دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67057220150823A survey on chromosomes 1 and 5 for QTL controlling body weight in Markhoz goatsبررسی کروموزومهای شماره 1 و 5 بز مرخز برای مکانیابی QTLهای موثر بر وزن بدن110114110.22103/jab.2015.1141FAنجاتباد برینسید ضیاءالدینمیر حسینیبابکربیعینویدقوی حسین زادهJournal Article20140512Body weight is one of the most important traits which has quantitative traits inheritance. QTL mapping not only provides useful information regarding the status and number of genes controlling quantitative traits. It can also help the breeders in marker-assisted selection. This study aimed to identify QTL affecting body weight on chromosomes 1 and 5 in Markhoz goats using microsatellite markers. The studied population consisted of 248 animals from 8 half sib families genotyped for eleven microsatellites on chromosomes 1 and 5. Phenotypic data including body weight at birth, 4 months, 6 months, 9 months and 12 months of age that were corrected for fixed effects including year of birth, sex and type of birth. QTL analysis was performed based on regression analysis. In this research significant QTL was not found on chromosome 1 while one chromosomal regions associated with weight at 4 and 6 months of age was found on chromosome 5. The location of the detected QTL was 2 to 8 cM near the OarFCB005 marker. Maybe this region of chromosome 5 contain genes that affect growth trait. Considering that the locations of this QTL was near the location of OarFCB005 marker, if further investigation were performed, this marker could be used in marker-assisted selection.وزن بدن یکی از صفات مهم در پرورش دامها است که دارای توارث کمّی است. نقشهیابی QTL علاوه بر اطلاعات بسیار مفیدی که در زمینه نواحی ژنومی کنترل کننده صفات کمی فراهم میکند، میتواند اصلاحگران را در انتخاب به کمک نشانگر کمک نماید. با توجه به تحقیقات پیشین و همپوشانی نسبی نقشه ژنتیکی گوسفند و بز، مطالعه حاضر با هدف شناسایی QTLهای موثر بر وزن بدن روی کروموزومهای 1 و 5 بز مرخز با استفاده از 11 نشانگر ریزماهواره صورت گرفت. جمعیت مورد مطالعه شامل 248 دام متعلق به 8 خانواده ناتنی پدری بود که برای 11 جایگاه ریزماهواره مربوط به کروموزومهای 1و 5 تعیین ژنوتیپ شدند. دادههای فنوتیپی شامل صفات اوزان تولد، 4 ماهگی، 6 ماهگی، 9 ماهگی و 12 ماهگی بودند که برای اثرات ثابت سال تولد، جنس و نوع تولد تصحیح شدند. آنالیز QTL به روش مکانیابی درون فاصلهای مبتنی بر رگرسیون انجام گرفت. در این پژوهش روی کروموزوم 1 در سطح آماری مورد نظر، QTL معنیداری یافت نشد. در حالیکه روی کروموزوم 5 یک ناحیه ژنومی با اثر معنیدار (P<0.05) روی صفات وزن بدن در 4 ماهگی و 6 ماهگی در فاصله 2 تا 8 سانتی مورگان از نشانگر OarFCB005 یافت شد، لذا به نظر میرسد این مکان حاوی ژنهای موثر بر اوزان بدن پس از تولد باشد. با توجه به اینکه مکان QTL تعیین شده در نزدیکی نشانگر OarFCB005 قرار داشت، بنابراین در صورت تایید آن توسط تحقیقات بیشتر، از این نشانگر میتوان در انتخاب به کمک نشانگر استفاده نمود.https://jab.uk.ac.ir/article_1141_f7f580e11d00a75814d2ded41fe8e8fe.pdfدانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67057220150823Using of lipid biomarkers for assessing soil microbial community structureکاربرد بیومارکرهای لیپیدی برای ارزیابی ساختار جمعیت میکروبی خاک1136136010.22103/jab.2015.1360FAمحسنبرینناصر علیاصغر زادمیر حسنرسولی صادقیانیJournal Article20140115The ecological balance of microbial community (MC) is very important as an index of soil ecosystem health due to the pivotal and vital roles of MC. Microbial culture methods are suitable for this purpose because the majority of soil microorganisms unable to grow on synthetic media. DNA- based molecular analyses just provide microbial diversity data. Then a rapid method for the assessment of soil microbial community structure is using phospholipid fatty acid (PLFA) patterns (because they are degraded rapidly after cells death, by the action of phosphatases). Moreover, PLFA provide broad information dealing with microbial diversity, biomass and their nutritional - physiological status. Certain and specific PLFAs, viz. trans/cis ratio ( monounsaturated fatty acids (16:1w7t) to 16:1w7c), cy/pre ratio )cyclopropyl (cy17:0 + cy19:0) fatty acids to precursor (16:1ω7+18:1ω7 ) fatty acids, S/M ratio (saturated to monosaturated fatty acids), G-/G+ ratio (Gram negative bacteria to Gram positive bacteria fatty acids), F/B ratio (saprophytic fungi to bacterial fatty acids) were able as indicators of physiological or nutritional status in different environmental conditions, such as heavy metals polluted soils, changes in pH, depth changes drought, salinity, different agricultural managements and flooding are used for evaluation of soil microbial communities. The method of PLFA analysis in soil and determining microbial diversity, biomass and their physiological status are addressed here.تعادل اکولوژیک جوامع میکروبی خاک، با توجه به نقش حیاتی و محوری آنها به عنوان شاخص سلامت اکوسیستم خاک، از اهمیت بالایی برخوردار میباشد. بهره‌گیری از روشهای مختلف برای دستیابی به وضعیت جامعه میکروبی خاک وجود دارد. روشهای کشت میکروبی برای این منظور مناسب نیستند، زیرا قسمت اعظم ریزجانداران قادر به رشد در محیط کشت نمیباشند. روشهای مولکولی و تکنیکهای بر پایه DNA فقط تنوع میکروبی را میدهند. پس یک روش سریع برای ارزیابی ساختار جامعه میکروبی در خاک استفاده از الگو اسید چرب فسفولیپیدی (PLFA) میباشد (زیرا بعد از مرگ سلول به سرعت توسط فعالیت آنزیم فسفاتاز تجزیه میشود). بهعلاوه PLFA میتواند اطلاعات وسیع از تنوع، زیستتوده و وضعیت تغذیهای– فیزیولوژیک آنها فراهم آورد. PLFAهای مخصوص و معینی مثل نسبت اسید چرب فسفولیپید با موقعیت (ترانس) 16:1ω7t به اسید چرب فسفولیپید با موقعیت (سیس) 16:1ω7c (trance/cis)، نسبت مجموع اسیدهای چرب فسفولیپیدی سیکلوپروپیل (cy17:0 و cy19:0) به مجموع اسیدهای چرب فسفولیپیدی با یک پیوند دوگانه پیشگام 16:1ω7و 18:1ω7) (cy/pre)، نسبت اسیدهای چرب فسفولیپیدی اشباعشده به غیراشباع با یک پیوند دوگانه (S/M)، نسبت اسیدهای چرب فسفولیپیدی باکتریهای گرم منفی به اسیدهای چرب باکتریهای گرم مثبت (G-/G+) و نسبت اسید چرب فسفولیپیدی قارچهای ساپروفیت (18:2ω6,9) به اسیدهای چرب نشانگر باکتریها (F/B)، قادرند به عنوان شاخصهای وضعیت فیزیولوژیکی یا تغذیه در شرایط مختلف محیطی همچون خاکهای آلودهشده به فلزات سنگین، تغییرات pH، تغییرات عمق، خشکی، شوری، مدیریتهای مختلف کشاورزی و شرایط غرقابی، برای ارزیابی جوامع میکروبی خاک به کار میروند. روش تجزیه PLFA در خاک و تعیین زیستتوده، تنوع میکروبی و وضعیت فیزیولوژیک در اینجا بررسی میشودhttps://jab.uk.ac.ir/article_1360_fb508ef074ee78a0e58c68be06d8a2eb.pdfدانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67057220150823Isolation and cloning of manganese peroxidase (mnp) gene from oyster mushroomجداسازی و همسانه‌سازی ژن منگنزپراکسیداز (mnp) از قارچ صدفی خوراکی3754136110.22103/jab.2015.1361FAمژگانپروندیمحمدفارسیامینمیرشمسیمحسناشرفیJournal Article20140216Different enzymes in oyster mushroom (pleurotus oatreatus), can degradate the lignin compounds from the beginning of mycelium growth up to the end of fruiting period in the environment of compost and straw. Wood, plant residue and most of plant wastes in the nature are called lignocelluloses compounds. Lignocelluloses is mainly composed of cellulose, hemicelluloses and lignin. Magnesium peroxides enzyme (EC:1:11:1:13) is one the most common peroxides destroying lignin which produced by most wood decomposing mushrooms as well as many compost decomposing mushrooms. In order to cloning of mnp gene, RNA was extracted from oyster edible mushroom (P.ostreatus var.florida) and cDNA was synthesized and then the primers was designed based on the sequence of the mnp gene using Primer Premier (V.5.0) software and was amplified by PCR. First, the gene was inserted to pTG-19T plasmid and was confirmed using sequencing. In continue, mnp gene was cloned in to the p13H88 plasmid. Then it was transferred to Ecoli (DH5a) using ice-melt method and its presence was confirmed by enzymatic digestion. The results showed that mnp gene is cloned in p13H88 plasmid and the recombinant plasmid was named as p13H88-FM.در قارچ صدفی خوراکی (Pleurotus ostreatus) آنزیمهای مختلفی از ابتدای رشد میسلیومی تا انتهای دوره‌ی میوه‌دهی، تجزیه ترکیبات لیگنینی را در محیط کشت بر عهده دارند. چوب، بقایای گیاهی و بیشتر ضایعات گیاهی دیگر در طبیعت تحت عنوان ترکیبات لیگنوسلولزی نامیده می‌شوند. لیگنوسلولز عمدتاً از سلولز، همی‌سلولز و لیگنین تشکیل میشود. آنزیم منگنزپراکسیداز (EC:1:11:1:13)، یکی از عمومی‌ترین پراکسیدازهای تخریب‌کننده لیگنین است که توسط اکثر قارچهای تجزیه‌کننده چوب و نیز بسیاری از قارچهای تجزیه‌کننده کمپوست تولید میشود. در این پژوهش به‌منظور جداسازی cDNAی ژن mnp قارچ صدفی خوراکی (P. ostreatus var. florida)، استخراج RNAو سپس سنتز cDNA انجام و بر اساس توالی ژن mnp و با استفاده از نرم‌افزار Primer Premier (V. 5.0) آغازگرها طراحی گردید و با واکنش زنجیرهای پلیمراز تکثیر شد. قطعه تکثیر شده در ناقل PTG19-T وارد شد و با استفاده از توالی‌یابی تأیید شد. در ادامه، ژن mnp در ناقل p13H88 همسانه‌سازی گردید. سپس با روش یخ-ذوب به Ecoli (سویه‌یDH5α ) منتقل و تأیید حضور آن در باکتری با روش هضم آنزیمی انجام گرفت. نتایج نشان داد که ژن mnp در ناقل p13H88 همسانه‌سازی شده است. پلاسمید نوترکیب بدست آمده با نام p13H88-FM نامگذاری شد.https://jab.uk.ac.ir/article_1361_cf9a242b70f45317ffd281241fa66502.pdfدانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67057220150823Effect of substitution of Cys11 by Ser on the activity and dimerization of one of rice thioredoxin isoforms (OsTrx23) using site-directed mutagenesisجایگزینی سیستئین 11 با سرین در یکی از ایزوفرم‌های تیوردوکسین برنج (OsTrx23) با روش جهش‌زایی هدایت شده و اثر آن بر میزان دایمر شدن و فعالیت احیایی5566136210.22103/jab.2015.1362FAمیترارودگر نشتاآذرشاه پیریJournal Article20130714Thioredoxins (Trxs) are low-molecular-mass proteins with two cysteins in their active site WC(G/P)PC which are involved in reversible reduction of disulfide bonds. In contrast to animals and prokaryotes that typically possess one or a few genes encoding Trxs, higher plants contain eight different Trx types: f, m, x, y, z, o, s, and h. The cytoplasmic type Trxs (h- type) constitute a particularly large subgroup in higher plans. For instance, in the genome of rice (Oryza sativa), nine genes encoding putative Trx h were identified. Among these nine isoforms OsTrx20, OsTrx1, OsTrx18 and OsTrx23 have additional cys residue in N-terminal in comparison to the other OsTrxh isoforms. In order to study the critical role of this cysteine in OsTrx23, we replaced it with serine using site-directed mutagenesis. Both wild type and mutant proteins were heterologously expressed in Rosetta (DE3)- a strain of Escherichia coli-. The purification of these proteins enabled us to compare their activity in reaction with insulin as substrate. In addition, the dimerization of proteins were analysed under non- reducingand reducing condition with DTT. The results shows that whereas wild type OsTrx23 is present in monomer and dimer forms, the mutant OsTrx23(C11S) is dominantly in monomer form. The activity of mutant was almost similar to wild type. These results suggest that Cys11 at the N-terminal of OsTrx23 has a key role in dimerization of this protein by creating disulfide bonds.تیوردوکسین (Trx) ها، پروتئین‌هایی کوچک هستند که با داشتن یک گروه تیول- دی‌سولفید در جایگاه فعالشان نقش مهمی در تنظیم اکسایش- احیای سلولی دارند. برخلاف جانوران و پروکاریوت‌ها، در گیاهان ایزوفرم های مختلفی Trx وجود دارد که بر اساس مجل آنها در سلول در هشت زیرگروه f، m، x، y، z، o، s و h قرار می‌گیرند. ایزوفرم‌های مختلفی از Trx h در سیتوپلاسم سلول های گیاهی وجود دارند. از جمله در برنج نه ایزوفرم Trx h وجود دارد که از این میان ایزوفرم‌های OsTrx20، OsTrx1، OsTrx23 و OsTrx18 علاوه بر دو اسید‌آمینه‌یCys در جایگاه فعال، دارای یک یا دو Cys اضافی در انتهای آمین توالی خود نیز می‌باشند. در پژوهش حاضر به منظور بررسی نقش Cys انتهای در توالی پروتئین OsTrx23، با روش جهش‌زایی هدایتشده Cys11باُSer جایگزین شد. پروتئین جهش‌یافته (C11SOsTrx23) و طبیعی (WtOsTrx23) در باکتری اشریشیاکلی سویه روزتا به صورت دگرساخت بیان و خالصسازی شدند و فعالیت احیایی آنزیمهای طبیعی و جهش‌یافته در واکنش با انسولین بررسی شد. همچنین دایمر و مونومر بودن این پروتئین ها از طریق ران کردن آنها در دو شرایط احیاء و عدم احیاء بر روی ژل SDS-PAGE مورد بررسی قرار گرفت. بر اساس نتایج به دست آمده سیستئین انتهایی درOsTrx23، با ایجاد پیوند دی‌سولفیدی نقش کلیدی در دایمرشدن پروتئین دارد اما تأثیری بر فعالیت احیایی ندارد.https://jab.uk.ac.ir/article_1362_a9be4c2a4041cadbf9d61ae16dd1389e.pdfدانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67057220150823Molecular-genetic analysis of rice grain dimension in recombinant inbreed lines of cross of Anbarbu × Sepidroudتجزیه ژنتیکی-مولکولی ابعاد دانه برنج در جمعیت لاین‌های نوترکیب تلاقی عنبربو × سپیدرود با استفاده از نشانگرهای SSR و AFLP6786136310.22103/jab.2015.1363FAحسینصبوریاحمد رضادادرسعاطفهصبوریمهنازکاتوزیJournal Article20130121Generally in Iran rice quality has more importance relative to yield. Therefore, breeding of rice cultivars for quality has priority. In the present study, in order to investigate genetic structure and QTL mapping of physical properties of rice grain were used 96 recombinant inbred lines (F8) of derived from Anbarbu × Sepidroud cross. To construct of linkage map, was performed parental survey using 365 microsatellite markers and 35 AFLP primer combinations. Then, 124 microsatellite markers and 21 AFLP primer combinations produced 263 clear and polymorph bands were used to determine genotype of whole population. The constructed genetic map using 387 markers covered 1950.4 cM of rice genome. Combined interval mapping on rice quality traits identified 13 QTLs for eight traits of which eight QTLs explained more than 15 percent of phenotype variance of given characteristics. There were two QTLs for grain weight and cooked grain weight. For grain length and width three and one QTLs were found, respectively. We found two and three QTLs for grain shape and cooked grain shap and three and one QTLs for cooked grain length and width, respectively. Considering of the stability of the mapping population it is expected that identified QTLs may be used with more confidence in marker assisted selection and fine mapping.در ایران کیفیت برنج عموماً اهمیت بیشتری نسبت به عملکرد دارد، بنابراین اصلاح ارقام برنج از لحاظ کیفیت جایگاه مهمی را دارا میباشد. در پژوهش حاضر به منظور بررسی ساختار ژنتیکی و مکانیابی ژنهای کنترل کننده خصوصیات ظاهری دانه برنج، از 96 لاین اینبرد نوترکیب (نسل هشتم) حاصل از تلاقی ارقام عنبربو × سپیدرود استفاده شد. برای تشکیل نقشه پیوستگی ابتدا تعداد 365 نشانگر ریزماهواره و 35 ترکیب آغازگری AFLP در والدین مورد ارزیابی قرار گرفتند. سپس از 124 نشانگر ریزماهواره و 21 ترکیب آغازگری AFLP که 263 نوار چندشکل و واضح تولید کرده بودند برای تعیین ژنوتیپ کل افراد جمعیت استفاده شد. نقشه ژنتیکی حاصل با تعداد کل 387 نشانگر، 4/1950 سانتیمورگان از ژنوم برنج را پوشش دادند. مکانیابی فاصلهای مرکب بر روی صفات کیفی ظاهری برنج، تعداد 13 QTL برای هشت صفت شناسایی نمود. از این تعداد هشت QTL، بیش از 15 درصد از تغییرات صفات موردنظر را توجیه نمودند. برای وزن تک دانه پخته شده، دو QTL، طول و عرض برنج سفید، بترتیب سه و یک QTL، شکل دانه خام و پخته شده به ترتیب دو و سه QTL و برای طول و عرض برنج پخته شده بترتیب سه و یک QTL شناسایی شد. با توجه به پایدار بودن جمعیت مکانیابی مورد استفاده، انتظار میرود بتوان با اطمینان بیشتری از QTLهای شناسایی شده در برنامههای انتخاب به کمک نشانگر و مکانیابی دقیق استفاده نمود.https://jab.uk.ac.ir/article_1363_9683cc5f89562ea48e72bb321d9f03fb.pdfدانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67057220150823Study of Wheat ESTs in its interaction with Mycosphaerella graminicolaبررسی EST های گندم در برهمکنش با قارچ بیمارگر Mycosphaerella graminicola87106136410.22103/jab.2015.1364FAجلالغلام نژادفروغسنجریانابراهیممحمدی گل تپهناصرصفاییخدیجهرضویJournal Article20140319In this study, 10438 ESTs related to the interaction of wheat and Mycosphaerella graminicola (Anamorph: Zymoseptoria tritici) were searched in the NCBI Genebank. Non redundant related proteins of these ESTs in NCBI genebank were analyzed by Seqtools software. Among 10438 studied ESTs, 3868 ESTs had related proteins. These proteins were classified in 279 groups based on the type of them. Related pathways of 112 proteins were found in the KEGG site. Subsequently, the relationship between 55 searched pathways and defense responses in plants interact with pathogen was studied. Finally, these pathways were classified based on function in eight groups. Functional groups were included: Defense, Energy, Metabolism, Protein Process, RNA process, Cell cycle, Protein degradation and Signaling. The maximum number (745) of ESTs was related to proteins involved in cellular energy group, following by functional pathway related to defenses with 251 ESTs.
در این مطالعه، 10438 EST که در پایگاه NCBI در رابطه با تعامل گندم و بیمارگر Mycosphaerella graminicola (فرم غیرجنسی Zymoseptoria tritici) ثبت شده بودند، استخراج شدند. پروتئینهای غیر تکراری و مرتبط با EST ها در بانک اطلاعاتی NCBI توسط نرم افزار SEQtoolsبه دست آمدند. این پروتئین ها بر اساس نوع، طبقه بندی شده و در 279 گروه قرار گرفتند. سپس در سایتKEGG ، مسیر 112 عدد از این پروتئینها تجزیه و تحلیل و 55 مسیر شناسایی و ارتباط بین این مسیرها و پاسخهای دفاعی گندم مورد بررسی قرار گرفت. در ادامه این مسیرها بر اساس عملکرد گروهبندی شده و در هشت گروه عملکردی (شامل پروتئینهای دفاعی، پروتئینهای درگیر در فرایند انرژی سلولی، پروتئینهای درگیر در فرایند متابولیسم سلولی، پروتئینهای درگیر در فرایند پردازش پروتئینها، پروتئینهای درگیر در فرایند پردازش RNA، پروتئینهای درگیر در چرخههای سلولی، پروتئینهای درگیر در تخریب پروتئینها و پروتئینهای درگیر در فرایند سیگنالدهی سلولی) قرار گرفتند. مسیرهای متابولیکی تثبیت کربن در فرایند فتوسنتز و پروتئینهای درگیر در فرایند دفاعی به ترتیب با دارا بودن 745 و 251 EST، در مرتبۀ اول و دوم قرار داشتند.. سپس نقش ESTها مخصوصاً آنهایی که در مسیرهای دفاعی گیاهی درگیر بودند به صورت موردی مطالعه شدند و عملکرد آنها در مسیر دفاع گیاه گندم مشخص شد. با استفاده از اطلاعاتی که این بررسی در اختیار قرار می‌دهد میتوان ژنهای دیگری که به طور مستقیم و همچنین غیر مستقیم در فعالیتهای دفاعی گیاهی شرکت میکنند، مورد بررسی قرار داد.https://jab.uk.ac.ir/article_1364_effc299a1addb07e7089f9b269c31f2f.pdfدانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67057220150823Transformation of rapeseed by mutated epsps gene fused to chloroplast signal peptide towards enhancing tolerance to glyphosateتراریختی گیاه کلزا با ساختار ترکیبی حاوی ژن جهش یافته epsps و ترادف نشانه کلروپلاستی به منظورافزایش تحمل به علف کش گلیفوسیت107120136610.22103/jab.2015.1366FAمه لقاقوامیامیرموسویعلی هاتفسلمانیانفرانکهادیJournal Article20140429One of the most effective approaches for weed control is production of glyphosate herbicide tolerant crops. Glyphosate blocks plant growth by inhibiting EPSPS (5- enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase) enzyme which in shikimate pathway for the biosynthesis of aromatic amino acids in plants and cause plant death. Manipulation of epsps gene in order to reduce its affinity for glyphosate is one of the best methods for production of glyphosate-tolerant plants. In the previous studies, site-directed mutagenesis was used to confer two point mutations in E. coli epsps gene in order to convert Glycine96 to Alanine (Gly96Ala) and Alanine 183 to Threonine, (Ala183Thr). In this study, mutated epsps gene was fused to the chloroplast signal peptide from B. napus L. epsps gene. Then, the manipulated Ec-epsps gene was cloned in pBI121 as a plant expression vector; Agrobacterium–mediated transformation was used to deliver the recombinant pBI121 in rapeseed cultivar PF-704591. Molecular analyses were used to confirm the presence and expression of the transgene. Bioassay analysis showed that the amount of glyphosate tolerance in transgenic plants was 2 mM, whereas the non-transformed ones were unable to survive in 0.5 mM glyphosate.گیاهان زراعی متحمل نسبت به علف کش گلیفوسیت یکی از کاراترین روش های موجود در کنترل علف های هرز مزارع محسوب می شود. گلیفوسیت با مهار آنزیم EPSPS (5-انول پیرویل شیکیمات-3-فسفات سنتاز) در مسیر شیکیمات مانع سنتز اسید های آمینه حلقوی و در نتیجه مرگ گیاه می شود. یکی از موثرترین راه های ایجاد گیاهان مقاوم به علف کش گلیفوسیت، دست ورزی ژن کد کننده آنزیم EPSPS به منظور کاهش تمایل گلیفوسیت به این آنزیم می باشد. در مطالعات گذشته از روش جهش زایی هدایت یافته برای ایجاد دو جهش نقطه ای در ژن epsps اشرشیا کولی جهت تبدیل اسید آمینه گلیسین 96 به آلانین و آلانین 183 به ترئونین استفاده شد. در این تحقیق، ژن epsps باکتری اشرشیاکولی(Ec-epsps) با دو جهش مذکور، به پپتید نشانه کلروپلاستی ژن epsps مربوط به گیاه کلزا متصل شد. سپس، سازه ژنی حاصله در ناقل بیانی گیاهی pBI121 همسانه سازی و با روش مبتنی بر Agrobacterium به گیاه کلزا رقم PF-704591منتقل شد. حضور و بیان ژن مورد نظر با آنالیز های مولکولی بررسی و نتایج حاصل از آزمون زیستی نشان داد که گیاهان تراریخت، علف کش گلیفوسیت را تا سطح 2 میلی مولار تحمل می نمایند. در حالی که گیاهان شاهد در غلظت 5/0 میلی مولار از علف کش از بین رفتند.https://jab.uk.ac.ir/article_1366_6a5889bb0190d0211a991f47bb19a777.pdfدانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67057220150823Anthocyanin Production through Callus Culture of Apple: Effect of Nitrogen Source and Concentration of Magnesiumتولید آنتوسیانین در کشت کالوس سیب: اثر منبع نیتروژن و غلظت منیزیم121134136810.22103/jab.2015.1368FAفرشادکاکاوندناصرمهناJournal Article20131121Anthocyanins have attracted a great deal of attention due to their capability in protecting humans from chronic diseases. Production of natural anthocyanins from fresh plant material has many limitations. Therefore, the use of plant biotechnology for the production of anthocyanin has been put in focus without such restrictions. From the other hand, some crab apples can produce anthocyanins in their various organs including in vitro-grown calli. In this study, in order to investigate the effect of different concentrations of magnesium and nitrogen source for in vitro production of anthocyanin from callus cultures of a red-fleshed crab apple genotype, leaf explants from in vitro grown seedling was exploited to produce callus. After obtaining sufficient amount of callus, treatments were exerted in a completely randomized design with four replications for each treatment and four explants in each replication. With addition of magnesium to the medium, anthocyanin production increased up to 3 fold and the highest concentration of anthocyanins was observed in the highest magnesium concentration (40 mM). However, at this concentration, the growth rate of calli reduced. Changing the nitrogen source also affected the production of anthocyanins. The best nitrogen source for the production of anthocyanin was the combination of 10 mM ammonium and 18.8 mM nitrate as well as 5 mM ammonium and 25 mM nitrate. آنتوسیانین‌ها بدلیل توانایی آنها در محافظت انسان در برابر بیماری‌های مزمن، توجه زیادی را به خود معطوف ساخته‌اند. تولید آنتوسیانین‌های طبیعی از مواد گیاهی تازه با محدودیت‌های متعددی مواجه است. بنابراین، استفاده از بیوتکنولوژی گیاهی جهت تولید آنتوسیانین بدون محدودیت‌های ذکر شده مورد توجه قرار گرفته است. از طرف دیگر، برخی از سیب‌های زینتی می‌توانند آنتوسیانین را در اندام‌های مختلف خود از جمله بافت کالوس درون شیشه‌ای تولید کنند. در این تحقیق، به منظور بررسی اثر غلظت‌های مختلف منیزیم و منبع نیتروژن محیط کشت بر روی تولید درون‌شیشه‌ای آنتوسیانین ازکالوس یک ژنوتیپ سیب زینتی گوشت قرمز، ابتدا از ریزنمونه‌های برگ گیاهچه‌های درون شیشه‌ای جهت تولید کالوس استفاده گردیده و پس از بدست آوردن کالوس به مقدار مورد نیاز، تیمارهای مورد نظر در قالب طرح کاملا تصادفی با چهار تکرار و چهار نمونه در هر تکرار اعمال گردید. افزودن منیزیم به محیط کشت میزان تولید آنتوسیانین را تا سه برابر افزایش داد و بیشترین میزان آنتوسیانین در بالاترین غلظت منیزیم (40 میلی‌مولار) مشاهده گردید. البته در این غلظت میزان رشد کالوس‌ها کاهش یافت. تغییر منبع نیتروژن نیز بر تولید آنتوسیانین اثر گذاشت و بهترین منبع نیتروژن برای تولید آنتوسیانین، ترکیب آمونیوم 10 میلی‌مولار بعلاوه نیترات 8/18 میلی‌مولار و آمونیوم 5 میلی‌مولار بعلاوه نیترات 25 میلی‌مولار بود.https://jab.uk.ac.ir/article_1368_6c1da886822c67822bcf3679d04369fa.pdfدانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67057220150823Application of Microsatellite Markers for Identification and Registration of Pistachio Cultivarsکاربرد نشانگرهای ریزماهواره جهت شناسایی و ثبت ارقام پسته135154136910.22103/jab.2015.1369FAمحسنمردیمهرشادزین العابدینیعلیتاج آبادی پورJournal Article20130915Due to complex identification of young pistachio cultivars) Pistacia vera L.) using morphological traits, advance molecular tools have provided a new prospect for DNA fingerprinting. In this study, specific molecular keys were identified for 10 Iranian pistachio cultivars) Pistacia vera L.) using 25 SSR markers and 12 specific AFLP primer combinations. Out of 25 SSR markers, 4 were polymorphic. However, specific molecular keys were not identified using SSR markers. Twelve specific AFLP primer combinations produced specific molecular keys for 10 Iranian pistachio cultivars. Out of 12 specific AFLP primer combinations, two produced specific molecular keys for 8 Iranian pistachio cultivars. Specific primer combination “M_TTT-E_GTC” in Abbasali, Ahmad Aghaei, Badami Sefid, Fandoghi 48, Momtaz, Ohadi va Shahpasand, and “M_GAG-E_CAG” in Akbari produced specific keys. The results showed that there was a similar genetic background within Iranian pistachio mother's trees. The specific molecular keys were verified on 36 pistachio mother's trees and the results were confirmed at two independent laboratories. The reported specific molecular keys can be used for identification of 10 Iranian pistachio cultivars.
با توجه به اینکه شناسایی ارقام پسته (Pistachia Vera L.) با استفاده از خصوصیات مورفولوژیک در مرحله نونهالی دشوار است، ابزارهای مولکولی نوین چشم انداز جدیدی را در زمینه انگشت نگاری DNA فراهم کرده اند. در این تحقیق با استفاده از 25 نشانگر SSR و 12 جفت آغازگر اختصاصی نشانگر AFLP، کلید شناسایی مولکولی 10 رقم پسته ایرانی (Pistacia vera) حاصل گردید. نتایج این تحقیق نشان داد، علیرغم استفاده از 25 نشانگر مولکولی SSR، تنها چهار نشانگر چند شکل بوده و نتایج آنها منجر به شناسایی کلیدهای مولکولی اختصاصی برای 10 رقم پسته مورد مطالعه نشد. 12 ترکیب نشانگر AFLP در 10 رقم پسته ایرانی کلیدهای اختصاصی مولکولی ایجاد کردند. از مجموع 12 جفت آغازگر AFLP استفاده‌شده، دو جفت آغازگر M_TTT-E_GTC و M_GAG-E_CAG برای 8 رقم مورد مطالعه پسته کلید مولکولی، ایجاد نمودند. جفت آغازگر M_TTT-E_GTC در ارقام عباس علی- احمد آقایی- بادامی سفید- فندقی 48- ممتاز- اوحدی و شاه‌پسند و جفت آغازگر M_GAG-E_CAG در رقم اکبری کلیدهای مولکولی اختصاصی ایجاد نمودند. نتایج این تحقیق نشان داد که زمینه ژنتیکی مشابهی بین درختان مادری ارقام ایرانی پسته وجود دارد. کلیدهای مولکولی اختصاصی به‌وسیله تجزیه‌های مولکولی بر روی 36 درخت مادری ایجاد و نتایج این تحقیق در دو آزمایشگاه مستقل تأیید شد. کلیدهای مولکولی اختصاصی گزارش شده می توانند در شناسایی 10 رقم پسته ایرانی مورد استفاده قرار گیرند.https://jab.uk.ac.ir/article_1369_0e3a37aa85a14e359df74fa77eded3f6.pdfدانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67057220150823Isolation, gene expression and PthA effector protein production of Xanthomonas citri subsp citri causal agent of citrus bacterial cankerجداسازی، بیان ژن و تولید پروتئین افکتور PthA باکتری Xanthomonas citri subsp citri عامل بیماری شانکر مرکبات155170137010.22103/jab.2015.1370FAمریممختاریمحمدرضاصفرنژادسید مهدیعلوی0000-0002-5875-3537آدمترکمن زهیJournal Article20141018The citrus bacterial canker is among the most important diseases in Mexican lime gardens in southern area of Iran. The disease is caused by Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc). The PthA bacterial protein, as an effector protein, is crucial in pathogenesis pathway. Inhibition of its functions through antibody could lead to suppression of disease in plant. The present study was performed for isolation and expression of pthA gene and purification of PthA recombinant protein. For this aim the specific primers were designed for isolation of 606 bp of hydroxyl terminal of this gene followed by PCR amplification and cloning into pTZ57R/T vector. The coding sequence of truncated pthA was inserted to pET28a bacterial expression vector as a C-terminal fusion to 6XHis tag. Production of recombinant protein was performed in BL21(DE3) strain of E. coli. The purification was done under native condition through affinity chromatography on nickel column. Total yield was assessed by SDS-PAGE and western blotting analysis. The results confirmed production of PthA recombinant protein with molecular weight around 26 kDa. The purified recombinant protein could be used as an antigen for production of recombinant monoclonal antibodies.بیماری شانکر باکتریایی مرکبات از جمله مهمترین بیماری های باغات لیموی مکزیکی در جنوب کشور می باشد که توسط باکتری Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) ایجاد میشود. پروتئین PthA باکتری عامل شانکر مرکبات، به عنوان پروتئین افکتور، نقش اساسی در فرایند بیماری زایی دارد و لذا غیر فعال سازی آن با استفاده از آنتی بادی می تواند منجر به ایجاد مقاومت بر علیه بیماری شود. در این تحقیق جداسازی و بیان ژن pthA و خالصسازی پروتئین حاصل از آن صورت پذیرفته است. برای این منظور با استفاده از منابع اطلاعاتی بانک ژن، آغازگرهای اختصاصی برای جداسازی ژن pthA طراحی شد و سپس قطعه ژنی مربوطه در ناقلpTZ57R/T همسانه سازی گردید. ژن مزبور سپس به صورت متصل به دنباله شش تایی هیستیدین در ناقل بیانی باکتریایی pET28a همسانه سازی گردیده و بیان آن به صورت نوترکیب در سویه BL21(DE3) باکتری Escherichia coli صورت پذیرفت. خالصسازی پروتئین نوترکیب PthA در شرایط طبیعی غیر واسرشتی و با استفاده از روش کروماتوگرافی تمایلی بر روی ستون نیکل صورت پذیرفت. صحت بیان پروتئین مذکور با روش های الکتروفورز پروتئین و وسترن بلاتینگ با استفاده از آنتی بادی های اختصاصی توالی شش تایی هیستیدین مورد بررسی و تایید قرار گرفت. پروتئین نوترکیب خالص بدست آمده می تواند به عنوان آنتی ژن برای تولید آنتی بادی های نوترکیب مونوکلونال مورد استفاده قرار گیرد.https://jab.uk.ac.ir/article_1370_d1ee59e20ad01cedc15f5118a7626099.pdfدانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67057220150823Effect of Osmotic Pressure on In vitro Microtuberization of Potato cv. Agria in Different Concentrations of Sucrose and PEGاثر فشار اسمزی بر ریزغده زایی درون شیشه ای در سیب زمینی رقم آگریا با کاربرد غلظت های مختلف ساکارز و پلی اتیلن گلایکول171184137110.22103/jab.2015.1371FAعلیرضامطلبی آذرسمانهکاظمیانی نجف آبادینسریناکبریJournal Article20120806 In order to evaluate the effects of five concentrations of sucrose and PEG (0.0, 0.05, 0.11,0.17 and 0.23 mol.l-1) on microtubers initiation, formation and growth, a factorial experiment based on completely randomized design with five replications was carried out. Nodes fromin vitro potato shoots were cultured for microtuberization in MS medium and incubated in constant darkness in growth room at 20 ±1oC. Analysis of variance revealed significant differences among treatments for initiation and formation of microtubers, as well as microtuber length, diameter and fresh weight. Sucrose was more effective than PEG on microtuberization process (all traits).Thus; it was show that application of high levels of sucrose was very useful in microtuberization. Increasing of sucrose concentrations efficiently improved in vitro microtubers number without negative side effects on fresh weight and size. PEG led to a decrease in microtuberization (all traits). High concentrations of PEG restricted microtuberization due to reduce water and nutrients uptake by node explants from medium. On the other hand the use of high concentrations of osmotic material was significantly effective on microtubers dormancy which is useful in germplasm exchange. Results of study like the one presented here, could be very useful in better understanding of physiological mechanisms involved in microtuberization process and useful in approaching breeding objectives as well. اثر پنج غلظت ساکارز و پلی اتیلن گلایکول هر کدام (0/0، 05/0، 11/0، 17/0 و 23/0 مول بر لیتر) بر آغازش، تشکیل و رشد ریزغده بررسی شد. گره های حاصل از شاخساره های درون شیشه ای در محیط کشتMS کشت شدند و در تاریکی مداوم و دمای 1±20 درجه سانتیگراد نگهداری شدند. نتایج تجزیه واریانس نشان داد که اختلاف معنی داری بین تیمارهای اعمال شده از نظرآغازش و تشکیل ریزغده، همچنین طول، قطر و وزن تر ریز غده ها وجود داشت و ساکارز در فرآیند ریزغده زایی (در کلیه صفات) برتر از پلی اتیلن گلایکول و استفاده از سطوح بالای ساکارز در تشکیل ریزغده در شرایط درون شیشه ای مفید بود. افزایش ساکارز، تعداد ریزغده را بدون اثر منفی روی وزن و اندازه آنها به طور موثری افزایش داد. پلی اتیلن گلایکول بکار برده شده در محیط کشت، منجر به کاهش فرآیند ریزغده زایی (در کلیه صفات) شد. محدودیت ریزغده زایی توسط غلظت های بالای پلی اتیلن گلایکول در نتیجه کاهش جذب آب و مواد غذایی توسط ریزنمونه های گره از محیط کشت بود. از طرف دیگر استفاده از غلظت های بالای پلی اتیلن گلایکول به طور معنی داری بر دورمانسی ریزغده ها به منظور مبادله ژرم پلاسم موثر بود. نتایج این پژوهش میتواند به درک بهترمکانیسمهای فیزیولوژیکی مربوط به ریزغده زایی کمک کرده و گامی جهت رسیدن سریع به اهداف اصلاحی باشد.https://jab.uk.ac.ir/article_1371_81ca0262c82e712e50c580c032d99b60.pdfدانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67057220150823Genetic variability in exon 9 of PEPCK-M gene in different strains of chickens using PCR-RFLP methodتنوع ژنتیکی اگزون 9 ژن فسفو انول پیروات کربوکسی کیناز میتوکندریایی در سویههای مختلف مرغ با استفاده از تکنیک PCR-RFLP185198137210.22103/jab.2015.1372FAزهرهیوسفیقدرترحیمی میانجیزربختانصاریJournal Article20130515Phosphoenolpyruvate carboxykinase (PEPCK) catalyzes the first step of the gluconeogenesis cycle. There are two isozymes forms of this enzyme, cytosolic phosphoenolpyruvate carboxykinase (PEPCK-C) and mitochondrial phosphoenolpyruvate carboxykinase (PEPCK-M) which present in mitochondria and cytoplasm Current research has been conducted to identify the allelic polymorphism in the PEPCK-M gene in breeder hens of native fowls and commercial broiler and layer chickens. Blood samples were collected randomly from 150 birds of three strains and DNA was extracted using modified salting out method. A fragment of 401 bp in length was amplified from exon 9 of PEPCK-M gene. For genotyping of each sample the PCR products were digested by AccI restriction enzyme. The frequency of AccI- and AccI+ allele was estimated at 0.73 and 0.27 in native fowls population, 0.6 and 0.4 in broiler and 0.85 and 0.15 in layer lines, respectively. Two genotypes of AccI -/- and AccI -/+ were observed with the frequency of 0.46 and 0.54 in native fowls, 0.20 and 0.80 in broiler line and 0.70 and 0.30 in commercial layer line, respectively. The comparison of allelic frequency showed no statistical differences between native fowls population with broiler and layer lines, but this results indicated significantly differences between broiler and layer lines (P<0.05).The comparison of genotypic frequency showed that there were significant differences between three populations (P<0.05). No any AccI +/+genotype was detected in the genotyped samples. The difference in genotypic distribution may be as a consequence of different selection strategies used in these populations.فسفو انول پیروات کربوکسی کیناز، اولین مرحله واکنش را در چرخه گلوکونئوژنز کاتالیز میکند. دو فرم ایزوزیمی از این آنزیم، شامل فسفو انول پیروات کربوکسی کیناز سیتوپلاسمی و فسفو انول پیروات کربوکسی کیناز میتوکندریایی (PEPCK-M) وجود دارد که در سیتوپلاسم و میتوکندری حضور دارند. پژوهش حاضر برای مقایسه چند شکلیهای آللی در جایگاه ژنی PEPCK-M در سویههای مرغ تجاری گوشتی، تخمگذار و مرغهای مولد از ایستگاه اصلاح نژاد مرغ بومی مازندران انجام گرفته است. نمونههای خون به طور تصادفی از 150 قطعه مرغ از این سه جمعیت جمعآوری و استخراجDNA باروش نمکی بهینه یافته انجام شد. یک قطعهی 401 جفت بازی از اگزون 9 ژن PEPCK-Mتکثیر و سپس جهت تعیین ژنوتیپ، محصولات PCR با آنزیم برشی AccI مورد تیمار آنزیمی قرار گرفتند. فراوانی هر یک از آللهای AccI– وAccI+ بهترتیب در مرغ بومی مازندران برابر با 73/0 و 27/0، در مرغ گوشتی برابر با 6/0 و 4/0 و در مرغ تخمگذار برابر با 85/0 و 15/0 محاسبه شد. دو ژنوتیپ AccI-/- و AccI+/- با فراوانی هر یک به ترتیب 46/0 و 54/0 در جمعیت مرغ بومی مازندران، 2/0 و 8/0 در جمعیت مرغ گوشتی و 7/0 و 3/0 در جمعیت مرغ تخمگذار مشاهده شد. مقایسه فراوانی ژنی بین جمعیت مرغهای بومی مازندران با مرغهای گوشتی و تخم گذار اختلاف معنیداری نداشت، اما این اختلاف در بین جمعیت مرغهای گوشتی و تخم گذار از لحاظ آماری معنیدار بود (P<0.05). همچنین مقایسه فراوانی ژنوتیپی بین هر سه جمعیت از لحاظ آماری اختلاف معنیداری را نشان داد(P<0.05) . در نمونههاى مورد مطالعه ژنوتیپ AccI+/+ مشاهده نشد. اختلاف در توزیع ژنوتیپی ممکن است در نتیجه اختلاف در استراتژیهای انتخاب استفاده شده در این جوامع باشد. ﺑﺎ ﺗﻮﺟﻪ ﺑﻪ اینکه ژن PEPCK-M در جمعیتهای مورد بررسی دارای ﭼﻨﺪﺷﮑﻠﯽ ﻗﺎﺑﻞ ملاحظهای ﻣﯽﺑﺎﺷﺪ ﻣﯽﺗﻮان از آن در ﺑﺮﻧﺎﻣﻪﻫﺎی اﻧﺘﺨﺎب و اﺻﻼح ﻧﮋادی آﯾﻨﺪه اﺳﺘﻔﺎده ﻧﻤﻮدhttps://jab.uk.ac.ir/article_1372_f3bd5ad57c8389a8a1a541a76be463bf.pdf