searched pathways and defense responses in plants interact with pathogen was studied. Finally, these pathways were classified based on function in eight groups. Functional groups were included: Defense, Energy, Metabolism, Protein Process, RNA process, Cell cycle, Protein degradation and Signaling. The maximum number (745) of ESTs was related to proteins involved in cellular energy group, following by functional pathway related to defenses with 251 ESTs.  }, keywords = {Mycosphaerella graminicola,EST,SEQtools,NCBI,KEGG}, title_fa = {بررسی EST های گندم در برهمکنش با قارچ بیمارگر Mycosphaerella graminicola}, abstract_fa = {در این مطالعه، 10438 EST که در پایگاه NCBI در رابطه با تعامل گندم و بیمارگر  Mycosphaerella graminicola  (فرم غیرجنسی Zymoseptoria tritici)  ثبت شده بودند، استخراج شدند. پروتئین­های غیر تکراری و مرتبط با EST­ ها در بانک اطلاعاتی  NCBI  توسط نرم افزار SEQtoolsبه دست آمدند. این پروتئین ها بر اساس نوع، طبقه بندی شده و در 279 گروه قرار گرفتند. سپس در سایتKEGG ، مسیر 112 عدد از این پروتئین­ها تجزیه و تحلیل و 55 مسیر شناسایی و ارتباط بین این مسیرها و پاسخ­های دفاعی گندم مورد بررسی قرار گرفت. در ادامه این مسیرها بر اساس عملکرد گروه­بندی شده و در هشت گروه عملکردی (شامل پروتئین­های دفاعی، پروتئین­های درگیر در فرایند انرژی سلولی، پروتئین­های درگیر در فرایند متابولیسم سلولی، پروتئین­های درگیر در فرایند پردازش پروتئین­ها، پروتئین­های درگیر در فرایند پردازش RNA، پروتئین­های درگیر در چرخه­های سلولی، پروتئین­های درگیر در تخریب پروتئین­ها و پروتئین­های درگیر در فرایند سیگنال­دهی سلولی) قرار گرفتند. مسیرهای متابولیکی تثبیت کربن در فرایند فتوسنتز و پروتئین­های درگیر در فرایند دفاعی به ترتیب  با دارا بودن 745 و 251 EST، در مرتبۀ اول و دوم قرار داشتند.. سپس نقش ESTها مخصوصاً آن­هایی که در مسیرهای دفاعی گیاهی درگیر بودند به صورت موردی مطالعه شدند و عملکرد آن­ها در مسیر دفاع گیاه گندم مشخص شد. با استفاده از اطلاعاتی که این بررسی در اختیار قرار می‌دهد می­توان ژن­های دیگری که به طور مستقیم و همچنین غیر مستقیم در فعالیت­های دفاعی گیاهی شرکت می­­کنند، مورد بررسی قرار داد.}, keywords_fa = {گندم,KEGG,NCBI,SEQtools,EST,Mycosphaerella graminicola}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_1364.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_1364_a1e9ae078d95610386e304cead6d73e1.pdf} }