@article { author = {Moradi, Mohammad hossein and Nejati, Ardeshir and Moradi Shahrbabak, Mohammad and Dodds, Ken and McEwan, John}, title = {Whole-genome scan of population differentiation in Zel and Lori-Bakhtiari sheep breeds}, journal = {Agricultural Biotechnology Journal}, volume = {2}, number = {2}, pages = {57-70}, year = {2010}, publisher = {Shahid Bahonar University of Kerman and Iranian Biotechnology Society}, issn = {2228-6705}, eissn = {2228-6500}, doi = {10.22103/jab.2012.369}, abstract = {Selection for increasing of frequency in new mutations that are advantageous only in a subset of populations leaves some signatures in the genome. Detecting these genomic regions is one of the most important areas of research in animal genetics since locations of selection signatures are often correlated with QTLs affecting economically important traits. In this paper, a whole genome scan using ~54000 SNP markers was performed in two main Iranian sheep breeds, namely Zel and Lori-Baktiari, with the aim of identifying divergently selected regions of the genome. Study of population differentiation across the genome using Weir and Cockerham’s FST test revealed some regions showing evidence of selection. In this paper, five regions which were in the 99.99 percentile of the genome distribution of FST scores were selected for further analysis. These regions were located in chromosomes 2, 5, 7 (two areas) and X. To evaluate the selection sweep, due to linkage disequilibrium, associated with these signatures we employed the Extended Haplotype Homozygosity (EHH) test. The results of this test as well as a study of haplotype bifurcation diagrams in these breeds also confirmed large allele differentiation in these regions. Finally, study of reported QTL regions in the orthologous areas of the cattle genome showed that they overlapped with the reported cattle QTLs, representing economically important traits such as carcass yield and reproductive traits. In conclusion, the results from this study provide one of the first attempts to develop a genome-wide map of selection footprints in the sheep genome and may facilitate the identification of genes affecting traits which are divergent in these two Iranian sheep breeds}, keywords = {Whole-genome scan,population differentiation,signatures of selection}, title_fa = {کاوش ژنومیک تمایز جمعیتی در نژادهای زل و لری¬بختیاری}, abstract_fa = {انتخاب برای افزایش فراوانی موتاسیون­های جدیدی که فقط در برخی از زیرجمعیت­ها سودمند هستند باعث باقی گذاشتن نشانه­هایی در سطح ژنوم می­شود. شناسایی این مناطق ژنومی یکی از مهمترین حوزه­های تحقیقاتی در ژنتیک حیوانی است، زیرا این مناطق اغلب با QTLهای مرتبط با صفات مهم اقتصادی در ارتباط هستند. در این تحقیق با هدف شناسایی مناطق ژنومی که در دو نژاد گوسفند ایرانی زل و لری-بختیاری هدف انتخاب­های مختلف قرار گرفته­اند، یک کاوش ژنومیک با حدود 000,54 مارکر SNP انجام شد. بررسی تمایز جمعیتی با استفاده از روش FST ویر و کوکهام نشان داد که چندین منطقه ژنومی دارای شواهدی از انتخاب در این دو نژاد هستند. در این مقاله 5 ناحیه ژنومی که در صدک 99/99 کل ارزش­های FST قرار گرفته بودند برای بررسی­های بیشتر انتخاب شدند. این مناطق بر روی کروموزومهای 2، 5، 7 (دو ناحیه) و X واقع شده­اند. برای ارزیابی نشانه­های انتخاب بر پایه روش­های عدم تعادل لینکاژی از آزمون هموزیگوسیتی هاپلوئیدی بسط­داده شده استفاده شد. نتایج این آزمون به همراه بررسی دیاگرام­های شاخه­بندی هاپلوتیپی در این دو نژاد وجود تفرق جمعیتی شدید در این مناطق ژنومی را تأیید کرد. در نهایت بررسی QTLهای گزارش شده در مناطق اورتولوگوس گاوی نشان داد که این مناطق با QTLهای صفات مهم اقتصادی از جمله صفات مرتبط با لاشه و تولید مثل همپوشانی دارند. این تحقیق که جزء اولین مراحل توسعه نقشه انتخاب در ژنوم گوسفند محسوب می شود می­تواند منبع اطلاعاتی ارزشمندی در راستای شناسایی ژن­های متمایز کننده این دو نژاد فراهم آورد. }, keywords_fa = {: کاوش ژنومیک,تفرق جمعیتی,نشانه¬های انتخاب}, url = {https://jab.uk.ac.ir/article_369.html}, eprint = {https://jab.uk.ac.ir/article_369_b309f0a5ffe84f6eb569553584ee7690.pdf} }