دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 4 2020 02 20 Evaluation of regeneration potential of different layers of Amaryllis (Hippeastrum × johnsonii) bulb under influence of growth regulators ارزیابی پتانسیل باززایی لایه‌های مختلف فلسی پیاز آماریلیس (Hippeastrum × johnsonii) تحت تأثیر تنظیم‌کننده‌های رشد مختلف 1 18 2520 10.22103/jab.2020.2520 FA سیده مهدیه خرازی عضو هیئت علمی گروه بیوتکنولوژی گیاهان زینتی جهاد دانشگاهی خراسان رضوی 0000-0003-3206-7958 علی تهرانی‌فر عضو هیئت علمی گروه علوم باغبانی و مهندسی فضای سبز، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، ایران احمد شریفی جهاد دانشگاهی جهاد دانشگاهی عبدالرضا باقری عضو هیئت علمی گروه بیوتکنولوژی و به نژادی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، ایران Journal Article 2019 10 23 Objective Amaryllis is one of the ornamental bulbous plants, whose reproduction occurs slowly in natural conditions. Therefore, using tissue culture technique can be a suitable way to increase the multiplication rate of this ornamental plant. Material and methods In this study, a factorial experiment was conducted in a completely randomized design with 5 replications. The effect of different concentrations of BA and Kin (0, 0.5, 1 and 2 mg/L) in combination with 0.1 mg/L NAA on regeneration of different twin scale type of amaryllis was evaluated. Explants were divided as twin scales and classified in 4 groups, so that the outermost twin scales was grouped in class 1 and the innermost twin scales was grouped in class 4. Results The results showed that the diameter of produced bulblet was influenced by the position of the twin scales in the mother bulb. The twin scale group one, which was made from the outer layers of the bulb, produced thicker bulblets, while the twin scales group four showed the minimum average of this trait. However, the explants cultured in a culture medium containing 0.5 mg/l BA in combination with 0.1 mg/l NAA had the highest bulblet diameter. Conclusion Generally, the application of twin scales group 1 and MS medium containing 0.5 mg/l BA in combination with 0.1 mg/l NAA is recommended for regeneration and proliferation of Amaryllis twin scale explants. هدف: آماریلیس یکی از گیاهان زینتی پیازی است که تکثیر آن در شرایط طبیعی به کندی صورت می‌گیرد. لذا کاربرد تکنیک کشت بافت می‌تواند راهکار مناسبی جهت افزایش ضریب تکثیر این گیاه زینتی باشد. مواد و روش‌ها‌: بدین منظور آزمایشی بصورت فاکتوریل (4×2×4) و در قالب طرح کاملا تصادفی با 3 تکرار و 5 مشاهده در هر تکرار طراحی گردید تا اثر غلظتهای مختلف هورمون BA و Kin (0، 5/0، 1 و 2 میلی‌گرم در لیتر) در ترکیب با 1/0 میلی‌گرم در لیتر NAA بر میزان باززایی ریزنمونه‌های مختلف فلس جفتی آماریلیس مورد ارزیابی قرار گیرد. ریزنمونهها به 4 نمونه فلس جفتی تقسیم و گروه‌بندی شدند، به‌طوری‌که در گروه یک، خارجی‌ترین نمونههای فلس جفتی و در گروه چهار، داخلی‌ترین نمونههای فلس جفتی قرار گرفتند. نتایج: نتایج نشان داد که قطر پیازچه تولید شده تحت تأثیر موقعیت فلس جفتی در پیاز مادری قرار گرفت. فلس‌های جفتی گروه یک که از لایه‌های خارجی‌تر پیاز تهیه شده بودند، پیازچه‌های قطورتری را تولید نمودند، این در حالی است که فلس‌های جفتی گروه چهار، کمترین میانگین این صفت را به خود اختصاص دادند. از سوی دیگر ریزنمونه‌های کشت شده در محیط کشت حاوی 5/0 میلی‌گرم در لیتر هورمون BA به همراه 1/0 میلیگرم در لیتر هورمون NAA، بیشترین قطر پیازچه باززا شده را به خود اختصاص دادند. نتیجه گیری: لذا کاربرد فلس جفتی گروه یک و محیط کشت MS حاوی 5/0 میلی‌گرم در لیتر هورمون BA به همراه 1/0 میلی‌گرم در لیتر هورمون NAA جهت تکثیر ریزنمونه‌های فلس جفتی آماریلیس توصیه می‌گردد.

https://jab.uk.ac.ir/article_2520_070dbb6024b5ef93784428afc71f2146.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 4 2020 02 20 Phylogenetic Analysis of Cytochrome B of Mitochondrial Genome in some Iranian Goat Breeds آنالیز فیلوژنتیکی ناحیه سیتوکرومB ژنوم میتوکندری چند نژاد بز بومی ایران 19 34 2521 10.22103/jab.2020.2521 FA فرهاد صمدیان گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران هوشنگ دارفرین فارغ التحصیل کارشناسی ارشد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران مصطفی قادری زفره‎ای استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران آزاده ترابی استادیار، گروه کشاورزی، دانشگاه پیام نور، مریم شریعت گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران. 0000-0002-5238-8532 Journal Article 2019 10 23 Objective Identifying the genetic diversity of native goat breeds of Iran can play an important role in the management and conservation of these breeds. The purpose of the current study was genetic and phylogenetic investigation of mitochondrial genome cytochrome b region in Lori, Pakistani, Zaboli and Adeni goats. Materials and Methods Blood samples were collected from 16 goats of each breed 4 blood samples. After extracting DNA, fragment 684 bp of cytochrome b region genome mitochondrial amplified by primers were designed and fragment amplified after purification was sequenced. Using the DNAsp software was determined in six different haplotypes. Results The result of comparative analysis between goat breeds indicates that nucleotide diversity Pakistani and Zaboli breeds 0.35461 and 0.11199 respectively. Tajima D was obtaining 1.06945 that was significant. This confirmed the evolution by natural selection. Results from the analysis of molecular variance indicated that genetic variation was 80% of within and 20% was between populations that indicates high gene flow, migration among the studied populations or little sample size. Conclusions Based on a phylogenetic tree analysis, Lori and adni goat form a group with Capra hircus and Pakistani and Zabli goats form a separate group. This indicates the goat breeds have a common origin area. هدف: شناسایی تنوع ژنتیکی نژادهای بز بومی ایران، میتواند در حفاظت و نگهداری از این نژادها در برنامههای مدیریتی نقش بسیار مهمی ایفا کند. لذا این پژوهش با هدف بررسی فیلوژنتیکی توالی نوکلئوتیدی ناحیه سیتوکروم b ژنوم میتوکندری چهار نژاد لری، پاکستانی، زابلی و عدنی انجام شد. مواد و روش‎ها: نمونه خون 16 رأس بز، از هر نژاد 4 رأس، جمعآوری گردید. پس از استخراج DNA، تکثیر قطعه 684 جفت بازی ناحیه سیتوکروم b میتوکندری با آغازگرهای اختصاصی انجام شد و قطعات تکثیر شده پس از خالصسازی به صورت رفت و برگشت توالییابی شدند. با نرمافزار DNASpشش هاپلوتیپ و 9 جایگاه چندشکل در توالیها تعیین گردید. نتایج: بیشترین تنوع نوکلئوتیدی مربوط به نژاد پاکستانی 35461/0 و کمترین تنوع نوکلئوتیدی مربوط به نژاد زابلی 11199/0 به دست آمد. مقدار dn/ds نمونههای تاجیمای مورد بررسی 06945/1 برآورد شد که موید روند انتخاب طبیعی این ژن در طول دوره تکامل بود. همچنین نتایج حاصل از آنالیز واریانس مولکولی نشان داد 80 درصد تنوع ژنتیکی داخل جمعیتی و 20 درصد بین جمعیتی بود که نشان دهنده جریان ژنی بالا، مهاجرت در بین جمعیتهای مورد مطالعه و یا تعداد محدود نمونههای مورد پژوهش میباشد. نتیجه‏گیری: نتایج آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد بزهای نژاد لری و عدنی به همراه Capra hircus در یک گروه و بزهای نژاد پاکستانی و زابلی نیز به صورت مجزا گروه تشکیل دادند که این امر نشان دهنده منشا مشترک این نژادها با توجه به منطقه جغرافیایی محل زندگی آنها است.

https://jab.uk.ac.ir/article_2521_4a1590df1d5968d41b855005bb8b67bf.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 4 2020 02 20 Investigation of Genetic Diversity of Iran Northwest Horses Using Microsatellite Markers بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت اسب‌های شمالغرب ایران با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره‌ای 35 50 2522 10.22103/jab.2020.2522 FA نعمت هدایت ایوریق استادیار گروه علوم دامی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه محقق اردبیلی. 0000-0002-6802-6739 الهامه آزادمرد گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی رضا سیدشریفی دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران سعید نیک‌بین استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران میرداریوش شکوری دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران 0000-0002-5539-6132 رضا خلخالی ایوریق علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران 0000-0002-3550-5741 Journal Article 2019 10 30 Objective The aim of the present study was to investigate genetic diversity in six Iranian horse populations including Ardabil native horses, Ardabil clubs horses and Arab, Drehshoori, Kordi and Qarabakh breeds. Material and Methods To perform the present study, 100 horses were sampled. After extraction and quality assessment of DNA, polymerase chain reaction was performed for eight microsatellite markers. Genetic diversity and statistical analysis were performed using GenAlEx 6.5 software. The phylogenetic tree was constructed using microsatellite marker information indicating genetic distances of analyzed horse breeds. Also, STRUCTURE software was used to analysis of genetic structure of Iranian horse populations. Results The obtained results showed that the number of observed alleles in Ardabil native horses was 22, while this value for Dareshoori breed was 7.5. The observed heterozygosity was ranged from 0.865 for Kordi to 1 for Qarabakh breed. The average of observed alleles was calculated 13.729. Investigation phylogenetic tree showed that Ardabil native horses and Ardabil clubs horses have low genetic distance. Conclusion The investigation of genetic diversity of Iranian horses using eight microsatellite markers indicated that there is significant genetic variation in Iranian horses in the Northwest of Iran. Part of this variation is due to use of uncontrolled mating among breeds. هدف: هدف مطالعه حاضر، بررسی تنوع ژنتیکی در شش جمعیت اسب ایرانی شامل اسب‌های بومی اردبیل، اسب‌های موجود در باشگاه‌های پرورش اسب اردبیل و نژادهای عرب، دره‌شوری، کردی و قره‌باغ بود. مواد و روش‌ها: برای انجام مطالعه حاضر، از 100 راس اسب نمونه‌گیری به عمل آمد. پس از استخراج و تعیین کیفی DNA، واکنش زنجیره‌ای پلیمراز برای هشت نشانگر ریزماهواره‌ای مورد مطالعه، صورت گرفت. تنوع ژنتیکی و آنالیزهای آماری با استفاده از نرم‌افزار GenAlEx 6.5 محاسبه شد. درخت فیلوژنیکی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای ریزماهواره‌ای رسم گردید که نشانگر فواصل ژنتیکی این اسب‌ها می‌باشد. همچنین ساختار ژنتیکی جمعیت‌های اسب‌های ایرانی با استفاده از نرم‌افزار STRUCTURE مورد آنالیز قرار گرفت. نتایج: نتایج بدست آمده نشان داد که تعداد آلل‌های مشاهده شده در اسب‌های بومی اردبیل برابر با 22 است در حالیکه این مقدار برای نژاد دره‌شوری 5/7 می‌باشد. هتروزیگوسیتی مشاهده شد در محدوده 865/0 برای نژاد کردی تا 1 برای نژاد قره‌باغ بود. میانگین کل تعداد آلل‌های مشاهده شده برابر با 729/13 محاسبه شد. بررسی درخت فیلوژنتیکی نشان داد که اسب‌های بومی اردبیل و اسب‌های باشگاه‌های پرورش اسب اردبیل دارای فاصله ژنتیکی کمی می‌باشند. نتیجه‌گیری: بررسی تنوع ژنتیکی اسب‌های ایرانی با استفاده از هشت نشانگر ریزماهواره‌ای، نشان داد که تنوع ژننتیکی قابل توجهی در جمعیت‌ اسب‌های ایرانی در شمالغرب ایران وجود دارد. بخشی از این تنوع به دلیل استفاده از آمیزش‌های کنترل نشده بین نژادی می‌باشد.

https://jab.uk.ac.ir/article_2522_0d7363894acdee742caf7fe4e97c4d49.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 4 2020 02 20 Investigating Genetic and Phytochemical Diversity of Cumin Ecotypes Cultivated in Different Rangelands of Yazd Province بررسی تنوع ژنتیکی و فیتوشیمیایی اکوتیپ‌های زیره سبز کشت‌شده در مراتع مختلف استان یزد 51 66 2523 10.22103/jab.2020.2523 FA سمیرا حسین جعفری پژوهشگر پسادکتری، دانشکده منابع طبیعی و کویرشناسی، دانشگاه یزد امیر سعادت فر استادیار، گروه گیاهان دارویی، پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی، دانشگاه شهیدباهنر کرمان افسانه محکمی کرمان -دانشگاه شهید باهنر- پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی علی اکبر کریمیان دانشکده منابع طبیعی و کویرشناسی، دانشگاه یزد Journal Article 2019 10 30 Objective According to economic value of cumin (Cuminum cyminum) medicinal plant, it is essential to do its genetic and phytochemical assessment to conserve genetic sources and achieve better quality of essential oil in breeding programs. This study purpose is to investigate genetic and phytochemical diversity of different cumin ecotypes in Yazd province. Materials and methods To study genetic diversity using 10 ISSR markers, cumin plants DNA extraction of four habitats, was done using CTAB method. The quantity and quality of DNA were determined using spectrophotometer and electrophoresis. Clear Bands resulting from electrophoresis of PCR products on 1.5% agarose gel were scored. To investigate phytochemical diversity using GC-MS method, essential oil from cumin seeds was extracted via water steam distillation method. Results The results showed that ISSR-14 and ISSR-13 primers had higher amount of PIC (0.39 and 0.38) and MI (13.3 and 12.48) and number of bands (35 and 32). Cluster analysis using Jacquard's coefficient and UPGMA method, grouped four populations into 8 groups. PCA analysis showed three components explained 57.17% of total variance. The results of this analysis correspond with cluster analysis and match with the geographical regions. Analysis of molecular variance showed genetic variation within and among populations 93% and 7% of total variation, respectively. On the basis of GC-MS results, Propanal, Benzenmethanol, 1-phenyl-1-butanol, γ-terpinene, β-Pinene and P-cymene compounds were identified as the main compounds. Cluster analysis of samples on the basis of phytochemical parameters put Taft, Mehriz and Ardakan habitats in one group and Bahabad habitat in another group so that it doesn’t correspond with geographical distance. Conclusions Based the results, it can be concluded that there is high potential of diversity among cumin ecotypes. ISSR application in assessing genetic diversity of the ecotypes was successful. Grouping on the basis of phytochemical compounds didn’t correspond with genetic grouping. هدف: با توجه به ارزش اقتصادی گیاه دارویی زیره سبز (Cuminum cyminum)، ارزیابی ژنتیکی و فیتوشیمیایی آن بمنظور نگهداری منابع ژنتیکی و دستیابی به عملکرد و کیفیت برتر اسانس، در برنامههای اصلاح نژاد امری حیاتی است. هدف از این پژوهش بررسی تنوع ژنتیکی و فیتوشیمیایی اکوتیپهای مختلف زیره سبز در استان یزد میباشد. مواد و روشها: جهت بررسی تنوع ژنتیکی با 10 آغازگر ISSR، استخراج DNA از گیاهان زیره سبز چهار رویشگاه به روش CTAB انجام شد. کمیت و کیفیت DNA از روش اسپکتروفتومتری و الکتروفورز تعیین شد. باندهای واضح حاصل از الکتروفورز محصولات PCR بر روی ژل آگارز 5/1 درصد، امتیازدهی شدند. جهت بررسی تنوع فیتوشیمیایی با روش GC-MS، اسانسگیری به روش تقطیر با آب از زیره سبز انجام شد. نتایج: نتایج نشان داد که آغازگرهای ISSR-14 وISSR-13 بالاترین میزان PIC (39/0و 38/0)، MI (3/13 و 48/12) و تعداد باند (35 و 32) را دارا بودند. آنالیز خوشهای با ضریب تشابه جاکارد و الگوریتم UPGMA‌، چهار اکوتیپ را در هشت گروه طبقهبندی کرد. در آنالیز تجزیه به مختصات اصلی،17/57% از واریانس کل توسط سه مؤلفه بیان شد. نتایج این آنالیز با تجزیه خوشهای و با پراکندگی جغرافیایی نمونهها همخوانی داشت. آنالیز واریانس مولکولی تنوع درون و بین جمعیتی را به ترتیب 93 و 7 درصد از کل تنوع نشان داد. براساس نتایج GC-MS، ترکیبات Propanal، Benzenemethanol، 1-phenyl-1-butanol، γ-terpinene، β-Pinene و P-cymene به عنوان ترکیبات عمده اسانس شناسایی شدند. تجزیه خوشهای نمونهها براساس پارامترهای فیتوشیمیایی، رویشگاههای تفت، مهریز و اردکان را در یک گروه و رویشگاه بهاباد را در گروه دیگر قرار داد که با فاصله جغرافیایی مطابقت نداشت. نتیجهگیری: براساس یافتهها مشخص گردید که پتانسیل بالایی از تنوع در اکوتیپهای زیره سبز استان یزد وجود دارد. استفاده از نشانگر ISSR در ارزیابی تنوع ژنتیکی اکوتیپهای زیره موفقیتآمیز بود. نتایج آنالیز خوشهای براساس ترکیبات فیتوشیمیایی با خوشهبندی ژنتیکی همخوانی نداشت.

https://jab.uk.ac.ir/article_2523_a6d259bfbfa2062843ef543e21d7ec8e.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 4 2020 02 20 Amplification and Cloning of alfa-Toxin Gene from Clostridium Perfringenes Bacterium in E. coli تکثیر و همسانه‌سازی‌ ژن آلفا‌توکسین باکتری کلوستریدیوم پرفرینجنس در باکتری E. coli 67 86 2524 10.22103/jab.2020.2524 FA حسینعلی ساسان گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه شهید با هنر کرمان، کرمان، ایران 0000-0003-3299-4903 مهین رسانی دانشجوی کارشناسی ارشد، بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید با هنر کرمان، سمانه کارآموز دانشجوی کارشناسی ارشد، بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید با هنر کرمان، علی اسماعیلی زاده کشکوئیه دانشگاه شهید باهنر کرمان 0000-0003-0986-6639 مسعود اسدی فوزی دانشیار بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران. احمد آیت اللهی مهرجردی بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید با هنر کرمان. کرمان، ایران 0000-0001-5278-8459 Journal Article 2019 10 30 Objective The aim of this study was to amplify and cloning complete, as well as the primary part of the α-toxin gene from Clostridium perfringens with the size of 1100 and 750 bps, in E. coli using the expression vector pET28a. Materials and Methods Genomic DNA was extracted using Kiagen kit. Forward and reverse primers were designed in the lab, as the HindIII and XhoI enzymes rows were added in the initial regions of the oligonucleotides according to the cloning region of the pET28a plasmid. The genes of interests were amplified by PCR and cloned in the pET28a vector using the heat-shock method. Extraction of plasmid DNA was done using alkaline lysis method. Results The results showed the PCR products, clear and unique bands for the complete, as well as the initial portion of the desired genetic components in accordance with the expected sizes. In addition, by using single and double enzyme digestion experiments with HindIII and XhoI enzymes, cloning of alpha toxin genes in host bacteria and production of recombinant bacteria was confirmed. Conclusions Due to the successful cloning of alpha toxin genes in expression host bacteria done by this work, it can be said that primers designed in this study are highly specific for the α-toxin gene amplification. These primers can be also used as markers for the identification and classification of Clostridium perfringens bacteria. Also, by development construction of genetically engineered recombinant vaccines, it is possible to control and cope with important pathogens such as Clostridium perfringens bacteria. اهداف: هدف از انجام این پژوهش، تکثیر و همسانهسازی شکل کامل و همچنین بخش ابتدایی ژن کشنده آلفاتوکسین (α-Toxin) باکتری کلستریدیوم پرفرِینجنس با اندازههای به ترتیب 1100 و 750 جفت باز با استفاده از ناقل بیانی pET28a در باکتری E.coli بود. مواد و روشها: استخراجDNA ژنومی با استفاده از کیت کیاژن صورت گرفت. آغازگرهای جلوبرنده و برگشت در آزمایشگاه طراحی و در ناحیه ابتدایی آغازگرها ردیفهای آنزیمهای برشگر HindIII و XhoI مطابق با ناحیه کلونینگ پلاسمید مورد نظر اضافه گردید. قطعات ژنی مورد نظر با روش PCR معمولی تکثیر و در ناقل pET28a با کمک روش شوک حرارتی کلون شدند. استخراج DNA پلاسمیدی با استفاده از روش لیز قلیایی صورت گرفت. نتایج: نتایج ژل الکتروفورز محصولات PCR، تکثیر واضح و واحد شکل کامل و همچنین بخش ابتدایی قطعات ژنی مورد نظر را مطابق با اندازه های مورد انتظار نشان داد. بعلاوه با استفاده از آزمایش هضم آنزیمی منفرد و دوگانه توسط آنزیم های برشگر HindIII و XhoI همسانه سازی ژنهای آلفاتوکسین در باکتری میزبان و تولید باکتریهای نوترکیب تأیید شد. نتیجهگیری: با توجه به موفقیت آمیز بودن دقیق کلونینگ ژنهای آلفاتوکسین در باکتریهای بیانی میزبان، میتوان گفت که پرایمرهای طراحی شده در این تحقیق برای تکثیر ژن آلفاتوکسین بسیار اختصاصی بوده و به عنوان مارکر شناسایی و طبقه بندی این باکتریها میتوانند استفاده واقع شوند. همچنین با ساخت احتمالی واکسنهای نوترکیب ژنتیکی مهندسیشده میتوان کنترل و مقابله با پاتوژنهای مهمی همچون باکتری کلستریدیوم پرفرینجنس را امکانپذیر ساخت.

https://jab.uk.ac.ir/article_2524_31c97cbb941d3e92d0e6f9925e9bc4d7.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 4 2020 02 20 Optimization of gus gene transferring to Begonia soli-mutata انتقال ژن GUS به گیاه زینتی Begonia soli-mutata 87 104 2525 10.22103/jab.2020.2525 FA احمد شریفی جهاد دانشگاهی جهاد دانشگاهی فاطمه حسینی دانش آموخته بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد براتعلی مشکانی دانشگاه علوم پزشکی مشهد 0000-0003-1095-8450 عبدالرضا باقری گروه بیوتکنولوژی و بِه‌نژادی گیاهی دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری زیستی، دانشگاه فردوسی مشهد سید حسن مرعشی استاد ژنتیک و اصلاح نباتات گروه بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه فردوسی مشهد 0000-0002-2499-6725 Journal Article 2019 07 05 Objective Begonias are popular ornamental plants in the world so introducing of various forms of this plant is very important. Nowadays plant modification through biotechnology and genetic engineering for production of new genotypes with varied forms is highlighted in this genus. So optimization of regeneration in in vitro culture condition and gene transferring is in priority to provide a suitable condition for gene transferring in this plant specially those responsible in flower color. Materials and methods In the first step, thin cell layer (TCL) explants from petioles of B. soli-mutata were assayed in MS medium containing Kin or TDZ (0.2, 1 and 2 mg/l) in combination with NAA (0 and 0.2 mg/l). For co-culturing of petiole TCL explants with Agrobacterium tumefacians strain LBA4404 containing GUS and NPTII genes MS medium supplemented with 1 mg/l Kin and 0.2 mg/l NAA was used. Transformed plantlets were confirmed by PCR and Gus assay test. Results Based on the regeneration results, Kin was better than TDZ, also adding NAA to the medium has positive effect on both of cytokinins. In transformation process, out of 2000 explants which infected with Agrobacterium, after 4 months of culture only 17 plantlets were adopted. Of these 17 plantlets, only 7 plantlets were confirmed by Gus assay test and PCR as transgenic plants. Conclusions The result showed in this species transformation percentage is low and optimization of transformation condition is important. هدف: بگونیا یکی از رایج‌ترین گیاهان زینتی در جهان است و امروزه توجه ویژه ای به استفاده از بیوتکنولوژی و مهندسی ژنتیک در تولید اقام جدید با فرم های متنوع در این جنس شده است. این آزمایش با هدف بهینه سازی باززایی و انتقال ژن در این گیاه انجام شد تا زمینه ی لازم برای انتقال ژنهای ارزشمند را فراهم کند. مواد و روشها: ابتدا شاخهزایی ریزنمونه‌های لایه سلولی نازک دمبرگ گونه B. soli-mutata در محیط کشت MS حاوی سیتوکینین‌های Kin یا TDZ (2/0، 1 و 2 میلی گرم در لیتر) در ترکیب با NAA (0 و 2/0 میلی گرم در لیتر) مورد ارزیابی قرار گرفت. برای همکشتی و تولید گیاهان تراریخته، ریزنمونه دمبرگ بگونیا با باکتری A. tumefacians نژاد LBA4404 حاوی ژنGUS و ژن گزینشگر NPTII در محیط کشت MS حاوی یک ‌میلی‌گرم در لیتر Kin‌ و 2/0 میلیگرم در لیتر NAA کشت شد. برای تایید تراریختی گیاهچههای بدست آمده، از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز با آغازگر‌های ژنهای GUS و VIR و آزمون ارزیابی Gus استفاده شد. نتایج: نتایج حاصل از این بررسی نشان داد به لحاظ باززایی شاخه سیتوکینین Kin نسبت به TDZ برتری دارد و اضافه کردن NAA به محیط کشت در هر دو تیمار سیتوکینین باعث بهبود تمام صفات شد. لذا برای همکشتی از محیط کشت حاوی یک ‌میلی‌گرم در لیتر Kin‌ و 2/0 میلیگرم در لیتر NAA استفاده شد. طی فرایند تولید گیاهان تراریخته، بعد از 4 ماه همکشتی 2000 ریزنمونه با باکتری در محیط کشت انتخابی حاوی 50 ‌میلی‌گرم در لیتر کانامایسین، در مرحله سازگاری 17 گیاهچه بدست آمد که تراریختی 7 گیاهچه با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز و آزمون ارزیابی Gus تایید شد. نتیجه گیری: نتایج این بررسی نشان داد درصد تراریزش در این گیاه پایین است و بهینه کردن شرایط برای افزایش کارایی انتقال ژن در آن از اهمیت زیادی برخوردار است.

https://jab.uk.ac.ir/article_2525_9407c826d8e3c07ad37cb2d13d1cb641.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 4 2020 02 20 A study of possibility of expression of an alternasucrase gene in sugar beet to produce alternan biopolymer بررسی امکان بیان ژن آلترنان سوکراز در گیاه چغندرقند برای تولید بیوپلیمر آلترنان 105 120 2526 10.22103/jab.2020.2526 FA فرهاد نظریان فیروزآبادی دانشگاه لرستان 0000-0002-8291-3887 احمد اسماعیلی گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرم آباد داریوش گودرزی گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرم آباد Journal Article 2019 07 09 Objective Lactic acid bacteria (LAB) synthesize valuable industrial and pharmaceutical important biopolymers, such as Alternan, by expressing glycosyltransferase enzymes by utilizing extracellular sucrose. In this study, due to the importance of such versatile biopolymers in the industry and medicine, a gene encoding an Altranansucrase (Asr) was introduced to sugar beet plants. Materials and methods A gene encoding the Asr gene was isolated from Leuconostoc mesenteroides bacterium and introduced to sugar beet plants by using Agrobacterium-mediated transformation. Molecular techniques were used to analyse transgenic plants and sugar content of sugar beet lines. Results Out of 131 transformed explants, only three transgenic plants were produced, showing a transformation efficiency of 2.3%. The Asr gene integration in transgenic plants genome and expression were confirmed by specific PCR and semi-quantitative RT-PCR analysis, respectively. Sugar analysis of sugar beet transgenic plants showed that control plants with a 19.6% brix value (Sucrose) had more sucrose than transgenic plants with an average brix value of 14.4%. Brix in transgenic plants was lower than that of control plants. The amount of sugar (sucrose) in the transgenic asr-expressing plants reduced by 36.1% relative to the untransformed control plants. Conclusions The results of this study showed that Altrenansucrase can convert substantial amount of sugar beet sucrose into Alternan biopolymer, producing 36.6 mg/g FW alternan biopolymer with pharmaceutical and industrial applications. هدف: باکتریهای اسید لاکتیک با استفاده از ساکارز موجود در محیط خارج سلولی و با بیان آنزیمهای گلیکوزیل ترانسفراز، بیوپلیمرهای ارزشمندی مانند آلترنان تولید کنند که در صنعت و پزشکی کاربرد دارند. بنابراین در مطالعه حاضر به دلیل اهمیت این بیوپلیمرها در صنعت و پزشکی، ژن کد کننده آنزیم آلترنان سوکراز باکتری Leuconostoc mesenteroides به گیاه چغندرقند منتقل گردید. مواد و روشها: ژن کد کننده آنزیم آلترنان سوکراز (Asr) از ژنوم باکتری Leuconostoc mesenteroides جداسازی و پس از همسانهسازی در یک ناقل بیانی به وسیله اگروباکتریوم به گیاه چغندرقند منتقل گردید. از تکنیکهای مولکولی برای بررسی گیاهان تراریخت و آنالیز شیمیایی قندها استفاده شد. نتایج: از مجموع 131 ریزنمونه تراریزش شده، تنها سه گیاه تراریخت تولید شد که کارایی تراریزش 30/2 درصد را نشان داد. الحاق ژن کدکننده آنزیم آلترنان سوکراز در ژنوم گیاهان تراریخت و همچنین بیان این ژن به ترتیب توسط آزمون PCR اختصاصی و RT-PCR نیمه کمی تائید شد. آنالیز قند گیاهان تراریخت چغندر قند نشان داد که گیاه شاهد با میزان پل (ساکارز) 6/19 درصد دارای ساکارز بیشتری نسبت به گیاهان تراریخت با میزان پل متوسط 4/14 بود. همچنین میزان بریکس در گیاهان تراریخت پایینتر از گیاهان شاهد بود و میزان کاهش قند (ساکارز) در گیاه تراریخت دارای ژن Asr نسبت به شاهد در حدود 1/36 درصد بود. نتیجهگیری: نتایج این مطالعه نشان داد که آنزیم آلترنان سوکراز باکتریایی قادر است میزان mg/g FW 6/36 بیوپلیمر آلترنان را در ریشههای چغندرقند تولید کند و مقادیر قابل توجهی از ساکارز ریشه را به بیوپلیمر آلترنان با کاربردهای صنعتی و دارویی تبدیل کند.

https://jab.uk.ac.ir/article_2526_234833147b97bb6aed53a8f4f1c7a7d8.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 4 2020 02 20 The effects of different levels of fennel, savory essential oils and their mixtures on performance, immune system, antioxidant parameters and inter-leukin-6 gene expression in broilers بررسی اثرات سطوح مختلف اسانس رازیانه، مرزه و مخلوط آن‌ها بر عملکرد، سیستم ایمنی، فراسنجه‌های آنتی‌اکسیدانی و بیان ژن اینتر لوکین-6 کبدی درجوجه‌های گوشتی 121 152 2527 10.22103/jab.2020.2527 FA حمیدرضا قره شیخ لو دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه آزاد اسلامی، واحد علوم تحقیقات تهران محمد چمنی استاد گروه علوم دامی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد علوم تحقیقات تهران، تهران، ایران علیرضا صیداوی استاد گروه علوم دامی، واحد رشت، دانشگاه آزاد اسلامی، رشت، ایران 0000-0002-1903-2753 علی‌اصغر صادقی دانشیار گروه علوم دامی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد علوم تحقیقات تهران، تهران، ایران. مازیار محیطی اصلی دانشکده کشاورزی - دانشگاه گیلان Journal Article 2019 10 25 Objective Herbal essential oils are added to the poultry diet for a variety of reasons, such as improving performance, production and increasing the level of immunity. This study was conducted to investigate the effects of fennel and savory essential oils and their mixtures on growth performance, carcass characteristics, antioxidant parameters and hepatic interleukin-6 gene expression in broilers. Materials and methods The study was conducted in a completely randomized design with a 3 × 3 factorial arrangement with 9 treatments and 4 replications, each replication containing 15 birds. (540 Ross 308 broiler chickens). The experimental diets included the levels of 0 g/kg, 0.15 g/kg and 0.25 g/kg of fennel and savory essential oils and their mixture. Feed intake, weight gain and feed conversion ratio were calculated at starter (1-10 days), grower (11-24 days) and finisher (25-42 days). Each repeated three birds were bled at day 42. Interleukin-6 gene expression was performed on day 42. The ileum contents were sampled at 42 days of age to determine the microbial population. Results The results showed that in the finisher (25-42), the experimental groups that received the essential oil had a lower conversion ratio than the control treatment. Among the experimental groups, the mixture of 0.25 fennel + 0.25 savory essential oils (g/kg feed) had the best production index (p<0.05). The essential oils used reduced the amount of malondialdehyde produced in the broiler drumstick (p<0.05). Herbal compounds increased the lactobacillus and reduced the coliforms and E. coli in the contents of the ileum. All savory supplementated groups except 0.25 (g/kg) + fennel 0.15 (g/kg) increased expression of hepatic interleukin-6 gene. Conclusions Diets containing 0.25 (g/kg)fennel + 0.25 (g/kg) savory essential oils had the highest effect on improvment of the performance and expression of the broiler liver gene. هدف: اسانسهای گیاهی به دلایل مختلفی از قبیل بهبود عملکرد، تولیدات و افزایش سطح ایمنی به جیره طیور اضافه میگردند. این مطالعه به منظور بررسی اثرات اسانسهای رازیانه و مرزه و مخلوط آنها بر عملکرد رشد، ویژگیهای لاشه، فراسنجههای آنتیاکسیدانی و بیان ژن اینترلوکین-6 کبدی در جوجههای گوشتی انجام شد. مواد و روشها: آزمایش فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی 3*3 با 9 تیمار و 4 تکرار و هرتکرار شامل 15 پرنده (540 قطعه) راس 308 انجام گردید. جیرههای آزمایشی شامل هر یک از اسانسهای رازیانه و مرزه در سطوح 0، 15/0 و 25/0 گرم در کیلوگرم جیره و مخلوط آنها بود. خوراک مصرفی، افزایش وزن و ضریب تبدیل خوراک مصرفی در دوره آغازین)10-1روزگی)، رشد)24- 11 روزگی) و پایانی)42- 25 روزگی) روزگی محاسبه شد. از هر تکرار سه پرنده در روز 42 انتخاب و خونگیری شدند. بیان ژن اینترلوکین-6 کبدی نیز در روز 42 اندازهگیری شد. برای تعیین جمعیت میکروبی در 42 روزگی از محتویات ایلئوم نمونهبرداری شد. نتایج: نتایج نشان داد که در دوره پایانی (42-25) تیمارهایی که اسانس دریافت کرده بودند ضریب تبدیل پایینتری نسبت به تیمار شاهد داشتند. تیمار حاوی 25/0 رازیانه + 25/0 مرزه (گرم در کیلوگرم خوراک) دارای بهترین شاخص تولید بود (p<0.05). اسانسهای گیاهی استفاده شده در این آزمون سبب کاهش میزان MDA تولید شده در عضله ران جوجههای گوشتی شدند (p<0.05). افزودن این ترکیبات گیاهی اثر سبب افزایش تعداد کل لاکتوباسیلها و کاهش تعدادکل کلیفرم ها و اشرشیاکلیها در محتویات ایلئوم شده است. به غیر از تیمار حاوی مرزه 25/0 (گرم در کیلوگرم) + رازیانه 15/0 (گرم در کیلوگرم) مابقی سطوح آزمایشی سبب افزایش بیان ژن اینترلوکین-6 کبدی گردید. نتیجهگیری: در کل جیره حاوی مخلوط 25/0 اسانس رازیانه + 25/0 اسانس مرزه بیشترین اثر را بر بهبود عملکرد و بیان ژن اینترلوکین-6 کبدی جوجههای گوشتی داشت.

https://jab.uk.ac.ir/article_2527_ba3e9b6a519cfddc560b5d53210df1bd.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 4 2020 02 20 Comparative assessment of SCoT and CBDP markers for investigation of genetic diversity existing in different aegilops species ارزیابی مقایسه‌ای نشانگرهای CBDP و SCoTدر بررسی تنوع ژنتیکی موجود در توده‌های مختلف Aegilops 153 174 2528 10.22103/jab.2020.2528 FA علیرضا پورابوقداره موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران 0000-0001-5782-5327 علیرضا اطمینان کرمانشاه دانشگاه آزاد اسلامی واحد کرمانشاه لیا شوشتری گروه اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، واحد کرمانشاه، دانشگاه آزاد اسلامی، کرمانشاه، ایران 0000-0003-0239-7040 ندا ملکی تبریزی دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی دانشگاه تهران، گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشگاه تهران، ایران Journal Article 2019 10 03 Objective The main goals of this study were investigation of genetic diversity in 103 Aegilops accessions and comparison of the efficiency of start codon targeted (SCoT) and CAAT box-derived polymorphism (CBDP) markers. Materials and methods In this study, the genetic diversity in 103 Aegilops accessions belonging to seven species including seven samples of Ae. caudata, 14 samples of Ae. crassa, 19 samples of Ae. cylindrica, 11 samples of Ae. neglecta, 20 samples of Ae. tauschii, 15 samples of Ae. triuncialis and 17 samples of Ae. umbellulata was evaluated using 15 SCoT and 15 CBDP primers. Results In total, 15 SCoT and 15 CBDP primers amplified 164 and 141 polymorphic bands, respectively. SCoT primers showed the highest values for all of the informativeness parameters than CBDP primers. However, both molecular markers indicated the same PIC values. The results of analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that the highest proportion of genetic variance referred to within species. Among all species, Ae. cylindrica had the highest values of genetic parameters. Although cluster analysis based on each marker system classified all accessions into two main groups, the grouping pattern obtained from CBDP data indicated a clear phylogenetic relationship among Aegilops species compared to SCoT data. Besides, the results of clustering were confirmed by principal coordinates analysis (PCoA) analysis. Conclusion On the whole, both molecular markers revealed good capability in depicting of polymorphism among tested accessions. However, CBDP markers provided a vivid grouping pattern for evaluated samples. Hence, the use of this technique individually or in combination with other molecular markers is recommended for phylogenetic assessments. هدف: اهداف اصلی این مطالعه ارزیابی تنوع ژنتیکی موجود در 103 توده Aegilops و مقایسه کارایی دو نشانگر مولکولی SCoT (Start codon targeted) و CBDP (CAAT box-derived polymorphism) بود. مواد و روشها: در این مطالعه تنوع ژنتیکی 103 توده وحشی متعلق به هفت گونه Aegilops شامل هفت نمونه از Ae. caudata، 14 نمونه از Ae. crassa، 19 نمونه از Ae. cylindrica، 11 نمونه از Ae. neglecta، 20 نمونه از گونه Ae. tauschii، 15 نمونه از Ae. triuncialisو 17 نمونه از Ae. umbellulata استفاده شد با استفاده از 30 آغازگر SCoT و CBDP مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج: در مجموع 15 آغازگر SCoT و 15 آغازگر CBDP به ترتیب 164 و 141 قطعه چند شکل تکثیر کردند. متوسط کلیه شاخصهای تعیین کننده کارایی نشانگرهای مولکولی برای آغازگرهای SCoT بیشتر از CBDP بود. هر دو سیستم نشانگری از مقدار PIC یکسانی برخوردار بودند. نتایج تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) نشان داد بیشترین سهم واریانس ژنتیکی مربوط به درون گونهها میباشد. مقایسه پارامترهای ژنتیکی درون جمعیتی نشان داد که در بین گونههای مورد ارزیابی، Ae. cylindricaنسبت به سایر گونهها از تنوع بیشتری برخوردار بود. تجزیه خوشهای بر اساس هر یک از سیستمهای نشانگری کلیه تودههای مورد بررسی را به دو گروه اصلی تفکیک نمود. الگوی گروهبندی به وجود آمده بر اساس آغازگرهای CBDP روند فیلوژنتیکی مشخصی را بین برخی از گونههای Aegilops نشان داد، بهطوریکه نتایج تجزیه به مختصات اصلی (Principal Coordinates Analysis) گروهبندی به دست آمده را تأیید نمود. نتیجهگیری: هر دو سیستم نشانگری به خوبی قادر به شناسایی چندشکلی موجود در نمونههای مورد بررسی بودند، با این حال داده های CBDP الگوی گروهبندی دقیقتری را بر اساس روابط فیلوژنتیکی نشان داد. از اینرو استفاده از این نشانگرها به صورت مجزا و یا در ترکیب با سایر نشانگرها در بررسی روابط فیلوژنتیکی توصیه میشود.

https://jab.uk.ac.ir/article_2528_6be93f7a96fed60c477d30ae1de032fd.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 4 2020 02 20 Expression of the recombinant coat protein of Potato virus X in Escherichia coli بیان پروتئین پوششی نوترکیب ویروس X سیب زمینی در باکتری Escherichia coli 175 192 2529 10.22103/jab.2020.2529 FA حسین معصومی کرمان کرمان، دانشگاه شهید باهنر، دانشکده کشاورزی، بخش گیاهپزشکی 0000-0002-3487-0595 پریسا حسن شیخی گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان جعفر ذوالعلی استاد 0000-0002-5663-1448 اکبر حسینی پور گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان 0000-0003-2256-2381 محمد مداحیان گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان 0000-0002-8041-2077 Journal Article 2019 07 18 Objective Potato virus X (PVX) is a member of the genus Potexvirus in the family Alfaflexiviridae. This virus is one of the most common and widespread viruses infecting potato worldwide. Due to the wide distribution and economic damage of the virus in Iran, identification and detection of the virus is necessary using non-expensive methods. Production of polyclonal antibody through molecular approaches can be a useful method for detection of virus in the nature. Materials and methods In this research, an infected potato sample was collected from Zarand (Kerman province) and its PVX infection was confirmed by ELISA test. This sample was inoculated on test plant and the coat protein (CP) gene of this isolate was amplified in RT-PCR test with specific primers comprising BglII and NcoI restriction enzymes. Amplified product was cloned into expression prokaryotic vector (pQE60 plasmid). followed by transformation of the E. coli strain M15 competent cells. Results Subsequent to induction of CP expression, total protein was extracted and run onto 12.5% SDS-PAGE. An approximate 24 kDa band was observed on the gel corresponded to the PVX coat protein. Furthermore, expression of the PVX CP was confirmed by dot blot technique. Conclusions In this study, a recombinant antigen suitable for the detection of potato X virus was prepared which was well identified by antiserum produced by injection of complete virus particles into rabbits in dot blot analysis. The production of multiclonal antibodies by recombinant viral antigen will be an important step in accelerating and facilitating the serological identification process of plants infected with this virus. اهداف: ویروس X سیب زمینی (PVX) از خانواده Alphaﬂexiviridaeو جنس Potexvirus یکی از رایجترین و گستردهترین ویروسهای آلودهکننده سیب زمینی در جهان میباشد. بهدلیل گسترش و خسارت اقتصادی این ویروس در ایران، شناسایی و ردیابی آن با استفاده از روشهای با صرفهتر ضروری میباشد. تولید آنتیبادی چندهمسانهای با استفاده از فناوری دی اِن اِی نوترکیب، یک راهکار مفید برای تسهیل شناسایی این ویروس در طبیعت میباشد. مواد و روشها: براین اساس، در بررسی حاضر، یک نمونه سیب زمینی آلوده به PVX از مزارع سیب‌زمینی در زرند، استان کرمان جمع آوری و آلودگی آن نسبت به ویروس مذکورتوسط آزمون DAS-ELISA تایید گردید. جدایه مذکور جهت تکثیر، بر روی توتون (Nicotiana glutinosa) مایه‌زنی گردید. پس از استخراج آر اِن اِی از گیاه آزمون، با استفاده از واکنش RT-PCR و آغازگرهای اختصاصی حاوی جایگاه برش برای آنزیمهای برشی، توالی پروتئین پوششی ویروس تکثیر و در ناقل بیان پروکاریوتی (pQE60) همسانهسازی گردید. پلاسمید نوترکیب، به باکتری Escherichia coli سویه M15، منتقل شد. نتایج: پس از القای بیان، پروتئین مورد نظر استخراج و با تکنیک SDS-PAGE در ژل پلی آکریلامید 5/12 % مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل بیانگر آن است که وزن مولکولی باند حاصله در آزمون SDS-PAGE با وزن مولکولی پروتئین پوششی (kDa 24) مطابقت دارد. همچنین بیان پروتئین پوششی ویروس در تکنیک دات بلات نیز تأیید گردید. نتیجه گیری نهایی: در این تحقیق، یک آنتیژن نوترکیب مناسب جهت تشخیص ویروس X سیب زمینی تهیه گردید که بهخوبی توسط آنتیسرم تولید شده از طریق تزریق پیکرههای کامل ویروس به خرگوش در آزمون دات بلات شناسایی شد. تولید آنتیبادی چندهمسانهای با استفاده از آنتیژن ویروسی نوترکیب، گامی موثر در زمینه تسریع و تسهیل فرآیند شناسایی سرولوژیکی نمونههای آلوده به این ویروس مهم خواهد بود.

https://jab.uk.ac.ir/article_2529_82ca5dd156cc926b2992f73c2896f761.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 4 2020 02 20 Study of genetic diversity and identification of informative molecular markers related to drought tolerance in foxtail millet [Setaria italica (L.) P. Beauv.] مطالعه تنوع ژنتیکی و شناسایی نشانگرهای مولکولی مرتبط با صفات تحمل به خشکی در ارزن دم‌روباهی [Setaria italica (L.) P. Beauv.] 193 218 2530 10.22103/jab.2020.2530 FA بابک ناخدا عضو هیات علمی و رئیس بخش تحقیقات فیزیولوژی مولکولی، پژوهشگاه بیوتکنولوژی مکشاورزی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج-بلوار قاسم محمدی نژاد دانشیار اصلاح نباتات، بخش اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی، دانشگاه شهید باهنر کرمان ، کرمان، ایران 0000-0002-5767-9734 اکرم امینی زاده بخش اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی دانشگاه شهید باهنر کرمان Journal Article 2019 08 01 Objective Identification of associated markers with important agricultural traits is one of the most important methods for accelerating the transfer of desirable traits to other genotypes and their tracking. The aim of this research was to study thegenetic diversity and identification of molecular markers related to drought tolerance traits in foxtail millet [Setaria italica (L.) P. Beauv.]genotypes using the AFLP molecular marker. Materials and methods In this study, 21 genotypes of foxtail millet were studied in three growing seasons (2013, 2014 & 2016). Drought tolerance indices and correlation between them with grain yield and biological yield were calculated. In order to identify molecular markers associated with drought tolerance traits, association analysis was performed by using the Mixed Linear Model (MLM) and 12 primer combinations of AFLP. Also, marker indices and principal components analysis (PCA) were performed using GenAlEx 6.5 software Results The primer combinations used in this study generated a total of 443 scorable bands, of which 316 (71%) were polymorphic. The mean of polymorphism information content (PIC) was 0.24, the mean of Shannon index was 0.38, and the mean of Marker index was 6.22. Also, M-CTG/E-ACC, M-CAA/E-ACC and M-CTA/E-AAC were the most efficient combinations in investigating the diversity of genotypes studied. Based on the results of PCA, the first and second components justify 61.13 percent of the changes. The results of this study showed that HARM, GMP, and MP indices were the best indices for differentiation of drought tolerant samples, and M-CAA/E-AAC-14 and M-CTG/E-ACC-283 markers according to Grain yield and M-CTT/E-ACC-264 markers according to biological yield, were related to these indicators. Conclusions According to the results of this study, the HARM, GMP and MP indices could be considered as the best indicators for differentiation of drought tolerant foxtail millet samples. Also, molecular markers associated with these indices can be used to evaluate the drought tolerance of other genotypes in future breeding programs. هدف: شناسایی نشانگرهای پیوسته با صفات مهم زراعی یکی از مهم ترین روشها برای تسریع انتقال صفات مطلوب به ژنوتیپهای دیگر و ردیابی آنهاست. هدف از این پژوهش، ارزیابی تنوع ژنتیکی و شناسایی نشانگرهای مولکولی اطلاعرسان مرتبط با صفات تحمل به خشکی در ژنوتیپهای ارزن دمروباهی ] [Setaria italica (L.) P. Beauv. ، با استفاده از نشانگر مولکولی AFLP بود. مواد و روشها: در این مطالعه، 21 ژنوتیپ ارزن دمروباهی در سه سال زراعی 92، 93 و 95 مورد آزمایش قرار گرفتند. شاخصهای تحمل به خشکی و همبستگی بین مقادیر آنها با عملکرد دانه و بیولوژیک محاسبه شد. به منظور شناسایی نشانگرهای مولکولی مرتبط با صفات تحمل به خشکی، از تجزیه ارتباطی با استفاده از مدل خطی مخلوط (MLM) و 12 ترکیب آغازگری AFLP استفاده شد. همچنین شاخص‌های نشانگری و تجزیه به مولفههای اصلی نیز با استفاده از نرمافزار GenAlEx 6.5 انجام گرفت. نتایج: ترکیبات آغازگری استفاده شده در این مطالعه در مجموع 443 باند قابل تشخیص ایجاد کردند که از این تعداد 316 (%71) باند چندشکل بودند. میانگین محتوای اطلاعات چند شکلی 24/0، میانگین شاخص شانون 38/0 و میانگین شاخص نشانگری 22/6 بدست آمد و ترکیبهای M-CTG/E-ACC، M-CAA/E-ACC وM-CTA/E-AAC موثرترین ترکیبها در بررسی تنوع ژنوتیپهای مورد مطالعه بودند. براساس نتایج تجزیه به مولفههای اصلی، دو مولفه اول 13/61 درصد از تغییرات را توجیه کردند. نتایج این مطالعه نشان داد که شاخصهایHARM ، GMP وMP بهترین شاخصها در تفکیک نمونههای متحمـل به خشکی بودند و نشانگرهای M-CAA/E-AAC-14 و M-CTG/E-ACC-283 با توجه به عملکرد دانه و نشانگر M-CTT/E-ACC-264 با توجه به عملکرد بیولوژیک با این شاخصها در ارتباط بودند. نتیجهگیری: براساس نتایج این پژوهش میتوان شاخصهایHARM ، GMP وMP را بهعنوان بهترین شاخصها در تفکیک نمونههای ارزن دمروباهی متحمل به خشکی، معرفی کرد. همچنین میتوان از نشانگرهای مولکولی مرتبط با این شاخصها برای بررسی تحمل به خشکی سایر ژنوتیپها در برنامههای اصلاحی آینده استفاده نمود.

https://jab.uk.ac.ir/article_2530_55a988dfb00a914717b3000a3374694c.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 11 4 2020 02 20 Expression of calpastatin gene in Raini Cashmere goat using Real Time PCR بیان ژن کالپاستاتین در بز کرکی راینی با استفاده از Real Time PCR 219 235 2531 10.22103/jab.2020.2531 FA محمدرضا محمدآبادی بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان 0000-0002-1268-3043 Journal Article 2019 10 23 Objective Calpastatin has been found in skeletal muscle tissue of animals and could prevent unrestrained cellular growth by suppressing calpain activity. The involvement of calpains in apoptosis has been a subject of debate, although their involvement is limited to certain cell types and to specific stimuli. Various studies have shown that this gene is involved in growth performance and meat quality, therefore the aim of this study was to investigate Calpastatin gene expression in different tissues of Raini cashmere goat using Real Time PCR. Materials and Methods Totally 21 tissue samples including muscle, adipose, kidney, spleen, liver, lung and heart tissues were taken from 3 Raini cashmere goats. RNA was extracted and cDNA was synthesized. Real Time PCR was performed using SYBR Green method to study relative gene expression. GAPDH gene was used as housekeeping gene. Pfaffl method was used to analyze achieved data. Results For calpastatin gene 89bp fragment and for GAPDH 101bp fragment were observed in all studied tissues. Real Time PCR results of this study showed that Calpastatin gene is expressed in all studied (muscle, adipose, kidney, spleen, liver, lung and heart) tissues and the highest level of expression was observed in heart, spleen and liver tissues and the lowest level was seen in adipose tissue. Conclusions Results showed that Calpastatin are widespread in different tissues of goat. This study would also lay a foundation for further Calpastatin research in Raini cashmere goat. It is suggested that this study be conducted with greater number of livestock, different sexes, different ages and different physiological stages in different breeds of goats in order to reach a comprehensive conclusion. هدف: کالپاستاتین در بافت عضله اسکلتی حیوانات یافت شده است و میتواند با سرکوب فعالیت کالپاین مانع از رشد بی رویه سلولی شود. دخالت کالپاینها در آپوپتوزیز موضوعی است که هنوز مورد بحث است، اگرچه دخالت آنها محدود به انواع خاصی از سلولها و محرکهای خاص است. مطالعات مختلف نشان داده که این ژن در عملکرد رشد و کیفیت گوشت نقش دارد، لذا هدف این پژوهش بررسی میزان بیان ژن کالپاستاتین در بافتهای مختلف بز کرکی راینی با استفاده از Real Time PCR بود. مواد و روشها: در مجموع 21 نمونه بافتی شامل ماهیچه، کلیه، قلب، جگر، شش، طحال و چربی (از هر بافت 3 تکرار) از 3 بز کرکی راینی در هنگام کشتار در کشتارگاه تهیه شد. RNA کل استخراج و cDNA ساخته شد. برای برررسی میزان نسبی بیان ژن ها از واکنش Real Time PCR به روش SYBR Green استفاده شد. در این مطالعه از ژن گلیسرآلدئید 3 فسفات دهیدروژناز (GAPDH) به عنوان ژن کنترل داخلی استفاده شد. برای تجزیه و تحلیل داده های حاصل از Real Time PCR از روش پیفافل استفاده شد. نتایج: برای ژن کالپاستاتین قطعه bp89 و برای GAPDH قطعه bp101 در همه نمونهها مشاهده شد. نتایج Real Time PCR حاصل از این پژوهش نشان داد که ژن کالپاستاتین در تمامی بافتهای بررسی شده (ماهیچه، کلیه، قلب، جگر، شش، طحال و چربی) بیان شده است و بیشترین سطح بیان در بافت قلب، طحال و جگر و کمترین سطح بیان در بافت چربی مشاهده شد. نتیجهگیری: نتایج نشان میدهد که ژن کالپاستاتین در بافتهای مختلف بز گسترده است. همچنین این پژوهش اساسی را برای انجام پژوهشهای بیشتر در مورد کالپاستاتین در بز کرکی راینی ایجاد نمود. پیشنهاد میشود که این مطالعه با تعداد دام بیشتر، جنسهای مختلف، سنین متفاوت و مراحل فیزیولوژیکی گوناگون در نژادهای مختلف بز انجام شود تا بتوان به یک نتیجهگیری جامعی دست یافت.

https://jab.uk.ac.ir/article_2531_217c0e01c1828e7279051f1b6675745d.pdf