دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 10 2 2018 09 23 Application of uMelt SM algorithm in Real-time PCR melting curve analysis کاربرد الگوریتم uMelt SM در آنالیز منحنی ذوب Real-time PCR 43 58 2150 10.22103/jab.2018.2150 FA اناهیتا خارابی ماسوله دانش آموخته کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه علوم گیاهی و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران. عباس سعیدی هیئت علمی موسسه ملی گیاهان زینتی (NIOP)، تحقیقات باغبانی علوم، تحقیقات کشاورزی، آموزش و توسعه، محلات، ایران. 0000-0001-6721-5389 Journal Article 2017 12 17 One of the challenges in interpreting the results obtained in qPCR is to make sure the amplicons are specific and that the melting curve analysis is used to examine it.  Additional peaks in the melting curve is not always indicative of a problem, for this purpose, in this paper, a web-based tool called uMelt SM is suggested to researchers as a practical and simple way for the correct analysis of the melting curve which provides the possibility of predicting the DNA melting curve and denaturation profiles of the high-fluorescence resolution of PCR products. The results of this study showed that the melting curves were generated based on parameters were generated and an appropriate algorithm for working with this software was presented.  Finally, actin and superoxide dismutase genes from Pyricularia oryzae were presented as a suitable model for determining the predicted curve using this software and Real-Time PCR curve was also drawn.  Results of the uMelt SM predicted melting curves showed a high degree of compliance with the real-time PCR melting curves, which confirms the advantages of ease of use, saving time, cost, and effort in the experimentalist part when using uMelt SM software. یکی از چالش­های موجود در تفسیر نتایج qPCR ، اطمینان از اختصاصی بودن قطعات تکثیر شده است که برای بررسی آن از آنالیز منحنی ذوب استفاده می­شود. پیک­های اضافی در منحنی ذوب همیشه نشان دهنده یک مشکل نیست، به همین منظور در این مقاله یک ابزار مبتنی بر وب به نام uMelt SM به عنوان راهکاری کاربردی و ساده برای آنالیز صحیح منحنی ذوب به محققین پیشنهاد می­گردد که امکان پیش­بینی منحنی ذوب DNA و پروفیل­های واسرشته سازی را با وضوح بالای فلورسنت از محصولات PCR فراهم می­کند. نتایج این مطالعه نشان داد که منحنی­های ذوب براساس چه پارامترهایی تولید شده و الگوریتم مناسب برای نحوه کار با این نرم افزار ارائه گردید. در نهایت ژن­های اکتین و سوپراکسید دیسموتاز از قارچ  Pyricularia oryzae به عنوان الگوی مناسب برای تعیین منحنی پیش­بینی شده با استفاده از این نرم­افزار ارائه گردید و منحنی Real-time PCR نیز ترسیم شد. براساس نتایج منحنی ذوب با استفاده از نرم افزار uMelt SM در مقایسه با منحنی ذوب دستگاه Real-Time PCR تطابق بالایی را نشان می­دهد که این نتایج تأییدی بر مزیت­هایی همچون سهولت استفاده، صرفه­جویی در زمان، هزینه و تلاش در بخش تجربی با استفاده از این نرم­افزار می­باشد. https://jab.uk.ac.ir/article_2150_24917db15c4e37e421866448c9ab23d8.pdf