2024-03-28T21:42:56Z
https://jab.uk.ac.ir/?_action=export&rf=summon&issue=436
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1399
12
1
نقش ژن AT2G37050 در پاسخ به یون کادمیوم درگیاه آرابیدوپسیس تالیانا
امید
جزایری
طاهره السادات
آقاجان زاده
پرویز
حیدری
تئو
الزنگا
چکیده هدف: کادمیوم یکی از عناصر سنگین موجود در خاک است که در صورت افزایش غلظت در خاک بهعنوان یکی از آلایندههای زیست محیطی منجر به تهدید سلامت انسان و حیوانات نیز میگردد. در حالیکه گیاهان با افزایش جذب عناصر سنگین کمک مؤثری در رفع آلودگیهای محیطی به عمل آورده و از طرفی دیگر به کمک سازوکارهای متنوعی با تنش کادمیوم مقابله مینمایند، اما تاکنون مسیرهای بیوشیمیایی و ژنهایی که در پاسخ گیاهان به کادمیوم دخیل میباشند، بهطور کامل شناسائی نشدهاند. مواد و روشها: بهدنبال مطالعات پروتئومیک انجام شده بر روی گیاه آرابیدوپسیس تالیانای جهشیافته که ژن شبه رسپتور کینازی AT2G37050 آن از کار افتاده، مشخص گردید 150 پروتئین که در گیاه وحشی (شاهد) حضور داشتهاند، در گیاه جهشیافته ناپدید شدند. در این تحقیق از الگوریتمهای GeneMANIA و agriGO جهت مطالعه GO term استفاده شد که یک سیستم کنترل شده از واژگان زیستی است و ماهیت واژگان زیستی در سه حوزه 1- فرآیند زیستی 2- عملکرد مولکولی 3- بخش بندی سلولی توسط افراد متخصص تعریف میشود. نتایج: مطالعات بیوانفورماتیک بهدست آمده با استفاده از الگوریتم GeneMANIA نشان داد که ژن AT2G37050 در فرآیند زیستی پاسخ گیاه به یون کادمیوم نقش دارد. در مرحله بعد الگوریتم agriGO بهمنظور مطالعه GO terms مورد استفاده قرار گرفت و در نتیجه نقش ژن AT2G37050 در فرآیند زیستی پاسخ به یون کادمیوم مجدداً مورد تایید قرار گرفت. علاوه بر این، وجود GO term های معنادار (FDR<0.05) از جمله مکان خارج سلولی، پلاسمودسماتا، غشاء واکوئل و کلروپلاست که در ارتباط با سازوکارهای دخیل در تحمل گیاه به تنش کادمیوم میباشند، دلیل تقویت کننده دیگری در خصوص ارتباط این ژن در پاسخ به یون کادمیوم میباشد. نتیجه گیری: نتایج این تحقیق علاوه بر پیشنهاد ژن جدید مؤثر در پاسخ به تنش کادمیوم میتواند در ساخت گیاهان تراریخته تصفیه کننده خاک از آلودگی کادمیوم مورد توجه قرار گیرد.
آرابیدوپسیس تالیانا
بیوانفورماتیک
پاسخ به کادمیوم
ژنومیک عملکردی
AT2G37050
2020
04
20
1
22
https://jab.uk.ac.ir/article_2585_1d577145e76eb494927d4c44368e0a3d.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1399
12
1
مطالعهی مورفولوژیکی و فیلوژنتیکی قارچهای میکوریز آربوسکولار همزیست با ریشهی برخی گیاهان دارویی استان کرمان
عیدی
بازگیر
نرگس
حاتمی
ابراهیم
صداقتی
مصطفی
درویش نیا
هدف: گیاهانی که ریشهی آنها با قارچ های میکوریز آربوسکولار رابطهی همزیستی دارند، نسبت به گیاهان غیرمیکوریزی، توانایی بالاتری دربرابر تنشهای مختلف زنده و غیرزندهی محیطی همچون خشکی، شوری و آفات و بیماریهای گیاهی دارند. هدف از این مطالعه، بررسی گونههای مختلف AMF در استان کرمان است. شناسایی این میکروارگانیسمها مبنایی برای مطالعات بیشتر در مورد استفاده از این میکروارگانیسمها در جوانهزنی ، رشد و تکثیر گیاهان دارویی است. مواد و روشها: بهمنظور شناسایی مولکولی و مورفولوژیکی قارچهای میکوریز آربوسکولار، نمونهبرداری از منطقهی ریزوسفر گیاهان دارویی در برخی مناطق استان کرمان انجامشد. اسپورهای قارچ میکوریز آربوسکولار از خاکهای نمونهبرداری شده با استفاده از روش الک مرطوب جداسازی شدند. گروهبندی بر اساس اسلاید میکروسکوپی و ویژگیهایمورفولوژیکی مانند رنگ اسپور، شکل، تزئینات سطح، اندازه و ساختار دیواره آنها و خصوصیات اسپور ها در آب انجام شد. استخراج DNA از تک اسپور انجام شد. بخشی از DNAریبوزومی با روش PCR آشیانهای، با استفاده از آغازگرهای SSUmaf و LSUmAr در مرحله اول و SSUmCf و LSUmBr در مرحله دوم تکثیر گردید و محصول PCRپس از الکتروفورز افقی ژل آگاروز و مشاهدهی باند مربوطه برای توالی یابی ارسال شد. سپس نتایج توالییابی با استفاده از نرمافزارهای BLAST، Gene Runner و Clustal Omega مورد بررسی قرار گرفت و با استفاده از نرمافزار MEGA 7، درخت فیلوژنی رسم شد. یافتهها: براساس بررسیهای مورفولوژیکی و مولکولی، گونههای Viscospora viscosa،Septoglomus deserticola ، Funneliformis caledonius،Funneliformis mosseae و Diversispora spurca شناسایی گردید. در انتها، وجود و چگونگی قرابت گونه های شناسایی شده در درخت فیلوژنی مورد بررسی قرار گرفت. نتیجهگیری: ازآنجا که ویژگیهای مورفولوژیکی مورد استفاده در شناسایی و ردهبندی قارچهای میکوریز محدود میباشند، میتوان برای ردهبندی مطمئنتر از روشهای مولکولی استفاده کرد و از این طریق تمایز گونههای مشابه از نظر مورفولوژیکی و یا تشابه نمونههای متفاوت از نظر ظاهری را تشخیص داد.
آغازگر
ردهبندی
همزیستی
DNA ریبوزومی
PCR آشیانهای
2020
04
20
23
44
https://jab.uk.ac.ir/article_2586_08d5e8beee1ec9d50859e8a4c76914a9.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1399
12
1
ارزیابی تنوع ژنتیکی و تعیین ساختار جمعیت ژنوتیپهای عدس با استفاده از نشانگر ریزماهواره
جواد
سرومیلی
عباس
سعیدی
ناصر
فرخی
معصومه
پوراسماعیل
رضا
طالبی
چکیده هدف: عدس (Lens culinaris) سومین لگوم دانهای مهم در دنیا بعد از نخود و نخود فرنگی میباشد. این مطالعه با اهداف (1) تعیین تنوع ژنتیکی و ساختار تغییرات مولکولی ژنوتیپها و (2) شناسایی روابط بین ژنوتیپها برای نگهداری، مدیریت و استفاده از این ژنوتیپها در برنامههای بهنژادی محصولات زراعی انجام شد. مواد و روشها: DNA ژنومی کل از برگهای از هر ژنوتیپ با استفاده از پروتکل CTAB استخراج شد. پس از استخراج DNA ، نمونههای DNA با استفاده از واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) تکثیر شدند. ارزیابی تنوع ژنتیکی 90 ژنوتیپ عدس با استفاده از 30 نشانگر SSR انجام شد. نتایج: در مجموع 145 آلل چندشکل با میانگین 83/4 آلل به ازای هر جفت آغازگر تکثیر شد. بالاترین تعداد آلل به نشانگر SSR80 با 8 آلل و کمترین آن به SSR96، SSR204،215SSR و SSR233 نشانگر با 3 آلل اختصاص داشت. میزان اطلاعات چندشکلی برای نشانگرها بین 83/0 تا 35/0 با میانگین 63/0 بود. بیشترین و کمترین میزان محتوای اطلاعات چندشکلی به نشانگر SSR80 و نشانگر SSR28 به ترتیب تعلق داشت. مقدار شاخص شانون از 94/1 (برای نشانگرSSR80 ) تا 829/0 (برای نشانگر SSR48) متغیر بود. هتروزیگوسیتی مورد انتظار در ژنوتیپها دامنهای از 845/0 (SSR80) و کمترین آن 422/0 (SSR48) مشاهده شد. میانگین این شاخص 643/0 به دست آمد. تجزیه خوشهای با روش مبتنی بر فاصله Neihbour-Joining و تجزیه ساختار جمعیت با روش مبتنی بر مدل Bayesian انجام شد. بهترین تعداد زیر جمعیت 3 عدد شناسایی شد، که در زیرجمعیتها افرد بر اساس مناطق جغرافیایی از یکدیگر تفکیک نشدند. نتیجهگیری: ﻧﺘﺎﯾﺞ این ﻣﻄﺎﻟﻌﻪ ﻧﺸﺎن داد ﮐﻪ نشانگر SSR ﮐﺎراﯾﯽ ﺑﺎﻻﯾﯽ برای ارزیابی ژنوتیپهای مختلف دارد. این نشانگر ﺗﻮاﻧﺴت ﺗﻤﺎﻣﯽ ژﻧﻮﺗﯿﭗﻫﺎ را ﺑﻪ ﺧﻮﺑﯽ از ﻫﻢ تفکیک ﮐﻨﻨﺪ.
تجزیهی خوشهای
ساختار جمعیت
عدس
محتوای اطلاعات چندشکلی
نشانگرSSR
2020
04
20
45
62
https://jab.uk.ac.ir/article_2587_2f46940b719afe49110fe12936bda565.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1399
12
1
القای ریشههای مویین به کمک Agrobacterium rhizogenes در گیاه دارویی گلگاوزبان خوزستانی (Echium khuzistanicum)
سمیرا
محمدی
رحیم
حداد
وحید
شریعتی
چکیده هدف: در پژوهش حاضر برای اولین بار تاثیر سویههای مختلف باکتری، زمان همکشتی و غلظتهای مختلف استوسرینگون برای تولید ریشههای مویین در گیاه گلگاوزبان خوزستانی بررسی شد. روش: برگهای گیاه 21 روزه و سه غلظت مختلف استوسرینگون (0، 100 وµM 200 ) و سه سویه باکتری اگروباکتریوم رایزوژنز (A4، ATCC15834 و 11325)در دو زمان همکشتی 48 و 72 ساعت برای القا ریشه مویین استفاده شدند. در هر ریزنمونه، زخمهای سطحی با سرنگ آغشته به باکتری ایجاد شد. سپس ریزنمونهها به محیط کشت 1/2 MS جامد حاوی 100 میلیگرم بر لیتر اسید آسکوربیک منتقل و به مدت 48 یا 72 ساعت در اتاق رشد نگهداری شدند. از تکنیک PCR برای تایید تراریختی ریشههای مویین با آغازگرهای اختصاصی تکثیر ژن rolB استفاده شد.اندازه گیری شیکونین بر مبنای سیستم کروماتوگرافی مایع با توان بالا انجام شد. یافتهها: اولین ریشههای مویین از محلهای زخمی برگ پس از 14 تا 21 روز ظاهر شدند. وجود T-DNA اگروباکتریوم در ژنوم ریشههای مویین با تکنیک PCR و استفاده از آغازگر اختصاصی ژن rolB تائید شد. سویه ATCC15834 در غلظتهای 100 و 200 میکرومولار استوسرینگون بیشترین میزان القای ریشه مویین را داشت، که نشان میدهد ترکیبات فنلی مثل استوسرینگون در افزایش القای ریشه مویین مؤثر است. به طور کلی، افزایش زمان همکشتی و غلظت استوسرینگون با یکدیگر منجر به افزایش القای ریشه مویین توسط هر سه سویه باکتری شد. بیشترین میزان تولید شیکونین در ریشه مویین با فنول کمتر و به میزان 254.4±0.56 µg/g FW بود. نتیجهگیری: نتایج این تحقیق برای اولین بار نشان میدهد که تراریختی و القا ریشههای مویین در گیاه گل گاوزبان خوزستانی E.hhuzistanicum توسط Agrobacterium rhizogenes امکانپذیر بوده و می تواند در تحقیقات انتقال ژن و کشت ریشههای مویین برای تولید متابولیت با ارزش شیکونین مورد استفاده قرار گیرد.
گلگاوزبان خوزستانی
گیاهان دارویی
شیکونین
متابولیت ثانویه
2020
04
20
63
80
https://jab.uk.ac.ir/article_2588_296fa89a705d9a41f7bfa32c27124b21.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1399
12
1
بررسی چندشکلی ژن Hsp70 در مرغهای بومی استان خوزستان
محمود
نظری
فاطمه
ثعلبی
سوسن
رادپور
چکیده هدف: پروتئینهای شوک حرارتی 70 (Hsp70) خانوادهای از چاپرونهای مولکولی هستند که برای تاخوردگی صحیح پروتئینها و بسیاری از فعالیت های سلولی مورد نیاز هستند. هدف از این تحقیق تعیین چندشکلی ژن شوک حرارتی ۷۰ مرغ بومی استان خوزستان با استفاده از تکنیک SSCP بود. مواد و روشها: بدین منظور از ۱۳۰ مرغ بومی شهرستانهای اندیمشک، شوش، رامهرمز و ایستگاه اصلاح نژاد مرغ بومی جهاد (شهرستان باوی) خونگیری بهعمل آمد. پس از استخراج DNA، ناحیه موردنظر (359 جفت بازی ابتدای ژن) توسط آغازگرهای اختصاصی به روش واکنش زنجیرهای پلیمراز تکثیر و توالییابی شد. نتایج: نتایج نشاندهنده وجود چندشکلی در قسمت ابتدایی ژن شوک حرارتی ۷۰ بود که توسط توالییابی محصولات PCR تایید گردید و دو جایگاه چندشکل در این منطقه شناسایی شد: یک جهش از نوع انتقال در موقعیت ۲۵۹+(A259G) سبب جایگزینی گوانین با آدنین و یک جهش از نوع جابجایی در موقعیت ۲۷۷+ (C277G) سبب جایگزینی گوانین با سیتوزین. آزمون مربع کای نشان داد که جایگاههای مورد بررسی در حالت تعادل هاردی-وینبرگ نیستند. بهعلاوه، هتروزیگوسیتی مشاهده شده و تعداد آلل موثر نشان داد که میزان تنوع این جایگاهها در جمعیت بالاست. بعلاوه، هاپلوتیپ H3 بیشترین فراوانی را در جمعیت داشت. در این هاپلوتیپ جهش از نوع A259G رخ داده است. نتیجه گیری: باید در حفظ این جمعیت کوشید تا در آینده بتوان از این مخازن با ارزش در صورت نیاز اسفاده نمود. انتخاب در مرکز اصلاح نژاد دام جاهد سبب افزایش همخونی و در نتیجه فراوانی هاپلوتیپ H3 در جمعیت شده است.
چندشکلی
ژن شوک حرارتی 70
مرغهای بومی
2020
04
20
81
100
https://jab.uk.ac.ir/article_2589_533a450fcd9f318339a5ee51fb004aa5.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1399
12
1
مطالعه نیمرخ بیانی در گیاه اسطوخودوس انگلیسی تحت تنش خشکی با روش توالییابی رونوشتها
حمیده
قجر
حسن
سلطان لو
سیده ساناز
رمضانپور
الهه
توکل
هدف: خشکی از مهمترین عوامل محدودکننده زمینهای کشاورزی بوده و اثرات نامطلوبی بر رشد و تولید گیاهان اعمال میکند. اسطوخودوس انگلیسی گیاهی دارویی و معطر است که بهدلیل ارزش اسانس آن از اهمیت فوقالعادهای برخوردار است. با توجه به ماهیت نسبتا مقاوم این گیاه به کمآبی، میتواند جایگزین مناسبی برای گیاهان دارای نیاز آبی بالا در کشور باشد. بهمنظور شناسایی برخی ژنهای دخیل در پاسخ به خشکی در گیاه اسطوخودوس انگلیسی، تحلیل ترنسکریپتوم این گیاه در شرایط تنش خشکی و شاهد با بکارگیری فناوری RNA-Seq انجام پذیرفت. روش: RNAهای پیامرسان بافت برگ و گل گیاهان شاهد و تحت تنش خشکی توسط Illumina HiSeq. 2000 توالییابی شد. ضمن اینکه فعالیت برخی آنزیمهای آنتیاکسیدان، مالوندآلدئید و دیتیروزین در گیاهان شاهد و تحت تنش اندازهگیری شد. یافتهها: از مجموع 264126 رونوشت توالییابی شده، 1083 ژن در بافت گل و 150 ژن در بافت برگ در اثر اعمال تنش خشکی نسبت به گیاهان شاهد بیان افتراقی داشتند. چندین گروه GO شامل فعالیت کاتالیتیکی، پاسخ به محرکها و اتصال، در ژنهای دارای بیان افتراقی غنی شدند. همچنین آنالیز KEGG، مسیرهای مختلف مرتبط با تنش مثل سنتز متابولیتهای ثانویه، متابولیسم گلوتاتیون و پرولین و انتقال سیگنال هورمونی را شناسایی نمود. ضمن اینکه برخی ژنهای مرتبط با آنزیمهای آنتیاکسیدانت در این تحقیق شناسایی شد. نتیجهگیری: مطالعه حاضر اولین گزارش از کاربرد RNA-Seq در گیاه اسطوخودوس انگلیسی تحت تنش خشکی است. تحلیل بیوشیمیایی صورت گرفته در این تحقیق نیز با نتایج به دست آمده از RNA-Seq مطابقت داشته است. یافتههای حاصل از این تحقیق درک ما را از شبکه مولکولی پاسخ دهنده به تنش خشکی در گیاه اسطوخودوس انگلیسی توسعه داده است.
آنالیز بیوشیمیایی
انتولوژی ژن (GO)
ژنهای با بیان افتراقی (DEGs)
RNA-Seq
2020
04
20
101
124
https://jab.uk.ac.ir/article_2590_17fd079e76a26f88a1a5e095e526a644.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1399
12
1
بررسی بیان ژن تلومراز در آفتابگردان روغنی تحت تنش خشکی
فائزه
حسین پور
رضا
درویشزاده
مریم
پروینی کهنه شهری
چکیده هدف: خشکی شایعترین تنش محیطی است که به طور تقریبی موجب محدودیت تولید در 25 درصد از زمینهای دنیا می شود. تنش خشکی باعث ایجاد تغییرات در مورفولوژی، فیزیولوژی و پروفایل بیان ژن ها در گیاه میشود. یکی از اثرات تنش خشکی، تنش اکسیداتیو است که سبب آسیب به DNA تلومری می شود. مکانیسم غالب حفظ تلومر در اکثر یوکاریوتها وابسته به فعالیت آنزیم تلومراز است که مانع کوتاه شدن انتهای کروموزوم میگردد. در این مطالعه بیان ژن تلومراز در دو ژنوتیپ مقاوم و حساس به خشکی در آفتابگردان روغنی با تکنیک Real time PCR ارزیابی شد. مواد و روش ها: ژنوتیپ های ENSAT254 و LC1064C در قالب طرح کاملا تصادفی با 3 تکرار در گلخانه کشت شدند. گیاهان تا مرحله 8 برگی از لحاظ وضعیت آبی نزدیک 100 درصد ظرفیت زراعی نگهداری شدند. بعد از این مرحله تعدادی از گلدانها در همان ظرفیت زراعی نگهداری شدند (نمونه های شاهد) اما تعدادی تحت تنش خشکی 80%، 60% و 40% ظرفیت زراعی قرار گرفتند. نمونه برداری از برگ ها در دو زمان 7 و 21 روز بعد از اعمال تنش و از تیمار شاهد انجام گرفت. استخراج RNA از نمونههای برگی با استفاده از محلول استخراج RNX-plus TM (شرکت سیناکلون، ایران) و واکنش Real time PCR با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن تلومراز انجام گرفت. تجزیه واریانس دادهها و مقایسه میانگین تیمارها با استفاده از نرمافزار SAS 9.4 انجام گرفت. نمودارها با Excel نسخه 2016 رسم شدند. نتایج: نتایج مقایسات میانگین نشان داد میزان بیان ژن کدکننده آنزیم تلومراز در ژنوتیپ های حساس و مقاوم آفتابگردان متفاوت است بهطوری که میزان بیان ژن کدکننده آنزیمتلومراز در ژنوتیپ مقاوم (ENSAT254) نسبت به ژنوتیپ حساس (LC1064C) بهطور معنیداری افزایش یافت. نتیجهگیری: از آنجاییکه آنزیم تلومراز در حفظ یکپارچگی و پایداری ژنوم در چرخهی سلولی نقش اساسی دارد در نتیجه افزایش بیان ژن تلومراز در ژنوتیپ متحمل (ENSAT254) در مقایسه با ژنوتیپ حساس (LC1064C) احتمالا حاکی از دخالت ژن فوق در مقاومت آفتابگردان به تنش خشکی باشد.
تلومر
دانه های روغنی
ظرفیت مزرعه ای
مقاومت به خشکی
واکنش زنجیره ای پلی مراز در زمان واقعی
2020
04
20
125
142
https://jab.uk.ac.ir/article_2591_8b1effa16f7eac5eba254e13f189b474.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1399
12
1
تاثیر سن جنینهای نارس ارکیده بر میزان جوانهزنی به روش غیرهمزیست با کمک بهینهسازیتنظیمکنندههای رشد گیاهی
حسین
پیری
چکیده هدف: دانههای ارکیده بسیار ریز، فاقد مواد غذایی و بندرت در شرایط طبیعی جوانه میزنند. برای جوانهزنی در شرایط طبیعی ابتدا بایستی همزیستی با قارچها، بویژه قارچهای میکوریزا انجام شود. با استفاده از تکنیک کشت بافت و فراهم نمودن تمام شرایط لازم برای رشد و توسعه، میتوان این محدودیتها را برطرف نمود. مواد و روشها: کپسولهای حاوی دانه بعد از تمیز نمودن سطحی به منظور حذف کامل عوامل بیماریزا، داخل محلول 1 درصد تیپل (Teepol) بعنوان ماده ضدعفونیکننده و خیسکننده برای 20 دقیقه قرار گرفتند. سپس شستشو و به زیر دستگاه لامینار ایرفلو منتقل و در شرایط کاملا" استریل با کلرید جیوه (Hgcl2) به میزان 2/0 درصد به مدت 10 دقیقه، بوستین (Bavistin) و استرپتومایسین (Streptomycin) هر کدام به میزان 03/0 درصد بمدت 5 دقیقه ضدعفونی شدند. تمام محیطهای کشت همزمان آماده و دانهها در شرایط کاملا" سترون بطور یکنواخت کشت و جهت جوانهزنی در اتاق رشد قرار داده شدند. نتایج: درصد و سرعت جوانهزنی تحت تاثیر سن دانه و تنظیمکنندههای رشد قرار داشت. تشکیل اسفرول و سنتز کلروفیل در مرحله سوم کشت دانه، حداکثر بود. تشکیل، توسعه و تمایزیابی پروتوکورم بسته به نوع تیمار و مرحله رشدی دانهها در فاصله زمانی بین 43 الی 76 روز بعد از کشت مشاهده شد، که نسبت به شاهد در سطح آماری 1 درصد معنیداری بود. نتیجهگیری: با توجه به نتایج حاصل از آنالیز دادهها میتوان بیان داشت، در بیشتر موارد درصد موفقیت از مرحله جوانهزنی تا تمایزیابی پروتوکورم در گلهای ارکیده با توجه به سن دانه گیاهی در هر گونه و رقم، نوع تنظیمکنندههای رشد گیاهی مورد استفاده، نسبت و ترکیب دو نوع اکسین و نسبت اکسین به سایتوکنین و بالعکس متفاوت می باشد، در نتیجه لازم است برای هر گونه و رقم با توجه به تفاوت در طول دوره گردهافشانی تا رسیدن دانه آزمایشات تکمیلی جدیدی انجام شود.
اسفرول
پروتوکورم
محیط کشت M
هورمونهای رشد
2020
04
20
143
160
https://jab.uk.ac.ir/article_2592_247017eb9c50e1f77e47d1df01db0cec.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1399
12
1
شناسایی تنوع ژنوم در مرغ مرندی با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم
رسول
اکبری
علی
اسماعیلی زاده کشکوئیه
زینب
امیری قنات سامان
احمد
آیت اللهی مهرجردی
هدف: ارزیابی و حفاظت از مرغان بومی به عنوان ذخایر ژنتیکی آینده ضروری است. در این تحقیق تنوع ژنومی چهار قطعه مرغ از نژاد مرندی با استفاده از تکنیک توالییابی کل ژنوم بررسی شد. مواد و روشها: نمونه خون چهار قطعه مرغ بومی از استان آذربایجان شرقی گرفته شد. ﺗﻮاﻟﯽﯾﺎﺑﯽ ﮐﻞ ژﻧﻮم ﺑﻪ ﺻﻮرت -End paired یا دو ﺳﻮﯾﻪ ﺗﻮﺳﻂ ﺷﺮﮐﺖ اﯾﻠﻮﻣﯿﻨﺎ 2500Hiseq اﻧﺠﺎم ﺷﺪ. کیفیت دادهها توسط برنامهFastQC بررسی شدند. دادهها به وسیله الگوریتم MEM به کار برده شده در برنامة BWA با ژنوم مرجع (Gallus_gallus-5.0/galGal5) همردیف شدند. چندریختیهای تکنوکلئوتیدی (SNPs) و حذف و اضافههای کوچک ژنوم با برنامة GATK شناسایی شدند. مستندسازی چندریختیهای تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنوم با برنامة SnpEff انجام شد. تنوع ژنتیکی ژنوم چهار مرغ با برنامه VCFtools محاسبه شد. نتایج: درصد همردیفی توالیهای کوتاه با ژنوم مرجع بالای 99 درصد بود و میانگین عمق پوشش X7 بود. در این پژوهش 8679990 چندریختی تک نوکلئوتیدی و 911095 حذف و اضافه کوچک بدست آمد که بیشترین مقدار آن در نواحی اینترون و بین ژنی مشاهده شد. میانگین درصد هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار برای جایگاههای چندریختیهای تک نوکلئوتیدی شناسایی شده برای ژنوم چهار مرغ به ترتیب 33/0 و 35/0 بود. نتیجهگیری: نتایج مستندسازی نشان داد که درصد چندریختیهای تک نوکلئوتیدی خاموش (64/74 درصد) بیشتر از درصد چندریختیهای تک نوکلئوتیدی غیرمترادف (بد معنی و بی معنی، 36/25 درصد) در ژنوم مرغ است. اطلاعات بدست آمده از این پژوهش، میتواند برای برنامههای اصلاح نژادی و حفاظتی و نیز بررسیهای ساختار جمعیتی سودمند واقع شوند.
توالییابی کل ژنوم
چند ریختیهای تکنوکلئوتیدی
حذف و اضافههای کوچک
مرغ مرندی
2020
04
20
161
176
https://jab.uk.ac.ir/article_2593_06cf348d295f52922813377c76a4a0ae.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1399
12
1
بیان ژن ESR1 در بز کرکی راینی با استفاده از Real Time PCR
محمدرضا
محمدآبادی
چکیده هدف: گیرنده استروژن (ER) یک فاکتور رونویسی است که واسطه عملکرد هورمون استروژن در بسیاری از فرآیندهای فیزیولوژیکی و آسیب شناختی است. بیان گیرنده استروژن (ESR1)، که گیرنده استروژن آلفا (ER-α) را کد می کند، مختص بافت است. به عنوان مثال، بیان ESR1 در آندومتر و غده پستانی بسیار زیاد است و در جفت و پوست کم است. این ژن روی کروموزوم شماره 6 انسان قرار دارد و به نامهای Era، ESRA، ESTRR، و NR3A1 نیز معروف است. در چندین پژوهش نشان داده شده است که واریانتهای ژنتیکی در این ژن با حساسیت به سرطان پستان همبستگی دارند. هدف این پژوهش بررسی میزان بیان ژن ESR1 در بافتهای مختلف بز کرکی راینی با استفاده از Real Time PCR بود. مواد و روشها: تعداد یک راس بز نر و یک راس بز ماده برای نمونه برداری از بافتها انتخاب شدند. نمونهها از بافتهای قلب، کلیه، مغز، تخمدان، رحم، پستان و بیضه (از هر بافت 3 تکرار) در هنگام کشتار در کشتارگاه تهیه شد. RNA کل استخراج و cDNA ساخته شد. برای برررسی میزان نسبی بیان ژن ها از واکنش Real Time PCR به روش SYBR Green استفاده شد. در این مطالعه از ژن GAPDH به عنوان ژن کنترل داخلی استفاده شد. برای تجزیه و تحلیل دادههای حاصل از Real Time PCR از روش پیفافل استفاده شد. نتایج: مطالعه بیان ژن ESR1 در بافتهای قلب، کلیه، مغز، تخمدان، رحم، پستان و بیضه بز کرکی راینی با استفاده از روش PCR در زمان واقعی نشان داد که این ژن در تمامی بافتهای بررسی شده بیان شده است. بیشترین سطح بیان در بافتهای کلیه، تخمدان، رحم و بیضه و کمترین سطح بیان در بافت مغز و قلب مشاهده شد نتیجهگیری: با توجه به نتایج پژوهش حاضر و نتایج سایر محققین میتوان نتیجه گرفت که گیرندههای استروژن نقش مهمی در اسپرماتوژنز و باروری نرها دارند، چرا که در پژوهش حاضر مشخص شد که ESR1 در بافتهای تولیدمثلی نسبت به بافتهای غیرتولیدمثلی بسیار بیشتر بیان میشود. لذا، استروژن و گیرندههایش به احتمال زیاد برای باروری نرها بسیار ضروری هستند و نتایج این پژوهش اساسی را برای پژوهشهای آینده جهت توصیف نقش ژن ESR1 به عنوان یک ژن کاندیدا برای باروری بهتر و فیزیولوژی طبیعی در حیوانات اهلی، به ویژه بز فراهم کرده است.
بافتهای تولیدمثلی
بز کرکی راینی
بیان ژن
ESR1
2020
04
20
177
192
https://jab.uk.ac.ir/article_2594_a0e8043b0ba88f3130060072b095fd95.pdf