دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 9 4 2018 02 20 Estimation of linkage disequilibrium and whole-genome scan for detection of loci under selection associated with body weight in Zandi sheep breed تخمین عدم تعادل پیوستگی و پویش کل ژنومی جهت شناسایی جایگاه‌های ژنی تحت انتخاب مرتبط با وزن بدن در گوسفندان نژاد زندی 151 172 2020 10.22103/jab.2018.2020 FA حسین محمّدی دانش‌آموخته دکتری گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران. سید عباس رأفت استاد گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران. حسین مرادی استادیار گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، تهران، ایران. جلیل شجاع استاد گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران. محمد حسین مرادی استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه اراک، اراک، ایران. Journal Article 2017 07 16 Body weight is the most economically important trait in sheep industry. In genome-wide association study and genomic selection, determining of extent and level of linkage disequilibrium (LD) is critical in sample size and marker density. Moreover, selection for increasing of frequency in new mutations that are advantageous only in a subset of populations leaves some signatures in the genome. Locations of selection signatures are often correlated with genes and QTLs affecting economically important traits. Therefore, the objectives of this research were to study LD pattern and identify the genomic regions that have been under artificial and natural selection in Zandi sheep breeds with different body weight. For this purpose, the blood samples were collected form 73 Zandi sheep and 54241 markers were genotyped by using Illumina Ovine SNP50K BeadChip array based on latest assembly (Oar_4.0) sheep genome. After quality control, 40879 SNPs belonging to 71 animals were used in the final analysis. LD was calculated between all pairs were calculated with r² by PLINK software. To detect the selection sweep, due to linkage disequilibrium, associated with these signatures we carried out the cross-population Extended Haplotype Homozygosity (XP-EHH) test. In this study, the extent of LD in this study was 40 kb with r²=0.2. The results revealed ten genomic regions on 1, 2, 3, 5, 6, 9, 12, 13, 21 and 22 chromosomes. Bioinformatics analysis demonstrated that some of these genomic regions overlapped with reported genes included in the growth traits, fat metabolism, development of the skeletal system, energy metabolism and meat quality traits such as FBP1, FAM184B, PKD2, FGF19, SPP1, MEPE CAPN2 genes. وزن بدن از مهمترین معیارهای تعیین کننده سود اقتصادی در صنعت پرورش گوسفند است. در مطالعات پیوستگی و انتخاب ژنومی تعیین میزان و گستره عدم تعادل پیوستگی (LD) در تشخیص تعداد نشانگر مورد نیاز و اندازه نمونه، اهمیت بسزایی دارد. علاوه براین، انتخاب برای افزایش فراوانی موتاسیون­های جدیدی که فقط در برخی از زیرجمعیت­ها سودمند هستند باعث باقی گذاشتن نشانه­هایی در سطح ژنوم می­شود. اغلب این مناطق با ژن­ها و QTLهای مرتبط با صفات مهم اقتصادی در ارتباط هستند. بنابراین، هدف این تحقیق مطالعه گستره LD و شناسایی مناطقی از ژنوم گوسفندان نژاد زندی با وزن بدن متفاوت بود که در طی سال­های مختلف به صورت مصنوعی یا طبیعی انتخاب شده­اند. بدین منظور، از 73 رأس گوسفند زندی نمونه خون تهیه شد و با استفاده از آرایه­های SNPChip 50­K شرکت ایلومینا ژنوتیپ 54241 نشانگر بر مبنای آخرین نسخه Oar_4.0 ژنوم گوسفند تعیین شد. پس از مراحل کنترل کیفی، در نهایت 40879 نشانگر SNP مربوط به 71 حیوان آنالیز شدند. مقدار LD با محاسبه آماره r² بین تمام جفت جایگاه­ها از طریق نرم افزار PLINK محاسبه شد. برای شناسایی نشانه­های انتخاب بر پایه روش­های عدم تعادل پیوستگی از آزمون هموزیگوسیتی هاپلوتایپی بسط داده شده جمعیت تلاقی (XP-EHH) استفاده شد. در این مطالعه گستره مفید عدم تعادل پیوستگی در 40K برابر با 2/0 r²= برآورد شد. نتایج این تحقیق 10 منطقه ژنومی روی کروموزوم­های 1، 2، 3، 5، 6، 9، 12، 13، 21 و 22 را شناسایی کرد. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی نشان داد که برخی از این مناطق ژنومی با ژن­های مؤثر بر صفات رشد، متابولیسم چربی، توسعه سیستم اسکلتی، متابولیسم انرژی و کیفیت گوشت مانند ژن­های FBP1، FAM184B، PKD2، FGF19، SPP1، MEPE، CAPN2 همپوشانی دارند. https://jab.uk.ac.ir/article_2020_7b7a53e239400a13bd6be6c91c4f6c4e.pdf