دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 1 2025 03 21 Analysis of proteins mediated in the barley drought tolerance through bioinformatics tools bioinformatics tools تجزیه و تحلیل پروتئین‌های درگیر در تحمل جو به تنش خشکی با ابزارهای بیوانفورماتیکی 45 70 4733 10.22103/jab.2024.20607.1553 FA مهسا سپه پور کارشناسی ارشد، گروه به نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران. 0009-0009-3646-9031 محمود تورچی استاد، گروه به نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران. 0000-0001-7123-9914 ابراهیم دورانی استاد، گروه به نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران. 0000-0002-4229-6984 Journal Article 2024 03 01 ObjectiveBarley, due to its vital biochemical composition, is the fourth most important cereal crop after corn, wheat, and rice. Drought stress is a major environmental factor limiting the productivity of field crops, including barley. One of the most significant mechanisms for coping with stressful conditions is the regulation of gene expression at the protein level. This research focused on selected proteins involved in biochemical pathways related to drought stress, previously identified through omics approaches, and utilized for bioinformatics analysis. Bioinformatics tools improve the efficiency and reduce the cost of protein investigations, aiding in the prediction of their functions as key macromolecules in tolerance to abiotic stresses, including drought.Materials and MethodsThe amino acid sequences of drought stress tolerance-related proteins in barley were obtained from the Swiss-Prot/UniProtKB database. The physicochemical properties of these proteins were determined using ProtParam software. TMHMM software was used to identify transmembrane regions. To investigate the post-translational modifications of proteins, the Prosite secondary database was searched using ScanProsite software. Protein domains related to drought stress were identified using the InterProScan tool within the InterPro database. Additionally, the CDD software was employed to identify unique domains.ResultsIn this study, 17 proteins associated with drought stress tolerance in barley were selected. Among them, three proteins — HVA22, Low temperature-induced protein, and Putative cyclic nucleotide and calmodulin-regulated ion channel — demonstrated significant roles in barley's drought stress response. Protein Q07764 is a regulatory protein with two transmembrane regions that plays a critical role in barley's drought tolerance. Protein P68179, with the lowest molecular weight, has two transmembrane regions and one proteolipid membrane potential modulator domain, contributing to drought stress tolerance through lignification. Protein Q7X9R6, with the highest molecular weight and four transmembrane regions, is a calcium-sensitive protein involved in signal transduction, adaptation, and defense pathways in barley.ConclusionsAmong all the evaluated proteins, P68179, Q07764, and Q7X9R6 were identified as the most effective in combating drought stress. These proteins possess multiple transmembrane regions and domains, acting as crucial channels in the accumulation of compatible osmolytes in vacuoles. Their significant roles make them prime candidates for enhancing drought stress tolerance in barley. هدف: جو به دلیل وجود اجزای حیاتی بیوشیمیایی، چهارمین غله دانه ریز مهم بعد از ذرت، گندم و برنج می‌باشد. سازوکار­های زیادی برای مقابله با شرایط تنش‌زا مانند خشکی وجود دارد که از جمله مهم‌ترین این سازوکارها می‌توان به تنظیم بیان ژن در سطح پروتئین اشاره کرد. در این پژوهش تعدادی از پروتئین‌های جو که در مسیر­های بیوشیمیایی مرتبط با تنش خشکی دخیل هستند و قبلاً با رهیافت­های امیک شناسایی شده‌اند، انتخاب و جهت بررسی بیوانفورماتیکی مورد استفاده قرار گرفتند. ابزارهای بیوانفورماتیک سرعت و هزینه بررسی  پروتئین­ها و پیشگویی کارکرد آنها به عنوان مهمترین ماکرو مولکول های زیستی در تحمل به تنش های غیر زیستی از جمله خشکی را افزایش داده است.مواد و روش‌ها: ابتدا اطلاعات توالی پروتئین‌های مربوط به تنش خشکی در جو از پایگاه دادهSwiss-Prot/UniProtKB  دریافت شدند. خصوصیات فیزیکوشیمایی این پروتئین­ها با استفاده از نرم­افزار ProtParam، تعیین شد. برای شناسایی نواحی درون غشایی از نرم افزار­   TMHMM استفاده ­گردید. به منظور بررسی تغییرات پس ترجمه­ای پروتئین­ها از جست و جو در پایگاه داده ثانویه PROSITE توسط نرم­افزار ScanProsite استفاده شد. شناسایی دمین­های پروتئینی برای تعدادی از پروتئین­های پاسخ دهنده به تنش خشکی برنامه InterProscan، صورت گرفت. در این پژوهش همچنین نرم افزار CDD برای شناسایی برخی دمین­ها­ی خاص استفاده شد.نتایج: در این مطالعه 17 پروتئین برای مقابله با تحمل به تنش خشکی در جو انتخاب شد که از این میان سه پروتئین HVA22، Low temperature-induced و  Putative cyclic nucleotide calmodulin-regulated ion channel نقش موثری در پاسخ به تنش خشکی در جو نشان داده‌اند. پروتئین Q07764 یک پروتئین تنظیم‌کننده با 2 ناحیه غشایی است که نقش مهمی در تحمل جو به تنش خشکی دارد. پروتئین P68179 با کمترین وزن مولکولی و 2 ناحیه درون غشایی و یک دمین به عنوان تعدیل کننده پتانسیل غشای پروتئولیپیدی در تحمل جو به تنش خشکی از طریق چوبی شدن نقش دارد. پروتئین Q7X9R6 با بیشترین وزن مولکولی و 4 ناحیه درون غشایی یکی از پروتئین­های حساس به کلسیم است که در انتقال علامت، سازگاری و مسیرهای دفاعی جو نقش دارد.  نتیجه‌گیری: از میان پروتئین­های مورد ارزیابی، بهترین نتایج مربوط به 3 پروتئین P68179، Q07764 و Q7X9R6می­باشد. این پروتئین­ها با دارا بودن دمین­­هاو نواحی درون غشایی متعدد می‌توانند به عنوان مهمترین پروتئین‌های درگیر در تحمل تنش خشکی در جو در نظرگرفته شوند. بدین ترتیب که به دلیل داشتن نواحی درون غشایی متعدد به عنوان کانال در تجمع  اسمولیت‌های سازگار در واکوئل‌ها می‌توانند ایفای نقش کرده و تحمل به خشکی را بهبود بخشند.   https://jab.uk.ac.ir/article_4733_901797aebf0b23ecbab534d61ad33bb1.pdf