دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 1 2019 05 22 Bioinformatics study of the role of micro RNAs bta-mir-146a, bta-mir-223, bta-mir 21-5p, bta-mir-181 and bta-mir-16a in the cellular signaling pathways of mastitis in dairy cows کنکاش بیوانفورماتیکی ریزRNA‌های bta-mir-146a ، bta-mir- 223،bta-mir 21-5p ، bta-mir-181 و bta-mir-16a در مسیرهای پیام‌دهی سلولی ورم پستان درگاو شیری 1 24 2349 10.22103/jab.2019.12015.1046 FA مصطفی قادری یاسوج دانشگاه یاسوج دانشکده کشاورزی زهرا بیرانوند دانشگاه گیلان سید ضیا الدین میرحسینی دانشگاه گیلان سید حسین حسینی مقدم دانشگاه گیلان آرش فاضلی دانشگاه ایلام Journal Article 2018 04 23 Objective It is reasonable to investigate the signaling pathways in diseases such as mastitis in dairy cattle, which are more likely to be affected by epigenetics. Materials and methods In this research, 5 microscopic RNA molecules with the accession numbers bta-mir-223, bta-mir 21-5p, bta-mir-181, bta-mir-146a and bta-mir-16a in the sources were identified and extracted from the literatures. Using mirtarbase and targetcan databases, respectively, the confirmed and predicted target genes were extracted for each of the top microRNAs, respectively. Subsequently, the expression of the predicted and confirmed target genes for each of the top microRNAs in the mammary gland tissue was investigated at the NCBI database. In addition, using the DAVID software, cellular signaling pathways were identified in KEGG. Results Based on the results, bta-mir-146a microRNA through effects on of 7 proteins, and microRNA bta-mir-223 through effects on 11 proteins and micro RNA bta-mir21-5p through effects on 9 proteins, involved in various cellular signaling pathways, sought to be involved in mastitis in dairy cattle. The results also showed that two bata-mir-181 and bta-mir-16a played an important role in crucial pathways such as the GnRH signaling pathway, Estrogen signaling pathway, Progesterone-mediated oocyte maturation Oxytocin Signaling Pathway and MAPK Signaling Pathway. Conclusions This study shows that the microRNAs can be used as molecular markers to dissect molecular etiology of mastitis in dairy cattle. Biranvad Z, Ghaderi-Zefrehei M, Mirhoseini SZ, Hosseini Moghaddam SH, Fazeli A (2019) Bioinformatics study of the role of micro RNAs bta-mir-146a, bta-mir-223, bta-mir 21-5p, bta-mir-181 and bta-mir-16a in the cellular signaling pathways of mastitis in dairy cows. Agricultural Biotechnology Journal 11 (1), 1-24. Agricultural Biotechnology Journal 11 (1), 1-24. DOI: 10.22103/jab.2019.12015.1046 Received: August 25, 2018; Accepted: February 21, 2019 © Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman-Iranian Biotechnology Society هدف: کنکاش مسیرهای پیام‌دهی در بیماری‌هایی مثل ورم پستان در گاو شیری که بیشتر تحت تاثیر فرایندهای فراژنتیک هستند، ضروری به نظر می‌رسد. مواد و روشها: در این پژوهش 5 مولکول ریزRNA کاندید با شماره دسترسی‌های bta-mir- 223،bta-mir 21-5p ، bta-mir-181، bta-mir-146a و bta-mir-16a در منابع شناسایی و استخراج شدند و با استفاده از پایگاه داده Mirtarbase و پایگاه داده Targetscan به ترتیب ژن‌های هدف تایید شده و پیش‌بینی شده برای هر یک از ریزRNAهای بالا استخراج شدند. سپس بیان ژن‌های هدف پیش‌بینی شده و تایید شده برای هر یک از ریزRNAهای بالا در بافت‌ غدد پستانی در پایگاه NCBI بررسی شدند. علاوه بر این با استفاده از نرم افزار DAVID، مسیرهای پیام‌رسانی سلولی در KEGG مشخص شدند. نتایج: بر اساس نتایج بدست آمده مشخص شد که ریز bta-mir-146a RNAاز طریق تاثیر بر 7 پروتئین، و ریز RNA bta-mir-223 از طریق تاثیر بر 11 پروتئین ‌و ریز bta-mir 21-5p RNA از طریق تاثیر بر 9 پروتئین در مسیرهای پیام‌دهی سلولی مختلفی درگیر هستند، و لذا احتمالا در بیماری ورم پستان گاو شیری نقش دارند. همچنین نتایج نشان داد که دو ریز bta-mir-181 RNAو bta-mir-16a در مسیرهای پیام‌دهی مهمی مثل GnRH signaling pathway، Estrogen signaling pathway، Progesterone-mediated oocyte maturation، Oxytocin Signaling Pathway و MAPK Signaling Pathway نقش مهمی را بازی می‌کنند. نتیجه گیری: این پژوهش نشان می‌دهد که ریزRNAهای مورد بررسی می‌توانند به عنوان نشانگرهای مولکولی، در علت یابی ملکولی بیماری ورم پستان گاو شیری نقش مهمی ایفا ‌کنند.

https://jab.uk.ac.ir/article_2349_70fcb77e6349f4467edd7227baa73222.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 1 2019 05 22 Comparison of the diffrent clustering methods for population structure of Sarabi and Nadjdi cows by using dense genetic markers مقایسه روش های مختلف لایه بندی جمعیتی گاوهای سرابی و نجدی با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم 25 54 2348 10.22103/jab.2019.13193.1098 FA احد خصالی اقطاعی دانشگاه زابل، دانشکده کشاورزی، زابل -ایران مهدی وفای واله استاد دانشکده کشاورزی دانشگاه زابل 0000-0002-8981-7847 غلامرضا داشاب گروه علوم دامی ، دانشکده کشاورزیف دانشگاه زابل، زابل، ایران حسین مرادی شهربابک هیئت علمی گروه اصلاح دام دانشگاه تهران 0000-0002-6680-7662 Journal Article 2018 12 17 Objective So far, various methods have been used to investigate the structure of the population using the markers available in the whole genome (single-nucleotide polymorphism (SNP)), each of which has Weakness and strength. In the present study, an unsupervised network clustering (SPC), a data-mining method, was used to survey the population structure of the Sarabi and Najdi cows. Materials and methods The study population 424 cattle consisted of 213sarabi cattle and 211 Najdi cattle, sequenced with Illumina Bead Chip 40 K v 2 for single nucleotide markers. SORTING POINTS INTO NEIGHBORHOOD(SPIN) was used to analyze population structure. After editing data, 27859 autosomal markers were analyzed. Results Clustering results based on the similarities and differences between nucleotides led to the classification of two base populations and nine clusters. Conclusions Comparison the number of samples and other existing methods for population layering, the use of the SPIN method with high computational efficiency and the needn`t for prior assumptions makes it possible to analyze the structure of populations. Citation: Khasaliaghtaei A, Vafaye Valleh M, Dashab GR, Moradi Shahrbabak H (2019) Comparison of the Different Clustering Methods for Population Structure of Sarabi and Nadjdi Cows by Using Dense Genetic Markers. Agricultural Biotechnology Journal 11 (1), 25-54. Agricultural Biotechnology Journal 11 (1), 25-54. DOI: 10.22103/jab.2019.13193.1098 Received: January 16, 2019; Accepted: April 28, 2019 © Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman-Iranian Biotechnology Society هدف: تاکنون از روشهای مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود درکل ژنوم (چند شکلیهای تکنوکلئوتیدی (SNP)) استفاده شده است که هر کدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در پژوهش حاضر از خوشهبندی شبکهای بدون نظارت یا SPC که روشی مبتنی بر دادهکاوی است، برای بررسی ساختار جمعیت گاوهای سرابی و نجدی استفاده شد. مواد و روشها: جمعیت مورد مطالعه 424 رأس گاو شامل 213 رأس گاو نجدی و 211 رأس گاو سرابی بود که باChip 40 K v 2 Illumina Bead برای نشانگرهای تکنوکلئوتیدی تعیین توالی شدند. برای تجزیه ساختار جمعیت از بستهی نرمافزاری (SPIN) SORTING POINTS INTO NEIGHBORHOOD استفاده شد. بعد از ویرایش دادهها، 27859 نشانگر اتوزومی تجزیه و تحلیل شدند. نتایج: خوشهبندی بر اساس شباهتها و تفاوتهای نوکلئوتیدها، منجر به طبقهبندی دو جمعیت پایه و نه زیر جمعیت شد. نتیجهگیری: در مقایسه با سایر روشهای موجود برای لایهبندی جمعیت، در حال حاضر روش SPIN با توجه به عدم نیاز به فرضهای پیشین، کارایی مناسبی جهت تجزیه و تحلیل ساختار جوامع دارد.

https://jab.uk.ac.ir/article_2348_20c9f5700da1088260df60fcc5df2b53.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 1 2019 05 22 Comparison of the Effects of Different Levels of Zataria multiflora Eessence with Avilamycin and Probiotic Based on Bacillus subtilis on Immune System and MUC2 Gene Expression in Broiler Chickens مقایسه تأثیر سطوح مختلف اسانس آویشن شیرازی با آویلامایسین و پربیوتیک بر پایه باسیلوس سوبتلیس بر عملکرد سیستم ایمنی و بیان ژن موسین در جوجه‌های گوشتی 55 74 2350 10.22103/jab.2019.13490.1115 FA حمیدرضا سیدآبادی موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی. کرج. ایران. خدیجه نصیری گروه فیزیولوژی ورزشی، دانشکده علوم ورزشی، دانشگاه مازندران، بابلسر، ایران. سیدعبدالله حسینی موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی. کرج. ایران زهرا رودباری گروه علوم دامی-دانشکده کشاورزی- دانشگاه جیرفت، جیرفت، ایران 0000-0002-3357-3126 Journal Article 2019 02 02 Objective The aim of the present study was to compare the effects of two different levels of Zataria multiflora with Avilamycin antibiotic and probiotic based on Bacillus subtilis on humoral and cellular immunity and expression of MUC2 gene in broiler chickens of Arian strain. Materials and methods This study was conducted in a completely randomized design with five experimental groups with 4 replicates and 25 observations in each replicate. Experimental groups included basal diet and basal diet containing 100 mg Bacillus subtilis, 150 mg avilamycin, 200 mg and 400 mg Zataria multiflora essence, respectively. In order to evaluate the humoral and cellular immunity, the antibody produced against the sheep's red blood cell, white blood cell differentialcounts and the volume percentage of red blood cells were determined. Expression of MUC2 gene from the intestinal tissues was investigated by Real time PCR. Results The results showed that response to red blood cells of sheep, immunoglobulin G and M was not affected by experimental groups(p>0.05). The number of white blood cells and the ratio of heterophil to lymphocyte were not affected by the experimental groups (p>0.05). The expression of MUC2 gene in the chickens that consumed the basal diet included Zataria multiflora was significantly increased compared with the control group. Conclusions The results showed that the use of Zataria multiflora essence could be having moderating effects on the immune system. It, by increasing the expression of MUC2 gene, could be having improving effect on the digestive system performance of broiler chickens. Seyedabadi H, Nasiri K, Hosseini SA, Roudbari Z (2019) Comparison of the Effects of Different Levels of Zataria multiflora Eessence with Avilamycin and Probiotic Based on Bacillus subtilis on Immune System and MUC2 Gene Expression in Broiler Chickens. Agricultural Biotechnology Journal 11 (1), 55-74. Agricultural Biotechnology Journal 11 (1), 55-74. DOI: 10.22103/jab.2019.13490.1115 Received: February 2, 2019; Accepted: April 4, 2019 © Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman-Iranian Biotechnology Society هدف: هدف از مطالعه حاضر مقایسه تأثیر دو سطح مختلف آویشن شیرازی با آنتیبیوتیک آویلامایسین و پروبیوتیک بر پایه باسیلوس سوبتیلیس بر عملکرد ایمنی هومورال و سلولی و بیان ژن MUC2 در جوجههای گوشتی سویه آرین بود. مواد و روش: این مطالعه در قالب طرح کاملاً تصادفی با 5 گروه آزمایشی مشتمل بر 4 تکرار و هر تکرار شامل 25 قطعه جوجه اجرا شد. گروههای آزمایشی شامل، جیره پایه و جیره پایه حاوی 100 میلیگرم باسیلوس سوبتیلیس ،150 میلیگرم آویلامایسین، 200 میلیگرم اسانس آویشن و 400 میلیگرم اسانس آویشن شیرازی، به ترتیب بودند. به منظور ارزیابی سیستم ایمنی هومورال و سلولی، عیار پادتن تولید شده علیه گلبول قرمز گوسفند،شمارش تفریقی گلبول های سفید و درصد حجمی گلبول قرمز تعیین شدند.بیان ژن MUC2 بافت روده با استفاده از روش Real Time PCR بررسی شد. نتایج: نتایج نشان داد که پاسخ به گلبول قرمز گوسفندی، ایمنوگلبولینG و ایمنوگلبولینM تحت تأثیر گروههای آزمایشی قرار نگرفت(P>0.05). تعداد گلبولهای سفید و نسبت هتروفیل به لنفوسیت تحت تأثیر گروههای آزمایشی قرار نگرفتند(P>0.05). بیان ژن MUC2 در گروه جوجههایی که با جیره پایه حاوی آویشن تغذیه شدند به طور معنیداری در مقایسه با گروه کنترل افزایش یافته بود(P

https://jab.uk.ac.ir/article_2350_326a8c055c0d04f5b06544665d8bb3ea.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 1 2019 05 22 Investigation of Genetic Variation in Cumin (Cuminum cyminum) Ecotypes of Khorasan Provinces using RAPD and ISSR Markers بررسی تنوع ژنتیکی اکوتیپ‎های زیره‎سبز (Cuminum cyminum) خراسان با استفاده از نشانگرهای رپید و آی‌اس‌اس‌آر 75 98 2351 10.22103/jab.2019.12102.1050 FA محمد ضابط گروه زراعت- دانشکده کشاورزی- دانشگاه بیرجند 0000-0003-2605-996X آتنا رحیمی زراعت علی ایزانلو زراعت زهره علیزاده زراعت Journal Article 2018 05 05 Objective Determination of genetic variation in plant material is an initial step for identification, preservation and maintenance of heritable reserves as well as the basis for genetic research and breeding programs. The aim of this research was to study the genetic diversity and categorization of cumin ecotypes collected from North, Razavi and South Khorasan provinces based on RAPD and ISSR markers. Ultimately, the aim was to answer the following questions: Is there a genetic diversity between cumin populations and is there a correlation between the genetic diversity and geographic diversity of cumin ecotypes? Materials and methods In this research, 20 different cumin ecotypes were cultivated for DNA extraction in the College of Agriculture of university of Birjand. The quantity and quality of the extracted DNA were evaluated using Nano drop and 1% agarose gel electrophoresis. For genetic variation, nine primers of RAPD and 30 ISSR primers were used. Results The results of the analysis of molecular variance (AMOVA) showed that there were variations between and within populations. Based on the RAPD and ISSR markers, 10 and 9 percent of the variation were between populations and 90 and 91 percent were within populations, respectively. Based on the RAPD and ISSR markers the percentage of polymorphism 62% and 70%, the mean of polymorphic content was 0.26 and 0.3, the mean of Shannon's information index was 1.37 and 1.9, and the mean of the information index 2.1 and 2.76 were obtained, respectively. The results PCoA showed that for the RAPD marker, the first two components were accounted 40.4% and for ISSR marker, however, the first four components were accounted for 49.6% of the variation. The cluster analysis based on the similarity matrix grouped the ecotypes in 6 and 7 clusters, respectively. Conclusions According to the obtained information, such as the polymorphism, the large amplitude between the similarity coefficients (jacquard) and the grouping of ecotypes in distinct clusters, there is a genetic diversity between the studied cumin ecotypes. The other hand, in most cases, there was the correlation between the genetic variation in the collected ecotypes and geographic location. Zabet M, Rahimi A, Izanlo A, Alizadeh Z (2019) Investigation of Genetic Variation in Cumin (Cuminum cyminum) Ecotypes of Khorasan Provinces using RAPD and ISSR Markers. Agricultural Biotechnology Journal 11 (1), 75-98. Agricultural Biotechnology Journal 11 (1), 75-98. 10.22103/jab.2019.12102.1050 Received: October 7, 2018; Accepted: April 8, 2019 © Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman-Iranian Biotechnology Society هدف: تعیین میزان تنوع ژنتیکی در مواد گیاهی، گام اولیه برای شناسایی، حفظ و نگه‎داری ذخایر توارثی و همچنین پایه و اساس تحقیقات ژنتیکی و برنامه‎های اصلاحی است. هدف از این پژوهش بررسی تنوع ژنتیکی و دسته‏بندی اکوتیپ‏های زیره‏سبز جمع‏آوری شده از استان‏های خراسان شمالی، رضوی و جنوبی بر اساس نشانگرهای RAPD و ISSR بود. موادوروشها: در ‎‎این تحقیق 20 اکوتیپ مختلف زیره‏سبز به منظور استخراج DNA در دانشکده کشاورزی بیرجند کشت گردید. کمیت و کیفیت DNA استخراج شده با استفاده از دو روش نانودراپ و الکتروفورز ژل آگارز‎‎ یک درصد مورد بررسی قرار گرفت. برای بررسی تنوع ژنتیکی از نه آغازگر RAPD و 30 آغازگر ISSR استفاده شد. نتایج: نتایج حاصل از تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که بین و درون جمعیت‌ها تنوع وجود دارد. بر اساس نشانگر RAPD، 10 درصد از تغییرات مربوط به بین جمعیت‎ها و 90 درصد مربوط به درون جمعیت‎ها و بر اساس نشانگر ISSR، نه درصد از تغییرات مربوط به بین جمعیت‎ها و 91 درصد مربوط به درون جمعیت‎ها بود. درصد چندشکلی بدست آمده از نشانگر RAPD و ISSR به ترتیب 62 و 70 درصد؛ میانگین محتوای چندشکلی 26/0 و 3/0؛ میانگین شاخص اطلاعاتی شانون 37/1 و 9/1 و میانگین شاخص اطلاعاتی نی 1/2 و 76/2 بدست آمد. نتایج حاصل از تجزیه به مختصات اصلی نشان داد که در نشانگر RAPD دو مولفه اول 6/40 درصد و در نشانگر ISSR چهار مولفه اول 6/49 درصد از تغییرات را توجیه کردند. تجزیه خوشه‌ای بر اساس ماتریس تشابه اکوتیپ‎های مورد مطالعه را به ترتیب در 6 و 7 خوشه گروه‌بندی نمود. نتیجه گیری: با توجه به اطلاعات حاصله از جمله، درصد چند شکلی، دامنه زیاد بین ضرایب تشابه (جاکارد) حاصل شده و گروه‏بندی اکوتیپ‎ها در خوشه های مجزا، بین اکوتیپ‎های زیره مورد مطالعه تنوع ژنتیکی وجود دارد. از سوی دیگر بین تنوع ژنتیکی موجود در اکوتیپ‎های جمع آوری شده و موقعیت جغرافیایی، در بیشتر موارد ارتباط وجود داشت.

https://jab.uk.ac.ir/article_2351_0abdc563a06105aee3c6136871c9f4d1.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 1 2019 05 22 Optimization of hairy root induction conditions in radish (Raphanus sativus L.) and evaluation of biosynthesis ability of secondary metabolites in hairy root cultures بهینه‌سازی شرایط القای ریشه‌موئین در تربچه (Raphanus sativus L.) و بررسی توانایی بیوسنتز متابولیت‌های ثانویه در کشت‌های ریشه موئین 99 118 2352 10.22103/jab.2019.13579.1118 FA زهرا غلامی گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم زراعی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، مازندران، ایران نادعلی بابائیان گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم زراعی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، مازندران، ایران علی پاکدین پاریزی پژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، مازندران، ایران مهدی دادمهر گروه آموزشی نانوبیوتکنولوژی، دانشگاه پیام نور، واحد زاهدان، سیستان و بلوچستان Journal Article 2019 02 10 Objective Agrobacterium rhizogenes results in the formation of hairy root phenotype in plants. The hairy roots have high growth rate and genetic stability and able to produce plant metabolites. In this study, the optimum parameters for induction and growth conditions of radish hairy roots has been investigated. Materials and methods The effect of explant type (leaves, stems and cultures), co-culture medium (MS, ½MS, B5 and ½B5) and A. rhizogenes strains (A4, ATCC15834 and LBA9402) were evaluated based on factorial experiments in a CRD design with three replications. Transformation percentage was calculated based on the number of appearing hairy roots and was considered as an index for determining the optimum conditions. Transgenic nature of hairy roots was confirmed by PCR and specific primers for rolB and virD genes. The dry and fresh biomass and the amount of phenolic and flavonoid compounds of hairy roots were measured. Results ATCC15834 had the highest ability to induce hairy roots in radish under different conditions. The ½B5 medium was the most suitable co-culture medium and the cotyledon explant was the best plant material for induction of radish hair roots. The growth rate among hairy root clones was significantly different based on dry and fresh biomass and the highest amount of phenolic and flavonoid compounds in hairy root cultures was 2.9 and 3.6 times more than normal plant, respectively. Conclusions The optimum conditions for induction of hairy roots must be determined in each plant and the hairy root cultures of radish have a high capability to produce secondary metabolites. Citation: Gholami Z, Babaeian Jelodar N, Pakdin Parizi A, Dadmehr M (2019). Optimization of hairy root induction conditions in radish (Raphanus sativus L.) and evaluation of biosynthesis ability of secondary metabolites in hairy root cultures. Agricultural Biotechnology Journal 11 (1), 99-118. Agricultural Biotechnology Journal 11 (1), 99-118. DOI: 10.22103/jab.2019.13579.1118 Received: February 10, 2019; Accepted: April 28, 2019 © Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman-Iranian Biotechnology Society هدف: آگروباکتریوم رایزوژنز سبب ایجاد فنوتیپ ریشه موئین در گیاهان می‌شود. ریشه‌های موئین قابلیت رشد و ثبات ژنتیکی بالایی داشته و قادر به تولید متابولیت‌های ثانویه گیاهی هستند. در این تحقیق به‌منظور بهینه‌سازی شرایط القا و رشد ریشه‌های موئین گیاه تربچه، تأثیر عوامل مختلف مورد بررسی قرار گرفته است. مواد و روشها: اثر نوع ریز نمونه (برگ، ساقه و کوتیلدون)، محیط همکشتی (MS, ½ MS, B5 و ½ B5) و سویه‌های مختلف باکتری آگروباکتریوم رایزوژنز (A4, ATCC15834 و LBA9402) بر القای ریشه موئین بر مبنای آزمایش فاکتوریل در قالب طرح کاملاً تصادفی با سه تکرار بررسی شد. درصد تراریختی بر اساس تعداد ریشه‌های موئین ظاهر شده در تیمارهای مختلف محاسبه و به‌عنوان شاخص برای تعیین شرایط بهینه القای ریشه‌های موئین در نظر گرفته شد. تائید ماهیت تراریختی ریشههای موئین با واکنش PCR و آغازگرهای اختصاصی ژن‌های rolB و virD انجام شد. زیست‌توده تر و خشک و مقدار ترکیبات فنولی و فلاونوئیدی در ریشه‌های موئین اندازه‌گیری شد. نتایج: سویه ATCC15834 بیشترین توانایی القای ریشه‌ موئین در گیاه تربچه را داشت. محیط کشت ½ B5 مناسب‌ترین محیط همکشتی و ریز نمونه کوتیلدون بهترین نمونه گیاهی برای القای ریشه‌های موئین تربچه بود. میزان رشد ریشه‌های موئین بر اساس زیست‌توده تر و خشک با هم تفاوت معنی‌داری نشان داد و بیشترین مقدار ترکیبات فنولی و فلاونوئیدی در کشت‌های ریشه موئین به ترتیب 9/2 و 6/3 برابر بیشتر از گیاه طبیعی بود. نتیجه‌گیری: شرایط بهینه برای القای ریشه موئین در هر گیاه باید تعیین شود و کشت‌های ریشه موئین گیاه تربچه از توانایی بالایی برای تولید متابولیت‌های ثانویه گیاهی می‌باشند.

https://jab.uk.ac.ir/article_2352_92049debbe566ca5782a3045cf300a3c.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 1 2019 05 22 Evaluation of Genetic Diversity of Commercial Apple Cultivars (Malus domestica L.) in Khorasan Razavi using RAPD Technique بررسی تنوع ژنتیکی برخی از ارقام تجاری سیب (Malus domestica L.) در استان خراسان رضوی با استفاده از فناوری RAPD-PCR 119 134 2353 10.22103/jab.2019.12697.1076 FA مهیار گرامی استادیار، موسسه آموزش عالی غیر انتفاعی سنا، ساری، ایران محمود رضا کریمی شهری بخش گیاهپزشکی مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی، مشهد، ایران پرستو مجیدیان گروه اصلاح نباتات، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منایع طبیعی مازندران سمیه حیدری شرفدار کلاهی دانشکده غیر انتفاعی سنا، ساری، ایران رضا نیکبخت موسسه آموزش عالی غیر انتفاعی سنا، ساری، ایران Journal Article 2018 09 10 Objective The objective of this study was to assess the genetic diversity of some commercial apple cultivars in Khorasan Razavi province using 40 RAPD primers. Materials and methods DNA was collected from fresh leaves of apple samples studied and extracted based on dellaporta method. In order to investigate polymorphism, the PCR analysis was performed for each primer and the marker indices were calculated. The genetic similarity and distance were evaluated using Jaccard coefficient by UPGMA method and PcoA analysis by NTSYS-PC ver 2.2, respectively. The genetic structure analysis was performed using STRUCTURE software ver 2.3. Results The percentage of polymorphic bands was different from 37.5% for OPJ13 marker to 100% for OPA7 markers. The highest and lowest PIC parameter was related to OPA4 (0.48) and OPM6 (0.2), respectively. With respect to cluster analysis, the samples were grouped into two main clusters and five subgroups. The highest similarity was between Golab Esfahan-Golomkani, Margenduft-Low Red Roem Beauty and Alimori Khorasan Dalago, while the lowest similarity was between Golab Esfahan-Fuji Rossa and Golab Esfahan-Low Red Roem Beauty cultivars. The classification based on PcoA analysis was different with UPGMA. In addition, the obtained result of Bayesian analysis showed lack of admixture of the apple cultivars studied. Conclusions According to the results of RAPD analysis, this marker can be used for recognition of polymorphic regions, assessment of genetic distance and management of apple genotypes and cultivars. Citation: Gerami M, Karimi Shahri MR, Majidian P, Sharafdar Kolahi S, Nikbakht R (2019). Evaluation of Genetic Diversity of Commercial Apple Cultivars (Malus domestica L.) in Khorasan Razavi using RAPD Technique. Agricultural Biotechnology Journal 11 (1), 119-134. Agricultural Biotechnology Journal 11 (1), 119-134. DOI: 10.22103/jab.2019.12697.1076 Received: November 10, 2018; Accepted: February 21, 2019 © Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman-Iranian Biotechnology Society هدف: هدف از این تحقیق بررسی تنوع ژنتیکی ارقام تجاری سیب در استان خراسان رضوی با استفاده از 40 آغازگر RAPD بود. مواد و روش‌ها: DNA از برگهای جوان درخت سیب جمع آوری و با استفاده از روش دلاپورتا استخراج شد. به منظور بررسی چندشکلی، واکنش زنجیره ای پلیمراز برای هر آغازگر انجام و شاخص های نشانگری محاسبه شدند. تشابه ژنتیکی و گروه‌بندی نمونه‌ها به ترتیب بر اساس ضریب تشابه جاکارد و روش UPGMA و تجزیه PcoA به کمک نرم افزارNTSYS-PC نسخه 2.2 انجام شد. ساختار ژنتیکی جمعیت سیب مورد مطالعه نیز با استفاده از نرم افزار STRUCTURE نسخه 2.3 ارزیابی شد. نتایج: بر اساس نتایج بدست آمده، بیشترین باند چندشکل متعلق به آغازگر OPA7 و کمترین باند چندشکل مربوط به آغازگر OPJ13 بود. بیشترین و کمترین میزان PIC به ترتیب در آغازگرهای OPA4 (48/0) و OPM6 (2/0) دیده شد. طبق نتایج تجزیه کلاستر با روش UPGMA، ارقام مورد نظر در 2 گروه اصلی و 5 زیرگروه دسته‌بندی شدند. بیشترین تشابه بین ارقام گلاب اصفهان-گلمکانی، Margenduft-Low Red Roem Beauty و علیموری خراسان-Dalago و کمترین تشابه بین ارقام گلاب اصفهان- Fuji Rossa و گلاب اصفهان-Low Red Roem Beauty تشخیص داده شد. گروه‌بندی نمونه‌های سیب بر اساس تجزیه PcoA و روش UPGMA متفاوت بود. به علاوه، نتایج بدست آمده از آنالیز Bayesian بیانگر عدم اختلاط تبار ارقام سیب مورد مطالعه بود. نتیجه‌گیری: بر اساس نتایج به دست آمده از این تحقیق، می‌توان از نشانگر RAPD در شناسایی نواحی چندشکلی، تخمین فاصله ژنتیکی و مدیریت ژنوتیپ و ارقام سیب استفاده کرد.

https://jab.uk.ac.ir/article_2353_23af4b45f1e166141a790d1a3126e77a.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 1 2019 05 22 Leptin gene expression in subcutaneous adipose tissue of Holstein dairy cattle using Real Time PCR بیان ژن لپتین در بافت چربی زیرپوستی گاوهای هلشتاین با استفاده از Real Time PCR 135 150 2354 10.22103/jab.2019.13778.1126 FA محمدرضا احسنی دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران محمدرضا محمدآبادی بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان 0000-0002-1268-3043 مسعود اسدی فوزی دانشیار بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران. علی اسماعیلی زاده کشکوئیه استاد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران 0000-0003-0986-6639 امین خضری دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران 0000-0002-5371-9831 حمیدرضا اسماعیلی دانشکده کشاورزی، دانشگاه رازی کرمانشاه، کرمانشاه، ایران. Journal Article 2019 03 22 Objective In dairy cattle, the increase in milk yield has been accompanied by a more negative energy balance during early lactation and a decrease in fertility. As the hormone leptin is involved in regulation of nutritional status and reproductive function, this hormone is an interesting protein to investigate during the periparturient period in dairy cattle when many changes take place both in energy metabolism and reproductive physiology. The aim of this research was to study leptin gene expression in adipose tissue of Holstein dairy cattle. Materials and Methods Tissue sampling from subcutaneous adipose tissue of 20 Holstein cattle on the 20th day of lactation, with the same gestational age (second pregnancy) and mean body weight of 680 ± 80 kg was performed and RNA was extracted. Extracted RNA were immediately stored at -80°C.The Quality and quantity of RNA were evaluated and cDNA was synthesized and Real Time PCR was performed. PCR Products were electrophoresed on 2% agarose gel and were evaluated level of gene expression in the studied tissue. Results Results showed that the leptin gene was expressed in the subcutaneous adipose tissue. These results may show that leptin plays a particular role in fat metabolism. Conclusions During the periparturient period the cow mobilizes her fat reserves (i.e. adipose tissue) and it appears that all her energy is going to the production of milk, and that other processes like reproduction and immunity, get a lower priority. Because fertility, just as milk production, is also an economically important trait, fertility should be considered as part of a dairy cattle breeding program. Generally, further studies are needed to clarify role of leptin in the physiology of fat metabolism and other materials. This would help us to better understand the mechanisms for the known effect of nutritional factors and body fatness on various functions. Ahsani MR, Mohammadabadi MR, Asadi Fozi M, Esmailizadeh Koshkooieh A, Khezri A, Esmaeili HR (2019) Leptin gene expression in subcutaneous adipose tissue of Holstein dairy cattle using Real Time PCR. Agricultural Biotechnology Journal 11 (1), 135-150. Agricultural Biotechnology Journal 11 (1), 135-150. DOI: 10.22103/jab.2019.13778.1126 Received: February 11, 2019; Accepted: May 10, 2019 © Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman-Iranian Biotechnology Society هدف: در گاو شیری با افزایش تولید شیر بالانس انرژی منفی در طی اولین شیردهی بیشتر میشود و باروری کاهش مییابد. از آنجاییکه هورمون لپتین در تنظیم حالت تغذیهای و عملکرد تولیدمثلی دخیل است، این هورمون یک پروتئین جالبتوجه در دورههای قبل و بعد از زایش[1]، زمانی که تغییرات زیادی هم در متابولیسم انرژی و فیزیولوژی تولید مثل اتفاق میافتد در گاو شیری میباشد. هدف این پژوهش مطالعه بیان ژن لپتین در بافت چربی گاوهای شیری هلشتاین بود. مواد و روشها: از بافت چربی زیرپوستی 20 گاو در روز 20 شیردهی، آبستنی دوم و میانگین وزن بدن 80± 680 کیلوگرم نمونه برداری و RNA استخراج شد. RNA استخراج شده در دمای منفی80 درجه سانتیگراد نگهداری شد. کیفیت و کمیت RNA بررسی و سنتز cDNAانجام شد. واکنش Real Time PCR برای ژن لپتین و GAPDH صورت گرفت. محصولات PCR روی ژل آگارز 2 درصد نیز الکتروفورز شد و میزان بیان ژنها در بافت مذکور، مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: نتایج حاصل از این بررسی نشان داد که این ژن در بافت چربی زیرپوستی بیان میشود. این نتایج میتواند نشان دهنده این امر باشد که لپتین در متابولیسم چربی نقش ویژهای دارد. نتیجهگیری: در دوره بلافاصله قبل و بعد از زایش گاو ذخایر چربی خود (برای نمونه، بافت چربی) را آزاد میکند و این به این دلیل است که تمام انرژی صرف تولید شیر میشود و دیگر فرآیندها از قبیل تولیدمثل و ایمنی در اولویت پایینتری قرار میگیرند. چون باروری به اندازه تولید شیر نیز یک صفت اقتصادی مهم است، این صفت هم باید به عنوان بخشی از برنامه اصلاح نژاد گاو شیری مدنظر قرار گیرد. به طور کلی، مطالعات بیشتری باید انجام شود تا نقش لپتین در فیزیولوژی ساخت و متابولیسم چربی و مواد دیگر مشخص شود. این امر کمک خواهد کرد تا مکانیسمهایی برای شناخت اثر فاکتورهای تغذیهای و چربیهای بدن در فرآیندهای مختلف درک شود. [1] Periparturient period

https://jab.uk.ac.ir/article_2354_d254c8a084d4545bd80577481aa03076.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 1 2019 05 22 Solubilization and Refolding of Inclusion Body of Grapevine fanleaf virus-coat Protein Produced in E. coli محلول‌سازی و تا‌خوردگی مجدد اجسام اینکلوژن پروتئین نو‌ترکیب پوششی ویروس برگ باد‌بزنی مو تولید شده در Escherichia coli 151 167 2355 10.22103/jab.2019.13125.1090 FA راضیه یزدانی گروه بیماری شناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران سید شهریار عرب گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس افشین حسنی مهربان گروه ویروس شناسی، دانشگاه واخنینگن، واخنینگن، هلند مسعود شمس بخش دانشگاه تربیت مدرس 0000-0003-2923-2668 Journal Article 2018 11 25 Objective High level expression of recombinant protein in Escherichia coli often results in aggregation of the expressed protein molecules into inclusion bodies. Cysteines in the protein contribute to this process. Intermolecular and intramolecular disulfide bonds formation in Grapevine fanleaf virus (GFLV)-coat protein (CP), a cysteine-rich protein, and lead to aggregation when the recombinant protein was overexpressed in E. coli. Hence, aggregated proteins should be solubilized and allowed to refold to obtain native- or correctly- folded recombinant proteins. Materials and methods In this paper, SDS/MPD method used as a unique approach to refold the structure some protein in the presence of the denaturing agent, Sodium Dodecyl Sulfate (SDS). This was made possible by addition of the amphipathic solvent 2,4-Methyl-2-PentaneDiol (MPD), used as protecting but also as refolding agent for these proteins. For this purpose, the inclusion bodies containing insoluble proteins of GFLV CP were solubilized by denaturing with SDS, then the soluble proteins were purified by the size exclusion chromatography, and finally, the purified proteins were refolded using SDS/MPD method. Results Transmission electron microscopy images confirmed the reassembly GFLV VLPs using SDS/MPD method. Conclusions MPD modulate the denaturing properties of SDS, therefore, for the first time, a simple and effective method to refolded GFLV VLP from the SDS-denatured state. Yazdani R, Arab SS, Hassani-Mehraban A, Shams-Bakhsh M (2019) Solubilization and refolding of inclusion body of Grapevine fanleaf virus-coat protein produced in E. coli. Agricultural Biotechnology Journal 11 (1), 151-167. Agricultural Biotechnology Journal 11 (1), 151-167. DOI: 10.22103/jab.2019.13125.1090 Received: January 24, 2019; Accepted: April 28, 2019 © Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman-Iranian Biotechnology Society هدف: سطوح بالای بیان ژن‌های خارجی در سلول‌های میزبان به ویژه در باکتری‌ها اغلب منجر به تشکیل اجسام اینکلوژن[1] میشود. وجود اسیدآمینه سیستئین در ساختار پروتئینها به تشکیل این اندامک نیز کمک میکند. پیوندهای دیسولفیدی درون و بینمولکولهای پروتئین غنی از سیستئین پوششی ویروس برگ بادبزنی مو باعث تشکیل اجسام اینکلوژن پس از بیان در Escherichia coli میشود. از اینرو به منظور بهدست آوردن پروتئین نوترکیب با ساختار طبیعی، ضروری است پروتئینهای تولید شده در سلول باکتری به شکل محلول درآیند. مواد و روش: در مطالعه حاضر برای تاخوردگی مجدد ساختار پروتئینها از حلال آمفیپاتیک 2 متیل 2،4پنتان دیول (MPD) در حضور سدیم دودسیل سولفات (SDS) استفاده شد. به این منظور ابتدا اجسام اینکلوژن حاوی پروتئین پوششی نامحلول ویروس برگ بادبزنی مو با استفاده از عامل دناتوره کننده سدیم دودسیل سولفات محلول شد. سپس پروتئین پوششی محلول با استفاده از روش کروماتوگرافی اندازه[2] خالصسازی شد و در نهایت پروتئینهای پوششی خالص با استفاده از روش MPD/SDS تاخورده شدند. نتایج: تصاویر میکروسکوپ الکترونی عبوری تاخوردگی مجدد ذرات شبهویروسی برگ بادبزنی مو را تایید کرد. نتیجه گیری: به نظر میرسد حلال MPD سبب تعدیل خواص دناتوره کننده سدیم دودسیل سولفات شده و به این ترتیب روشی ساده، کارآمد و موثر برای تاخوردگی مجدد پروتئین پوششی غنی از سیستئین ویروس برگ بادبزنی مو معرفی شد. [1]- inclusion body [2]- size exclusion chromatography

https://jab.uk.ac.ir/article_2355_3f53d7190148675e3cd472fc826828c5.pdf