دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 8 1 2016 05 21 Evaluation of the phenotypic and genotypic diversity of the bacterial species causing gummy spike blight of wheat and barley ارزیابی فنوتیپی و ژنوتیپی برخی جدایه‌های باکتری عامل بیماری خوشه صمغی گندم و جو در ایران 139 156 1424 10.22103/jab.2016.1424 FA سحر نیک اختر دانشجوی سابق کارشناسی ارشد بیماری شناسی گیاهی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری حشمت الله رحیمیان استاد گروه گیاهپزشکی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری ولی الله بابایی زاد استادیار گروه گیاهپزشکی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری Journal Article 2015 05 02 Gummy spike blight is a disease of wheat (Triticum aestivum) in several cereal growing areas of Iran. Rathayibacter iranicus, as the causative agent of the disease of wheat and barley ,appears to be confined to Iran. To evaluate possible phenotypic and genotypic diversity of strains infecting wheat and barley, infected spikes were collected from East Azarbaijan , Ilam, Isfahan, Fars and Khuzestan provinces and the associated bacteria were isolated from the spikelets and characterized. Fifteen strains were selected as representatives of groups displaying one or a few differences in phenotypic features or total protein electrophoretic patterns and were used in genotypic comprisons. DNA was extracted from these isolates and from the type strains of Rathayibacter spp. To evaluate the genetic diversity of the studied strains, minisatellite marker, with primers M13 and (GTG)5, was used. Fragments of the genes for 16S rDNA, ITS, gyrase (gyrB) and recombinase (recA) were amplified and sequenced. Combined PCR fingerprints obtained with the minisatellite primers indicated identity of the strains isolated from wheat with R. iranicus. Strains isolated from barley formed a distinct branch closer to that of R. iranicus and furthest from those of the other Rathayibacter species including R. tritici and R. rathayi. R. toxicus and other Rathayibacter species formed a distinctly different branch. Comparison of the sequences of the ITS, 16S rDNA, gyrB and recA genes with those deposited in GenBank, verified, further, the identity of the strains isolated from wheat and barley as R. iranicus. بیماری خوشه صمغی از بیماری‌های گندم در مناطق متعددی از کشت این محصول در ایران می‌باشد. گونه Rathayibacter iranicus به عنوان عامل این بیماری بر روی گندم و جو تاکنون فقط از ایران گزارش شده است. به منظور ارزیابی تنوع احتمالی جدایه‌های گونه‌ی R. iranicus و نیز مشخص‌تر نمودن موقعیت تاکسونومیکی جدایه‌های عامل بیماری در جو نمونه‌هایی از استان‌های آذربایجان شرقی، ایلام، اصفهان، فارس و خوزستان جمع آوری و کشت شد. بر اساس نتایج آزمون‌های بیوشیمیایی و نقوش الکتروفورزی پروتئین‌های سلولی، پانزده جدایه به عنوان نماینده برای بررسی‌های ژنوتیپی انتخاب شدند. برای تعیین میزان تنوع و ارتباط ژنتیکی جدایه‌ها، DNA ژنومی نماینده‌ها با آغازگرهای ریز ماهواره‌ای M13 و 5(GTG) تکثیر شد. قطعه‌ ژن‌های خانه دار شامل 16S rDNA، recA و gyrB و همچنین ناحیه ITS تعدادی از جدایه‌ها تکثیر و توالی یابی شد. نتایج تعدادی از آزمون‌های افتراقی فنوتیپی با آنچه در منابع قبلی ذکر شده بود مطابقت نداشت. نتایج حاصل از بررسی تنوع ژنتیکی به وسیله‌ی ریز ماهواره‌ها حاکی از وجود تنوع در بین جدایه‌ها بود. مقایسه‌ی ترکیبی نقوش حاصل از این آغازگرها شباهت بالایی را بین جدایه‌ها و جدایه‌ی مرجع R. iranicus نشان داد. جدایه‌های جو نیز در شاخه‌ای مجزا ولی نزدیک به گروه جدایه‌ی R. iranicus و در فاصله‌ای دور از دو گونه‌ی R. tritici و R. rathayi قرار گرفتند. مقایسه توالی‌های به دست آمده از ژن‌های ITS، 16SrDNA، gyrB و recA با توالی‌های موجود در ژن بانک نشانگر بیشترین شباهت جدایه‌های گندم و جو به R. iranicus بود

https://jab.uk.ac.ir/article_1424_7e6cfe3d95058f4aec08deb5b8ec3237.pdf