TY - JOUR ID - 2593 TI - شناسایی تنوع ژنوم در مرغ مرندی با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم JO - مجله بیوتکنولوژی کشاورزی JA - JAB LA - fa SN - 2228-6705 AU - اکبری, رسول AU - اسماعیلی زاده کشکوئیه, علی AU - امیری قنات سامان, زینب AU - آیت اللهی مهرجردی, احمد AD - دانشگاه شهید باهنر کرمان AD - دانش آموخته دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، بخش مهندسی علوم دامی، دانشکدة کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران و عضو انجمن پژوهشگران جوان، دانشگاه شهید باهنر کرمان. AD - بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان Y1 - 2020 PY - 2020 VL - 12 IS - 1 SP - 161 EP - 176 KW - توالی‌یابی کل ژنوم KW - چند ریختی‌های تک‌نوکلئوتیدی KW - حذف و اضافه‌های کوچک KW - مرغ مرندی DO - 10.22103/jab.2020.15067.1188 N2 - هدف: ارزیابی و حفاظت از مرغان بومی به عنوان ذخایر ژنتیکی آینده ضروری است. در این تحقیق تنوع ژنومی چهار قطعه مرغ از نژاد مرندی با استفاده از تکنیک توالی­یابی کل ژنوم بررسی شد.  مواد و روش­ها: نمونه خون چهار قطعه مرغ بومی از استان آذربایجان شرقی گرفته شد. ﺗﻮاﻟﯽ­ﯾﺎﺑﯽ ﮐﻞ ژﻧﻮم ﺑﻪ ﺻﻮرت -End paired یا دو ﺳﻮﯾﻪ ﺗﻮﺳﻂ ﺷﺮﮐﺖ اﯾﻠﻮﻣﯿﻨﺎ 2500Hiseq اﻧﺠﺎم ﺷﺪ. کیفیت داده­ها توسط برنامهFastQC  بررسی شد­ند. داده­ها به وسیله الگوریتم MEM به کار برده شده در برنامة BWA با ژنوم مرجع (Gallus_gallus-5.0/galGal5) همردیف شد­ند. چندریختی­های تک­نوکلئوتیدی (SNPs) و حذف و اضافه­های کوچک ژنوم با برنامة GATK شناسایی شد­ند. مستند­سازی چند­ریختی­های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه­های کوچک ژنوم با برنامة SnpEff انجام شد. تنوع ژنتیکی ژنوم چهار مرغ با برنامه VCFtools محاسبه شد. نتایج: درصد همردیفی توالی­های کوتاه با ژنوم مرجع بالای 99 درصد بود و میانگین عمق پوشش X7 بود. در این پژوهش 8679990 چند­ریختی تک نوکلئوتیدی و 911095 حذف و اضافه کوچک بدست آمد که بیشترین مقدار آن در نواحی اینترون و بین ژنی مشاهده شد. میانگین درصد هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار برای جایگاه­های چند­ریختی­های تک نوکلئوتیدی شناسایی شده  برای ژنوم چهار مرغ به ترتیب 33/0 و 35/0 بود.  نتیجه­گیری: نتایج مستند­سازی نشان داد که درصد چندریختی­های تک نوکلئوتیدی خاموش (64/74 درصد)  بیشتر از درصد چندریختی­های تک نوکلئوتیدی غیر­مترادف (بد معنی و بی معنی، 36/25 درصد) در ژنوم مرغ است. اطلاعات بدست آمده از این پژوهش، می­تواند برای برنامه­های اصلاح نژادی و حفاظتی و نیز بررسی­‌های ساختار جمعیتی سودمند واقع شوند. UR - https://jab.uk.ac.ir/article_2593.html L1 - https://jab.uk.ac.ir/article_2593_06cf348d295f52922813377c76a4a0ae.pdf ER -