دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Isolation and molecular detection of E. coli isolated from feces of sheep جداسازی و شناسایی مولکولی Escherichia coli جداشده از مدفوع گوسفندان 411 424 5569 10.22103/jab.2026.27393.1945 FA صابرین ابراهیم محسن گروه میکروب‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه بغداد، عراق. 0000-0001-5931-8855 تغرید جبار حمادی گروه آسیب‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه بغداد، عراق. 0009-0009-6131-5288 رواء ج. محمد گروه میکروب‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه بغداد، عراق. 0009-0008-4296-0575 Journal Article 2026 06 07 Objective<br />Escherichia coli is one of the most significant pathogens that cause infections in the digestive systems of animals, especially sheep, causing huge economic losses due to deaths, decreased productivity, and expenses on treatment. Moreover, Escherichia coli is a zoonosis which can be dangerous for people. Therefore, the identification of this pathogen is extremely important. The goal of this research was the isolation and identification of Escherichia coli from feces of diarrhetic sheep in Abu Ghraib city, Baghdad, Iraq, by bacteriological, VITEK 2, and PCR techniques (uidA and uspA genes). Also, pathogenicity of the isolates was assessed in experimentally infected mice.<br />Materials and methods<br />Fecal samples of forty sheep suffering from diarrhea were cultured in MacConkey and Eosin Methylene Blue (EMB) agars. Presumptive identification of bacteria isolated was done using cultural and biochemical tests followed by VITEK 2 automated test for confirmation. DNA isolation from the bacterial isolates was done while polymerase chain reaction (PCR) techniques using uidA and uspA primers were employed. Pathogenicity testing of E. coli was done through oral infection in mice using a dose of 1 × 10⁸ CFU/ml. Tissue fixation was done, and histopathology tests of intestinal and gastric tissues were done after that.<br />Results<br />Out of forty samples, seventeen (42.5%) were found to be positive for E. coli. Isolated bacteria formed typical pink colonies in MacConkey agar and metallic green sheen colonies in EMB agars. The isolates were identified as Escherichia coli using the automated VITEK 2 system with 97% confidence level. PCR results showed amplicon formation at the expected sizes of 623 bp (uidA gene) and 884 bp (uspA gene). Histopathology tests showed that infection resulted in severe lesions in the intestines and stomach of experimentally infected mice. Lesions included villous degeneration, inflammatory cells infiltration, disruption of the mucosa, congestion of blood vessels, and necrosis of gastric glands and gastric epithelium.<br />Conclusion<br />The results of the study show that a significant number of E. coli are associated with diarrheic sheep, and the importance of using a combination of conventional and molecular techniques for the identification of the isolate is evident. هدف: اشرشیا کلی یکی از مهم‌ترین عوامل بیماری‌زای دستگاه گوارش در حیوانات، به‌ویژه گوسفندان است که با ایجاد تلفات، کاهش بهره‌وری و افزایش هزینه‌های درمان، خسارات اقتصادی قابل توجهی به صنعت دامپروری وارد می‌کند. علاوه بر این، E. coli یک عامل بیماری‌زای مشترک بین انسان و حیوان محسوب می‌شود و می‌تواند سلامت انسان را نیز تهدید کند. بنابراین، شناسایی دقیق این پاتوژن از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. هدف این پژوهش، جداسازی و شناسایی اشرشیاکلی از مدفوع گوسفندان مبتلا به اسهال در شهر ابوغریب، بغداد، عراق، با استفاده از روش‌های باکتری‌شناسی، سیستم VITEK 2 و واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) بر اساس ژن‌های uidA و uspA بود. همچنین بیماری‌زایی جدایه‌ها در موش‌های آلوده‌شده به‌صورت تجربی ارزیابی شد.<br />مواد و روش‌ها: نمونه‌های مدفوع از 40 رأس گوسفند مبتلا به اسهال جمع‌آوری و بر روی محیط‌های کشت مک‌کانکی و ائوزین متیلن بلو کشت داده شدند. شناسایی اولیه باکتری‌های جداشده بر اساس ویژگی‌های کشت و آزمون‌های بیوشیمیایی انجام گرفت و سپس با استفاده از سیستم خودکار VITEK 2 تأیید شد. DNA ژنومی از جدایه‌های باکتریایی استخراج و واکنش زنجیره‌ای پلیمراز با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن‌های uidA و uspA انجام شد. برای ارزیابی بیماری‌زایی، موش‌ها به‌صورت خوراکی با دوز 1 × 10⁸ واحد تشکیل‌دهنده کلنی در هر میلی‌لیتر آلوده شدند. پس از آن، نمونه‌های بافتی تثبیت شده و مطالعات آسیب‌شناسی بافتی بر روی روده و معده انجام گردید.<br />نتایج: از مجموع 40 نمونه بررسی‌شده، 17 نمونه (5/42 درصد) از نظر Escherichia coli مثبت بودند. باکتری‌های جداشده در محیط مک‌کانکی کلنی‌های صورتی‌رنگ و در محیط EMB کلنی‌هایی با جلای سبز فلزی ایجاد کردند که از ویژگی‌های اختصاصی اشرشیاکلی است. این جدایه‌ها با استفاده از سیستم خودکار VITEK 2 با 97 درصد اطمینان به عنوان Escherichia coli شناسایی شدند. نتایج PCR تشکیل قطعات تکثیرشده (آمپلیکون) با اندازه‌های مورد انتظار 623 جفت‌باز برای ژن uidA و 884 جفت‌باز برای ژن uspA را نشان داد. بررسی‌های آسیب‌شناسی بافتی نشان داد که آلودگی تجربی موجب ایجاد ضایعات شدیدی در روده و معده موش‌ها گردید. این ضایعات شامل دژنراسیون پرزهای روده، نفوذ سلول‌های التهابی، تخریب مخاط، احتقان عروق خونی، و نکروز غدد و اپی‌تلیوم معده بود.<br />نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که درصد قابل توجهی از موارد اسهال در گوسفندان با حضور اشرشیاکلی همراه است. همچنین، به‌کارگیری همزمان روش‌های متداول باکتری‌شناسی و روش‌های مولکولی، دقت و اطمینان بیشتری در شناسایی این باکتری فراهم می‌کند و می‌تواند در تشخیص سریع و کنترل بیماری‌های ناشی از E. coli در دام‌ها مؤثر باشد. https://jab.uk.ac.ir/article_5569_d3c95acb3f4a091abb1fdc056dc68c1c.pdf