دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6500
13
2
2021
07
13
تاثیر مصرف خوراکی عصاره خارسنبل Blepharis.persica بر بیان ژن CATSPER و شاخصهای اسپرم در موشهای صحرایی پس از ضایعه نخاعی
1
20
FA
ناهید
عسکری
0000-0002-9462-1144
گروه بیوتکنولوژی، پژوهشکده علوم محیطی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته
n.askari@kgut.ac.ir
مهدی
رنجبر
استادیار، مرکز تحقیقات فارماسیوتیکس ، پژوهشکده نوروفارماکولوژی ، دانشگاه علوم پزشکی کرمان، کرمان، ایران.
mehdi.ranjbar@kum.ac.ir
علی
شفیعیپور
فارغالتحصیل دکتری دامپزشکی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران.
mehreganvc@gmail.com
10.22103/jab.2021.17133.1290
<strong>هدف:</strong> استفاده از داروهای گیاهی در آسیای شرقی معمول است. بهعلاوه، تقریباً 62٪ از افراد با ضایعه نخاعی جوانان 30-15 ساله هستند که مردان حدود 80٪ از این گروه را تشکیل میدهند. به دنبال آسیبهای نخاعی، قدرت باروری مردان به ویژه شاخصهای اسپرم مانند حرکت اسپرم کاهش مییابد. باروری مردان به پارامترهای مختلفی از جمله تعداد اسپرم، تحرک، زندهماندن و ذخایر اسپرم اپیدیدیم و همچنین میزان بیان ژن کانالهای پروتئینی یونی در غشای اسپرم 1، 2 (<em>CATSPER 1</em>, 2) بستگی دارد. علاوه بر این، از عصاره دانه خارسنبل به طور سنتی برای بهبود مشکلات ناباروری مردان استفاده میشود. هدف از مطالعه حاضر سنجش اثر عصاره آبی خارسنبل بر شاخصهای اسپرم و بیان ژن <em>CATSPER</em> در موشهای صحرایی نر پس از آسیب نخاعی بود.<br /><strong>مواد و روشها:</strong> این مطالعه تجربی روی 30 سر موش صحرایی ویستار در 5 گروه شامل کنترل و چهار گروه آزمایشی انجام شد. گروههای حیوانی بعد از ضایعه نخاعی، به مدت 15 روز به صورت خوراکی با عصاره خارسنبل (100، 200 و 300 میلیگرم در کیلوگرم) تحت تیمار قرار گرفتند. وزن بدن، مورفولوژی بیضه (قطر لوله اسپرمساز)، شاخصهای اسپرم (شامل تحرک، زنده ماندن و ذخایر اسپرم اپیدیدیم) و بیان ژن <em>CATSPER 1, 2</em> در روزهای 30 و 60 اندازهگیری و با گروه کنترل و گروه ضایعه تخاعی مقایسه شد. دادهها با استفاده از نرم افزار SPSS، آنالیز واریانس یکطرفه و آزمون تعقیبی توکی در سطح معنیداری (<em>p </em><0.05) تجزیه و تحلیل شدند.<br /><strong>نتایج:</strong> نتایج این مطالعه نشان داد میزان قطر لوله اسپرمساز کاهش، ضخامت اپیتلیوم بیضه و تحرک اسپرم با مصرف 300 میلیگرم در کیلوگرم عصاره آبی خارسنبل به طور معنیداری افزایش مییابد. سطح بیان ژن <em>CATSPER 1, 2</em> در گروههایی که تحت تیمار با عصاره خار سنبل بودند در مقایسه با گروه ضایعه نخاعی به صورت معنیداری افزایش یافت (<em>p </em><0.05).<br /><strong>نتیجهگیری:</strong> عصاره دانه خارسنبل میتواند در درمان ناباروری در جنس نر موثر باشد. این مطالعه یک بینش عینی در مورد مصرف عصاره گیاه خارسنبل در درمان ناباروری پس از آسیب نخاعی ارائه میدهد.
خارسنبل,باروری,بیان ژن,موش صحرایی نر
https://jab.uk.ac.ir/article_2930.html
https://jab.uk.ac.ir/article_2930_691a492ef674a0eb04ab3564ab6062c9.pdf
دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6500
13
2
2021
06
22
جداسازی و شناسایی مولکولی اکتینومیستهای ریز و سفر گیاه خربزه Cucumis melo با هدف بررسی اثرات محرک رشدی گیاه تحت شرایط تنش زیستی ناشی از قارچ Macrophomina phaseolina
21
44
FA
روح انگیز
رستمی مهروئیه
دانش آموخته، دانشگاه شهید باهنر کرمان
ruhanros72@gmail.com
غلامحسین
شهیدی
استاد گروه گیاهپزشکی دانشگاه شهید باهنر کرمان
shahidi@uk.ac.ir
سونیا
عقیقی
0000-0002-9236-9897
مدیر گروه فیزیولوژی گیاهی، پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی، دانشگاه شهید باهنر کرمان
aghighis@uk.ac.ir
اکرم
صادقی
0000-0001-9181-4787
کرج عضو هیئت علمی پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی
aksadeghi@abrii.ac.ir
10.22103/jab.2021.17109.1288
<strong>هدف:</strong> بیماری ساقسیاه خربزه از مهمترین بیماریهایی است که به میزان قابل توجهی باعث کاهش محصول خربزه میشود. اهداف این پژوهش جداسازی اکتینومیستها از خاک مناطق مختلف کشت خربزه در استانهای کرمان و سیستان و بلوچستان، بررسی اثرات کنترل زیستی اکتینومیستهای مذکور علیه بیماری ساقسیاه یا پوسیدگی ذغالی خربزه، ارزیابی تولید سیدروفور توسط جدایهها در شرایط آزمایشگاهی، شناسایی مولکولی و سنجش اثر محرک رشدی جدایههای منتخب روی گیاه خربزه و ارزیابی کنترلکنندگی قارچ بیمارگر توسط این جدایهها در شرایط گلخانهای بود.<br /><strong>مواد و روشها:</strong> هشتاد جدایه اکتینومیست از خاک مناطق مختلف کشت خربزه جدا شد و فعالیت ضد قارچی آنها در برابر عامل بیمارگر مورد بررسی قرار گرفت. جدایههای فعال آنتاگونیست از نظر فعالیتهای زیستی مورد بررسی قرار گرفتند. در مرحله بعدی، کنترل زیستی بیماری ساقسیاه خربزه توسط جدایههای منتخب در محیط گلخانه بررسی شد. <strong>نتایج:</strong> یافتهها و نتایج پژوهش.<br /><strong>نتایج:</strong> در نهایت سه جدایه (R1.6, R5.52, R5.56) بر اساس بیشترین هاله ممانعت از رشد قارچ به عنوان برترین جدایههای اکتینومیست انتخاب شدند. این سه جدایه قادر به کلنیزه کردن ریشه خربزه، تولید برخی از آنزیمهای خارج سلولی و کنترل بیماری در گلخانه بودند. جدایه R5.56 بر اساس آنالیز توالی زیرواحد کوچک RNA ریبوزومی (16S rRNA) شناسایی و بر اساس نتایج حاصل این جدایه دارای بالاترین شباهت (98٪) با گونههای <em>استرپتومایسس</em> است.<br /><strong>نتیجهگیری: </strong>کنترل زیستی عوامل بیمارگر گیاهی، برعکس بکارگیری سموم شیمیایی، به سرعت اثر نمیکند ولی در موارد موفق، مبارزه بیولوژیک اثرات ماندگارتری نسبت به سموم شیمیایی دارد. کنترل بیولوژیک بایستی به عنوان یک مولفه کلیدی از رویکردهای سیستم مدیریت تلفیقی آفات و بیماریهای گیاهی اشاره نمود تا مخاطرات زیست محیطی روشهای مبارزه بکارگیری بیرویه سموم شیمیایی به حداقل برسد. این مطالعه مقدمهای است بر انجام آزمایشات تکمیلی مانند کاربرد آنتاگونیست های مذکور علیه بیمارگر فوق در شرایط مزرعه که باید در مدت زمان حداقل سه سال انجام گردد.
: اکتینومیست,فعالیت ضدقارچی,محرک رشد گیاهی,Cucumis melo,بیماری ساق سیاه خربزه,Macrophomina phaseolina
https://jab.uk.ac.ir/article_2931.html
https://jab.uk.ac.ir/article_2931_e5127c1de50fcaa42bf8be706dfed09a.pdf
دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6500
13
2
2021
06
22
بررسی تاثیر اسید سالیسیلیک بر بیان برخی ژنهای مسیر سنتز مورفین در خشخاش Papaver somniferum L
45
60
FA
شکوه
همتی
کارشناسی ارشد
shokooh.hemati@yahoo.com
علی اصغر
نصراله نژادقمی
دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان
nasrollahnejad@gau.ac.ir
احد
یامچی
دانشیار گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده تولیدگیاهی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگان، ایران
yamchi@gau.ir.ac
سیده ساناز
رمضانپور
گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده تولید گیاهی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان
ramezanpours@gau.ac.ir
10.22103/jab.2021.15464.1204
<strong>هدف:</strong> پژوهش حاضر به منظور بررسی تاثیر اسید سالیسیلیک در زمانهای مختلف بر بیان سه ژن درگیر در مسیر انتهایی تولید مورفین (T6ODM، COR و CODM) در کپسول انجام گرفت. لازم به ذکر است که این ژنها در تولید مورفین به عنوان یک آلکالوئید دارویی نقش بسزایی دارند.<br /><strong>مواد و روشها:</strong> بذرهای گونهی <em>Papaver Somniferu</em><em>m</em>در شرایط گلخانه در گلدانها کشت شدند. زمانی که گیاهان به مرحله گلدهی رسیدند، دو تا سه روز پس از ریزش گلبرگها، خراشیدگی سطحی درکپسول گیاه ایجادگردید و سپس با اسید سالیسیلیک در غلظت 50 میکرو مولار تیمار شدند. نمونه گیری از کپسول ها در سه زمان صفر (چند دقیقه پس از پاشیدن محلول اسید سالیسیلیک بر روی کپسول)، سه و 12 ساعت بعد از تیمار کردن با اسید سالیسیلیک ، نسبت به گیاه شاهد انجام شد. از نمونه های کپسول RNA استخراج گردید و به دنبال آن cDNA ساخته شد و در نهایت نتایج به دست آمده از qRT-PCR با استفاده از نرم افزار GenEX مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت.<br /><strong>نتایج:</strong> نتایج این پژوهش نشان داد که با افزایش مدت زمان بعد از تیمارکردن کپسول ها با اسید سالیسیلیک، سطح بیان هر سه ژن نسبت به گیاه شاهد کاهش یافت. میزان بیان ژن T6ODMدر زمانصفر ساعت حدود 84/1 برابر نسبت به میزان بیان آن در گیاه شاهد افزایش پیدا کرد. اما میزان بیان این ژن در زمان سه و 12ساعت به ترتیب 46درصد و 21درصد نسبت به میزان بیان آن در گیاه شاهد کاهش نشان داد. همچنین نتایج نشان داد میزان بیان ژن COR در زمان صفر ساعت نسبت به گیاه شاهد حدود 26/1 برابر افزایش یافت و در زمان سه ساعت به میزان 15درصد و در زمان 12 ساعت تقریبا به میزان 30 درصد نسبت مقدار بیان آن در گیاه شاهد کاهش یافت. میزان بیان ژن CODM در زمان صفر ساعت تقریبا معادل با گیاه شاهد بود و در زمانهای سه و 12 ساعت میزان بیان آن تقریبا نزدیک به صفر بود. همچنین نمودارهای مربوط به ژنهای T6ODM، CODM و COR نشان دادند که از نظر بیان ژن بین زمانهای مختلف در هر ژن اختلاف معنی داری وجود دارد.<br /><strong>نتیجهگیری:</strong> به طور کلی چنین استنباط میشود که تیمار اسید سالیسیلیک بیان سه ژن انتهایی درگیر در مسیر تولید مورفین را با افزایش زمان از صفر به 12 ساعت کاهش میدهد.
اسید سالیسیلیک,مورفین,ژن T6ODM,ژن COR,ژن CODM
https://jab.uk.ac.ir/article_2932.html
https://jab.uk.ac.ir/article_2932_39a4614c853b255b2f889fe480ccc8fe.pdf
دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6500
13
2
2021
06
22
بررسی انتقال ژن گلوفوزینات از طریق غوطهور سازی گل در سوسپانسیون اگروباکتریوم به گیاه گلرنگ Carthamus tinctorius L.
61
76
FA
لیدا
سلطانی
بخش بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان
lidasoltani2010@gmail.com
مژگان
شهریاری
فیزیولوژی ملکولی/ دانشکده زیست/دانشگاه فرایبورگ/آلمان
mojgan.shahriari@biologie.uni-freiburg.de
فرشاد
رودبارکلاری
زیست شناسی 3/ دانشکده زیست شناسی/ دانشگاه فرایبورگ
farshad.roodbarkelari@biologie.uni-freiburg.de
قاسم
محمدی نژاد
0000-0002-5767-9734
دانشیار اصلاح نباتات، قطب علمی تنشهای محیطی در غلات، دانشکده کشاورزی دانشگاه شهید باهنر کرمان
mohammadinejad@uk.ac.ir
10.22103/jab.2021.14155.1138
<strong>هدف: </strong>از بین گیاهان روغنی سازگار با آب و هوای ایران، گلرنگ (<em>Carthamus tinctorius </em>L.)از جایگاه ویژهای برخوردار است و سازگاری خوبی با مناطق کم آب دارد. گلرنگ به عنوان گیاه زراعی مدل با تنوع در اسیدهای چرب شناخته شده است. این گیاه با تحمل نسبتا بالایی که به شوری و خشکی از خود نشان می دهد و همچنین به علت دارا بودن روغنی مطلوب با بیش از 90 درصد اسیدهای چرب غیراشباع، همواره به عنوان یک گیاه دانه روغنی مطلوب و با ارزش مطرح بوده است. از اینرو گلرنگ میتواند نقش مهمی در گسترش سطح زیر کشت گیاهان روغنی در کشور داشته باشد. ایران با آب و هوای متنوع، یکی از غنی ترین مناطق جهان از لحاظ ذخایر ژنتیکی گلرنگ به شمار میرود. با این حال کشت گلرنگ در کشور رواج چندانی نداشته و دلایل عمده آن به احتمال زیاد، عدم ترویج و عملکرد پائین دانهی ارقام آن است. در این پژوهش، به منظور بهینهسازی انتقال ژن به گیاه گلرنگ، برای اولین بار از روش غوطهور سازی گل در سوسپانسیون اگروباکتریوم حامل ژن گلوفوزینات استفاده شده است. در حقیقت دسترسی به ارقام مهندسی شده میتواند نقش مهمی در توسعه کشت این گیاه داشته باشد.<br /><strong>مواد و روش</strong><strong>ها</strong><strong>:</strong> در این مطالعه 9 لاین بومی و غیر بومی گلرنگ که بر اساس صفات مختلف زراعی و فنوتیپی انتخاب شده بودند به صورت مجزا با استفاده از ناقل بیان کننده ژن گلوفوزینات، با به کار گیری روش غوطهور سازی گل در سوسپانسیون اگروباکتریوم با غلظت (OD600 nm)1 در حضور دو مقدار متفاوت از سیلوت-77 مایه زنی شدند.<br /><strong>نتایج:</strong> بررسیهای ژنومیک و توالییابی سنگر برای نسل T<sub>1</sub> با استفاده از آغازگرهای ژن مقاومت به گلوفوزینات نشان دهنده موفقیت انتقال ژن گلوفوزینات در گیاه گلرنگ از طریق غوطهور سازی گل بود.<br /><strong>نتیجهگیری:</strong>از میان 9 ژنوتیپ مورد مطالعه و 17 گیاه ترنسفورم شده با استفاده از روش غوطهور سازی در مطالعه حاضر، 3 گیاه ترنسفورم شده با تائید توالییابی به دست آمد که 1 گیاهچه متعلق به ژنوتیپ محلی یزد، 1 گیاهچه متعلق به ژنوتیپ محلی کرمان و 1 گیاهچه متعلق به ژنوتیپ پائیزه12 بود. هر سه گیاه با غلظت 40 میکرولیتر از سیلوت-77 تلقیح شده بودند.
بهینه سازی انتقال ژن,مهندسی ژنتیک,گلوفوزینات,گیاهان روغنی
https://jab.uk.ac.ir/article_2933.html
https://jab.uk.ac.ir/article_2933_a3dbdc7550d2d21b65ad3e14e0d91380.pdf
دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6500
13
2
2021
06
22
شناسایی و برنامهریزی استراتژیک ابعاد مختلف مهارتهای کارآفرینی دانشآموختگان رشته بیوتکنولوژی مطالعه موردی: دانشگاه شهید باهنر کرمان
77
102
FA
سلیمه
قنبری
مربی، گروه گردشگری و هتلداری، دانشکده گردشگری، مجتمع آموزش عالی بم، بم، ایران
s.ghanbari@bam.ac.ir
مریم
ضیاآبادی
استاد یار اقتصاد کشاورزی، مجتمع آموزش عالی بم، بم، ایران.
mziaabadi@bam.ac.ir
10.22103/jab.2021.17637.1319
بیوتکنولوژی یکی از مهمترین فنآوریهای نوظهور است که در کارآفرینی و کسب و کارهای دانشبنیان، کاربردهای زیادی دارد. اما متاسفانه فرآیند انتقال دانش از دانشگاهها به صنایع بسیار ضعیف بوده که یکی از علل مهم آن میتواند عدم تجهیز دانشآموختگان بیوتکنولوژی به مهارتهای کارآفرینی باشد. بنابراین، هدف این مطالعه شناسایی و برنامهریزی استراتژیک مهارتهای کارآفرینی مورد نیاز دانشآموختگان رشته بیوتکنولوژی برای توانمندسازی آنان و ورود به بازار کار میباشد.<br /> <strong>مواد و روشها:</strong> روش گردآوری دادهها به صورت اسنادی و پیمایشی و ابزار مورد استفاده در روش پیمایشی، پرسشنامه بوده است، به طوری که تعداد 22 پرسشنامه توسط خبرگان بیوتکنولوژی استان کرمان، تکمیل و مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. برای اولویتبندی ابعاد اصلی و شاخصهای هر بعد از روش تحلیل سلسله مراتبی استفاده شد. در ادامه، به منظور بررسی همه جانبه و برنامهریزی استراتژیک برای توسعه مهارتهای کارآفرینی دانشجویان بیوتکنولوژی از تکنیک سوات استفاده گردید.<br /> <strong>نتایج:</strong> نتایج نشان داد که مهارتهای فنی دارای بیشترین اهمیت از نظر خبرگان بودهاند و مهارتهای کارآفرینی، مهارتهای مدیریتی و مهارتهای بلوغ شخصی به ترتیب در اولویتهای بعدی قرار گرفتند.بررسی نتایج ماتریس عوامل داخلی و خارجی نشان داد که استراتژیهای مناسب پرورش مهارتهای کارآفرینانه در دانشجویان بیوتکنولوژی، استراتژیهای اقتضایی و رقابتی بوده است.<br /> <strong>نتیجهگیری:</strong> با توجه به اینکه آموزش عالی نقش مهمی در تجهیز دانشآموختگان به ابعاد مختلف مهارتهای کارآفرینی دارد، دانشگاهها میتوانند با شناسایی عوامل داخلی و خارجی موثر بر کارآفرینی، نقش مهمی در توسعه مهارتهای کارآفرینی دانشآموختگان ایفا نمایند. بنابراین لازم است سیاستگذاران و برنامهریزان، اهمیت بهبود برنامه درسی، استفاده از محتوای کاربردی و توسعه مهارتهای شخصی را مورد توجه ویژه قرار داده و زمینه افزایش فرصتهای کارآفرینانه را در جامعه و صنعت ایجاد نمایند.<br />
مهارتهای کارآفرینی,آموزش عالی,بیوتکنولوژی,تحلیل سلسله مراتبی,تحلیل سوات
https://jab.uk.ac.ir/article_2934.html
https://jab.uk.ac.ir/article_2934_ab7dd8d2c832720ec733c124c195065e.pdf
دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6500
13
2
2021
06
22
شناسائی، ارزیابی بیوانفورماتیکی و بررسی بیان ژن DREB2 در گندم محلی کلک افغانی تحت شرایط تنش شوری
103
124
FA
داود
نادری
دانشگاه زابل. پژوهشکده زیست فناوری کشاورزی. زابل. ایران
naderi.davoud02@gmail.com
محبوبه
بصیری
دانشکده کشاورزی. گروه زراعت. دانشگاه زابل. زابل . ایران
mahboobehbasiri62@gmail.com
سید محسن
موسوی
استاد، گروه زراعت، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران.
mousavi@uoz.ac.ir
براتعلی
فاخری
گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی دانشکده کشاورزی دانشگاه زابل
ba_fakheri@yahoo.com
سیدکاظم
صباغ
گروه زیست شناسی دانشکده علوم دانشگاه یزد
sabbagh409@yahoo.com
10.22103/jab.2021.16853.1279
<strong>هدف:</strong> خانواده ژنی DREB، از فاکتورهای رونویسی موثر در تحمل گیاهان به تنشهای محیطی از جمله تنش شوری هستند. پژوهش حاضر با هدف شناسائی و ارزیابی بیان ژن DREB2 در غلظتهای مختلف شوری در گندم محلی کلک افغانی صورت گرفت.<br /> <strong>مواد و روشها:</strong> تیمار تنش شوری با بکارگیری نمک NaCl به گندم اعمال شد. تیمارهای آزمایشی شامل سطوح مختلف شوری (صفر، 100، 150، 200، 250 و300 میلیمولار) بود. سپس استخراج RNA و سنتز cDNA انجام شد و تکثیر قطعه اختصاصی ژن DREB2 با پرایمرهای اختصاصی صورت گرفت. در ادامه ترانسکریپت بدست آمده، برای توالییابی ارسال شد و به منظور شناسائی ژن DREB2، توالی مورد تحلیل قرار گرفت. <br /> <strong>نتایج:</strong> توالی جزئی ژن DREB2 گندم محلی کلک افغانی در پایگاه NCBI با شماره دستیابی KR106189 ثبت گردید. نتایج حاصل از همردیفی، نشان داد که توالی بدست آمده، بیش از 95 درصد با توالی این ژن در گیاهان <em>Triticum dicoccoides</em> و <em>Agropyrum elongatum</em>مشابهت دارد. بررسی ساختار دوم توالی پروتئینی DREB2 از طریق برنامههای PSIpred و SOPMA نشان داد که این توالی دارای 46 مارپیچ آلفا (86/32 %)، 11 پیچ بتا (86/7 %)، 9 رشته بلند (43/6 %) و 74 مارپیچ تصادفی (86/52 %) میباشد. نتایج ارزیابی بیان ژن DREB2 نشان داد که غلظت mM 100 تنش شوری، تاثیر بسزایی در افزایش بیان ژن دارد. به طورکلی بیشترین تاثیر در بیان ژن DREB2 را غلظت mM 100 تنش شوری داشت و کمترین مقدار مربوط به غلظت mM 300 تنش شوری بود.<br /> <strong>نتیجهگیری:</strong> بطور کلی، ژن DREB2 در مقایسه با سایر ژنهای القاشونده توسط تنش، تحمل گیاه را افزایش میدهد و همین امر موجب شده این ژنها جهت مهندسی ژنتیک و بهبود عملکرد محصولات، هدف مطلوب و مناسبی باشند. به نظر می رسد دلیل اینکه میزان بیان ژن DREB2 در غلظتهای بالا افزایش نمی یابد، بارگیری نمک بیشتر از توان سلول ها برای انتقال آن باشد. در این شرایط نمک به سیتوپلاسم منتقل میشوند و مانع از فعالیتهای آنزیمی میگردد. همچنین پیامد رایج ناشی از تجمع غلظتهای بالای نمک، تجمع مقادیر زیادی از اکسیژن فعال آزاد (ROS) باشد که میتواند سبب اکسیداسیون پروتئین ها، آسیب به DNA سلولی، پراکسیداسیون لیپیدها و ایجاد اثر متقابل با دیگر اجزای حیاتی سلول گردد که منجر به سمیت سلول میگردد.<br />
بیوانفورماتیک,توالی جزئی,تنشهای غیرزنده,فاکتورهای رونویسی,موتیف,qPCR
https://jab.uk.ac.ir/article_2935.html
https://jab.uk.ac.ir/article_2935_fd178628588b29cb0d56dd4ec2dd73e9.pdf
دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6500
13
2
2021
06
22
ریزازدیادی و روش کپسولهکردن-آبگیری برای حفاظت فراسرد گیاه لالهی واژگون Fritillaria imperialis
125
146
FA
شیما
صیدی
دانشجوی دکتری گروه باغبانی، واحد رشت، دانشگاه آزاد اسلامی، رشت، ایران
sh.seidi@ymail.com
شهرام
صداقتحور
دانشیار علوم باغبانی، گروه باغبانی، واحد رشت، دانشگاه آزاد اسلامی، رشت، ایران
sedaghathoor@yahoo.com
بهزاد
کاویانی
دانشیار، گروه باغبانی، واحد رشت، دانشگاه آزاد اسلامی، رشت، ایران
kaviani@iaurasht.ac.ir
10.22103/jab.2021.16279.1251
<strong>هدف:</strong> لالهی واژگون (<em>Fritillaria imperialis</em>) از خانوادهی سوسنیان (Liliaceae)، یک گونهی زینتی در معرض خطر انقراض است. تکثیر این گیاه در شرایط طبیعی، کارایی بالایی ندارد و زمانبر است. ریزازدیادی، یک فن مناسب برای تکثیر لالهی واژگون در شرایط درونشیشهای است. برای حفظ خزانهی ژنتیکی این گیاه تهدیدشده، استفاده از فن حفاظت انجمادی ضروری است. برای حفاظت انجمادی، حضور پیشتیمارهای مناسب ضروری است. مهمترین و پر استفادهترین پیشتیمار، کپسولهکردن-آبگیری است. هدف از پژوهش حاضر، تکثیر درونشیشهای لالهی واژگون با استفاده از تنظیمکنندههای رشد گیاهی و حفاظت انجمادی آن با استفاده از پیشتیمار کپسولهکردن-آبگیری بود.<br /><strong>مواد و روشها:</strong> فلسهای سوخ بهعنوان ریزنمونه و محیط کشت MS بهعنوان محیط کشت پایه استفاده شدند. برای ریزازدیادی، کینتین (Kin) و نفتالین استیک اسید (NAA) در غلظتهای صفر (بهعنوان شاهد)، 5/0، 1 و 2 میلیگرم در لیتر مورد استفاده قرار گرفتند. برای حفاظت انجمادی، ریزنمونهها بعد از پیشتیمار با روش کپسولهکردن-آبگیری، در ازت مایع نگهداری شدند. کپسولهکردن با استفاده از آلژینات سدیم انجام شد. آبگیری در هوا و با استفاده از غلظت بالای سوکروز انجام گرفت.<br /><strong>نتایج:</strong> نتایج ریزازدیادی نشان داد که بیشترین تعداد برگ (5/3) و تعداد ریشه (7/5) در ریزنمونههای تیمارشده با 5/0 میلیگرم در لیتر Kin همراه با یک میلیگرم در لیتر NAA بهدست آمد. نتایج حفاظت انجمادی نشان داد که کپسولهکردن-آبگیری در هوا بهعنوان یک پیشتیمار، نقش مؤثری در بقا و قدرت جوانهزنی ریزنمونهها (5/70 درصد) بعد از نگهداری در ازت مایع داشت. کمترین بقای ریزنمونه مربوط به ریزنمونههای شاهد (بدون پیشتیمار) بود. گیاهچههای باززاییشده در شرایط درونشیشهای، درون گلدانهای حاوی پیت موس و پرلایت (به نسبت 1:1) کاشته شدند و با شرایط محیطی سازگار گردیدند. نرخ زندهمانی در گیاهچههای ریزازدیادیشده، 90 درصد و الگوی رشد گیاهان باززاییشده شبیه گیاهان مادری بود.<br /><strong>نتیجهگیری:</strong> پژوهش حاضر، استفاده از 5/0 میلیگرم در لیتر Kin همراه با یک میلیگرم در لیتر NAA را برای ریزازدیادی و کپسولهکردن-آبگیری را برای حفاظت انجمادی ژرمپلاسم لالهی واژگون پیشنهاد میکند. ریزازدیادی توسط اندامزایی و جنینزایی مستقیم و غیر مستقیم یک رویکرد مناسب برای تکثیر گونههای زینتی در حال انقراض است. موفقیت این روشها به نوع و غلظت اکسینها و سیتوکینینهای بهکار برده شده در محیط کشت، انفرادی یا در ترکیب با یکدیگر، بستگی دارد. بهدلیل حفاظت از گیاهان زینتی در معرض خطر انقراض، نیاز است که روشهای زیستفناوری نوین به کار برده شود.
تنظیمکنندهی رشد,خانوادهی سوسنیان,گیاهان در حال انقراض,ذخیرهی ژرمپلاسم,کشت درونشیشهای
https://jab.uk.ac.ir/article_2936.html
https://jab.uk.ac.ir/article_2936_b055d015b5e7aed09cca14fdf093eabd.pdf
دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6500
13
2
2021
06
22
ارزیابی بیوانفورماتیکی تأثیر ترکیبات گیاهی موجود در گیاهان دارویی Hyssopus officinalis L. ، Tragopogon graminifolius و Avicennia marina L در مهار پروتئینهای مؤثر در بروز مقاومت آنتیبیوتیکی در Acinetobacter baumannii
147
170
FA
مرضیه
اتحادپور
مرکز آموزش عالی کشاورزی بردسیر - دانشگاه باهنر کرمان - کرمان
etehadpour@uk.ac.ir
10.22103/jab.2021.17570.1315
<strong>هدف:</strong> استینوباکتر بومانی باکتری مهمی در ایجاد عفونتهای بیمارستانی میباشد که مقاومت چند دارویی دارد. چندین عامل در مقاوم شدن این باکتریها در برابر داروها نقش دارند که مهمترین آنها پروتئینهای OXA-24 beta-lactamase، OXA-23 beta-lactamase وOUTER MEMBRANE PROTEIN A (OMPA) هستند. در همین راستا هدف از این مطالعه بررسی اثر مهارکنندگی ترکیبات گیاهی موجود در گیاهان دارویی شنگ، زوفا و مانگرو بر این پروتئینهای استینوباکتر در محیط in silico میباشد.<br /><strong>مواد و روشها:</strong> در این پژوهش نخست ساختار ترکیبات گیاهی و پروتئینهای مورد بررسی به ترتیب از پایگاههای PubChem و PDB دریافت و سپس خصوصیات فیزیکوشیمیایی ترکیبات گیاهی و همینطور پتانسیل جهشزایی آنها به ترتیب توسط سرور Swiss ADME و نرمافزار Toxtree-v2.6.13 پیشبینی شدند. برای انجام داکینگ مولکولی و برهمکنش میان ترکیبات گیاهی و پروتئینهای مورد نظر از محیطهای ViewerLite، Chimera 1.14، Discovery Studio ، AutoDockTools-1.5.6 و AutoDock Vina استفاده شد. در نهایت، نتایج با استفاده از سه برنامه AutoDockTools ،Visualizer DS و Ligplot مورد آنالیز قرار گرفت.<br /><strong>نتایج:</strong> پتانسیل جهشزایی و مهار سیتوکرومها نشان دادند ترکیبات مربوط به <em>H. officinalis</em> پتانسیل جهشزایی و سمیت سلولی بالاتری نسبت به دو گیاه دیگر داشتند. علاوه بر این، نتایج نشان داد که ترکیبات گیاهی <em>A. marina</em> جذب گوارشی بالاتری در مقایسه با سایر ترکیبات دارند. بررسی مقایسهای برهمکنشها نشان داد که ترکیبات گیاه <em>H. officinalis</em> و <em>A. marina</em> برهمکنشهای قویتری را با پروتئینهای مورد بررسی انجام میدهند. علاوه بر این مشخص شد قویترین برهمکنشهای رخ داده بین ترکیبات گیاهی و پروتئین 1BXWمیباشد. از طرف دیگر مشخص شد ترکیبات گیاه <em>T. graminifolius</em> برهمکنشهای ضعیفتری را با پروتئینهای مورد ارزیابی ایجاد میکنند.<br /><strong>نتیجهگیری:</strong> بر اساس نتایج به دست آمده از مطالعات داکینگ، در میان تمام ترکیبات مورد ارزیابی در هر سه پروتئین 1BXW، 3G4P و4K0X ، بهترین نتایج داکینگ مربوط به ترکیبات cis-pinocamphone و3,5-difluorophenyl ester 2,6-difluorobenzoic acid به ترتیب از گیاهان زوفا و مانگرو است. در حقیقت این ترکیبات با منفیترین سطح انرژی اتصال (به ترتیب Kcal/mol9- و 8/8-) تمایل بیشتری برای اتصال به آمینواسیدهای کلیدی جایگاه فعال هر سه پروتئین مورد مطالعه دارد. بنابراین ترکیبات مذکور میتوانند به عنوان نامزدهای بسیار مناسبی برای بررسی آزمایشگاهی و in vivo فعالیت ضد <em>A. baumannii</em> محسوب شوند.
داکینگ ملکولی,بیوانفورماتیک,بتالاکتاماز,گیاهان دارویی
https://jab.uk.ac.ir/article_2937.html
https://jab.uk.ac.ir/article_2937_581cfb9f71714606306e1153fd29aa60.pdf
دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6500
13
2
2021
06
22
ساخت واکسن پلی اپی توپی بر علیه بیماری نیوکاسل بوسیله طراحی ایمونوانفورماتیکی پروتئین های ایمنی زا
171
188
FA
زهرا
رودباری
عضو هیات علمی دانشگاه جیرفت
roudbari.zahra@ujiroft.ac.ir
عبدالوهاب
ابراهیم پور گرجی
شیلات- دانشده علوم دامی و شیلات - دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری
av.ebrahimpour@yahoo.com
ارسلان
برازنده
بخش علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه جیرفت
mabrazandeh@gmail.com
10.22103/jab.2021.17424.1309
<strong>هدف:</strong> استفاده از تکنیکهای زیستشناسی مولکولی برای تولید واکسنهای جدید علیه سویههای مختلف ویروس بیماری نیوکاسل (NDV) موضوع گزارشهای تحقیقاتی اخیر بوده است. توسعه تکنیکهای بهبودیافته برای تعیین توالی ژنوم منجر به شناسایی مکانیسمهای محافظتی و شناسایی آنتیژنهای احتمالی کاندید شده است؛ تحقیق حاضر با هدف طراحی یک اپی توپ نوترکیب در برابر عوامل اتصال در ویروس نیوکاسل در پرندگان انجام شده است.<br /><strong>مواد و روشها:</strong> در این تحقیق برای ساختن واکسن نوترکیب از روشهای بیوانفورماتیکی استفاده شده است تا با استفاده از آنتیژنهای ضد این ویروس، آنتیژنهای HN و F این بیماری را کنترل و از بین ببریم. برای اتصال این اپی توپها، از لینکرهای انعطافپذیر مانند AAY و KK بهعنوان پیونددهندههای ساختار انتخاب شدند. این ساختار حاوی 309 اسیدآمینه است. فاکتورهای مهم بیولوژیکی این واکسن نوترکیب مانند خصوصیات فیزیکی-شیمیایی، ساختارهای مختلف، پایداری، اختلال پروتئین ذاتی، حلالیت و حساسیتزایی این ساختار واکسن با استفاده از تجزیهوتحلیل سیستم ایمنی بدن ارزیابی شد.<br /><strong>نتایج:</strong> تجزیه و تحلیلهای مختلف پایداری این ساختار را تأیید کرد و اپی توپهای پیشبینیشده در واکسن نوترکیب پتانسیل بالایی را برای القای پاسخ ایمنی سلول Bهای و T نشان داد؛ بنابراین، تجزیهوتحلیل سیستم ایمنی نشان داد که واکسن چند اپی توپی میتواند به درستی پاسخهای ایمنی سلول T و B را تحریک کند و به طور بالقوه میتواند برای برنامههای پیشگیری یا کنترل استفاده شود. از نتایج این مطالعه میتوان برای کنترل و از بین بردن بیماری نیوکاسل در آینده پس از تأیید اثربخشی آن با استفاده از روشهای ایمونولوژیک تجربی استفاده کرد.
طراحی واکسن,چند-اپی توپ,نیوکاسل,HN. F
https://jab.uk.ac.ir/article_2938.html
https://jab.uk.ac.ir/article_2938_98f7bc0781b02fd22127c4997f73683a.pdf
دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6500
13
2
2021
06
22
شناسایی تنوع ژنوم در مرغ لاری با استفاده از روش توالییابی کل ژنوم
189
204
FA
حمیده
بازگیر
دانشگاه شهید باهنر بخش علوم دامی
hamideh.bazgir@yahoo.com
علی
اسماعیلی زاده کشکوئیه
0000-0003-0986-6639
دانشگاه شهید باهنر کرمان
aliesmaili@uk.ac.ir
زینب
امیری
0000-0002-9728-5238
استادیار پژوهشی بخش تحقیقات علوم دامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان فارس، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، شیراز، ایران
zeynabamiri1237@gmail.com
مسعود
اسدی فوزی
دانشیار بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران.
masadi@uk.ac.ir
10.22103/jab.2021.17102.1287
<strong>هدف:</strong>ارزیابی و حفاظت از مرغان بومی به عنوان ذخایر ژنتیکی ارزشمند ضروری است. مطالعه حاضر اولین پژوهش برای شناسایی واریانتهای ژنتیکی در مرغ لاری با اطلاعات توالییابی کل ژنوم است. مطالعه تنوع ژنتیکی مرغ لاری در سطح ژنوم، میتوانند اطلاعات مفیدی را در جهت حفظ و اصلاح نژاد آن فراهم سازد. در این تحقیق تنوع ژنومی پنج قطعه مرغ از نژادلاری با استفاده از تکنیک توالییابی کل ژنوم بررسی شد.<br /> <strong>مواد و روشها:</strong>نمونه خون پنج قطعه مرغ بومی لاری از شهرهای شیراز و زابل گرفته شد. ﺗﻮاﻟﯽﯾﺎﺑﯽ ﮐﻞ ژﻧﻮم ﺑﻪ ﺻﻮرت رفت و برگشتی ﺗﻮﺳﻂ ﺷﺮﮐﺖ اﯾﻠﻮﻣﯿﻨﺎ 2500 Hiseq در ﮐﺸﻮر ﭼﯿﻦ اﻧﺠﺎم ﺷﺪ. کیفیت دادهها توسط برنامهFastQC بررسی شدند. دادهها به وسیله الگوریتم MEM به کار برده شده در برنامة BWA با ژنوم مرجع (Gallus_gallus-5.0/galGal) همردیف شدند. پردارش bam فایلها در چندین مرحله انجام شد. PCR duplicates توسط برنامه Picard حذف شدند. درصد همردیفی با ژنوم مرجع و کاوریج یا عمق پوشش با استفاده از دستورات flagstat و depth به کار برده شده در نرم افزار samtools محاسبه شدند. چندریختیهای تکنوکلئوتیدی (SNPs) و حذف و اضافههای کوچک ژنوم با برنامة GATK شناسایی شدند. مستندسازی چندریختیهای تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنوم با برنامة SnpEff انجام شد. تنوع ژنتیکی ژنوم پنج مرغ با برنامه VCFtools محاسبه شد.<br /> <strong>نتایج:</strong>میانگین درصد همردیفی توالیهای کوتاه با ژنوم مرجع 85/ 99 درصد بود و میانگین عمق پوشش 65/7 X بود. در این پژوهش 9851731 چندریختی تک نوکلئوتیدی و 1024139 حذف و اضافه کوچک بدست آمد که بیشترین مقدار آن در نواحی اینترون و بین ژنی مشاهده شد. میانگین درصد هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار برای جایگاههای چندریختیهای تکنوکلئوتیدی شناسایی شده برای ژنوم پنج مرغ به ترتیب 30/0 و 35/0 بود.<br /> <strong>نتیجهگیری:</strong>نتایج مستندسازی نشان داد که درصد چندریختیهای تک نوکلئوتیدی خاموش (38/%74) بیشتر از درصد چندریختیهای تک نوکلئوتیدی غیرمترادف (بد معنی و بی معنی، 62/25%) در ژنوم مرغ است. کمتر بودن تنوع ژنتیکی مشاهده شده از تنوع ژنتیکی مورد انتظار، به وجود نیروهایی مثل همخونی در جمعیت مرغ لاری میتوان اشاره کرد. اطلاعات بدست آمده از این پژوهش، میتواند برای برنامههای حفاظت و اصلاح نژادی و نیز بررسی ساختار جمعیتی سودمند واقع شوند.
توالییابی کل ژنوم,چند ریختیهای تکنوکلئوتیدی,حذف و اضافههای کوچک,مرغ لاری
https://jab.uk.ac.ir/article_2939.html
https://jab.uk.ac.ir/article_2939_5ccf3711b783bf21cb6c970222a2336d.pdf