دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 2 2025 04 21 Evaluation of some secondary metabolites, morphophysiological and biochemical characteristics of Calendula officinalis L. under the influence of chitosan elicitor in in vitro culture ارزیابی برخی متابولیت‌های ثانویه، ویژگی‌های مورفوفیزیولوژیکی و بیوشیمیایی گیاه همیشه بهار تحت تاثیر الیسیتور کیتوزان در کشت درون شیشه‌ای 1 30 4816 10.22103/jab.2025.24064.1618 FA مژگان سلیمانی زاده استادیار، گروه علوم و مهندسی باغبانی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه هرمزگان، بندرعباس، ایران. علیرضا یاوری گروه علوم و مهندسی باغبانی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه هرمزگان، بندرعباس، ایران یونس محمودی گروه علوم و مهندسی باغبانی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه هرمزگان، بندرعباس، ایران Journal Article 2024 09 19 Objective: Due to its important medicinal metabolites (including calenduloside, quercetin, and others), Calendula officinalis L. is considered an excellent source for new drugs. One of the biotechnological tools for enhancing the production of these metabolites is the use of the elicitation process in vitro culture. Therefore, the aim of this study was to improve the medicinal metabolites, morphophysiological characteristics, and biochemical properties of this plant under the influence of chitosan elicitor in vitro culture.<br />Materials and methods: In this study, the effects of different seed sterilization methods and seed coating on the germination rate and seed contamination of Calendula officinalis L. were evaluated. A factorial experiment was conducted in a completely randomized design with two factors (sterilization method and seed coating type) and four replications. Then, Low molecular weight chitosan elicitor was prepared in different concentrations (0, 25, 50, and 75 mg/L) and applied to the seeds. Finally, the effects of chitosan on the improvement of morphophysiological, metabolite, and biochemical traits of Calendula officinalis L. in vitro culture were investigated.<br />Results: The results of the interaction effect between sterilization method and seed coating showed that treatment S2C1 (second sterilization method, place in 10% benomyl fungicide for 5 minutes, place in 70% ethanol for 30 seconds, place in 1% sodium hypochlorite for 15 minutes, combined with no seed coating) had the highest germination percentage (100) compared to other treatments. The results of simple main effect analysis of sterilization methods showed that the highest and lowest contamination rates were related to the first (S1) and third (S3) sterilization methods, respectively. The results of the mean comparison indicated a significant increase in the traits of plant height, fresh weight of seedlings, number and length of roots, stem length, and leaf number and width in all chitosan concentrations compared to the control. The highest and lowest amounts of flavonoids, total phenol, antioxidant activity, anthocyanin, carotenoids, chlorophyll a and b, catalase, peroxidase, and proline content were found in the treatment with 50 mg/l chitosan and the control, respectively. The highest and lowest levels of malondialdehyde were observed in the control and 50 mg/l chitosan treatments.<br />Conclusion: Overall, the results showed that a chitosan concentration of 50 mg/l was more effective in improving the morphophysiological, metabolic, and biochemical traits of Calendula officinalis L. in vitro culture. هدف: به‎دلیل دارا بودن متابولیت‌های دارویی مهم (از جمله calenduloside، Quercetin و غیره) گل همیشه بهار منبع عالی داروهای جدید محسوب‌ می‌شود. یکی از ابزارهای بیوتکنولوژیکی برای افزایش تولید این متابولیت‌ها، استفاده از فرآیند الیسیتاسیون در کشت درون شیشه‌ای است. لذا هدف از این تحقیق بهبود متابولیت‌های داوریی، ویژگی‌های مورفوفیزیولوژیکی و بیوشیمیایی این گیاه تحت تاثیر الیسیتور کیتوزان در کشت درون شیشه‌ای می‌باشد.<br />مواد و روش‌ها: در این تحقیق، تأثیر روش‌های مختلف ضدعفونی و پوشش بذر بر صفات درصد جوانه‌زنی و آلودگی بذور همیشه بهار مورد ارزیابی قرار گرفت. بدین منظور آزمایشی به‌صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی با دو فاکتور (نوع روش ضدعفونی و نوع پوشش بذر) و 4 تکرار انجام شد. سپس الیسیتور کیتوزان با وزن مولکولی پایین با غلظت‌های مختلف (صفر، 25، 50 و 75 میلی‌گرم در لیتر) تهیه و روی بذور مورد استفاده قرار گرفت. در نهایت تاثیر کیتوزان روی بهبود صفات مورفوفیزیولوژیکی، متابولیتی و بیوشیمیایی همیشه بهار در کشت درون شیشه‌ای بررسی شد.<br />نتایج: نتایج مقایسه میانگین اثر متقابل روش ضدعفونی و پوشش بذر نشان داد که تیمارS2C1 (روش دوم ضدعفونی، قرار دادن در قارچ کش بنومیل 10 درصد به‌مدت 5 دقیقه، قرار دادن در الکل 70 درصد به‌مدت 30 ثانیه، قرار دادن در هیپوکلریت سدیم 1% به‌مدت 15 دقیقه، همراه با تیمار بدون پوشش بذر) بیشترین میزان درصد جوانه‌زنی (100) را در مقایسه با سایر تیمارها داشت. نتایج مقایسه میانگین اثر ساده روش ضدعفونی نشان داد که بیشترین و کمترین میزان درصد آلودگی به‌ترتیب مربوط به روش اول (S1) و سوم (S3) ضدعفونی می‌باشد. نتایج مقایسه میانگین نشان دهنده افزایش معنی‌دار صفات ارتفاع، وزن تر گیاهچه، تعداد و طول ریشه، طول ساقه، تعداد و عرض برگ در همه غلظت‌های کیتوزان در مقایسه با نمونه شاهد بود. بیشترین و کمترین میزان فلاونوئید، فنل کل، فعالیت آنتی‌اکسیدانی، آنتوسیانین، کاروتنوئید، کلرفیل a و b، کاتالاز، پراکسیداز و میزان پرولین به‌ترتیب به تیمار 50 میلی‌گرم در لیتر کیتوزان و شاهد اختصاص داشت. بیشترین و کمترین میزان مالون دی‌آلدهید به تیمار شاهد و کیتوزان 50 میلی‌گرم در لیتر تعلق داشت. <br />نتیجه‌گیری: به‌طور کلی نتایج نشان داد که غلظت 50 میلی‌گرم در لیتر کیتوزان در بهبود ویژگی‌های مورفوفیزیولوژیکی، متابولیتی و بیوشیمایی همیشه بهار در کشت درون شیشه‌ای موثرتر بوده است. https://jab.uk.ac.ir/article_4816_a7c6e4bde48e1587caa330b3b10ae966.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 2 2025 04 21 Identification and validation of simple sequence repeats (SSRs) Markers for Androctonus crassicauda scorpion using RNA-Seq data شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSRs) عقرب آندراکتونوس کراسیکودا (Androctonus crassicauda) با استفاده از داده‏های RNA seq 31 54 4817 10.22103/jab.2025.24286.1625 FA روشن کاکی دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی –دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی -دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان-ملاثانی-ایران محمود نظری دانشیار گروه علوم دامی ، ;دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی -دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان-ملاثانی-ایران هدایت الله روشنفکر گروه علوم دامی –دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی -دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان 0009-0008-6988-7240 فاطمه ثعلبی استادیار سازمان تحقیقات آموزش و ترویج کشاورزی، مؤسسه تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی شعبه اهواز، گروه جانوران سمی و تولید پادزهر، Journal Article 2024 11 03 Objective<br />Simple sequence repeats (SSRs) markers or microsatellites are one of the best and most complete molecular tools in the study of genetic diversity due to the appropriate genomic coverage and high repeatability. Simple sequence repeats markers for the scorpion Andractonus crassicouda have not been reported so far. Therefore, this study was conducted with the aim of identifying and validating simple repeat sequence markers of the scorpion Andractonus crassicouda using RNA-Seq data.<br />Materials and methods<br />The samples were evaluated qualitatively and quantitatively after RNA extraction from the scorpion venom gland. Then the samples were sequenced with the Illumina HiSeq 2000 platform. Reconstruction of transcripts was done by De novo assembly method using Trinity software. Next, in order to identify new SSR markers, the transcriptome of the scorpion Andrachtonus crassicouda was analyzed using FullSSR software (version 1.5). To validate the identified SSR markers, 8 pairs of primers were designed by PRIMER 3 software and evaluated by polymerase chain reaction method on 60 DNA samples extracted from scorpion tissue.<br />Results<br />Assembling transcripts by the Trinity program generated a total of 744,804 transcripts and 563,526 unigenes. In this study, the examination of 952,725 sequences by FullSSR software led to the identification of 315,395 SSR markers. Among SSRs, two and three nucleotide repeats accounted for the highest number of repetitions with 71.85% and 22.36%, respectively. Among the 8 studied loci, only 2 loci showed polymorphism. The expected and observed heterozygosity for the RK1354 locus was calculated as 0.765 and 0.683 respectively, and for the NK1362 locus as 0.768 and 0.633 respectively. The fixation index statistic (Fis) for both loci was almost 0.1, which indicates low inbreeding in the population. In addition, the chi-square test showed that the population was not in Hardy-Weinberg equilibrium for both loci.<br />Conclusions<br />The different criteria of genetic diversity all indicate that the population is highly diverse, but some factors reduce the diversity among the studied population. This means that the population is out of balance and the number of observed heterozygotes is less than the expected heterozygotes. It is necessary to investigate the factors that have led to the reduction of diversity to prevent its further reduction. In general, the results of this research showed that new SSRs can be useful for understanding the population structure and investigating the genetic diversity of the scorpion Andractonus crassicouda. هدف: نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) یا ریزماهواره ها به دلیل پوشش مناسب ژنومی و تکرارپذیری بالا یکی از بهترین و کاملترین ابزارهای مولکولی در بررسی تنوع ژنتیکی به شمار می‏آیند. نشانگرهای توالی ساده تکراری برای عقرب آندراکتونوس کراسیکودا تاکنون گزارش نشده اند. لذا این مطالعه با هدف شناسایی و اعتبار سنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری مربوط به عقرب اندراکتونوس کراسیکودا با استفاده از داده‌های RNA-Seq انجام شد.<br />مواد و روش ها: پس از استخراج RNA از غده زهر عقرب، ارزیابی کیفی و کمی انجام گرفت. سپس نمونه ها با پلتفورم Illumina HiSeq 2000 توالی‏یابی شدند. برای ویرایش داده‏های خام و رسیدن به دقت و صحت بالاتر از نرم‏افزارTrimmomatic )نسخه 0.36 ( استفاده شد. بازسازی رونوشت‏ها به روش De novo با استفاده از نرم افزار Trinity انجام شد. در ادامه به منظور شناسایی نشانگرهای SSR جدید، ترانسکریپتوم عقرب آندراکتونوس کراسیکودا با استفاده از نرم افزار FullSSR (نسخه 1.5) مورد انالیز قرار گرفت. به منظور اعتبارسنجی نشانگرهای SSR شناسایی شده، 8 جفت پرایمر توسط نرم افزار PRIMER 3 طراحی و با روش واکنش زنجیره‏ای پلیمراز بر روی 60 نمونه DNA استخراج شده از بافت عقرب مورد ارزیابی قرار گرفت. <br />نتایج: سرهم‌بندی رونوشت‌ها توسط برنامه Trinity، در مجموع 744804 ترانسکریپت و 563526 یونی ژن ایجاد کرد. در این مطالعه، بررسی 952725توالی به وسیله نرم‌افزار FullSSR ، منجر به شناسایی تعداد 315395 نشانگر SSR شد. در میان SSRها، تکرارهای دو و سه نوکلئوتیدی به ترتیب با 85/71 درصد و 36/22 درصد بیشترین تعداد تکرار را به خود اختصاص دادند. از 8 جایگاه مورد بررسی 2 جایگاه چندشکلی را نشان داد. هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده برای جایگاه RK1354 به ترتیب 765/0 و 683/0 و همچنین برای جایگاه NK1362 به ترتیب 768/0 و 633/0 محاسبه شد. آماره شاخص تثثبیت (Fis) برای هر دو جایگاه تقریبا 1/0 بود که نشاندهنده همخونی کم در جمعیت است. بعلاوه، آزمون کای مربع نشان داد که جمعیت برای هر دو جایگاه در تعادل هاردی-‏وینبرگ قرار ندارد. <br />نتیجه گیری: نتایج ارزیابی معیار‌های مختلف تنوع ژنتیکی همگی گویای این است که جمعیت از تنوع بالایی برخوردار است اما عواملی در حال کاهش تنوع در بین جمعیت مورد مطالعه هستند. به طوری که جمعیت از تعادل خارج شده است و تعداد هتروزیگوت های مشاهده شده کمتر از هتروزیگوت های مورد انتظار شده است. https://jab.uk.ac.ir/article_4817_25c5b3f16cd2202608ea68013a385566.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 2 2025 04 21 Investigation of the impact of Epigenetic Modifiers and Computational-Guided Metabolic Engineering on Increasing Terpene Precursor Production in Yeast بررسی اثر تغییردهنده‌های اپی‌ژنتیکی و شبیه‌سازی مهندسی ژنتیکی بر پایه مدل‌های متابولیکی برای افزایش تولید پیش‌سازهای ترپنی در مخمر 55 78 4818 10.22103/jab.2025.24553.1640 FA هاجر عبادی دانشجوی دکتری، پژوهشکده بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران. پیام ستوده دانشیار، گروه مهندسی شیمی، دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران. علی نیازی : استاد، پژوهشکده بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران. Journal Article 2024 12 24 This study aimed to enhance isopentenyl pyrophosphate (IPP) production, a key precursor in terpenoid biosynthesis, in Saccharomyces cerevisiae. Two major approaches were explored: epigenetic modifications using 5-azacytidine and sodium butyrate, and targeted genetic engineering based on computational simulations. Treatment with 5-azacytidine induced the demethylation of gene promoter regions, while sodium butyrate inhibited histone deacetylase (HDAC) enzymes, thereby modulating gene expression in the mevalonate pathway. Computational simulations, using the iMM904 model and an OptForce-FSEOF-inspired algorithm, were employed to identify key reactions and optimize metabolic flux. In this study, treatments of 5-azacytidine and sodium butyrate at optimal concentrations were added to the culture medium containing yeast, and the concentrations of metabolites were measured using LC-MS/MS. Results showed that both 5-azacytidine and sodium butyrate significantly increased the concentrations of key metabolites, including phosphomevalonate, IPP, and dimethylallyl diphosphate, thereby enhancing the mevalonate pathway. azacytidine was more effective than sodium butyrate in increasing the concentration of phosphomevalonate, while both treatments had similar effects on the production of IPP. Additionally, downregulation of the ACACT1m reaction via genetic engineering led to the reallocation of acetyl-CoA metabolic resources to the mevalonate pathway, resulting in a 7.25 mmol/gDW/h increase in IPP production, while maintaining a satisfactory cell growth rate of 0.36 gDW/h. Based on these findings, the combination of both approaches—epigenetic modifications and targeted genetic engineering—can be considered an effective strategy for optimizing terpenoid production at an industrial scale. This approach leverages the strengths of both methods, enhancing the production capacity of S. cerevisiae for valuable bioproducts.<br /><br />while maintaining a satisfactory cell growth rate of 0.36 gDW/h. Based on these findings, the combination of both approaches—epigenetic modifications and targeted genetic engineering—can be considered an effective strategy for optimizing terpenoid production at an industrial scale. This approach leverages the strengths of both methods, enhancing the production capacity of S. cerevisiae for valuable bioproducts. هدف: این مطالعه با هدف افزایش تولید ایزوپنتنیل پیروفسفات (IPP)، پیش‌ساز کلیدی در سنتز ترپنوئیدها، در مخمر ساکارومایسس سرویزیه انجام شد. دو رویکرد مهم شامل استفاده از تغییرات اپی‌ژنتیکی با استفاده از آزاسیتیدین و سدیم بوتیرات و مهندسی ژنتیک هدفمند مبتنی بر شبیه‌سازی‌های محاسباتی مورد بررسی قرار گرفت. <br />مواد و روش‌ها: تیمار آزاسیتیدین با دمتیلاسیون نواحی پروموتر ژن‌ها و تیمار سدیم بوتیرات با مهار آنزیم‌های هیستون داستیلاز (HDAC)، منجر به تنظیم بیان ژن‌های دخیل در مسیر موالونات می‌شوند. شبیه‌سازی‌های محاسباتی با مدل iMM904 و الگوریتم الهام گرفته از OptForce-FSEOF برای شناسایی واکنش‌های کلیدی و بهینه‌سازی شار متابولیکی استفاده گردید. در این پژوهش، تیمارهای آزاسیتیدین و سدیم بوتیرات به‌ترتیب در غلظت‌های 50 میکرو‌مولار و 25 میلی‌مولار به محیط کشت حاوی مخمر اضافه شده و سپس غلظت متابولیت‌ها با استفاده از کروماتوگرافی مایع-طیف‌سنجی جرمی متوالی (LC-MS/Ms) اندازه‌گیری شد. <br />نتایج: نتایج نشان داد که، آزاسیتیدین و سدیم بوتیرات غلظت متابولیت‌های کلیدی فسفوموالونات، ایزوپنتنیل پیرو فسفات و دی‌متیل آلیل دی‌فسفات را به‌طور معناداری افزایش داده و از این طریق مسیر متابولیکی موالونات تقویت شده است. آزاسیتیدین در افزایش غلظت فسفوموالونات مؤثرتر از سدیم بوتیرات بود، در حالی که هر دو تیمار در تولید ایزوپنتنیل پیروفسفات اثری مشابه داشتند. از سوی دیگر، کاهش شار واکنش ACACT1m در شبیه‌سازی مهندسی ژنتیک منجر به بازتخصیص منابع متابولیکی استیل کوآنزیمA به مسیر موالونات و افزایش تولید ایزوپنتنیل پیروفسفات تا 15/7 میلی‌مول بر گرم وزن خشک در ساعت شد، و نرخ رشد سلولی هم در سطح مطلوب 36/0 گرم وزن خشک بر ساعت حفظ گردید. <br />نتیجه‌گیری: بر اساس نتایج این پژوهش می‌توان پیشنهاد داد که ترکیب دو روش، استفاده از مواد تغییردهنده اپی‌ژنتیکی برای اعمال تغییرات اپی‌ژنتیکی و مهندسی ژنتیک هدفمند همراه با بهره‌گیری از آنالیزهای محاسباتی و شبیهسازیهای متابولیکی، می‌تواند یک راهبرد کارآمد برای بهینه‌سازی تولید ترپنوئیدها در مقیاس صنعتی باشد. این رویکرد با بهره‌گیری از مزایای همزمان هر دو روش، ظرفیت تولید مخمر ساکارومایسس سرویزیه را برای محصولات ارزشمند زیستی ارتقا می‌دهد.<br />کلمات کلیدی: پیش سازهای ترپن، تغییر‌دهنده‌های اپی‌ژنتیکی، مدل متابولیکی در مقیاس ژنوم، مهندسی ژنتیک https://jab.uk.ac.ir/article_4818_50366eff347ff61144dd6e729b6a7c8a.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 2 2025 04 21 Evaluation of morphological traits and nitrate reductase gene expression involved in nitrogen metabolism in bread wheat roots ارزیابی صفات موفولوژیک و بیان ژن نیترات ریداکتاز دخیل در متابولیسم ازت در ریشه گندم نان 79 106 4819 10.22103/jab.2025.23210.1561 FA زهرا محمد زاده دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه بیوتکنولوژی و اصلاح‌نباتات، دانشکده تولید گیاهی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگان، ایران. سعید نواب پور استاد، گروه بیوتکنولوژی و اصلاح‌نباتات، دانشکده تولید گیاهی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگان، ایران. احد یامچی دانشیار، گروه بیوتکنولوژی و اصلاح‌نباتات، دانشکده تولید گیاهی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگان، ایران. 0000-0001-7881-9997 سیده ساناز رمضانپور دانشیار، گروه بیوتکنولوژی و اصلاح‌نباتات، دانشکده تولید گیاهی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگان، ایران. 0000-0003-4972-2824 Journal Article 2024 04 07 Objective: Since Iran is located in a dry and semi-arid region, the amount of organic matter in its soils is low and as a result, they have low levels of nitrogen. Most of the plants in these areas are deficient in nitrogen, and for this reason, it is necessary to provide nitrogen through chemical and organic fertilizers. Therefore, in this research, the effects of urea fertilizer regime on the differential expression of nitrate reductase gene and morphological traits in two wheat genotypes were investigated. Was placed.<br />Materials and methods: A factorial experiment was conducted in the form of a randomized complete block design with four replications in the research farm of Alou University of Agriculture and Natural Resources, Gorgan. The experimental treatments included the factorial combination of two wheat genotypes (Morvarid number and N8019 line) and two different urea regimes (150 kg per hectare, divided by 50 kg at the time of planting, 100 kg at the stem stage and control (without fertilizer). Root tissues were collected three times including one day and seven days after fertilizer application and at the stage of physiological maturity.Nitrate reductase gene expression was measured using QRT-PCR technique.<br />Results: Examining the effect of urea fertilizer on stem length, spike length, number of spikes and number of seeds in a spike showed that urea fertilizer had a significant effect on all these traits so that the said traits increased with the fertilizer treatment. In this study, the expression of the nitrate reductase gene in the pearl variety treated with urea fertilizer compared to the control (without urea fertilizer) increased in all three stages of sampling, so that the highest increase was in the first stage of sampling (one day after vinegar fertilizer). had the But in N8019 line, the expression of nitrate reductase gene increased in the first sampling stage and decreased in the next stages.<br />Conclusion: The results showed that there is a significant difference in gene expression with the use of urea in two genotypes. The use of urea has improved all agricultural traits except seed weight. The increase in seed yield was due to the higher number of seeds per spike. With the passage of time, in the next stages of sampling, the amount of nitrate inside the plant increases هدف: از آنجا که ایران در منطقه خشک و نیمه خشک قرار گرفته، مقدار مواد آلی خاک های آن پائین بوده و در نتیجه دارای سطوح پائین نیتروژن، می باشند. اغلب گیاهان در این مناطق دچار کمبود نیتروژن می باشند و بدین دلیل تأمین نیتروژن از طریق کودهای شیمیایی و آلی ضروری است به همین منظور در این پژوهش به بررسی اثرات رژیم کود اوره بر بیان افتراقی ژن نیترات ردوکتاز و صفات مورفولوژیک در دو ژنوتیپ گندم مورد بررسی قرار داده شد.<br />مواد و روش: آزمایشی به صورت فاکتوریل در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با چهار تکرار در مزرعه تحقیقاتی دانشگاه علو کشاورزی ومنابع طبیعی گرگان انجام شد . تیمارهای آزمایشی شامل ترکیب فاکتوریل دو ژنوتیپ گندم (رقم مروارید و لاین N8019) و دو رژیم مختلف اوره (150 کیلوگرم در هکتار، با تقسیط 50 کیلوگرم در زمان کاشت، 100 کیلوگرم در مرحله ساقه‌ هی و شاهد (بدون کود) بود. نمونه های بافت ریشه در سه نوبت شامل یک روز و هفت روز پس از مصرف کود و در مرحله بلوغ فیزیولوژیک جمع آوری شد. بیان ژن نیترات ردوکتاز با استفاده از تکنیک QRT-PCR اندازه گیری شد.<br />نتایج: بررسی اثر کود اوره بر روی طول ساقه، طول سنبله، تعداد سنبلچه و تعداد دانه در سنبله نشان داد که کود اوره تاثیر معنی داری بر تمام این صفات داشت به طوریکه با تیمار کود صفات مذکور افزایش یافتند. در این مطالعه، بیان ژن نیترات ریداکتاز در رقم مروارید تیمار شده با کود اوره نسبت به شاهد (بدون کود اوره) در هر سه مرحله نمونه گیری افزایش یافت به طوری که در اولین مرحله نمونه گیری (یک روز بعد از کود سرک) بیشترین افزایش را داشت. اما در لاین N8019 بیان ژن نیترات ریداکتاز در اولین مرحله نمونه گیری افزایش و در مراحل بعدی کاهش یافت.نتیجه گیری: نتایج نشان داد که با استفاده از اوره در دو ژنوتیپ تفاوت معنی‌داری بر بیان ژن وجود دارد. مصرف اوره تمام صفات زراعی به جز وزن دانه را بهبود بخشیده است. افزایش عملکرد دانه به دلیل تعداد دانه بیشتر در سنبله بود. با گذشت زمان در مراحل بعدی نمونه گیری مقدار نیترات در داخل گیاه افزایش می یابد. https://jab.uk.ac.ir/article_4819_d341812226bedf865ab47baf1bbb6498.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 2 2025 04 21 Optimizing purification and refolding conditions for the recombinant EcoRI restriction endonuclease protein in E. coli بهینه‌سازی شرایط تخلیص و بازآرایی پروتئین نوترکیب اندونوکلئاز محدودکننده EcoRI در E.coli 107 132 4820 10.22103/jab.2025.24329.1626 FA کاملیا کتالانی استادیار، پژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران. الهام سلیمانی دکتری، پژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران. قربانعلی نعمت زاده استاد، پژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران Journal Article 2024 11 06 Objective: Type II restriction endonucleases are the most common type of restriction enzymes, widely used in genetic engineering, particularly in gene cloning. Among these enzymes, the EcoRI enzyme is one of the most frequently utilized in the molecular field. The conventional method for producing these enzymes involves using genetically modified strains of Escherichia coli, which have been mutated to overproduce the EcoRI enzyme. However, the purification process for these enzymes is both costly and time-consuming, as it requires multiple chromatography columns. Given that the EcoRI enzyme has a simple structure without disulfide bridges and exists as a monomer, this study investigates the recombinant production, optimized purification, and refolding of this enzyme.<br />Material and methods: The EcoRI gene was isolated from the bacterium Escherichia coli (E. coli RY13) and cloned into the expression vector pET28 for recombinant expression in E. coli BL21 (DE3). The optimal conditions for protein expression were investigated, including the type of inducer,its concentration, and the temperature after induction. Protein expression was evaluated in terms of soluble protein or inclusion bodies using SDS-PAGE gel analysis. The recombinant protein was then purified and refolded using affinity chromatography and dialysis methods. Finally, the enzyme activity was compared to that of the commercial EcoRI enzyme from Thermo<br />Results: The optimal conditions for the expression of the EcoRI were determined to be 0.8 mM IPTG concentration and a temperature of 28°C. The results of the analysis of the recombinant protein expressed on SDS-PAGE gel indicated that the EcoRI was expressed as inclusion bodies. The solubilization of these inclusion bodies under mild conditions and refolding with 3 M urea demonstrated that the inclusion bodies were of a non-classical type. Furthermore, results from the refolding process, using both dialysis and Ni-NTA column, showed that the yield of refolding on the resin was higher than that obtained through dialysis. Enzymatic digestion reactions using the produced enzyme and a commercial enzyme indicated that the purified recombinant enzyme was capable of cutting plasmid DNA, similar to the commercial enzyme.<br />Conclusion: Refolding of inclusion bodies on the column resulted in significant time and cost savings, demonstrating greater efficiency compared to the dialysis method. هدف: اندونوکلئازهای محدودکننده نوع دوم، متداول‌ترین نوع آنزیم‌های محدودکننده هستند که کاربرد وسیعی در مهندسی ژنتیک به‌ویژه همسانه‌سازی ژن‌ها دارند. آنزیم EcoRI از پرمصرف‌ترین آنزیم‌های محدودکننده نوع دو در حوزه مولکولی است. روش مرسوم تولید این آنزیم‌ها استفاده از سویه‌های تغییریافتة باکتری Escherichia coli است که به‌منظور بیش تولید آنزیم EcoRI جهش یافته‌اند. خالص‌سازی آنزیم‌های تولید شده با این روش به ستون‌های متعدد کروماتوگرافی نیاز دارد که هزینه بر و وقت‌گیر است. باتوجه‌به اینکه آنزیم EcoRI دارای ساختاری ساده و بدون پل‌های دی سولفید و به‌صورت مونومر است در این مطالعه تولید آنزیم به روش نوترکیب، روش بهینه خالص‌سازی و بازآرایی این آنزیم مورد بررسی قرار گرفت.<br />مواد و روش:ژن EcoRI از باکتری اشرشیا کولای (E. coli RY13) جداسازی گردید و به‌منظور بیان ژن به‌صورت نوترکیب، در حامل بیانی pET28 همسانه‌سازی و در باکتری E. coli BL21 (DE3) بیان شد. شرایط بهینه بیان پروتئین باتوجه‌به نوع القاگر، غلظت و دما پس از القا مورد بررسی قرار گرفت. بیان پروتئین به‌صورت محلول یا اجسام انکلوزیونی با استفاده از ژل SDS-PAGE بررسی شد. خالص‌سازی و بازآرایی پروتئین نوترکیب با دو روش کروماتوگرافی تمایلی و دیالیز انجام شد. فعالیت آنزیم در مقایسه با آنزیم تجاری EcoRI شرکت ترمو بررسی شد.<br />نتایج: شرایط بهینه بیان EcoRI در غلظت ۸/۰ میلی‌مولار IPTG، دمای ۲۸ درجه سانتی‌گراد تعیین شد. نتایج حاصل از بررسی پروتئین نوترکیب بیان شده روی ژل SDS-PAGE نشان داده است که پروتئین نوترکیب به شکل اجسام انکلوزیونی بیان گردید همچنین حل‌شدن اجسام انکلوزیونی تحت شرایط ملایم واسرشته‌‌سازی اوره ۳ مولار نشان داد که اجسام انکلوزیونی از نوع غیرکلاسیک است. نتایج حاصل از بازآرایی اجسام انکلوزیونی با استفاده از دیالیز و بر روی رزین Ni-NTA مشخص کرد که بازدهی بازآرایی بر روی رزین بیشتر از بازآرایی با استفاده از دیالیز است. واکنش هضم آنزیمی با آنزیم تولیدشده و آنزیم تجاری نشان داد که آنزیم نوترکیب خالص‌شده مشابه آنزیم تجاری قادر به برش DNA پلاسمیدی است. <br />نتیجه‌گیری: بازآرایی اجسام انکلوزیونی بر روی ستون منجر به صرفه‌جویی در وقت و هزینه شده و کارایی بیشتری نسبت به روش دیالیز دارد. https://jab.uk.ac.ir/article_4820_f538a95505cd4fc9a0c621a334bd866a.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 2 2025 04 21 Protective effect of ethanolic extract of galangal root against cadmium-induced neurotoxicity in a rat model اثر محافظتی عصاره اتانولی ریشه خولنجان در برابر نوروتوکسیسیته القاشده توسط کادمیوم در مدل موش صحرایی 133 150 4821 10.22103/jab.2025.24986.1680 FA غسان ف. محمد گروه فناوری‌های تولیدات دامی، دانشکده فناوری کشاورزی، دانشگاه فنی شمال، موصل، عراق علاء گ. محمد گروه فناوری داروسازی، دانشگاه فنی شمال، موصل، عراق. م. علی سعد م. علی سعد گروه فیزیولوژی، بیوشیمی و فارماکولوژی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه موصل، موصل، عراق Journal Article 2025 03 15 Objective<br />Cadmium is a toxic heavy metal with detrimental effects on various biological systems. Herbal extracts, due to their antioxidant properties, may help mitigate such toxicity. This study aimed to evaluate the protective effect of Alpinia galanga (galangal) root ethanolic extract against cadmium-induced neurotoxicity in a rat model.<br />Materials and Methods<br />Forty male rats were randomly assigned to four groups (n = 10 per group). Group 1 (control) received normal drinking water and diet for 30 days. Group 2 was administered 100 mg/kg of A. galanga hydroalcoholic extract orally. Group 3 received 0.5 ppm cadmium chloride (CdCl₂) in drinking water. Group 4 received both 0.5 ppm CdCl₂ in water and 100 mg/kg A. galanga extract orally for 30 days.<br />Results<br />Cadmium exposure significantly increased brain malondialdehyde (MDA) levels (1.6364 ± 0.01) compared to the control group (0.7247 ± 0.005, p = 0.001), while MDA levels in the A. galanga-treated rats were comparable to controls. Glutathione peroxidase (GSH-Px) levels were significantly reduced in the cadmium group (10.5098 ± 1.5) and the cadmium + extract group (15.9569 ± 1.5) compared to controls (p = 0.023). Gene expression analysis showed a significant downregulation of catalase in the cadmium (0.74 ± 0.2) and cadmium + extract (0.83 ± 0.19) groups relative to the control (1.05 ± 0.25) and extract-only (0.94 ± 0.21) groups (p < 0.05). Glutathione S-transferase (GST) expression was also significantly reduced in the cadmium group (1.05 ± 0.05) compared to the control (1.94 ± 0.1), but co-administration with A. galanga restored GST levels (1.47 ± 0.09, p < 0.05). A similar trend was observed for GSH-Px expression, which decreased significantly in the cadmium group (0.97 ± 0.05) and improved with A. galanga treatment (1.34 ± 0.12) compared to the control (2.19 ± 0.15, p < 0.05).<br />Conclusions<br />These findings demonstrate that cadmium exerts neurotoxic effects through oxidative stress mechanisms, and that Alpinia galanga root extract possesses significant antioxidant properties capable of mitigating cadmium-induced neurotoxicity in rats. هدف: کادمیوم یک فلز سنگین سمی است که اثرات مخربی بر سامانه‌های زیستی مختلف دارد. عصاره‌های گیاهی به دلیل داشتن خواص آنتی‌اکسیدانی می‌توانند در کاهش این سمیت مؤثر باشند. هدف از این مطالعه، ارزیابی اثر محافظتی عصاره اتانولی ریشه خولنجان (Alpinia galanga) در برابر نوروتوکسیسیته ناشی از کادمیوم در یک مدل موش صحرایی بود.<br />مواد و روش‌ها: چهل موش نر به‌صورت تصادفی به چهار گروه (هر گروه 10 عدد) تقسیم شدند. گروه 1 (کنترل) به‌مدت 30 روز آب آشامیدنی و غذای معمولی دریافت کرد. گروه 2، عصاره هیدروالکلی خولنجان با دوز 100 میلی‌گرم به‌ازای هر کیلوگرم به‌صورت خوراکی دریافت کرد. گروه 3، آب آشامیدنی حاوی 5/0 پی‌پی‌ام کلرید کادمیوم (CdCl₂) دریافت کرد. گروه 4، ترکیبی از CdCl₂ (5/0 پی‌پی‌ام در آب) و عصاره خولنجان (100 میلی‌گرم/کیلوگرم به‌صورت خوراکی) به‌مدت 30 روز دریافت کرد..<br />نتایج: در معرض قرار گرفتن با کادمیوم باعث افزایش معنی‌دار سطح مالون‌دی‌آلدئید (MDA) در مغز (1.6364±0.01) نسبت به گروه کنترل (0.7247 ± 0.005, p = 0.001) شد، در حالی که سطح MDA در موش‌های درمان‌شده با خولنجان مشابه گروه کنترل بود. سطح گلوتاتیون پراکسیداز (GSH-Px) در گروه کادمیوم (10.5098±1.5) و گروه کادمیوم + عصاره (15.9569±1.5) به‌طور معنی‌داری کمتر از کنترل بود (p = 0.023). تحلیل بیان ژن کاهش معنی‌داری در بیان کاتالاز را در گروه‌های کادمیوم (0.74 ± 0.2) و کادمیوم + عصاره (0.83 ± 0.19) نسبت به گروه کنترل (1.05 ± 0.25) و عصاره تنها (0.94 ± 0.21) نشان داد (p < 0.05). بیان گلوتاتیون S-ترانسفراز (GST) نیز در گروه کادمیوم (1.05 ± 0.05) نسبت به کنترل (1.94 ± 0.1) به‌طور معنی‌داری کاهش یافت، اما با مصرف همزمان خولنجان سطح آن بهبود یافت (1.47 ± 0.09, p < 0.05). روند مشابهی برای بیان GSH-Px مشاهده شد که در گروه کادمیوم (0.97 ± 0.05) کاهش یافت و با درمان با خولنجان (1.34 ± 0.12) در مقایسه با کنترل (2.19 ± 0.15, p < 0.05) بهبود یافت. <br />نتیجه‌گیری: یافته‌ها نشان می‌دهند که کادمیوم از طریق مکانیسم‌های استرس اکسیداتیو اثرات نوروتوکسیک اعمال می‌کند و عصاره ریشه خولنجان دارای خواص آنتی‌اکسیدانی قابل‌توجهی است که می‌تواند این اثرات نوروتوکسیک را کاهش دهد. https://jab.uk.ac.ir/article_4821_aca73614646759669872f67f5e95934d.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 2 2025 04 21 The preventive effect of aqueous extract of Cinnamomum zeylanicum against cytotoxicity produced by cyclophosphamide in male white mice اثر پیشگیرانه عصاره آبی دارچین سیلان (Cinnamomum zeylanicum) در برابر سمیت سلولی ناشی از سیکلوفسفامید در موش‌های نر سفید 151 170 4822 10.22103/jab.2025.24761.1654 FA عسیل رحیم مردان العامری گروه زیست‌شناسی، دانشکده تربیت معلم، دانشگاه القادسیه، القادسیه، عراق Journal Article 2025 02 01 Objective<br />Cinnamomum zeylanicum (true cinnamon) is a medicinal plant traditionally used for its wide range of therapeutic properties, including antioxidant, anti-inflammatory, antimicrobial, and cytoprotective effects. Recent studies have highlighted its bioactive compounds, such as cinnamaldehyde and eugenol, which may play a role in modulating oxidative stress and cellular damage. Cyclophosphamide is a widely used alkylating chemotherapeutic agent, particularly effective in treating various cancers and autoimmune conditions. However, its clinical utility is often limited due to its genotoxic and cytotoxic side effects, including chromosomal aberrations and reproductive toxicity. Developing adjunct therapies to mitigate these side effects is of increasing interest. This study aims to evaluate the protective role of C. zeylanicum against cyclophosphamide-induced genotoxicity and cytotoxicity in male albino mice, potentially supporting its use as a natural chemoprotective agent.<br />Materials and methods<br />Thirty adult male albino mice were randomly divided into three groups (n = 10 per group). Group I served as the negative control and received distilled water. Group II was administered a single intraperitoneal dose of cyclophosphamide (20 mg/kg body weight). Group III received both C. zeylanicum extract (100 mg/kg body weight) and cyclophosphamide (20 mg/kg). The study assessed chromosomal aberrations in bone marrow cells, abnormalities in sperm head morphology, and the mitotic index to determine the extent of genotoxic and cytotoxic effects.<br />Results<br />Mice treated with C. zeylanicum in combination with cyclophosphamide showed a significant reduction in chromosomal aberrations and sperm head abnormalities compared to the group receiving cyclophosphamide alone. Additionally, a notable increase in the mitotic index was observed in the co-treatment group, indicating a protective and possibly regenerative effect on bone marrow cell proliferation.<br />Conclusions<br />The findings of this study demonstrate that C. zeylanicum possesses a protective effect against cyclophosphamide-induced genotoxic and cytotoxic damage in male albino mice. Its antioxidative and anti-inflammatory constituents may help preserve cellular integrity and enhance recovery following chemotherapeutic insult. These results suggest that C. zeylanicum could be considered as a complementary therapeutic agent to reduce the adverse side effects of cyclophosphamide. Further research, including molecular analyses and clinical trials, is recommended to better understand its mechanisms of action and to evaluate its safety and efficacy in human subjects. هدف: دارچین سیلان (Cinnamomum zeylanicum) یک گیاه دارویی است که به طور سنتی به دلیل خواص درمانی گسترده‌ای از جمله اثرات آنتی‌اکسیدانی، ضد التهابی، ضد میکروبی و محافظت سلولی مورد استفاده قرار می‌گیرد. مطالعات اخیر ترکیبات زیست‌فعال آن مانند سینام‌آلدئید و اوژنول را برجسته کرده‌اند که ممکن است در تنظیم استرس اکسیداتیو و آسیب‌های سلولی نقش داشته باشند. سیکلوفسفامید، یک داروی شیمی‌درمانی آلکیله‌کننده رایج است که به‌ویژه در درمان انواع سرطان‌ها و بیماری‌های خودایمنی مؤثر است، اما استفاده بالینی از آن به دلیل عوارض جانبی ژنوتوکسیک و سایتوتوکسیک، از جمله ناهنجاری‌های کروموزومی و سمیت تولیدمثلی محدود شده است. توسعه درمان‌های کمکی برای کاهش این عوارض مورد توجه روزافزون قرار گرفته است. این مطالعه با هدف بررسی نقش محافظتی دارچین سیلان در برابر سمیت ژنی و سلولی ناشی از سیکلوفسفامید در موش‌های نر آلبینو انجام شد تا احتمال استفاده از آن به عنوان یک عامل شیمی‌محافظ طبیعی را بررسی کند.<br />مواد و روش‌ها: سی موش نر بالغ آلبینو به‌صورت تصادفی به سه گروه (n=10) تقسیم شدند. گروه اول (کنترل منفی) آب مقطر دریافت کرد. گروه دوم یک دوز درون‌صفاقی از سیکلوفسفامید (۲۰ میلی‌گرم به ازای هر کیلوگرم وزن بدن) دریافت نمود. گروه سوم همزمان عصاره دارچین سیلان (۱۰۰ میلی‌گرم/کیلوگرم) و سیکلوفسفامید (۲۰ میلی‌گرم/کیلوگرم) دریافت کرد. ناهنجاری‌های کروموزومی در سلول‌های مغز استخوان، ناهنجاری‌های مورفولوژی سر اسپرم، و شاخص میتوز برای تعیین میزان سمیت ژنتیکی و سلولی مورد ارزیابی قرار گرفتند.<br />نتایج: موش‌هایی که همزمان با سیکلوفسفامید، عصاره دارچین دریافت کردند، کاهش قابل توجهی در ناهنجاری‌های کروموزومی و ناهنجاری‌های سر اسپرم نسبت به گروه دریافت‌کننده تنها سیکلوفسفامید نشان دادند. همچنین، افزایش چشمگیری در شاخص میتوز در گروه درمان ترکیبی مشاهده شد که نشان‌دهنده اثر محافظتی و احتمالاً بازسازنده بر تکثیر سلول‌های مغز استخوان است.<br />نتیجه‌گیری: یافته‌های این مطالعه نشان داد که دارچین سیلان دارای اثر محافظتی در برابر آسیب ژنتیکی و سلولی ناشی از سیکلوفسفامید در موش‌های نر آلبینو می‌باشد. ترکیبات آنتی‌اکسیدانی و ضد التهابی آن ممکن است به حفظ یکپارچگی سلولی و بهبود روند بازسازی پس از درمان شیمی‌درمانی کمک کنند. این نتایج نشان می‌دهد که دارچین سیلان می‌تواند به عنوان یک عامل درمانی مکمل برای کاهش عوارض جانبی سیکلوفسفامید در نظر گرفته شود. پیشنهاد می‌شود تحقیقات بیشتری، شامل مطالعات مولکولی و کارآزمایی‌های بالینی، برای درک بهتر مکانیسم اثر آن و بررسی ایمنی و کارایی آن در انسان انجام شود. https://jab.uk.ac.ir/article_4822_66fd2c1bb96ddfd121239f8f6f63d5a9.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 2 2025 04 21 Molecular identification of seven earthworm (Annelida: Oligochaeta) species using DNA barcoding of the 18S rRNA gene region and their relationship with soil properties in Babylon province, Iraq شناسایی مولکولی هفت گونه کرم خاکی (Annelida: Oligochaeta) با استفاده از بارکدینگ DNA ناحیه ژنی 18S rRNA و ارتباط آن‌ها با ویژگی‌های خاک در استان بابل، عراق 171 196 4823 10.22103/jab.2025.24781.1659 FA زینب عمران عیسی گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه بابل، عراق وامید ع. ک. الیاسری گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه بابل، عراق ماهر علی القریشی گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه بابل، عراق Journal Article 2025 02 06 Objective<br />This study aimed to employ molecular techniques to identify and classify earthworm species present in Babylon Province, Iraq, and to examine the extent to which environmental factors influence their distribution and abundance. Given the limited research on Iraqi earthworm fauna, this work sought to provide a clearer understanding of species diversity in the region and to assess how variations in soil characteristics may affect their ecological presence.<br />Materials and methods<br />Fieldwork was conducted at three ecologically distinct stations within Babylon Province, each representing unique environmental and land-use conditions. Sampling was carried out across three seasons—fall, winter, and spring-during the 2023–2024 period. Soil samples from each site were analyzed for temperature, pH, electrical conductivity (EC), total dissolved solids (TDS), and moisture content, providing a comprehensive profile of key physicochemical soil parameters. Earthworm specimens were collected manually and preserved for molecular analysis. DNA barcoding using the 18S rRNA gene region was employed to identify the species, and the resulting sequences were submitted to the NCBI GenBank database for comparison and verification.<br />Results<br />Seven species were identified through molecular methods: Aporrectodea tuberculata, Aporrectodea caliginosa, Dendrobaena platyura, Fitzingeria platyura, Hormogaster redii, Lumbricus rubellus, and Polytoreutus finni. Statistical correlations revealed that soil moisture and temperature significantly influenced earthworm distribution, with population densities decreasing markedly during warmer periods. These findings suggest that earthworms in this region exhibit strong physiological responses to thermal and hydric stress, which in turn shapes their spatial and seasonal dynamics.<br />Conclusions<br />This study confirms the utility of DNA barcoding for accurate earthworm species identification and contributes new data on the biodiversity of Oligochaeta in Iraq. The observed correlations between environmental conditions and earthworm populations highlight the importance of soil management practices in maintaining biodiversity. Future research incorporating wider genomic markers and additional sampling sites is recommended to further elucidate the ecological roles of these organisms across Iraq's diverse habitats. هدف: این مطالعه با هدف شناسایی و طبقه‌بندی گونه‌های کرم خاکی موجود در استان بابل عراق با استفاده از روش‌های مولکولی انجام شد و همچنین تأثیر عوامل محیطی بر پراکنش و فراوانی این گونه‌ها بررسی گردید. با توجه به کمبود پژوهش‌ها در زمینه کرم‌های خاکی در عراق، این تحقیق سعی دارد درک روشن‌تری از تنوع گونه‌ای در این منطقه ارائه داده و بررسی کند که تغییرات ویژگی‌های خاک تا چه میزان بر حضور بوم‌شناختی این ارگانیسم‌ها اثر می‌گذارد.<br />مواد و روش‌ها: کار میدانی در سه ایستگاه بوم‌شناختی متمایز در استان بابل که شرایط زیست‌محیطی و کاربری متفاوتی داشتند، انجام شد. نمونه‌برداری در سه فصل پاییز، زمستان و بهار در بازه زمانی ۲۰۲۳ تا ۲۰۲۴ صورت گرفت. نمونه‌های خاک از هر سایت برای اندازه‌گیری دما، pH، هدایت الکتریکی (EC)، مجموع جامدات محلول (TDS) و میزان رطوبت مورد تجزیه‌وتحلیل قرار گرفتند تا نمایه‌ای جامع از ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی خاک ارائه شود. نمونه‌های کرم خاکی به صورت دستی جمع‌آوری و برای تجزیه‌ و تحلیل مولکولی نگهداری شدند. برای شناسایی گونه‌ها از بارکد DNA ناحیه ژنی 18S rRNA استفاده شد و توالی‌های حاصل برای مقایسه و تأیید در پایگاه داده GenBank متعلق به NCBI ثبت گردیدند.<br />نتایج: هفت گونه Aporrectodea tuberculata، Aporrectodea caliginosa، Dendrobaena platyura، Fitzingeria platyura، Hormogaster redii، Lumbricus rubellus و Polytoreutus finni از طریق روش‌های مولکولی شناسایی شدند. همبستگی‌های آماری نشان داد که رطوبت و دمای خاک تأثیر قابل‌توجهی بر پراکنش کرم‌های خاکی دارند، به‌طوری‌که تراکم جمعیتی آن‌ها در دوره‌های گرم به‌طور محسوسی کاهش می‌یابد. این یافته‌ها نشان می‌دهد که کرم‌های خاکی این منطقه واکنش‌های فیزیولوژیکی شدیدی نسبت به تنش‌های گرمایی و رطوبتی از خود نشان می‌دهند که این موضوع الگوهای مکانی و فصلی آن‌ها را شکل می‌دهد.<br />نتیجه‌گیری: این مطالعه کارآمدی بارکدینگ DNA را برای شناسایی دقیق گونه‌های کرم خاکی تأیید کرده و داده‌های جدیدی را در مورد تنوع زیستی Oligochaeta در عراق ارائه می‌دهد. همبستگی مشاهده‌شده بین شرایط محیطی و جمعیت کرم‌های خاکی بر اهمیت مدیریت صحیح خاک برای حفظ تنوع زیستی تأکید دارد. انجام تحقیقات آینده با بهره‌گیری از نشانگرهای ژنومی گسترده‌تر و نقاط نمونه‌برداری بیشتر برای درک بهتر نقش‌های بوم‌شناختی این ارگانیسم‌ها در زیستگاه‌های متنوع عراق توصیه می‌شود. https://jab.uk.ac.ir/article_4823_5d1e8e3b62df01234e16378a6160c760.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 2 2025 04 21 Biodiversity study of phytoplankton capable of producing omega-3 in the coastal area of Subang, Indonesia مطالعه تنوع زیستی فیتوپلانکتون‌های تولیدکننده امگا-۳ در ناحیه ساحلی سوبانگ، اندونزی 197 216 4824 10.22103/jab.2025.24805.1662 FA دوی چاهیانی گروه آموزش زیست‌شناسی، دانشکده تربیت و علوم تربیتی، دانشگاه IAIN شیخ نورجاتی چیرِبون، اندونزی. خونسا خونسا کارشناسی داروسازی، مدرسه عالی علوم سلامت YLPP چیرِبون، اندونزی 0009-0002-4918-1116 عبدل عزیز برنامه تحصیلات تکمیلی، دانشگاه IAIN شیخ نورجاتی چیرِبون، اندونزی Journal Article 2025 02 10 Objective<br />Omega-3 fatty acids are essential polyunsaturated fatty acids known for their numerous health benefits, including cardiovascular protection, anti-inflammatory effects, and support for neural development. These nutrients are predominantly found in marine organisms such as fish and shellfish. However, phytoplankton, as the primary producers at the base of the marine food web, are the original source of Omega-3 fatty acids in aquatic ecosystems. Investigating phytoplankton as a direct and sustainable source of Omega-3 offers promising potential for the biopharmaceutical and aquaculture industries. This study aimed to identify and evaluate phytoplankton species with high Omega-3 content from the coastal waters of Subang, Indonesia, and to assess their potential application in aquaculture, particularly in fish feed production.<br /><br />Materials and Methods<br />The research was conducted along the coastal region of Cilamaya Girang in the Blanakan District of Subang Regency. Water samples were collected from five observation stations and analyzed for phytoplankton diversity and abundance using microscopy and the Sedgwick-Rafter Counting Cell method. Chlorophyll-a concentration was measured via spectrophotometry to estimate phytoplankton biomass. Species identification was conducted to determine the phytoplankton composition, and the Shannon-Wiener diversity index was applied to assess species diversity. Selected phytoplankton species were further analyzed for their Omega-3 fatty acid content to evaluate their suitability for aquaculture applications.<br /><br />Results<br />Phytoplankton in the study area were classified into three major taxonomic groups: Cyanophyta, Bacillariophyta, and Dinophyta. The Shannon-Wiener diversity index values ranged from 0.07 to 0.16, indicating relatively low species diversity across the sampled sites. Identified genera included Asterionella, Rhizosolenia, Skeletonema, Nitzschia, Pleurosigma, Coscinodiscus, Chaetoceros, and Bacteriastrum, with the Bacillariophyta (diatoms) emerging as the dominant group. Among these, Skeletonema sp. was the most abundant per cubic meter of seawater. However, Chaetoceros sp., another member of Bacillariophyta, exhibited the highest Omega-3 content, highlighting its potential as a valuable source of Omega-3 for aquaculture feed formulations.<br />Conclusion<br />The findings underscore the significance of Chaetoceros sp. as a potent contributor to Omega-3 synthesis and its promise as a sustainable ingredient in aquaculture nutrition. The dominant presence of Bacillariophyta and the nutritional potential of specific diatom species suggest that targeted cultivation of such phytoplankton could support environmentally friendly fish farming practices. Further research into the large-scale cultivation and incorporation of these microalgae into aquaculture systems could enhance the sustainability and efficiency of fish feed production. هدف: اسیدهای چرب امگا-۳، اسیدهای چرب غیراشباع ضروری هستند که به دلیل فواید بی‌شمار برای سلامتی، از جمله محافظت قلبی‌عروقی، اثرات ضدالتهابی و حمایت از رشد سیستم عصبی شناخته شده‌اند. این مواد مغذی عمدتاً در موجودات دریایی مانند ماهی و صدف یافت می‌شوند. با این حال، فیتوپلانکتون‌ها به عنوان تولیدکنندگان اولیه در زنجیره غذایی دریایی، منبع اصلی اسیدهای چرب امگا-۳ در اکوسیستم‌های آبی محسوب می‌شوند. بررسی فیتوپلانکتون‌ها به عنوان منبع مستقیم و پایدار امگا-۳، پتانسیل امیدبخشی را برای صنایع بیوفارما و آبزی‌پروری فراهم می‌کند. هدف این مطالعه شناسایی و ارزیابی گونه‌های فیتوپلانکتونی با محتوای بالای امگا-۳ در آب‌های ساحلی سوبانگ، اندونزی و بررسی کاربرد احتمالی آن‌ها در آبزی‌پروری، به‌ویژه در تولید غذای ماهی بود.<br />مواد و روش‌ها: این پژوهش در ناحیه ساحلی چیلامایا گیرانگ، منطقه بلاناکان در شهرستان سوبانگ انجام شد. نمونه‌های آب از پنج ایستگاه مشاهده، جمع‌آوری و از نظر تنوع و فراوانی فیتوپلانکتون با استفاده از میکروسکوپ و روش شمارش سلولی سدگویک-رافتِر تحلیل شدند. غلظت کلروفیل a به‌وسیله اسپکتروفتومتر برای برآورد زیست‌توده فیتوپلانکتونی اندازه‌گیری شد. شناسایی گونه‌ها برای تعیین ترکیب فیتوپلانکتون انجام شد و از شاخص تنوع شانون-وینر برای ارزیابی تنوع گونه‌ای استفاده گردید. گونه‌های منتخب فیتوپلانکتون به‌طور جداگانه از نظر میزان اسیدهای چرب امگا-۳ تحلیل شدند تا مناسب بودن آن‌ها برای کاربرد در آبزی‌پروری بررسی شود.<br />نتایج: فیتوپلانکتون‌های ناحیه مورد مطالعه به سه گروه اصلی تاکسونومیک تقسیم شدند: سیانوفیتا، باسیلاریوفیتا و دینوفیتا. مقدار شاخص تنوع شانون-وینر در محدوده 0.07 تا 0.16 قرار داشت که نشان‌دهنده تنوع نسبتاً پایین گونه‌ها در ایستگاه‌های نمونه‌برداری بود. جنس‌های شناسایی‌شده شامل Chaetoceros ، Coscinodiscus، Pleurosigma، Nitzschia، Skeletonema، Rhizosolenia، Asterionella و Bacteriastrum بودند که در این میان، دیاتوم‌ها گروه غالب را تشکیل دادند. در بین آن‌ها، Skeletonema sp. بیشترین فراوانی را در هر متر مکعب آب دریا داشت. با این حال، Chaetoceros sp. که دیگر عضو گروه باسیلاریوفیتا است، بالاترین میزان امگا-۳ را نشان داد و این موضوع پتانسیل بالای آن را به‌عنوان منبعی ارزشمند از امگا-۳ برای تهیه غذای آبزیان برجسته می‌سازد.<br />نتیجه‌گیری: یافته‌ها بر اهمیت Chaetoceros sp. به‌عنوان یک تولیدکننده قوی امگا-۳ و قابلیت آن به‌عنوان یک ماده اولیه پایدار در تغذیه آبزیان تأکید دارند. حضور غالب باسیلاریوفیتا و پتانسیل تغذیه‌ای برخی گونه‌های دیاتومی نشان می‌دهد که پرورش هدفمند این فیتوپلانکتون‌ها می‌تواند به توسعه روش‌های پایدار و سازگار با محیط زیست در آبزی‌پروری کمک کند. تحقیقات بیشتر در زمینه پرورش در مقیاس بزرگ و ادغام این میکروجلبک‌ها در سیستم‌های پرورش آبزیان، می‌تواند پایداری و کارایی تولید غذای ماهی را بهبود بخشد. https://jab.uk.ac.ir/article_4824_456f4b259c0ef98c5b43675318f27e6d.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 2 2025 04 21 Expression alterations of KRAS gene associated with AgNPs تغییرات بیان ژن KRAS مرتبط با نانوذرات نقره (AgNPs) 217 236 4825 10.22103/jab.2025.24920.1672 FA محمد عاید نجم گروه داروشناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی و داروسازی ابن‌سینا، بغداد، عراق 0000-0001-5057-7797 گلبوی عبدالمجید نصیر دانشکده علوم مهندسی کشاورزی، دانشگاه بغداد، عراق 0000-0003-4917-9972 هدی مصلح محمود گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم، دانشگاه الانبار، عراق Journal Article 2025 03 04 Objective<br />Nanotechnology has revolutionized various fields, including medicine, cosmetics, and food packaging, through the incorporation of engineered nanomaterials such as silver nanoparticles (AgNPs). Due to their potent antimicrobial properties, AgNPs are among the most widely utilized nanoparticles in consumer and biomedical products. This study aimed to investigate the effects of AgNPs on the expression levels of the Kirsten rat sarcoma viral oncogene (KRAS) in hepatic and splenic tissues of mice, in order to assess the molecular safety of AgNP exposure.<br /><br />Materials and Methods<br />A total of 56 mice were randomly divided into seven groups (n=8 per group). Three groups received AgNPs at doses of 0.25, 0.5, and 1 mg/kg body weight daily for 7 days. Another three groups were administered the same respective doses for 14 days. One group served as an untreated control. Following treatment, liver and spleen tissues were harvested. Then total RNA was extracted using Junqueira and Carneiro's method and cDNA was synthesized using the Applied Biosystem, Part No. 4387406 kit for quantitative gene expression analysis.<br /><br />Results<br />KRAS gene expression levels were found to vary depending on both the dosage and duration of AgNP exposure. In liver tissues, KRAS expression was reduced across all AgNP-treated groups compared to the control. Conversely, splenic KRAS expression was consistently elevated in treated groups relative to the control. These changes were more pronounced with higher doses and longer exposure durations.<br /><br />Conclusions<br />The results suggest that AgNP exposure modulates KRAS gene expression in a tissue-specific manner, with downregulation observed in hepatic tissue and upregulation in splenic tissue. These differential expression patterns indicate that AgNPs may influence cellular signaling pathways in a manner dependent on organ function and microenvironment. Notably, the consistent upregulation of KRAS in the spleen following AgNP administration—especially at higher doses and prolonged exposure—raises important concerns regarding potential immunological disturbances or the initiation of oncogenic processes in immune-related tissues. These findings underscore the need for cautious evaluation of AgNP use, particularly in products designed for long-term or systemic application. Further studies are warranted to elucidate the underlying mechanisms of KRAS modulation by AgNPs, assess potential long-term pathological consequences, and determine safe exposure thresholds. Comprehensive molecular safety profiling is essential to ensure the responsible development and use of silver nanoparticle-based technologies in both medical and commercial contexts. هدف: فناوری نانو انقلابی در حوزه‌های مختلف از جمله پزشکی، لوازم آرایشی و بسته‌بندی مواد غذایی ایجاد کرده است، به‌ویژه از طریق استفاده از نانومواد مهندسی‌شده مانند نانوذرات نقره (AgNPs). نانوذرات نقره به دلیل خواص ضد میکروبی قوی، از پرکاربردترین نانوذرات در محصولات مصرفی و زیست‌پزشکی محسوب می‌شوند. این مطالعه با هدف بررسی اثرات نانوذرات نقره بر سطح بیان ژن سرطان‌زای ویروسی Kirsten rat sarcoma (KRAS) در بافت‌های کبد و طحال موش‌ها انجام شد تا ایمنی مولکولی تماس با AgNPs ارزیابی شود.<br />مواد و روش‌ها: در مجموع ۵۶ موش به‌صورت تصادفی به هفت گروه (n=8 در هر گروه) تقسیم شدند. سه گروه به‌مدت ۷ روز مقادیر 25/0، 5/0 و 1 میلی‌گرم بر کیلوگرم وزن بدن AgNP دریافت کردند. سه گروه دیگر همان دوزها را به‌مدت ۱۴ روز دریافت کردند. یک گروه نیز به عنوان کنترل بدون درمان باقی ماند. پس از پایان دوره درمان، بافت‌های کبد و طحال جمع‌آوری شد. RNA کل با استفاده از روش جونکویرا و کارنیرو استخراج و سنتز cDNA با استفاده از کیت Applied Biosystem به شماره 4387406 برای آنالیز بیان ژن انجام شد.<br />نتایج: سطح بیان ژن KRAS بسته به دوز و مدت‌زمان تماس با AgNPها متفاوت بود. در بافت کبد، بیان ژن KRAS در همه گروه‌های دریافت‌کننده AgNP نسبت به گروه کنترل کاهش یافت. در مقابل، در بافت طحال، بیان ژن KRAS در تمام گروه‌های دریافت‌کننده به‌طور قابل‌توجهی افزایش داشت. این تغییرات در دوزهای بالاتر و مدت تماس طولانی‌تر شدیدتر بودند.<br />نتیجه‌گیری: یافته‌ها نشان می‌دهند که تماس با AgNPها باعث تنظیم مجدد بیان ژن KRAS به‌صورت مختص-بافتی می‌شود؛ به‌طوری‌که کاهش بیان در بافت کبد و افزایش بیان در بافت طحال مشاهده شد. این الگوهای متفاوت بیان بیانگر آن هستند که نانوذرات نقره ممکن است مسیرهای پیام‌رسانی سلولی را به شیوه‌ای تحت تأثیر عملکرد اندام‌ها و ریزمحیط‌ها تغییر دهند. به‌ویژه، افزایش مداوم بیان KRAS در طحال پس از مصرف AgNPها، به‌ویژه در دوزهای بالا و تماس طولانی‌مدت نگرانی‌هایی جدی درباره اختلالات ایمنی یا آغاز فرآیندهای سرطان‌زایی در بافت‌های مرتبط با سیستم ایمنی ایجاد می‌کند. این نتایج لزوم ارزیابی دقیق‌تر استفاده از AgNPها را به‌ویژه در محصولاتی که برای کاربرد طولانی‌مدت یا سیستمیک طراحی شده‌اند، نشان می‌دهد. مطالعات بیشتری برای روشن‌سازی مکانیسم‌های زیربنایی تنظیم KRAS توسط AgNPها، ارزیابی پیامدهای آسیب‌شناسی احتمالی بلندمدت، و تعیین آستانه‌های ایمن تماس ضروری است. تهیه یک پروفایل جامع ایمنی مولکولی برای تضمین توسعه و استفاده مسئولانه از فناوری‌های مبتنی بر نانوذرات نقره در حوزه‌های پزشکی و تجاری حیاتی است. https://jab.uk.ac.ir/article_4825_dbf25f57382014bfea90282463ec5a6f.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 2 2025 04 21 Bioinformatics identification of induced genes in Marsupenaeus japonicus in response to injection of long non-specific dsRNA and their association with immunity against white spot syndrome virus (WSSV) شناسایی بیوانفورماتیکی ژن‏های القاء شده در میگوی ژاپنی (Marsupenaeus japonicus) در پاسخ به تزریق dsRNA غیراختصاصی با طول بلند و ارتباط آن‏ها با ایمنی علیه ویروس سندروم لکه سفید (WSSV) 237 262 4826 10.22103/jab.2025.24530.1638 FA رضا پسندیده استادیار، پژوهشکده میگوی کشور، موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی (AREEO)، بوشهر، ایران. مجید پسندیده استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهرکرد، شهرکرد، ایران 0000-0001-5340-7072 Journal Article 2024 12 16 Abstract <br />Objective<br />The sustainable development of the farmed shrimp industry is threatened by a wide range of important pathogens, including white spot syndrome virus (WSSV), which causes severe economic losses to the industry. The aim of this study was to identify differentially expressed genes (DEGs) in Kuruma shrimp (Marsupenaeus japonicus) in response to injection of long non-specific dsRNA and their association with survival and immunity against white spot disease (WSD).<br />Materials and methods<br />Eight microarray data from shrimp hemocytes injected with PBS and long non-specific dsRNA (four samples from each group) at time intervals of 24 and 48 hours after injection were extracted from the GEO database with accession number GSE61541 and analyzed using the GEO2R tool. After automatic normalization, the data were imported into Excel software and differentially expressed genes (DEGs) were identified with an adjusted P-Value less than 0.05. Genes with LogFC greater than 2 and less than -2 were considered as up- and down-expressed genes, respectively. Then, the commen DEGs were identified using the VENNY 2.0.2 tool. <br />Results<br />Data analysis showed that 160 DEGs were identified in 24 hours after dsRNA injection, of which 111 genes were up-regulated and 49 genes down-regulated. As well as, the results showed that 206 DEGs were identified in 48 hours after dsRNA injection, of which 138 genes were up-regulated and 68 genes down-regulated. The analysis of DEGs using the VENNY tool showed that 74 common genes were identified in 24 and 48 hours after dsRNA injection, of which 67 genes were up-regulated and 7 genes down-regulated. Shrimp injected with dsRNA had a higher number of DEGs than the PBS-injected group, most of which were up-regulated. The results of this study confirmed that injection of long non-specific dsRNAs could induce many genes related to innate immunity, such as Ribonuclease T2, C-type lectin 2, HSP90, Caspase Nc-like, and TRIM64 in response to WSSV infection in Kuruma shrimp.<br />Conclusions<br />Various biological functions were predicted for genes induced in Kuruma shrimp in response to injection of long non-specific dsRNA included recognition of pathogen-associated molecular patterns (PAMPs), binding, homeostasis, apoptosis, catalytic, transmembrane, chaperone and RNAi. Identification of these genes could be useful in finding markers associated with white spot infection, diagnosis, or designing inhibitors against that disease.<br />Keywords: Innate immunity, RNA interference (RNAi), Microarray, Kuruma shrimp (Marsupenaeus japonicas), White spot syndrome virus (WSSV) چکیده<br />هدف: توسعه پایدار صنعت میگوی پرورشی در معرض تهدید طیف وسیعی از عوامل بیماری‏زای مهم از جمله ویروس سندرم لکه سفید (WSSV) قرار دارد که موجب ضررهای اقتصادی شدیدی به این صنعت می‏شود. هدف از این مطالعه، شناسایی ژن‏های افتراقی بیان شده (DEGs) در میگوی کروما یا ژاپنی (Marsupenaeus japonicus) در پاسخ به تزریق dsRNA غیراختصاصی با طول بلند و ارتباط آن‏ها با القای ایمنی علیه بیماری لکه سفید (WSD) بود. <br />مواد و روش‏ها: هشت داده ‏ریزآرایه مربوط به هموسیت میگوی‏های تزریق شده با PBS و dsRNA غیراختصاصی با طول بلند (از هر گروه 4 نمونه) در فواصل زمانی 24 و 48 ساعت پس از تزریق، از پایگاه داده‌ GEO با شماره دسترسی GSE61541 استخراج و با استفاده از ابزار GEO2R آنالیز شدند. داده‌ها پس از نرمال‏سازی خودکار، به نرم‌افزار اکسل وارد و ژن‌های افتراقی بیان شده (DEGs) با P-Value تصحیح شده کمتر از 05/0 مشخص شدند. ژن‏هایی با LogFC بزرگتر از 2 و کوچکتر از 2- به ترتیب به عنوان ژن‏های با بیان بالا و پایین در نظر گرفته شدند. سپس ژن‌های افتراقی بیان شده مشترک در دو زمان 24 و 48 ساعت پس از تزریق، با استفاده از ابزار VENNY 2.0.2 شناسایی شد. <br />یافته‏ها: بر اساس تحلیل داده‌های ریز‌آرایه، در مجموع 160 ژن با بیان افتراقی (شامل 111 ژن با بیان بالا و 49 ژن با بیان پایین) در 24 ساعت پس از تزریق dsRNA و 206 ژن با بیان افتراقی (شامل 138 ژن با بیان بالا و 68 ژن با بیان پایین) در 48 ساعت پس از تزریق شناسایی شدند. تحلیل ژن‌های افتراقی با استفاده از ابزار VENNY نشان داد که 74 ژن مشترک (شامل 67 ژن با افزایش بیان و 7 ژن با کاهش بیان) بین دو زمان 24 و 48 ساعت پس از تزریق dsRNA وجود داشت. تزریق dsRNAهای غیراختصاصی با طول بلند توانست موجب القای بسیاری از ژن‌های مرتبط با ایمنی ذاتی نظیر Ribonuclease T2، C-type lectin 2، HSP90، Caspase Nc-like و TRIM64 در پاسخ به WSSV در میگوهای ژاپنی گردد. <br />نتیجه‏گیری: فعالیت‏های مختلف زیستی نظیر تشخیص الگوهای مولکولی مرتبط با عامل بیماری، اتصال، حفظ هموستازی، آپوپتوزیس، کاتالیزوری، انتقال غشایی، چپرونی و RNAi برای ژن‏های القاء شده در میگوی ژاپنی در پاسخ به تزریق dsRNA غیراختصاصی با طول بلند پیش بینی شد. شناسایی این ژن‏‏ها می‏تواند در جهت یافتن نشانگر‏های زیستی مرتبط با بیماری لکه سفید در میگو، تشخیص و یا طراحی مهارکننده‏ علیه آن مفید باشد. https://jab.uk.ac.ir/article_4826_ec0100f61fbc3722023ccdca8bd7c580.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 2 2025 04 21 Genotyping of clinical Serratia marcescens isolates using molecular techniques تعیین ژنوتیپ ایزوله‌های بالینی Serratia marcescens با استفاده از تکنیک‌های مولکولی 263 284 4827 10.22103/jab.2025.24830.1665 FA انتظار کَظَر گروه زیست‌شناسی، دانشکده آموزش، دانشگاه القادسیه، عراق أزهر حسین گروه زیست‌شناسی، دانشکده آموزش، دانشگاه القادسیه، عراق Journal Article 2025 02 14 Objective<br />Serratia marcescens is a Gram-negative, facultatively anaerobic bacillus belonging to the Enterobacteriaceae family. It is an opportunistic pathogen that has gained increasing attention due to its involvement in a wide range of nosocomial and community-acquired infections, including urinary tract infections, respiratory tract infections, bloodstream infections, and wound infections. The bacterium is also known for its ability to survive in diverse environmental conditions and its intrinsic resistance to several antibiotics, making its infections particularly challenging to treat in clinical settings. The 16S ribosomal RNA (16S rRNA) gene, which is highly conserved among bacteria but also contains hypervariable regions, is widely used for phylogenetic studies and bacterial identification. Genotyping using PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis of the 16S rRNA gene allows differentiation of bacterial strains based on the presence of specific restriction sites. This technique provides insights into genetic diversity and evolutionary relationships among isolates. The aim of this study was to genotype clinical isolates of S. marcescens obtained from various healthcare sources in Al-Diwaniyah Governorate, Iraq using techniques such as PCR, sequencing, and PCR-RFLP with the restriction enzymes AluI and MspI, and explore the genetic diversity of local isolates.<br />Materials and methods<br />A total of 200 clinical samples were collected from patients attending Diwaniyah Teaching Hospital as well as from several private medical clinics across Al-Diwaniyah Governorate, Iraq. Samples were inoculated onto standard selective and differential media. Genomic DNA was extracted from purified S. marcescens isolates using a commercial bacterial DNA extraction kit. Molecular identification was performed by amplifying the 16S rRNA gene using universal bacterial primers. PCR products of confirmed S. marcescens isolates were purified and sent to a commercial sequencing facility in South Korea. Phylogenetic trees were constructed using the neighbor-joining method. To assess genetic variability among S. marcescens isolates, PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis of the 16S rRNA gene was performed. Distinct RFLP patterns were analyzed visually, and the number of different genotypes was determined based on banding profiles for each enzyme.<br />Results<br />A total of 20 isolates were obtained from different sources as follows: 15 (75%) isolates from urinary tract infections, 3 (15%) isolates from burn and wound injuries, and 2 (10%) isolates from eye injuries. <br />Conclusions<br />The study showed that molecular techniques provided accurate data on the genetic makeup of Serratia marcescens, improving diagnostic accuracy, paving the way for the development of future diagnostic tools that are more sensitive and reliable. هدف: Serratia marcescens یک باسیل گرم‌منفی، بی‌هوازی اختیاری و متعلق به خانواده Enterobacteriaceae است. این باکتری یک پاتوژن فرصت‌طلب محسوب می‌شود که به‌دلیل نقش آن در طیف گسترده‌ای از عفونت‌های بیمارستانی و اکتسابی از جامعه، از جمله عفونت‌های دستگاه ادراری، عفونت‌های دستگاه تنفسی، عفونت‌های خونی و عفونت‌های زخم، مورد توجه فزاینده‌ای قرار گرفته است. این باکتری همچنین به‌دلیل توانایی زنده‌ماندن در شرایط محیطی متنوع و مقاومت ذاتی به چندین نوع آنتی‌بیوتیک شناخته می‌شود که درمان عفونت‌های ناشی از آن را در محیط‌های بالینی چالش‌برانگیز می‌کند. ژن 16S rRNA، که در میان باکتری‌ها بسیار محافظت‌شده است، ولی دارای نواحی متغیر نیز می‌باشد، به‌طور گسترده برای مطالعات فیلوژنتیک و شناسایی باکتریایی استفاده می‌شود. تعیین ژنوتیپ با استفاده از آنالیز پلی‌مورفیسم طول قطعات برشی (PCR-RFLP) ژن 16S rRNA امکان تمایز سویه‌های باکتریایی را بر اساس حضور جایگاه‌های برش آنزیمی خاص فراهم می‌سازد. این تکنیک دیدگاه‌هایی در مورد تنوع ژنتیکی و روابط تکاملی بین ایزوله‌ها ارائه می‌دهد. هدف این مطالعه تعیین ژنوتیپ ایزوله‌های بالینی S. marcescens به‌دست‌آمده از منابع مختلف بهداشتی و درمانی در استان دیوانیه، عراق با استفاده از تکنیک‌هایی نظیر PCR، تعیین توالی و PCR-RFLP با آنزیم‌های برشی AluI و MspI و بررسی تنوع ژنتیکی ایزوله‌های محلی بود. <br />مواد و روش‌ها: در مجموع ۲۰۰ نمونه بالینی از بیماران مراجعه‌کننده به بیمارستان آموزشی دیوانیه و چندین درمانگاه خصوصی در سطح استان دیوانیه عراق جمع‌آوری شد. نمونه‌ها بر روی محیط‌های کشت انتخابی و افتراقی استاندارد کشت داده شدند. DNA ژنومی از ایزوله‌های خالص‌شده S. marcescens با استفاده از کیت تجاری استخراج DNA باکتری استخراج شد. شناسایی مولکولی با تکثیر ژن 16S rRNA با استفاده از پرایمرهای جهانی باکتریایی انجام شد. محصولات PCR ایزوله‌های تأییدشده S. marcescens خالص‌سازی شده و به یک مرکز تعیین توالی تجاری در کره جنوبی ارسال شدند. درخت‌های فیلوژنتیکی با روش Neighbor-Joining ساخته شدند. برای ارزیابی تنوع ژنتیکی در میان ایزوله‌های S. marcescens، آنالیز PCR-RFLP ژن 16S rRNA انجام شد. الگوهای RFLP متمایز تحلیل شدند و تعداد ژنوتیپ‌های مختلف بر اساس الگوی باندی حاصل از هر آنزیم تعیین گردید. <br />نتایج: در مجموع ۲۰ ایزوله از منابع مختلف به‌دست آمد که شامل ۱۵ ایزوله (۷۵٪) از عفونت‌های دستگاه ادراری، ۳ ایزوله (۱۵٪) از سوختگی و زخم‌ها، و ۲ ایزوله (۱۰٪) از آسیب‌های چشمی بودند.<br />نتیجه‌گیری: این مطالعه نشان داد که تکنیک‌های مولکولی داده‌های دقیقی در مورد ساختار ژنتیکی Serratia marcescens فراهم می‌کنند که موجب بهبود دقت تشخیص داده شده و مسیر توسعه ابزارهای تشخیصی حساس‌تر و قابل‌اعتمادتر را در آینده هموار می‌سازد. https://jab.uk.ac.ir/article_4827_eaa080c1dd3622b3bd57824e4bd9a8b0.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 2 2025 04 21 Ecological and microbiological quality of some soft drinks and juices in the Iraqi markets کیفیت بوم‌شناختی و میکروبیولوژیکی برخی نوشابه‌ها و آب‌میوه‌ها در بازارهای عراق 285 308 4828 10.22103/jab.2025.24969.1676 FA وَمیض الیاسری گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه بابل، عراق هاله الجواهری گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه بابل، عراق Journal Article 2025 03 11 Objective<br />Soft drinks and fruit juices are among the most widely consumed beverages globally, including in Iraq, where they are dietary staples in many households. Despite their popularity, concerns remain regarding their nutritional composition and potential microbial contamination, which may pose public health risks if not properly regulated. This study aims to evaluate the ecological, physicochemical, and microbiological quality of selected soft drinks and fruit juices available in markets across Babylon Province, Iraq.<br />Materials and Methods<br />Samples of packaged fruit juices and soft drinks were collected from various markets across all districts of Babylon Province. The samples were analyzed for selected physical and chemical parameters, including sugar content, pH, carbon dioxide (CO₂), and citric acid concentration. Microbiological assessments were also conducted to detect the presence of bacteria, molds, and yeast.<br />Results<br />Sugar content in soft drinks ranged from 14.22 to 19.99 g/100 mL (e.g., SD15 and SD2, respectively), while in fruit juices it reached up to 23.3 g/100 mL (FJ7) and was 22 g/100 mL in samples FJ5, FJ6, and FJ11. CO₂ was detected in soft drinks, with a maximum value of 4.3 g/100 mL in SD4; it was absent in all fruit juice samples. The pH values of soft drinks ranged from 2.0 (SD2) to 4.1 (SD14), while fruit juices ranged from 2.0 (FJ1, FJ5, FJ15) to 5.0 (FJ3). Citric acid concentrations in soft drinks ranged from 1.04 g/L (SD2) to 3.25 g/L (SD11), while in fruit juices, values ranged from 0.99 g/L (FJ1) to 5.11 g/L (FJ7). Phosphoric acid was present only in Coca-Cola, Pepsi, grape juice, and pomegranate juice samples, with no detection of alcohol in any beverage tested. No bacterial growth was observed in most soft drink samples, except for SD2, SD4, SD5, SD6, SD9, SD12, and SD18. In fruit juices, bacterial counts ranged from no detectable growth in FJ3, FJ4, FJ8, FJ9, and FJ14 to 3 CFU/100 mL in FJ5. Yeast growth was found only in SD4, SD10, FJ8, and FJ14, while molds were detected in SD1, SD7, SD12, FJ3, FJ12, and FJ15.<br />Conclusions<br />The majority of tested soft drinks and fruit juices complied with general safety and quality standards, showing limited microbial contamination and acceptable physicochemical properties. Nonetheless, periodic monitoring and strict quality control remain essential to ensure the continued safety of these commonly consumed beverages. هدف: نوشابه‌ها و آب‌میوه‌ها از پرمصرف‌ترین نوشیدنی‌ها در سطح جهان محسوب می‌شوند و در عراق نیز جزو اجزای اصلی رژیم غذایی بسیاری از خانوارها هستند. با وجود محبوبیت بالای آن‌ها، نگرانی‌هایی درباره ترکیب تغذیه‌ای و احتمال آلودگی میکروبی این نوشیدنی‌ها وجود دارد، که در صورت نبود نظارت مناسب، ممکن است سلامت عمومی را به خطر بیندازند. هدف این مطالعه، ارزیابی کیفیت بوم‌شناختی، فیزیکوشیمیایی و میکروبیولوژیکی تعدادی از نوشابه‌ها و آب‌میوه‌های موجود در بازارهای استان بابل عراق است.<br />مواد و روش‌ها: نمونه‌هایی از نوشابه‌ها و آب‌میوه‌های بسته‌بندی‌شده از بازارهای مختلف در تمام نواحی استان بابل جمع‌آوری شدند. این نمونه‌ها از نظر پارامترهای فیزیکی و شیمیایی از جمله میزان قند، pH، دی‌اکسید کربن (CO₂) و غلظت اسید سیتریک مورد بررسی قرار گرفتند. همچنین، آزمایش‌های میکروبیولوژیکی برای شناسایی حضور باکتری‌ها، کپک‌ها و مخمرها انجام شد.<br />نتایج: میزان قند در نوشابه‌ها بین 22/14 تا 99/19 گرم در ۱۰۰ میلی‌لیتر (به ترتیب در نمونه‌های SD15 وSD2) و در آب‌میوه‌ها تا 3/23 گرم در ۱۰۰ میلی‌لیتر (FJ7) و ۲۲ گرم در ۱۰۰ میلی‌لیتر در نمونه‌های FJ5، FJ6 و FJ11 گزارش شد. دی‌اکسید کربن تنها در نوشابه‌ها یافت شد و حداکثر میزان آن 3/4 گرم در ۱۰۰ میلی‌لیتر در نمونه SD4 بود، در حالی که در هیچ‌یک از نمونه‌های آب‌میوه مشاهده نشد. مقدار pH در نوشابه‌ها بین 2 (SD2) تا 1/4 (SD14) و در آب‌میوه‌ها بین 2 ( FJ1، FJ5 و FJ15) (FJ3) متغیر بود. غلظت اسید سیتریک در نوشابه‌ها از 04/1 گرم در لیتر (SD2) تا 25/3 گرم در لیتر (SD11) و در آب‌میوه‌ها از 99/0 گرم در لیتر (FJ1) تا 11/5 گرم در لیتر (FJ7) بود. اسید فسفریک تنها در نمونه‌های کوکاکولا، پپسی، آب انگور و آب انار یافت شد و هیچ‌گونه الکلی در هیچ‌یک از نوشیدنی‌ها شناسایی نشد. رشد باکتریایی در اکثر نمونه‌های نوشابه مشاهده نشد، به‌جز در نمونه‌های SD2، SD4، SD5، SD6، SD9، SD12 وSD18. در آب‌میوه‌ها، شمارش باکتری‌ها از عدم رشد در نمونه‌های FJ3، FJ4، FJ8، FJ9 و FJ14 تا ۳ کلنی در ۱۰۰ میلی‌لیتر در FJ5 متغیر بود. رشد مخمر تنها در SD4، SD10، FJ8 و FJ14 مشاهده شد و کپک‌ها درSD1، SD7، SD12، FJ3، FJ12 و FJ15 یافت شدند.<br />نتیجه‌گیری: اکثر نوشابه‌ها و آب‌میوه‌های مورد بررسی با استانداردهای ایمنی و کیفیت عمومی مطابقت داشتند و آلودگی میکروبی محدودی نشان دادند و ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی قابل قبولی داشتند. با این حال، نظارت‌های دوره‌ای و کنترل کیفیت سخت‌گیرانه همچنان برای حفظ ایمنی این نوشیدنی‌های پرمصرف ضروری است. https://jab.uk.ac.ir/article_4828_73235a70c1932c561d8695b5cdd4ddb5.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 2 2025 04 21 Antifungal activity of gold nanoparticles against dermatophytes isolated from infected patients at Nasiriyah educational hospital فعالیت ضد قارچی نانوذرات طلا در برابر درماتوفیت‌های جدا شده از بیماران مبتلا در بیمارستان آموزشی ناصریه 309 324 4829 10.22103/jab.2025.24970.1677 FA صبا ناصر بخش زیست‌شناسی، دانشکده آموزش، دانشگاه ال‌قدسیه، ال‌قدسیه، عراق مجید الشبلی بخش زیست‌شناسی، دانشکده آموزش، دانشگاه ال‌قدسیه، ال‌قدسیه، عراق Journal Article 2025 03 12 Objective<br />Fungal skin infections, particularly those created by dermatophytes, represent a meaningful global public health concern, especially in regions with warm climates and restricted access to antifungal therapies. Dermatophytes are a group of keratinophilic fungi that infect the skin, nails, and hair. Traditional antifungal treatments are often prolonged and may be compromised by resistance or side effects. Recent advancements in nanotechnology have introduced novel antimicrobial agents, containing gold nanoparticles (AuNPs). This research investigates the antifungal efficacy of AuNPs against clinical dermatophyte isolates from patients in Nasiriyah, Iraq, aiming to evaluate their potential as alternative therapeutic agents. Gold nanoparticles are attended promising for addressing a range of medical challenges, containing the treatment of dermatophytic infections.<br /><br />Materials and methods<br />This investigation was conducted in the laboratories of Mazaya College, a private university, applying clinical samples gathered from patients attending the Dermatology Department at Nasiriyah Teaching Hospital, in accordance with official authorization from the Dhi Qar Health Department. Sampling took place between March and September 2023. A total of 100 samples were gathered from male and female patients of numerous age groups suffering from skin fungal infections. Commercially prepared gold nanoparticles were tested at different concentrations to evaluate their antifungal efficacy. The fungal isolates were treated with varying concentrations of AuNPs, and inhibition of growth was measured.<br /><br />Results<br />The results demonstrated that gold nanoparticles inhibited dermatophyte growth in a concentration-dependent manner. At concentrations of 25, 50, 75, and 100 µg/mL, the observed inhibition rates were 36.25%, 59.3%, 78.1%, and 96.35%, respectively. The data indicate that higher concentrations of AuNPs result in remarkably greater antifungal activity. Statistical analysis affirmed that the differences between all tested concentrations were meaningful (p < 0.05).<br /><br />Conclusions<br />This investigation affirms the strong inhibitory effect of gold nanoparticles on dermatophyte growth, with efficacy increasing at higher concentrations. These results support the potential apply of AuNPs as an alternative or adjunct treatment for dermatophytic infections. Further in vivo investigations and clinical trials are recommended to establish their safety, effectiveness, and optimal dosing protocols for clinical application. هدف: عفونت‌های قارچی پوستی، به ویژه آن‌هایی که توسط درماتوفیت‌ها ایجاد می‌شوند، نگرانی قابل توجهی در سلامت عمومی جهانی، به ویژه در مناطقی با آب و هوای گرم و دسترسی محدود به درمان‌های ضدقارچ هستند. درماتوفیت‌ها گروهی از قارچ‌های کراتین‌دوست هستند که پوست، ناخن‌ها و مو را آلوده می‌کنند. درمان‌های ضد قارچی سنتی معمولاً طولانی مدت بوده و ممکن است با مقاومت یا عوارض جانبی همراه باشند. پیشرفت‌های اخیر در نانوتکنولوژی عوامل ضد میکروبی نوینی مانند نانوذرات طلا (AuNPs) را معرفی کرده است. این مطالعه به بررسی اثربخشی ضد قارچی نانوذرات طلا در برابر جدایه‌های بالینی درماتوفیت‌ها از بیماران در ناصریه عراق، با هدف ارزیابی پتانسیل آن‌ها به عنوان عوامل درمانی جایگزین پرداخته است. نانوذرات طلا به عنوان یک گزینه امیدوارکننده برای مقابله با چالش‌های مختلف پزشکی از جمله درمان عفونت‌های درماتوفیتی در نظر گرفته می‌شوند. <br />مواد و روش‌ها: این مطالعه در آزمایشگاه‌های دانشکده Mazaya که یک دانشگاه خصوصی است انجام شد و از نمونه‌های بالینی جمع‌آوری‌شده از بیماران مراجعه‌کننده به بخش پوست بیمارستان آموزشی ناصریه، طبق مجوز رسمی از اداره بهداشت ذی‌قار استفاده شد. نمونه‌برداری بین ماه‌های مارس و سپتامبر 2023 انجام شد. در مجموع 100 نمونه از بیماران مرد و زن در گروه‌های سنی مختلف که از عفونت‌های قارچی پوستی رنج می‌بردند، جمع‌آوری شد. نانوذرات طلا آماده تجاری در غلظت‌های مختلف آزمایش شدند تا اثر ضدقارچی آن‌ها ارزیابی شود. جدایه‌های قارچی با غلظت‌های مختلف نانوذرات طلا درمان شدند و میزان مهار رشد اندازه‌گیری شد.<br />نتایج: نتایج نشان داد که نانوذرات طلا رشد درماتوفیت‌ها را به طور وابسته به غلظت مهار می‌کنند. در غلظت‌های 25، 50، 75 و 100 میکروگرم در میلی‌لیتر، نرخ‌های مهار به ترتیب 25/36%، 30/59%، 10/78% و 35/96% بودند. داده‌ها نشان می‌دهند که غلظت‌های بالاتر نانوذرات طلا منجر به فعالیت ضدقارچی به طور معنی‌داری بالاتر می‌شوند. تحلیل آماری تأیید کرد که تفاوت‌های بین تمام غلظت‌های آزمایش‌شده معنادار است (p < 0.05).<br />نتیجه‌گیری: این مطالعه اثر مهاری قوی نانوذرات طلا بر رشد درماتوفیت‌ها را، با اثربخشی بیشتر در غلظت‌های بالاتر تأیید می‌کند. این یافته‌ها از پتانسیل استفاده از نانوذرات طلا به عنوان درمان جایگزین یا مکمل برای عفونت‌های درماتوفیتی پشتیبانی می‌کنند. پیشنهاد می‌شود مطالعات بیشتر در شرایط In vivo و کارآزمایی‌های بالینی برای تعیین ایمنی، اثربخشی و پروتکل‌های دوز مناسب برای استفاده بالینی انجام شود. https://jab.uk.ac.ir/article_4829_5a81e7cf2395c31483036fb43c62159f.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 2 2025 04 21 Molecular investigation of Tsst, Eta, and Etb Genes in Staphylococcus aureus isolated from impetigo patients among children in Al-Diwaniyah city, Iraq مطالعه مولکولی ژن‌های Tsst، Eta و Etb در باکتری Staphylococcus aureus جدا شده از بیماران مبتلا به زردزخم در میان کودکان شهر دیوانیه عراق 325 342 4830 10.22103/jab.2025.25015.1682 FA عمار الجبوری گروه تجزیه و تحلیل آسیب‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه القادسیه، عراق مجید الشیبلی گروه زیست‌شناسی، دانشکده آموزش، دانشگاه القادسیه، عراق Journal Article 2025 03 22 Objective<br />Staphylococcus aureus is a versatile and opportunistic pathogen responsible for a broad spectrum of human diseases ranging from superficial skin infections to life-threatening systemic situations. Among its many clinical manifestations, impetigo a contagious skin infection primarily affecting children is commonly related with S. aureus as a principal causative agent. The prevalence of S. aureus in skin and soft tissue infections has become a growing public health concern, especially in pediatric populations and in regions with restricted access to advanced healthcare resources. The current investigation aimed to investigate the molecular presence of the tsst, eta, and etb genes in S. aureus isolates achieved from children diagnosed with impetigo in Al-Diwaniyah City,. By combining 16S rRNA gene amplification with virulence gene profiling, this research contributes to a deeper understanding of the molecular epidemiology and pathogenic traits of S. aureus in a vulnerable patient population.<br /><br />Materials and methods<br />This investigation was managed on clinical isolates achieved from children diagnosed with impetigo and attending dermatology clinics in Al-Diwaniyah City, Iraq. Totally 21 swab samples were gathered from infected skin lesions applying sterile cotton swabs. Genomic DNA was extracted from affirmed S. aureus isolates. To affirm the identity of the isolates, PCR was carried out targeting the 16S rRNA gene. The presence of tsst, eta, and etb genes was identified by conventional PCR applying gene-specific primers. <br />Results<br />All Staphylococcus aureus isolates demonstrated a distinct 1,500 bp band upon PCR amplification of the 16S rRNA gene, affirming successful amplification of the target gene. This result also indicated the high quality of the extracted bacterial DNA and the specificity of the primers applied. The conserved nature of the 16S rRNA gene reinforces its reliability as a molecular marker for bacterial identification. In addition, the presence of exfoliative toxin genes (eta, etb, and tsst-1) was evaluated applying PCR. Each gene generated a distinct amplification pattern. Among the 21 clinical isolates, 11 were positive for the tsst-1 gene. The eta and etb genes were also detected but in varying frequencies, suggesting differential distribution of these virulence factors among the isolates.<br /><br />Conclusions <br />This investigation highlights the molecular presence of key virulence genes (tsst-1, eta, and etb) in Staphylococcus aureus isolates from impetigo cases in children. The detection of these toxin genes, particularly the high prevalence of tsst-1, underscores the pathogenic potential of circulating strains and reinforces the importance of molecular screening in clinical diagnostics and infection control strategies. هدف: Staphylococcus aureus یک پاتوژن فرصت‌طلب و همه‌کاره است که مسئول طیف وسیعی از بیماری‌های انسانی، از عفونت‌های سطحی پوست گرفته تا شرایط سیستمیک تهدیدکننده حیات است. یکی از تظاهرات بالینی رایج آن زردزخم است. عفونتی مسری در پوست که عمدتاً کودکان را تحت تأثیر قرار می‌دهد و معمولاً با S. aureus به‌عنوان عامل اصلی بیماری همراه است. شیوع این باکتری در عفونت‌های پوستی و بافت نرم به یک نگرانی رو‌ به ‌رشد در حوزه سلامت عمومی، به‌ویژه در جمعیت‌های کودکان و مناطقی با دسترسی محدود به خدمات درمانی پیشرفته تبدیل شده است. مطالعه حاضر با هدف بررسی حضور مولکولی ژن‌های tsst، eta و etb در جدایه‌های S. aureus به‌دست‌آمده از کودکان مبتلا به زردزخم در شهر دیوانیه عراق انجام شد. <br />مواد و روش‌ها: این مطالعه بر روی جدایه‌های بالینی به‌دست‌آمده از کودکان مبتلا به زردزخم که به درمانگاه‌های پوست در شهر دیوانیه مراجعه کرده بودند انجام شد. در مجموع ۲۱ نمونه سواب از ضایعات پوستی آلوده با استفاده از سواب‌های پنبه‌ای استریل جمع‌آوری گردید. DNA ژنومی از جدایه‌های تأییدشده S. aureus استخراج شد. برای تأیید هویت جدایه‌ها، PCR هدفمند بر روی ژن 16S rRNA انجام گرفت. حضور ژن‌های tsst، eta و etb با استفاده از PCR معمولی و پرایمرهای اختصاصی بررسی شد.<br />نتایج: تمام جدایه‌های S. aureus باند مشخصی به اندازه ۱۵۰۰ جفت باز در PCR مربوط به ژن 1616S rRNA نشان دادند که بیانگر موفقیت‌آمیز بودن تکثیر این ژن هدف بود. این نتیجه همچنین کیفیت بالای DNA باکتریایی استخراج‌شده و اختصاصی بودن پرایمرهای مورد استفاده را نشان داد. ماهیت حفاظت‌شده ژن 16S rRNA آن را به یک نشانگر مولکولی قابل اعتماد برای شناسایی باکتری تبدیل کرده است. علاوه بر این، حضور ژن‌های tsst-1، eta و etb با استفاده از PCR بررسی شد و هر ژن الگوی تکثیر خاصی از خود نشان داد. از میان ۲۱ جدایه بالینی، ۱۱ مورد (۵۲.۴٪) برای ژن tsst-1 مثبت بودند. ژن‌های eta و etb نیز شناسایی شدند، اما با فراوانی‌های متفاوت، که نشان‌دهنده توزیع متفاوت این عوامل ویرولانس در بین جدایه‌هاست.<br />نتیجه‌گیری: این مطالعه حضور مولکولی ژن‌های ویرولانس کلیدی tsst-1، eta و etb را در جدایه‌های S. aureus از موارد زردزخم در کودکان برجسته می‌کند. شناسایی این ژن‌های سمی، به‌ویژه شیوع بالای tsst-1، پتانسیل بیماری‌زایی سویه‌های در گردش را برجسته کرده و اهمیت غربالگری مولکولی در تشخیص‌های بالینی و راهبردهای کنترل عفونت را تقویت می‌کند. https://jab.uk.ac.ir/article_4830_0dfa4ab9374651262eadc58c9615ba68.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 2 2025 04 21 Effect of Mealworm on GBP4L Gene Expression in the Spleen Tissue of Ross Broiler Chickens اثر میلورم بر بیان ژن GBP4L در بافت طحال جوجه‌های گوشتی سویه راس 343 360 4831 10.22103/jab.2025.25277.1714 FA محمدرضا محمدآبادی استاد بخش علوم دامی ، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان محسن افشارمنش دانشیار بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، ایران امین خضری دانشیار بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، ایران حمید خیرالدین استادیار، دانشکده کویرشناسی، دانشگاه سمنان، سمنان، ایران. اولنا بابنکو ایوانیونا بخش علوم دامی، دانشگاه ملی کشاورزی بیلا تسرکوا، بیلا تسرکوا، اکراین. الکساندر بورشچ دانشگاه ملی کشاورزی بیلا تسرکوا، بیلا تسرکوا، اوکراین الکساندر کلاشنیک دانشگاه ملی کشاورزی سومی، سومی، اوکراین الکساندر نچیپورنکو دانشگاه ملی کشاورزی سومی، سومی، اوکراین ولودیمیر آفاناسنکو استادیار، دانشگاه ملی علوم محیطی و زیستی اوکراین، اوکراین ویکتور اسلینکو دانشگاه کشاورزی دولتی پولتاوا، اوکراین. سویتلانا اوسنکو دانشیار، دانشگاه کشاورزی ایالتی پولتاوا، اوکراین Journal Article 2025 05 15 Objective<br />The mealworm (Tenebrio molitor) can be used as both a protein supplement and a prebiotic in poultry diets. It has been shown that its use not only provides environmental benefits and reduces production costs in poultry farms but also improves poultry health. Therefore, the aim of this study was to measure the relative expression of the GBP4L gene in the spleen tissue of Ross broiler chickens under the effect of dietary mealworm supplementation.<br />Materials and methods<br />For this experiment, 20 broiler chicks were randomly divided into two groups of 10 birds each and fed with mealworm as a dietary additive. At the time of slaughter, spleen tissue samples were collected. Total RNA was extracted using a total RNA extraction kit. After RNA extraction and purification, the quantity and quality of the RNA were evaluated using agarose gel electrophoresis and NanoDrop analysis. Complementary DNA (cDNA) was synthesized from the total RNA. To assess the relative expression of the target gene (GBP4L) and the reference gene (GAPDH), Real-Time PCR was performed. Data analysis was carried out using Excel and Prism software.<br />Results<br />The extracted total RNA showed clear and intact 18S and 28S rRNA bands. The RNA exhibited reasonable concentration and was free from protein and alcohol contamination. The amplification and melting curves were standard, and the presence of single bands in gel electrophoresis confirmed the specificity of the reactions. Gene expression analysis indicated that the addition of mealworm to the broiler diet had a significant effect (P < 0.05) on increasing GBP4L gene expression in spleen tissue compared to the control group.<br />Conclusions<br />Based on the findings of this study and comparison with previous research, it can be concluded that dietary supplementation with mealworm can alter the relative expression of GBP4L in the spleen tissue of broiler chickens. This modulation may enhance immune function and increase resistance to heat stress in broilers. Therefore, GBP4L may serve as a key modulator in improving immune responses, paving the way for further research with larger sample sizes and under diverse physiological and environmental conditions. هدف: کرم میلورم (Tenebrio molitor) می‌تواند هم به عنوان مکمل پروتئینی و هم به عنوان یک پری‌بیوتیک در جیره طیور استفاده شود. نشان داده شده که استفاده از آن هم فواید زیست محیطی دارد و هم باعث کاهش هزینه های تولید در مرغداری ها شده و سلامت طیور را افزایش می‌دهد. لذا، هدف این پژوهش اندازه گیری بیان نسبی ژن GBP4L در طحال جوجه‌های گوشتی سویه راس تحت اثر افزودن میلورم به جیره بود. <br />مواد و روش‌ها: <br />برای انجام این آزمایش 20 قطعه جوجه گوشتی در قالب طرح کاملاً تصادفی با 2 گروه، و 10 قطعه جوجه در هر گروه تحت تغذیه با میلورم به‌صورت افزودنی مطالعه شدند و هنگام کشتار از بافت طحال آنها نمونه‌برداری شد. سپس RNA کل با استفاده از کیت استخراج Total RNA استخراج شد. پس از استخراج و تخلیص RNA، کمیت و کیفیت RNA استخراج‌شده با الکتروفورز روی ژل آگارز و روش نانودراپ مورد بررسی قرار گرفت. از روی RNA کل cDNA ساخته شد. برای ارزیابی بیان نسبی ژن هدف (GBP4L) و ژن مرجع (GAPDH) از روش Real-time PCR استفاده شد و نتایج به‌وسیله نرم‌افزارهای Excel و Prism بررسی شد. <br /><br />نتایج: در مطالعه حاضر، RNA کل استخراج‌شده دارای باندهای rRNA 18S و rRNA 28S واضح و کاملاً سالم بود. نتایج نشان‌دهنده RNA با غلظت معقول و فاقد آلودگی پروتئینی و الکلی بودند. استاندارد بودن منحنی‌های تکثیر ژن و منحنی‌های ذوب و وجود تک باند در نتایج حاصل از ژل الکتروفورز نشان‌دهنده اختصاصی عمل کردن واکنش‌ها بود. نتایج بیان ژن نشان داد که افزودن میلورم به جیره غذایی جوجه گوشتی تأثیر معنی‌داری (P < 0.05) بر افزایش بیان ژن GBP4L در بافت طحال در مقایسه با گروه کنترل داشت. <br />نتیجه‌گیری: <br />بر اساس یافته‌های این پژوهش و مقایسه با نتایج سایر پژوهش‌ها می‌توان نتیجه گرفت که با افزودن میلورم به جیره جوجه‌های گوشتی، می‌توان بیان نسبی GBP4L را در بافت طحال تغییر داد و با این تغییر باعث بهبود سیستم ایمنی جوجه های گوشتی شد و آن‌ها را در مقابل استرس گرمایی مقاوم تر نمود. لذا، می توان پیشنهاد داد که GBP4L پتانسیل این را دارد که به عنوان یک مداخله کننده مهم در بهبود سیستم ایمنی نقش ایفا کند و راه را برای انجام پژوهش‌های جدید با نمونه‌های بیشتر و با در نظر گرفتن شرایط فیزیولوژیکی و محیطی متفاوت هموار سازد. https://jab.uk.ac.ir/article_4831_2f46d084443e279c9a951d1e5b41ff3a.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 2 2025 04 21 DNA-based assessment of genetic diversity of olive genotypes using RAPD molecular markers ارزیابی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ‌های زیتون بر اساس DNA با استفاده از نشانگرهای مولکولی RAPD 361 380 4839 10.22103/jab.2025.25161.1695 FA فلاح ح.ر. المیاحی گروه باغبانی و طراحی فضای سبز، دانشکده کشاورزی و تالاب‌ها، دانشگاه ذی‌قار، عراق. Journal Article 2025 04 26 Objective<br />The olive tree (Olea europaea L.), a cornerstone of Mediterranean agriculture, is one of the oldest cultivated fruit species, belonging to the Oleaceae family. Global request for olive oil continues to rise, necessitating enhanced production through the investigation and conservation of genetic diversity. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers offer a simple, rapid, cost-effective, and reproducible method to evaluate genetic variation at both intergeneric and intrageneric levels. This investigation aimed to evaluate the genetic diversity and relationships among olive genotypes in Iraq applying RAPD molecular markers to support breeding and conservation efforts.<br /><br />Materials and methods <br />Managed in 2023 at the Biotechnology Laboratories, Faculty of Agriculture, University of Baghdad, this investigation analyzed ten olive genotypes; Arbequina, Ashrasy, Zaity, Efreny, Leccino, Gemlik, Koroneiki, Dahkan, Alshamy, and Frantoio gathered from diverse geographical regions of Iraq. Genomic DNA was extracted from fresh leaf samples, and genetic diversity was evaluated applying ten RAPD primers: OPA1, OPA8, OPB8, OPC3, OPC7, OPJ5, OPR2, OPV1, OPX4, and OPY3. Polymerase chain reaction (PCR) amplification products were analyzed via gel electrophoresis to identify polymorphic bands.<br /><br />Results<br />The ten RAPD primers generated a total of 98 bands, with OPX4 producing the highest number of bands (13) and OPA1 and OPC3 the lowest (7 each), averaging 9.8 bands per primer. Genetic similarity analysis revealed the closest relationship between Dahkan and Koroneiki, with a similarity coefficient of 0.714, denoting low genetic distance. Cluster analysis, based on the Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA), categorized the genotypes into three main clusters: Cluster 1 (Arbequina, Alshamy, Dahkan, Koroneiki, Ashrasy), Cluster 2 (Leccino, Zaity, Efreny), and Cluster 3 (Gemlik, Frantoio). These groupings reflect distinct genetic profiles among the genotypes. <br /><br />Conclusions<br />This investigation underscores meaningful genetic diversity among Iraqi olive genotypes, providing critical insights for breeding programs aimed at improving yield and resilience. The identified genetic relationships and clustering patterns support targeted germplasm conservation strategies to preserve valuable genetic resources for sustainable olive production in Iraq. هدف: درخت زیتون (Olea europaea L.) که یکی از ارکان کشاورزی مدیترانه‌ای به شمار می‌رود، از کهن‌ترین گونه‌های میوه‌ای کشت‌شده و متعلق به خانواده زیتونیان (Oleaceae) است. با افزایش تقاضای جهانی برای روغن زیتون، نیاز به افزایش تولید از طریق مطالعه و حفاظت از تنوع ژنتیکی بیش از پیش احساس می‌شود. نشانگرهای DNA چندشکلی تکثیر‌شده تصادفی (RAPD) روشی ساده، سریع، مقرون‌به‌صرفه و قابل تکرار برای ارزیابی تنوع ژنتیکی در سطوح بین‌گونه‌ای و درون‌گونه‌ای فراهم می‌کنند. هدف از این مطالعه، ارزیابی تنوع ژنتیکی و روابط بین ژنوتیپ‌های زیتون در عراق با استفاده از نشانگرهای مولکولی RAPD به منظور پشتیبانی از برنامه‌های اصلاحی و حفاظت ژرم‌پلاسم بود.<br />مواد و روش‌ها: این مطالعه در سال ۲۰۲۳ در آزمایشگاه‌های بیوتکنولوژی دانشکده کشاورزی دانشگاه بغداد انجام شد. در این تحقیق، ده ژنوتیپ زیتون شامل Arbequina، Ashrasy، Zaity، Efreny، Leccino، Gemlik، Koroneiki، Dahkan، Alshamy و Frantoio که از مناطق جغرافیایی مختلف عراق جمع‌آوری شده بودند، مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. DNA ژنومی از نمونه‌های برگ تازه استخراج شد و تنوع ژنتیکی با استفاده از ده آغازگر RAPD شاملOPA1، OPA8، OPB8، OPC3، OPC7، OPJ5، OPR2، OPV1، OPX4 و OPY3 ارزیابی گردید. محصولات واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) از طریق الکتروفورز روی ژل برای شناسایی باندهای چندشکلی تحلیل شدند.<br />نتایج: ده آغازگر RAPD مجموعاً ۹۸ باند تولید کردند. آغازگر OPX4 بیشترین تعداد باند (۱۳ باند) و آغازگرهای OPA1 و OPC3 کمترین (هر کدام ۷ باند) را تولید کردند. میانگین تعداد باندها برای هر آغازگر ۹.۸ بود. تحلیل شباهت ژنتیکی نشان داد که ژنوتیپ‌های Dahkan و Koroneiki بیشترین نزدیکی را با ضریب شباهت 714/0 دارند که بیانگر فاصله ژنتیکی پایین بین آن‌هاست. تحلیل خوشه‌ای با استفاده از روش گروه‌بندی بدون وزن با میانگین حسابی (UPGMA) ژنوتیپ‌ها را به سه خوشه اصلی تقسیم کرد: خوشه اول (Arbequina، Alshamy، Dahkan، Koroneiki، Ashrasy)، خوشه دوم (Leccino، Zaity، Efreny ) و خوشه سوم (Gemlik، Frantoio ). این گروه‌بندی‌ها نشانگر پروفایل‌های ژنتیکی متمایز در میان ژنوتیپ‌ها هستند.<br />نتیجه‌گیری: این مطالعه تنوع ژنتیکی قابل توجهی را در میان ژنوتیپ‌های زیتون عراقی نشان می‌دهد و بینش‌های حیاتی برای برنامه‌های اصلاحی با هدف افزایش عملکرد و مقاومت فراهم می‌کند. روابط ژنتیکی شناسایی‌شده و الگوهای خوشه‌ای پشتیبانی‌کننده از راهبردهای هدفمند حفاظت از ژرم‌پلاسم برای حفظ منابع ژنتیکی ارزشمند جهت تولید پایدار زیتون در عراق هستند. https://jab.uk.ac.ir/article_4839_e57ff8dd29eda03e9eef82e60feaea18.pdf