دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Isolation, Cloning, and Sequencing of the aiiA Gene from Paenibacillus polymyxa جداسازی، همسانه‌سازی و توالی‌یابی ژن aiiA از باکتری Paenibacillus polymyxa 1 26 5052 10.22103/jab.2025.25426.1721 FA فائزه خوشبختلو دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه بیماری ‌شناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید مدنی‌ آذربایجان، تبریز، ایران. مقصود پژوهنده دانشیار، گروه بیوتکنولوژی و اصلاح‌نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید مدنی‌ آذربایجان، تبریز، ایران. 0000-0003-1640-8169 اکبر شیرزاد دانشیار، گروه بیماری ‌شناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید مدنی آذربایجان، تبریز، ایران Journal Article 2025 06 11 Objective: <br />The aiiA gene encodes a metalloenzyme known as lactonase, which hydrolyzes acyl-homoserine lactone (AHL) molecules and thereby inhibits the quorum sensing (QS) system in Gram-negative bacteria—a system that plays a central role in their pathogenicity. Various forms of this enzyme have been identified across multiple bacterial genera. The enzyme features a conserved motif essential for metal ion binding and enzymatic activity. A well-characterized example exists in the Bacillus genus, where the gene is 750 base pairs long and encodes a 250-amino acid protein. Paenibacillus, formerly classified within Bacillus, is recognized as a plant growth-promoting bacterium with potent antagonistic activity against plant pathogens, making it a valuable candidate for biotechnological applications.<br />Materials and Methods:<br />In this study, specific primers were designed to detect the presence of the aiiA gene in a bacterial isolate exhibiting traits associated with the Paenibacillus genus. The gene was amplified via PCR and subsequently cloned into the pBluescript II KS (+) plasmid using the restriction enzymes SmaI and BamHI. The recombinant plasmid was confirmed through PCR and enzymatic digestion, after which the construct was submitted for sequencing.<br />Results:<br />Sequencing analysis revealed that the cloned aiiA gene was 756 base pairs in length. BLAST results indicated over 99% similarity with the aiiA sequences found under NCBI accession numbers NZ_CP009909.1 and NZ_CP025957.1, confirming a close relationship between the isolate and Paenibacillus polymyxa. Distance-based analysis and phylogenetic tree construction based on the gene sequence further supported this classification. Moreover, the presence of a conserved domain related to the β-lactamase protein family within the predicted motif of the gene provided additional evidence of its functional role as a lactonase capable of disrupting quorum sensing signals. Structural analysis of the predicted protein reinforced these findings.<br />Conclusion:<br />This study successfully cloned the aiiA gene, highlighting its potential application in developing transgenic plants resistant to bacterial pathogens. Additionally, the sequencing and phylogenetic analyses enabled precise molecular identification of the isolate, which was closely related to P. polymyxa. The isolate’s high potential as a biocontrol agent suggests it could play a key role in sustainable management strategies for bacterial diseases in plants. هدف: ژن aiiA کدکننده متالوآنزیمی به نام لاکتوناز است که با هیدرولیز اسیل هموسرین لاکتون، منجر به مهار سیستم کروم سنسینگ در باکتری‌های گرم‌منفی می‌شود؛ سیستمی که نقش کلیدی در بیماری‌زایی این باکتری‌ها ایفا می‌کند. انواع مختلفی از این آنزیم در باکتری‌های گوناگون شناسایی شده است. نوعی از این آنزیم دارای موتیف محافظت‌شده‌ای است که در اتصال یون‌های فلزی و فعالیت آنزیمی نقش دارد. نمونه‌ای از این آنزیم در جنس Bacillus مشاهده شده است که ژن مربوط به آن با ۷۵۰ جفت باز، پروتئینی با ۲۵۰ اسیدآمینه را کد می‌کند. باکتری Paenibacillus که پیش‌تر در جنس Bacillus طبقه‌بندی می‌شد، به‌عنوان یک باکتری محرک رشد با فعالیت آنتاگونیستی مؤثر علیه بیمارگرهای گیاهی، از پتانسیل بالای بیوتکنولوژیکی برخوردار است.<br />مواد و روش‌ها: در این پژوهش، جهت بررسی حضور ژن aiiA در یک جدایه باکتری با ویژگی‌های مرتبط با جنس Paenibacillus، آغازگرهای اختصاصی این ژن طراحی شدند و پس از تکثیر، محصول PCR با استفاده از آنزیم‌های برشی SmaI و BamHI در پلاسمید pBluescript II KS (+) همسانه‌سازی شد. پس از تأیید صحت پلاسمید نوترکیب و وجود ژن، با استفاده از PCR و آنزیم برشی، نمونه جهت توالی‌یابی ارسال گردید.<br />نتایج: بر اساس نتایج توالی‌یابی، طول ژن aiiA در این جدایه معادل ۷۵۶ جفت باز بود. نتایج Blast نشان داد که این توالی شباهتی بیش از ۹۹ درصد با توالی‌های شماره‌ی دسترسی NZ_CP009909.1 و NZ_CP025957.1 در پایگاه‌ داده NCBI دارد که نشان‌دهنده نزدیکی این جدایه به گونه P. polymyxa می‌باشد. نتایج محاسبه ضریب فاصله و ترسیم درخت فیلوژنتیکی براساس توالی این ژن نیز این قرابت را تأیید کرد. علاوه‌بر این شناسایی دامنه متعلق به خانواده β-Lactamase در موتیف پیشنهادی ژن مذکور، نشان‌دهنده نقش این ژن به‌عنوان یک آنزیم لاکتوناز و توانایی آن در مهار سیگنال‌دهی سیستم کروم سنسینگ می‌باشد. تحلیل ساختار پیشنهادی پروتئین کدشده توسط این ژن نیز نتایج مذکور را تأیید می‌کند.<br />نتیجه‌گیری: نتایج این پژوهش، ضمن انتقال و همسانه‌سازی موفق ژن aiiA به‌منظور استفاده در تولید گیاهان مقاوم به باکتری‌های بیماری‌زا، امکان شناسایی مولکولی دقیق جدایه مورد بررسی را نیز فراهم کرد. شناسایی این جدایه به‌عنوان باکتری نزدیک به گونه P. polymyxa، بیانگر پتانسیل بالای آن در کنترل زیستی بیماری‌های گیاهی است. بر این اساس، این جدایه می‌تواند به‌عنوان یک عامل زیستی مؤثر در راهکارهای پایدار مدیریت بیماری‌های باکتریایی گیاهان مورد بهره‌برداری قرار گیرد. https://jab.uk.ac.ir/article_5052_9bb04dd966357ff40896d7043b4c6043.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Association of Single Nucleotide Polymorphisms in Exon Two of the Leptin Gene with Growth Traits in Lori-Bakhtiari and Zel Sheep شناسایی و ارتباط چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی اگزون دو ژن لپتین با صفات رشد در گوسفندان لری-بختیاری و زل 27 50 5053 10.22103/jab.2025.24374.1630 FA پرویز عزیزی گروه مهندسی علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران. حسین مرادی شهربابک گروه مهندسی علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران. محمد مرادی شهربابک گروه مهندسی علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران. 0000-0002-5255-609X سارا نژادی گروه مهندسی علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران. Journal Article 2024 11 18 Objective<br />Leptin is a product of the obesity gene expression and is mainly produced in adipose tissue. It is also associated with feed intake, growth, and lipid metabolism. The aim of this study was to investigate the polymorphism of the 271 base pair locus, including the entire exon 2 and part of intron 2 of the leptin gene in two sheep breeds, Lori-Bakhtiari and Zel, and to determine the relationship of this locus with growth traits and identify desirable genotypes for these traits in the studied sheep.<br />Materials and methods<br />In this study, blood samples were collected from 373 sheep, including 169 Lori-Bakhtiari lambs from the Sholi Breeding Station in Shahrekord, 74 Lori-Bakhtiari lambs from the industrial slaughterhouse of Farsan County, and 130 Zel sheep from the Shirang Breeding Station in Gorgan County. DNA extraction was performed using an optimized salting-out method. A 271-base pair (bp) fragment encompassing exon 2 and a portion of intron 2 of the leptin gene was amplified via polymerase chain reaction (PCR).<br />Results<br />Analysis of the 271-bp fragment (covering exon 2 and part of intron 2 of the leptin gene) using single-strand conformation polymorphism (SSCP) revealed nine distinct banding patterns. Sequencing of these patterns identified three mutations in this region. The first mutation (A/G 1416) has been previously reported in Iranian sheep breeds. The second mutation, located in the coding region, involves the insertion of a cytosine base (+C 1328), resulting in a truncated protein. The third mutation was found in intron 2, where a thymine-to-guanine substitution occurred at nucleotide 1566 (T/C 1566). The allele frequencies for the first mutation (+C 1328) were 0.552 and 0.935 in Lori-Bakhtiari and Zel sheep, respectively; for the second mutation (A/G 1416), 0.359 and 0.039; and for the third mutation (T/C 1566), 0.179 and 0.065. Comparison of the obtained sequences with those in the NCBI database identified six distinct genotypes.<br />Conclusions<br />Evaluations conducted in this study indicate a significant relationship between the identified genotypes in Lori-Bakhtiari sheep and traits such as birth weight, daily weight gain, cholesterol (p<0.05), and rump width (p<0.01). هدف: پروتئین لپتین محصول بیان ژن چاقی بوده و عمدتا در بافت چربی تولید می‌گردد، همچنین با مصرف خوراک، رشد و متابولیسم لیپیدها مرتبط است. هدف از این پژوهش، بررسی چندشکلی در جایگاه 271 جفت‌بازی شامل کل اگزون 2 و بخشی از اینترون‌ 2 ژن لپتین در دو نژاد گوسفند لری-‌بختیاری و زل و ارتباط این جایگاه‌ با صفات رشد و تعیین ژنوتیپ‌های مطلوب برای این صفات در گوسفندان مورد مطالعه بود.<br />مواد و روش‌ها: در مطالعه انجام شده از 373 راس گوسفند شامل 169 راس بره لری-بختیاری از ایستگاه بهنژادی شولی شهرکرد، 74 راس بره لری-بختیاری از کشتارگاه صنعتی شهرستان فارسان و 130 راس گوسفند نژاد زل ایستگاه بهنژادی شیرنگ شهرستان گرگان خونگیری انجام شد. جداسازی DNA با روش بهینه یافته نمکی انجام گرفته‌است. واکنش زنجیره‌ای پلیمزار جهت تکثیر قطعه 271 جفت بازی دربرگیرنده اگزون دوم و بخشی از اینترون دوم ژن لپتین انجام شد.<br />نتایج: با بررسی قطعه 271 جفت‌بازی (دربرگیرنده اگزون دوم و بخشی از اینترون دوم ژن لپتین) با استفاده از روش تفاوت در شکل فضایی تک رشته‌ای DNA (SSCP) نه الگوی باندی مشاهده شد. پس از توالی یابی الگوهای باندی سه جهش در این بخش شناسایی گردید. جهش اول (A/G) 1416 است که در نژادهای ایرانی نیز دیده شده‌است. جهش دیگر در بخش کدکننده بوده و یک باز سیتوزین وارد توالی می‌گردد (+C 1328) که نتیجه آن تولید پروتئینی ناقص است. سومین جهش در اینترون دوم واقع شده و باز تیمین در نوکلئوتید 1566 به گوانین تبدیل شد. فراوانی‌های آللی در گوسفندان لری-بختیاری و زل به ترتیب برای جهش اول (+C 1328) 552/0 و 935/0، برای جهش دوم (A/G 1416) 359/0 و 039/0و برای جهش سوم (T/C 1566) 179/0 و 065/0 است. از مقایسه توالی‌های حاصله با توالی‌های پایگاه داده NCBI شش ژنوتیپ شناسایی شد. <br />نتیجه‌گیری: ارزیابی‌های انجام شده در این پژوهش نشان می‌دهند بین ژنوتیپ‌های شناسایی شده در نژاد لری-بختیاری با صفات وزن تولد، افزایش وزن روزانه، کلسترول (p<0.05) و عرض بالای دنبه (p<0.01) رابطه معنی‌داری وجود دارد. https://jab.uk.ac.ir/article_5053_fd217c5bd3aa760f252c5c67f2558476.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Evaluation of the in vitro effect of alcoholic extract of Nepeta ispahanica L. leaves on Leishmania major promastigote stage by colorimetric assay بررسی اثر عصاره الکلی برگ پونه کوهی بر روی مرحله پروماستیگوت لیشمانیا ماژور با روش رنگ‌سنجی در مدل برون‌تنی 51 70 5140 10.22103/jab.2025.23410.1567 FA ایمان نیک آئین دانش‌آموخته کارشناسی ارشد، گروه باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه هرمزگان، هرمزگان، ایران و دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران. غلامرضا شریفی گروه مهندسی بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران ایرج شریفی هیات‌علمی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی کرمان، کرمان، ایران Journal Article 2024 05 11 <strong>Objective</strong> Leishmaniasis is one of the most prevalent parasitic unicellular diseases worldwide, which is caused by the <em>Leishmania </em>genus. Currently, pentavalent antimony compounds such as Glucantime and amphotericin B are used to treat cutaneous leishmaniasis. In many cases, herbal remedies have no adverse effects and are both affordable. Therefore, finding an herbal medicine to treat leishmaniasis is one of the global objectives. This study aimed to evaluate the anti-leishmanial activity of <em>Nepeta ispahanica</em><em> L.</em> leaves alcoholic extract on promastigote stage of <em>Leishmania major</em> by <em>in vitro</em> colorimetric method.   <strong>Materials and methods</strong> Different concentrations of <em>Nepeta ispahanica</em><em> L.</em> leaf extract were used against <em>L. major</em> promastigotes compared to amphotericin B. <em>L. major</em> promastigotes were cultured in RPMI-1640 medium supplemented with 10 Percent FBS. Optical absorption (OD) was measured by the ELISA method to determine the 50 Percent inhibitory concentration (IC50) of drugs. Promastigotes were added to the 96-well plate and incubated for 72 h with different concentrations of bay laurel leaf extract and amphotericin B (800, 600, 400, 200, 50, 25, and 10 μg mL^-1). Flow cytometry was used to evaluate apoptosis. All concentrations were incubated in the MTT assay for 3 min and the flow cytometric assay for 2 h. Statistical data were analyzed by Duncan, ANOVA, and SAS software at P≤0.05. <strong> </strong> <strong>Results</strong> In <em>N. ispahanica</em><em> L.</em> leaf extract treatments, the greatest amount of apoptosis (42.47 Percent) was related to treatment of 800 μg mL^-1 concentration. Maximum amount of apoptosis (97.35 Percent) in amphotericin B treatments as positive control was related to treatment 800 μg mL^-1 concentration.  CC₅₀ of Amphotericin B and leaf extract of bay laurel treatments was obtained in 129.6 and 162 μg mL^-1 concentrations, respectively. Inhibitory concentration (IC50) of amphotericin B and <em>N. ispahanica</em><em> L.</em> leaf extract treatments were 18.5 and 2989.5 μg mL^-1 on <em>L. major</em> promastigotes.   <strong>Conclusions</strong> The results showed an increase in dose-dependent apoptosis based on flow cytometric analysis.  Also, the proximity of <em>N. ispahanica</em> <em>L</em>. leaf extract and amphotericin B treatments in apoptosis-like cell death, which increases with increasing drug concentration. According to the IC50 results of <em>N. ispahanica</em><em> L.</em> leaf extract and its high apoptotic efficiency, further studies are needed to evaluate of <em>N. ispahanica</em><em> L.</em> leaf extract on <em>Leishmania</em> parasite and also, to design a clinical setting for this herbal drug. <strong>هدف:</strong> لیشمانیوز یکی از بیماری‌های انگلی است که به‌طور گسترده در جهان توسط تک یاخته‌ای از جنس لیشمانیا ایجاد شده‌است. در حال حاضر جهت درمان لیشمانیوز جلدی از ترکیبات پنج ظرفیتی آنتیموان نظیر گلوکانتیم و آمفوتریسین B استفاده می شود. داروهای گیاهی در بسیاری از موارد فاقد هرگونه عارضه هستند و از طرفی در‌دسترس و ارزان می‌باشند. از این رو پیدا کردن یک داروی گیاهی برای درمان لیشمانیوز یکی از اهداف جهانی است. این مطالعه به‌منظور ارزیابی فعالیت ضد لیشمانیایی عصاره الکلی برگ‌های گیاه دارویی پونه، روی مرحله پروماستیگوت لیشمانیا ماژور با روش رنگ سنجی در شرایط آزمایشگاهی انجام شد. <strong>مواد و روش‌ها:</strong> پروماستیگوت های لیشمانیا ماژور در محیط کشت RPMI-1640 به همراه 10 درصد FBS کشت داده شدند. برای تعیین سمیت عصاره بر سلول‌های ماکروفاژ از روش MTT و خوانش با الایزا و برای تعیین اثر آنتی پروماستیگوتی عصاره از روش بررسی آپوپتوز با فلوسایتومتری استفاده‌‌ شد. میزان CC₅₀ و IC₅₀ از طریق نتایج این دو تست محاسبه شدند و در هر دو تست از آمفوتریسین به عنوان کنترل مثبت استفاده شد. برای این منظور، پروماستیگوت‌ها به همراه غلظت‌های مختلف عصاره برگ گیاه دارویی پونه و آمفوتریسین B بر روی پلیت 96 خانه اضافه و به مدت 72 ساعت انکوبه شدند و سپس ارزیابی‌ها براساس آزمون‌های فوق صورت پذیرفت. داده‌های آماری با استفاده از روش دانکن، ANOVA و نرم افزار SAS در سطح احتمال (05/0≥(P آنالیز شدند. <strong>نتایج:</strong> بیشترین مقدار آپوپتوز مربوط به تیمار800 میکرو‌گرم بر میلی‌لیتر که به‌ترتیب در آمفوتریسین B 35/97 درصد و در عصاره الکلی برگ گیاه دارویی پونه 42/47 درصد بود. غلظتی از دارو که از رشد %50 سلول‌ها جلوگیری می‌کند (CC₅₀)، برای آمفوتریسین B 6/129 و برای عصاره گیاه دارویی پونه 162 میکروگرم بر میلی‌لیتر بود. میزان IC₅₀ پروماستیگوت در آمفوتریسین و عصاره گیاه دارویی پونه به‌ترتیب به‌طور میانگین 5/18 و 01/111 ± 5/2989 میکروگرم بر میلی‌لیتر می‌باشد. <strong>نتیجه‌گیری:</strong> عصاره الکلی برگ گیاه پونه با افزایش غلظت از رشد پروماستیگوت‌ها جلوگیری کرده و در بعضی از غلظت‌ها با یکدیگر و با داروی آمفوتریسین B تفاوت معنی‌داری داشتند. بر‌اساس نتایج فلوسایتومتری، افزایش آپوپتوزیس وابسته به دوز دیده‌شد. با توجه به نتایج CC₅₀ عصاره الکلی برگ گیاه پونه، اثر بخشی بالایی نشان‌داد. لذا مطالعات بیشتر برای ارزیابی تاثیر آن بر روی انگل لیشمانیا در شرایط بالینی بسیار مطلوب است. https://jab.uk.ac.ir/article_5140_b0df68250c6c312dd50d34026660ddd4.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Investigation of molecular diversity of some coriander (Coriandrum sativum L.) populations using RAPD and SCoT markers بررسی تنوع مولکولی برخی از جمعیت‌های گشنیز (Coriandrum sativum L.) با استفاده از نشانگرهای RAPD و SCoT 71 98 5141 10.22103/jab.2025.24705.1650 FA محمد ضابط دانشیار، گروه تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بیرجند، بیرجند، ایران. مریم اکبری کارشناسی ارشد ژنتیک و به‌نژادی گیاهی، گروه تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بیرجند، بیرجند، ایران. علی ایزانلو دانشیار، گروه تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بیرجند، بیرجند، ایران. Journal Article 2025 01 21 Objective <em>Coriandrum sativum</em> is a medicinal plant cultivated in various regions of Iran and worldwide for a long time. With a genomic formula of 2n=2x=22, coriander is a diploid plant, and Iran is the fourth largest producer of this crop in the world. This study aimed to investigate genetic diversity, assess similarities and differences of different coriander populations using RAPD and SCoT markers. <strong>Materials and methods</strong> Sixteen coriander populations were collected from various counties in three provinces: South Khorasan, Yazd, and Kerman. Twelve RAPD primers and 20 SCoT primers were used for molecular diversity analysis. Data analysis was performed using the software packages NTSYSpc2.2, SPSS v26, and Excel 2020. <strong>Results</strong> Of the 12 RAPD primers, 10 showed polymorphism, while 15 of the 20 SCoT primers displayed polymorphisms. In total, RAPD and SCoT primers produced 40 and 86 high-resolution bands, respectively. The polymorphism percentage was 100% for the RAPD and 97.67% for the SCoT markers. The RD6, RD8 (RAPD) and SC11, SC13 (SCoT) primers produced the highest number of bands (5 and 9 bands). The average values for the PIC, MI, EMR, and RP indices were 0.43, 1.69, 4, and 2.81, and 0.38, 2.09, 5.49, and 3.38 for RAPD and SCoT markers, respectively. The highest genetic similarity was found between Kerman-Zarand, Yazd-Bahabad, Sirjan-Baft, Kerman-Baft, and Birjand-Khusf populations. The lowest genetic similarity was observed between Sarbishe-Bahabad, Bahabad-Bam, Birjand-Bahabad, Birjand-Yazd, and Bahabad-Zarand populations. Cluster analysis on RAPD and SCOT data grouped the populations into three clusters.  Principal Coordinate Analysis (PCoA) according to RAPD and SCoT data explained 50.82% and 52.97% of the total variance, respectively. <strong>Conclusions</strong> The markers used in this study effectively distinguished the coriander populations from each other. The high polymorphism rate of the RAPD and SCoT markers demonstrated their efficiency for genetic diversity analysis in coriander populations. Both markers showed similar efficiency, but the SCoT marker slightly outperformed RAPD in distinguishing populations. The low percentage of variation explained by the components indicated that the primers had appropriate distribution across the genome and therefore were well chosen. The results revealed that genetic similarity was relatively high within populations of each province, while lower similarity was observed between populations from different provinces. To maximize diversity and heterosis, crossing populations such as Sarbishe × Bahabad, Bahabad × Bam, Birjand × Bahabad, Birjand × Yazd, and Bahabad × Zarand are recommended. <strong>هدف: </strong>گشنیز یکی از گیاهان دارویی است که از دیرباز در مناطق مختلفی از ایران و جهان کشت می‌گردد. گشنیز با فرمول ژنومی 2n=2x=22، گیاهی دیپلوئید و ایران چهارمین تولید کننده این محصول در جهان است. این تحقیق به منظور بررسی تنوع ژنتیکی، تعیین شباهت و تفاوت جمعیّت‌های مختلف گشنیز با استفاده از نشانگرهای RAPD و SCoT صورت گرفت. <strong>مواد و روش‌ها</strong>: تعداد 16 جمعیت گشنیز از سه استان خراسان جنوبی، یزد و کرمان جمع‌آوری و مورد مطالعه قرار گرفت. در این آزمایش  به ترتیب از  12 آغازگر RAPD و 20 آغازگر SCoT جهت بررسی تنوع مولکولی استفاده شد. در تجزیه داده‌ها از نرم‌افزارهای NTSYSpc.2.2، SPSS.V26 و Excel.2020 استفاده شد. <strong>نتایج</strong><strong>: </strong>از 12 آغازگر RAPD 10 تا و از 20 آغازگر SCoT 15 مورد چندشکلی نشان دادند. در کل، آغازگرهای RAPD و SCoT، به ترتیب ۴۰ و 86 نوار با وضوح بالا تولید نمودند. درصد چندشکلی در نشانگرهای RAPD وSCoT، به ترتیب 100 و 67/97 درصد به دست آمد. آغازگرهای RD6، RD8 و SC11، SC13 بیشترین نوار (۵ و ۹ نوار) را تکثیر نمودند. مقدار متوسط شاخص‌های PIC، MI، EMR و RP برای نشانگرهای RAPD و SCoT به ترتیب برابر با 43/0، 69/1، 4، 81/2 و 38/0، 09/2، 49/5، 38/3 برآورد گردید. بیش‌ترین شباهت‌ ژنتیکی بین کرمان - زرند، یزد – بهاباد، سیرجان – بافت، کرمان – بافت، بیرجند – خوسف و کمترین شباهت‌ ژنتیکی بین سربیشه – بهاباد، بهاباد – بم، بیرجند - بهاباد، بیرجند – یزد، بهاباد - زرند به دست آمد. تجزیه خوشه‌ای بر اساس داده‌های RAPD و SCoT، جمعیت‌های مختلف را در سه خوشه گروه‌بندی نمود. تجزیه به مختصات اصلی بر اساس داده‌های RAPD و SCoT به ترتیب 82/50 و 97/52 درصد از کل واریانس را توجیه کرد. <strong>نتیجه‌گیری</strong>: نشانگرهای مورد استفاده به خوبی توانستند جمعیت‌های گشنیز را از یکدیگر متمایز کنند. نرخ بالای چندشکلی RAPD و SCoT نشان داد که این نشانگرها برای تجزیه تنوع ژنتیکی در جمعیت‌های گشنیز کارآمد است. کارایی دو نشانگر تقریباً یکسان بود، لیکن بر اساس شاخص‌های محاسبه‌شده SCoT کمی بهتر از RAPD در تمایز جمعیت‌ها شناخته شد. توجیه درصد کمی از تغییرات توسط مولفه‌ها نشان داد که آغازگرها پراکندگی مناسبی بر روی ژنوم داشتند و لذا به خوبی انتخاب شده بودند. نتایج نشان داد که درون جمعیت‌های هر استان تشابه ژنتیکی نسبتاً بالا و بین جمعیت‌های استان‌های مختلف تشابه ژنتیکی کمتری وجود داشت. جهت حصول حداکثر هتروزیس، تلاقی جمعیت‌های سربیشه × بهاباد، بهاباد  ×  بم، بیرجند  ×  بهاباد، بیرجند  ×  یزد و بهاباد  ×  زرند توصیه می‌گردد. https://jab.uk.ac.ir/article_5141_29cb20c16a045bddcea17f4c215a5952.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Co-expression network analysis of mRNA-lncRNA in common bean (Phaseolus vulgaris) under salt stress تجزیه و تحلیل شبکه هم بیانی mRNA- lncRNA در لوبیا (Phaseolus vulgaris L.) تحت تنش شوری 99 122 5142 10.22103/jab.2025.25045.1683 FA ستاره میرزاوند دانشجوی دکتری، گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرم آباد، ایران. احمد اسماعیلی استاد، گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرم آباد، ایران. سید سجاد سهرابی استادیار، گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرم آباد، ایران Journal Article 2025 04 03 <strong>Objective</strong> Salinity stress, as one of the most important environmental stresses, has a widespread negative impact on the growth, productivity, and overall yield of most crops, including common bean (<em>Phaseolus vulgaris</em>). However, plants respond to salinity through a wide range of molecular mechanisms, including the regulation of gene expression at multiple levels. Although the mode of action and molecular characteristics of long non-coding RNAs (lncRNAs) remain unknown in many plant species, their role as one of the most influential genetic factors in regulating gene expression in response to various abiotic stresses has been well established. In the present study, lncRNAs were identified in common bean, and an mRNA–lncRNA co-expression network was constructed to investigate the potential regulatory roles of these elements in the salinity stress response. <strong>Materials and methods</strong> RNA-seq data from common bean under salinity stress were used to identify lncRNAs and perform bioinformatic analyses of the co-expression network. After data processing and mapping of clean reads to the bean genome, unmapped reads were used for lncRNA identification. In addition, the relative expression changes of selected identified sequences were validated by qRT-PCR. Salinity stress (150 mM) was applied to bean seedlings at the first trifoliate stage in two groups (control and stress-treated), and leaf samples were collected 72 hours after stress application. <strong>Results</strong> A total of 2,640 sequences were identified as lncRNAs in bean leaves under salinity stress, of which 195 were recorded in three plant lncRNA databases. Among them, three lncRNAs showed significant differential expression. Co-expression network analysis revealed that these lncRNAs were co-expressed with 581 genes, with nine genes being direct targets. Functional analysis of these genes confirmed their roles in pathways such as flavonoid biosynthesis, ribosome, lipid metabolism, and photosynthesis. <strong>Conclusions</strong> Overall, this study is the first report on the identification of lncRNAs in common bean under salinity stress. The findings contribute to a deeper understanding of regulatory mechanisms associated with salinity tolerance in common bean and provide new insights for future research in this field. <strong>هدف:</strong> تنش شوری به عنوان یکی از مهمترین تنش‌های محیطی، به‌طور گسترده بر رشد و بهره‌وری و در مجموع بر عملکرد اغلب محصولات زراعی از جمله لوبیا ‌(<em>Phaseolus vulgaris</em>) تأثیر منفی دارد. با این حال، گیاهان با استفاده از طیف وسیعی از مکانیسم‌های مولکولی، از جمله تنظیم بیان ژن‌ها در سطوح مختلف به تنش شوری پاسخ می‌دهند. هر چند مکانیسم عمل و خصوصیات مولکولی RNA‌های بلند غیرکدکننده‌‌lncRNAs) ) در بسیاری از گیاهان ناشناخته باقی مانده است؛ با این حال نقش این عناصر به عنوان یکی از مؤثرترین عوامل ژنتیکی در تنظیم بیان ژن‌‌‌ها در پاسخ به انواع مختلفی از تنش‌های غیرزیستی اثبات شده است. در پژوهش حاضر با شناسایی LncRNA‌‌‌ها در گیاه لوبیا و ترسیم شبکه هم بیانی mRNA-LncRNA به بررسی نقش احتمالی این عناصر تنظیمی در پاسخ به تنش شوری پرداخته شد. <strong>مواد و روش‌ها:</strong> داده‌های حاصل از توالی‌یابی RNA گیاه لوبیا تحت تنش شوری برای شناسایی ‌lncRNAها و تحلیل‌های بیوانفورماتیکی مربوط به شبکه هم‌بیانی مورد استفاده قرار گرفتند. پس از پردازش داده‌‌‌ها و نقشه‌یابی خوانش‌های تمیز شده علیه ژنوم لوبیا از خوانش‌های نقشه‌یابی نشده برای شناسایی lncRNA استفاده شد. علاوه بر این تغییرات بیان نسبی برخی از توالی‌های شناسایی شده نیز از طریق واکنش qRT-PCR سنجش شد. برای اعمال تنش شوری از گیاهچه‌های سه‌برگی در دو گروه شاهد و تیمار تنش شوری ‌(150 میلی مولار) استفاده شد و نمونه‌برداری از برگ گیاهان 72 ساعت پس از اعمال تنش صورت گرفت. <strong>نتایج:</strong> در مجموع 2640 توالی به‌عنوان lncRNA در برگ لوبیا تحت تنش شوری شناسایی شد که 195 مورد از آن‌ها در سه پایگاه lncRNA گیاهی ثبت شده بودند. از میان آن‌ها سه lncRNA دارای بیان افتراقی معنی‌دار بودند. تحلیل شبکه هم‌بیانی نشان داد که این ‌lncRNAها با 581 ژن هم‌بیان بوده و 9 ژن به‌طور مستقیم هدف آن‌ها بودند. بررسی عملکردی این ژن‌ها نقش آن‌ها را در مسیرهایی چون بیوسنتز فلاونوئیدها، ریبوزوم، لیپید و فتوسنتز تأیید کرد. <strong>نتیجه‌گیری:</strong> به‌طورکلی پژوهش حاضر اولین گزارش از شناسایی lncRNA‌‌‌ها در لوبیا تحت تنش شوری محسوب‌ می‌شود. این پژوهش به درک عمیق‌تری از مکانیسم‌های تنظیمی مرتبط با تحمل شوری در گیاه لوبیا کمک می‌کند و دیدگاه‌های جدیدی برای تحقیقات آینده در این حوزه فراهم می‌آورد. https://jab.uk.ac.ir/article_5142_f7bfce7b103fdf4d2077ada2d72ceba7.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Decoding gene expression dynamics in bovine embryonic development: insights into key regulatory networks and implications for reproductive technologies رمزگشایی الگوی بیان ژن در تکامل جنینی گاو: بینش هایی در مورد شبکه های تنظیمی کلیدی و پیامدهای آن برای فناوری های تولیدمثل 123 150 5143 10.22103/jab.2025.25080.1705 FA زهرا رودباری دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه جیرفت، جیرفت، ایران. فاطمه محمدی نژاد دکتری اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران. مرتضی مختاری دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه جیرفت، جیرفت. ارسلان برازنده دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه جیرفت، جیرفت، ایران. 0000-0001-7716-7624 Journal Article 2025 05 10 <strong>Objective</strong> The expression patterns of development-related genes during bovine embryo development are highly regulated processes influenced by genetic and environmental factors. This study provides novel insights into these patterns, offering an enhanced insight into embryonic development and identifying promising candidates to improve reproductive technologies in bovine breeding. <strong>Materials and methods</strong> We examined gene expression profiles from bovine embryos (GEO accession: GSE18290) using GEO2R to detect genes showing differential expression across critical phases of development: oocyte to 2-cell, 4-cell to 16-cell, and morula to blastocyst. Following this, gene ontology (GO) and KEGG pathway enrichment analyses were conducted to reveal key biological processes linked to the discovered DEGs. Moreover, a protein-protein interaction (PPI) network was built to explore connections among central genes, together with identifying relevant microRNAs (miRNAs) and transcription factors. <strong>Results</strong> The analysis identified differential expression of 2,244 genes (1,026 upregulated, 1,218 downregulated) during the transition from oocyte to 2-cell, 2,379 genes (1,146 upregulated, 1,233 downregulated) across the progression from 4-cell to 16-cell, and 1,544 genes (821 upregulated, 723 downregulated) through the shift from morula to blastocyst periods. GO and KEGG analyses highlighted enriched biological processes such as mRNA catabolism, nonsense-mediated decay, mast cell activation, protein phosphorylation, nerve growth factor signaling, regulation of angiogenesis, MAPK and Rap1 signaling pathways, and protein processing in the endoplasmic reticulum. Key hub genes (<em>HSPA1A</em>, <em>PPARGC1A</em>, <em>AKT2</em>, <em>EGR1</em>, <em>HSDL2</em>) were pinpointed, along with related miRNAs (bta-miR-103a-3p, bta-miR-769-5p) and transcription factors (<em>HSF1</em>, <em>FOXA2</em>, <em>FOXO1</em>, <em>CREB</em>). <strong>Conclusions</strong> Our analysis revealed stage-specific gene expression changes and highlighted key biological pathways and regulatory networks involved in bovine embryonic development. Central hub genes, miRNAs, and transcription factors were identified as potential biomarkers and targets. These findings offer valuable molecular insights that can be applied to improve reproductive technologies and fertility in cattle breeding. <strong>هدف: </strong>الگوهای بیان ژن‌های مرتبط با رشد در طول رشد جنین گاو، فرآیندهای بسیار تنظیم‌شده‌ای هستند که تحت تأثیر عوامل ژنتیکی و محیطی قرار دارند. این مطالعه بینش‌های جدیدی در مورد این الگوها ارائه می‌دهد و بینش پیشرفته‌ای را در مورد رشد جنین و شناسایی کاندیداهای امیدوارکننده برای بهبود فناوری‌های تولید مثل در اصلاح نژاد گاو ارائه می‌دهد. <strong>مواد و روش‌ها: </strong>در تحقیق حاضر، داده‌های بیان ژن مربوط به جنین‌های گاوی با شماره دسترسی (GEO: GSE18290) با استفاده از GEO2R تحلیل شدند تا ژن‌هایی با بیان متفاوت (DEGs) را در مراحل کلیدی رشد از اووسیت تا مرحله ۲ سلولی، مرحله ۴ سلولی تا ۱۶ سلولی، و مورولا تا بلاستوسیت شناسایی شوند. سپس، آنالیز غنی‌سازی ژن (GO) و مسیرهای KEGG به منظور شناسایی فرآیندهای زیستی مهم مرتبط با DEGهای شناسایی شده انجام شد. سپس، شبکه برهمکنش پروتئین-پروتئین (PPI) برای بررسی ارتباطات بین ژن‌های هاب، همراه با شناسایی میکروRNAهای (miRNAها) و فاکتورهای رونویسی مربوطه ساخته شد. <strong>نتایج: </strong>این تجزیه و تحلیل، بیان متفاوت ۲۲۴۴ ژن (1026 ژن بیان بالا، 1218 بیان پایین) را در طول گذر ازمرحله اووسیت به ۲ سلولی، ۲۳۷۹ ژن (۱۱۴۶ ژن افزایش بیان، ۱۲۳۳ ژن کاهش بیان) را در طول پیشرفت از ۴ سلولی به ۱۶ سلولی و ۱۵۴۴ ژن (۸۲۱ ژن افزایش بیان، ۷۲۳ ژن کاهش بیان) را در طول تغییر از دوره‌های مورولا به بلاستوسیست شناسایی کرد. آنالیزهای GO و KEGG فرآیندهای بیولوژیکی غنی‌شده‌ای مانند کاتابولیسم mRNA، تخریب واسطه کدهای بی‌معنی، فعال‌سازی ماست‌سل‌ها، فسفوریلاسیون پروتئین، سیگنال‌دهی فاکتور رشد عصبی، تنظیم رگ‌زایی، سیگنال‌دهی MAPK و Rap1 و پردازش پروتئین شبکه آندوپلاسمی را برجسته کردند. ژن‌های هاب کلیدی، از جمله <em>HSPA1A</em> ، <em>PPARGC1A</em>، <em>AKT2</em>، <em>EGR1</em> و <em>HSDL2</em>، به همراه miRNA های (bta-miR-103a-3p و bta-miR-769-5p) و فاکتورهای رونویسی (<em>HSF1</em>، <em>FOXA2</em>، <em>FOXO1</em> و <em>CREB</em>) مرتبط شناسایی شدند. .<strong> نتیجه‌گیری: </strong>نتایج تجزیه و تحلیل مطالع تغییرات بیان ژن در هر مرحله را نشان داد و مسیرهای بیولوژیکی کلیدی و شبکه‌های تنظیمی دخیل در رشد جنین گاو را برجسته کرد. ژن‌های مرکزی، miRNAها و فاکتورهای رونویسی به عنوان نشانگرهای زیستی و اهداف بالقوه شناسایی شدند. این یافته‌ها بینش‌های مولکولی ارزشمندی را ارائه می‌دهند که می‌توانند برای بهبود فناوری‌های تولید مثلی و باروری در پرورش گاو به کار روند. https://jab.uk.ac.ir/article_5143_ef18f64a9a28d8deb855b14bb59eaf2f.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Automated soybean leaf disease detection using convolutional neural network and machine learning تشخیص خودکار بیماری‌های برگ سویا با استفاده از شبکه عصبی کانولوشنی و یادگیری ماشین 151 168 5144 10.22103/jab.2025.25153.1694 FA سانجی ماته پلی‌تکنیک دولتی دامان، هند. رنوکا سوریوانشی دانشکده علوم و فناوری رایانه، دانشگاه صلح جهانی دکتر ویشوانات کاراد، پونه، هند مینکاشی تالور مؤسسه فناوری اطلاعات AISSMS، پونه، هند. آنکیتا تیداکه دانشکده مهندسی اجینکیا دی.وای. پاتیل، پونه، هند. Journal Article 2025 04 24 Objective<br />Agriculture stays a central driver of economic growth and food security in many developing countries, with soybean serving as one of the most important cash crops worldwide. Owing to its rich nutritional value, soybean is broadly consumed in human diets and livestock feed, and its use as a milk alternative is increasing because of its developed shelf life after processing. Nevertheless, soybean production is often threatened by a broad range of foliar diseases that vary based on soil conditions, climatic factors, and cropping patterns. These diseases create substantial losses in both yield and quality, underscoring the need for effective, automated, and accurate diagnosis techniques. This investigation aims to design and evaluate a soybean leaf disease diagnosis framework by comparing traditional machine learning methods with deep learning approaches.<br />Materials and methods<br />A curated dataset of 1,500 soybean leaf images covering multiple disease categories was utilized, divided into an 80:20 ratio for training and testing. Prior to model training, the images underwent preprocessing steps like resizing, grayscale conversion, histogram equalization, and segmentation to improve feature extraction. Two approaches were implemented: a support vector machine (SVM) with handcrafted features representing traditional machine learning, and a custom convolutional neural network (CNN) representing deep learning. The CNN was designed with three convolutional layers, max-pooling, and fully connected layers, incorporating data augmentation, dropout regularization, and adaptive learning rate tuning. Hyperparameter optimization was carried out to further raise efficiency.<br />Results<br />The proposed CNN achieved a validation accuracy of 100%, meaningfully outperforming the SVM classifier, which reached only 44.44%. Although minor indications of overfitting were observed, the CNN maintained robust generalization capability across varied leaf samples, demonstrating its reliability in practical applications.<br />Conclusions<br />The outcomes clearly establish the superiority of deep learning over conventional machine learning methods for plant disease recognition. Future study will centralize on employing transfer learning with pre-trained networks, as well as developing real-time diagnosis systems applying mobile applications integrated with IoT sensors. The proposed framework supplies a scalable and reliable pathway toward precision agriculture, proposing substantial benefits for sustainable crop management and improved productivity. هدف: کشاورزی همچنان یکی از عوامل اصلی رشد اقتصادی و امنیت غذایی در بسیاری از کشورهای در حال توسعه به شمار می‌رود و سویا یکی از مهم‌ترین محصولات نقدی در جهان محسوب می‌شود. به دلیل ارزش غذایی بالای آن، سویا به طور گسترده در رژیم‌های غذایی انسانی و خوراک دام مصرف می‌شود و استفاده از آن به عنوان جایگزین شیر نیز به دلیل ماندگاری بیشتر پس از فرآوری رو به افزایش است. با این حال، تولید سویا اغلب در معرض طیف وسیعی از بیماری‌های برگی قرار دارد که بسته به شرایط خاک، عوامل اقلیمی و الگوهای کشت متفاوت هستند. این بیماری‌ها باعث کاهش چشمگیر در عملکرد و کیفیت محصول می‌شوند و ضرورت استفاده از روش‌های تشخیص کارآمد، خودکار و دقیق را برجسته می‌سازند. هدف این مطالعه طراحی و ارزیابی یک چارچوب تشخیص بیماری برگ سویا از طریق مقایسه روش‌های سنتی یادگیری ماشین با رویکردهای یادگیری عمیق است.<br />مواد و روش‌ها: یک مجموعه‌داده انتخاب‌شده شامل ۱۵۰۰ تصویر برگ سویا در دسته‌های مختلف بیماری به کار گرفته شد که به نسبت ۸۰:۲۰ برای آموزش و آزمون تقسیم گردید. پیش از آموزش مدل‌ها، تصاویر تحت پردازش‌های اولیه نظیر تغییر اندازه، تبدیل به طیف خاکستری، همسان‌سازی هیستوگرام و بخش‌بندی قرار گرفتند تا استخراج ویژگی بهبود یابد. دو رویکرد پیاده‌سازی شد: ماشین بردار پشتیبان (SVM) با ویژگی‌های استخراج‌شده به صورت دستی که نمایانگر یادگیری ماشین سنتی است، و یک شبکه عصبی کانولوشنی (CNN) سفارشی که نمایانگر یادگیری عمیق است. شبکه CNN با سه لایه کانولوشنی، لایه‌های بیشینه‌برداری (max-pooling) و لایه‌های کاملاً متصل طراحی شد و از تکنیک‌های افزایش داده، منظم‌سازی Dropout و تنظیم تطبیقی نرخ یادگیری استفاده گردید. همچنین بهینه‌سازی ابرپارامترها برای ارتقای عملکرد انجام شد.<br />نتایج: شبکه CNN پیشنهادی به دقت اعتبارسنجی ۱۰۰٪ دست یافت که به طور قابل توجهی بهتر از طبقه‌بند SVM با دقت 44/44% بود. اگرچه نشانه‌های جزئی بیش‌برازش مشاهده شد، اما CNN توانست قابلیت تعمیم قوی خود را در میان نمونه‌های متنوع برگ حفظ کند و قابلیت اطمینان آن در کاربردهای عملی را نشان دهد.<br />نتیجه‌گیری: یافته‌ها برتری آشکار یادگیری عمیق نسبت به روش‌های متداول یادگیری ماشین در شناسایی بیماری‌های گیاهی را تأیید می‌کنند. پژوهش‌های آینده بر استفاده از یادگیری انتقالی با شبکه‌های از پیش آموزش‌دیده و توسعه سامانه‌های تشخیص بلادرنگ مبتنی بر برنامه‌های تلفن همراه همراه با حسگرهای اینترنت اشیا متمرکز خواهد بود. چارچوب پیشنهادی مسیری مقیاس‌پذیر و قابل اعتماد برای کشاورزی فراهم می‌کند و مزایای قابل توجهی برای مدیریت پایدار محصولات و بهبود بهره‌وری در پی خواهد داشت. https://jab.uk.ac.ir/article_5144_b1c3ab7f131eb6c37e6907d331c72d71.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Enhancement of low-fat spreadable processed cheese with sesame proteins: evaluation of quality and purity characteristics بهبود پنیر فرآوری‌شده کم‌چرب قابل‌پخش با استفاده از پروتئین‌های کنجد: ارزیابی ویژگی‌های کیفی و خلوص 169 186 5054 10.22103/jab.2025.25821.1758 FA صالح ح. عباده وزارت کشاورزی، اداره کشاورزی بابل، حله، عراق و دانشکده علوم غذایی، دانشگاه سبز القاسم، 51013، بابل، عراق 0000-0002-2204-6750 ضیاء ابراهیم جرو البدریانی دانشکده علوم غذایی، دانشگاه سبز القاسم، 51013، بابل، عراق Journal Article 2025 08 27 Objective<br />Fat is the primary component affecting both the energy content and functional properties of cheese. Consequently, the development of low-fat functional foods continues to attract meaningful interest from researchers and the food industry. However, reducing fat and increasing protein content in processed cheese typically leads to greater brittleness and reduced elasticity, spreadability, and solubility. This investigations examined the effect of incorporating sesame proteins at varying concentrations as fat substitutes in a spreadable low-fat processed cheese mixture, with a centralize on physicochemical, rheological, sensory, and clearance characteristics.<br /><br />Materials and Methods<br />Full-fat cheddar cheese combined with full-fat soft cheese served as the positive control, while a blend of full-fat cheddar cheese and low-fat soft cheese served as the negative control. Sesame protein was added as a fat replacer in different proportions (T1, T2, and T3) at concentrations of 1.5%, 3.0%, and 4.5%, respectively. Chemical analyses included determination of moisture, protein, fat, ash, carbohydrate content, total acidity, and pH. Rheological evaluations encompassed hardness, adhesiveness, and flexibility, while sensory analysis and clearance percentage were also evaluated.<br /><br />Results<br />Cheese samples with sesame protein exhibited lower moisture content than the negative control, while protein levels were closer to those of the positive control. Carbohydrate, ash, and total acidity levels improved in the replacement treatments, whereas fat content and pH decreased. Texture analyses demonstrated improvements in hardness, adhesion, and flexibility, accompanied by increased sensory attributes and higher clearance percentages relative to both controls. SDS-PAGE analysis affirmed the successful incorporation of sesame proteins (20–50 kDa range), with band intensity increasing in proportion to substitution level, while preserving the structural integrity of milk proteins, containing α-, β-, and κ-caseins.<br /><br />Conclusion<br />The incorporation of sesame proteins as fat substitutes improved the physicochemical, rheological, and sensory qualities of low-fat spreadable processed cheese while maintaining protein integrity. These results highlight the potential of sesame proteins as effective fat replacers, proposing a hopeful approach for expanding nutritionally improved and consumer-acceptable low-fat cheese products. هدف: چربی اصلی‌ترین جزء تعیین‌کننده در میزان انرژی و ویژگی‌های عملکردی پنیر است. از این‌رو، توسعه مواد غذایی کم‌چرب عملکردی همچنان مورد توجه جدی پژوهشگران و صنعت غذا قرار دارد. با این حال، کاهش چربی و افزایش پروتئین در پنیر فرآوری‌شده معمولاً موجب شکنندگی بیشتر و کاهش خاصیت کشسانی، قابلیت پخش و حلالیت می‌شود. در این پژوهش، اثر افزودن پروتئین‌های کنجد در غلظت‌های مختلف به‌عنوان جایگزین چربی در پنیر فرآوری‌شده کم‌چرب قابل‌پخش، با تمرکز بر ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی، رئولوژیکی، حسی و شاخص خلوص مورد بررسی قرار گرفت.<br />مواد و روش‌ها: پنیر چدار پرچرب به همراه پنیر نرم پرچرب به‌عنوان شاهد مثبت و ترکیب پنیر چدار پرچرب با پنیر نرم کم‌چرب به‌عنوان شاهد منفی استفاده شد. پروتئین کنجد در مقادیر مختلف (T1، T2 و T3) با غلظت‌های 1.5%، 3.0% و 4.5% به‌عنوان جایگزین چربی افزوده شد. آنالیزهای شیمیایی شامل تعیین رطوبت، پروتئین، چربی، خاکستر، کربوهیدرات، اسیدیته کل و pH بود. ارزیابی‌های رئولوژیکی شامل سختی، چسبندگی و انعطاف‌پذیری و همچنین آزمون حسی و درصد خلوص انجام گرفت.<br />نتایج: نمونه‌های پنیر حاوی پروتئین کنجد نسبت به شاهد منفی رطوبت کمتری داشتند، در حالی که میزان پروتئین آن‌ها نزدیک‌تر به شاهد مثبت بود. میزان کربوهیدرات، خاکستر و اسیدیته کل در تیمارهای جایگزین افزایش یافت، در حالی که مقدار چربی و pH کاهش یافت. تجزیه بافتی نشان‌دهنده بهبود در سختی، چسبندگی و انعطاف‌پذیری بود که با ارتقای ویژگی‌های حسی و درصد خلوص بالاتر در مقایسه با هر دو شاهد همراه شد. آزمون SDS-PAGE ادغام موفق پروتئین‌های کنجد (در محدوده 20-50 کیلو دالتون) را تأیید کرد؛ شدت باندها متناسب با سطح جایگزینی افزایش یافت و در عین حال یکپارچگی پروتئین‌های شیر از جمله α-، β- و κ-کازئین‌ها حفظ شد.<br />نتیجه‌گیری: افزودن پروتئین‌های کنجد به‌عنوان جایگزین چربی موجب بهبود ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی، رئولوژیکی و حسی پنیر فرآوری‌شده کم‌چرب قابل‌پخش شد، در حالی که یکپارچگی پروتئینی حفظ گردید. این یافته‌ها پتانسیل پروتئین‌های کنجد را به‌عنوان جایگزین مؤثر چربی نشان داده و راهکاری نویدبخش برای تولید محصولات پنیر کم‌چرب با ارزش تغذیه‌ای بالاتر و پذیرش مطلوب مصرف‌کننده ارائه می‌دهد. https://jab.uk.ac.ir/article_5054_352e284321a2a4914aa79f402503976b.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Estimates of Genetic Parameters of Growth Traits in Rayeni Cashmere Goat Using Restricted Maximum Likelihood and Bayesian برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات رشد در بز کرکی راینی با استفاده از روش های آماری حداکثر درستنمایی محدود شده و بیزی 187 204 5145 10.22103/jab.2025.24971.1678 FA معصومه محمودی بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران مسعود اسدی فوزی دانشیار بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران. محمود هنرور گروه علوم دامی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهر قدس، تهران، ایران مهدیه منتظری بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران Journal Article 2025 03 12 <strong>Objective</strong> The restricted maximum likelihood method and the Bayesian method are widely used to estimate the genetic parameters of economic traits in livestock. This research aims to compare the results of genetic analysis of growth traits in Rayeni cashmere goats using these two methods. This breed is mainly bred in Kerman Province, Iran. <strong>Materials and methods</strong> In this research, individual records and pedigree information of the growth traits of Rayeni cashmere goats that were collected from 1370 to 1385 in the breeding station of Rayeni cashmere goats located in Baft City, Kerman province, were used. The traits studied in this research included body weight at birth, three, six, and nine months. Univariate animal model for estimating the variance components and genetic parameters of these traits using two methods, including restricted maximum likelihood and Bayesian-based Gibbs sampling, was used. <strong>Results</strong> Fixed effects, including age, sex, age of dam, type of birth, the effect of year and month of birth, and random effects including additive genetic effect and maternal genetic effects, were significant for all traits. The direct heritability of growth traits from birth to nine was estimated using the restricted maximum likelihood method as 0.18, 0.14, 0.08, and 0.10, and using the Bayesian method as 0.17, 0.08, 0.09, and 0.19, respectively. Maternal heritability of growth traits was also estimated from birth to nine months using the restricted maximum likelihood method as 0.18, 0.08, 0.09, and 0.09, respectively, and using the Bayesian method as 0.17, 0.06, 0.06, and 0.13, respectively. <strong>Conclusions</strong> The results of this research showed that the efficiency of the two methods of restricted maximum likelihood and Bayesian-based Gibbs sampling for genetic analysis is affected by the amount of data used. In situations such as birth weight, when there is a sufficient record with a suitable structure, both methods have good and similar performance, and each of these two methods can be used; otherwise, the efficiency of both methods will decrease. Therefore, it is necessary to design and implement animal breeding programs where a sufficient number of records with a suitable pedigree structure are collected for the investigated traits. <strong>هدف:</strong> هدف از پژوهش کنونی مقایسه نتایج حاصل از آنالیز ژنتیکی صفات رشد در بز کرکی راینی با استفاده از روش حداکثر درستنمایی محدود شده و همچنین روش بیزی می‌‌‌‌‌باشد که برای برآورد پارامتر های ژنتیکی صفات اقتصادی در دام ها بطور وسیع بکار برده می‌شوند. <strong>مواد و روش‌ها:</strong> در پژوهش کنونی از رکوردهای انفرادی و اطلاعات شجره‌ای صفات رشد بز کرکی راینی استفاده شد که طی سال­های ١٣٧٠ تا ١٣٨٥ در ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد بز کرکی راینی واقع در شهرستان بافت، استان کرمان، جمع آوری شده بودند. صفات مورد مطالعه در این تحقیق شامل وزن بدن در زمان تولد، سه، شش و نه ماهگی بودند. مدل حیوانی تک صفتی برای برآورد مؤلفه­های واریانس و پارامترهای ژنتیکی این صفات با استفاده از دو روش­ حداکثر درستنمایی محدود شده و بیزی مبتنی بر نمونه­گیری گیبس استفاده‌شد. <strong>نتایج:</strong> اثرات ثابت شامل سن، جنس، نوع تولد، سال و ماه تولد و سن مادر و اثرات تصادفی شامل اثرت ژنتیکی افزایشی و اثرات ژنتیکی مادری برای تمامی صفات معنی­دار بودند. وراثت­پذیری مستقیم صفات رشد از تولد تا نه ماهگی با استفاده از روش حداکثر درستنمایی محدود شده به ترتیب برابر04/0 ± 18/0، 05/0 ± 14/0، 07/0 ± 08/0 و 08/0 ± 10/0 و با استفاده از روش بیزی به ترتیب برابر 04/0 ± 17/0، 05/0 ± 08/0، 06/0 ± 09/0 و 08/0 ± 19/0 برآورد گردید. همچنین وراثت­پذیری مادری صفات رشد از تولد تا نه ماهگی با استفاده از روش حداکثردرستنمایی محدود شده به ترتیب برابر 04/0 ± 18/0، 06/0 ± 08/0، 07/0 ± 09/0 و 08/0 ± 09/0 و با استفاده از روش بیزی به ترتیب برابر 04/0 ± 17/0، 05/0 ± 06/0، 07/0 ± 06/0 و 08/0 ± 13/0  برآورد گردید. <strong>نتیجه‌گیری:</strong> نتایج حاصل از پژوهش کنونی نشان داد که کارایی دو روش حداکثر درستنمایی محدود شده و بیزی مبتنی بر نمونه‌گیری گیبس برای آنالیز ژنتیکی متأثر از حجم داده‌های مورد استفاده است. در صفاتی مثل وزن تولد که رکورد به اندازه کافی و با ساختار مناسب وجود داشته باشد، هر دو روش کارایی خوب و مشابهی دارند و می‌توان از هرکدام از این دو روش استفاده نمود. در غیر این‌‍صورت بازدهی هر دو روش کاهش می‌یابد. بنابراین لازم است طراحی و اجرای برنامه‌های اصلاح نژاد دام به‌گونه‌ای باشد که برای صفات مورد بررسی، تعداد کافی رکورد با ساختار مناسب شجره جمع آوری گردد. https://jab.uk.ac.ir/article_5145_03f295e4e8a8275b43ba62ecfff02b37.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Effects of Rosmarinic acid on viability and proliferation of breast cancer cell lines تأثیر اسید روزمارینیک بر زنده‌مانی و تکثیر رده‌های سلولی سرطان پستان 205 222 5139 10.22103/jab.2025.26174.1789 FA رافیف امان محمد گروه علوم زیستی، دانشکده علوم، دانشگاه فناوری مالزی (UTM)، اسکودای، جوهور، مالزی. 0000-0002-8380-7939 خضر رحیم عبیس گروه میکروب‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم الخضراء، بابل، عراق. پراسیثا پراپهاکاران گروه علوم زیستی، دانشکده علوم، دانشگاه فناوری مالزی (UTM)، اسکودای، جوهور، مالزی. Journal Article 2025 10 23 Objective<br />Breast cancer is one of the most common malignant cancers in women in the world. This cancer has molecular and clinical heterogeneity, so there are still many therapeutic challenges for it. An appropriate strategy must be found for each specific molecular subtype. On the other hand, the side effects of drugs and the resistance they create have caused scientists to seek safer and more effective therapeutic options. One of the leading compounds for this disease is a natural polyphenolic compound called rosmarinic acid (RA). This compound has significant anticancer properties. Because it induces apoptosis and modulates oncogenic signaling pathways with minimal toxicity to normal cells and inhibits tumor proliferation. Therefore, the aim of this study was to investigate the effects of rosmarinic acid on cell survival, proliferation, and morphology in breast cancer cell lines MCF-7 (luminal A subtype) and MDA-MB-231 (triple negative subtype).<br />Materials and methods<br />The Alamar Blue and BrdU incorporation assays across a range of RA concentrations (0–200 µM) was used to quantify cell viability and proliferation. The assessment of morphological alterations indicative of cytotoxicity and apoptosis was performed using microscopic examination. To measure the sensitivity of cell lines to RA, half-maximal inhibitory concentration (IC50) values were measured for both cell lines.<br />Results<br />MCF-7 cells were shown to be more sensitive to RA. They also showed a greater decrease in cell viability and proliferation at lower concentrations compared to MDA-MB-231 cells. Morphological observations revealed that MCF-7 cells exhibited features of apoptosis, including cell shrinkage and membrane blebbing. However, a relative resistance was observed, with an IC50 value of 140 μM for MDA-MB-231 cells compared to an IC50 value of 120 μM for MCF-7 cells. Elongation and a nerve-like morphology without significant cell death were observed for MDA-MB-231 cells at intermediate concentrations (140–160 μM). This difference in response can probably be imputed to the aggressive phenotype and cancer stem cell population that are characteristic of triple-negative breast cancer (TNBC).<br />Conclusions<br />From the results of this study, it can be concluded that RA has different cytotoxic effects on breast cancer subtypes and is more effective against luminal A cells. Therefore, it can be said that RA has a great potential for further mechanistic and preclinical research to develop and introduce safer and plant-derived therapeutic options for the management of breast cancer. هدف: سرطان پستان یکی از شایع‌ترین سرطان‌های بدخیم در میان زنان جهان است. این سرطان از نظر مولکولی و بالینی ناهمگن است، از این‌رو هنوز چالش‌های درمانی متعددی برای آن وجود دارد. برای هر زیرگونه مولکولی خاص باید راهبرد درمانی مناسب یافت شود. از سوی دیگر، عوارض جانبی داروها و مقاومت دارویی ناشی از آنها، پژوهشگران را به سوی یافتن گزینه‌های درمانی ایمن‌تر و مؤثرتر سوق داده است. یکی از ترکیبات برجسته در این زمینه، ترکیب طبیعی پلی‌فنولی موسوم به اسید روزمارینیک (RA) است. این ترکیب دارای خواص ضدسرطانی قابل‌توجهی است؛ زیرا با سمیت حداقل بر سلول‌های طبیعی، مرگ برنامه‌ریزی‌شده سلول (آپوپتوز) را القا کرده و مسیرهای سیگنال‌دهی سرطان‌زا را تعدیل می‌کند و در عین حال، از تکثیر تومور جلوگیری می‌نماید. بر این اساس، هدف این پژوهش بررسی اثرات اسید روزمارینیک بر زنده‌مانی، تکثیر و مورفولوژی رده‌های سلولی سرطان پستان MCF-7 (زیرگروه لومینال A) و MDA-MB-231 (زیرگروه سه‌گانه منفی) بود.<br />مواد و روش‌ها: آزمون‌های Alamar Blue و BrdU incorporation در بازه غلظتی ۰ تا ۲۰۰ میکرومولار از RA به‌منظور سنجش زنده‌مانی و تکثیر سلولی به‌کار رفت. ارزیابی تغییرات مورفولوژیک نشانگر سمیت سلولی و آپوپتوز از طریق مشاهده میکروسکوپی انجام شد. برای تعیین حساسیت رده‌های سلولی به RA، مقادیر غلظت بازدارنده نیمه‌حداکثری (IC50) برای هر دو رده اندازه‌گیری شد.<br />نتایج: نتایج نشان داد که سلول‌های MCF-7 حساسیت بیشتری نسبت به RA دارند و کاهش قابل‌توجه‌تری در زنده‌مانی و تکثیر سلولی در غلظت‌های پایین‌تر نسبت به سلول‌های MDA-MB-231 نشان دادند. مشاهدات مورفولوژیک حاکی از بروز ویژگی‌های آپوپتوتیک، از جمله کوچک شدن سلول و برجستگی غشایی (membrane blebbing) در سلول‌های MCF-7 بود. در مقابل، مقاومت نسبی در سلول‌های MDA-MB-231 مشاهده شد؛ به‌طوری‌که مقدار IC50 برای این سلول‌ها ۱۴۰ میکرومولار و برای سلول‌های MCF-7 حدود ۱۲۰ میکرومولار بود. در غلظت‌های میانی (۱۴۰-۱۶۰ میکرومولار)، سلول‌های MDA-MB-231 کشیده و دارای مورفولوژی شبیه سلول‌های عصبی شدند، بدون آنکه مرگ سلولی قابل‌توجهی مشاهده شود. این تفاوت در پاسخ احتمالاً ناشی از فنوتیپ تهاجمی و جمعیت سلول‌های بنیادی سرطانی است که از ویژگی‌های ذاتی سرطان پستان سه‌گانه منفی (TNBC) به شمار می‌رود.<br />نتیجه‌گیری: بر اساس نتایج این پژوهش می‌توان نتیجه گرفت که اسید روزمارینیک اثرات سیتوتوکسیک متفاوتی بر زیرگونه‌های سرطان پستان دارد و بر سلول‌های نوع لومینال A مؤثرتر است. بنابراین، می‌توان گفت که RA پتانسیل بالایی برای انجام پژوهش‌های مکانسیتی و پیش‌بالینی بیشتر دارد تا به‌عنوان گزینه‌ای ایمن‌تر و گیاه‌مبنا برای درمان سرطان پستان معرفی شود. https://jab.uk.ac.ir/article_5139_ed7de0548748b7a02ea58d548fbee974.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Determining the main flavor compounds of cheddar cheese produced from Cow’s and Goat’s milk through GC-MS analysis and studying protein behavior by SDS-PAGE تعیین ترکیبات اصلی طعم‌دهنده پنیر چدار تولیدشده از شیر گاو و بز با استفاده از آنالیز GC-MS و بررسی رفتار پروتئین‌ها به روش SDS-PAGE 223 246 5070 10.22103/jab.2025.25820.1757 FA فاطمه محمد علی الحسناوی گروه علوم و فناوری لبنیات، دانشکده علوم غذایی، دانشگاه سبز القاسم، بابل، عراق. 0000-0002-8380-7939 ضحی ابراهیم جرو البدریانی گروه علوم و فناوری لبنیات، دانشکده علوم غذایی، دانشگاه سبز القاسم، بابل، عراق. Journal Article 2025 08 26 Objective<br />Flavor compounds represent one of the most important attributes of food quality, as they directly affect consumer preference and product acceptance. Aroma and flavor are generated by volatile compounds released during consumption and are essential criteria in evaluating both the sensory and commercial value of foods. Cheese, in special, develops a highly complex aroma that outcomes from a broad range of biochemical and microbiological processes occurring during manufacture and ripening. Cheddar cheese, one of the most broadly consumed varieties, undergoes extensive biochemical transformations that strongly impress its flavor profile. This investigation aimed to identify and describe the major volatile compounds in cheddar cheese made from cow’s and goat’s milk via gas chromatography–mass spectrometry (GC-MS) analysis and to evaluate proteolysis and protein degradation patterns in both cheese types applying sodium dodecyl sulfate–polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE).<br />Materials and methods<br />Cheddar cheese samples were generated from modified cow’s milk (T1) and modified goat’s milk (T2). Both cheeses were ripened in controlled chambers at 13 °C for a period of six months. Sampling was carried out at 1, 60, 120, and 180 days of ripening. GC-MS was applied to detect, identify, and classify volatile flavor compounds, while SDS-PAGE was employed to evaluate protein breakdown and quantify the extent of proteolysis.<br />Results<br />The GC-MS analysis demonstrated that both cow’s and goat’s milk cheeses contained diverse volatile compounds, although differences were observed in their concentration and distribution. The compounds were classified into five major groups: esters, carboxylic acids, alcohols, hydrocarbons, and ketones. Specific compounds within these categories were recognized as the main contributors to cheddar cheese flavor. Electrophoresis outcomes disclosed that proteolysis improved progressively during ripening, with meaningful differences observed between cow’s and goat’s milk cheeses. Goat’s milk cheddar showed more pronounced β-casein degradation compared to cow’s milk cheddar. The highest level of protein breakdown occurred at 120 days of ripening, after which the rate of degradation stabilized.<br />Conclusion<br />The outcomes of this investigation illustrate that the type of milk applied in cheddar cheese manufacture has a substantial impact on both flavor compound composition and protein degradation patterns. Goat’s milk cheddar exhibited a more intense proteolysis and distinctive volatile profile compared to cow’s milk cheddar, emphasizing the role of milk composition in shaping the sensory characteristics of ripened cheeses. هدف: ترکیبات طعم‌دهنده یکی از مهم‌ترین ویژگی‌های کیفی مواد غذایی به شمار می‌روند، زیرا مستقیماً بر ترجیحات مصرف‌کننده و پذیرش محصول اثر می‌گذارند. رایحه و طعم از ترکیبات فرّاری که هنگام مصرف آزاد می‌شوند ایجاد شده و معیارهای اساسی در ارزیابی ارزش حسی و تجاری غذاها هستند. پنیر به‌ویژه، عطری بسیار پیچیده ایجاد می‌کند که حاصل طیف گسترده‌ای از فرآیندهای بیوشیمیایی و میکروبیولوژیکی در طول تولید و رسیدگی است. پنیر چدار، که از پرمصرف‌ترین انواع پنیر به شمار می‌آید، دگرگونی‌های بیوشیمیایی گسترده‌ای را طی می‌کند که به‌طور چشمگیری بر پروفایل طعمی آن اثر می‌گذارد. هدف این پژوهش شناسایی و توصیف ترکیبات فرّار اصلی در پنیر چدار تهیه‌شده از شیر گاو و بز با استفاده از کروماتوگرافی گازی-طیف‌سنجی جرمی (GC-MS) و همچنین ارزیابی الگوهای پروتئولیز و تجزیه پروتئین‌ها در هر دو نوع پنیر به روش الکتروفورز ژل پلی‌آکریل‌آمید-سولفات دو دسیل سدیم (SDS-PAGE) بود.<br />مواد و روش‌ها: نمونه‌های پنیر چدار از شیر گاو اصلاح‌شده (T1) و شیر بز اصلاح‌شده (T2) تهیه شدند. هر دو نوع پنیر به‌مدت شش ماه در اتاق‌های کنترل‌شده در دمای 13 درجه سانتی‌گراد قرار گرفتند. نمونه‌برداری در روزهای 1، 60، 120 و 180 مطالعه انجام گرفت. برای شناسایی، آشکارسازی و طبقه‌بندی ترکیبات فرّار طعم از GC-MS استفاده شد و برای ارزیابی تجزیه پروتئین و تعیین میزان پروتئولیز از SDS-PAGE بهره گرفته شد.<br />نتایج: نتایج GC-MS نشان داد که هر دو نوع پنیر از شیر گاو و بز حاوی ترکیبات فرّار متنوعی بودند، هرچند تفاوت‌هایی در غلظت و توزیع آنها مشاهده شد. ترکیبات در پنج گروه اصلی دسته‌بندی شدند: استرها، اسیدهای کربوکسیلیک، الکل‌ها، هیدروکربن‌ها و کتون‌ها. ترکیبات خاصی در این دسته‌ها به‌عنوان مهم‌ترین عوامل ایجاد طعم پنیر چدار شناخته شدند. نتایج الکتروفورز آشکار ساخت که میزان پروتئولیز به‌طور پیشرونده در طول رسیدگی افزایش یافت و تفاوت‌های معنی‌داری بین پنیرهای گاوی و بز وجود داشت. پنیر چدار بز تجزیه بتاکازئین بارزتری نسبت به پنیر چدار گاوی نشان داد. بالاترین میزان تجزیه پروتئین در روز 120 رسیدگی مشاهده شد و پس از آن نرخ تجزیه تثبیت گردید.<br />نتیجه‌گیری: یافته‌های این تحقیق نشان می‌دهد که نوع شیر مورد استفاده در تولید پنیر چدار تأثیر چشمگیری بر ترکیب ترکیبات طعمی و الگوهای تجزیه پروتئین دارد. پنیر چدار بز پروتئولیز شدیدتر و پروفایل فرّار متمایزتری نسبت به پنیر چدار گاوی نشان داد و این امر نقش ترکیب شیر را در شکل‌دهی ویژگی‌های حسی پنیرهای رسیده برجسته می‌سازد. https://jab.uk.ac.ir/article_5070_45b4877950bcdf71e10cde405761d69b.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 CRISPR-oriented genome editing to improve nutrients in crops: advancements and opportunities ویرایش ژنومی مبتنی بر CRISPR برای بهبود مواد مغذی در محصولات زراعی: پیشرفت‌ها و فرصت‌ها 247 264 5146 10.22103/jab.2025.25118.1688 FA انشومان جنا گروه ترویج و ارتباطات کشاورزی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه سیکشا 'O' آنوساندان (دانشگاه مورد تأیید)، بوبانسوار، اودیسا، هند. کوتالینگام ونکادشواران گروه مهندسی مکانیک، دانشکده مهندسی و فناوری، دانشگاه جِین (مورد تأیید)، منطقه رماناگارا، کارناتاکا - 562112، هند. مدهو پراکاش سریواستاوا گروه علوم، دانشگاه مهاریشی فناوری اطلاعات، لوکناو، اوتار پرادش، هند. نیتین شارما مرکز پژوهش، اثرگذاری و نتایج، دانشگاه چیتکارا، راجپورا- 140417، پنجاب، هند. پراتیک گارگ مرکز پژوهش و توسعه چیتکارا، دانشگاه چیتکارا، هیماچال پرادش - 174103، هند. محمد آ جعفر مؤسسه ISME، دانشگاه مهارت‌محور ATLAS، بمبئی، هند. اِل. اینباتامیل گروه زیست‌فناوری، مؤسسه علوم و فناوری ساتیاباما، چنای، تامیل نادو، هند. Journal Article 2025 04 18 Objective<br />This investigation targets to critically examine and summarise recent advancements in CRISPR-based genome editing technologies applied to raise the nutritional quality of major food crops. The centralize is on identifying particular gene targets, evaluating the outcomes of genetic modifications, and emphasizing future chances for sustainable agriculture and global food security.<br /><br /><br />Materials and methods<br />We analysed peer-reviewed research articles, case investigations, and institutional reports. The review concentrates on CRISPR/Cas9 and its progressive variants Cas12a, base editors, and prime editors that have been applied to modify genes related to nutrient biosynthesis, transport, and accumulation in crops. Key gene targets include psy1 and crtI for provitamin A production, o2 and lysine-rich proteins for increasing essential amino acids, and metal transporter genes like OsNAS2 and members of the ZIP family for improving iron and zinc bioavailability. The methodologies examined also cover numerous guide RNA design platforms and delivery techniques, containing Agrobacterium-mediated transformation, particle bombardment, and protoplast-based systems.<br />Results<br />Meaningful improvements in crop nutritional profiles were observed. For instance, CRISPR-edited rice varieties showed increased iron and zinc content, maize exhibited elevated lysine levels, and tomato demonstrated improved concentrations of vitamins A and C. Base editing approaches facilitated accurate nucleotide replacement without the introduction of foreign DNA, thereby reducing regulatory hurdles and enhancing public acceptance. Furthermore, the regulatory landscape in countries like the United States and Japan has evolved to permit field testing and commercialization of gene-edited crops under relaxed GMO guidelines, further accelerating study and expansion.<br />Conclusions<br />CRISPR-based genome editing represents a transformative tool in the expansion of nutrient-dense food crops. When integrated with synthetic biology and computational bioinformatics, it proposes a rapid and aimed approach to crop development, which is crucial in the context of climate change and population growth. However, for the technology to achieve global impact, different challenges must be addressed. These include establishing harmonized biosafety regulations, managing ethical concerns, and enhancing public awareness and trust. Collaborative international frameworks and inclusive policy-making will be essential to ensure that CRISPR-driven innovations participate effectively to global food and nutritional security. هدف: این پژوهش با هدف بررسی انتقادی و خلاصه‌سازی پیشرفت‌های اخیر در فناوری‌های ویرایش ژنومی مبتنی بر CRISPR که برای ارتقای کیفیت تغذیه‌ای محصولات غذایی اصلی به کار گرفته شده‌اند، انجام شد. تمرکز اصلی بر شناسایی ژن‌های هدف خاص، ارزیابی پیامدهای تغییرات ژنتیکی، و برجسته‌سازی فرصت‌های آینده برای کشاورزی پایدار و امنیت غذایی جهانی بود. <br />مواد و روش‌ها: ما مقالات پژوهشی داوری‌شده، مطالعات موردی، و گزارش‌های نهادی را تحلیل کردیم. این مرور بر CRISPR/Cas9 و گونه‌های پیشرفته آن مانند Cas12a، base editors و prime editors متمرکز است که برای اصلاح ژن‌های مرتبط با زیست‌سنتز، انتقال و تجمع مواد مغذی در گیاهان به کار رفته‌اند. ژن‌های کلیدی هدف شامل psy1 و crtI برای تولید پیش‌ویتامین A، O2 و پروتئین‌های غنی از لیزین برای افزایش اسیدهای آمینه ضروری، و ژن‌های ناقل فلزی مانند OsNAS2 و اعضای خانواده ZIP برای بهبود قابلیت زیست‌دسترس آهن و روی می‌باشند. همچنین روش‌های بررسی‌شده، پلتفرم‌های طراحی RNA راهنما و شیوه‌های انتقال شامل تراریختی واسطه آگروباکتریوم، بمباران ذره‌ای و سیستم‌های مبتنی بر پروتوپلاست را در بر می‌گیرند. <br />نتایج: بهبودهای چشمگیری در پروفایل تغذیه‌ای محصولات مشاهده شد. به عنوان نمونه، ارقام برنج ویرایش‌شده با CRISPR دارای محتوای بالاتر آهن و روی بودند، ذرت سطح بالاتری از لیزین نشان داد، و گوجه‌فرنگی غلظت بیشتری از ویتامین‌های A و C داشت. رویکردهای ویرایش باز امکان جایگزینی دقیق نوکلئوتیدها را بدون وارد کردن DNA خارجی فراهم کردند که این امر موانع مقرراتی را کاهش داده و پذیرش عمومی را افزایش داد. علاوه بر این، چشم‌انداز مقرراتی در کشورهایی مانند ایالات متحده و ژاپن تغییر یافته و آزمایش میدانی و تجاری‌سازی محصولات ژن‌ویرایش‌شده را تحت دستورالعمل‌های تسهیل‌شده GMO مجاز کرده است که این موضوع پژوهش و توسعه را تسریع می‌کند. <br />نتیجه‌گیری: ویرایش ژنومی مبتنی بر CRISPR ابزاری تحول‌آفرین در توسعه محصولات غذایی غنی از مواد مغذی محسوب می‌شود. هنگامی که با زیست‌شناسی مصنوعی و بیوانفورماتیک محاسباتی ادغام شود، رویکردی سریع و هدفمند برای اصلاح محصولات ارائه می‌دهد که در زمینه تغییرات اقلیمی و رشد جمعیت حیاتی است. با این حال، برای دستیابی این فناوری به تأثیر جهانی، باید چالش‌های گوناگونی برطرف شوند. این چالش‌ها شامل ایجاد مقررات هماهنگ ایمنی زیستی، مدیریت دغدغه‌های اخلاقی، و افزایش آگاهی و اعتماد عمومی است. چارچوب‌های بین‌المللی مشارکتی و سیاست‌گذاری فراگیر برای تضمین آن‌که نوآوری‌های مبتنی بر CRISPR به‌طور مؤثر در امنیت غذایی و تغذیه‌ای جهانی نقش‌آفرینی کنند، ضروری خواهند بود. https://jab.uk.ac.ir/article_5146_7403c2418b526f7891b0e3f45430ac58.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Assessing the economic and genetic preservation outcomes of crossbreeding indigenous dairy cattle with commercial breeds under traditional and organic herd management ارزیابی پیامدهای اقتصادی و حفظ ژنتیکی در تلاقی نژاد گاوهای بومی شیری با نژادهای تجاری تحت مدیریت گله‌های سنتی و ارگانیک 265 284 5147 10.22103/jab.2025.25122.1692 FA مانیشا چاندنا مرکز تأثیر و پیامدهای پژوهش، دانشگاه چیتکارا، راجپورا، پنجاب، هند. آبیشک سینگلا مرکز پژوهش و توسعه چیتکارا، دانشگاه چیتکارا، هیماچال پرادش، هند. اِم. ترو چیترامبلام استاد، دانشگاه اطلس اسکیل تک، بمبئی، هند. ام باوانی‌لاتا دانشیار، دانشکده زیست‌فناوری، مؤسسه علم و فناوری ساتیاباما، چنای، تامیل نادو، هند. گانگادهار نایک استاد، گروه ژنتیک و اصلاح نژاد دام، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه &quot;شیکشا اُ آنوساندان&quot;، بوبانسوار، اودیسا، هند. آرونکومار دوالاپورا تیمماپا استادیار، گروه مهندسی مکانیک، دانشکده مهندسی و فناوری، دانشگاه جِین، منطقه رماناگارا، کارناتاکا، هند. 0000-0001-8034-1881 راماکانت راماکانت استادیار، گروه علوم، دانشگاه فناوری اطلاعات مهاریشی، لاکنو، اوتار پرادش، هند. Journal Article 2025 04 18 Objective<br />This investigation consolidates fragmented evidence on the economic efficiency of cow crossbreeding (CCB) across regions, emphasizing both profitability and genetic preservation in traditional and organic dairy systems. It evaluates the economic and genetic outcomes of crossbreeding indigenous cattle with high-yielding commercial breeds under different herd management scenarios.<br />Materials and methods<br />The SimHerd stochastic simulation model was applied to replicate herd structures and evaluate breeding strategies. Three scenarios were evaluated: (1) Purebred Polled Cattle (PB-PC), (2) Purebred Red Cattle (PB-RC), and (3) a mixed herd comprising 70% PB-PC and 30% F1 Crossbred (CB) animals. Terminal crossbreeding (T-CB) strategies combined indigenous low-yielding breeds with exotic high-yielding cattle. The model incorporated genetic tools like sexed semen and genetic evaluation indices to estimate financial efficiency and genetic improvement potential.<br />Results<br />Simulations illustrated that PB-RC herds achieved the highest financial returns, exceeding PB-PC herds by €1,218 in contribution margin. The mixed PB-PC and F1 CB herd also outperformed pure PB-PC herds, generating a €181 higher margin. Terminal crossbreeding integrated with modern genetic tools improved economic efficiency for small-scale dairy farmers, with F1 crosses maintaining a favorable foreign genetic contribution (52-64.5%). These outcomes highlight the suitability of crossbreds for low-input traditional and organic production systems.<br />Conclusions<br />Crossbreeding strategies, when complemented with progressive genetic technologies, can deliver meaningful economic gains while supporting genetic diversity. Although PB-RC herds stayed the most profitable, mixed and crossbred herds supplied more stable productivity and profitability, exclusively for smallholder producers. The implementation of structured CCB programs, reinforced by breeding infrastructure and extension support, can enhance sustainability and economic resilience in expanding dairy sectors.<br />Crossbreeding strategies, when complemented with progressive genetic technologies, can deliver meaningful economic gains while supporting genetic diversity. Although PB-RC herds stayed the most profitable, mixed and crossbred herds supplied more stable productivity and profitability, exclusively for smallholder producers. The implementation of structured CCB programs, reinforced by breeding infrastructure and extension support, can enhance sustainability and economic resilience in expanding dairy sectors. هدف: این پژوهش شواهد پراکنده در مورد کارایی اقتصادی تلاقی نژادی گاوهای شیری (CCB) را در مناطق مختلف گردآوری کرده و بر سودآوری و همچنین حفظ ژنتیکی در سامانه‌های شیری سنتی و ارگانیک تمرکز دارد. این مطالعه به ارزیابی پیامدهای اقتصادی و ژنتیکی تلاقی نژادهای بومی با نژادهای تجاری پُربازده در چارچوب‌های متفاوت مدیریت گله می‌پردازد.<br />مواد و روش‌ها: از مدل شبیه‌سازی تصادفی SimHerd برای بازآفرینی ساختار گله‌ها و ارزیابی راهبردهای اصلاح نژاد استفاده شد. سه سناریو گاوهای خالص‌ اصیل (PB-PC)، گاوهای خالص قرمز (PB-RC)، و گله ترکیبی شامل 70 درصد PB-PC و 30 درصد گاو دورگه نسل اول (F1 CB) بررسی شد. راهبردهای تلاقی نهایی (T-CB) شامل آمیزش نژادهای بومی کم‌بازده با نژادهای خارجی پُربازده بودند. مدل از ابزارهای ژنتیکی مانند اسپرم تعیین جنسیت‌شده و شاخص‌های ارزیابی ژنتیکی برای برآورد کارایی مالی و پتانسیل بهبود ژنتیکی بهره گرفت.<br />نتایج: شبیه‌سازی‌ها نشان دادند که گله‌های PB-RC بیشترین بازده مالی را داشتند و حاشیه مشارکت آن‌ها ۱۲۱۸ یورو بیش از گله‌های PB-PC بود. گله ترکیبی PB-PC و F1 CB نیز عملکرد بهتری از گله‌های PB-PC خالص داشت و ۱۸۱ یورو حاشیه سود بالاتری ایجاد کرد. تلاقی نهایی همراه با ابزارهای ژنتیکی مدرن، کارایی اقتصادی دامداران کوچک‌مقیاس را افزایش داد؛ درحالی‌که گاوهای دورگه نسل اول سهم مطلوبی از ژن خارجی (۵۲ تا 5/64) را حفظ کردند. این نتایج نشان‌دهنده تناسب گاوهای دورگه برای سامانه‌های تولید سنتی و ارگانیک کم‌نهاده است.<br />نتیجه‌گیری: راهبردهای تلاقی نژادی، هنگامی‌که با فناوری‌های نوین ژنتیکی همراه شوند، می‌توانند سود اقتصادی معناداری فراهم آورند و در عین حال از تنوع ژنتیکی پشتیبانی کنند. هرچند گله‌های PB-RC همچنان سودآورترین بودند، اما گله‌های ترکیبی و دورگه پایداری بیشتر در تولید و سودآوری، به‌ویژه برای دامداران خُرد نشان دادند. اجرای برنامه‌های ساختارمند CCB با پشتیبانی زیرساخت اصلاح نژاد و خدمات ترویجی، می‌تواند پایداری و تاب‌آوری اقتصادی را در بخش‌های در حال رشد لبنی ارتقا دهد. https://jab.uk.ac.ir/article_5147_1ccd6df13d04d6a563dad4eb1ae3236a.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Association of genetic expression of the ACE and GHRL genes with chronic fatty liver disease: clinical and metabolic insights ارتباط بیان ژنی ACE و GHRL با بیماری مزمن کبد چرب: بینش‌های بالینی و متابولیک 285 304 5097 10.22103/jab.2025.25933.1769 FA طارق حسین مغیر گروه شیمی و بیوشیمی، دانشکده پزشکی، دانشگاه بابل، عراق Journal Article 2025 09 16 Objective<br />Fatty liver disease (FLD), or hepatic steatosis, is a pathological condition described by excessive lipid accumulation surpassing 5–10% of liver weight. Given its multifactorial etiology, involving both metabolic dysfunction and genetic predisposition, this investigation aimed to investigate the relationship between biochemical parameters, expression of the ACE and GHRL genes, and demographic variables like age and body mass index (BMI) in patients with FLD compared with healthy controls.<br />Materials and methods<br />The investigation enrolled 200 individuals, comprising 100 patients with ultrasonographically affirmed FLD (G2) and 100 age- and ethnicity-matched healthy controls of Iraqi descent (G1). All participants were non-smoking adults between 20 and 60 years recruited from Diwaniyah Teaching Hospital, Iraq. Standardized biochemical assays were carried out to calculate creatinine, blood urea, insulin, fasting blood sugar (FBS), glycated hemoglobin (HbA1c), total cholesterol (TC), triglycerides (TG), high-density lipoprotein (HDL), very-low-density lipoprotein (VLDL), alanine aminotransferase (ALT), aspartate aminotransferase (AST), AST/ALT ratio, and alkaline phosphatase (ALP). In parallel, quantitative gene expression analysis of ACE and GHRL was conducted, and expression levels were validated for clinical relevance to metabolic disturbances in FLD.<br />Results<br />Patients with FLD showed meaningfully higher BMI, creatinine, blood urea, insulin, FBS, HbA1c, TC, TG, VLDL, ALT, AST, and ALP levels compared to controls, along with markedly lower HDL levels (P < 0.05). Importantly, expression levels of both ACE and GHRL genes were meaningfully upregulated in the FLD group, correlating with the biochemical abnormalities observed. These results reinforce the interaction between altered gene expression and metabolic derangements in FLD pathophysiology.<br />Conclusion<br />The consistently low P-values (P < 0.05) affirm the robustness of the associations observed. Altered expression of ACE and GHRL genes may serve as reliable molecular biomarkers for identifying individuals at higher risk of FLD progression. Furthermore, wide evaluation of BMI, renal function markers, glycemic indices, lipid profiles, and liver enzyme activities supplies worth clinical discernment, supporting an integrative approach to early diagnosis and management of FLD. هدف: بیماری کبد چرب (FLD) یا استئاتوز کبدی، یک وضعیت پاتولوژیک است که با تجمع بیش از حد چربی در کبد بیش از ۵ تا ۱۰ درصد وزن آن تعریف می‌شود. با توجه به علل چندعاملی این بیماری که شامل اختلالات متابولیک و زمینه‌های ژنتیکی است، این پژوهش با هدف بررسی ارتباط میان شاخص‌های بیوشیمیایی، بیان ژنی ACE و GHRL و متغیرهای جمعیت‌شناختی مانند سن و شاخص توده بدنی (BMI) در بیماران مبتلا به FLD در مقایسه با افراد سالم انجام شد.<br />مواد و روش‌ها: در این مطالعه ۲۰۰ نفر شرکت کردند که شامل ۱۰۰ بیمار مبتلا به FLD تأیید شده با سونوگرافی (G2) و ۱۰۰ فرد سالم همسان از نظر سن و قومیت (عراقی) به عنوان گروه کنترل (G1) بودند. تمامی افراد بزرگسال غیرسیگاری با محدوده سنی ۲۰ تا ۶۰ سال بودند که از بیمارستان آموزشی دیوانیه، عراق انتخاب شدند. آزمایش‌های بیوشیمیایی استاندارد برای اندازه‌گیری کراتینین، اوره خون، انسولین، قند خون ناشتا (FBS)، هموگلوبین گلیکوزیله (HbA1c)، کلسترول تام (TC)، تری‌گلیسرید (TG)، لیپوپروتئین با چگالی بالا (HDL)، لیپوپروتئین با چگالی بسیار پایین (VLDL)، آلانین آمینوترانسفراز (ALT)، آسپارتات آمینوترانسفراز (AST)، نسبت AST/ALT و آلکالین فسفاتاز (ALP) انجام شد. هم‌زمان، تحلیل کمی بیان ژن ACE و GHRL صورت گرفت و سطوح بیان برای ارتباط بالینی با اختلالات متابولیک در FLD بررسی شد.<br />نتایج: بیماران مبتلا به FLD در مقایسه با گروه کنترل دارای مقادیر بالاتر معنی‌دار در شاخص توده بدنی، کراتینین، اوره خون، انسولین، FBS، HbA1c، TC، TG، VLDL، ALT، AST و ALP بودند، در حالی که سطح HDL به‌طور معناداری پایین‌تر بود (P < 0.05). به‌طور مهم، سطح بیان ژن‌های ACE و GHRL در گروه FLD افزایش قابل توجهی داشت که با ناهنجاری‌های بیوشیمیایی مشاهده‌شده همبستگی نشان داد. این نتایج تعامل میان تغییرات بیان ژن و اختلالات متابولیک در پاتوفیزیولوژی FLD را تقویت می‌کند.<br />نتیجه‌گیری: مقادیر P به‌طور مداوم کمتر از 05/0، استحکام ارتباطات مشاهده‌شده را تأیید می‌کند. تغییر در بیان ژن‌های ACE و GHRL می‌تواند به عنوان نشانگرهای مولکولی قابل اعتماد برای شناسایی افراد در معرض خطر بالاتر پیشرفت FLD به‌کار رود. افزون بر این، ارزیابی گسترده شاخص توده بدنی، شاخص‌های عملکرد کلیوی، شاخص‌های گلیسمی، پروفایل‌های چربی و فعالیت آنزیم‌های کبدی، بینش ارزشمند بالینی فراهم کرده و از رویکرد یکپارچه برای تشخیص زودهنگام و مدیریت FLD پشتیبانی می‌کند. https://jab.uk.ac.ir/article_5097_2a098631cc97fc256092deb520dcc845.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Application of microbial groups as biological pesticides in comprehensive pest management for optimal and sustainable farming practices with biotechnology کاربرد گروه‌های میکروبی به عنوان آفت‌کش‌های بیولوژیکی در مدیریت جامع آفات برای شیوه‌های کشاورزی بهینه و پایدار با بیوتکنولوژی 305 324 5148 10.22103/jab.2025.25188.1698 FA ب. ردی مرکز تحقیقات و توسعه چیتکارا، دانشگاه چیتکارا، هیماچال پرادش-۱۷۴۱۰۳ هند. محمد آ جعفر استاد، ISME، دانشگاه مهارت و تکنولوژی اطلس، بمبئی، هند، اس. ام ایندوماتی استادیار، دپارتمان بیوتکنولوژی، مؤسسه علوم و فناوری ساتیاباما، چنای، تامیل نادو، هند، ساتیا نارایان ساتاپاتی دپارتمان حشره‌شناسی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه سیکشا &#039;O&#039; آنوساندان (دانشگاه معتبر)، بهوبانسوار، اودیشا، هند. آدارشا هارینایها دپارتمان مهندسی مکانیک، دانشکده مهندسی و فناوری، دانشگاه JAIN (دانشگاه معتبر)، ناحیه راماناگارا، کارناتاکا - ۵۶۲۱۱۲، هند راماکانت راماکانت دپارتمان علوم، دانشگاه ماهارشی اطلاعات فناوری، لکهنو، اوتار پرادش، هند. پرتراک سودان مرکز تأثیر و نتیجه تحقیقات، دانشگاه چیتکارا، راجپورا- ۱۴۰۴۱۷، پنجاب، هند. Journal Article 2025 04 30 Objective<br />Agricultural productivity is currently facing a tendency down due to the Earth's fertility and incorrect agricultural practices. More dependence on synthetic chemical fertilizers not only accelerates erosion of soil, but also increases severe environmental and human health problems. The aim of this study is to improve the crop yield, restore earth health and promote environmental agricultural practices, especially Biofertilizers (BF) and biopesticides (BP). The purpose of this research is to check their efficiency to increase the capacity of bacterial inoculants as a biofertilizers and their efficiency in increasing the performance of the crop.<br /><br />Materials and methods<br />A field -based experimental study was conducted to evaluate the effect of inoculator of bacteria on the Earth's fertility and crop dividend. The selected biofertilizers included nitrogen fixation and phosphate-solubilizing bacterial strains. These were used to test the plots that grow often cultivated crops below different levels of organic and inorganic entrances. Control plot used traditional chemical fertilizers. Parameters such as the Earth's nutritional conditions, growth speeds, dividends and pest resistance were monitored throughout the season. East and subsequent erosion of soil samples were analyzed to assess changes in nutritional content and microbial activity. The statistical analysis of data was done to compare the treatment effect. <br />Results<br />Conclusions reveal a significant improvement in crop dividends and the soil's fertility in plots treated with a biofertilizers compared to those who are only treated with chemical fertilizers. Applications of bacterial inoculants increased nutrients, increased biomass production and improved microbial diversity of soil. In addition, the use of biofertilizers reduced the dependence of synthetic input, contributing to a more durable and environmentally friendly agricultural practice. The plague occurrence in biofertilizers -Credited plots was also low, indicating a collective effect with biopics times. <br />Conclusions<br />This study emphasizes the promising role of biofertilizers and biopesticides in sustainable agriculture. Their application not only improves crop and soil, but also reduces environmental impact and production costs. Biotechnology, especially as microbial inoculants, has enormous ability to support global food security. However, in order to fully utilize the benefits, extensive biosecurity rules and peasant training and support systems must be implemented. Integration of biobased solutions into mainstream agriculture can orbit the passage required for long -term agricultural stability for low entrance agricultural systems. هدف: بهره‌وری کشاورزی در حال حاضر با روند نزولی روبرو است که ناشی از کاهش حاصلخیزی خاک و شیوه‌های نادرست کشاورزی است. وابستگی بیشتر به کودهای شیمیایی مصنوعی نه تنها فرسایش خاک را تسریع می‌کند، بلکه مشکلات شدید زیست‌محیطی و سلامت انسانی را نیز افزایش می‌دهد. هدف این مطالعه بهبود عملکرد محصول، بازسازی سلامت خاک و ترویج شیوه‌های کشاورزی زیست‌محیطی است، به ویژه بیوفرتیلایزرها (BF) و بیوپستی‌سایدها (BP). هدف این پژوهش بررسی کارایی آن‌ها برای افزایش ظرفیت اینوکولانت‌های باکتریایی به عنوان بیوفرتیلایزرها و کارایی آن‌ها در بهبود عملکرد محصول است.<br />مواد و روش‌ها: یک مطالعه تجربی مبتنی بر مزرعه برای ارزیابی تأثیر اینوکولانت‌های باکتریایی بر حاصلخیزی خاک و عملکرد محصول انجام شد. بیوفرتیلایزرهای انتخاب‌شده شامل سویه‌های باکتریایی تثبیت‌کننده نیتروژن و حل‌کننده فسفات بودند. این‌ها در پلات‌هایی که محصولات رایج کشت می‌شوند، تحت سطوح مختلف ورودی‌های ارگانیک و غیرارگانیک آزمایش شدند. پلات کنترل از کودهای شیمیایی سنتی استفاده کرد. پارامترهایی مانند شرایط تغذیه‌ای خاک، سرعت رشد، عملکرد و مقاومت به آفات در طول فصل نظارت شد. نمونه‌های خاک اولیه و بعدی برای ارزیابی تغییرات در محتوای تغذیه‌ای و فعالیت میکروبی تجزیه و تحلیل شدند. تحلیل آماری داده‌ها برای مقایسه اثرات درمان انجام شد.<br />نتایج: نتایج بهبود قابل توجهی در عملکرد محصول و حاصلخیزی خاک در پلات‌های درمان‌شده با بیوفرتیلایزرها نسبت به پلات‌های تنها درمان‌شده با کودهای شیمیایی نشان می‌دهد. کاربرد اینوکولانت‌های باکتریایی مواد مغذی را افزایش داد، تولید بیوماس را بهبود بخشید و تنوع میکروبی خاک را افزایش داد. علاوه بر این، استفاده از بیوفرتیلایزرها وابستگی به ورودی‌های مصنوعی را کاهش داد و به شیوه‌های کشاورزی پایدارتر و دوستدار محیط زیست کمک کرد. وقوع آفات در پلات‌های منتسب به بیوفرتیلایزرها نیز پایین بود، که نشان‌دهنده اثر ترکیبی با بیوپستی‌سایدها است.<br />نتیجه‌گیری: این مطالعه نقش امیدوارکننده بیوفرتیلایزرها و بیوپستی‌سایدها را در کشاورزی پایدار تأکید می‌کند. کاربرد آن‌ها نه تنها محصول و خاک را بهبود می‌بخشد، بلکه تأثیر زیست‌محیطی و هزینه‌های تولید را کاهش می‌دهد. بیوتکنولوژی، به ویژه به عنوان اینوکولانت‌های میکروبی، پتانسیل عظیمی برای حمایت از امنیت غذایی جهانی دارد. با این حال، برای بهره‌برداری کامل از مزایا، قوانین گسترده بیوامنیتی و سیستم‌های آموزشی و حمایتی کشاورزان باید اجرا شود. ادغام راه‌حل‌های مبتنی بر بیولوژی در کشاورزی می‌تواند مسیر لازم برای پایداری بلندمدت کشاورزی در سیستم‌های کشاورزی با ورودی کم را فراهم کند. https://jab.uk.ac.ir/article_5148_ec5b6553212dddae0b2b46e320209f94.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Toxic effect of lead acetate on the liver of male albino rats and evaluation of the protective role of Portulaca oleracea extract: A histological and biochemical study اثر سمی استات سرب بر کبد موش‌های صحرایی نر آلبینو و ارزیابی نقش حفاظتی عصاره گیاه خرفه (Portulaca oleracea) : مطالعه‌ای با رویکرد بافت‌شناسی و بیوشیمیایی 325 346 5149 10.22103/jab.2025.25805.1756 FA حسین ریاض عبدالکریم الحِتّی گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم تربیتی برای علوم محض، دانشگاه الانبار، رمادی، الانبار 31001، عراق هلا حمید مجید گروه زیست‌شناسی، دانشکده آموزش زنان، دانشگاه تکریت، عراق. اثراء حسن اداره آموزش الانبار، رمادی، عراق. لؤی ح. علی گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم تربیتی برای علوم محض، دانشگاه الانبار، رمادی، الانبار 31001، عراق Journal Article 2025 08 23 Objective<br />Lead is a major environmental pollutant that induces hepatotoxicity and oxidative stress through the generation of reactive oxygen species and impairment of antioxidant defense mechanisms. This study aimed to evaluate the hepatoprotective and antioxidant effects of aqueous Portulaca oleracea extract on the liver tissue of male albino rats exposed to lead acetate, by evaluating both biochemical parameters and histological alterations.<br />Materials and Methods<br />Twenty-eight male albino rats were randomly divided into four groups (n = 7 per group). Group I served as the control and received a standard diet and clean water. Group II was administered lead acetate (25 mg/kg, intraperitoneally) every 72 hours. Groups III and IV received P. oleracea extract orally at doses of 200 mg/kg and 400 mg/kg, respectively, for eight weeks. Serum biochemical parameters containing AST, ALT, MDA, GSH, SOD, and CAT were measured applying standard spectrophotometric techniques. Liver tissues were examined histologically applying hematoxylin and eosin staining to evaluate hepatocellular structure, inflammatory infiltration, and vascular alters.<br /><br /><br />Results<br />Administration of P. oleracea extract in Groups III and IV meaningfully ameliorated the alterations in liver enzyme activities (AST and ALT), lipid peroxidation (MDA), and antioxidant enzyme activities (GSH, SOD, and CAT) that were induced by lead acetate exposure in Group II. These parameters were restored in a dose-dependent manner, with the higher dose showing more pronounced improvement. Histological analysis affirmed the hepatoprotective effect of P. oleracea, showing improved hepatic architecture, reduced inflammatory cell infiltration, and less hepatocyte hypertrophy and degeneration compared with the lead-treated group. These results propose that P. oleracea confers protection through enhancement of endogenous antioxidant defenses and stabilization of hepatocyte membranes.<br />Conclusion<br />The aqueous extract of Portulaca oleracea demonstrates potent hepatoprotective and antioxidant activities against lead acetate–induced hepatic damage. These results highlight its potential as a safe, cost-effective, and natural hepatoprotective agent for mitigating heavy metal–induced liver injury, supporting further experimental and clinical investigations into its therapeutic applications. هدف: سرب یکی از آلاینده‌های عمده محیط‌زیست است که از طریق تولید گونه‌های فعال اکسیژن و تضعیف سامانه‌های دفاعی آنتی‌اکسیدانی، موجب سمیت کبدی و استرس اکسیداتیو می‌شود. هدف از این پژوهش، بررسی اثرات آنتی‌اکسیدانی و محافظت‌کننده کبدی عصاره آبی گیاه خرفه (Portulaca oleracea) بر بافت کبد موش‌های صحرایی نر آلبینو در معرض استات سرب بود؛ این ارزیابی با بررسی شاخص‌های بیوشیمیایی و تغییرات بافت‌شناسی انجام گرفت.<br />مواد و روش‌ها: بیست‌وهشت موش نر آلبینو به‌صورت تصادفی به چهار گروه (هر گروه 7 موش) تقسیم شدند. گروه اول به‌عنوان شاهد، رژیم غذایی استاندارد و آب سالم دریافت کرد. گروه دوم هر 72 ساعت، استات سرب با دوز 25 میلی‌گرم بر کیلوگرم به‌صورت درون‌صفاقی دریافت نمود. گروه‌های سوم و چهارم به‌ترتیب دوزهای 200 و 400 میلی‌گرم بر کیلوگرم عصاره خرفه را به‌صورت خوراکی و به‌مدت هشت هفته دریافت کردند. شاخص‌های بیوشیمیایی سرم شامل AST، ALT، MDA، GSH، SOD و CAT با روش‌های استاندارد اسپکتروفوتومتری اندازه‌گیری شدند. نمونه‌های بافت کبد نیز با رنگ‌آمیزی هماتوکسیلین و ائوزین برای ارزیابی ساختار سلول‌های کبدی، نفوذ سلول‌های التهابی و تغییرات عروقی مورد بررسی قرار گرفتند.<br />نتایج: تجویز عصاره خرفه در گروه‌های سوم و چهارم باعث بهبود معنی‌دار تغییرات ایجادشده در فعالیت آنزیم‌های کبدی (AST و ALT)، پراکسیداسیون چربی‌ها (MDA) و فعالیت آنزیم‌های آنتی‌اکسیدانی (GSH، SOD و CAT) در اثر مواجهه با استات سرب در گروه دوم گردید. این شاخص‌ها به‌صورت وابسته به دوز به حالت طبیعی بازگشتند، به‌طوری‌که دوز بالاتر اثر بهبودی بیشتری نشان داد. بررسی‌های بافت‌شناسی نیز اثر محافظتی خرفه را تأیید کرد و بهبود ساختار بافت کبد، کاهش نفوذ سلول‌های التهابی و کاهش هیپرتروفی و دژنراسیون سلول‌های کبدی را در مقایسه با گروه تیمار‌شده با سرب نشان داد. این یافته‌ها نشان می‌دهد که خرفه از طریق تقویت دفاع آنتی‌اکسیدانی درون‌زا و تثبیت غشای سلول‌های کبدی، اثر محافظتی خود را اعمال می‌کند.<br />نتیجه‌گیری: عصاره آبی گیاه خرفه دارای فعالیت‌های قوی محافظت‌کننده کبد و آنتی‌اکسیدانی در برابر آسیب کبدی القاشده توسط استات سرب است. این نتایج، پتانسیل این گیاه را به‌عنوان یک عامل طبیعی، ایمن، کم‌هزینه و مؤثر در پیشگیری از آسیب‌های کبدی ناشی از فلزات سنگین برجسته می‌سازد و از انجام تحقیقات تجربی و بالینی بیشتر درباره کاربرد درمانی آن حمایت می‌کند. https://jab.uk.ac.ir/article_5149_42eaeb898b006d81dd72f7adf924c5e2.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Isolation and identification of fungi associated with cotton seeds and investigation of aflatoxigenic Aspergillus flavus جداسازی و شناسایی قارچ‌های مرتبط با بذر پنبه و بررسی قارچ آفلاتوکسین‌زای Aspergillus flavus 347 362 5108 10.22103/jab.2025.25828.1759 FA جَنان ک. الطَرجُمان دانشکده فناوری کشاورزی، دانشگاه فنی شمالی، موصل، عراق. مها م. طه النعیمی دانشکده پلی‌تکنیک، دانشگاه فنی شمالی، موصل، عراق یاسین ن.م. الشیخانی بخش زیست‌شناسی، دانشکده علوم و سلامت، و مرکز تحقیقات علوم و سلامت، دانشگاه کویه، کویه ۴۴۰۲۳، اقلیم کردستان، عراق Journal Article 1970 01 01 <br />Objective<br />This investigation targeted to isolate and identify fungi contaminating seeds of two long-term stored cotton cultivars and to identify which isolate generated the greatest level of aflatoxin, thereby evaluating potential risks to seed safety.<br /><br />Materials and methods<br />Two cotton cultivars, Ashura and Lashta, stored for almost three years, were gathered in sterile bags, transported to the laboratory, and stored at 4 °C until analysis. Fungal isolation was carried out by surface plating on potato dextrose agar and malt extract agar with incubation at 25-28 °C. Colonies were described by macroscopic morphology and microscopic examination applying lactophenol cotton blue staining. Ammonia vapor exposure acted as a fast qualitative experiment for aflatoxigenic Aspergillus strains. Aflatoxin making by isolates was quantified applying an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Molecular identifying of the greatest aflatoxin-generating isolate was carried out by PCR amplification of the ITS region applying standard primers and genomic DNA extracted based on producer protocols.<br /><br />Results<br />A total of 285 fungal isolates demonstrating multiple genera were regained from the two cottonseed samples. The Ashura sample produced 150 isolates, while Lashta produced 135. The dispensation of recognized taxa was Aspergillus niger (48.00%), Rhizopus spp. (44.56%), Aspergillus flavus (7.01%), and Penicillium spp. (0.35%). Three A. flavus isolates generated measurable aflatoxin under culture situations, with concentrations ranging from 27.0 ng·mL⁻¹ to 42.0 ng·mL⁻¹. The isolate with the greatest aflatoxin product (42.0 ng·mL⁻¹) was affirmed as Aspergillus flavus by PCR and was in line with morphological identifying; this isolate has been deposited with a unique accession in GenBank.<br /><br />Conclusions<br />Extended storage of cotton seeds can favor colonization by diverse fungal communities, containing aflatoxigenic A. flavus strains. Routine surveillance of stored seed lots, progressed storage hygiene, and aimed mitigation strategies are recommended to ensure seed safety and to reduce related health and economic risks.<br /><br /> هدف: این پژوهش با هدف جداسازی و شناسایی قارچ‌های آلوده‌کننده‌ی بذرهای دو رقم پنبه که به مدت طولانی در انبار نگهداری شده بودند، و همچنین تعیین جدایه‌ای که بیشترین میزان آفلاتوکسین را تولید می‌کند، انجام شد تا خطرات بالقوه برای ایمنی بذر ارزیابی شود.<br />مواد و روش‌ها: دو رقم پنبه، عاشورا و لاشتا، که حدود سه سال نگهداری شده بودند، در کیسه‌های استریل جمع‌آوری و به آزمایشگاه منتقل شدند و تا زمان آزمایش در دمای ۴ درجه سانتی‌گراد ذخیره گردیدند. جداسازی قارچ‌ها از طریق کشت سطحی بر روی محیط‌های Potato Dextrose Agar و Malt Extract Agar با انکوباسیون در دمای ۲۵ تا ۲۸ درجه سانتی‌گراد انجام شد. کلنی‌ها بر اساس ویژگی‌های ماکروسکوپی توصیف و سپس با استفاده از رنگ‌آمیزی Lactophenol Cotton Blue از نظر میکروسکوپی بررسی شدند. آزمون قرارگیری در معرض بخار آمونیاک به‌عنوان آزمایشی سریع برای شناسایی کیفی سویه‌های آفلاتوکسین‌زای Aspergillus به کار رفت. میزان تولید آفلاتوکسین توسط جدایه‌ها با استفاده از روش ELISA اندازه‌گیری شد. شناسایی مولکولی جدایه‌ی دارای بیشترین تولید آفلاتوکسین از طریق تکثیر ناحیه‌ی ITS با روش PCR و به‌کارگیری آغازگرهای استاندارد و DNA ژنومی استخراج‌شده بر اساس دستورالعمل تولیدکننده انجام گرفت.<br />نتایج: در مجموع ۲۸۵ جدایه‌ی قارچی از دو نمونه‌ی بذر پنبه به‌دست آمد که متعلق به چندین جنس مختلف بودند. نمونه‌ی رقم عاشورا ۱۵۰ جدایه و رقم لاشتا ۱۳۵ جدایه تولید کرد. توزیع گونه‌های شناسایی‌شده شامل Aspergillus niger (48 درصد)، Rhizopus spp. (56/44 درصد)، Aspergillus flavus (01/7 درصد)، و Penicillium spp. (35/0 درصد) بود. سه جدایه‌ی A. flavus در شرایط کشت آزمایشگاهی مقادیر قابل اندازه‌گیری آفلاتوکسین تولید کردند که غلظت آن‌ها بین 27 تا 42 نانوگرم بر میلی‌لیتر متغیر بود. جدایه‌ای که بیشترین میزان آفلاتوکسین (۴۲ نانوگرم بر میلی‌لیتر) را تولید کرد، از طریق PCR به عنوان Aspergillus flavus تأیید شد و با شناسایی مورفولوژیک نیز مطابقت داشت؛ این جدایه با شماره‌ی دسترسی منحصربه‌فرد در پایگاه GenBank ثبت گردید.<br />نتیجه‌گیری: نگهداری طولانی‌مدت بذر پنبه می‌تواند موجب کلونیزه شدن آن توسط اجتماعات قارچی متنوع، شامل سویه‌های آفلاتوکسین‌زای A. flavus شود. پایش مستمر دسته‌های بذر ذخیره‌شده، بهبود بهداشت شرایط انبار و اجرای راهبردهای کاهنده‌ی هدفمند برای تضمین ایمنی بذر و کاهش خطرات بهداشتی و اقتصادی مرتبط توصیه می‌شود. https://jab.uk.ac.ir/article_5108_fdacc1341ebe59ace713e384d9b6234c.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Histological and biochemical effects of microbially derived single-cell oil on the intestine of male rats اثرات بافت‌شناسی و بیوشیمیایی روغن سلولی تک‌یاخته مشتق از میکروارگانیسم‌ها بر روده موش‌های نر 363 380 5150 10.22103/jab.2025.25796.1761 FA وسن د. موسی العُبیدی اداره آموزش الانبار، استان الانبار، رمادی، عراق. ظافر ف. الراوی دانشکده علوم تربیتی، دانشگاه الانبار، عراق. لؤی ح. علی دانشکده علوم تربیتی، دانشگاه الانبار، الانبار، عراق Journal Article 2025 08 30 Objective<br />This investigation targeted to consider the reactions of microbially derived single-cell oil (SCO) from Alcote microorganisms on the histological and biochemical profiles of the small and large intestines in male albino rats. Special emphasis was placed on the dose-dependent reactions of SCO on oxidative stress biomarkers (H₂O₂) and antioxidant defense enzymes, containing glutathione peroxidase (GPx) and superoxide dismutase (SOD). The objective was to identify whether SCO supplementation performs beneficial antioxidant reactions or incites oxidative destruction depending on the managed dose.<br /><br />Materials and Methods<br />Twenty-four healthy male Sprague–Dawley rats, aged 9–11 weeks and weighing 180–200 g, were randomly allocated into four groups (n = 6). Group I acted as the control and obtained corn oil (2 mL/kg), while Groups II, III, and IV were managed SCO orally at doses of 2, 4, and 8 mL/kg, respectively. Treatments were given via oral gavage every 48 hours for 45 days. Serum levels of H₂O₂, SOD, and GPx were calculated applying colorimetric assay kits after anesthesia. Sections of the duodenum and colon were fixed in neutral-buffered formalin, paraffin-embedded, and stained with hematoxylin and eosin for histological evaluation.<br />Results<br />Moderate SCO supplementation (4 mL/kg) meaningfully decreased H₂O₂ levels while by growing GPx and SOD activities in comparison to the control group, indicating increased antioxidant defense. Conversely, a high SCO dose (8 mL/kg) markedly elevated H₂O₂ levels and decreased antioxidant enzyme activities, proposing oxidative stress induction. Histopathological outcomes supported these biochemical outcomes: rats given treatment with 2 and 4 mL/kg of SCO exhibited normal duodenal and colonic architecture similar to controls, whereas those receiving 8 mL/kg revealed vascular wall thickening, leukocytic infiltration, fibrosis, and villous degeneration. These outcomes demonstrate that SCO performs dose-dependent reactions, being protective at moderate doses but deleterious at high doses.<br /><br />Conclusion<br />Microbially derived SCO exhibits dual, dose-dependent reactions on intestinal health. At moderate doses, it raises antioxidant status and holds normal intestinal histology, emphasizing its potential as a functional dietary supplement. But excessive doses incite oxidative stress and tissue destruction, emphasizing the necessity of dosage optimization for the safe and effective use of SCO in nutritional or therapeutic utilizations. هدف: این پژوهش با هدف بررسی اثرات روغن سلولی تک‌یاخته مشتق از میکروارگانیسم‌های Alcote بر ویژگی‌های بافت‌شناسی و بیوشیمیایی روده کوچک و بزرگ در موش‌های نر آلبینو انجام شد. تمرکز ویژه‌ای بر بررسی اثرات وابسته به دوز SCO بر شاخص‌های استرس اکسیداتیو و آنزیم‌های دفاع آنتی‌اکسیدانی شامل گلوتاتیون پراکسیداز و سوپراکسید دیسموتاز (SOD) صورت گرفت. هدف این بود که مشخص شود آیا مصرف SCO اثرات آنتی‌اکسیدانی مفید دارد یا بسته به دوز مصرفی موجب آسیب اکسیداتیو می‌شود.<br />مواد و روش‌ها: بیست‌و‌چهار موش نر سالم نژاد Sprague–Dawley در سن ۹ تا ۱۱ هفتگی و با وزن ۱۸۰ تا ۲۰۰ گرم به‌صورت تصادفی به چهار گروه (هر گروه n = 6) تقسیم شدند. گروه I به عنوان کنترل، روغن ذرت (۲ میلی‌لیتر بر کیلوگرم) دریافت کرد، در حالی که به گروه‌های II، III و IV به ترتیب روغن SCO با دوزهای ۲، ۴ و ۸ میلی‌لیتر بر کیلوگرم به‌صورت خوراکی تجویز شد. تجویزها هر ۴۸ ساعت یک‌بار به مدت ۴۵ روز انجام گرفت. پس از بیهوشی، سطوح سرمی H₂O₂، SOD و GPx با استفاده از کیت‌های رنگ‌سنجی اندازه‌گیری شدند. نمونه‌های دوازدهه و کولون در فرمالین بافری خنثی تثبیت، در پارافین قالب‌گیری و با هماتوکسیلین و ائوزین رنگ‌آمیزی شدند تا ارزیابی بافت‌شناسی انجام گیرد.<br />نتایج: مصرف متوسط SCO (۴ میلی‌لیتر بر کیلوگرم) به‌طور معنی‌داری موجب کاهش سطح H₂O₂ و افزایش فعالیت GPx و SOD در مقایسه با گروه کنترل شد که نشانگر بهبود دفاع آنتی‌اکسیدانی بود. در مقابل، دوز بالای SCO (۸ میلی‌لیتر بر کیلوگرم) به‌طور قابل‌توجهی سطح H₂O₂ را افزایش و فعالیت آنزیم‌های آنتی‌اکسیدانی را کاهش داد، که بیانگر القای استرس اکسیداتیو است. یافته‌های بافت‌شناسی نیز این نتایج بیوشیمیایی را تأیید کردند: موش‌هایی که ۲ و ۴ میلی‌لیتر بر کیلوگرم SCO دریافت کردند، ساختار طبیعی دوازدهه و کولون مشابه گروه کنترل داشتند، در حالی‌که در گروه دریافت‌کننده ۸ میلی‌لیتر بر کیلوگرم، ضخیم شدن دیواره عروق، نفوذ لکوسیتی، فیبروز و تخریب پرزها مشاهده شد. این یافته‌ها نشان می‌دهند که اثرات SCO وابسته به دوز است؛ <br />نتیجه‌گیری: روغن سلولی تک‌منشأ مشتق از میکروارگانیسم‌ها اثرات دوگانه و وابسته به دوز بر سلامت روده دارد. در دوزهای متوسط، وضعیت آنتی‌اکسیدانی را بهبود داده و ساختار طبیعی بافت روده را حفظ می‌کند، که پتانسیل آن را به‌عنوان مکمل غذایی عملکردی برجسته می‌سازد. با این حال، مصرف بیش از حد آن موجب استرس اکسیداتیو و آسیب بافتی می‌شود، که بر ضرورت تعیین دوز بهینه برای استفاده ایمن و مؤثر از SCO در کاربردهای تغذیه‌ای یا درمانی تأکید دارد. https://jab.uk.ac.ir/article_5150_0cae302377711d71c74819f122c4daf4.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Star anise volatile oil's dual role: Investigating its antioxidant and DNA-cleaving actions against Staphylococcus aureus نقش دوگانه روغن فرّار بادیان ستاره‌ای: بررسی اثرات آنتی‌اکسیدانی و تخریب DNA علیه Staphylococcus aureus 381 402 5151 10.22103/jab.2025.25871.1764 FA صبا علی محمد الفضل گروه فارماکونوژی و گیاهان دارویی، دانشکده داروسازی، دانشگاه بصره، عراق. رفیف عامر عبدالجبار گروه علوم آزمایشگاه بالینی، دانشکده داروسازی، دانشگاه بصره، عراق. اِناس ع. بادی گروه علوم آزمایشگاه بالینی، دانشکده داروسازی، دانشگاه بصره، عراق. Journal Article 2025 09 05 Objective<br />The growing threat of antibiotic resistance, exclusively in Staphylococcus aureus, necessitates the expansion of novel therapeutic attitudes. The aim of the current investigation was to assess the dual functional potential of star anise (Illicium verum) volatile oil in aspect of its antioxidant effects and a DNA-cleaving effect. Researches have shown that star anise has been traditionally applied as a culinary spice and in folk medicine for treating coughs and alleviating pain. But, the exact mechanism of the antibacterial activity of the essential oil is still unknown.<br />Materials and methods<br />For performing the analytical and biological assays, Gas Chromatography-Mass Spectrometry (GC-MS), total antioxidant capacity, DPPH radical scavenging assay, FRAP assay, and DNA cleavage assay were used. Bacterial isolates were derived from diabetic foot ulcers, recognized, and genetically describedescribed applying 16S rRNA gene sequencing, and then mutation analysis was used. The SwissADME software was used to analyze physicochemical attributes, containing molecular weight, LogP, hydrogen bond donors and acceptors, and topological polar surface area (TPSA).<br />Results<br />GC-MS analysis disclosed a compound chemical composition dominated by anethole, with substantial amounts of estragole, limonene, and anisaldehyde. The DPPH assay revealed effective radical-scavenging activity with an IC₅₀ of 7.2% (v/v), in comparison to 3.5% (v/v) for vitamin E. The FRAP analysisdemonstrated its dose-dependent antioxidant activity. We identified a novel bacterial isolate named novel S. aureus strain and then registered it in the GenBank with the accession number PX068377.1. The absence of a DNA band in electrophoresis subsequent the DNA cleavage assay illustrated meaningful genomic degradation. This could be due to the strong genotoxic effects of the reaction due to the low molecular weight and high hydrophobicity of the volatile oil components, which facilitate their rapid penetration into the membrane and subsequent destruction of the damaged nucleic acid.<br />Conclusion<br />Due to the strong antioxidant and genotoxic properties of star anise essential oil demonstrated in this study, it can be introduced as a potential natural and indigenous antimicrobial agent, especially specifically against antibiotic-resistant bacteria. هدف: افزایش تهدید مقاومت آنتی‌بیوتیکی، به‌ویژه در Staphylococcus aureus، نیازمند گسترش رویکردهای درمانی نوین است. هدف از این پژوهش، بررسی پتانسیل عملکردی دوگانه روغن فرّار بادیان ستاره‌ای (Illicium verum) از نظر اثرات آنتی‌اکسیدانی و توانایی تخریب DNA بود. مطالعات پیشین نشان داده‌اند که بادیان ستاره‌ای به‌طور سنتی به‌عنوان ادویه غذایی و در طب عامیانه برای درمان سرفه و تسکین درد استفاده می‌شود، اما مکانیسم دقیق فعالیت ضدباکتریایی روغن اسانسی آن همچنان ناشناخته است.<br />مواد و روش‌ها: برای انجام آزمون‌های تحلیلی و زیستی از کروماتوگرافی گازی-طیف‌سنجی جرمی (GC-MS)، ظرفیت کل آنتی‌اکسیدانی، آزمون مهار رادیکال DPPH، آزمون FRAP و آزمون تخریب DNA استفاده شد. ایزوله‌های باکتریایی از زخم پای دیابتی به‌دست آمده، شناسایی و با استفاده از تعیین توالی ژن 16S rRNA توصیف ژنتیکی شدند، سپس تحلیل جهش بر روی آن‌ها انجام گردید. نرم‌افزار SwissADME برای تحلیل ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی از جمله وزن مولکولی، LogP، تعداد دهنده‌ها و گیرنده‌های پیوند هیدروژنی و مساحت قطبی توپولوژیکی (TPSA) استفاده شد.<br />نتایج: تحلیل GC-MS ترکیب شیمیایی غالب آنتول را با مقادیر قابل‌توجهی از استراگول، لیمونن و آنیس‌آلدهید نشان داد. آزمون DPPH فعالیت مؤثر مهار رادیکال آزاد را با IC₅₀ برابر 2/7 درصد (v/v) در مقایسه با 5/3 درصد (v/v) برای ویتامین E نشان داد. تحلیل FRAP نیز فعالیت آنتی‌اکسیدانی وابسته به دوز را تأیید کرد. در این مطالعه یک ایزوله باکتریایی جدید شناسایی شد که به‌عنوان سویه جدید S. aureus معرفی و با شماره دسترسی PX068377.1 در پایگاه GenBank ثبت گردید. فقدان باند DNA در الکتروفورز پس از آزمون تخریب DNA، تخریب ژنومی قابل‌توجهی را نشان داد که می‌تواند ناشی از اثرات ژنوتوکسیک قوی ترکیبات با وزن مولکولی پایین و آب‌گریزی بالای روغن فرّار باشد؛ ویژگی‌هایی که نفوذ سریع به غشا و در نتیجه تخریب اسید نوکلئیک آسیب‌دیده را تسهیل می‌کنند.<br />نتیجه‌گیری: با توجه به خواص آنتی‌اکسیدانی و ژنوتوکسیک قوی روغن اسانسی بادیان ستاره‌ای که در این مطالعه نشان داده شد، این ماده می‌تواند به‌عنوان یک عامل ضد میکروبی طبیعی و بومی بالقوه، به‌ویژه علیه باکتری‌های مقاوم به آنتی‌بیوتیک معرفی گردد. https://jab.uk.ac.ir/article_5151_7dbb628f890dba557078f6a7722c8e03.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Designing integrated bioreactors for marine plant tissue culture and coastal habitat restoration طراحی بیورآکتورهای یکپارچه برای کشت بافت گیاهان دریایی و بازسازی زیستگاه‌های ساحلی 403 414 5152 10.22103/jab.2025.25252.1708 FA محمدعلی برونو گروه مهندسی دریایی، مؤسسه علوم و فناوری AMET، چِنگالپِت، ایالت تامیل نادو، هند، س. مورالیداران گروه مهندسی دریایی، مؤسسه علوم و فناوری AMET، چِنگالپِت، ایالت تامیل نادو، هند. Journal Article 2025 05 12 Objective<br />The coastal ecosystem plays a major role in maintaining the environment and economic assets for humans. But the ecosystem was severely polluted by human activity and climate change. This study investigates the integration of a bioreactor with marine symbiotic microbes that restore the coastal habitat through innovative marine plant tissue culture. The objective of the study is to design the integrated bioreactors for Marine plant tissue culture and restore the coastal habitat. The restoration was done by the marine symbiotic micro-organisms, like Mycorrhizae, Nitrogen-fixers, Endophytes, Rhizosphere microbes, and Pathogens. The review was taken by focusing on the plant-microbe interaction across diverse coastal ecosystems, such as dunes, mangroves, swamps, and forests.<br />Materials and methods<br />On the other side, the bioreactors were designed by non-agitated systems, rotating wall vessels, tubular membrane bioreactors, and single-use reactors were evaluated for their ability and flexibility to use in the plant tissue and cell cultivation. Key design features such as aeration, mixing efficiency, nutrient uptake, and shear stress mitigation were thoroughly examined.<br />Results<br />As a result, the coastal symbiotic microbes can efficiently influence the coastal ecosystem in coastal plant community structure and function, promoting resilience against salinity, nutrient limitation, and biotic stress. The advanced bioreactor engineering has improved mass propagation potential, reduced operational cost, and facilitated large-scale micropropagation of marine plant culture. The integration of microbiome-based inoculation within a bioreactor system provides a solution to naturally restore degraded habitats, improve plant growth, and monitor the ecosystem health by indicator microbes. <br />Conclusions<br />The combination of microbial ecology with plant tissue culture with bioreactor technology can give a valuable and efficient scalable restoration of the marine ecosystem. Further research is needed on the inoculation of the culture and bioreactor optimization is arranged for species-specific application. This approach holds the substantial promise for reinforcing the ecological resilience of vulnerable coastal regions amid global environmental change. هدف: اکوسیستم‌های ساحلی نقشی اساسی در پایداری محیط‌زیست و حفظ منابع اقتصادی انسان دارند، اما این زیست‌بوم‌ها به‌طور جدی تحت تأثیر آلودگی ناشی از فعالیت‌های انسانی و تغییرات اقلیمی قرار گرفته‌اند. این پژوهش به بررسی تلفیق بیورآکتور با میکروارگانیسم‌های همزیست دریایی می‌پردازد که از طریق کشت بافت نوآورانه‌ی گیاهان دریایی، به بازسازی زیستگاه‌های ساحلی کمک می‌کنند. هدف این مطالعه، طراحی بیورآکتورهای یکپارچه برای کشت بافت گیاهان دریایی و بازسازی زیستگاه‌های ساحلی است. بازسازی با بهره‌گیری از میکروارگانیسم‌های همزیست دریایی نظیر میکوریزا، تثبیت‌کننده‌های نیتروژن، اندوفیت‌ها، میکروب‌های ناحیه ریشه (ریزوسفر) و پاتوژن‌ها انجام می‌شود. این مرور با تمرکز بر تعامل گیاه و میکروب در اکوسیستم‌های گوناگون ساحلی از جمله تپه‌های شنی، جنگل‌های مانگرو، مرداب‌ها و جنگل‌های ساحلی انجام گرفته است.<br />مواد و روش‌ها: در مرحله طراحی، انواع بیورآکتورها شامل سیستم‌های بدون هم‌زن، راکتورهای دیواره‌چرخان، بیورآکتورهای غشایی لوله‌ای و راکتورهای یک‌بار مصرف مورد ارزیابی قرار گرفتند تا میزان قابلیت و انعطاف‌پذیری آن‌ها در کاربردهای کشت بافت و سلول‌های گیاهی تعیین شود. ویژگی‌های طراحی کلیدی مانند هوادهی، کارایی اختلاط، جذب مواد مغذی و کاهش تنش برشی به‌صورت جامع بررسی شدند.<br />نتایج: نتایج نشان داد که میکروارگانیسم‌های همزیست ساحلی می‌توانند به‌طور مؤثر ساختار و عملکرد اجتماعات گیاهان ساحلی را تحت تأثیر قرار داده و مقاومت آن‌ها را در برابر شوری، کمبود مواد مغذی و تنش‌های زیستی افزایش دهند. به‌کارگیری مهندسی پیشرفته بیورآکتورها موجب افزایش توان تکثیر انبوه، کاهش هزینه‌های عملیاتی و تسهیل ریزتکثیر در مقیاس وسیع کشت گیاهان دریایی شده است. ادغام تلقیح مبتنی بر میکروبیوم در سامانه بیورآکتور، راهکاری طبیعی برای بازسازی زیستگاه‌های تخریب‌شده، بهبود رشد گیاهان و پایش سلامت اکوسیستم از طریق میکروب‌های شاخص ارائه می‌دهد.<br />نتیجه‌گیری: ترکیب بوم‌شناسی میکروبی با فناوری کشت بافت گیاهی و فناوری بیورآکتور، رویکردی ارزشمند، کارآمد و مقیاس‌پذیر برای بازسازی اکوسیستم‌های دریایی فراهم می‌آورد. انجام پژوهش‌های بیشتر در زمینه تلقیح کشت‌ها و بهینه‌سازی بیورآکتورها برای کاربردهای اختصاصی گونه‌ای ضروری است. این رویکرد چشم‌انداز امیدبخشی برای تقویت تاب‌آوری بوم‌شناختی مناطق ساحلی آسیب‌پذیر در مواجهه با تغییرات زیست‌محیطی جهانی دارد. https://jab.uk.ac.ir/article_5152_e5670774613b66aa974123663a4cb209.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Application of staphyloxanthin-silver nanoparticles combination as a sustainable therapeutic platform with anticancer potential کاربرد ترکیب استافیلوگزانتین-نانوذرات نقره به‌عنوان یک بستر درمانی پایدار با پتانسیل ضدسرطانی 415 438 5133 10.22103/jab.2025.25829.1760 FA حوراء کریم جودی گروه میکروب‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القادسیه، القادسیه، عراق. حسن هاشم ناصر واحد پژوهشی بیماری‌های قابل‌انتقال بین انسان و حیوان، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القادسیه، القادسیه، عراق. Journal Article 1970 01 01 Objective<br />Staphylococcus aureus is a major human pathogen that causes a wide range of infections, from minor skin diseases to severe systemic diseases. A golden carotenoid pigment called staphyloxanthin determines the virulence of Staphylococcus aureus. It acts as an antioxidant and protects the bacteria from oxidative stress. The aim of this study was to investigate the molecular and biochemical properties of staphyloxanthin, as well as its role and potential in combination with biogenic silver nanoparticles for sustained therapy and to evaluate its anticancer activity.<br />Materials and methods<br />Staphyloxanthin production by clinical isolates of Staphylococcus aureus was investigated based on the amount of pigment produced. PCR was used to genetically confirm the biosynthetic genes crtO, crtP, crtQ, crtM and crtN. Pigment purification was performed using high-performance liquid chromatography (HPLC). Then, DPPH radical scavenging assay was used to investigate its antioxidant capacity. S. aureus extracts were used to synthesize biogenic silver nanoparticles. Surface plasmon resonance peak was confirmed by UV-visible spectroscopy at 425 nm. Then, the cytotoxic and synergistic effects of staphyloxanthin and silver nanoparticles, both individually and in combination, were evaluated against HeLa (cervical) and MCF-7 (breast) cancer cell lines. CHO cells were used as non-cancerous control.<br /><br /><br />Results<br />Intense golden pigments were observed in seventy-five percent of the isolates. All staphyloxanthin biosynthesis genes were confirmed by PCR. A single, well-defined peak (retention time: 8.12-8.23 min; area: 639,700.9-28035.9 mA h) was detected by HPLC. The strong antioxidant activity of this pigment resulted in 86% of DPPH radicals being scavenged at a concentration of 320 μg/mL. This activity is at the level and magnitude of the activity of ascorbic acid. The concentration of spherical biogenic silver nanoparticles was 55.6 ± 2.1 μg/mL. Superior dose-dependent cytotoxicity against cancer cells was achieved by the staphyloxanthin-AgNP combination treatment, providing complete inhibition at a concentration of 320 μg/mL while maintaining low toxicity to CHO cells. Combination index values (CI < 1) confirmed strong synergy, increasing the potency of the individual treatments by 2.1- to 3.5-fold.<br />Conclusions<br />According to the results obtained, it can be said that the staphyloxanthin-silver nanoparticle (STX-AgNP) complex can act as a promising and multifunctional therapeutic platform with potent and selective anticancer activity. Given its strong synergistic effects and biogenic origin, it can be envisaged to have potential applications in the sustainable treatment of cancer and the management of antimicrobial resistance. However, further studies on a larger scale are needed to draw definitive conclusions. هدف: استافیلوکوکوس اورئوس یکی از پاتوژن‌های اصلی انسانی است که طیف وسیعی از عفونت‌ها را ایجاد می‌کند؛ از بیماری‌های خفیف پوستی گرفته تا عفونت‌های سیستمیک شدید. یک رنگدانه کاروتنوئیدی طلایی به نام استافیلوگزانتین، عامل تعیین‌کننده وایرولانس باکتری است. این ترکیب به‌عنوان آنتی‌اکسیدان عمل کرده و از باکتری در برابر استرس اکسیداتیو محافظت می‌کند. هدف این پژوهش بررسی ویژگی‌های مولکولی و بیوشیمیایی استافیلوگزانتین و نیز ارزیابی نقش و پتانسیل آن در ترکیب با نانوذرات نقره زیستی برای درمان پایدار و بررسی فعالیت ضدسرطانی آن بود.<br />مواد و روش‌ها: تولید استافیلوگزانتین توسط ایزوله‌های بالینی استافیلوکوکوس اورئوس بر اساس میزان رنگدانه تولیدشده مورد بررسی قرار گرفت. برای تأیید ژنتیکی ژن‌های بیوسنتزی crtO، crtP، crtQ، crtM و crtN از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) استفاده شد. تخلیص رنگدانه با HPLC انجام گرفت. سپس، آزمون مهار رادیکال DPPH برای ارزیابی ظرفیت آنتی‌اکسیدانی آن به‌کار رفت. از عصاره‌های S. aureus برای سنتز نانوذرات نقره زیستی استفاده شد. پیک تشدید پلاسمون سطحی در طول‌موج ۴۲۵ نانومتر با استفاده از طیف‌سنجی فرابنفش-مرئی تأیید شد. در ادامه، اثرات سمی سلولی و هم‌افزای استافیلوگزانتین و نانوذرات نقره، به‌صورت جداگانه و ترکیبی، بر روی رده‌های سلولی سرطانی HeLa و MCF-7 ارزیابی گردید. سلول‌های CHO به‌عنوان کنترل غیرسرطانی استفاده شدند.<br />نتایج: در ۷۵٪ از ایزوله‌ها رنگدانه‌های طلایی شدیدی مشاهده شد. تمام ژن‌های بیوسنتز استافیلوگزانتین با PCR تأیید شدند. یک پیک واضح و منفرد با زمان بازداری12/8 نا 23/8 دقیقه و سطح 9/28035 تا 9/639700 mA·h در HPLC شناسایی شد. فعالیت آنتی‌اکسیدانی قوی رنگدانه منجر به مهار ۸۶٪ از رادیکال‌های DPPH در غلظت ۳۲۰ میکروگرم بر میلی‌لیتر شد که از نظر شدت با فعالیت اسید آسکوربیک قابل مقایسه بود. غلظت نانوذرات نقره زیستی کروی برابر با 1/2 ±6/55 میکروگرم بر میلی‌لیتر بود. درمان ترکیبی استافیلوگزانتین- AgNP اثر سمی وابسته به دوز قوی‌تری بر سلول‌های سرطانی ایجاد کرد و در غلظت ۳۲۰ میکروگرم بر میلی‌لیتر مهار کامل رشد سلولی را به‌همراه داشت، در حالی که سمیت پایینی بر سلول‌های CHO نشان داد. مقادیر شاخص ترکیب (CI < 1) بیانگر هم‌افزایی قوی و افزایش 1/2-5/3 برابری توان درمان‌های منفرد بود.<br />نتیجه‌گیری: بر اساس نتایج به‌دست‌آمده، می‌توان گفت که کمپلکس استافیلوگزانتین-نانوذرات نقره می‌تواند به‌عنوان یک بستر درمانی نویدبخش و چندمنظوره با فعالیت ضدسرطانی قوی و انتخاب‌گر عمل کند. با توجه به اثرات هم‌افزای چشمگیر و منشأ زیستی آن، این ترکیب می‌تواند در درمان پایدار سرطان و کنترل مقاومت میکروبی کاربرد بالقوه‌ای داشته باشد. بااین‌حال، انجام مطالعات بیشتر در مقیاس وسیع‌تر برای دستیابی به نتایج قطعی ضروری است. https://jab.uk.ac.ir/article_5133_7cb634e96eedaa7bd9d249133f648686.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Effects of two different doses of biofertilizer on the growth and production of Kohlrabi (Brassica oleracea var. Gongylodes L.) تأثیر دو دوز مختلف کود زیستی بر رشد و تولید کلم قمری (Brassica oleracea var. Gongylodes L.) 439 452 5153 10.22103/jab.2025.26055.1781 FA دینا ع. سعد گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه دیاله، دیاله، عراق. نیاف مجید العگیدی گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه دیاله، دیاله، عراق. الطیفة فاضل الطائی گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم بانوان، دانشگاه بغداد، بغداد، عراق. رحاب جمعه منصور گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه دیاله، دیاله، عراق. Journal Article 2025 10 06 Objective<br />This study was carried out to investigate the effects of two levels of biofertilizer on the growth and yield of cabbage (Brassica oleracea var. L.) under local environmental conditions under standard conditions involving water and sunlight exposure.<br /><br />Materials and methods<br />A field experiment with biofertilizer (3,6 kg ha-1) was conducted in loam soil at a research field affiliated with a green gold company (Diyala City, Iraq). The physical and chemical characteristics of the field soil were recorded. The experimental methodology was a randomized complete block design (RCBD) with three replications versus the control. The first dose of biofertilizer (3), which consisted of Trichoderma and Bacillus strains with humic acids and seaweed extract, was applied one week after planting, and the second dose (6) was added after two weeks. In their plots, the Kohlrabi seedlings were manually planted in rows of two meters each, separated by 20 cm (3 rows per plot). The seeds of Kohlrabi were sowed (on 10 September 2023 in the seedbed and planted in the field on 22 October 2023). Throughout the research, all weeding was performed by hand. The crop was harvested after 90 days of planting and statistically analyzed.<br /><br />Results<br />The results indicated that the 6 kg/ha treatment resulted in the maximum average growth and productivity parameters, such as plant height, leaf number, chlorophyll content, leaf area, bulb length, bulb diameter, bulb weight, root weight and total yield. The values for these genes were 56.76 ± 2.30, 9.56 ± 0.23, 14.53 ± 0.26, 13.03 ± 0.61, 9.00 ± 0.05, 11.81 ± 0.13, 298.33 ± 4.41, 51.50 ± 0.50, and 9.54 ± 0.14, respectively, under the lowest values recorded under the control treatment.<br /><br />Conclusions<br />This study is very significant because it provides an alternative for chemical fertilizers that ecologically enhances cabbage growth and production while lowering cost and keeping the soil and food healthy. هدف: این پژوهش با هدف بررسی تأثیر دو سطح مختلف از کود زیستی بر رشد و عملکرد کلم قمری (Brassica oleracea var. L.) تحت شرایط محیطی محلی و در شرایط استاندارد شامل آبیاری و تابش نور خورشید انجام شد.<br />مواد و روش‌ها: آزمایش مزرعه‌ای با دو سطح کود زیستی (۳ و ۶ کیلوگرم در هکتار) در خاک لومی در مزرعه تحقیقاتی وابسته به شرکت "طلای سبز" در شهر دیاله (عراق) انجام شد. ویژگی‌های فیزیکی و شیمیایی خاک مزرعه ثبت گردید. طرح آزمایشی به‌صورت بلوک‌های کامل تصادفی (RCBD) با سه تکرار و یک تیمار شاهد اجرا شد. دوز اول کود زیستی (۳ کیلوگرم در هکتار) شامل سویه‌های Trichoderma و Bacillus همراه با اسیدهای هیومیک و عصاره جلبک دریایی، یک هفته پس از کاشت و دوز دوم (۶ کیلوگرم در هکتار) دو هفته بعد اعمال گردید. نشاءهای کلم قمری به‌صورت دستی در ردیف‌هایی به طول دو متر و فاصله ۲۰ سانتی‌متر (سه ردیف در هر کرت) کاشته شدند. بذرها در تاریخ ۱۰ سپتامبر ۲۰۲۳ در خزانه کشت و در تاریخ ۲۲ اکتبر ۲۰۲۳ به زمین اصلی منتقل شدند. در طول دوره تحقیق، وجین به‌صورت دستی انجام شد. محصول پس از ۹۰ روز از کاشت برداشت و داده‌ها به‌صورت آماری تجزیه و تحلیل شدند.<br />نتایج: نتایج نشان داد که تیمار ۶ کیلوگرم در هکتار بیشترین میانگین رشد و شاخص‌های تولید را شامل ارتفاع گیاه، تعداد برگ، محتوای کلروفیل، سطح برگ، طول غده، قطر غده، وزن غده، وزن ریشه و عملکرد کل نشان داد. مقادیر این صفات به‌ترتیب برابر با ۳۰/۲ ± ۷۶/۵۶، ۲۳/۰ ± ۵۶/۹، ۲۶/۰ ± ۵۳/۱۴، ۶۱/۰ ± ۰۳/۱۳، ۰۵/۰ ± ۰۰/۹، ۱۳/۰ ± ۸۱/۱۱، ۴۱/۴ ± ۳۳/۲۹۸، ۵۰/۰ ± ۵۰/۵۱ و ۱۴/۰ ± ۵۴/۹ بود، در حالی که پایین‌ترین مقادیر مربوط به تیمار شاهد ثبت گردید.<br />نتیجه‌گیری: این پژوهش اهمیت بالایی دارد زیرا جایگزینی مناسب برای کودهای شیمیایی ارائه می‌دهد که رشد و تولید کلم قمری را به‌صورت زیست‌محیطی بهبود داده، هزینه‌ها را کاهش داده و سلامت خاک و محصول را حفظ می‌کند. https://jab.uk.ac.ir/article_5153_7dead03ae3da0a1da66378a2c0b8bcb9.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 In vitro cytotoxic evaluation of bioactive compounds derived from Talaromyces minioluteus ارزیابی سیتوتوکسیک In vitro ترکیبات بیواکتیو مشتق‌شده از Talaromyces minioluteus 453 468 5154 10.22103/jab.2025.26125.1785 FA کاوثر توما خلف دانشکده علوم آزمایشگاهی بالینی، دانشکده داروسازی، دانشگاه بصره، بصره، عراق. زینب توما الدلی دانشکده داروشناسی و گیاهان دارویی، دانشکده داروسازی، دانشگاه بصره، بصره، عراق. رواء سالم المیهی دانشکده علوم آزمایشگاهی بالینی، دانشکده داروسازی، دانشگاه بصره، بصره، عراق. 0000-0003-4160-900X Journal Article 2025 10 15 Objective<br />The prevalence of cancer has recently been increasing globally, highlighting the importance of investigation for new, more efficient and safer anticancer drugs. Different species of Talaromyces provide high-potential bioactive metabolites, such as phenolic, polyphenols, steroids, terpenoids, anthraquinones and alkaloids that can be widely used in several medical applications. However, the full pharmaceutical potential of such species, particularly those isolated from soil, is not fully documented. The aim of this study is to determine the cytotoxicity of the secondary metabolites of an isolated Talaromyces strain.<br />Materials and methods <br />The isolated fungal strain was identified and confirmed by both molecular and morphological analyses. Further, high-performance liquid chromatography (HPLC) was carried out to detect the secondary metabolites of isolated fungus. The MTT method was used to evaluate in vitro cytotoxic activity of the crude extracts of isolated fungus against human lung carcinoma (A549), colorectal carcinoma (SW480), and normal dermal fibroblasts (HDFn).<br />Results<br />The fungal identity as Talaromyces minioluteus was confirmed by morphological and ITS- based molecular analysis. HPLC detected several bioactive compounds in the crude extracts of isolated fungus. The crude extract of Talaromyces minioluteus was observed to have anticancer effects against A549 and SW480, the values of IC50 were 62.5 µg/mL for A549 and 78.2 µg/mL for SW480. The IC50 for normal HDFn was higher (>200 µg/mL), showing the high cytotoxicity against lung and colorectal carcinoma cells. <br />Conclusions<br />The crude extract of Talaromyces minioluteus has a high cytotoxicity against lung and colorectal carcinoma cells. The presence of secondary metabolites is responsible for this effect due to their main roles in apoptosis induction and tumour growth inhibition. Based on the current results, Talaromyces minioluteus is considered a valuable source of bioactive metabolites. Further research on this isolated fungus should be undertaken to investigate the underlying mechanisms by which bioactive metabolites exert their impacts. هدف: شیوع سرطان اخیراً در سطح جهانی افزایش یافته است، که این امر بر اهمیت بررسی داروهای ضدسرطانی جدید، کارآمدتر و ایمن‌تر تأکید می‌کند. گونه‌های مختلف Talaromyces متابولیت‌های بیواکتیو با پتانسیل بالا مانند فنولیک‌ها، پلی‌فنول‌ها، استروئیدها، ترپنوئیدها، آنتراکینون‌ها و آلکالوئیدها را فراهم می‌کنند که می‌توانند به طور گسترده در کاربردهای پزشکی مختلف استفاده شوند. با این حال، پتانسیل دارویی کامل این گونه‌ها، به ویژه آن‌هایی که از خاک جدا شده‌اند، به طور کامل مستند نشده است. هدف این مطالعه تعیین سمیت سلولی متابولیت‌های ثانویه یک سویه جدا شده Talaromyces است.<br />مواد و روش‌ها: سویه قارچی جدا شده با استفاده از تحلیل‌های مولکولی و مورفولوژیکی شناسایی و تأیید شد. علاوه بر این، کروماتوگرافی مایع با کارایی بالا (HPLC) برای شناسایی متابولیت‌های ثانویه قارچ جدا شده انجام شد. روش MTT برای ارزیابی فعالیت سیتوتوکسیک in vitro عصاره‌های خام قارچ جدا شده در برابر کارسینوم ریه انسانی (A549)، کارسینوم کولورکتال (SW480) و فیبروبلاست‌های درمال طبیعی (HDFn) استفاده شد.<br />نتایج: هویت قارچی به عنوان Talaromyces minioluteus با تحلیل مورفولوژیکی و مولکولی مبتنی بر ITS تأیید شد. HPLC چندین ترکیب بیواکتیو را در عصاره‌های خام قارچ جدا شده شناسایی کرد. عصاره خام Talaromyces minioluteus اثرات ضدسرطانی علیه A549 و SW480 نشان داد، که مقادیر IC50 آن 5/62 میکروگرم بر میلی‌لیتر برای A549 و 2/78 میکروگرم بر میلی‌لیتر برای SW480 بود. IC50 برای HDFn طبیعی بالاتر (بیشتر از ۲۰۰ میکروگرم بر میلی‌لیتر) بود، که سمیت سلولی بالا علیه سلول‌های کارسینوم ریه و کولورکتال را نشان می‌دهد.<br />نتیجه‌گیری: عصاره خام Talaromyces minioluteus سمیت سلولی بالایی علیه سلول‌های کارسینوم ریه و کولورکتال دارد. وجود متابولیت‌های ثانویه مسئول این اثر است، زیرا نقش اصلی آن‌ها در القای آپوپتوز و مهار رشد تومور است. بر اساس نتایج فعلی، Talaromyces minioluteus به عنوان منبع ارزشمندی از متابولیت‌های بیواکتیو در نظر گرفته می‌شود. تحقیقات بیشتری بر روی این قارچ جدا شده باید انجام شود تا مکانیسم‌های زیربنایی که متابولیت‌های بیواکتیو اثرات خود را اعمال می‌کنند، بررسی شود. https://jab.uk.ac.ir/article_5154_188a880d5dc690f049ce7f06cabe9d6a.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 17 4 2025 10 23 Investigation of interleukin-6 gene expression in liver and spleen tissues of broiler chickens fed mealworm, probiotics, and mealworm with probiotics بررسی بیان ژن اینترلوکین 6 در بافت‌های کبد و طحال جوجه‌های گوشتی تغذیه شده با میلورم، پروبیوتیک‌ها و میلورم به همراه پروبیوتیک‌ها 469 486 5155 10.22103/jab.2025.26228.1793 FA محمدرضا محمدآبادی استاد بخش علوم دامی دانشگاه شهید باهنر کرمان امین خضری دانشیار بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، ایران محسن افشارمنش دانشیار بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، ایران حمید خیرالدین دانشکده کویرشناسی، دانشگاه سمنان، سمنان، ایران محمدرضا بحرینی بهزادی گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران اولنا بابنکو گروه علوم دامی، دانشگاه ملی کشاورزی بیلا تسرکوا، بیلا تسرکوا، اوکراین. سویتلانا اوسنکو بخش زیست‌شناسی تولیدات دامی، به نام استاد دانشگاه او. وی. کواسنیتسکی، دانشگاه کشاورزی ایالتی پولتاوا، پولتاوا، اوکراین مهدی مومن بخش علوم جراحی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه ویسکانسین-مدیسون، مدیسون، ویسکانسین، ایالات متحده آمریکا. Journal Article 2025 11 03 Objective<br />Given the growing concerns about the use of antibiotics in the poultry industry and the search for natural alternatives to improve the performance and health of broiler chickens, and the fact that the interleukin-6 (IL-6) gene is a key indicator in the immune and inflammatory responses of birds, the present study was conducted to investigate the nutritional effects of mealworms (Tenebrio molitor) and probiotics, individually and in combination, on IL-6 gene expression in liver and spleen tissues of broiler chickens. <br />Materials and Methods<br />In this study, 160 one-day-old male chicks of the Ross 308 strain were used in a completely randomized design with four treatments and four replicates (each replication included 10 birds). The experimental treatments included the control group (basal diet), probiotic group (0.2 g/kg feed), mealworm powder group (0.5% of feed), and probiotic and mealworm combination group. The rearing period lasted 42 days. At the end of the period, tissue samples were taken from the liver and spleen for RNA extraction and cDNA synthesis. IL-6 gene expression was measured by Real-Time PCR using the GAPDH reference gene. Data were analyzed by ANOVA and Tukey's multiple comparison test (P<0.05). <br />Results<br />The results showed that the addition of probiotics, mealworm powder, and their combination led to a significant increase in IL-6 gene expression in liver and spleen tissues compared with the control group (P<0.05). The highest increase in expression was related to the combined probiotic and mealworm treatment, which was significantly different from other treatments. Single-peak melting curves and the correct size of PCR products confirmed the specificity of the reaction. Increased IL-6 expression in both tissues indicated stimulation of innate immune and acute phase inflammatory pathways at the systemic level. <br />Conclusion<br />The findings suggest that the combined use of probiotics and mealworm powder can have a synergistic effect on the immune activation of broiler chickens by increasing IL-6 gene expression. These results indicate that the combination of these two natural additives can be used as an effective and safe approach to promote immune health and sustainability of the poultry farming system. هدف: با توجه به افزایش نگرانی‌ها در خصوص استفاده از آنتی‌بیوتیک‌ها در صنعت طیور و جستجوی جایگزین‌های طبیعی برای بهبود عملکرد و سلامت جوجه‌های گوشتی و این که ژن اینترلوکین-6 (IL-6) به عنوان یکی از شاخص‌های کلیدی در پاسخ‌های ایمنی و التهابی پرندگان مورد توجه قرار گرفته است، پژوهش حاضر با هدف بررسی اثرات تغذیه‌ای میلورم (Tenebrio molitor) و پروبیوتیک، به‌صورت جداگانه و ترکیبی، بر بیان ژن IL-6 در بافت‌های کبد و طحال جوجه‌های گوشتی انجام شد. <br />مواد و روش‌ها: در این مطالعه، ۱۶۰ قطعه جوجه نر یک‌روزه سویه Ross 308 در قالب طرح کاملاً تصادفی با چهار تیمار و چهار تکرار (هر تکرار شامل ۱۰ پرنده) مورد بررسی قرار گرفتند. تیمارهای آزمایشی شامل گروه کنترل (جیره پایه)، گروه پروبیوتیک (2/0 گرم در کیلوگرم خوراک)، گروه پودر کرم آردی (5/0 درصد از خوراک) و گروه ترکیب پروبیوتیک و کرم آردی بودند. دوره پرورش ۴۲ روز به طول انجامید. در پایان دوره، نمونه‌های بافتی از کبد و طحال برای استخراج RNA و سنتز cDNA گرفته شدند. بیان ژن IL-6 با روش Real-Time PCR و با استفاده از ژن مرجع GAPDH سنجش شد. داده‌ها با روش آماری ANOVA و آزمون چنددامنه‌ای توکی تحلیل شدند (P<0.05).<br />نتایج: نتایج نشان داد که افزودن پروبیوتیک، پودر کرم آردی و ترکیب آن‌ها منجر به افزایش معنی‌دار بیان ژن IL-6 در بافت‌های کبد و طحال در مقایسه با گروه کنترل گردید (P<0.05). بیشترین میزان افزایش بیان مربوط به تیمار ترکیبی پروبیوتیک و کرم آردی بود که تفاوت آن با سایر تیمارها معنی‌دار بود. منحنی‌های ذوب تک‌پیک و اندازه صحیح محصولات PCR اختصاصیت واکنش را تأیید نمودند. افزایش بیان IL-6 در هر دو بافت نشان‌دهنده تحریک مسیرهای ایمنی ذاتی و فاز حاد التهابی در سطح سیستمیک بود. <br />نتیجه‌گیری: یافته‌ها بیانگر آن است که استفاده توأمان از پروبیوتیک و پودر کرم آردی می‌تواند اثر هم‌افزایی بر فعال‌سازی ایمنی جوجه‌های گوشتی از طریق افزایش بیان ژن IL-6 داشته باشد. این نتایج نشان می‌دهد که ترکیب این دو افزودنی طبیعی می‌تواند به‌عنوان رویکردی مؤثر و ایمن برای ارتقای سلامت ایمنی و پایداری سیستم پرورش طیور مورد استفاده قرار گیرد. https://jab.uk.ac.ir/article_5155_371bba9570871859955f6c058dd40cf5.pdf