2024-03-29T10:48:13Z
https://jab.uk.ac.ir/?_action=export&rf=summon&issue=489
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1400
13
1
شناسایی و جداسازی ژنهای سینامات 4- هیدروکسیلاز و چالکون سنتتاز در ریشه گیاه گل سازوئی Scrophularia striata و بررسی بیان آنها و برخی صفات فیزیولوژیک تحت تاثیر الیستورهای غیر زیستی مختلف
زینب
رستمی
آرش
فاضلی
هدف: گل سازوئی (Scrophularia striata) گیاهی متعلق به خانواده گـل میمـون (Scrophulariaceae) است. نظر به اهمیت ترکیبات فنیل پروپانوئیدی در این گیاه، شناسایی و جداسازی ژنهای کد کننده آنزیمهای سینامات 4- هیدروکسیلاز (C4H) و چالکون سنتتاز (CHS) دخیل در مسیر بیوسنتز این ترکیبات و همچنین ارزیابی بیان ژنهای مذکور تحت تاثیر محرکهای گوناگون غیر زیستی انجام شد. مواد و روشها: بذور گیاهان وحشی رشد یافته در اطراف دانشگاه جمعآوری و در شرایط گلخانهای کشت داده شدند. قبل از مرحله گلدهی نمونه برداری صورت گرفت. استخراج RNA، سنتز cDNA، جداسازی و تعیین توالی ژنهای CHS و C4H در ریشه این گیاه برای اولین بار به طور موفقیت آمیزی انجام گرفت. بیان ژنهای مذکور تحت تاثیر سه الیسیتور سالیسیلیک اسید (SA)، جاسمونیک اسید (JA) و جیبرلیک اسید (GA) هر کدام در غلظتهای 100 و 300 پیپیام در قالب طرح کاملا تصادفی در سطح رونوشت به روشRealTimePCR انجام شد. نتایج: نتایج آنالیز بیان ژن نشان داد که در بین محرکهای مورد استفاده، JA و SA در غلظت 100 پیپیام بیشترین تاثیر را بر افزایش بیان ژنهای C4H و CHS داشتند. به طوری که در بررسی تاثیر الیستورهای فوق الذکر بر تجمع ترکیبات فنیل پروپانوئیدی این موضوع به طور نسبی تایید شد. همچنین با افزایش غلظت JA و SA بیان ژنهای C4H و CHS کاهش یافت. نتیجهگیری: نتایج کلی کاربرد الیسسیتورها روی بیان ژن و انباشت متابولیتهای ثانویه نشان داد که کاربرد خارجی محرکها در غلظت مناسب احتمالا از طریق القای سیستم دفاعی گیاه میتواند در بیوسنتز و انباشت متابولیتهای ثانویه با ارزش همچون ترکیبات فنیل پروپانوئیدی در ریشه گل سازوئی نقش داشته باشد و به دنبال آن شناسایی و آنالیز بیان ژنهای درگیر در بیوسنتز چنین ترکیبات با ارزشی میتواند در تحقیقات پایه تکمیلی جهت استفاده در صنعت داروسازی و صنایع غذایی موثر واقع شود.
گل سازوئی
الیستور
چالکون سنتتاز
سینامات 4- هیدروکسیلاز
فنیل پروپانوئید
2021
03
21
1
28
https://jab.uk.ac.ir/article_2866_a8d08bf9251b0e2e5f5c43145d6bbd9a.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1400
13
1
ریبونوکلئازها به عنوان عوامل درمانی بالقوه
معصومه
وکیلی ازغندی
محمدرضا
نصیری
شاهرخ
قوتی
علی
جوادمنش
هدف: ریبونوکلئازها به دلیل ایجاد سمیت سلولی به عنوان عوامل دارویی دارای پتانسیل درمانی شناخته میشوند. عملکرد بالای این آنزیمها در تخریب رشته RNA و سایر سوبستراهای آنها و به دنبال آن انهدام سلول و یا توقف تقسیم سلولی باعث بروز اثر سمیت سلولی بسیار بالای آنزیمهای مذکور در سلولهای سرطانی مختلف میشود. از این رو در مقاله حاضر به بررسی کاربردهای درمانی ریبونوکلئازها، مسیرهای سلولی و مکانیسم عمل آنها به عنوان عوامل سیتوتوکسیک به منظور توجه به آنها در پژوهشهای حوزه سلامت و درمان پرداخته شده است. مواد و روشها: در این مطالعه با استفاده از کلید واژههای سرطان، ریبونوکلئاز، مهارکننده ریبونوکلئازی و اسید ریبونوکلئیک، در پایگاههای اطلاعاتی معتبر Scopus، SID، IranDoc، PubMed، Google Scholar، Web of Science و IranMedex جستجو انجام شد. به منظور انتخاب مستندات مورد استفاده، تمام مقالاتی که به زبان غیرانگلیسی و فارسی چاپ شده بودند، مقالات تکراری، مقالاتی که امکان دستیابی به متن کامل مقاله وجود نداشت و همچنین مقالاتی که به صورت چکیده ارائه شده بودند حذف گردیدند. نهایتا موارد منتخب به منظور تنظیم مقاله حاضر به طور کامل مطالعه و خلاصهسازی شدند. نتایج: مطالعه و بررسی پژوهشهای انجام شده نشان داد که ریبونوکلئازها توانایی از بین بردن سلولهای تومور را دارا بوده و این آنزیمها خصوصیات ضد ویروسی نیز دارند. از میان این آنزیمها ریبونوکلئاز پانکراس گاوی، ریبونوکلئاز سمینال گاوی، آنکوناز و انژیوژنین به عنوان ریبونوکلئازهای با فعالیت آنتیتوموری بالا شناخته شدهاند که از طریق مسیرهای مختلف سلولی یا ایجاد جهش در جهت افزایش سمیت سلولی فعالیت سیتوتوکسیتی را علیه سلولهای سرطانی بهصورت انتخابی بروز میدهند. همچنین مطالعه مقالات مرتبط با عملکرد ریبونوکلئازها نشان داد که بررسی مسیرهای ژنتیکی سنتز و مکانیسمهای ایجاد سمیت سلولی در این آنزیمها، امکان ایجاد محصولات دارویی جدید را در آینده فراهم خواهد کرد. بهرهگیری از فرآیندهای مهندسی و تغییرات شیمیایی در ساختار لیگاند/رسپتور ممکن است سبب افزایش سمیت مولکولهای ریبونوکلئاز به منظور انتخاب مسیرهای سیتوتوکسیک برای کار بر روی سلولهای بدخیم شود. بنابراین کشف پتانسیل درمانی و بررسی جزییات ارزشهای درمانی ریبونوکلئازها ضروری میباشد. نتیجهگیری: ریبونوکلئازها کاندیدهای دارویی بالقوه با زیست فراهمی کافی هستند و با توجه به اثر سمیت آنها، که بر پایه هیدرولیز انتخابی مولکولهای RNA داخل سلولی و فرآیندهای خاص شناسایی غشاء سلولی میباشد، میتوان از این آنزیمها بهعنوان داروهای ضد تومور و یا عوامل درمانی استفاده کرد.
ریبونوکلئاز
سمیت سلولی
آپپتوز
کاندید دارویی
مسیرهای سلولی
2021
03
21
29
56
https://jab.uk.ac.ir/article_2867_f9b259c22bd718bfd4082515cfbb4eb3.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1400
13
1
تنوع ملکولی و روابط ژنتیکی بین تودههای Aegilops tauschii بر اساس چندشکلی حاصل از ناحیه CAAT-box پروموتر ژنها
عاطفه
نوری
علیرضا
اطمینان
مریم
گل آبادی
علی
اشرف مهرابی
عبدالمجید
رضایی
هدف: اهمیت خویشاوندان وحشی در به نژادی گندم سبب شده است تا مطالعات فراوانی در رابطه با بررسی تنوع و ساختار ژنتیکی گونههای مختلف گندم وحشی با استفاده از سیستمهای نشانگری گوناگون انجام شود. هدف این مطالعه بررسی تنوع ژنتیکی 90 توده مختلف tauschii Ae. به منظور تعیین میزان تنوع ژنتیکی، و همچنین آنالیز ساختار ژنتیکی آنها برای گروهبندی تودهها با استفاده از چند شکلی حاصل از نواحی CAAT-box بود. مواد و روشها: در این تحقیق تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت 90 توده Ae. tauschii جمعآوری شده از مناطق مختلف ایران با استفاده از 12آغازگر CBDP مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: با توجه به نتایج به دست آمده در مجموع، تعداد 141 باند توسط 12 آغازگر مورد استفاده تولید شد که 91 مورد از این باندها چندشکل بودند و متوسط تعداد باند چند شکل تولید شده به ازای هر آغازگر برابر با 58/7 بدست آمد. مقدار شاخص محتوای اطلاعات چند شکل(PIC) و شاخص نشانگر (MI) برای آغازگرهای CBDP مورداستفاده بترتیب بین 4/0 تا 49/0 و 49/1 تا 99/4 متغیر بود. با توجه به شاخصهای محاسبه شده آغازگرهای CB9، CB12 و CB1 بیشترین کارایی را در تفکیک ژنتیکی تودهها نشان دادند. تجزیه ساختار ژنتیکی، تودههای مورد بررسی را در سه گروه اصلی با تعداد 10، 18 و 30 توده دستهبندی نمود و بقیه تودهها به عنوان تودههای مخلوط شناسایی شدند. در این مطالعه بالاترین مقادیر شاخصهای تنوع ژنتیکی شامل تعداد آللهای مؤثر، شاخص شانون و میزان هتروزیگوسیتی مربوط به زیر جمعیت 1 بود. علاوه بر این، میزان تمایز ژنی (Gst) و جریان ژنی (Nm) بین زیر جمعیتها به ترتیب برابر با 03/0 و 58/18 بود. دندروگرام حاصل از تجزیه خوشهای، تودههای مورد بررسی را به سه گروه تقسیم بندی نمود که مطابق با گروهبندی حاصل از تجزیه ساختار ژنتیکی بود. نتیجه گیری: نتایج حاصل از پارامترهای مختلف نشان داد که نشانگر CBDP یک نشانگر مناسب در بررسی تنوع ژنتیکی تودههای Aegilops tauschii میباشد. همچنین با توجه به نتایج ساختار ژنتیکی جمعیت و پارامترهای تنوع ژنتیکی بین زیر جمعیتی به نظر میرسد لازم است اقداماتی جهت حفاظت از این منبع ژنتیکی ارزشمند که توان بالقوه بسیار بالایی در بهنژادی گندم زراعی دارد، صورت گیرد.
تنوع
ساختار جمعیت
گندم وحشی
مدیریت ژرم پلاسم
2021
03
21
57
74
https://jab.uk.ac.ir/article_2868_f95aa3794536feac8d3e6f343fbab2d3.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1400
13
1
بررسی اثر عصاره الکلی برگ گیاه برگبو بر پروماستیگوتهای لیشمانیا ماژور از طریق روش رنگ سنجی در مدل برونتنی
ایمان
نیک ایین
غلامرضا
شریفی سیرچی
ایرج
شریفی
لیشمانیوز، یکی از بیماریهای انگلی گسترده در جهان، یک بیماری مشترک بین انسان و دام محسوب میگردد که توسط تک یاختهای از جنس لیشمانیا ایجاد میشود. داروهای گیاهی در بسیاری از موارد فاقد هر گونه عارضه و از طرفی در دسترس و ارزان میباشند. از این رو پیدا کردن یک داروی گیاهی برای درمان لیشمانیوز یکی از اهداف جهانی است. این مطالعه بهمنظور ارزیابی فعالیت ضد لیشمانیایی عصاره الکلی برگهای گیاه دارویی برگبو، روی مرحله پروماستیگوت لیشمانیا ماژور با روش رنگ سنجی در شرایط آزمایشگاهی انجام شد. مواد و روشها: برای تعیین سمیت عصاره بر سلولهای ماکروفاژ از روش MTT و خوانش با الایزا و برای تعیین اثر آنتی پروماستیگوتی عصاره از روش بررسی آپوپتوز با فلوسایتومتری استفاده شد. میزان CC50 و IC50 از طریق نتایج این دو تست محاسبه شدند و در هر دو تست از آمفوتریسین به عنوان کنترل مثبت استفاده شد. برای این منظور، پروماستیگوتها به همراه غلظتهای مختلف عصاره برگ برگ بو و آمفوتریسین B بر روی پلیت 96 خانه اضافه و به مدت 72 ساعت انکوبه شدند و سپس ارزیابی ها براساس آزمونهای فوق صورت پذیرفت. دادههای آماری با استفاده از روش دانکن، ANOVA و نرم افزار SAS در سطح احتمال P≤0/05 آنالیز شدند. نتایج: بیشترین مقدار آپوپتوز مربوط به تیمار800 میکروگرم بر میلیلیتر که بهترتیب در آمفوتریسین B 35/97 و عصاره برگبو 04/63 درصد بود. غلظتی از دارو که از رشد 50% سلولها جلوگیری میکند (CC50)، برای آمفوتریسین B 6/129 و برای برگبو 5/200 میکروگرم بر میلیلیتر بود. میزان IC50 پروماستیگوت در آمفوتریسین و برگبو بهترتیب بهطور میانگین 5/18 و 5/589 میکروگرم بر میلیلیتر میباشد. نتیجهگیری: عصاره برگ گیاه برگبو با افزایش غلظت از رشد پروماستیگوتها جلوگیری کرده و در بعضی از غلظتها با یکدیگر و با داروی آمفوتریسین B تفاوت معنیداری داشتند. بر اساس نتایج فلوسایتومتری، افزایش آپوپتوزیس وابسته به دوز دیدهشد. با توجه به نتایج IC50 گیاه برگبو، اثر بخشی بالایی نشان داد. لذا مطالعات بیشتری برای ارزیابی تاثیر آن بر روی انگل لیشمانیا در شرایط بالینی بسیار مطلوب است.
آپوپتوزیس
آمفوتریسین B
برگبو
روش رنگ سنجی
لیشمانیا ماژور
2021
03
21
75
92
https://jab.uk.ac.ir/article_2869_a775b7fc2cf1792a21cd1887a69f947c.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1400
13
1
مطالعه تغییرات بیان Pdu-miR319a، Pdu-miR398a و ژنهای هدف آنها در اندامهای زایشی بادام تحت تنش سرما
مرضیه
کریمی
بهروز
شیران
محمد
ربیعی
حسین
فلاحی
درخت بادام به دلیل نیاز سرمایی کم، به سرمای دیررس بهاره حساس بوده و همه ساله متحمل خسارات جبرانناپذیری توسط این تنش میشود. لازمه توسعه ارقام متحمل با استفاده از روشهای مهندسی ژنتیک، شناخت مکانیسمهای مولکولی دخیل در پاسخگیاه به تنش سرما میباشد. در مطالعات اخیر نقش مهم RNAهای کوچک به ویژه میکروRNAها در پاسخ و سازگاری گیاهان به تنشهای زیستی و غیرزیستی اثبات شده است. از اینرو بر اساس نتایج توالییابی sRNAهای بادام از میان میکروRNAهای پاسخ دهنده به تنش سرما، در این مطالعه Pdu-miR319a و Pdu-miR398a-3p انتخاب و الگوی بیان آنها به همراه ژن هدفشان در بین دو ژنوتیپ متحمل و حساس به سرمای بادام تحت تنش سرما مورد مقایسه قرار گرفتند. مواد و روشها: در این آزمایش بافتهای زایشی بساک و تخمدان ژنوتیپ متحمل H و رقم حساس به سرمای Sh12 تحت تیمارهای صفر و 2- درجه سانتیگراد قرار گرفتند. پس از استخراج RNA و سنتز cDNA، واکنش Real time PCR انجام و تجزیه و تحلیل دادههای بیان نیز با استفاده از روش ΔΔct 2- صورت گرفت. نتایج: ژن miR319a با اثر تنظیمی مثبت در پاسخ به هر دو سطح تنش سرما در هر دو ژنوتیپ شناسایی گردید. کاهش بیان GAMYB-like در هر دو بافت زایشی ژنوتیپ H در پاسخ به تنش صفر درجه سانتیگراد و نیز در بافت تخمدان Sh12 در پاسخ به هر دو سطح تنش مشاهده شد. ژن TCP4 در ژنوتیپ H در پاسخ به هر دو سطح تنش افزایش معنیداری را نشان داد. MiR398a-3p با اثر تنظیمی منفی در ژنوتیپ H شناسایی شد. اما افزایش بیان ژن CTR6 در هر دو بافت در پاسخ به تنش 2- درجه سانتیگراد مشاهده گردید. در رقم Sh12 افزایش بیان miR398a-3p و کاهش بیانCTR6 در بافت تخمدان Sh12 در پاسخ به تنش 2- درجه سانتیگراد مشاهده شد. نتیجهگیری: با توجه به مشاهده افتراق بیان ژنهای مورد مطالعه در بین دو ژنوتیپ متحمل و حساس، به منظور تکمیل اطلاعات مولکولی در رابطه با عملکرد آنها، توصیه میشود بیان آنها در سایر ارقام متحمل و حساس و تحت تیمارهای مختلف تنش سرمایی نیز سنجیده شود و به دنبال آن عملکرد آنها با استفاده از روشهایی نظیر بیش بیان کردن ژنها، تکنولوژی amiRNA و روش target mimicry بررسی گردد.
بادام
تنش سرما
بافت زایشی
بیان ژن
میکروRNA
2021
03
21
93
114
https://jab.uk.ac.ir/article_2870_858c05e6cf1213a1c6d1aa1ff39d4fc5.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1400
13
1
شناسایی ژنها و میکرو RNAهای کلیدی درگیر در مسیر آپوپتوزیس عقرب Androctonus crassicauda
فاطمه
ثعلبی
هدیه
جعفری
علیرضا
فروزان
محمد
نعمتی
رخداد مرگ سلولی برنامه ریزی شده یا آپوپتوزیس بهعنوان روش حفاظت شده، تحت کنترل تعدادی ژن قرار دارد که جهت حذف سلولهای غیر ضروری بکار میرود. این رویداد سلولی در سیستمهای مرتبط با ایمنی و بیماری دخیل است. آپوپتوزیس یک مکانیسم تنظیمگر سلولی است که اثرات تکثیر سلولی و مرگ سلولی را متعادل میکند. در مسیر آپوپتوزیس، ژنها و مولکولهای فراوانی درگیر هستند. اخیرا گسترش تولید دادهها با استفاده از تکنیک RNAseq نشان داده که میکروRNAها، نقش مهمی در تنظیم مرگ سلولی برنامه ریزی شده یا آپوپتوزیس بازی میکنند. هدف از این مطالعه شناسایی ژنها و میکروRNAی کلیدی موثر در مسیر آپوپتوزیس در عقربهای آندروکتونوس کراسیکودا بود. مواد و روشها: در این پژوهش پس از توالییابی ترانسکریپتوم غده زهر عقربهای اندوروکتونوس کراسیکودا با استفاده از پلتفرم ایلومینا 2000 Hiseq و پیکربندی ترانسکریپتوم با استفاده از نرمافزار Trinity، مهمترین پروتئینهای ترانسکریپتوم غده زهر عقرب دخیل در آپوپتوزیس با استفاده از پایگاه اطلاعاتی KEGG شناسایی شدند. رسم شبکه ژنی آپوپتوزیس با نرم افزار استرینگ، تجزیه و تحلیل شبکه برهمکنش پروتئینی با استفاده از نرمافزار سایتواسکیپ و بررسی هستی شناسی ژنهای کلیدی به وسیله پایگاه WebGestalt صورت گرفت. علاوهبرآن پس از شناسایی میکروRNAهای عقرب با استفاده از جستجوی همسانی، پیشبینی ژنهای هدف و رسم شبکه میانکنش پروتئین- میکروRNA توسط برنامههای miRTarBase, TarBase ,miRecords و نرم افزار miRNet انجام گرفت. نتایج: سه مسیر مرتبط با آپوپتوزیس شناسایی شدند که ۱۰۳ پروتئین از آنها استخراج شدند. نتایج به دست آمده از آنالیز شبکه برهمکنش پروتئینی منجر به شناسایی 30 ژن کلیدی دخیل در بروز آپوپتوزیس شد که بر اساس نتایج بدست آمده، موثرترین ژنهای کلیدی درگیر در بروز آپوپتوزیس Akt1،bsk ، Jra، Dronc و rl هستند. نتایج تجزیه و تحلیل آماری شبکه برهمکنش پروتئین- میکروRNA نیز نشان داد که میکروRNAی mir-7-5p بیشترین ارزش را درا میباشد. نتیجهگیری: نتایج این بررسی نشان داد که میکروRNAها در تنظیم بسیاری از ژنهای مسیر آپوپتوزیس نقش اساسی ایفا میکنند و میتوان برای کنترل بیان ژنها از آنها کمک گرفت.
عقرب آندروکتونوس کراسیکودا
شبکه ژنی آپوپتوزیس
برهمکنش پروتئینی- میکروRNA
2021
03
21
115
136
https://jab.uk.ac.ir/article_2871_80522904e63fc0bab37709626e69ffe5.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1400
13
1
مطالعه الگوی بیان نسبی ژنهای ZmNHX1، ZmHKT1 و ZmMYB30 در ذرت تحت تنش شوری
میر اسماعیل
بنی فاطمه
رضا
درویشزاده
سرور
ارژنگ
تنشهای محیطی رشد و توسعه گیاهان زراعی را در طول فصل رشد تحت تأثیر قرار میدهند. شوری خاک یکی از مهمترین تنشهای محیطی است که باعث کاهش شدید عملکرد گیاهان زراعی میشود. آشنایی با سازوکار مقابله گیاهان با تنش در سطح مولکولی میتواند در ارایهی روشی کارآمد برای اصلاح گیاهان حساس به تنش مؤثر باشد. گیاهان برای صرفهجویی در مصرف انرژی همه ژنهای خود را همزمان فعال نمیکنند، بلکه بسته به شرایط محیطی ژنهایی را که در یک وضعیت خاص (تنش) مورد نیاز باشد را فعال مینمایند. برای نمونه، در پاسخ به تنش شوری بیان ژنهای متعددی در گیاهان تغییر مییابد که از آنها میتوان به ترانسپورترهای HKT1 و NHX1 اشاره کرد. در این مطالعه تغییرات بیان ژنهای ZmHKT1 و ZmNHX1 به همراه عامل رونویسی ZmMYB30دردو لاین متحمل و حساس به شوری ذرت با فناوری واکنش زنجیرهای پلیمراز در زمان واقعی بررسی شده است. مواد و روشها: بذور دو لاین ذرت متحمل (P14L2) و حساس (MO17) به شوری در گلدانهای پلاستیکی حاوی پرلیت و پیت ماس با نسبت دو به سه در شرایط کنترل شده اتاق رشد کشت شدند و از محلول هوگلند جهت تغذیه و آبیاری گیاهان استفاده گردید. در مرحله هشت برگی به نصف گلدانها تنش شوری از منبع NaCl به تدریج با شروع از غلظت ds/m ۵ به مدت سه روز اعمال گردید و از روز چهارم به بعد اعمال تنش با غلظت ds/m۸ به مدت ۷ روز ادامه پیدا کرد. نصف دیگر گلدانها به عنوان شاهد مورد استفاده قرار گرفتند. سپس در زمانهای 24 ساعت و 7 روز پس از اعمال آخرین مرحله تنش شوری، نمونهبرداری از ریشه و برگ گیاهان در ازت مایع صورت گرفت. استخراج RNA از نمونههای برگ و ریشه انجام گرفت. سپس cDNAها سنتز شدند. بیان ژنها با Real-time PCR بررسی شد. از ژن Actin به عنوان ژن مرجع استفاده شد. آزمایش در دو تکرار زیستی (آزمایشی) و 3 تکرار تکنیکی (آزمایشگاهی) انجام گرفت. در نهایت سنجش تغییرات بیان ژنها انجام گرفت. نتایج: افزایش بیان ژن ZmNHX1در بافت ریشه در کوتاه مدت و در بافت برگ در بلند مدت در لاین متحمل، و همچنین افزایش بیان ژن ZmHKT1 در بافت ریشه در بلند مدت در لاین متحمل در مقایسه با لاین حساس احتمالاً حاکی از نقش مثبت این ژن ها در مقاومت به تنش شوری در ذرت می باشد. بیشترین میزان بیان نسبی ژن MYB30 هم در لاین متحمل و هم در لاین حساس در بافت ریشه و در کوتاه مدت مشاهده شد و با گذشت زمان کاهش چشمگیری در بیان این ژن در هر دو لاین مشاهده گردید. نتیجهگیری: نتایج این پژوهش بالقوه میتواند در برنامههای بهنژادی ذرت برای تولید ارقام مقاوم به شوری مفید واقع گردد.
تنشهای غیرزیستی
ترنسکریپتومیکس
ذرت
مقاومت به شوری
واکنش زنجیرهای پلیمراز در زمان واقعی
2021
03
21
137
158
https://jab.uk.ac.ir/article_2872_be13580501d4d1ab819267b0da656116.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1400
13
1
مطالعه بیوانفورماتیک پروتئینهای LEA درگیر در تحمل به تنش خشکی در جو (Hordum vulgare L.) و برنج (Oryza sativa L.)
مریم
عبدلی نسب
مجتبی
مرتضوی
: پروتئینهای تجمعکننده در اواخر دوره جنینی (LEA) در کاهش صدمات سلولی در هنگام کمبود آب و جلوگیری از تودهای شدن پروتئینهای سلول در اثر تنش اسمزی و انجماد نقش دارند. افزایش بیان برخی ژنهای کد کننده این پروتئینها منجر به افزایش مقاومت به تنشهایی چون کمآبی، سرما و شوری در بسیاری از گیاهان شده است. تحلیل دادههای زیستی با کمک ابزارهای بیوانفورماتیک، نقش مهمی در بررسی ژنها و پروتئینها و پیشگویی کارکرد آنها در پاسخ به تنشها دارد . مواد و روشها: در این تحقیق به منظور مطالعه پروتئینهای LEA در دو غله مهم جو و برنج (متحمل و حساس به تنش)، توالیهای مذکور از پایگاههای اطلاعاتی استخراج و با نرمافزار ClustalW درخت فیلوژنی رسم شد. پس از بررسی کلاسهای مختلف LEA در گروههای حاصله، پروتئینها با طول کوتاه حذف و تعدادی از پروتئینهای مختلف مربوط به کلاسهای پروتئینی متفاوت انتخاب گردید. اطلاعات مربوط به خصوصیات توالیها، موتیف آنها، پیشبینی جایگاه درون سلولی و آنالیز باندهای هیدروژنی و غیر هیدروژنی و بررسی فعالیت بیولوژیکی و مولکولی با استفاده از پایگاههای اطلاعاتی ProtParam، EXPASY، MEME، SMART، WoLF PSORT، PIC، WHAT IF و نرمافزار Blast2GO به دست آمد. ساختار سه بعدی این پروتئینها با استفاده از نرمافزارDiscovery Studio ، HyperChem،MODELLER v.10 و SPDBV مدلسازی گردید. نتایج: گروهبندی پروتئینها را در هفت گروه مجزا قرار داد که دهیدرینها بیشترین تعداد توالی را در برگرفتند. اکثر پروتئینها کوچک بوده و دارای وزن مولکولی کمتر از 30 کیلودالتون میباشد. همچنین عموم توالیها دارای بار سطحی بالا میباشند که دلیلی بر آبدوستی و ساختار قابل انعطاف آنها جهت تشکیل ساختار چپرونی برای محافظت در برابر تنش میباشد. جایگاه درون سلولی آنها نشان داد که این پروتئینها در محل هسته سلول قرار دارند. بررسی موتیفها در گروههای مختلف نشانگر حضور مکانهای حفاظت شده در بین اعضای یک گروه میباشد. پیشبینی فعالیت مولکولی و بیولوژی توالیها، بیانگر نقش این پروتئینها به تفکیک گروههای حاصله در مقاومت به تنشها ازجمله تنش خشکی و فولدینگ از طریق فعالیت بایندینگ و یا کاتالیک میباشد. نتیجهگیری: گیاه جو به عنوان گیاه مقاوم به تنش عمدتا دارای توالیهای دهیدرین و گیاه برنج به عنوان گیاه حساس به تنش عمدتا توالیهای LEA4 و LEA2 را در بر دارند.
برنج
پروتئینهایLEA
تنش
جو
مطالعات بیوانفورماتیک
2021
03
21
159
182
https://jab.uk.ac.ir/article_2873_fd19e2f52b865a3f7b20ab083e8ca47e.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1400
13
1
تاثیر استرس گرمایی بر سطح کورتیکواسترون خون و بیان ژن فاکتور رشد عصبی مشتق از مغز ناحیه دیانسفال جوجه 7 روزه نژاد گوشتی
یدالله
بداخشان
لادن
عمادی
سعید
اسماعیلی ماهانی
هدف: استرس گرمایی یکی از چالشهای جدی در جوامع بشری و حیوانات میباشد. استرسها با تغییر مکانیسمهای بدن سبب و زمینه ساز ایجاد بیماریها میباشند. درجه حرارت بالای محیط، سبب ایجاد استرس حرارتی میشود که اثرات منفی بر عملکرد فیزیولوژیک دارد. یکی از آثار نهان استرس، تغییر در مکانیسمهای سلولی و ملکولی میباشد. این تغییرات در دیانسفال به دلیل اهمیت این ناحیه در کنترل اطلاعات حسی ورودی به مغز (تالاموس) و مکانیسمهای خودکار بدن (هیپوتالاموس) نتایج عمیقی در عملکرد حیوان دارد. از این رو هدف آزمایش بررسی تاثیر استرس گرمایی حاد بر بیان ژن BDNF[1] و سطح کورتیکواسترون خون بود. مواد و روشها: در این آزمایش تعداد 20 جوجه 7 روزه سن نر نژاد راس 308 به دو دسته تحت استرس گرمایی 39 درجه و دمای نرمال 30 درجه تقسیم و به مدت 5 ساعت تحت استرس گرمایی قرار گرفتند. در پایان جوجهها با گاز ایزوفلوران بیهوش، خونگیری از سیاهرگ وداج انجام و کشتار شده و ناحیه دیانسفال آنها برداشته شد و برای آنالیز بیشتر در یخچال منفی 80 درجه سانتیگراد نگهداری شد. میزان بیان ژن BDNF به روش ریل تایم کمّی و سایبر گرین اندازه گیری شد. سطح کورتیکواسترون خون با روش الایزا مورد سنجش قرار گرفت. نتایج: در این آزمایش استرس گرمایی به طور معنیداری بیان ژن BDNF ناحیه دیانسفال را کاهش داد. اما سطح کورتیکواسترون خون جوجه های تحت استرس گرمایی به طور معنیداری افزایش نشان داد. نتیجهگیری: این نتایج نشان میدهد که بین سطح کورتیکواسترون خون و بیان ژن BDNF رابطه معکوس وجود دارد. با توجه به این میتوان رابطه مهمی میان استرس گرمایی و فعالیت محور هیپوتالاموس-هیپوفیز-قشر آدرنال مشاهده کرد که با تاثیر بر بیان ژن فاکتور عصبی مشتق از مغز سبب اختلال در نقش حفاظت نورونی این پروتئین در مغز میگردد. [1] Brain derived neurotrophic factor
جوجه گوشتی
فاکتور رشد عصبی مشتق از مغز
کورتیکواسترون
استرس گرمایی
2021
04
11
183
196
https://jab.uk.ac.ir/article_2874_5abdd140787f0e1cbb5c993398a0f3da.pdf
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
بیوتکنولوژی کشاورزی
2228-6705
2228-6705
1400
13
1
بیان ژن لپتین در بز کرکی راینی با استفاده از Real Time PCR
محمدرضا
محمدآبادی
حجت
اسدالله پورنعنایی
هدف: بز کرکی راینی یکی از مهمترین نژادهای بز در ایران است. این حیوانات هم برای تولید گوشت و هم برای تولید کرک نگهداری میشوند. یکی از اقدامات اساسی در حیوانات اهلی مطالعه ژنها و پروتئینهای مرتبط با صفات اقتصادی و مطالعه آنها در سطح سلولی یا کروموزومی است. یکی از ژنهای مهم لپتین است. لپتین به وسیله بافت چربی سفید تولید میشود و نقش مهمی در تنظیم مصرف غذا، تعادل انرژی، باروری و فعالیتهای ایمنی بازی میکند. هدف این پژوهش مطالعه بیان ژن لپتین در بافتهای چربی، کبد، کلیه، شش و قلب در بز کرکی راینی با استفاده از تکنیک Real Time PCR بود. مواد و روشها: از بافتهای قلب، شش، کلیه، کبد و بافت چربی (از هر بافت 3 تکرار) از 6 بز کرکی راینی نمونه برداری انجام شد. از این بافتها RNA کل استخراج شد. RNA استخراج شده در دمای منفی80 درجه سانتیگراد نگهداری شد. کیفیت و کمیت RNA بررسی و سنتز cDNAانجام شد. واکنش Real Time PCR برای ژن لپتین و بتااکتین صورت گرفت. محصولات PCR روی ژل آگارز 5/1 درصد الکتروفورز شد. منحنیهای ذوب و سطوح مختلف بیان در بافتهای ذکر شده، مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتایج: نتایج منحنیهای Real Time PCR و مشاهده نتایج الکتروفورز محصولات PCR روی ژل آگارز نشان داد نشان داد که این ژن در تمامی بافتهای بررسی شده بیان شده است و بیشترین سطح بیان در بافت چربی (5/4 برابر) و کبد (7/3 برابر) و کمترین سطح بیان در بافتهای قلب (4/1 برابر) مشاهده شد. نتیجهگیری: این نتایج میتواند نشان دهنده این امر باشد که لپتین در متابولیسم چربی نقش ویژهای دارد. مطالعات بیشتری باید انجام شود تا نقش لپتین در فیزیولوژی ساخت و متابولیسم چربی و مواد دیگر مشخص شود. این امر کمک خواهد کرد تا مکانیسمهایی برای شناخت اثر فاکتورهای تغذیهای و چربیهای بدن در فرآیندهای مختلف درک شوند.
بیان
بافت
ژن لپتین
بز کرکی راینی
2021
03
21
197
214
https://jab.uk.ac.ir/article_2875_42b504fb396b859eb7e7931de11eb01f.pdf