@article { author = {Afsharian, Ahmad and Nasiri, Mohammadreza and Ebrahimi, Esmaeil and Javadmanesh, Ali}, title = {Genetic Diversity of Persian Crocodile Crocodylus Palustris Using Sequencing of D-Loop and Cyt b Regions of Mitochondria}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {9}, number = {4}, pages = {17-38}, year = {2018}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2018.2012}, abstract = {Identification of the genetic features of Persian mugger crocodile, the Gando, is crucial in management planning for conservation and preservation of this endangered species. Therefore, this study is aimed to investigate the genetic characteristics of Gando in Iran, based on population studies of the conserved and variable regions of the mitochondrial DNA. For this purpose, 12 samples of skin tissue and blood were collected from three regions of Chabahar city, south east of Iran. After DNA extraction, conserved and variable regions of the mitochondrial genome Cyt b and D-loop were amplified using PCR. The PCR products were sequenced and results were analyzed using bioinformatics software based on nucleotide data as well as protein codons. Results revealed that all samples had similar nucleotide sequences and no genetic variation was found among the samples. The closest species to Gando were Crocodylus palustris and then C. porosus. Comparison of sequences with other Crocodile species revealed the presence of 12 polymorphic loci among 1156 loci studied and also 5 haplogroups were introduced. As we didn’t find any nucleotide diversity among studied samples, therefore, to increase the genetic diversity of the Gando, it is essential to include specific conservational plans for this endangered species.}, keywords = {Gando Crocodile,genetic diversity,Phylogenetic Tree,Mitochondria Genome}, title_fa = {بررسی تنوع ژنتیکی گاندو، کروکودیل پوزه کوتاه ایرانی (Crocodylus Palustris)، با استفاده از توالی یابی نواحی D-Loop و Cyt b میتوکندری}, abstract_fa = {شناسایی ویژگی‌های ژنتیکی تمساح پوزه کوتاه ایرانی (گاندو)، در برنامه‌ریزی مدیریتی به منظور حفاظت و نگهداری آن نقش بسیار مهمی دارد، لذا این پژوهش با هدف، بررسی ژنتیکی کروکودیل پوزه کوتاه ایران بر اساس مطالعه جمعیتی نواحی ثابت و متغیر ژنوم میتوکندری انجام گردید. بدین منظور، 12 نمونه بافت پوست و خون از سه منطقه مختلف شهرستان چابهار جمع‌آوری و پس از استخراج DNA، نواحی ثابت و متغییر ژنوم میتوکندری Cyt b و D-loop با استفاده از روش PCR تکثیر گردید. محصولات PCR توالی یابی و سپس آنالیز نتایج با استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک و مبتنی بر داده‌های نوکلئوتیدی و کدون‌های پروتئینی انجام گرفت. نتایج این تحقیق نشان داد که تمامی نمونه‌های مورد مطالعه، دارای توالی نوکلوتیدی یکسان هستند و هیچ تنوع ژنتیکی در بین این نمونه‌ها یافت نشد. نزدیکترین گونه به گاندو، گونه Crocodylus palustris و سپس گونه C. porosus بدست آمد. مقایسه توالی‌ها نشان دهنده وجود 12 جایگاه پلی‌مورفیک در بین 1156 جایگاه مورد مطالعه بود و 5 هاپلوگروپ معرفی گردید. لذا، با توجه به عدم مشاهده تنوع ژنتیکی در بین نمونه‌های مورد مطالعه، استفاده از برنامه‌های حفاظتی جهت افزایش تنوع ژنتیکی در گاندو امری بسیار ضروری به نظر می­رسد.}, keywords_fa = {تمساح گاندو,تنوع ژنتیکی,درخت فیلوژنتیک,ژنوم میتوکندری}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_2012.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_2012_44c40ddb3a37ce5a2667edf5b927e9d7.pdf} }