دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 9 3 2017 10 23 Identification of QTLs for rice yield and yield-related traits using high density SNPs linkage map شناسایی QTL های عملکرد و صفات مرتبط با عملکرد برنج با استفاده از نقشه لینکاژی با تراکم بالای نشانگرهای SNP 1 24 1876 10.22103/jab.2018.1876 FA مصطفی احمدی زاده دانشجوی دکتری رشته اصلاح نباتات دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران. نادعلی بابائیان جلودار استاد گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران. قاسم محمدی نژاد دانشیار اصلاح نباتات، قطب علمی تنش‌های محیطی در غلات، دانشکده کشاورزی دانشگاه شهید باهنر کرمان نادعلی باقری استادیار گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران. راکش کومار سینگ مرکز تحقیقات بین المللی برنج (IRRI)، لوسبانیوس، فیلیپین Journal Article 2017 01 01 Rice is one of the most important cereal with great variation, which is a major food for more than half of the world’s population. Mapping quantitative traits loci is one of the applied and momentous approaches to study yield-related traits. In present study 188 F4 rice lines derived from CSR28 and Sadri cross along with the parents were used for genotyping and phenotyping. The objective of this study was to construct high saturation linkage map using SNPs markers (Infinium Illumina 6K SNP chip) and QTL identification of yield-related traits in 188 F4 population. Mapping of quantitative traits loci led to identify 21QTLs for studied traits on chromosomes 1, 2, 3, 5, 7, 8 and 10. One QTL (qFG_N-3-1) was identified for filled grain number per plant on chromosome 3. For spikelet fertility, three QTLs (qSpkF_N-2-1, qSpkF_N-3-1andqSpkF_N-5-1) were mapped on chromosomes 2, 3 and 5, which explained 29.28 percentage of phenotypic variation. One QTL (qGY_N-8-1) was detected for grain yield on chromosome 8, which was flanked by 9037125 and 9049928 markers. In conclusion, besides the QTLs which is reported for first time, the QTLs were consistent as reported previously, could be introduced as reliable QTLs that is suitable for marker assisted breeding programs. برنج یکی از غلات مهم با تنوع بسیار خوب است که به عنوان غذای اصلی نیمی از جمعیت جهان استفاده میشود. مکانیابی جایگاههای کنترل کننده صفات کمی یکی از روشهای کاربردی و مهم برای مطالعه صفات مرتبط با عملکـرد است. در این مطالعه تعداد 188 لاین (F4) برنج حاصل از تلاقی CSR28 و صدری به همراه والدین خود جهت بررسی فنوتیپی و ژنوتیپی مورد ارزیابی قرار گرفت. هدف از این مطالعه تهیه نقشه پیوستگی با درجه اشباع بالا با استفاده از نشانگرهای SNP (Infinium Illumina 6K SNP chip) و شناسایی مکانهای ژنی کنترل کننـده صفات مرتبط با عملکـرد در 188 لاین جمعیت F4 است. مکانیابی جایگاههای کنترل کننده صفات کمی منجر به شناسایی 21 QTL برای صفات مورد مطالعه بر روی کروموزومهای 1، 2، 3، 5، 7، 8 و 10 شد. برای تعداد دانههای پرشده در بوته یک QTL (qFG_N-3-1) روی کروموزوم 3 شناسایی شد. سه QTL (qSpkF_N-2-1، qSpkF_N-3-1 و qSpkF_N-5-1) برای درصد باروری روی کروموزومهای 2، 3 و 5 مکانیابی شد که 28/29 درصد از واریانس فنوتیپی را توجیه کردند. یک QTL (qGY_N-8-1) برای عملکرد دانه در فاصله نشانگری 9037125 و 9049928 روی کروموزوم 8 مکانیابی شد. در نهایت، علاوه بر شناخت QTLهای جدید میتوان دیگر QTLهایی که در نواحی مشابه با مطالعات قبلی شناسایی شدهرا به عنوان QTL-های دارای اعتبار معرفی کرد که مناسب برای برنامههای اصلاحی به کمک نشانگر است.

https://jab.uk.ac.ir/article_1876_0e4f307a62210260afbc6da378c79683.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 9 3 2017 10 23 Genetic and phylogenetic analyses of partial control region of mtDNA in Zandi sheep breed تجزیه و تحلیل ژنتیکی و فیلوژنتیکی بخشی ازناحیه کنترلی ژنوم میتوکندری در گوسفند زندی 25 40 1877 10.22103/jab.2018.1877 FA زانا پیرخضرانیان دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران. محمد رزم کبیر استادیار گروه ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران. نرگس نظیفی دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران. Journal Article 2016 11 02 Protecting native animal population as genetic and national reserves is essential for animal breeding programs and increasing production of them.Using genetic sequencing mitochondria genome markers is one of the most practical methods for species identification and determination of phylogenetic relationships among populations and species that are close to each other.The purpose of this study is to investigate the diversity of the HVR-I region of themitochondrial genome in Zandi sheep. For this purpose, blood samples from 25 non-relatives breed Zandi sheep in Khojir station in Tehran was collected. After DNA extraction, amplification of 432 nucleotide fragment of the HVR-I in mitochondrial genome has been done by using the polymerase chain reaction, then succesful amplified samples were sequenced.The results of the analysis of sequenced samples suggested existence of four haplotype and four polymorphic sites in the mentioned gene. The study of homology of consensus sequence various breeds of sheep showed that established polymorphism in position 13 probably is specific to zandi sheep. The study of nucleotide diversity showed lower nucleotide diversity in Zandi sheep comparing to Moghani sheep and Balochi sheep. Moreover, the results of phylogenetic analysis that was drawn to determine the position of Zandi sheep among the other breeds of sheep showed that Zandi sheep belongs to haplogroup of A. Also comparing of The HVR-I sequences of Zandi sheep to the sheeps belonging to the haplotype A, showed that this breed has the lowest genetic distance with Baluchi moghani and afshari sheep breed, but it has considerable genetic distance with the reference sequence of A haplotype. حفظ دامهای بومی، به عنوان ذخایر ژنتیکی و سرمایههای ملی برای برنامههای اصلاح نژادی و بازده تولید ضروری میباشد. استفاده از نشانگرهای ژنتیکی توالی یابی ژنوم میتوکندری یکی از کاربردی ترین روشها برای تشخیص گونهها و تعیین رابطه فیلوژنی بین جمعیتها و گونههای نزدیک به هم میباشد. هدف از این مطالعه بررسی میزان تنوع ناحیهHVR-I ژنوم میتوکندری گوسفند نژاد زندی بود. بدین منظور نمونههای خون از تعداد 25 رأس گوسفند غیر خویشاوند نژاد زندی در ایستگاه خجیر تهران جمعآوری شد؛ و پس از استخراج DNAوتکثیر قطعه 432 نوکلئوتیدی ناحیه HVR-I ژنوم میتوکندری با استفاده از واکنش زنجیرهای پلیمراز، نمونهها توالی یابی شدند. نتایج آنالیز توالیها حاکی از وجود چهار هاپلوتایپ و چهار جایگاه چند شکل در ژن مذکور بود. بررسی همولوژی توالی مورد توافق انواع نژادهای گوسفند نشان داد که تثبیت چند شکلی موجود در موقعیت شماره 13 نمونه های بررسی شده به عنوان جامعهای کوچک از گوسفندان زندی ایران ممکن است فقط خاص گوسفند نژاد زندی باشد. بررسی تنوع نوکلئوتیدی نشان داد که گوسفند نژاد زندی دارای تنوع نوکلئوتیدی کمتری نسسبت به گوسفندان مغانی و بلوچی میباشد. نتایج ترسیم درخت فیلوژنی نشان داد که گوسفند نژاد زندی متعلق به گروه هاپلوتایپی A میباشد و کمترین فاصله ژنتیکی را با نژادهای گوسفند ایرانی بلوچی، مغانی و افشاری دارد، با این وجود فاصله ژنتیکی قابل تاملی را با توالی مرجع گروه هاپلوتایپی A دارا میباشد.

https://jab.uk.ac.ir/article_1877_523761fd6d5eb57d64a7673bb1afc5ec.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 9 3 2017 10 23 Peroxidase gene expression and antioxidant enzymes activity in three citrus genotypes in challenging with bacterial blast agent Pesudomonas syringae pv. Syringae بررسى بیان نسبى ژن پراکسیداز و فعالیت آنزیمى در سه گونه و رقم مرکبات در برابر باکتری عامل بلاست مرکبات Pesudomonas syringae pv. syringae 41 60 1878 10.22103/jab.2018.1878 FA مهسا خاکساری دانشجوی کارشناسی ارشد دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران. ولی اله بابایی زاد دانشیار گروه گیاهپزشکی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری حشمت الله رحیمیان استاد دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران. فرید بیگی استادیار موسسه تحقیقات گیاهپزشکی کشور، تهران، ایران. Journal Article 2017 01 01 <span style="line-height: 115%; font-family: 'Times New Roman',serif; font-size: 12pt; mso-bidi-language: FA; mso-bidi-font-size: 14.0pt; mso-bidi-font-family: 'B Lotus'; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-fareast-language: EN-US; mso-ansi-language: EN-US;">Citrus blast is a widespread disease citrus in most citrus growing areas of the world except in tropical regions. The disease is predominantly incited by strains of Pseudomonas syringae pv. syringae. The reaction of the plants to infection with pathogen is manifested by metabolic changes in tissues exemplified by generation of reactive oxygen species and expression of genes involved in systemic acquired resistance (SAR). In the present study the expression of some defense genes including catalase, peroxidase and ascorbate oxidase was determined in three species and cultivar of citrus (Okitso Satsuma mandarin, Sour orange and limequat) using real-time PCR at different time intervals following injection-inoculation of the plant leaves. Expression of peroxidase peaked at 24 hours post inoculation (hpi) in satsuma mandarin and sour orange. Whereas in limquat it peaked at 48 hpi. The peroxidase level also showed an elevating trend, albeit more slowly, peaking 48 hpi in Okitso satsuma and sour orange and 12 hpi in limequat. The trend with catalase and ascorbate oxidase was the revers and elevated only in limequat plants. Therefore, the level of peroxidase in the resistant citrus species was higher than the susceptible limquat plant, whereas catalase and ascorbate oxidase levels was lower in the resistant species leading to build up of hydrogen peroxidase in the tissues appearance of the resistant phenotype. بیماری بلاست مرکبات (Citrus blast) ازجمله بیماریهای شایع در برخی از مناطق مرکبات خیز دنیا به‌استثنای مناطق گرمسیری است که عمدتاً به‌وسیله جدایههای Pseudomonas syringae pv. syringae (Pss) Van Hall 1902 ایجاد می‌شود. واکنش گیاه به آلودگی توسط عوامل بیماریزا به‌وسیله‌ی تغییرات متابولیکی همچون، گونههای اکسیژن فعال و ژن‌های دخیل در مقاومت القایی سیستمیک ابراز می‌شود. سطح بیان ژن پراکسیداز با استفاده ازروش Real time و فعالیت آنزیم‌های آنتی‌اکسیدانت کاتالاز، پراکسیداز و آسکوربات پراکسیداز در سه گونه و رقم مرکبات (اوکیتسو، نارنج و لایم کوآت) در بازه‌های زمانی مختلف پس از تزریق باکتری در گلخانه موردبررسی قرار گرفت. نتایج این بررسی نشان داد میزان بیان ژن پراکسیداز در اوکیتسو و نارنج با مقاومت بالاتری هستند در 24 ساعت بعد از آلودگی در مقایسه با لایم کوآت به میزان اوج خود رسید درحالی‌که در دورگ حساس لایم کوآت در ساعت 48 بعد از آلودگی به میزان اوج خود رسید. میزان تولید آنزیم پراکسیداز در هر سه ژنوتیپ بعد از آلودگی روند صعودی دارد و در نارنج و اوکیتسو در ساعت 48 و در لایم کوآت در ساعت 72 به بیشترین میزان خود رسید. دو آنزیم کاتالاز و آسکوربات پراکسیداز تنها در لایم کوات روند صعودی داشته است. درمجموع بیان ژن پراکسیداز و در پی آن تولید آنزیم در ارقام مقاوم (اوکیتسو و نارنج)، بالاتر از ژنوتیپ حساس (لایم کوآت) است و میزان تولید دو آنزیم کاتالاز و آسکوربات پراکسیداز در ارقام مقاوم کاهش و درنتیجه بیشتر شدن پراکسید هیدروژن و افزایش مقاومت را در پی دارد.

https://jab.uk.ac.ir/article_1878_c2c334ae9f62d0b6ab257ddc98f1638c.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 9 3 2017 10 23 The effect of methyljasmonate elicitor on tropan alkaloid production in hairy roots of Atropa belladonna تاثیر محرک متیل‌جاسمونات بر تولید آلکالوئیدهای تروپانی در ریشه‌های مویین تراریخت گیاه شابیزک (Atropa belladonna) 62 73 1879 10.22103/jab.2018.1879 FA مریم خردمند کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده‌ی کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد. مشهد، ایران. فرج‌الله شهریاری استاد گروه بیوتکنولوژی و به‌نژادی گیاهی، دانشکده‌ی کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد. مشهد، ایران. نسرین مشتاقی دانشیار گروه بیوتکنولوژی و به‌نژادی گیاهی، دانشکده‌ی کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد. مشهد، ایران Journal Article 2016 11 22 The parasympatholytic tropane alkaloids, Atropine and Scopolamine, accumulated in Atropa belladonna, are of great interest for the pharmaceutical industry.In this research, Atropa belladonna transformed hairy roots were produced by Agrobacterium rhizogenes strain A4 mediated transformation. Effects of different concentrations of methyl jasmonate (0, 150 and 300 Micro molar) were investigated on production of Atropine and Scopolamine in 24 hours treatment. Then the contents of two tropane alkaloids, Atropine and Scopolamine, were assayed by HPLC method. The tropane alkaloids contents were shown to be significantly increased in transformed hairy roots. Results showed Atropine and Scopolamine content in transformed hairy roots reached respectively from 0.12 to 1.715 and 0.0195 to 0.43 of mg in 100 mg of dry weight. Methyl jasmonate dramatically enhanced both tropane alkaloids, Atropine and Scopolamine. Tropane alkaloids content increased in 300 Mµ concentration of methyl jasmonat in comparison with 150 Mµ concentration and control treatment. In conclusion, it is suggested that, hairy root can be used as a replacement of plants in further studies and for tropane alkaloids production in economical and commercial scales. آلکالوییدهای پاراسمپاتیک آتروپین و اسکوپولامین در شابیزک (Atropa belladonna) تجمع مییابند و اهمیت زیادی در صنعت داروسازی دارند. در این تحقیق، با استفاده از نژاد A4باکتری آگروباکتریوم رایزوژنز، ریشه مویین تراریخت در گیاه شابیزک تولید گردید. اثر غلظتهای مختلف متیلجاسمونات (0، 150 و 300 میکرومولار) بر میزان تولید آتروپین و اسکوپولامین در ریشههای مویین تراریخت به مدت 24 ساعت مورد بررسی قرار گرفت. سپس مقادیر دو آلکالویید تروپان، یعنی آتروپین و اسکوپولامین به وسیلهی روش HPLC اندازهگیری شد. مقدار آلکالوییدهای تروپان به طور معنیداری در ریشههای مویین افزایش یافت. نتایج نشان داد که مقدار آتروپین و اسکوپولامین در ریشههای مویین تراریخت به ترتیب از 12/0 به 715/1 و 0195/0 به 45/0 میلیگرم در 100 میلیگرم وزن خشک رسید. متیلجاسمونات به طور چشمگیری هر دو آلکالویید تروپان، آتروپین و اسکوپولامین را افزایش داد. مقدار آلکالوییدهای تروپان در غلظت 300 میکرومولار از متیلجاسمونات در مقایسه با غلظت 150 میکرومولار و نمونهی شاهد افزایش یافت. در نتیجه پیشنهاد میشود که ریشههای مویین میتوانند به جای گیاهان به منظور مطالعات بیشتر و تولید آلکالوییدهای تروپان در ابعاد اقتصادی و تجاری استفاده شوند.

https://jab.uk.ac.ir/article_1879_1fed8b98bebebb93e3e27593f00816dd.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 9 3 2017 10 23 Phylogenetic analyzing of Khalkhali goats using cytochrome b gene آنالیزفیلوژنتیکی جمعیت بزهای خلخالی با استفاده ژن سیتوکروم b 76 86 1880 10.22103/jab.2018.1880 FA ویدا دولتی دانشجوی کارشناسی ارشد علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. نعمت هدایت ایوریق استادیار گروه علوم دامی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه محقق اردبیلی. سعید نیک بین استادیار علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. رضا بهمرام استادیار علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. Journal Article 2016 08 02 Khalkhali goat is an Iranian indigenous goat that the number of population has been decreasing nowadays. Study about the practical genetic structure is necessary for biodiversity conservation of native breeds. The aim of this study was the sequencing of Cytochrome b gene of 100 Khalkhali goat and comparison with other goat species using bioinformatics data (26 samples). we used the sequences of NCBI data to compare between goat species. The results of sequencing led to the identification of 5 mutations with 6 Haplotypes in Iranian Khalkhali goat samples. The haplotype diversity, nucleotide diversity and the average of a different nucleotide were 0.644, 0.002 and 1.822 respectively. Tajima D was obtaining 0.124 that was not significant. The result of comparison analysis between goat species indicates that nucleotide diversity in Capra hircus, Capra ibex, and Capra aegagrus were 0.047, 0.022 and 0.001 respectively. The highest genetic distance observed between Ibex and aegagrus, while the lowest was between Khalkhli goat and Capra hircus. In compare with aegagrus goat, the ibex goat was closer to Capra hircus. بز خلخالی یکی از بزهای بومی ایران است که درحال حاضرجمعیت آن به‌شدت کاهش یافته است. برای حفظ و بهبود تولیدات این گونه مطالعات کاربردی ژنتیکی ضروری است. تحقیق حاضر باهدف توالییابی ژن میتوکندریایی سیتوکروم b در 100 رأس بز خلخالی و آنالیز بیوانفورماتیک این ژن در گونههای مختلف بز (با استفاده از 26 نمونه توالی NCBI) انجام شده است. جهت انجام آنالیز از روش توالی یابی ژن و مقایسه آن با اطلاعات موجود در پایگاه اطلاعاتی NCBI استفاده گردید. نتایج آنالیز تنوع ژنتیکی درجمعیت بز خلخالی منجر به شناسایی 5 جهش با 6 هاپلوتایپ مختلف گردید میزان تنوع هاپلوتیپی، تنوع نوکلئوتیدی و میانگین تفاوت‌های نوکلئوتیدی به ترتیب 644/0، 002/0 و 822/1 برآورد شد. مقدار تاجیما D در جمعیت بزهای خلخالی مثبت 124/0 بدست آمد که ازلحاظ آماری معنی‌دارنبود.نتایج تجزیه تحلیل‌های بین گونههای مختلف بزنشان داد که تنوع نوکلئوتیدی در گونه‌های بز ایبکس، ایگاگروس و هیرکوس به ترتیب 047/0، 022/0 و 001/0 میباشد. بیشترین فاصله ژنتیکی بین بزهای ایبکس و ایگاگروس و کمترین فاصله ژنتیکی بین گونه خلخالی و بز هیرکوس مشاهده شد. بزهای ایگاگروس در مقایسه با بزهای ایبکس ازلحاظ فاصله ژنتیکی به بزهای اهلی هیرکوس نزدیکتر بودند.

https://jab.uk.ac.ir/article_1880_29af3a906a42f89ab691542aefea29fd.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 9 3 2017 10 23 Protein engineering of human tissue type plasminogen activator (tPA) using active site of plant-cuscutain enzyme to increase its permanent and activity مهندسی پروتئین فعال کننده پلاسمینوژن بافتی (tPA) انسانی با افزودن قطعه ژن کاسکوتین سس جهت افزایش پایداری و فعالیت آن 87 100 1881 10.22103/jab.2017.1881 FA حیدر سیفی عضو هیات علمی گیاهان دارویی دانشگاه نهاوند، نهاوند، ایران خسرو پیری عضو هیئت علمی گروه بیوتکنولوژی دانشگاه بوعلی سینا، همدان، ایران. معصومه امینی فارغ ااتحصیل دکتری بیوتکنولوژی گیاهی دانشگاه بوعلی سینا، همدان، ایران. Journal Article 2018 01 15 tPA is a fibrinolitic agent that cause dissolves of blood clots and used in stroke and cardiovascular diseases. Cuscutain is a stable and highly active protease in plants such as dodder, and parasite plants using this enzyme to penetrate into host. Although produced cost of recombinant proteins in plants is 10-50 times less than bacteria, but production of recombinant proteins in plants has problems such as difficulty of downstream process, low stability and activity of purified recombinant proteins. To increase stability and activity of tPA using protein engineering, dodder-cuscutain active site was spliced to tPA. DNA was extracted from dodder plants and desired segments of cuscutain amplified using specific primers. Then, the segment of cuscutain was shuffled to tPA by SOEing PCR method. Constructed chimeric tPA was cloned under control of CaMV 35S promoter and NOS terminator. Kozak enhancer sequence and signal peptide sequence (KDEL) were added to amino and carbocyclic terminus, respectively. Construct of pBI(tPA) was transferred to tobacco plants using agrobacterium method and transgenic plants selected on kanamycin medium. Analysis of transgenic plants was performed by PCR, RT-PCR, SDS-PAGE, western blotting and zymography. Results of PCR showed that chimeric tPA was constructed using SOEing PCR. Analysis of transgenic plants using RT-PCR, SDS-PAGE and western blotting demonstrated that chimeric tPA is expressed. Moreover, zymography test showed that compared to normal tPA, produced chimeric tPA has more activity and stability. In conclusion increasing activity and stability of recombinant drugs using plant genes is promising. پروتئین tPA یکعاملاختصاصیفیبریناستکهموجبحلکردنلختههایخونیوجلوگیریاز سکتههیقلبیومغزیمیگردد. کاسکوتین یک پروتئاز با فعالیت و پایداری بالا میباشد که در گیاهانی مثل سس وجود دارد و گیاه پارازیت از آن برای نفوذ به میزبان استفاده میکند. هزینه تولید پروتئینهای نوتوکیب در گیاهان 10 الی 50 برابر کمتر از تولید همان پروتئین توسط باکتری است. اما تولید پروتئینهای نوترکیب در گیاهان هنوز با چالشهای مهمی از جمله عملیات پایین دستی و تخلیص، پایین بودن فعالیت و پایداری پروتئین روبرو میباشد. پروتئین نوترکیب tPA تولید شده در گیاهان پایداری و فعالیت پایینی دارد. هدف این تحقیق، افزایش پایداری tPA با استفاده از مهندسی پروتئین و افزودن جایگاه فعال آنزیم کاسکوتین از گیاه سس به tPA و تولید پروتئین شیمری می باشد. ابتدا از گیاه سس استخراج DNA صورت گرفت و سپس با استفاده از آغازگرهای اختصاصی قطعه مورد نطر از ژن کاسکوتین تکثیر گردید. سپس به کمک تکنیک SOEing PCR قطعه کاسکوتین به ژن tPA متصل شد. قطعه tPA شیمری حاصله تحت کنترل پیشبر CaMV 35S و خاتمه دهنده NOS قرار گرفت. توالی افزایش دهنده Kozak و ترادف رمز کننده پپتید نشانه KDEL، به ترتیب به دو انتهای آمینی و کربوکسیلی ژن tPA افزوده شدند. سازه تهیه شده(pBI(tPA به روش انتقال ژن مبتنی بر اگروباکتریوم به ژنوم گیاه توتون منتقل و گیاهان تراریخت روی محیط حاوی کانامایسین انتخاب شدند. ارزیابی گیاهان تراریخت با استفاده از فنون PCR، RT-PCR، SDS-PAGE ، وسترن بلات و زیموگرافی انجام شد. نتایج نشان داد که ژن شیمریtPA به گیاهان توتون منتقل شده و در مقایسه با tPA نرمال فعالیت و پایداری آن بهبود یافته است. بنابراین مهندسی پروتئین و استفاده از بخشهایی از پروتئینهای گیاهی با فعالیت و پایداری بالاتر جهت افزایش ماندگاری و فعالیت داروهای نوترکیب، میتواند راهکار جدیدی برای افزایش کارایی این داروها باشد.

https://jab.uk.ac.ir/article_1881_355059081b54d2425f33f816d6508727.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 9 3 2017 10 23 Purification and biochemical characterization of a thermostable alpha-amylase from Bacillus cereus خالص سازی و بررسی برخی خصوصیات بیوشیمیایی آنزیم آلفا آمیلاز مقاوم به حرارت باکتری Bacillus cereus 101 117 1882 10.22103/jab.2018.1882 FA آزاده طاعتی دانشجوی سابق کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی، گروه بیوتکنولوژی و به نژادی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، ایران. امین میرشمسی کاخکی استادیار گروه بیوتکنولوژی و به نژادی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، ایران. احمد آسوده استاد گروه شیمی، دانشکده علوم، دانشگاه فردوسی مشهد، ایران. سعید ملک زاده دانشیار گروه بیوتکنولوژی و به نژادی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، ایران. Journal Article 2017 01 01 Considerable economic importance and wide range of applications of thermo-stable amylases in various industries has significantly increased the demand for amylase production with optimal stability properties. Natural bacterial flora of hot springs can be used as new sources for α- amylase production due to high tolerance to heat and stability in different pH ranges. In this study, Ghinarjeh hyperthermal hot spring was studied to identify the bacterial species that have amylase activity. Bacterial clones producing amylase were identified based on biochemical characteristics and molecular methods. In the next step, the growth conditions of isolated bacteria and amylase production were optimized. Finally, after extraction and purification of α- amylase enzyme from isolated clones, biochemical characteristics were evaluated. The results showed that isolated bacterial clone is a member of the genus Bacillus, and also indicated that the purified enzyme is a thermostable, and calcium-independent amylase enzyme. The purified amylase showed maximum activity at pH˷ 8, however the enzyme is active and stable in a broad range of acidic and alkaline pH (3.5- 10). The enzyme has maximum hydrolysis activity at 80°C and 80% of this activity remains at 50-70°C. According to this study, this bacterial strain can be suitable and promising source for production of high performance, thermostable amylase in order to use at industrial level. <span style="font-family: 'B Lotus'; font-size: 14pt; mso-ansi-font-size: 12.0pt; mso-bidi-language: FA; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman';" lang="FA" dir="RTL">اهمیت اقتصادی قابل توجه و طیف وسیع کاربرد آمیلازهای مقاوم به حرارت در صنایع، نیاز برای تولید آمیلازها با خصوصیات مطلوب صنعتی را بطور چشمگیری افزایش داده است. فلور‌ باکتریایی چشمه‌های آبگرم به واسطه تحمل بالا به حرارت و پایداری در <span style="font-family: 'Times New Roman',serif; font-size: 12pt; mso-bidi-language: FA; mso-bidi-font-size: 14.0pt; mso-bidi-font-family: 'B Lotus'; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US;">pH<span style="font-family: 'B Lotus'; font-size: 14pt; mso-ansi-font-size: 12.0pt; mso-bidi-language: FA; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman';" lang="FA" dir="RTL">های متفاوت می‌توانند به عنوان منابع جدیدی برای تولید <span style="font-family: 'Times New Roman',serif; font-size: 12pt; mso-bidi-language: FA; mso-bidi-font-size: 14.0pt; mso-bidi-font-family: 'B Lotus'; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US;">α<span style="font-family: 'B Lotus'; font-size: 14pt; mso-ansi-font-size: 12.0pt; mso-bidi-language: FA; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman';" lang="FA" dir="RTL">-آمیلاز مورد استفاده قرار گیرند. در این پژوهش چشمه‌ آبگرم هیپرترمال قینرجه برای شناسایی فلور‌ باکتریایی آبگرم به لحاظ میزان تولید <span style="font-family: 'Times New Roman',serif; font-size: 12pt; mso-bidi-language: FA; mso-bidi-font-size: 14.0pt; mso-bidi-font-family: 'B Lotus'; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US;">α<span style="font-family: 'B Lotus'; font-size: 14pt; mso-ansi-font-size: 12.0pt; mso-bidi-language: FA; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman';" lang="FA" dir="RTL">-آمیلاز مورد بررسی قرار گرفت. کلون‌های باکتریایی احتمالی تولید کننده آمیلاز براساس ویژگی‌های بیوشیمیایی و همچنین <span style="font-family: 'B Lotus'; font-size: 14pt; mso-ansi-font-size: 12.0pt; mso-bidi-language: AR-SA; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman';" lang="AR-SA" dir="RTL">روش<span style="font-family: 'Times New Roman',serif; font-size: 12pt; mso-bidi-language: AR-SA; mso-bidi-font-size: 14.0pt; mso-bidi-font-family: 'B Lotus'; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US;">‌<span style="font-family: 'B Lotus'; font-size: 14pt; mso-ansi-font-size: 12.0pt; mso-bidi-language: AR-SA; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman';" lang="AR-SA" dir="RTL">های<span style="font-family: 'B Lotus'; font-size: 14pt; mso-ansi-font-size: 12.0pt; mso-bidi-language: FA; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman';" lang="FA" dir="RTL"> مولکولی شناسایی شدند. در مرحله بعد شرایط رشد باکتری ایزوله شده و تولید آنزیم آمیلاز نیز مورد بهینه سازی قرار گرفت و در نهایت بعد از تخلیص آنزیم از کلون‌های باکتریایی شناسایی شده خصوصیات بیوشیمیایی<span style="font-family: 'Times New Roman',serif; font-size: 12pt; mso-bidi-language: FA; mso-bidi-font-size: 14.0pt; mso-bidi-font-family: 'B Lotus'; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US;">α <span style="font-family: 'B Lotus'; font-size: 14pt; mso-ansi-font-size: 12.0pt; mso-bidi-language: FA; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman';" lang="FA" dir="RTL">-آمیلاز‌ از لحاظ کاربرد در صنعت بررسی گردید. نتایج این تحقیق نشان داد که کلون باکتری جدا شده از جنس <span style="font-family: 'Times New Roman',serif; font-size: 12pt; mso-bidi-language: FA; mso-bidi-font-size: 14.0pt; mso-bidi-font-family: 'B Lotus'; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US;">Bacillus<span style="font-family: 'B Lotus'; font-size: 14pt; mso-ansi-font-size: 12.0pt; mso-bidi-language: FA; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman';" lang="FA" dir="RTL">بوده و به لحاظ خصوصیت یک آنزیم آمیلاز مقاوم به حرارت و غیر وابسته به یون کلسیم می باشد. بطوری که آنزیم آمیلاز تخلیص شده در دمای 80 درجه سانتیگراد و 8~<span style="font-family: 'Times New Roman',serif; font-size: 12pt; mso-bidi-language: FA; mso-bidi-font-size: 14.0pt; mso-bidi-font-family: 'B Lotus'; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US;">pH<span style="font-family: 'B Lotus'; font-size: 14pt; mso-ansi-font-size: 12.0pt; mso-bidi-language: FA; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman';" lang="FA" dir="RTL"> حداکثر فعالیت خود را نشان داده و در محدوده دمایی 50-70 درجه سانتیگراد 80% از فعالیت هیدرولیزی خود را حفظ می‌کند. همچنین نتایج نشان داد که آنزیم در طیف وسیعی از <span style="font-family: 'Times New Roman',serif; font-size: 12pt; mso-bidi-language: FA; mso-bidi-font-size: 14.0pt; mso-bidi-font-family: 'B Lotus'; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US;">pH<span style="font-family: 'B Lotus'; font-size: 14pt; mso-ansi-font-size: 12.0pt; mso-bidi-language: FA; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman';" lang="FA" dir="RTL"> قلیایی و اسیدی (5/3-10) فعال و پایدار می‌باشد. بطور کلی براساس نتایج حاصل، این سویه باکتری می‌تواند منبع مناسبی جهت تولید آنزیم آمیلاز متحمل به حرارت با پایداری عملکردی بالا جهت کاربرد در صنعت باشد.

https://jab.uk.ac.ir/article_1882_c6d2bb853e6c649959c0d6a85db40d55.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 9 3 2017 10 23 Studying exon 4 of kappa-casein gene in Kermani sheep using PCR-RFLP بررسی اگزون چهارم ژن کاپاکازئین گوسفند کرمانی با تکنیک PCR-RFLP 119 128 1883 10.22103/jab.2018.1883 FA مریم محمودی ارشد بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان احمد آیت اللهی استادیار، بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران. محمدرضا محمدآبادی استاد بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران. Journal Article 2016 07 02 Kappa casein plays an essential role in the case of micelle stabilization and their size and the specific biological function. Hence, the purpose of this study was to investigate polymorphism in the exon 4 gene of CSN3 using the PCR-RFLP technique. For this purpose, blood samples were taken from 150 Kermani sheep, and genomic DNA was extracted. The polymerase chain reaction (PCR) was performed a pair of specific primer. PCR productions were separated using agarose gel. The amplified fragment was digested with HaeIII enzyme and determining the genotype was performed. The results of this study led to the identification of two genotypes that allele frequencies were estimated by Popgene software. Allele frequency of A and B alleles for CSN3 gene was respectively 70% and 30% for the Kermani sheep population. Chi-square test showed that studied population is not in Hardy-Weinberg equilibrium (P≤0.05). Number of observed allele, number of effective allele, observed heterozygosity, expected heterozygosity, Nei’s index, mean of heterozygosity and Shanon’s index were obtained 2, 1.72, 0.60, 0.43, 0.42, 0.42 and 0.61 respectively. In conclusion, it can be concluded that studied Kermani sheep population has a high degree of genetic variability. Therefore, next studies on these animals, especially on native animals should aim to determine crucial relationship between kappa casein genotypes and maternal characteristics, as selection could be enhanced by the inclusion of genetic markers in breeding decisions. کاپاکازئین در پایداری میسلهای کازئین و اندازه و عملکرد اختصاصی آنها اصلیترین نقش را در بین پروتئینهای شیر دارد. لذا، هدف مطالعه حاضر بررسی چندشکلی در ناحیه اگزون چهار ژن CSN3 با استفاده از تکنیک PCR-RFLP بود. بدین منظور از 30 راس گوسفند نژاد کرمانی خونگیری و DNA ژنومی استخراج گردید. واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) با استفاده از یک جفت پرایمر اختصاصی انجام گرفت، محصولات PCR روی ژل آگارز الکتروفورز شدند. قطعه تکثیر شده با آنزیم HaeIII هضم شد و تعیین ژنوتیپ انجام گرفت. نتاج بررسیها منجر به شناسایی دو ژنوتیپ شد که فراوانیهای آللی به وسیله نرم افزار Popgene برآورد شدند. فراوانیهای آللی A و B برای ژن CSN3 به ترتیب برابر 7/0 و 3/0 برای جمعیت مورد بررسی به دست آمد. آزمون مربع کای بیانگر عدم تعادل هاردی-وینبرگ در جمعیت گوسفند کرمانی بود (05/0P≤). تعداد آلل مشاهده شده (na)، تعداد آلل موثر (ne)، هتروزیگوسیتی مشاهده شده، هتروزیگوسیتی مورد انتظار، شاخص نئی، متوسط هتروزیگوسیتی و شاخص شانون برای این جمعیت به ترتیب 2، 72/1، 60/0، 43/0، 42/0، 42/0 و 61/0 به دست آمد. در مجموع میتوان نتیجه گرفت که جمعیتهای گوسفند مورد بررسی در این پژوهش با توجه به جایگاههای مورد مطالعه، از تنوع ژنتیکی نسبتاً بالایی برخوردار هستند. بنابراین، مطالعات بعدی روی این دا مها، به ویژه دام های بومی باید به سمت و سویی سوق داده شوند تا همبستگی قطعی بین ژنوتیپهای کاپاکازئین و خصوصیات مادری تعیین شود تا بتوان با وارد کردن اطلاعات نشانگرهای ملکولی درطرحهای اصلاح نژادی، پاسخ به انتخاب را افزایش داد.

https://jab.uk.ac.ir/article_1883_75604069ff916d3431652331d056c96c.pdf