دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 9 3 2017 10 23 Phylogenetic analyzing of Khalkhali goats using cytochrome b gene آنالیزفیلوژنتیکی جمعیت بزهای خلخالی با استفاده ژن سیتوکروم b 76 86 1880 10.22103/jab.2018.1880 FA ویدا دولتی دانشجوی کارشناسی ارشد علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. نعمت هدایت ایوریق استادیار گروه علوم دامی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه محقق اردبیلی. سعید نیک بین استادیار علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. رضا بهمرام استادیار علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. Journal Article 2016 08 02 Khalkhali goat is an Iranian indigenous goat that the number of population has been decreasing nowadays. Study about the practical genetic structure is necessary for biodiversity conservation of native breeds. The aim of this study was the sequencing of Cytochrome b gene of 100 Khalkhali goat and comparison with other goat species using bioinformatics data (26 samples). we used the sequences of NCBI data to compare between goat species. The results of sequencing led to the identification of 5 mutations with 6 Haplotypes in Iranian Khalkhali goat samples. The haplotype diversity, nucleotide diversity and the average of a different nucleotide were 0.644, 0.002 and 1.822 respectively. Tajima D was obtaining 0.124 that was not significant. The result of comparison analysis between goat species indicates that nucleotide diversity in Capra hircus, Capra ibex, and Capra aegagrus were 0.047, 0.022 and 0.001 respectively. The highest genetic distance observed between Ibex and aegagrus, while the lowest was between Khalkhli goat and Capra hircus. In compare with aegagrus goat, the ibex goat was closer to Capra hircus. بز خلخالی یکی از بزهای بومی ایران است که درحال حاضرجمعیت آن به‌شدت کاهش یافته است. برای حفظ و بهبود تولیدات این گونه مطالعات کاربردی ژنتیکی ضروری است. تحقیق حاضر باهدف توالییابی ژن میتوکندریایی سیتوکروم b در 100 رأس بز خلخالی و آنالیز بیوانفورماتیک این ژن در گونههای مختلف بز (با استفاده از 26 نمونه توالی NCBI) انجام شده است. جهت انجام آنالیز از روش توالی یابی ژن و مقایسه آن با اطلاعات موجود در پایگاه اطلاعاتی NCBI استفاده گردید. نتایج آنالیز تنوع ژنتیکی درجمعیت بز خلخالی منجر به شناسایی 5 جهش با 6 هاپلوتایپ مختلف گردید میزان تنوع هاپلوتیپی، تنوع نوکلئوتیدی و میانگین تفاوت‌های نوکلئوتیدی به ترتیب 644/0، 002/0 و 822/1 برآورد شد. مقدار تاجیما D در جمعیت بزهای خلخالی مثبت 124/0 بدست آمد که ازلحاظ آماری معنی‌دارنبود.نتایج تجزیه تحلیل‌های بین گونههای مختلف بزنشان داد که تنوع نوکلئوتیدی در گونه‌های بز ایبکس، ایگاگروس و هیرکوس به ترتیب 047/0، 022/0 و 001/0 میباشد. بیشترین فاصله ژنتیکی بین بزهای ایبکس و ایگاگروس و کمترین فاصله ژنتیکی بین گونه خلخالی و بز هیرکوس مشاهده شد. بزهای ایگاگروس در مقایسه با بزهای ایبکس ازلحاظ فاصله ژنتیکی به بزهای اهلی هیرکوس نزدیکتر بودند.

https://jab.uk.ac.ir/article_1880_29af3a906a42f89ab691542aefea29fd.pdf