دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Investigation of Pollen Source-Induced Variation in Fruit Size and Expression Pattern of Mir396a and its Target Gene During Fruit Developmental Stage in Prunus Arabica بررسی تغییرات ناشی از منبع دانه‌‌‌گرده بر اندازه میوه و الگوی بیانی miR396a و ژن هدف آن در مراحل نموی میوه Prunus arabica 1 20 5369 10.22103/jab.2026.24163.1621 FA مرجان جعفری گروه باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهرکرد، ایران، شهرکرد بهروز شیران گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهرکرد Journal Article 2024 10 12 Objective Almond (Prunus dulcis Mill.) represents a high-value fruit crop that is widely cultivated in temperate agro-climatic regions. Market preference and economic returns are often strongly linked to fruit size, with larger almonds generally commanding greater commercial interest. Given that the pollen parent can influence fruit characteristics, including kernel dimensions, this study applied the concept of xenia to evaluate its impact at both morphological and molecular levels, with the aim of identifying and substantiating genes involved in the regulation of fruit size. Materials and Methods To address this objective, Arabica almond trees were pollinated using four distinct almond genotypes: Mamaee and Pooya, characterized by large kernel size, and the Sefid cultivar along with Prunus orientalis, both producing small kernels. Fruits were sampled at multiple developmental stages and subjected to morphological and molecular assessments. Measurements of fruit length and width were obtained using a digital caliper, while fruit weight was recorded with a digital balance. Results Morphological analysis revealed significant differences among the crosses. Pollination with Pooya led to an increase in maternal morphological traits such as kernel length, width, thickness, and weight compared to P. orientalis. At the molecular level, the expression of Pdu-miR396a and BEN1—genes involved in plant growth and development—was examined in kernels at different developmental stages using RT-qPCR. The results showed that Pdu-miR396a expression was significantly reduced in large fruits obtained from the P. arabica × Pooya cross compared to other combinations. Moreover, its expression decreased progressively during fruit development, correlating with kernel enlargement. A negative correlation was observed between Pdu-miR396a and its target protein BRI1-5 ENHANCED 1 (BEN1), where PduBEN1 exhibited significantly higher expression in large fruits from the P. arabica × Pooya cross compared to others. These findings suggest that the Pdu-miR396a–BEN1 module potentially regulates almond kernel size through interactions between maternal and paternal parents. Conclusion The findings demonstrate that the Pdu-miR396a–BEN1 regulatory module is a key factor in the control of almond kernel size, with contributions from both maternal and paternal genotypes to fruit development. Accordingly, the combined use of gene expression profiling and morphological assessment offers a robust approach for supporting and verifying the influence of xenia in almond production. هدف: بادام (Prunus dulcis MILL) از میوه‌های بسیار ارزشمندی است که به صورت تجاری در مناطق معتدل جهان کشت می‌شود. امروزه میوه‌های بزرگتر بازار فروش و سود بیشتری دارند. با توجه به تأثیر منابع گرده بر ویژگی‌های میوه بادام از جمله اندازه هسته، در این تحقیق پدیده زنیا در سطح مورفولوژیک و مولکولی جهت شناسایی و تایید ژن‌های مرتبط با اندازه میوه، مورد مطالعه قرار گرفته است. مواد و روش‌ها: برای این منظور بادام اربیکا با گونه Prunus orientalis و رقم سفید با دانه ریز و دو رقم مامایی و پویا با دانه درشت گرده‌افشانی شد و نمونه‌برداری از مراحل مختلف رشد میوه برای مطالعات مورفولوژیک و مولکولی انجام شد. ابعاد میوه با کولیس دیجیتال و وزن با ترازو دیجیتال اندازه‌گیری شد. نتایج: نتایج خصوصیات مورفولوژیک بذر نشان داد که بین تلاقی‌های مختلف تفاوت معنی‌داری وجود دارد، به طوری که گرده‌افشانی با رقم پویا باعث افزایش ویژگی‌های مورفولوژیکی مانند طول، عرض، ضخامت و وزن هسته والد مادری نسبت به P. Orientalis شد. همچنین برای بررسی نقش زنیا بر اندازه میوه در سطح مولکولی، میزان بیان ژن‌های Pdu-miR396a-BEN1 به عنوان ژن‌های دخیل در فرآیند رشد و نمو گیاهان، در مراحل مختلف رشد مغز بادام حاصل از تلاقی‌های مختلف بررسی و نقش احتمالی آن‌ها در کنترل اندازه هسته توسط RT-qPCR تایید شد. به طوری که Pdu-miR396a کاهش بیان معنی‌داری را در میوه بزرگ حاصل از تلاقی اربیکا × پویا در مقایسه با دیگر تلاقی‌ها داشت. همچنین روند بیان این ژن کاهشی بوده و با پیشرفت مراحل نموی و بزرگ شدن اندازه میوه، بیان آن کاهش پیدا کرده است. علاوه بر این همبستگی منفی بین بیان Pdu-miR396a و پروتئین هدف آن (BRI1-5 ENHANCED 1 (BEN1) ، مشاهده شد. به طوری که PduBEN1 افزایش بیان معنی‌داری را در میوه بزرگ حاصل از تلاقی اربیکا × پویا در مقایسه با دیگر تلاقی‌ها داشت. بنابراین، Pdu-miR396a-BEN1 به طور بالقوه در تنظیم اندازه دانه بادام توسط والدین مادری و پدری نقش دارد. نتیجه گیری: با توجه به نتایج بدست آمده می‌توان نتیجه گرفت که Pdu-miR396a-BEN1 به طور بالقوه در تنظیم اندازه دانه بادام نقش اساسی دارد و توسط والدین مادری و پدری بر اندازه میوه تاثیر می‌گذارد بنابراین بررسی بیان این ژن در کنار بررسی های مورفولوژیکی می‌تواند نشان دهنده و تایید کننده پدیده زنیا در بادام باشد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5369_9ecaa186348fe265b4ae3a055e9bf346.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Evaluation of Defence-Related Gene Expression in the Susceptible Apple Cultivar 'Prima' Against European Canker Using a Transcriptomics Approach ارزیابی بیان ژن‌های مرتبط با پاسخ دفاعی در رقم حساس سیب "پریما" در مواجهه با بیماری شانکر اروپایی با رویکرد توالی‌یابی رونوشت‌ها 21 40 5370 10.22103/jab.2026.25863.1765 FA مرجان قاسم خانی گروه تنوع زیستی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان، ایران. Journal Article 2025 09 05 Objective European canker is one the most destructive diseases affecting apple trees in temperate growing regions and is caused by the fungal pathogen Neonectria ditissima. Due to the pathogen’s ability to persist year-round, effective disease control remains challenging. This study aimed to identify key genes and signaling pathways associated with susceptibility to N. ditissima. Elucidating the expression patterns and functional roles of these genes provides insight into the molecular mechanisms underlying disease development and may contribute to the development of more targeted and sustainable disease management strategies. Materials and methods The susceptible apple cultivar ‘Prima’ was inoculated by applying a fungal spore suspension to selected buds. Both inoculated and control samples (n = 18) were collected at 5, 15, and 30 days post-inoculation, with three biological replicates per time point, and used for total RNA extraction. RNA quality and quantity were evaluated prior to whole-transcriptome sequencing. Sequencing was performed in paired-end mode on the Illumina HiSeq 2000 platform. Raw read quality was assessed using FastQC, and high-quality reads were aligned to the apple reference genome using TopHat2. Differentially expressed genes (DEGs) were identified after normalization with DESeq2, and functional pathway enrichment analysis was conducted using the KEGG database. Results RNA-Seq analysis showed that the majority of transcriptional changes in the susceptible cultivar ‘Prima’ occurred at 15 and 30 days following inoculation with N. ditissima. A total of 6,996 differentially expressed genes (DEGs; FDR < 0.05) were identified, with more than 55% being up-regulated and approximately 45% down-regulated during the intermediate and late stages of infection. In contrast, no significant changes in gene expression were detected at 5 days post-inoculation. Notably, genes associated with cell wall biosynthesis and reinforcement, including CAD and LAC1, were down-regulated, while MLO6, a gene previously linked to enhanced disease susceptibility, showed strong up-regulation. Collectively, these expression patterns point to a disrupted coordination between structural and chemical defence responses in the susceptible cultivar, indicating an overall ineffective defence strategy against the pathogen. Conclusions The results suggest that in the susceptible apple cultivar, defence responses are mainly triggered at later stages of N. ditissima infection and are not sufficiently activated during the early phase of pathogen establishment. The gene expression patterns observed indicate a disruption in key defence-related pathways, along with altered regulation of genes associated with susceptibility. Taken together, genes that exhibited consistent and significant expression changes in this study represent potential candidates for molecular markers in apple breeding programmes, although their utility will require validation in independent populations and further functional characterization. هدف: بیماری شانکر اروپایی، یکی از مخرب‌ترین بیماری‌های درختان میوه در مناطق معتدل تولیدکننده سیب، توسط قارچ Neonectria ditissima ایجاد می‌شود. با توجه به بقای مستمر این پاتوژن در طول سال، کنترل بیماری با چالش‌های قابل توجهی همراه است. این پژوهش با هدف شناسایی ژن‌های کلیدی و مسیرهای سیگنالینگ دخیل در حساسیت به این عامل بیماری‌زا انجام شد. شناسایی این ژن‌ها و تحلیل عملکرد آن‌ها می‌تواند مسیرهای مولکولی دخیل در پیشرفت بیماری را روشن ساخته و به طراحی برنامه‌های کنترل هدفمند و پایدار منجر شود. مواد و روش ها: برای این مطالعه، یک رقم حساس سیب به نام"پریما" با سوسپانسیون قارچ بر روی جوانه های انتخاب شده تلقیح شد. نمونه‌های کنترل و تلقیح‌شده (18 نمونه) در زمان‌های ۵، ۱۵ و ۳۰ روز پس از تلقیح با سه تکرار بیولوژیکی در هر زمان جمع‌آوری گردیدند تا‌ RNA کل استخراج شود. پس از انجام کنترل کیفی و کمی RNA های استخراج‌شده، توالی‌یابی کل ژنوم به‌صورتpaired-end و دستگاه Hiseq2000 انجام شد. کیفیت داده‌های توالی‌یابی با استفاده از نرم‌افزار FastQC بررسی شد. سپس خوانش‌ها با نرم‌افزار TopHat2 روی ژنوم مرجع سیب نقشه‌ یابی شدند. نرمال‌سازی و تحلیل ژن‌های با بیان افتراقی با نرم‌افزار DESeq2 صورت گرفت و آنالیز غنی‌سازی مسیرهای مرتبط با DEGs از طریق نرم‌افزار KEGG انجام شد. یافته ها: نتایج نشان داد که بیشترین تغییرات بیان ژن در روزهای ۱۵ و ۳۰ پس از آلودگی با N. ditissima رخ داد و در مجموع ۶۹۹۶ ژن با بیان افتراقی ( 05/0< FDR) شناسایی شد؛ به‌طوری‌که بیش از ۵۵ درصد افزایش بیان و حدود ۴۵ درصد کاهش بیان در مراحل میانی و پیشرفته عفونت مشاهده گردید، در حالی که در روز ۵ هیچ ژن معناداری شناسایی نشد. کاهش بیان ژن‌های مرتبط با استحکام دیواره سلولی (CAD, LAC1) و افزایش بیان ژن حساسیت‌زا (MLO6) که نقش کلیدی داشتند، نشان‌دهنده ناهماهنگی مسیرهای دفاعی ساختاری و شیمیایی و پاسخ دفاعی ناکارآمد رقم حساس در برابر پاتوژن است. نتیجه گیری: نتایج این پژوهش نشان داد که در رقم حساس سیب، پاسخ‌های دفاعی در برابر N. ditissima عمدتاً در مراحل دیرتر آلودگی فعال می‌شوند و در مراحل اولیه ضعیف هستند. الگوی بیان ژن‌ها بیانگر تضعیف برخی مسیرهای دفاعی و تغییر بیان ژن‌های مرتبط با حساسیت گیاه است. بر این اساس، ژن‌هایی که تغییر بیان معنادار و پایدار نشان دادند می‌توانند به‌عنوان کاندیداهای بالقوه نشانگرهای مولکولی در برنامه‌های اصلاحی آینده مطرح شوند، مشروط بر آن‌که در جمعیت‌های مستقل و از طریق مطالعات عملکردی اعتبارسنجی شوند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5370_b9c35a55dde6b102631bdd68a2385142.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 The most important techniques for gene and genome editing مهمترین تکنیک‌های ویرایش ژن و ژنوم 41 68 5371 10.22103/jab.2026.23417.1570 FA مختار جلالی جواران گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران مریم محقق گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشگده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران صدیقه ستایش گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران مهسا زارعی مختار جلالی جواران، گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت‌مدرس، تهران، ایران سینا نصرت آبادی گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران Journal Article 2024 05 17 Objecrive This article aims to provide a comprehensive overview of the history of the discovery of these tools, their mechanisms of action, along with their advantages, disadvantages, challenges, applications, and future prospects, presented in a concise and informative manner for enthusiasts. Materials and methods Targeted genome editing is based on the induction of double-strand breaks, followed by the repair of the desired strand through mechanisms such as homologous recombination repair (HDR) or non-homologous end joining (NHEJ), which have been utilized across various organisms for diverse purposes. The first specialized nuclease, MegaN, was discovered in 1985, marking the inception of gene editing. Subsequently, the discovery of the ZF motif led to the development of ZFN, TALEN, CRISPR, and Fanzor nucleases, which have been employed for genome editing in living organisms. These nucleases function by binding to the DNA strand, identifying the target sequence, and, through their nuclease domain, introducing a cut. The discovery of the CRISPR/Cas system heralded a new era in gene editing research. The mechanism of action in this system involves the identification of the target sequence by the nuclease through the interaction of DNA and a guide RNA strand; following target sequence identification, the cut is made by the nuclease domain. Results Successful examples of these techniques include the treatment of certain diseases: in 2018, Hunter syndrome was treated by introducing the IDS gene into liver cells using the ZFN method in vivo. The TALEN method was used to treat Duchenne muscular dystrophy. In 2021, scientists were able to treat sickle cell anemia using the CRISPR/Cas system through single-base editing techniques. Conclusions In modern gene and genome editing methodologies, nuclease proteins are capable of introducing targeted modifications such as insertions, deletions, or substitutions within nucleotide sequences, thereby editing genetic information and the epigenome. These tools are capable of editing pathogenic genes by silencing them or activating inhibitory genes, finding applications in agriculture, medicine, and the treatment of genetic diseases. This system is also effective in gene tagging and modulating gene expression levels. With the development of newer and more precise methods, the use of MegaN nucleases has declined, and research has increasingly focused on TALEN and CRISPR/Cas methods. هدف: این مقاله مروری کلی بر تاریخچه کشف ، مکانیسم عملکرد، مزایا، محدودیت ها و چالش‌ها، کاربرد‌ها و چشم‌اندازهای آینده این فناوری ها ارائه می دهد تا اطلاعاتی مفید و خلاصه شده را در اختیار پژوهشگران قرار دهد. مواد و روش ها: ویرایش هدفمند ژنوم مبتنی بر ایجاد شکست دو‌ رشته‌ای و به دنبال آن ترمیم رشته مورد‌نظر از طریق مکانیسم‌های ترمیمی نوترکیبی همولوگ (HDR) و یا اتصال انتها‌های غیر‌همولوگ (NHEJ) است که در بسیاری از موجودات زنده جهت اهداف مختلف مورداستفاده قرار گرفته است. به‌ منظور انجام ویرایش ژنی، اولین نوکلئاز اختصاصی MegaN بود که در سال 1985 کشف شد و پس از آن با کشف موتیف ZF، نوکلئاز‌ ZFN و TALEN و CRISPR و Fanzor توسعه یافتند که برای ویرایش ژنوم موجودات زنده مورد استفاده قرار گرفتند. این نوکلئاز‌ها با قرار‌گیری روی رشته DNA و شناسایی توالی هدف و اتصال به آن‌ها، با استفاده از دُمین نوکلئازی برش را ایجاد می‌کنند. با کشف سیستم CRISPR/Cas دوره جدیدی از تحقیقات در زمینه ویرایش ژن آغاز شد. مکانیسم عمل در این روش، شناسایی توالی هدف توسط این نوکلئاز بر اساس برهم‌کنش DNA و رشته RNA راهنما است که پس از شناسایی توالی هدف، برش توسط دُمین نوکلئازی انجام می‌شود. نتایج: از مثال‌های موفقیت‌آمیز در استفاده از این تکنیک‌ها می‌توان به درمان برخی از بیماری‌ها اشاره کرد: در سال 2018 بیماری سندروم هانتر با وارد کردن ژن IDS به سلول‌های کبد با استفاده از روش ZFN به‌صورت درون‌تنی درمان شد. از روش TALEN برای درمان بیماری دیستروفی عضلانی دوشن استفاده شد. در سال 2021 دانشمندان توانستند با تکنیک ویرایش تک باز، بیماری کم خونی داسی شکل را با بهره‌گیری از سیستم CRISPR/Cas درمان کنند. بحث: در روش‌های نوین ویرایش ژن و ژنومی، پروتئین‌های نوکلئاز‌ی قادرند به طور هدفمند تغییراتی مانند درج، حذف و یا جایگزینی در توالی نوکلئوتیدی، ویرایش اطلاعات ژنتیکی و اپی‌ژنوم را انجام دهند. این ابزار‌ها می توانند از طریق ویرایش ژن‌های عامل بیماری‌زا از طریق خاموش کردن آن‌ها و یا فعال‌کردن ژن‌های مهارکننده عامل بیماری‌ در حوزه‌های کشاورزی، پزشکی و درمان بیماری‌های ژنتیکی به کار برده شوند. چنین سیستم هایی، در نشانه‌گذاری و همچنین کاهش یا افزایش بیان ژن‌ها کاربرد مؤثری دارند. با توسعه روش‌های جدید‌تر و دقیق‌تر، استفاده از نوکلئاز‌های MegaN کاهش یافت و بیشتر مطالعات و آزمایش‌ها بر روی روش‌های TALEN و CRISPR/Cas متمرکز گردیده است.

https://jab.uk.ac.ir/article_5371_fbc04955501acac56be107efac84390f.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Reconstruction of Gene and Protein Networks in Response to Salt Stress in Sunflower (Helianthus annus L.) Using RNA-seq Data بازسازی شبکه‌های ژنی و پروتئینی پاسخ به تنش شوری در آفتابگردان (Helianthus annus L.) به وسیله داده‌های RNA-seq 69 114 5372 10.22103/jab.2026.23701.1581 FA امید محمدعلیزاده گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران ولی‌اله محمدی گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران. رضا درویش‌زاده استاد، گروه اصلاح و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشگاه ارومیه، ارومیه و استاد، پژوهشکده زیست‌فناوری دانشگاه ارومیه، ارومیه. معصومه شریفی‌علیشاه گروه تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران. Journal Article 2024 07 03 Objective Sunflower is one of the most important oilseed products in the world, providing 12% of vegetable oils. Due to the molecular complexity involved in salt stress and its role to physiological and morphological changes in plants, as well as the moderate sensitivity of sunflower to this problem, the purpose of this work is elucidating with priority what affect on the proteins level has a cause-and-effect relationship with tolerance mechanisms. Materials and methods FastQC and Trimmomatic were used to process RNA-seq data that was taken from the study by Sharifi et al., (2022). RNA-seq analysis was then carried out using genome-based and de novo assembly techniques. Bowtie2 and Hisat2 were used to map the reads to the reference transcriptome and genome, respectively. RSEM and HT-seq were used to quantify the reads, and edgeR and DE-seq2 were used to identify differentially expressed genes (DEGs). Using the STRING and GeneMANIA databases, DEGs in Arabidopsis were found and incorporated into the Gene Regulatory Networks (GRN) and Protein-Protein Interaction (PPI) networks. Topological analysis of these networks was conducted using 11 algorithms in Cytohubba on Cytoscape, and hub genes were identified. The promoter sequences of these genes were analyzed using Plantcare. Finally, the expression of COP1 gene was evaluated using Real-time PCR. Results RNA-seq analysis using de novo assembly-based and reference genome-based methods identified 1602 transcripts and 272 genes with distinct expression patterns. Study on GRN and PPI networks led to the discovery of 29 hub genes, including BAK1, ETR1, GER3, HSP70, CDKB2;2, CAS, GRDP1, BSL3, CPN20, AOR, MCM7, DXS, AdoMet-MTases, RCA, CYP90C1, C3H37, CDPK6, Lac1, WRKY50, COP1, PP2C76, CaM-7, Histone H1-3, PPR, LRR-RLK, LACS, LUT5, and Clp5, which play roles in key cellular processes such as plant hormone regulation (ABA, BR, ethylene), MAPK signaling, RNA processing, photosynthesis, stomatal control, protein structure maintenance, and cell cycle. Promoter analysis revealed the existence of important motifs including W-box, TGA-box, ERE, ABRE, MYC, MYB and MBSI and MBS GT-1 motif which led to the co-regulatory role in salt stress response. The real time PCR results of the COP1 gene, which is one of the ABA-activated genes, were consistent with its expression profile from RNA-seq analysis. Conclusion The current study through systems biology approach revealed that sunflower directs gene functions in central biological activities, such as plant hormone signaling pathways (ABA, BR and ethylene), MAPK pathway RNA transport, photosynthesis, stomatal function control protein structure stabilization, the cell cycle etc., under salt stress.These results enhance our understanding of the molecular basis of salinity tolerance and can be used to genetically engineer sunflowers for enhanced salinity resistance. هدف: آفتابگردان با تامین 12 درصد از روغن‌های گیاهی جهان یکی از مهم‌ترین گیاهان روغنی جهان محسوب میشود. با توجه به پیچیدگی مولکولی مکانیسم پاسخ به تنش شوری که باعث تغییرات فیزیولوژیک، مورفولوژیک در گیاهان میشود و همچنین حساسیت نسبی آفتابگردان به این تنش، هدف از این تحقیق درک مکانیسم‌های مولکولی و شناسایی پروتئینهای دخیل در تحمل به شوری در آفتابگردان میباشد. مواد و روش‌ها: در تحقیق حاضر، داده‌های RNA-seq از پژوهش Sharifi و همکاران (2022) استخراج و با بهره‌گیری از نرم‌افزارهای FastQC و Trimmomatic ویرایش گردیدند. پس از آن، آنالیز RNA-seq با دو روش سرهم‌بندی نو پدید و مبتنی بر ژنوم‌ انجام شد. خوانش‌ها به کمک پکیج Bowtie2 به ترنسکریپتوم مرجع و با Hisat2 به ژنوم مرجع نقشه‌یابی شدند. کمی‌سازی خوانش‌ها توسط RSEM و HT-seq و تغییرات در بیان ژن‌ها با استفاده از edgeR و DE-seq2 محاسبه گردید. ژن‌های دارای بیان متفاوت معنی‌دار (DEG) در آرابیدوپسیس شناسایی شده و برای بازسازی شبکه‌های تعامل پروتئینی (PPI) و شبکه‌های تنظیمی ژنی (GRN) به پایگاه‌های داده STRING و GeneMANIA وارد شدند. تحلیل توپولوژی این شبکه‌ها با 11 الگوریتم Cytohubba در Cytoscape انجام و ژن‌های هاب شناسایی گردیدند. توالی راه‌انداز این ژن‌ها در Plantcare مورد بررسی قرار گرفت. در پایان، بیان ژن COP1 با استفاده از Real-time PCR ارزیابی شد. نتایج: تحلیل RNA-seq با استفاده از روش‌های مبتنی بر سرهم‌بندی نو پدید (دی نوو) و مبتنی بر ژنوم مرجع، به شناسایی 1602 رونوشت و 272 ژن با الگوی بیان متفاوت انجامید. مطالعه بر روی شبکه‌های GRN و PPI منجر به کشف 29 ژن هاب گردید که شامل BAK1، ETR1، GER3، HSP70، CDKB2;2، CAS، GRDP1، BSL3، CPN20، AOR، MCM7، DXS، AdoMet-MTases، RCA، P45090C1، C3H37، CDPK6، Lac1، WRKY50، COP1، PP2C76، CaM-7، Histone H1-3، PPR، LRR-RLK، LACS، LUT5 و Clp5 هستند که در فرآیندهای کلیدی سلولی از جمله تنظیم هورمون‌های گیاهی (ABA، BR، اتیلن)، پیام‌رسانی MAPK، پردازش RNA، فتوسنتز، تنظیم روزنه‌ها، حفظ ساختار پروتئین‌ها و چرخه سلولی نقش ایفا می‌کنند. تحلیل راه‌انداز این ژن‌ها وجود موتیف‌های کلیدی مانند W-box، TGA-box، ERE، ABRE، MYC، MYB، MBSI، MBS و GT-1motif را که نشان‌دهنده نقش مشترک آن‌ها در واکنش به شوری است را تأیید کرد. در نتایج حاصل از PCR زمان واقعی برای ژن COP1، که یکی از ژن‌های فعال در مسیر علامتدهی ABA به شمار می‌رود، الگوی بیان آزمایش شده با الگوی مشخص شده توسط RNA-seq همخوانی داشت. نتیجه‌گیری: پژوهش حاضر با استفاده از رویکرد زیست‌شناسی سامانه‌ای نشان داد که آفتابگردان در واکنش به تنش نمکی، فعالیت ژن‌ها را در مسیرهای کلیدی سلولی از جمله مسیرهای پیام‌رسانی هورمونی گیاهی (ABA، BR، اتیلن)، مسیر MAPK، پردازش RNA، فتوسنتز، تنظیم روزنه‌ها، حفظ ساختار پروتئین‌ها و چرخه سلولی، بهینه‌سازی می‌کند. این نتایج، فهم ما از مکانیسم‌های مولکولی تحمل به شوری را تقویت کرده و می‌تواند در بهبود ژنتیکی آفتابگردان به منظور افزایش مقاومت در برابر شوری مفید واقع شود.

https://jab.uk.ac.ir/article_5372_88393097375e47e277a92c2516415612.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Genetic Diversity of Pistacia Species in Iraqi Kurdistan and Yazd, Iran: Insights from ISSR Markers تنوع ژنتیکی گونه‌های Pistacia در کردستان عراق و یزد ایران: یافته‌هایی بر پایه نشانگرهای ISSR 115 134 5373 10.22103/jab.2026.25563.1732 FA راستی یوسف کمال گروه علوم عمومی، دانشکده آموزش پایه، دانشگاه حلبچه، اقلیم کردستان، عراق سید ابراهیم سیفتی : گروه مدیریت مناطق خشک و بیابانی، دانشکده منابع طبیعی و کویرشناسی، دانشگاه یزد، یزد، ایران سعید ترکش اصفهانی گروه مدیریت مناطق خشک و بیابانی، دانشکده منابع طبیعی و کویرشناسی، دانشگاه یزد، یزد، ایران. نریمان صالح احمد گروه زیست فناوری و علوم زراعی، دانشکده علوم مهندسی کشاورزی، دانشگاه سلیمانیه، اقلیم کردستان، عراق. Journal Article 2025 07 15 Objective Ongoing climate change and anthropogenic pressures are accelerating the loss of genetic diversity in numerous plant species, including those within the Pistacia genus, which holds significant economic and ecological importance. Despite their critical roles as rootstocks and sources of traits such as drought and salinity tolerance, wild Pistacia populations in the western Zagros region of 0 and the arid zones of central Iran remain poorly characterized at the molecular level. This study aimed to investigate the genetic diversity and structure of Pistacia species across these two regions utilizing inter-simple sequence repeat (ISSR) markers. Materials and methods Leaf samples from 24 representative genotypes of P. atlantica, P. khinjuk, and P. vera were selected from an initial pool of 67 trees collected in Iraq and Iran. DNA was extracted using the CTAB protocol and amplified with 10 ISSR primers. Genetic variation was assessed through polymorphism statistics and diversity indices, including polymorphic information content (PIC), marker index (MI), resolving power (Rp), and effective multiplex ratio (EMR). Cluster analysis (UPGMA), principal coordinate analysis (PCoA), and analysis of molecular variance (AMOVA) were conducted to determine genetic structure and population differentiation. Results Out of 171 amplified bands, 163 (95.3%) were polymorphic, indicating a high level of genetic variability. The ISSR4 primer produced the highest number of polymorphic bands, while OW5 demonstrated the highest discriminative power (MI and Rp). AMOVA revealed that the majority of genetic variation (83%) was distributed within species. Notably, P. khinjuk exhibited the highest genetic diversity (He = 0.19; I = 0.30), followed by P. atlantica, while P. vera exhibited minimal variation. Neither the cluster analysis nor the PCoA revealed distinct geographic structuring, suggesting historical gene flow and potential anthropogenic influence. Conclusions These findings highlight significant intra-specific genetic diversity among wild Pistacia populations, particularly within P. khinjuk, underscoring their value as reservoirs of adaptive genetic traits. The absence of clear geographic clustering further supports the notion of long-term gene exchange across regions. This research provides a critical baseline for conservation efforts and cultivar development, especially in the context of increasing environmental stress. Future studies should incorporate co-dominant markers and environmental data to more effectively associate genetic variation with adaptive potential. هدف: تغییرات اقلیمی مداوم و فشارهای انسانی، روند کاهش تنوع ژنتیکی را در بسیاری از گونه‌های گیاهی از جمله در جنس Pistacia که از اهمیت اقتصادی و بوم‌شناختی چشمگیری برخوردار است، تسریع کرده است. علیرغم نقش حیاتی گونه‌های وحشی این جنس به‌عنوان پایه‌های رویشی و منابع ژنی برای صفاتی همچون تحمل به خشکی و شوری، جمعیت‌های طبیعی پسته در ناحیه زاگرس غربی در اقلیم کردستان عراق و همچنین در مناطق خشک مرکز ایران تاکنون در سطح مولکولی به‌طور جامع مورد مطالعه قرار نگرفته‌اند. هدف پژوهش حاضر، بررسی تنوع و ساختار ژنتیکی گونه‌های Pistacia در این دو منطقه با بهره‌گیری از نشانگرهای توالی‌های تکراری میانی ساده (ISSR) بود. مواد و روش‌ها: در مجموع ۲۴ ژنوتیپ منتخب از گونه‌های P. atlantica، P. khinjuk و P. vera از میان ۶۷ نمونه جمع‌آوری‌شده در استان یزد ایران و اقلیم کردستان عراق انتخاب شدند. استخراج DNA با روش CTAB انجام گرفت و ۱۰ آغازگر ISSR برای تکثیر ژنومی به‌کار رفت. برای ارزیابی تنوع ژنتیکی، شاخص‌های آماری شامل درصد چندشکلی، محتوای اطلاعاتی چندشکلی، شاخص نشانگر، قدرت تفکیک و نسبت مؤثر چندتایی محاسبه شد. تجزیه‌های خوشه‌ای، مختصات اصلی و واریانس مولکولی نیز به ‌منظور بررسی ساختار جمعیتی انجام شد. نتایج: از مجموع ۱۷۱ باند تکثیرشده، ۱۶۳ باند (3/95 درصد) چندشکل بودند. آغازگر ISSR4 بیشترین باند چندشکل را تولید کرد، در حالی که OW5 بالاترین مقادیر شاخص نشانگر و قدرت تفکیک را نشان داد. نتایج تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که ۸۳ درصد از تنوع ژنتیکی درون گونه‌ها قرار دارد. بیشترین میزان تنوع ژنتیکی در P. khinjuk (30/0 =I و 19/0=He) مشاهده شد، در حالی که P. vera کمترین تنوع را داشت. تجزیه‌های خوشه‌ای و مختصات اصلی تطابقی با پراکنش جغرافیایی نداشتند که بیانگر جریان ژنی تاریخی یا تأثیر فعالیت‌های انسانی است. نتیجه‌گیری: یافته‌ها نشان‌دهنده تنوع ژنتیکی درون‌گونه‌ای قابل‌ توجه در جمعیت‌های وحشی Pistacia بود که اهمیت آنها را به‌عنوان منابع ژنی برای برنامه‌های اصلاحی و حفاظت تأیید می‌کند. همچنین به طور خاص در مورد P. khinjuk، پتانسیل بالایی برای بهره‌برداری در برنامه‌های به‌نژادی در شرایط تنش‌زا به نظر می‌رسد. به طور کلی، توصیه می‌شود در مطالعات آتی، از نشانگرهای هم‌بارز و داده‌های زیست‌محیطی به ‌منظور پیوند دقیق‌تر میان تنوع ژنتیکی و صفات سازگارکننده استفاده شود.

https://jab.uk.ac.ir/article_5373_78cc2d0a6a9b5c9a177f635afcc096dc.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Design, Construction, and Delivery of an sgRNA Expression Cassette for Targeted Mutagenesis of α-1,3-fucosyltransferase Gene in Lemna minor Using the CRISPR/Cas9 System طراحی، ساخت و انتقال سازه بیانی واجد sgRNA به منظور ایجاد جهش هدفمند در ژن (1،3)-α فوکوزیل ترانسفراز در گیاه عدسک آبی با استفاده سیستم کریسپر 135 156 5374 10.22103/jab.2026.25565.1733 FA صادق شجاعی باغینی دانشجو دکتری بیوتکنولوژی کشاورزی، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه زیست فرآورده‌های گیاهی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست علی هاتف سلمانیان استاد، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه زیست فرآورده‌های گیاهی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران الهام تقی پور دانشجو دکتری بیوتکنولوژی کشاورزی، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه زیست فرآورده‌های گیاهی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست نیما راد دانشجو دکتری بیوتکنولوژی کشاورزی، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه زیست فرآورده‌های گیاهی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست 0009-0000-6098-3799 کسری اصفهانی استادیار، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه زیست فرآورده‌های گیاهی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران 0000-0003-3079-7009 Journal Article 2025 07 15 Objective Lemna minor has attracted attention as a promising plant platform for the production of recombinant human proteins due to its rapid growth, simple morphology and easy cultivation. However, the inherent differences in N-glycosylation pathways between plants and humans, particularly the presence of plant-specific sugar residues such as α-(1,3)-fucose, pose a major limitation to the commercial use of this system for the production of human recombinant proteins. In this study, to eliminate this plant-specific sugar, the gene encoding the α-(1,3)-fucosyltransferase (FucT) in L. minor was targeted for knock out using the CRISPR/Cas9 genome editing system. Materials and methods To induce targeted mutations in the FucT gene in L. minor, the sequence of the target gene was retrieved from databases and validated in Iranian native L. minor using PCR and sequencing. The sgRNA was designed using bioinformatics tools and synthesized as complementary forward and reverse oligonucleotides. After annealing and formation of the double-stranded structure, the sgRNA was cloned into the pRGEB32 plasmid. The recombinant construct was transferred into Agrobacterium tumefaciens. Transgenic L. minor lines were generated by Agrobacterium-mediated transformation. The successful transfer of the construct and the induction of mutations at the target site in the FucT gene were confirmed by PCR amplification and validated by DNA sequencing analysis. Results Putative transgenic lines of L. minor were successfully regenerated 6 to 8 weeks after transformation mediated by A. tumefaciens. Sequence analysis of the edited target regions in the genetically modified plants was analyzed by PCR amplification, Sanger sequencing and bioinformatic tools to detect and characterize nucleotide insertions and deletions (INDELs). Analysis of the sequence chromatograms showed that biallelic and chimeric mutations were induced in some of the plants. Conclusions The CRISPR/Cas9 system induced mutations in the FucT gene of L. minor. The edited lines showed no obvious phenotype. Although genomic mutations at the target site were confirmed by sequencing, conclusive proof of complete knockout of the FucT gene and changes in the glycosylation pattern requires further analyses at the protein and glycan levels in future studies. هدف: گیاه عدسک آبی (Lemna minor) به‌دلیل رشد سریع، ساختار ساده و قابلیت کشت آسان، به‌عنوان یک میزبان گیاهی نوظهور برای تولید پروتئین‌های نوترکیب انسانی مورد توجه قرار گرفته است. با این حال، تفاوت‌های موجود در مسیر-N گلیکوزیلاسیون بین گیاهان و انسان، به‌ویژه حضور قندهای گیاهی مانند (1،3)- αفوکوز، محدودیتی اساسی در کاربرد این سیستم برای تولید تجاری پروتئین‌های نوترکیب انسانی در کشاورزی مولکولی ایجاد می‌کند. در این پژوهش، به‌منظور حذف این قند گیاهی، ژن رمز کننده آنزیم (1،3)-α فوکوزیل ترانسفراز (FucT) در گیاه L. minor با استفاده از سامانه ویرایش ژنومی CRISPR/Cas9 هدف قرار گرفت. مواد و روش: به‌منظور ایجاد جهش هدفمند در ژن FucTدر گیاه L. minor ابتدا توالی ژن هدف از پایگاه‌های داده استخراج و با استفاده از PCR و توالی‌یابی، ناحیه مورد نظر در L. minor بومی ایران شناسایی و تأیید شد. سپس sgRNA با کمک ابزارهای بیوانفورماتیکی طراحی و به صورت الیگونوکلئوتیدهای پیشرو و معکوس مکمل سنتز شد. الیگونوکلئوتیدهای پیش ساز پس از واکنش اتصال و تشکیل سختار دو رشته ای در پلاسمید pRGEB32 همسانه‌سازی و سازه نوترکیب ابتدا به باکتری E. Coli و سپس به Agrobacterium tumefaciens منتقل شد. تراریختی گیاه عدسک آبی با استفاده از آگروباکتریوم انجام گرفت. در نهایت، تأیید انتقال سازه و آنالیز جهش‌های ایجاد شده در ناحیه هدف ژن FucT از طریق PCR و تعیین توالی انجام شد. نتایج: فرآیند باززایی لاین‌های احتمالی تراریخت عدسک آبی، ۶ تا ۸ هفته پس از انتقال ژن به‌واسطه‌ی A. tumefaciens با موفقیت انجام شد. تجزیه‌ و تحلیل توالی ناحیه هدف ویرایش در گیاهان دست‌ورزی شده ژنتیکی، با استفاده ازPCR ، توالی‌یابی و انجام آنالیزهای بیوانفورماتیکی، وقوع انواع جهش‌های حذف و درج نوکلئوتیدی (INDELs) را در ژنFucT تأیید کرد. آنالیزهای دقیق کروماتوگرام‌ها نشان داد که سامانه CRISPR/Cas9 موجب القای جهش‌های دوآللی (biallelic) و کایمریک در برخی از گیاهان شده است. نتیجه گیری: نتایج این پژوهش نشان داد که سیستم CRISPR/Cas9 توانسته است در محل مورد نظر از ژن FucT گیاه عدسک آبی، جهش‌ ایجاد کند. لاین‌های ویرایش شده فنوتیپ بارزی را از خود نشان ندادند .اگرچه وقوع جهش‌های ژنومی در ناحیه هدف با توالی‌یابی تأیید گردید، اما اثبات قطعی خاموشی کامل ژنFucT و تغییر در الگوی گلیکوزیلاسیون، مستلزم آنالیزهای تکمیلی در سطح پروتئین و گلیکان در مطالعات آینده است.

https://jab.uk.ac.ir/article_5374_ba1ebacb6702657a242897dcca60f9a7.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Role of prostaglandin F2α and TGFϒ with polymorphism of IL-1β in calves infected with Babesia نقش پروستاگلاندین F2α و TGFγ همراه با پلی‌مورفیسم IL-1β در گوساله‌های آلوده به بابزیا 157 172 5294 10.22103/jab.2025.26352.1805 FA امل حسن عطیه دانشگاه فنی میانه، مؤسسه فناوری پزشکی/ بغداد، رشته فناوری تولید پروتز و ارتز، بغداد، عراق Journal Article 2025 11 21 Objective Babesiosis is caused by Babesia bovis in calves. The disease induces strong inflammatory and immunomodulatory responses and is influential in the severity of the disease. The aim of this study was to investigate the serum levels of IgM, IgG, IL-1β, IL-6, TGF-γ and prostaglandin F2α in naturally infected calves and to study the single nucleotide polymorphism (SNP) rs16944 of the IL-1β gene. In addition, to investigate their potential as markers of immunological and genetic changes associated with infection. Materials and Methods A total of 36 Babesia-infected calves were selected. The selection was based on clinical signs (fever, anemia, jaundice, hematuria, and tick infestation) and medical history. Also, 24 healthy calves were selected as the control group. Blood was collected from the animals' veins. Validated enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) kits were used to evaluate and analyze the sera for IgM, IgG, IL-1β, IL-6, TGF-γ, and PGF2α. PCR and Sanger sequencing were used to study the IL-1β rs16944. t-tests and correlation analysis at a significance level of P < 0.05 were used for statistical analysis. Results Comparison of infected calves with the control group showed that serum IgM and IgG levels were significantly higher in them than in the control group (P ≤ 0.001). This indicates that the humoral immune response was strongly activated in them. The proinflammatory cytokines IL-1β and IL-6 were also significantly increased. This also proves that the intense inflammatory response that is characteristic of acute babesiosis occurred. In addition, the level of TGF-γ was also significantly higher in infected calves. This indicated that regulatory pathways to balance inflammation were effectively activated. Increased PGF2α concentration was also shown to be involved in vascular and inflammatory disorders associated with infection. It was found that in several infected calves the wild-type CC genotype was converted to the TT type. Therefore, it can be said that there is a potential relationship between this SNP and increased susceptibility or increased inflammatory response. Conclusions A complex interaction between IL-1βpolymorphisms, immunoglobulins, prostaglandin activity, and cytokines was observed in calves infected with Babesiosis. These significant changes in these biomarkers indicate that they have potential diagnostic value. Therefore, they can be used to better understand the immunopathogenesis of Babesia bovis infection. The genetic variation observed in rs16944 may be an additional risk factor that can influence the outcome of the disease. These findings can potentially be used to develop improved diagnostic, prognostic, and disease management strategies. هدف: بابزیوز در گوساله‌ها توسط Babesia bovis ایجاد می‌شود. این بیماری پاسخ‌های التهابی و ایمنی‌تنظیمی شدیدی را القا می‌کند و در شدت بیماری نقش مؤثری دارد. هدف از این مطالعه بررسی سطوح سرمی IgM، IgG، IL-1β، IL-6، TGF-γ و پروستاگلاندین F2α (PGF2α) در گوساله‌های مبتلا به عفونت طبیعی و همچنین بررسی پلی‌مورفیسم تک‌نوکلئوتیدی (SNP) rs16944 در ژن IL-1β بود. علاوه بر این، قابلیت این شاخص‌ها به‌عنوان نشانگرهای تغییرات ایمنی و ژنتیکی مرتبط با عفونت مورد ارزیابی قرار گرفت. مواد و روش‌ها: در مجموع ۳۶ گوساله آلوده به بابزیا بر اساس علائم بالینی (تب، کم‌خونی، یرقان، هماچوری و آلودگی به کنه) و سابقه بیماری انتخاب شدند. همچنین ۲۴ گوساله سالم به‌عنوان گروه کنترل مورد استفاده قرار گرفتند. نمونه خون از ورید حیوانات جمع‌آوری شد. برای سنجش مقادیر IgM، IgG، IL-1β، IL-6، TGF-γ و PGF2α از کیت‌های معتبر الایزا استفاده شد. برای بررسی ژنوتیپ rs16944 ژن IL-1β از روش PCR و توالی‌یابی سانگر بهره گرفته شد. تحلیل آماری با آزمون t و تحلیل همبستگی در سطح معنی‌داری P < 0.05 انجام شد. نتایج: مقایسه گوساله‌های آلوده با گروه کنترل نشان داد که سطوح سرمی IgM و IgG در آنها به‌طور معنی‌داری بالاتر است (P ≤ 0.001)، که بیانگر فعال‌شدن قوی پاسخ ایمنی هومورال می‌باشد. سیتوکین‌های پیش‌التهابی IL-1β و IL-6 نیز به‌طور معنی‌داری افزایش یافتند که نشان‌دهنده وقوع پاسخ التهابی شدید است که مشخصه بابزیوز حاد است. علاوه بر این، سطح TGF-γ نیز در گوساله‌های آلوده به‌طور معنی‌داری بالاتر بود که نشان‌دهنده فعال شدن مسیرهای تنظیمی برای تعادل التهاب است. افزایش غلظت PGF2α نیز نشان‌دهنده نقش آن در اختلالات عروقی و التهابی مرتبط با عفونت بود. همچنین مشخص شد که در تعدادی از گوساله‌های آلوده، ژنوتیپ وحشی CC به نوع TT تبدیل شده است؛ بنابراین می‌توان گفت که بین این SNP و افزایش حساسیت یا پاسخ التهابی شدیدتر، ارتباط بالقوه‌ای وجود دارد. نتیجه‌گیری: یک تعامل پیچیده میان پلی‌مورفیسم IL-1β، ایمونوگلوبولین‌ها، فعالیت پروستاگلاندین و سیتوکین‌ها در گوساله‌های مبتلا به بابزیوز مشاهده شد. تغییرات قابل‌توجه این بیومارکرها نشان می‌دهد که آن‌ها از ارزش تشخیصی بالقوه برخوردارند و می‌توانند برای درک بهتر ایمنی‌زایی بیماری ناشی از Babesia bovis مورد استفاده قرار گیرند. تنوع ژنتیکی مشاهده‌شده در rs16944 ممکن است یک عامل خطر افزوده باشد که بر پیامد بیماری تأثیر می‌گذارد. این یافته‌ها می‌توانند در توسعه روش‌های بهتر برای تشخیص، پیش‌آگهی و مدیریت بیماری مورد استفاده قرار گیرند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5294_1292d989d1f723229802b4be6223e501.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Phylogeny of Aspergillus clavatus isolated from primary schools of Iraq and detection of its ability for production of Patulin فیلوژنی قارچ Aspergillus clavatus جداشده از مدارس ابتدایی عراق و بررسی توانایی آن در تولید پاتولین 173 188 5295 10.22103/jab.2026.26476.1817 FA میسون م. الجبوری اداره آموزش استان مثنی، عراق. احسان علی الزاملی گروه زیست‌فناوری کاربردی، دانشکده زیست‌فناوری، دانشگاه سبز القاسم، بابل 51013، عراق ماجد کاظم الشبلی گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم تربیتی، دانشگاه القادسیه، عراق Journal Article 2025 12 07 Objective Schools are among of the most essential environments of children. Children spend an extensive period of time at school. However, indoor air pollution in schools might be dangerous. Fungi's specific health impacts in restricted areas can lead to acute health problems, particularly among school students. The current study carried out in the primary schools of Samawa city that included the selection of several schools randomly for isolation of fungi from the floors, air, door handles and seats in a direct isolation manner then diagnosed by traditional methods in addition to PCR technique. The current study aimed to record Aspergillus clavatus as an etiological agent in schools of Iraq and investigating existence of PatA gene which is responsible of production of Patulin toxin. Materials and Methods The samples collection included floors, handles, seats and air. They were collected in a direct isolation method by cotton swabs. Using Bio-Rad Laboratories' Prep-a-Gene system, low-melting-point agarose was purified to get the amplification products needed for sequencing. The dideoxy technique was used to DNA sequencing. Results The isolated fungi belonging to five genera, Aspergillus, Penicillium, Alternaria, Rhizopus and Cladosporium with the predominance of the genus Aspergillus where it represents 20 isolates and five species, Aspergillus niger, A. flavus, A. candidus, A. terreus and A. clavatus. The fungus Penicillum came second represented by seven isolates, Penicillium chrysogenum, Penicillium digitatum and P. candidus. The genus Alternaria represented by four isolates, A. alternata and A.oryzae. Then the genus Cladosporium with C. cladosporioides and C. herparum and finally Rhizopus stolonifer. Molecular identification was done for the suspected isolate and confirmed that is belonging to A. clavatus and the phylogenetic tree was drawn to support the findings. Also, the study included the determination of PatA gene that is responsible for producing Patulin in this species. Conclusion Phylogenetic tree analysis showed a clear convergence between the sequences of fungus under study and other species registered on the NCBI gene bank. هدف: مدارس از مهم‌ترین محیط‌های زندگی کودکان به شمار می‌روند و کودکان مدت زمان قابل‌توجهی را در مدرسه سپری می‌کنند. با این حال، آلودگی هوای داخل مدارس می‌تواند خطرناک باشد. اثرات بهداشتی خاص قارچ‌ها در محیط‌های بسته می‌تواند منجر به مشکلات حاد سلامت، به‌ویژه در میان دانش‌آموزان، شود. مطالعه حاضر در مدارس ابتدایی شهر سماوه انجام شد که در آن چندین مدرسه به‌صورت تصادفی انتخاب شدند و جداسازی قارچ‌ها از کف، هوا، دستگیره درها و نیمکت‌ها به روش جداسازی مستقیم انجام گرفت. سپس شناسایی قارچ‌ها با استفاده از روش‌های سنتی و همچنین تکنیک PCR صورت پذیرفت. هدف این مطالعه، ثبت Aspergillus clavatus به‌عنوان عامل اتیولوژیک در مدارس عراق و بررسی وجود ژن PatA به‌عنوان ژن مسئول تولید سم پاتولین بود. مواد و روش‌ها: نمونه‌برداری از کف، دستگیره‌ها، نیمکت‌ها و هوا انجام شد. نمونه‌ها با استفاده از سوآپ‌های پنبه‌ای و به روش جداسازی مستقیم جمع‌آوری گردیدند. به‌منظور خالص‌سازی محصولات تکثیر مورد نیاز برای تعیین توالی، از سیستم Prep-a-Gene شرکت Bio-Rad Laboratories و آگاروز با نقطه ذوب پایین استفاده شد. تعیین توالی DNA با روش دیدئوکسی انجام گرفت. نتایج: قارچ‌های جداشده به پنج جنس شامل Aspergillus، Penicillium، Alternaria، Rhizopus و Cladosporium تعلق داشتند که جنس Aspergillus غالب بود و شامل ۲۰ ایزوله و پنج گونه Aspergillus niger، A. flavus، A. candidus، A. terreus و A. clavatus می‌شد. جنس Penicillium در رتبه دوم قرار داشت و با هفت ایزوله شامل Penicillium chrysogenum، Penicillium digitatum و P. candidus شناسایی شد. جنس Alternaria با چهار ایزوله شامل A. alternata و A. oryzae مشاهده گردید. سپس جنس Cladosporium با گونه‌های C. cladosporioides و C. herbarum و در نهایت Rhizopus stolonifer شناسایی شدند. شناسایی مولکولی برای ایزوله مشکوک انجام شد و تعلق آن به A. clavatus تأیید گردید. همچنین درخت فیلوژنتیکی برای پشتیبانی از یافته‌ها ترسیم شد. علاوه بر این، وجود ژن PatA که مسئول تولید پاتولین در این گونه است، مورد بررسی قرار گرفت. نتیجه‌گیری: تحلیل درخت ژنتیکی همگرایی آشکاری را بین توالی‌های قارچ مورد مطالعه و سایر گونه‌های ثبت‌شده در پایگاه داده ژن‌بانک NCBI نشان داد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5295_34812327a7f5a2ef2cc6dcff546628bb.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Investigation the role of PCSk9 and IL-6 genes polymorphism in patients with CVD بررسی نقش پلی‌مورفیسم ژن‌های PCSK9 و IL-6 در بیماران مبتلا به بیماری‌های قلبی-عروقی 189 204 5297 10.22103/jab.2026.26573.1829 FA ایمان رضا عمران گروه زیست‌فناوری پزشکی، دانشکده زیست‌فناوری، دانشگاه سبز القاسم، بابل 51013، عراق عباس عبد شَرْحان گروه زیست‌فناوری پزشکی، دانشکده زیست‌فناوری، دانشگاه سبز القاسم، بابل 51013، عراق نکتل فایز نصیر السعد گروه زیست‌فناوری پزشکی، دانشکده زیست‌فناوری، دانشگاه سبز القاسم، بابل 51013، عراق. Journal Article 2025 12 20 Objective Cardiovascular diseases are one of the most important causes of death worldwide. Research has shown that genetic and inflammatory factors play an important role in their occurrence. The aim of this study was to investigate the association of PCSK9 and IL-6 gene polymorphisms with cardiovascular diseases and to evaluate the status of lipid profile and inflammatory markers in affected patients. Materials and methods In this case-control study, 90 blood samples were collected from the Shahid Al-Mehrab Medical Center for Cardiac Diseases and Surgery at Marjan Teaching Hospital. The time period of this study was October 2023 to March 2024. Of these, 60 samples were from patients with cardiovascular diseases aged 30 to 70 years and 30 samples were from healthy individuals. Lipid profile including total cholesterol, triglycerides, LDL, VLDL and HDL were measured. Serum levels of PCSK9 and IL-6 and PCSK9 rs505151 and IL-6 −174G/C polymorphisms were also examined. Results The results showed that patients with cardiovascular diseases had a significant increase in total cholesterol, triglycerides, LDL and VLDL and a significant decrease in HDL compared to the healthy group. Serum PCSK9 levels were significantly higher in patients. This could play a role in lipid metabolism disorders, vascular inflammation and the development of atherosclerosis. Examination of the PCSK9 rs505151 polymorphism showed that the protective GG genotype was less observed in patients and the AG and AA genotypes and the A allele were more observed in patients. In contrast, there was no significant difference in the genotypic distribution of the IL-6 −174G/C polymorphism between the two groups. However, serum IL-6 levels were significantly increased in patients. Conclusions The findings of this study suggest that PCSK9 gene polymorphisms may be associated with an increased risk of cardiovascular disease, while IL-6 acts more as an inflammatory marker than a direct genetic risk factor. These results may be useful in identifying individuals at risk and designing effective prevention and treatment strategies. هدف: بیماری‌های قلبی-عروقی یکی از مهم‌ترین علل مرگ‌ومیر در سراسر جهان به شمار می‌روند. پژوهش‌ها نشان داده‌اند که عوامل ژنتیکی و التهابی نقش مهمی در بروز این بیماری‌ها ایفا می‌کنند. هدف از این مطالعه بررسی ارتباط پلی‌مورفیسم ژن‌های PCSK9 و IL-6 با بیماری‌های قلبی-عروقی و همچنین ارزیابی وضعیت پروفایل لیپیدی و شاخص‌های التهابی در بیماران مبتلا بود. مواد و روش‌ها: در این مطالعه مورد-شاهدی، ۹۰ نمونه خون از مرکز پزشکی و جراحی بیماری‌های قلبی شهید المحراب در بیمارستان آموزشی مرجان جمع‌آوری شد. این مطالعه در بازه زمانی اکتبر ۲۰۲۳ تا مارس ۲۰۲۴ انجام گردید. از این تعداد، ۶۰ نمونه مربوط به بیماران مبتلا به بیماری‌های قلبی-عروقی در محدوده سنی ۳۰ تا ۷۰ سال و ۳۰ نمونه مربوط به افراد سالم بود. پروفایل لیپیدی شامل کلسترول تام، تری‌گلیسرید، LDL، VLDL و HDL اندازه‌گیری شد. همچنین سطوح سرمی PCSK9 و IL-6 و پلی‌مورفیسم‌های PCSK9 rs505151 و IL-6−174G/C مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج: نتایج نشان داد که در بیماران مبتلا به بیماری‌های قلبی-عروقی، میزان کلسترول تام، تری‌گلیسرید، LDL و VLDL به‌طور معنی‌داری افزایش و سطح HDL به‌طور معنی‌داری کاهش یافته بود. سطح سرمی PCSK9 در بیماران به‌طور قابل توجهی بالاتر بود که می‌تواند در اختلالات متابولیسم لیپیدها، التهاب عروقی و پیشرفت آترواسکلروز نقش داشته باشد. بررسی پلی‌مورفیسم PCSK9 rs505151 نشان داد که ژنوتیپ محافظتی GG در بیماران کمتر مشاهده شد، در حالی که ژنوتیپ‌های AG و AA و آلل A در بیماران شیوع بیشتری داشتند. در مقابل، تفاوت معنی‌داری در توزیع ژنوتیپی پلی‌مورفیسم IL-6 −174G/C بین دو گروه مشاهده نشد؛ با این حال، سطح سرمی IL-6 در بیماران به‌طور معنی‌داری افزایش یافته بود. نتیجه‌گیری: یافته‌های این مطالعه نشان می‌دهد که پلی‌مورفیسم‌های ژن PCSK9 می‌توانند با افزایش خطر ابتلا به بیماری‌های قلبی-عروقی مرتبط باشند، در حالی که IL-6 بیشتر به‌عنوان یک نشانگر التهابی عمل می‌کند تا یک عامل خطر ژنتیکی مستقیم. این نتایج می‌تواند در شناسایی افراد در معرض خطر و طراحی راهبردهای مؤثر پیشگیری و درمان مفید باشد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5297_ab6581ecfcf995076867cb8686e2d90b.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Expression of Toll-like receptor-9, CD28, and CD152 in chronic suppurative Otitis media evidence for innate-adaptive immune crosstalk in bacterial persistence بیان گیرنده Toll-like receptor-9، CD28 و CD152 در اوتیت میانی چرکی مزمن: شواهدی از تعامل ایمنی ذاتی-اکتسابی در پایداری باکتری‌ها 205 220 5298 10.22103/jab.2026.26467.1815 FA محمد عبدالکریم الساعدی گروه میکروب‌شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه بابل، حله، عراق. 0000-0002-2299-948X صفا ح. التریحی استاد گوش و حلق و بینی و آلرژی، گروه جراحی، دانشکده پزشکی، دانشگاه بابل، حله، عراق. اینتظار نعیم کریم گروه میکروب‌شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه بابل، حله، عراق. Journal Article 2025 12 15 Objective Chronic suppurative otitis media (CSOM) is a long-term inflammatory disease in the middle ear. This disease is associated with different factors. Some of these factors are persistent infection, tissue damage, and bacterial biofilm formation. This situation indicates that the immune status has changed. This condition allows bacteria to survive and continue to cause inflammation. One of the most important regulatory pathways is the CD28-CD152 (CTLA-4) axis. CD28 provides activating signals. These signals promote T-cell activation, proliferation, and cytokine production. On the other hand, CD152 is an inhibitory receptor. It suppresses T-cell responses through competing with CD28 for B7 ligands. Moreover, Toll-like receptor 9 (TLR-9) is also involved in innate immune responses. This receptor recognizes bacterial DNA and contributes to chronic inflammation. The aim of this study was to evaluate the serum levels of TLR-9, CD28, and CD152 in patients with CSOM and to examine their relationship with bacterial infection patterns. Materials and methods Fifty patients with CSOM and twenty-five healthy controls were used in this study. Individuals who had persistent ear discharge for more than three months and whose tympanic membrane rupture was confirmed by otoscopic and radiological examinations were considered to have CSOM. Ear swab samples were collected from patients. Then cultured for bacterial isolation. The VITEK 2 Compact system was used to identify bacteria. Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) was used to measure serum levels of TLR-9, CD28, and CD152 in blood samples of all participants. Results The most common bacteria isolated in this study were Staphylococcus aureus (38%), Pseudomonas aeruginosa (26%), Proteus mirabilis (14%), Klebsiella pneumoniae (12%), and Escherichia coli (10%). Serum TLR-9 levels were significantly higher in CSOM patients compared with controls (1.62 ± 0.07 ng/mL vs 0.48 ± 0.05 ng/mL; P < 0.001). CD28 levels were significantly lower in patients than in controls (0.42 ± 0.09 ng/mL vs 1.18 ± 0.06 ng/mL; P < 0.001). In contrast, CD152 levels were significantly increased in CSOM patients (1.33 ± 0.11 ng/mL vs 0.26 ± 0.08 ng/mL; P < 0.001). Conclusion The results of this study showed that CSOM is associated with both increased expression of TLR-9 and CD152 and decreased levels of CD28. It can be concluded that this immune pattern may increase immune tolerance, bacterial persistence, and chronic inflammation in CSOM. هدف: اوتیت میانی چرکی مزمن (CSOM) یک بیماری التهابی طولانی‌مدت گوش میانی است که با عوامل متعددی همراه می‌باشد. از جمله این عوامل می‌توان به عفونت پایدار، آسیب بافتی و تشکیل بیوفیلم‌های باکتریایی اشاره کرد. این وضعیت نشان‌دهنده تغییر در وضعیت سیستم ایمنی است، به‌گونه‌ای که امکان بقای باکتری‌ها و تداوم التهاب فراهم می‌شود. یکی از مهم‌ترین مسیرهای تنظیمی در این فرآیند، محور CD28-CD152 (CTLA-4) است. CD28 سیگنال‌های فعال‌کننده‌ای را فراهم می‌کند که موجب فعال‌سازی، تکثیر سلول‌های T و تولید سایتوکاین‌ها می‌شود. در مقابل، CD152 یک گیرنده مهاری است که از طریق رقابت با CD28 برای لیگاندهایB7، پاسخ‌های سلول‌های T را سرکوب می‌کند. علاوه بر این، گیرنده Toll-like receptor 9 (TLR-9) نیز در پاسخ‌های ایمنی ذاتی نقش دارد؛ این گیرنده DNA باکتریایی را شناسایی کرده و در ایجاد التهاب مزمن مشارکت می‌کند. هدف از این مطالعه، ارزیابی سطوح سرمی TLR-9، CD28 و CD152 در بیماران مبتلا به CSOM و بررسی ارتباط آن‌ها با الگوهای عفونت باکتریایی بود. مواد و روش‌ها: در این مطالعه، ۵۰ بیمار مبتلا به CSOM و ۲۵ فرد سالم به‌عنوان گروه کنترل مورد بررسی قرار گرفتند. افرادی که بیش از سه ماه دچار ترشح مداوم گوش بودند و پارگی پرده صماخ آن‌ها با معاینات اتوسکوپیک و رادیولوژیک تأیید شده بود، به‌عنوان مبتلا به CSOM در نظر گرفته شدند. از بیماران نمونه سواب گوش جمع‌آوری و برای جداسازی باکتری‌ها کشت داده شد. شناسایی باکتری‌ها با استفاده از سیستم VITEK 2 Compact انجام گرفت. برای اندازه‌گیری سطوح سرمی TLR-9، CD28 و CD152 در نمونه‌های خونی تمام شرکت‌کنندگان، از روش الایزا (ELISA) استفاده شد. نتایج: شایع‌ترین باکتری‌های جداشده در این مطالعه شامل Staphylococcus aureus (38%)، Pseudomonas aeruginosa (26%)، Proteus mirabilis (14%)، Klebsiella pneumoniae (12%)، و Escherichia coli (10%) بودند. سطح سرمی TLR-9 در بیماران مبتلا به CSOM به‌طور معنی‌داری بالاتر از گروه کنترل بود (07/0 ± 62/1 در برابر 05/0 ± 48/0 نانوگرم بر میلی‌لیتر؛ 001/0 P <). سطح CD28 در بیماران به‌طور معنی‌داری کمتر از افراد سالم بود (09/0 ± 42/0 در برابر 06/0 ± 18/1 نانوگرم بر میلی‌لیتر؛ 001/0 P <). در مقابل، سطح CD152 در بیماران CSOM به‌طور معنی‌داری افزایش یافته بود (11/0 ± 33/1 در برابر 08/0 ± 26/0 نانوگرم/میلی‌لیتر؛ 001/0 P <). نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که CSOM با افزایش بیان TLR-9 و CD152 و کاهش سطح CD28 همراه است. می‌توان نتیجه گرفت که این الگوی ایمنی ممکن است منجر به افزایش تحمل ایمنی، پایداری باکتری‌ها و تداوم التهاب مزمن در CSOM شود.

https://jab.uk.ac.ir/article_5298_9c2c4caa289803dd4060e6dd7cdee18f.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Biosynthesis of silver nanoparticles from phytochemicals and study of their physical and biological properties زیست‌سنتز نانوذرات نقره از ترکیبات فیتوشیمیایی و بررسی ویژگی‌های فیزیکی و زیستی آن‌ها 221 238 5299 10.22103/jab.2026.26509.1824 FA یاسین نوری محمود الشیخانی گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم و سلامت، دانشگاه کویه، کویه 44023 و مرکز پژوهش‌های علوم و سلامت، معاونت پژوهش و توسعه مراکز، دانشگاه داود نوری م. شیخانی گروه تولیدات دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کرکوک، عراق. سندس جاسم محمد الجبوری گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه تکریت، عراق. شلاو کمال صالح گروه شیمی، دانشکده علوم و سلامت، دانشگاه کویه، کویه 44023، اقلیم کردستان، عراق. Journal Article 2025 12 14 Objective This study investigates the physical and biological properties of silver Biosynthesized nanoparticles from phytochemicals. Phytochemicals in olive leaves serve as natural reducing agents and stabilizers in the green synthesis of AgNPs, which represents a green and ecofriendly approach compared to the conventional methods. Materials and methods Silver nanoparticles (AgNPs) were analyzed using a variety of analytical techniques. UV-Vis spectroscopy was performed in the 200-800 nm wavelength range to detect the characteristic plasmon resonance of the silver nanoparticles. Field-emission scanning electron microscopy (FE-SEM) was also used to determine the particle size and shape. X-ray diffraction (XRD) was employed for studying the structural and crystalline nature and obtaining information about their phase composition and crystallinity. To ascertain the proper synthesis of AgNPs, Fourier-transform infrared (FTIR) spectroscopy was also performed within the spectral range of 4000-600 cm⁻¹ to identify functional groups that belong to the nanoparticles and analyze their structural characteristics. 250 mL of distilled water was used to dissolve 6.25 g of nutrient agar to prepare the culture medium. To ensure complete dissolution, the solution was continuously stirred on a heating plate at a controlled temperature using a magnetic stirrer. The medium was then autoclaved for 15 minutes at 121 °C. After sterilization, the molten agar was cooled to a temperature between 45 and 50 °C before being aseptically transferred to sterile petri dishes. The media was then allowed to fully solidify by leaving the plates undisturbed at room temperature. Subsequently, 0.1 g of plant extract and 0.002 g of nanoparticles were dissolved twice in 1 mL of ethanol and 0.5 mL of distilled water, respectively. Results The results show that silver nanoparticles manufactured using olive leaves have great potential as natural antibacterial agents in pharmaceutical applications. This study demonstrated the novelty of the effectiveness of silver nanoparticles against the studied bacteria, as it was almost twice as effective as the plant extract. This contributes to other medical fields that are very important for the development of medicine at present. Conclusions The Nano properties demonstrated by various methods of examination lead to the possibility of obtaining silver nanoparticles with high properties and very small diameters from olive leaves that can be used in other medical fields that are very important for the development of medicine at the present time. هدف: این مطالعه به بررسی ویژگی‌های فیزیکی و زیستی نانوذرات نقره زیست‌سنتزشده از ترکیبات فیتوشیمیایی می‌پردازد. ترکیبات فیتوشیمیایی موجود در برگ زیتون به‌عنوان عوامل کاهنده و پایدارکننده طبیعی در سنتز سبز نانوذرات نقره (AgNPs) عمل می‌کنند که در مقایسه با روش‌های متداول، رویکردی سبز و سازگار با محیط زیست محسوب می‌شود. مواد و روش‌ها: نانوذرات نقره (AgNPs) با استفاده از مجموعه‌ای از روش‌های تحلیلی بررسی شدند. طیف‌سنجی UV-Vis در بازه طول موج ۲۰۰ تا ۸۰۰ نانومتر برای شناسایی رزونانس پلاسمونی مشخصه نانوذرات نقره انجام شد. همچنین از میکروسکوپ الکترونی روبشی با گسیل میدانی (FE-SEM) برای تعیین اندازه و شکل ذرات استفاده گردید. پراش پرتو ایکس (XRD) به‌منظور بررسی ساختار و ماهیت بلوری و به‌دست‌آوردن اطلاعاتی درباره فاز و میزان بلورینگی نانوذرات به کار رفت. برای اطمینان از سنتز صحیح AgNPs، طیف‌سنجی مادون قرمز تبدیل فوریه (FTIR) در محدوده طیفی ۴۰۰۰ تا ۶۰۰ در سانتی‌متر انجام شد تا گروه‌های عاملی مرتبط با نانوذرات شناسایی و ویژگی‌های ساختاری آن‌ها تحلیل شود. برای تهیه محیط کشت، 25/6 گرم نوترینت آگار در ۲۵۰ میلی‌لیتر آب مقطر حل شد. به‌منظور حل کامل، محلول با همزن مغناطیسی روی صفحه گرم‌کن در دمای کنترل‌شده به‌طور مداوم هم زده شد. سپس محیط کشت به مدت ۱۵ دقیقه در دمای ۱۲۱ درجه سانتی‌گراد اتوکلاو گردید. پس از استریلیزاسیون، آگار مذاب تا دمای ۴۵ تا ۵۰ درجه سانتی‌گراد سرد و سپس به‌صورت آسپتیک به پتری‌دیش‌های استریل منتقل شد. محیط کشت در دمای اتاق و بدون جابه‌جایی قرار داده شد تا کاملاً جامد گردد. در ادامه، 1/0 گرم عصاره گیاهی و 002/0 گرم نانوذره به‌ترتیب در ۱ میلی‌لیتر اتانول و 5/0 میلی‌لیتر آب مقطر، هر کدام دو بار حل شدند. نتایج: نتایج نشان داد که نانوذرات نقره تولیدشده با استفاده از برگ زیتون، پتانسیل بالایی به‌عنوان عوامل ضدباکتری طبیعی در کاربردهای دارویی دارند. این مطالعه نوآوری اثربخشی نانوذرات نقره را در برابر باکتری‌های مورد بررسی نشان داد، به‌طوری‌که اثر ضدباکتریایی آن‌ها تقریباً دو برابر عصاره گیاهی بود. این یافته‌ها می‌تواند به سایر حوزه‌های پزشکی که در توسعه کنونی علم پزشکی اهمیت بالایی دارند، کمک کند. نتیجه‌گیری: ویژگی‌های نانویی نشان‌داده‌شده توسط روش‌های مختلف بررسی، بیانگر امکان دستیابی به نانوذرات نقره با خواص مطلوب و قطر بسیار کوچک از برگ زیتون است؛ نانوذراتی که می‌توانند در سایر زمینه‌های پزشکی مهم برای پیشرفت علم پزشکی در زمان حاضر مورد استفاده قرار گیرند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5299_7efc71f9f963c75e872d4a26b317f8fa.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Detection and characterization of Escherichia coli O157:H7 in drinking water from Baghdad city using phenotypic, immunological, and molecular methods شناسایی و ویژگی‌یابی Escherichia coli O157:H7 در آب آشامیدنی شهر بغداد با استفاده از روش‌های فنوتیپی، ایمنی‌شناسی و مولکولی 239 254 5300 10.22103/jab.2026.26531.1826 FA سداد جاسم محمد مرکز تحقیقات بازار و حمایت از مصرف‌کننده، دانشگاه بغداد، بغداد، عراق. عادل ترکی الموسوی مرکز تحقیقات بازار و حمایت از مصرف‌کننده، دانشگاه بغداد، بغداد، عراق. رافت ع. ابوالمعالی مرکز تحقیقات بازار و حمایت از مصرف‌کننده، دانشگاه بغداد، بغداد، عراق. Journal Article 2025 12 15 Objective The aim of this study was to isolate and identify Escherichia coli O157:H7 from drinking water intended for human consumption in Baghdad City. The isolates were characterized using conventional phenotypic and biochemical methods. Then, their ability to produce Shiga toxin (Stx) was determined using ELISA. In addition, molecular identification and genotyping were performed. For detecting the presence of stx1 and stx2 genes, multiplex polymerase chain reaction (MPCR) was used. Another goal was to compare these genes as diagnostic and epidemiological indicators with traditional diagnostic methods. Material and methods Thirty drinking water samples were collected from both sides of Baghdad City (Karkh and Rusafa) between July and August 2023. Samples were collected in sterile 250-mL glass bottles containing 3% sodium thiosulfate. Cefixime-tellurite sorbitol MacConkey agar (CT-SMAC) was used to isolate E. coli O157:H7. Biochemical identification was performed using the API 20E system. Moreover, ELISA was used to determine the production of Shiga toxin. Molecular detection of stx1 and stx2 genes was conducted using the PCR technique. Results Out of the 30 drinking water samples analyzed, 25 E. coli isolates were obtained. Biochemical tests identified 10 isolates as E. coli. While, the API 20E system confirmed 6 isolates. Serological examination using the rapid latex agglutination test confirmed that four isolates belonged to the E. coli O157:H7 serotype. ELISA results demonstrated that all four isolates produced Shiga toxin. MPCR analysis revealed that one isolate carried the stx1 gene (180 bp), while all four isolates carried the stx2 gene (255 bp). Conclusion Shiga toxin (Stx), also known as verotoxin, is an AB₅ toxin produced by certain strains of E. coli, particularly E. coli O157:H7. Furthermore, it is closely related to the toxin produced by Shigella dysenteriae. The presence of stx1 and stx2 genes in drinking water isolates can highlight the potential public health risk. It also can support the use of molecular methods as reliable tools for the detection and surveillance of pathogenic E. coli in drinking water. هدف: هدف از این مطالعه جداسازی و شناسایی Escherichia coli O157:H7 از آب آشامیدنی مورد مصرف انسان در شهر بغداد بود. ایزوله‌ها با استفاده از روش‌های متداول فنوتیپی و بیوشیمیایی مشخصه‌یابی شدند. سپس توانایی آن‌ها در تولید سم شیگا (Stx) با استفاده از آزمون الایزا (ELISA) تعیین گردید. علاوه بر این، شناسایی مولکولی و تعیین ژنوتیپ انجام شد. برای شناسایی ژن‌های stx1 و stx2 از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز چندگانه (MPCR) استفاده شد. هدف دیگر، مقایسه این ژن‌ها به‌عنوان شاخص‌های تشخیصی و اپیدمیولوژیک با روش‌های تشخیصی سنتی بود. مواد و روش‌ها: در مجموع ۳۰ نمونه آب آشامیدنی از دو سوی شهر بغداد (کرخ و رصافه) در فاصله زمانی ژوئیه تا اوت ۲۰۲۳ جمع‌آوری شد. نمونه‌ها در بطری‌های شیشه‌ای استریل ۲۵۰ میلی‌لیتری حاوی 3 درصد تیوسولفات سدیم برداشت شدند. برای جداسازی E. coli O157:H7 از محیط کشت مک‌کانکی سوربیتول حاوی سفیکسیم-تلوریت (CT-SMAC) استفاده شد. شناسایی بیوشیمیایی با سیستم API 20E انجام گرفت. همچنین، تولید سم شیگا با روش ELISA بررسی شد. شناسایی مولکولی ژن‌های stx1 و stx2 با استفاده از تکنیک PCR صورت پذیرفت. نتایج: از میان ۳۰ نمونه آب آشامیدنی بررسی‌شده، ۲۵ ایزوله E. coli به‌دست آمد. آزمون‌های بیوشیمیایی ۱۰ ایزوله را به‌عنوان E. coli شناسایی کردند، در حالی که سیستم API 20E شش ایزوله را تأیید نمود. بررسی سرولوژیک با آزمون آگلوتیناسیون سریع لاتکس نشان داد که چهار ایزوله به سروتیپ E. coli O157:H7 تعلق دارند. نتایج ELISA نشان داد که هر چهار ایزوله قادر به تولید سم شیگا هستند. تحلیل MPCR نشان داد که یک ایزوله حامل ژنstx1 (۱۸۰ جفت‌باز) بوده و هر چهار ایزوله دارای ژن stx2 (۲۵۵ جفت‌باز) بودند. نتیجه‌گیری: سم شیگا (Stx) که با نام وروتوکسین نیز شناخته می‌شود، یک سم AB₅ است که توسط برخی سویه‌های E. coli، به‌ویژه E. coli O157:H7، تولید می‌شود و ارتباط نزدیکی با سم تولیدشده توسط Shigella dysenteriae دارد. وجود ژن‌های stx1 و stx2 در ایزوله‌های آب آشامیدنی می‌تواند خطر بالقوه‌ای برای سلامت عمومی را نشان دهد و همچنین بر کاربرد روش‌های مولکولی به‌عنوان ابزارهایی قابل اعتماد برای شناسایی و پایش E. coli بیماری‌زا در آب آشامیدنی تأکید می‌کند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5300_da677b9cd641b28edde14442c37919c0.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Evaluation of the effectiveness of the Trichoderma harzianum and extract of clove (Syzygium aromaticum) against Rhizoctonia solani the causal agent of tomato root rot disease ارزیابی اثربخشی Trichoderma harzianum و عصاره میخک (Syzygium aromaticum) علیه Rhizoctonia solani عامل بیماری پوسیدگی ریشه گوجه‌فرنگی 255 266 5301 10.22103/jab.2026.26628.1833 FA زید طالب شمران مؤسسه فنی المسیب، دانشگاه فنی الفرات الاوسط، بابل، عراق. ریهام کریم علوان دانشکده فنی المسیب، دانشگاه فنی الفرات الاوسط، بابل 51009، عراق 0009-0006-5502-2452 غدیر عبدالجبار رضایو دانشکده فنی المسیب، دانشگاه فنی الفرات الاوسط، بابل 51009، عراق. 0009-0005-6012-5184 Journal Article 2025 12 29 Objective Root rot is a serious disease of tomato (Solanum lycopersicum L.). It caused by the soil-borne fungus Rhizoctonia solani. This disease leads to major yield losses in tomato production worldwide. The aim of the present study was to isolate and identify the most virulent isolate of R. solani. Moreover, we aimed to evaluate the biocontrol ability of Trichoderma harzianum and aqueous clove (Syzygium aromaticum) extract. The aim was to evaluate both individually and in combination against tomato root rot under laboratory and greenhouse conditions. Materials and methods Several isolates of R. solani were obtained and tested for pathogenicity. Among them, isolate R4 showed the highest virulence. It has 100% disease incidence and 98.67% disease severity. So, it was selected for further experiments. Aqueous clove extract was prepared at concentrations of 5% and 10%. Trichoderma harzianum was cultured and applied as a spore suspension. Dual culture assays in vitro were used to evaluate the antifungal effects of these agents firstly. After that, greenhouse experiments were conducted to assess their effects on disease incidence, disease severity, and plant growth parameters. LSD test at a 5% significance level was statistically used to analyze data. Results In vitro results showed that both T. harzianum and clove extract significantly inhibited the growth of R. solani. Complete inhibition of fungal growth was observed when both agents were applied together. In greenhouse experiments, the combined treatment of T. harzianum and clove extract significantly reduced disease incidence (13.33%) and disease severity (9.33%), in comparison to the infected control. In addition, this treatment improved tomato plant growth. Because it resulted in higher fresh weight (43.33 g), dry weight (9.33 g), shoot length (46.33 cm), and root length (10.33 cm). Conclusion The findings of the current study shows that Trichoderma harzianum and clove extract work synergistically to control Rhizoctonia solani. This natural and eco-friendly method can effectively reduce tomato root rot. It also can increase plant growth. This combination shows strong potential as a safe alternative to chemical fungicides. Therefore, it is better to further evaluate it under field and laboratory conditions. هدف: پوسیدگی ریشه یکی از بیماری‌های مهم و خسارت‌زای گوجه‌فرنگی (Solanum lycopersicum L.) است که توسط قارچ خاکزاد Rhizoctonia solani ایجاد می‌شود و منجر به کاهش شدید عملکرد گوجه‌فرنگی در سراسر جهان می‌گردد. هدف از این مطالعه، جداسازی و شناسایی مهاجم‌ترین ایزوله R. solani و همچنین ارزیابی توان کنترل زیستی Trichoderma harzianum و عصاره آبی میخک (Syzygium aromaticum) بود. این عوامل به‌صورت جداگانه و تلفیقی، در شرایط آزمایشگاهی و گلخانه‌ای علیه پوسیدگی ریشه گوجه‌فرنگی بررسی شدند. مواد و روش‌ها: چندین ایزوله از R. solani جداسازی و از نظر بیماری‌زایی مورد ارزیابی قرار گرفتند. در میان آن‌ها، ایزوله R4 بیشترین حدت بیماری‌زایی را نشان داد، به‌طوری که میزان بروز بیماری 100% و شدت بیماری 67/98% بود. ازاین‌رو، برای آزمایش‌های بعدی انتخاب شد. عصاره آبی میخک در غلظت‌های 5% و 10% تهیه گردید. قارچ Trichoderma harzianum کشت داده شده و به‌صورت سوسپانسیون اسپور مورد استفاده قرار گرفت. ابتدا اثرات ضدقارچی این عوامل با استفاده از آزمون کشت دوگانه در شرایط درون‌شیشه‌ای (in vitro) بررسی شد. سپس آزمایش‌های گلخانه‌ای به‌منظور ارزیابی تأثیر آن‌ها بر میزان بروز بیماری، شدت بیماری و شاخص‌های رشد گیاه انجام گرفت. داده‌ها با استفاده از آزمون LSD در سطح معنی‌داری 5% تجزیه و تحلیل آماری شدند. نتایج: نتایج آزمایشگاهی نشان داد که هر دو عامل T. harzianum و عصاره میخک به‌طور معنی‌داری رشد R. solani را مهار کردند. در حالتی که هر دو عامل به‌صورت هم‌زمان به‌کار رفتند، مهار کامل رشد قارچ مشاهده شد. در آزمایش‌های گلخانه‌ای، تیمار تلفیقی T. harzianum و عصاره میخک به‌طور معنی‌داری میزان بروز بیماری (33/13%) و شدت بیماری (33/9%) را در مقایسه با شاهد آلوده کاهش داد. علاوه بر این، این تیمار موجب بهبود رشد گیاه گوجه‌فرنگی شد، به‌طوری که بیشترین وزن تر (33/43 گرم)، وزن خشک (33/9 گرم)، طول ساقه (33/46 سانتی‌متر) و طول ریشه (33/10 سانتی‌متر) به‌دست آمد. نتیجه‌گیری: یافته‌های این مطالعه نشان می‌دهد که Trichoderma harzianum و عصاره میخک به‌صورت هم‌افزا در کنترل Rhizoctonia solani عمل می‌کنند. این روش طبیعی و سازگار با محیط زیست می‌تواند به‌طور مؤثری پوسیدگی ریشه گوجه‌فرنگی را کاهش داده و رشد گیاه را افزایش دهد. این ترکیب پتانسیل بالایی به‌عنوان جایگزینی ایمن برای قارچ‌کش‌های شیمیایی دارد. بنابراین، انجام مطالعات تکمیلی در شرایط مزرعه‌ای و آزمایشگاهی توصیه می‌شود.

https://jab.uk.ac.ir/article_5301_9fa1157fc257d448a319231440427d29.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Investigation of genes responsible for antibiotics resistance in yeast Zygosaccharomyces rouxii بررسی ژن‌های مسئول مقاومت آنتی‌بیوتیکی در مخمر Zygosaccharomyces rouxii 267 282 5302 10.22103/jab.2026.26629.1834 FA بدیعه عبدالرزاق ملا عبیده دانشکده علوم، گروه زیست‌شناسی، دانشگاه موصل، موصل، عراق. Journal Article 2025 12 29 Objective The aim of the present study was to identify the genetic location of antibiotic and heavy metal resistance in the yeasts Zygosaccharomyces rouxii and Candida tropicalis. These yeasts were isolated from mandarin tree leaves collected in Mosul. The study focused on determining whether resistance genes were located on plasmid DNA or chromosomal DNA. Materials and methods Yeast isolates of Z. rouxii and C. tropicalis were examined for the presence of plasmid DNA. Two methods were used to locate resistance genes. The first method involved plasmid curing using ethidium bromide at a concentration of 150 µg mL⁻¹. This treatment was applied to both yeast species to remove plasmid DNA. After curing, the sensitivity of yeast colonies to different antibiotics and heavy metals was tested. Gel electrophoresis was used to confirm the loss or retention of plasmid DNA. The second method involved conjugation experiments to study the transfer of plasmid DNA between yeast isolates. In this method, Z. rouxii was used as the donor strain and cured C. tropicalis was used as the recipient strain. Results Plasmid curing was successful in both yeast species. Because many cured colonies became sensitive to the tested antibiotics and heavy metals. In Z. rouxii, the curing percentage ranged from 12% to 94%, except for cephalexin monohydrate and zinc sulfate (ZnSO₄), where resistance was not lost. In C. tropicalis, loss of resistance ranged from 17% to 80% for antibiotics and from 15% to 85% for heavy metals, except for ketoconazole and ZnSO₄. These results suggest that resistance to these agents is encoded on chromosomal DNA. Gel electrophoresis supported these findings. Conjugation experiments showed successful plasmid transfer from Z. rouxii to cured C. tropicalis, with a conjugation frequency of 0.84 × 10⁻⁸. Conclusions The study demonstrated that resistance genes in Z. rouxii and C. tropicalis can be located on either plasmid or chromosomal DNA. The transferred plasmid from Z. rouxii was found to carry resistance genes for nystatin. It can confirm the role of plasmid DNA in antibiotic resistance هدف: هدف از این مطالعه شناسایی محل ژنتیکی ژن‌های مقاومت به آنتی‌بیوتیک‌ها و فلزات سنگین در مخمرهایZygosaccharomyces rouxii و Candida tropicalis بود. این مخمرها از برگ‌های درخت نارنگی جمع‌آوری‌شده از شهر موصل جداسازی شدند. تمرکز اصلی پژوهش بر تعیین این موضوع بود که آیا ژن‌های مقاومت بر روی DNA پلاسمیدی قرار دارند یا بر روی DNA کروموزومی. مواد و روش‌ها: ایزوله‌های مخمری Z. rouxii و C. tropicalis از نظر وجود DNA پلاسمیدی مورد بررسی قرار گرفتند. برای تعیین محل ژن‌های مقاومت، از دو روش استفاده شد. روش نخست شامل حذف پلاسمید (plasmid curing) با استفاده از اتیدیوم بروماید با غلظت ۱۵۰ میکروگرم بر میلی‌لیتر بود. این تیمار برای هر دو گونه مخمری به‌منظور حذف DNA پلاسمیدی اعمال شد. پس از حذف پلاسمید، حساسیت کلنی‌های مخمری نسبت به آنتی‌بیوتیک‌ها و فلزات سنگین مختلف بررسی گردید. الکتروفورز ژل برای تأیید حذف یا باقی‌ماندن DNA پلاسمیدی به کار رفت. روش دوم شامل آزمایش‌های کونژوگاسیون برای بررسی انتقال DNA پلاسمیدی بین ایزوله‌های مخمری بود. در این روش، Z. rouxii به‌عنوان سویه دهنده و C. tropicalis حذف‌پلاسمیدشده به‌عنوان سویه گیرنده مورد استفاده قرار گرفت. نتایج: حذف پلاسمید در هر دو گونه مخمری با موفقیت انجام شد، به‌طوری که بسیاری از کلنی‌های حذف‌پلاسمیدشده نسبت به آنتی‌بیوتیک‌ها و فلزات سنگین مورد آزمایش حساس شدند. در Z. rouxii، درصد حذف پلاسمید بین 12% تا 94% متغیر بود، به‌جز در مورد سفالکسین مونوهیدرات و سولفات روی (ZnSO₄) که مقاومت از بین نرفت. در C. tropicalis، میزان از دست رفتن مقاومت برای آنتی‌بیوتیک‌ها بین 17% تا 80% و برای فلزات سنگین بین 15% تا 85% بود، به‌جز در مورد کتوکونازول و ZnSO₄ . این نتایج نشان می‌دهد که مقاومت به این عوامل احتمالاً توسط DNA کروموزومی کدگذاری می‌شود. نتایج ژل الکتروفورز نیز این یافته‌ها را تأیید کرد. آزمایش‌های کونژوگاسیون انتقال موفق پلاسمید از Z. rouxii به C. tropicalis حذف‌پلاسمیدشده را نشان داد، به‌طوری که فراوانی کونژوگاسیون برابر با ‎0.84 × 10⁻⁸‎ بود. نتیجه‌گیری: این مطالعه نشان داد که ژن‌های مقاومت در Z. rouxii و C. tropicalis می‌توانند بر روی DNA پلاسمیدی یا کروموزومی قرار داشته باشند. مشخص شد که پلاسمید منتقل‌شده از Z. rouxii حامل ژن‌های مقاومت به نیستاتین است. این یافته می‌تواند نقش مهم DNA پلاسمیدی را در بروز مقاومت آنتی‌بیوتیکی تأیید کند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5302_92ab6d0847192ba57d1af1f10ad922bd.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Extraction of gum from Cordia myxa L. fruit and evaluation of its functional and physicochemical properties استخراج صمغ از میوه Cordia myxa L. و ارزیابی ویژگی‌های عملکردی و فیزیکوشیمیایی آن 283 296 5303 10.22103/jab.2026.26730.1838 FA لیث فرید حسن العبیدی گروه علوم و صنایع غذایی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کوفه، نجف، عراق فاطمه کاظم حسین الصحاف گروه ترویج و آموزش کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کوفه، نجف، عراق. 0009-0005-4346-0992 محمد جواد علوان الزرفی مدیریت بهداشت نجف، نجف، عراق. Journal Article 2026 01 28 Objective The aim of this study was to extract gum from the fruit of Cordia myxa L. and to evaluate its chemical composition, physicochemical characteristics, and functional properties. This plant gum may have potential applications in food and related industries due to its natural origin and functional behavior. Materials and Methods A water-based extraction method was used to extract Gum from Cordia myxa L. fruit. The obtained gum powder was analyzed for its chemical composition. They included moisture, protein, fat, ash, and total carbohydrate content. Standard laboratory methods were used to measure physicochemical properties such as pH, bulk density, tapped density, and swelling factor. Functional properties of the gum were also studied. These included water-holding capacity, oil-holding capacity, emulsifying ability at different concentrations (0.1, 0.2, and 0.3%), and foaming capacity and stability at room temperature (25 °C). Results The chemical composition of Cordia myxa L. fruit gum showed moisture content of 4.94%, protein 1.43%, fat 8.89%, ash 5.33%, and total carbohydrates 79.41%. The pH value of the gum was 6.23, indicating a nearly neutral nature. Bulk and tapped densities were 0.39 and 0.37 g/cm³, respectively. While, the swelling factor reached 3.9%. Functional tests showed that the gum had good water-holding and oil-holding capacities of 13.41 and 4.30 g/g of gum powder, respectively. Emulsifying ability increased with concentration. It reached 72.47%, 74.46%, and 76.69% at 0.1%, 0.2%, and 0.3% gum concentrations. Foaming capacity slightly decreased as concentration increased. While, foam stability improved, reaching up to 97% at the highest concentration. Conclusion The results indicate that Cordia myxa L. fruit gum has desirable physicochemical and functional properties. Due to its good water and oil retention, emulsifying ability, and foam stability, this natural gum could be considered a promising ingredient for use in food and other industrial applications. Keywords: Cordia myxa fruits, Cordia myxa gum, functional properties, physicochemical properties هدف: هدف از این مطالعه استخراج صمغ از میوه Cordia myxa L. و ارزیابی ترکیب شیمیایی، ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی و خصوصیات عملکردی آن بود. این صمغ گیاهی به دلیل منشأ طبیعی و رفتار عملکردی مناسب، می‌تواند کاربردهای بالقوه‌ای در صنایع غذایی و صنایع مرتبط داشته باشد. مواد و روش‌ها: برای استخراج صمغ از میوه Cordia myxa L. از روش استخراج با آب استفاده شد. پودر صمغ به‌دست‌آمده از نظر ترکیب شیمیایی شامل رطوبت، پروتئین، چربی، خاکستر و کربوهیدرات کل مورد تجزیه قرار گرفت. ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی از جمله pH، چگالی ظاهری، چگالی کوبیده‌شده و ضریب تورم با استفاده از روش‌های استاندارد آزمایشگاهی اندازه‌گیری شدند. همچنین ویژگی‌های عملکردی صمغ شامل ظرفیت نگهداری آب، ظرفیت نگهداری روغن، قابلیت امولسیون‌کنندگی در غلظت‌های مختلف (1/0، 2/0 و 3/0 درصد) و ظرفیت و پایداری کف در دمای اتاق (۲۵ درجه سانتی‌گراد) بررسی گردید. نتایج: ترکیب شیمیایی صمغ میوه Cordia myxa L. شامل 94/4% رطوبت، 43/1% پروتئین، 89/8% چربی، 33/5% خاکستر و 41/79% کربوهیدرات کل بود. مقدار pH صمغ 33/6 به‌دست آمد که نشان‌دهنده ماهیت تقریباً خنثی آن است. چگالی ظاهری و چگالی کوبیده‌شده به‌ترتیب 39/0 و 37/0 گرم بر سانتی‌متر مکعب بودند، در حالی‌که ضریب تورم به 9/3% رسید. نتایج آزمون‌های عملکردی نشان داد که صمغ دارای ظرفیت نگهداری آب و روغن مناسبی به‌ترتیب معادل 41/13 و 30/4 گرم به ازای هر گرم پودر صمغ است. قابلیت امولسیون‌کنندگی با افزایش غلظت افزایش یافت و به‌ترتیب به 47/72%، 46/74% و 69/76% در غلظت‌های 1/0، 2/0 و 3/0 درصد رسید. ظرفیت کف با افزایش غلظت اندکی کاهش یافت، در حالی‌که پایداری کف بهبود پیدا کرد و در بالاترین غلظت به حدود 97% رسید. نتیجه‌گیری: نتایج نشان می‌دهد که صمغ میوه Cordia myxa L. دارای ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی و عملکردی مطلوبی است. با توجه به توانایی مناسب در نگهداری آب و روغن، قابلیت امولسیون‌کنندگی و پایداری کف، این صمغ طبیعی می‌تواند به‌عنوان یک ترکیب امیدبخش برای استفاده در صنایع غذایی و سایر کاربردهای صنعتی در نظر گرفته شود.

https://jab.uk.ac.ir/article_5303_b59730fb8db96644596a264f02cf2384.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Influence of planting dates and foliar feeding with nano-boron on safflower production and fatty acid quality تأثیر تاریخ‌های کاشت و تغذیه برگی با نانو‌بور بر عملکرد گلرنگ و کیفیت اسیدهای چرب 297 312 5304 10.22103/jab.2026.26733.1839 FA ولید خالد شحاته الجهیشی گروه زراعت، دانشکده کشاورزی و جنگلداری، دانشگاه موصل، موصل، عراق. Journal Article 2026 01 28 Objective Improving both yield and oil quality is important for increasing the economic value of safflower under local environmental conditions. Therefore, the aim of the current study was to evaluate the effect of different planting dates and foliar application of nano-boron on seed yield, oil content, and fatty acid composition of safflower (Carthamus tinctorius L.). Materials and methods A field experiment was conducted during the winter growing season of 2024–2025 at two locations, Raseediyah and Wana. The treatments included three planting dates (20 November, 5 December, and 20 December) and three concentrations of nano-boron foliar spray (0, 2.5, and 5 g L⁻¹). The experiment was performed in a randomized complete block design (RCBD) with three replications at each site. Data were collected for thousand seed weight, seed yield, seed oil percentage, oil yield, and the fatty acid composition of the oil. They were oleic, linoleic, palmitic, and stearic acids. Standard agronomic practices were applied throughout the growing season. Then statistical analysis was carried out to evaluate the main effects and interactions between treatments. Results The results showed that planting date had a significant effect on safflower productivity and oil quality. Early planting on 20 November produced the highest values for thousand seed weight, seed yield, seed oil percentage, oil yield, and the proportion of oleic and linoleic acids at both locations. In contrast, later planting dates (5 and 20 December) resulted in higher contents of palmitic and stearic acids in the oil at Raseediyah and Wana. Foliar application of nano-boron significantly improved all measured traits compared with the control treatment. The highest nano-boron concentration (5 g L⁻¹) gave the greatest values for yield components, oil content, oil yield, and all studied fatty acids. A significant interaction was observed between the early planting date (20 November) and the application of 5 g L⁻¹ nano-boron, which produced the highest seed yield at both experimental sites. Conclusions The study concluded that early planting combined with foliar feeding of nano-boron is an effective practice for improving safflower yield and fatty acid quality. Planting on 20 November with a nano-boron concentration of 5 g L⁻¹ is recommended under similar environmental conditions. هدف: بهبود هم‌زمان عملکرد و کیفیت روغن برای افزایش ارزش اقتصادی گلرنگ تحت شرایط محیطی محلی اهمیت زیادی دارد. ازاین‌رو، هدف از مطالعه حاضر بررسی اثر تاریخ‌های مختلف کاشت و محلول‌پاشی برگی نانو‌بور بر عملکرد بذر، درصد روغن و ترکیب اسیدهای چرب گلرنگ (Carthamus tinctorius L.) بود. مواد و روش‌ها: این آزمایش مزرعه‌ای در فصل رشد زمستانه ۲۰۲۴-۲۰۲۵ در دو منطقه رصیدیه و وانه اجرا شد. تیمارها شامل سه تاریخ کاشت (۲۰ نوامبر، ۵ دسامبر و ۲۰ دسامبر) و سه غلظت محلول‌پاشی برگی نانو‌بور (۰، ۲٫۵ و ۵ گرم در لیتر) بودند. آزمایش به‌صورت طرح بلوک‌های کامل تصادفی (RCBD) با سه تکرار در هر محل انجام گرفت. داده‌ها شامل وزن هزار دانه، عملکرد بذر، درصد روغن بذر، عملکرد روغن و ترکیب اسیدهای چرب روغن شامل اسیدهای اولئیک، لینولئیک، پالمیتیک و استئاریک جمع‌آوری شدند. عملیات زراعی متداول در طول فصل رشد اعمال شد و سپس تجزیه و تحلیل آماری برای ارزیابی اثرات اصلی و متقابل تیمارها انجام گرفت. نتایج: نتایج نشان داد که تاریخ کاشت تأثیر معنی‌داری بر بهره‌وری و کیفیت روغن گلرنگ دارد. کاشت زودهنگام در تاریخ ۲۰ نوامبر در هر دو منطقه بیشترین مقادیر وزن هزار دانه، عملکرد بذر، درصد روغن بذر، عملکرد روغن و درصد اسیدهای اولئیک و لینولئیک را به همراه داشت. در مقابل، تاریخ‌های کاشت دیرتر (۵ و ۲۰ دسامبر) باعث افزایش محتوای اسیدهای پالمیتیک و استئاریک روغن در هر دو منطقه رصیدیه و وانه شدند. محلول‌پاشی برگی نانو‌بور به‌طور معنی‌داری تمام صفات اندازه‌گیری‌شده را نسبت به تیمار شاهد بهبود داد. بالاترین غلظت نانو‌بور (۵ گرم در لیتر) بیشترین مقادیر اجزای عملکرد، درصد روغن، عملکرد روغن و تمامی اسیدهای چرب مورد بررسی را ایجاد کرد. همچنین، اثر متقابل معنی‌داری بین تاریخ کاشت زودهنگام (۲۰ نوامبر) و مصرف ۵ گرم در لیتر نانو‌بور مشاهده شد که بیشترین عملکرد بذر را در هر دو محل آزمایش به دست داد. نتیجه‌گیری: این مطالعه نشان داد که کاشت زودهنگام همراه با تغذیه برگی نانو‌بور روشی مؤثر برای بهبود عملکرد گلرنگ و کیفیت اسیدهای چرب آن است. بر اساس نتایج، کاشت در تاریخ ۲۰ نوامبر همراه با مصرف نانو‌بور به غلظت ۵ گرم در لیتر تحت شرایط محیطی مشابه توصیه می‌شود.

https://jab.uk.ac.ir/article_5304_4a15eea8f85292236611179c7148c63a.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 The bioactivity of Metarhizium anisopliae and Verticillium lecanii on immature and mature stages of the flour Beetle, Tribolium castaneum زیست‌فعالیت قارچ‌های Metarhizium anisopliae و Verticillium lecanii بر مراحل نابالغ و بالغ سوسک آردی Tribolium castaneum 313 330 5322 10.22103/jab.2025.25789.1754 FA اخلاص الشریفی گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم بانوان، دانشگاه بابل، حله، عراق. 0000-0002-5621-3203 نبرس م. صاحی دانشکده علوم زیستی، دانشکده علوم برای زنان، دانشگاه بابل، حله، عراق. نُدا ا. الخفاجی دانشکده علوم زیستی، دانشکده علوم برای زنان، دانشگاه بابل، حله، عراق. فرح ف. عبدالساده دانشکده علوم زیستی، دانشکده علوم برای زنان، دانشگاه بابل، حله، عراق. سجا ایاد الخفاجی دانشکده علوم زیستی، دانشکده علوم برای زنان، دانشگاه بابل، حله، عراق. Journal Article 2025 08 20 Objective The red flour beetle, Tribolium castaneum (Herbst.), is one of the most destructive pests of stored grains and their by-products, creating substantial economic losses worldwide. Its remarkable capability to develop resistance to conventional insecticides, along with increasing concerns about environmental and health hazards related to chemical control, necessitates alternative management strategies. Entomopathogenic fungi (EPFs), natural pathogens of insects, represent a hopeful biocontrol option. This investigation aimed to evaluate the pathogenic activity of two commercially available EPF formulations, Metarhizium anisopliae (Met52) and Verticillium lecanii (Mycotal), against different developmental stages of T. castaneum. Materials and methods Laboratory bioassays were managed to evaluate the effectiveness of M. anisopliae and V. lecanii against second-, fourth-, and sixth-instar larvae, as well as adults of T. castaneum. Multiple concentrations of fungal spores were applied, and mortality rates were documented over varying exposure periods. Mortality percentages were statistically analyzed to identify dose- and stage-dependent susceptibility. Results Both EPFs exhibited meaningful pathogenicity against T. castaneum, though their effectiveness varied across life stages and concentrations. M. anisopliae consistently demonstrated higher virulence than V. lecanii. Susceptibility was strongly stage-dependent: second- and fourth-instar larvae were more vulnerable, while sixth-instar larvae and adults showed comparatively higher resistance to fungal infection. Increasing spore concentration and developing exposure duration meaningfully increased mortality rates across all tested stages. A positive correlation was observed between mortality percentage and both fungal concentration and exposure time. Notably, the sixth-instar larvae and adults exhibited the lowest mortality, emphasizing the importance of targeting younger developmental stages for effective control. Conclusions The results affirm that M. anisopliae and V. lecanii possess considerable potential as biological control agents against T. castaneum. Among the two, M. anisopliae exhibited superior pathogenicity across life stages. The investigation underscores the importance of optimizing fungal concentration and targeting susceptible larval stages to maximize effectiveness. These results support the integration of entomopathogenic fungi into sustainable pest management programs for stored-product pests, reducing reliance on chemical insecticides. هدف: سوسک آرد قرمز Tribolium castaneum (Herbst.) یکی از مخرب‌ترین آفات غلات انباری و فرآورده‌های جانبی آنها است که زیان‌های اقتصادی قابل توجهی در سراسر جهان ایجاد می‌کند. توانایی چشمگیر این آفت در ایجاد مقاومت نسبت به حشره‌کش‌های متداول، همراه با نگرانی‌های فزاینده درباره خطرات زیست‌محیطی و بهداشتی کنترل شیمیایی، ضرورت تدوین راهبردهای مدیریتی جایگزین را ایجاب می‌کند. قارچ‌های بیماری‌زای حشرات (EPFs)، که به طور طبیعی پاتوژن حشرات هستند، گزینه‌ای امیدبخش برای کنترل زیستی محسوب می‌شوند. این پژوهش با هدف ارزیابی فعالیت بیماری‌زایی دو فرآورده تجاری قارچ‌های EPF یعنی Metarhizium anisopliae (Met52) و Verticillium lecanii (Mycotal) علیه مراحل رشدی مختلف T. castaneum انجام شد. مواد و روش‌ها: آزمون‌های زیستی در شرایط آزمایشگاهی به‌منظور بررسی کارایی M. anisopliae و V. lecanii علیه لاروهای سن دوم، چهارم و ششم، همچنین حشرات بالغ T. castaneum انجام گرفت. غلظت‌های مختلفی از اسپور قارچ‌ها اعمال شد و درصد مرگ‌ومیر در بازه‌های زمانی متفاوت ثبت گردید. داده‌های مربوط به مرگ‌ومیر با استفاده از تحلیل آماری جهت تعیین حساسیت وابسته به غلظت و مرحله رشدی بررسی شدند. نتایج: هر دو قارچ EPF بیماری‌زایی قابل توجهی علیه T. castaneum نشان دادند، اگرچه میزان کارایی آنها در مراحل رشدی و غلظت‌های مختلف متفاوت بود M. anisopliae به طور مداوم قدرت بیماری‌زایی بالاتری نسبت به V. lecanii نشان داد. حساسیت به شدت به مرحله رشدی وابسته بود: لاروهای سن دوم و چهارم آسیب‌پذیرتر بودند، در حالی که لاروهای سن ششم و حشرات بالغ مقاومت بیشتری در برابر آلودگی قارچی داشتند. افزایش غلظت اسپور و طول مدت مواجهه به طور معنی‌داری مرگ‌ومیر را در تمام مراحل آزمایش‌شده افزایش داد. همبستگی مثبت بین درصد مرگ‌ومیر و هر دو عامل غلظت قارچ و مدت زمان مواجهه مشاهده شد. به‌ویژه، لاروهای سن ششم و بالغین کمترین میزان مرگ‌ومیر را نشان دادند که اهمیت هدف‌گیری مراحل نابالغ‌تر را برای کنترل مؤثر برجسته می‌سازد. نتیجه‌گیری: نتایج نشان داد که M. anisopliae و V. lecanii پتانسیل قابل توجهی به‌عنوان عوامل کنترل زیستی علیه T. castaneum دارند. در میان این دو قارچ، M. anisopliae بیماری‌زایی برتری در مراحل رشدی مختلف از خود نشان داد. این مطالعه بر اهمیت بهینه‌سازی غلظت قارچ و هدف‌گیری مراحل لاروی حساس برای بیشینه‌سازی کارایی تأکید دارد. یافته‌ها از ادغام قارچ‌های بیماری‌زا در برنامه‌های پایدار مدیریت آفات محصولات انباری و کاهش وابستگی به حشره‌کش‌های شیمیایی حمایت می‌کنند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5322_6c62a689d19956adcec34b9d283a8908.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 The effect of spraying with growth regulator (Atonic) and Trichoderma viride in improving the physical properties of Buckthorn fruits (Ziziphus mauritiana L. cv. Tufahi) infected with Alternaria alternata تأثیر محلول‌پاشی با تنظیم‌کننده رشد (Atonic) و قارچ Trichoderma viride در بهبود صفات فیزیکی میوه کنار (Ziziphus mauritiana L. cv. Tufahi) آلوده به Alternaria alternata 331 346 5325 10.22103/jab.2026.26735.1840 FA محمد نایثل راضی گروه زراعت، دانشکده کشاورزی و هورالعظیم، دانشگاه ذی‌قار، ذی‌قار-64001، عراق. Journal Article 2026 01 29 Objective The aim of this study was to evaluate the effects of the plant growth regulator Atonic and the biocontrol fungus Trichoderma viride on reducing Alternaria alternata infection, both individually and in combination. The goal was also to improve the physical properties of bitter elderberry (Ziziphus mauritiana L. cv. Tufahi) fruits. The study focused on increasing fruit quality as well as providing an environmentally friendly method for disease control. Materials and Methods The location of this study was a commercial garden of bitter elderberry located south of Nasiriyah city, Dhi Qar province, Iraq. The time of the study coincided with the growing season in 2023-2024. Six-year-old buckthorn trees naturally infected with A. alternata were used. Standard mycological techniques were used to isolate and identify pathogens from infected fruits. In vitro antagonism tests were conducted on potato dextrose agar (PDA) to assess the inhibitory effect of T. viride against A. alternata. Then assess the Atonic effect on the growth of both fungi was performed under laboratory conditions. In the field experiment, trees were treated with Atonic alone, T. viride alone, a combination of both, and an untreated control. Results Our laboratory results showed that T. viride has a high inhibitory effect on the growth of A. alternata. It indicates that it has high potential to act as a biological control agent. In contrast, we did not observe any direct inhibitory or stimulatory effects of Atonic on any of the fungi in vitro. These results suggest that its role is mainly physiological. Based on field results, it was found that the combined use of Atonic and T. viride was more effective than individual treatments and control. This treatment significantly increased vegetative growth, fruit length and diameter, fresh and dry fruit weight, pulp weight, seed weight, and pulp-to-seed ratio. In addition, the treated fruits showed a significant reduction in the severity and extent of A. alternata infection. Conclusions The results of this study showed that the interaction between Atonic and T. viride is synergistic. The physiological stimulation provided by Atonic, combined with the biocontrol and growth-promoting effects of T. viride. This resulted in improved physical fruit quality and effective suppression of A. alternata. Therefore, we can recommend this hybrid method as a safe and effective approach to improve the quality of bitter buckthorn fruit and manage fungal diseases in field conditions. هدف: هدف از این پژوهش، ارزیابی تأثیر تنظیم‌کننده رشد گیاهی آتونیک (Atonic) و قارچ کنترل زیستی Trichoderma viride در کاهش آلودگی به Alternaria alternata، به‌صورت جداگانه و توأم، و همچنین بهبود صفات فیزیکی میوه کنار (Ziziphus mauritiana L. cv. Tufahi) بود. این مطالعه با تمرکز بر افزایش کیفیت میوه و ارائه روشی سازگار با محیط زیست برای کنترل بیماری انجام شد. مواد و روش‌ها: این تحقیق در یک باغ تجاری کنار واقع در جنوب شهر ناصریه، استان ذی‌قار، عراق و در فصل رشد 2024-2023 انجام شد. درختان شش‌ساله کنار که به‌طور طبیعی به A. alternata آلوده بودند، مورد استفاده قرار گرفتند. جداسازی و شناسایی عامل بیماری‌زا از میوه‌های آلوده با استفاده از روش‌های استاندارد قارچ‌شناسی انجام شد. آزمون‌های تضاد درون‌شیشه‌ای روی محیط کشت PDA برای بررسی اثر بازدارندگی T. viride بر A. alternata انجام گرفت. همچنین اثر آتونیک بر رشد هر دو قارچ تحت شرایط آزمایشگاهی بررسی شد. در آزمایش مزرعه‌ای، درختان با آتونیک به‌تنهایی، T. viride به‌تنهایی، ترکیب هر دو تیمار و شاهد بدون تیمار مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج: نتایج آزمایشگاهی نشان داد که T. viride دارای اثر بازدارندگی بالایی بر رشد A. alternata است که بیانگر پتانسیل بالای آن به‌عنوان عامل کنترل زیستی می‌باشد. در مقابل، آتونیک در شرایط درون‌شیشه‌ای هیچ اثر مستقیم بازدارنده یا تحریک‌کننده‌ای بر رشد قارچ‌ها نشان نداد که حاکی از نقش عمدتاً فیزیولوژیک آن است. نتایج مزرعه‌ای نشان داد که کاربرد توأم آتونیک و T. viride نسبت به تیمارهای منفرد و شاهد مؤثرتر بود. این تیمار باعث افزایش معنی‌دار رشد رویشی، طول و قطر میوه، وزن تر و خشک میوه، وزن گوشت میوه، وزن بذر و نسبت گوشت به بذر شد. علاوه بر این، شدت و گسترش آلودگی به A. alternata در میوه‌های تیمار شده به‌طور معنی‌داری کاهش یافت. نتیجه‌گیری: نتایج این پژوهش نشان داد که برهم‌کنش بین آتونیک و T. viride دارای اثر هم‌افزایی است. تحریک فیزیولوژیک ناشی از آتونیک همراه با اثرات کنترل زیستی و تحریک رشد T. viride منجر به بهبود کیفیت فیزیکی میوه و مهار مؤثر A. alternata شد. بنابراین، این روش تلفیقی می‌تواند به‌عنوان رویکردی ایمن و کارآمد برای بهبود کیفیت میوه کنار و مدیریت بیماری‌های قارچی در شرایط مزرعه‌ای توصیه شود.

https://jab.uk.ac.ir/article_5325_dd82df62d28a69fa16511fc633aa7ce5.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Response of some parameters of local orange seedling (Citrus Sinensis L.) budding on Sour Orange to organic waste addition and Zinc spraying واکنش برخی صفات نهال پرتقال محلی (Citrus sinensis L.) پیوندشده روی پایه نارنج به افزودن پسماند آلی و محلول‌پاشی با روی 347 364 5328 10.22103/jab.2026.26661.1836 FA محمد ترخان ابوالمیخ گروه تکنیک‌های خاک و آب، دانشکده فنی مسیب، دانشگاه فنی الفرات الاوسط، عراق. بیان حبیب کاظم گروه تکنیک‌های خاک و آب، دانشکده فنی مسیب، دانشگاه فنی الفرات الاوسط، عراق. مروه رعد محمد گروه فناوری‌های تولید گیاهی، دانشکده فنی مسیب، دانشگاه فنی الفرات الاوسط، عراق. Journal Article 2026 01 03 Objective The goal of this study was to assess the effects of organic matter application and zinc foliar spraying on the vegetative growth of local orange seedlings (Citrus sinensis L.) grafted onto sour orange rootstock. Improving seedling growth and nutritional status under nursery conditions was the main aim of this research. Materials and Methods Cattle manure was used as a source of organic matter and applied at four levels: 0, 0.25, 0.50, and 0.75 kg per seedling. Zinc was applied as a foliar spray at three concentrations (0, 20, and 40 mg Zn L⁻¹) using hydrated zinc sulfate as the zinc source. The experiment was arranged in a factorial completely randomized design with three replications. We recorded several vegetative growth parameters. These parameters were: leaf nutrient content, seedling height, seedling dry weight, stem diameter, number of leaves, chlorophyll content (SPAD value), and leaf area. analysis of variance (ANOVA) was used to analyze data. Least Significant Difference (LSD) test at the 5% probability level was used to perform mean comparisons. Results The results of our study showed that if we increase the level of organic matter, all measured vegetative growth parameters can be significantly improved. For our study, the highest value was obtained at 0.75 kg per seedling. The values of the parameters also reached the following values: leaf nitrogen content of 1.88%, seedling height of 98.87 cm, seedling dry weight of 116.6 g, stem diameter of 1.23 cm, chlorophyll content of 45.37 SPAD units, number of leaves of 95.27 leaves per seedling, and leaf area of 21.27 dm2 per seedling. Zinc foliar spraying at 40 mg L⁻¹ also caused a significant increase in all growth traits, including height (94.45 cm), stem diameter (1.20 cm), leaf number (91.9 leaves per seedling), leaf area (20.7 dm²), chlorophyll content (45.48 SPAD units), dry weight (117.3 g), and improved leaf mineral content. The combined application of 0.75 kg organic matter with 40 mg Zn L⁻¹ resulted in the highest values for all studied characteristics. Conclusions It can be concluded that the combined use of organic matter and zinc foliar application effectively enhances the vegetative growth and nutritional status of local orange seedlings. The treatment consisting of 0.75 kg organic matter per seedling combined with 40 mg Zn L⁻¹ was the most effective, and can be recommended to improve seedling quality in citrus nurseries and support better orchard establishment. هدف: هدف از این پژوهش، بررسی اثر کاربرد ماده آلی و محلول‌پاشی روی بر رشد رویشی نهال‌های پرتقال محلی (Citrus sinensis L.) پیوندشده روی پایه نارنج بود. این آزمایش در ایستگاه باغبانی المحاویل وابسته به شرکت عمومی باغبانی و جنگلداری، وزارت کشاورزی عراق، طی دوره زمانی اکتبر ۲۰۲۴ تا ژوئن ۲۰۲۵ انجام شد. هدف اصلی تحقیق، بهبود رشد نهال و وضعیت تغذیه‌ای آن‌ها در شرایط نهالستانی بود. مواد و روش‌ها: کود دامی به‌عنوان منبع ماده آلی در چهار سطح 0، 25/0، 50/0 و 75/0 کیلوگرم برای هر نهال به کار رفت. عنصر روی به‌صورت محلول‌پاشی برگی در سه غلظت ۰، ۲۰ و ۴۰ میلی‌گرم روی در لیتر، با استفاده از سولفات روی آبدار اعمال شد. آزمایش به‌صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملاً تصادفی با سه تکرار اجرا گردید. صفات رویشی شامل ارتفاع نهال، قطر ساقه، تعداد برگ، سطح برگ، میزان کلروفیل (عدد SPAD) ، وزن خشک نهال و محتوای عناصر غذایی برگ اندازه‌گیری شد. تجزیه و تحلیل داده‌ها با استفاده از آنالیز واریانس (ANOVA) و مقایسه میانگین‌ها با آزمون حداقل اختلاف معنی‌دار (LSD) در سطح احتمال 5% انجام گرفت. نتایج: نتایج نشان داد که افزایش سطح ماده آلی موجب بهبود معنی‌دار تمامی صفات رویشی اندازه‌گیری‌شده شد. بیشترین مقادیر در سطح 75/0 کیلوگرم ماده آلی برای هر نهال به دست آمد؛ به‌طوری‌که ارتفاع نهال به 87/98 سانتی‌متر، قطر ساقه به 23/1 سانتی‌متر، تعداد برگ به 27/95 برگ در هر نهال، سطح برگ به 27/21 دسی‌متر مربع، میزان کلروفیل به 37/45 واحد SPAD، وزن خشک نهال به 6/116 گرم و محتوای نیتروژن برگ به 88/1% رسید. محلول‌پاشی روی با غلظت ۴۰ میلی‌گرم در لیتر نیز باعث افزایش معنی‌دار تمامی صفات رشد شد، از جمله ارتفاع (45/94 سانتی‌متر)، قطر ساقه (20/1 سانتی‌متر)، تعداد برگ (9/91 برگ در هر نهال)، سطح برگ (7/20 دسی‌متر مربع)، میزان کلروفیل (48/45 واحد SPAD) (و وزن خشک (3/117 گرم)، همراه با بهبود محتوای عناصر معدنی برگ. بیشترین مقادیر تمامی صفات مورد مطالعه در تیمار ترکیبی 75/0 کیلوگرم ماده آلی به همراه ۴۰ میلی‌گرم روی در لیتر مشاهده شد. نتیجه‌گیری: می‌توان نتیجه گرفت که کاربرد توأم ماده آلی و محلول‌پاشی روی به‌طور مؤثری رشد رویشی و وضعیت تغذیه‌ای نهال‌های پرتقال محلی را بهبود می‌بخشد. تیمار 75/0 کیلوگرم ماده آلی برای هر نهال همراه با ۴۰ میلی‌گرم روی در لیتر مؤثرترین تیمار بود و می‌تواند برای ارتقای کیفیت نهال در نهالستان‌های مرکبات و استقرار بهتر باغ توصیه شود.

https://jab.uk.ac.ir/article_5328_51104b554c4f54cb65524cec5406ce17.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Evaluating CRISPR applications in marine animal biotechnology for improved food industry sustainability ارزیابی کاربردهای CRISPR در زیست‌فناوری جانوران دریایی برای بهبود پایداری صنعت غذا 365 376 5329 10.22103/jab.2026.25253.1709 FA اس. مورالیداران گروه مهندسی دریایی، مؤسسه علوم و فناوریAMET، چنگالپِت، ایالت تامیل نادو، ۶۰۳۳۰۵، هند. ام. اِی. برونو گروه مهندسی دریایی، مؤسسه علوم و فناوریAMET، چنگالپِت، ایالت تامیل نادو، ۶۰۳۳۰۵، هند. Journal Article 2025 05 12 Objective Aquaculture is the world’s fastest-growing food-producing industry, its offer’s solutions to food insecurity driven by climate change, population growth, and limited resources. However, this sector faces many challenges, including outbreaks of disease, poor growth rates, reproductive issues, and environmental risks caused by fish escaped from the farm. This study aims to solve the above problem by using CRISPR-Cas9 gene editing technology as a solution in marine animal biotechnology. The main goal of this study is to find how the CRISPR technology works to improve the genetic traits of farmed fish. It looks at how this technology can help fish like Atlantic salmon, tilapia, and catfish grow faster, resist diseases, handle stress better and control reproduction. The study also explores the ethical concerns, environmental effects, and trade issues related to using gene editing in fish farming. Materials and methods This study is based on a detailed review of earlier scientific research, mainly looking at gene-editing experiments, changes in fish traits, rules and regulations, and how CRISPR is used in fish farming. It focuses on the successful use of CRISPR-Cas9 to make sterile fish (to stop them from passing genes into the wild), lower the risk of viral infections, help fish use feed more efficiently, and improve their nutritional value. Results The results show that CRISPR-Cas9 can greatly boost fish farming by creating fish that grow faster, have better muscle quality, and are more resistant to diseases. It also helps reduce the use of chemicals and antibiotics. However, there are still some concerns, such as the risk of unwanted genetic changes, the chance of edited genes spreading to wild fish, the possible loss of biodiversity, and the fact that small farmers may not have easy access to this technology. Conclusions The CRISPR-Cas9 has strong capability to improve eco-friendly in the aquaculture industry. It provides innovative tools to defend the key challenges and can help meet the growing global demand for safe and nutritious seafood. However, to use the CRISPR technology in a safe way, we need stricter rules, better awareness, equal access and long-term tracking of environmental impacts. هدف: آبزی‌پروری سریع‌ترین صنعت تولید غذا در جهان به شمار می‌رود و راهکارهایی برای مقابله با ناامنی غذایی ناشی از تغییرات اقلیمی، رشد جمعیت و محدودیت منابع ارائه می‌دهد. با این حال، این بخش با چالش‌های متعددی از جمله شیوع بیماری‌ها، نرخ رشد پایین، مشکلات تولیدمثلی و خطرات زیست‌محیطی ناشی از فرار ماهیان پرورشی به طبیعت مواجه است. این مطالعه با هدف بررسی استفاده از فناوری ویرایش ژن CRISPR-Cas9 به‌عنوان راهکاری نوین در زیست‌فناوری جانوران دریایی برای رفع این مشکلات انجام شد. هدف اصلی پژوهش، بررسی نقش فناوری CRISPR در بهبود صفات ژنتیکی ماهیان پرورشی است. در این راستا، تأثیر این فناوری بر افزایش سرعت رشد، مقاومت به بیماری‌ها، تحمل تنش و کنترل تولیدمثل در گونه‌هایی مانند سالمون آتلانتیک، تیلاپیا و گربه‌ماهی بررسی شده است. همچنین، نگرانی‌های اخلاقی، پیامدهای زیست‌محیطی و مسائل تجاری مرتبط با استفاده از ویرایش ژن در آبزی‌پروری مورد بحث قرار گرفته‌اند. مواد و روش‌ها: این پژوهش مبتنی بر یک مرور جامع از مطالعات علمی پیشین است که عمدتاً بر آزمایش‌های ویرایش ژن، تغییرات صفات فنوتیپی ماهیان، قوانین و مقررات مرتبط و کاربردهای CRISPR در صنعت آبزی‌پروری تمرکز دارد. در این بررسی، استفاده موفق از CRISPR-Cas9 برای تولید ماهیان نابارور (به‌منظور جلوگیری از انتقال ژن به جمعیت‌های وحشی)، کاهش خطر عفونت‌های ویروسی، افزایش کارایی مصرف خوراک و بهبود ارزش تغذیه‌ای ماهیان مورد توجه قرار گرفته است. نتایج: نتایج نشان داد که فناوری CRISPR-Cas9 می‌تواند به‌طور قابل توجهی بهره‌وری آبزی‌پروری را افزایش دهد؛ به‌طوری‌که ماهیانی با رشد سریع‌تر، کیفیت عضلانی بهتر و مقاومت بالاتر به بیماری‌ها تولید می‌شوند. همچنین، این فناوری می‌تواند مصرف مواد شیمیایی و آنتی‌بیوتیک‌ها را کاهش دهد. با این حال، نگرانی‌هایی همچون خطر بروز تغییرات ژنتیکی ناخواسته، احتمال انتقال ژن‌های ویرایش‌شده به جمعیت‌های وحشی، کاهش تنوع زیستی و دسترسی محدود کشاورزان کوچک به این فناوری همچنان مطرح است. نتیجه‌گیری: فناوری CRISPR-Cas9 ظرفیت بالایی برای ارتقای پایداری زیست‌محیطی صنعت آبزی‌پروری دارد و ابزارهای نوآورانه‌ای برای مقابله با چالش‌های اساسی این بخش فراهم می‌کند. این فناوری می‌تواند در تأمین تقاضای رو به رشد جهانی برای غذاهای دریایی سالم و مغذی نقش مهمی ایفا کند. با این حال، استفاده ایمن و مسئولانه از CRISPR مستلزم تدوین قوانین سخت‌گیرانه‌تر، افزایش آگاهی عمومی، دسترسی عادلانه به فناوری و پایش بلندمدت اثرات زیست‌محیطی آن است.

https://jab.uk.ac.ir/article_5329_1965a33a5c16339c7c11161fe7c04652.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Investigating the role of marine plant biotechnology in carbon capture and sequestration initiatives بررسی نقش زیست‌فناوری گیاهان دریایی در طرح‌های جذب و ذخیره‌سازی کربن 377 394 5338 10.22103/jab.2026.25257.1710 FA کوکی پانیرسل‌وام گروه مهندسی دریایی، دانشگاهAMET، کاناتور، تامیل‌نادو، 603112، هند. 0009-0004-2543-9738 سی. راجندران گروه علوم دریانوردی، دانشگاه AMET، کاناتور، تامیل‌نادو، 603112، هند. 0009-0007-0137-5700 Journal Article 2025 05 13 Objective This study shows the potential of the biofuel produced by the seaweeds (SW) provides a significant biomass (BM) source for manufacturing third-generation biofuels (BF). The main objective of this study is to evaluate the effect of seaweed as a biomass in third-generation biofuel production and its efficacy in decreasing the environmental carbon dioxide. Considering these attributes jointly, Seaweeds comparatively elevated carbohydrate content has been proposed as an optimal solution for CO2 collection and biofuel generation. Despite the emergence of third-generation Biofuels as superior alternatives to petroleum and diesel, large-scale manufacturing and widespread use remain absent owing to several technological obstacles and elevated production costs. Materials and methods This paper elucidates the notion of coastal marine Biological Refineries (BR) as the most economical and ecological method for biofuel generation from aquatic plants, with atmospheric Carbon Capture and Sequestration (CCS). The proposed refinery technology utilizes marine resources, including saltwater, seaweed, and aquatic microbes. Initially, a comprehensive review of the existing literature was conducted to identify the technologies that would facilitate the development of an innovative bioreactor system and its advantages over traditional refineries. In addition, the research examines several scenarios evaluating the capacity of seaweeds for Carbon Capture and Sequestration. Results The study illustrates that seaweed cultivation facilities accomplish the extraction of 120 Gigatons of surplus CO2 within a timeframe of around 5 months rather than 13 years, contingent upon the region of cultivation and the type of seaweed used—the amount of bioethanol produced from the collected biomass amounts to approximately 5 trillion liters. The High-Value Compounds (HVC) extracted from the process signify a substantial possibility with multi-billion-dollar economic potential. Conclusions Based on this study this coastal marine biorefinery represents a highly promising but still emerging technology for addressing climate change and the energy needs. By the current technology, the achievement of the biofuel is theoretically best but in reality, it is difficult. But the combination of the marine biomass, marine microbes that can break down the seaweed, and the advanced technology can improve the efficiency of producing the biofuel on a large scale. Also, the large-scale production can give multiple by-products that can be economically important in the market. هدف: این مطالعه به بررسی ظرفیت زیست‌سوخت‌های تولیدشده از جلبک‌های دریایی به‌عنوان منبع زیست‌توده‌ای مهم برای تولید زیست‌سوخت‌های نسل سوم می‌پردازد. هدف اصلی پژوهش، ارزیابی نقش جلبک‌های دریایی به‌عنوان منبع زیست‌توده در تولید زیست‌سوخت‌های نسل سوم و کارایی آن‌ها در کاهش دی‌اکسیدکربن محیط‌زیست است. با توجه به محتوای نسبتاً بالای کربوهیدرات در جلبک‌های دریایی، این موجودات به‌عنوان گزینه‌ای مناسب برای جذب CO₂ و تولید زیست‌سوخت پیشنهاد شده‌اند. با وجود آن‌که زیست‌سوخت‌های نسل سوم به‌عنوان جایگزین‌های برتر برای نفت و گازوئیل مطرح شده‌اند، تولید در مقیاس وسیع و استفاده گسترده از آن‌ها همچنان به دلیل چالش‌های فناورانه و هزینه‌های بالای تولید محدود باقی مانده است. مواد و روش‌ها: در این مقاله، مفهوم پالایشگاه‌های زیستی دریایی ساحلی به‌عنوان روشی اقتصادی و سازگار با محیط‌زیست برای تولید زیست‌سوخت از گیاهان آبزی همراه با فناوری جذب و ذخیره‌سازی کربن (CCS) تشریح شده است. فناوری پیشنهادی از منابع دریایی شامل آب شور، جلبک‌های دریایی و میکروارگانیسم‌های آبزی بهره می‌گیرد. ابتدا مرور جامعی بر مطالعات پیشین انجام شد تا فناوری‌های لازم برای توسعه یک سامانه نوآورانه بیوراکتور و مزایای آن نسبت به پالایشگاه‌های سنتی شناسایی شود. همچنین، سناریوهای مختلفی برای ارزیابی ظرفیت جلبک‌های دریایی در جذب و ذخیره‌سازی کربن مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: نتایج نشان داد که مزارع کشت جلبک دریایی می‌توانند حدود ۱۲۰ گیگاتن CO₂ اضافی را در بازه زمانی تقریبی ۵ ماه (در مقایسه با ۱۳ سال در شرایط معمول) جذب کنند؛ این میزان به منطقه کشت و نوع جلبک مورد استفاده بستگی دارد. از زیست‌توده جمع‌آوری‌شده، حدود ۵ تریلیون لیتر بیواتانول قابل تولید است. همچنین، ترکیبات با ارزش افزوده بالا (HVC) استخراج‌شده از این فرآیند دارای ظرفیت اقتصادی چند میلیارد دلاری هستند. نتیجه‌گیری: بر اساس یافته‌های این پژوهش، پالایشگاه زیستی دریایی ساحلی فناوری نوظهور و بسیار امیدبخشی برای مقابله با تغییرات اقلیمی و تأمین نیازهای انرژی به شمار می‌رود. اگرچه از نظر تئوری، تولید زیست‌سوخت با این فناوری امکان‌پذیر و مطلوب است، اما در عمل چالش‌هایی وجود دارد. ترکیب زیست‌توده دریایی، میکروارگانیسم‌های تجزیه‌کننده جلبک و فناوری‌های پیشرفته می‌تواند کارایی تولید زیست‌سوخت در مقیاس صنعتی را افزایش دهد. همچنین، تولید در مقیاس بزرگ می‌تواند منجر به تولید محصولات جانبی متعددی شود که از نظر اقتصادی در بازار ارزشمند هستند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5338_847049f77ab19d75a8c6fd393cd5b45d.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Study of the effects of high protein intake on TCF7L2 gene expression and physiological antioxidant enzymes in liver of rat model بررسی اثرات مصرف پروتئین بالا بر بیان ژن TCF7L2 و آنزیم‌های آنتی‌اکسیدانی فیزیولوژیک در کبد مدل رت 395 414 5354 10.22103/jab.2026.26796.1846 FA روا س. ا. العزاوی دانشکده علوم، دانشگاه القاسم سبز، ۵۱۰۱۳، بابل، عراق. حمزه ح. ک. الشکری دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم سبز، ۵۱۰۱۳، بابل، عراق. 0000-0002-6215-3681 شیماء حسین علی دانشکده علوم، دانشگاه القاسم سبز، ۵۱۰۱۳، بابل، عراق. شذی م. عباس دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم سبز، ۵۱۰۱۳، بابل، عراق نادیه ج. ابراهیم دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم سبز، ۵۱۰۱۳، بابل، عراق اخلاص عابد حمزه العلوانی دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم سبز، ۵۱۰۱۳، بابل، عراق. Journal Article 2026 02 09 Objective High-protein feeding has been linked to profound changes in hepatic metabolism, although little has been shown regarding molecular mechanisms connecting high protein intake to these metabolic alterations. The present experiment examined the impact of high dietary protein on hepatic TCF7L2 gene expression and antioxidant enzyme activities in Wistar rats. Materials and method A total of 48 male Wistar rats (8-10 weeks old, initial body weight 200-250 g) were randomly assigned to four groups (12 per group): control (10% protein diet), low-protein (5% protein diet), moderate-protein (20% protein diet) and high-protein (40% protein diet) groups. Animals were then switched to their assigned diet and fed for 12 weeks. Hepatic levels of antioxidant enzyme activities (superoxide dismutase, SOD; glutathione peroxidase, GPx; endothelial nitric oxide synthase, eNOS) were determined spectrophotometrically. TCF7L2 gene expression was detected by quantitative real-time PCR. Levels of serum albumin and total protein were evaluated, as was body weight. Results are expressed as the mean ± S.D. Statistical analysis One-way ANOVA, followed by Tukey's multiple comparisons Results TCF7L2 mRNA expression in the control group was set as the baseline (fold-change = 1.0). The high-protein group demonstrated a 6.8±0.9-fold increase in TCF7L2 expression compared to control (p<0.001). The findings revealed that feeding a high protein diet significantly up-regulated the mRNA expression of TCF7L2 (p<0.001) compared to the control animals. The SOD activity was higher in the high protein group that CON, by 45% (p<0.01), the GPx activity increase by 38% (p<0.01) and eNOS activity showed a 52% increase (p<0.001). Serum total protein and albumin were markedly increased in rats fed high-protein diet (p<0.05). An important body weight gain reduction was evident in the high-protein group versus both control and low-protein groups (p<0.05). Conclusion These results imply that dietary protein might modulate hepatic antioxidant defense mechanisms mediated by TCF7L2-dependent transcriptions, and roles of high-protein in preventing the development of metabolic diseases mediating through transcriptional activity of TCF7L2. Further clinical studies are needed to investigate the potential metabolic benefits in humans as reported here from this rat model of disease. هدف: تغذیه با پروتئین بالا با تغییرات عمیق در متابولیسم کبدی همراه است، با این حال سازوکارهای مولکولی ارتباط‌دهنده مصرف زیاد پروتئین با این تغییرات متابولیکی هنوز به‌طور کامل روشن نشده‌اند. هدف از این پژوهش، بررسی تأثیر رژیم غذایی پرپروتئین بر بیان ژن کبدی TCF7L2 و فعالیت آنزیم‌های آنتی‌اکسیدانی در رت‌های نژاد ویستار بود. مواد و روش‌ها: در مجموع ۴۸ رت نر ویستار (سن ۸–۱۰ هفته، وزن اولیه ۲۰۰–۲۵۰ گرم) به‌صورت تصادفی به چهار گروه (هر گروه ۱۲ سر) تقسیم شدند: گروه شاهد (رژیم حاوی 10% پروتئین)، گروه کم‌پروتئین (5%)، گروه پروتئین متوسط (20%) و گروه پرپروتئین (40%). حیوانات به مدت ۱۲ هفته با رژیم‌های تعیین‌شده تغذیه شدند. فعالیت آنزیم‌های آنتی‌اکسیدانی کبدی شامل سوپراکسید دیسموتاز (SOD)، گلوتاتیون پراکسیداز (GPx) و نیتریک‌اکسید سنتاز اندوتلیال (eNOS) به روش اسپکتروفتومتری اندازه‌گیری شد. بیان ژن TCF7L2 با استفاده از PCR کمی در زمان واقعی (qRT-PCR) ارزیابی گردید. همچنین، میزان آلبومین و پروتئین تام سرم و وزن بدن حیوانات اندازه‌گیری شد. داده‌ها به‌صورت میانگین ± انحراف معیار گزارش شدند و تحلیل آماری با آزمون آنالیز واریانس یک‌طرفه (ANOVA) و آزمون تعقیبی توکی انجام گرفت. نتایج: بیان mRNA ژن TCF7L2 در گروه شاهد به‌عنوان خط پایه (تغییر بیان = 1) در نظر گرفته شد. در گروه پرپروتئین، بیان این ژن نسبت به گروه شاهد به میزان 9/0±8/6 برابر افزایش یافت (p<0.001). یافته‌ها نشان داد که رژیم غذایی پرپروتئین به‌طور معنی‌داری موجب افزایش بیان ژن TCF7L2 شد (p<0.001). فعالیت آنزیم SOD در گروه پرپروتئین نسبت به شاهد 45% افزایش داشت (p<0.01). فعالیت GPx به میزان 38% افزایش یافت (p<0.01) و فعالیت eNOS نیز 52% افزایش نشان داد (p<0.001). همچنین، مقادیر پروتئین تام و آلبومین سرم در رت‌های دریافت‌کننده رژیم پرپروتئین به‌طور معنی‌داری بیشتر بود (p<0.05). کاهش معنی‌دار افزایش وزن بدن در گروه پرپروتئین نسبت به گروه‌های شاهد و کم‌پروتئین مشاهده شد (p<0.05). نتیجه‌گیری: نتایج این پژوهش نشان می‌دهد که پروتئین غذایی می‌تواند از طریق تنظیم رونویسی وابسته به TCF7L2، سازوکارهای دفاع آنتی‌اکسیدانی کبد را تعدیل کند. رژیم پرپروتئین ممکن است از طریق فعالیت رونویسی ژن TCF7L2 در پیشگیری از بروز بیماری‌های متابولیک نقش داشته باشد. با این حال، انجام مطالعات بالینی بیشتر برای بررسی مزایای متابولیکی احتمالی این یافته‌ها در انسان ضروری است.

https://jab.uk.ac.ir/article_5354_0d96e7f68aefa0ebf09610f9f7da14f3.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Phenotypic and molecular characterization of multidrug-resistant Escherichia coli strains carrying resistance genes isolated from various clinical cases in Iraq توصیف فنوتیپی و مولکولی سویه‌های چنددارویی مقاوم اشریشیا کلی حامل ژن‌های مقاومت جداشده از موارد بالینی مختلف در عراق 415 434 5375 10.22103/jab.2026.26758.1842 FA رائد رزاق عجیمی گروه زیست‌فناوری پزشکی، دانشکده زیست‌فناوری، دانشگاه سبز القاسم، بابل 51013، عراق. ناظم مشتاق هاشم البدری گروه زیست‌فناوری پزشکی، دانشکده زیست‌فناوری، دانشگاه سبز القاسم، بابل 51013، عراق مها دیکان عباس گروه تکنیک‌های آزمایشگاه پزشکی، مؤسسه فناوری پزشکی-المنصور، دانشگاه فنی میانی (MTU)، بغداد، عراق نوار الجنابی گروه زیست‌فناوری پزشکی، دانشکده زیست‌فناوری، دانشگاه سبز القاسم، بابل 51013، عراق. Journal Article 2026 02 02 Objective Multidrug-Resistant (MDR) E. coli are among the most important causes of urosepsis. and they also pose a significant economic burden on hospitals worldwide. To further exacerbate the issue, MDR has spread rapidly through E. coli populations, making infections more troublesome and costlier to treat, requiring a new therapeutic approach. This investigation aimed to detect the phenotypic and molecular characteristics of MDR in E. coli strains recovered from Iraqi patients with urinary tract infections (UTIs) and wounds. Materials and methods Thirty clinical samples were collected from midstream urine (MSU) and wound discharge. The clinical E. coli was identified phenotypically based on shape, size, texture, and color of bacteria on medium and confirmed using the VITEC 2 compact system, with 10 confirmed as MDR strains showing 100% resistance to CIP and CAZ. The minimum inhibitory concentration (MIC) testing was done using the checkerboard microdilution method. Fractional Inhibitory Concentration (FIC) indices were investigated. Gene expression study was preformed via RT-qPCR for emrD and marA genes. Statistical analysis was achieved using SPSS 27 and GraphPad Prism 10. Results The CIP-CAZ combination decreases the MIC level from 200 µg/mL and 260 µg/mL (separately) to 50 µg/mL (combined), with a ΣFIC index of 0.4495, representing highly synergism. Combinations (CIP, CAZ) with bacteriocins and leucine promote greater antibacterial activity, mainly at 50-60 µg/mL, with significant reductions in growth rate (P < 0.01). Gene expression revealed noticeable downregulation of emrD and marA in all combination therapies. For emrD gene, the expression decreased from 1.06±0.36 (control) to 0.05±0.05 (CIP/leucine), while for marA gene reduced from 1.17±0.47 to 0.03±0.02 (CAZ/bacteriocin), with all comparisons showing P-values < 0.01. Conclusions The outcomes support the use of antibiotic-adjuvant combinations as a promising strategy to prevent MDR E. coli infections. The result aligns with global studies on antimicrobial synergy and announces novel gene targets for resistance variation. هدف: اشریشیا کلی مقاوم به چند دارو (MDR) از مهم‌ترین عوامل ایجاد یوروسپسیس به شمار می‌رود و بار اقتصادی قابل‌توجهی را بر بیمارستان‌ها در سراسر جهان تحمیل می‌کند. گسترش سریع مقاومت چنددارویی در جمعیت‌های E. coli درمان عفونت‌ها را دشوارتر و پرهزینه‌تر ساخته و نیاز به رویکردهای درمانی جدید را افزایش داده است. هدف این مطالعه، بررسی ویژگی‌های فنوتیپی و مولکولی مقاومت چنددارویی در سویه‌های E. coli جداشده از بیماران عراقی مبتلا به عفونت‌های مجاری ادراری (UTIs) و عفونت زخم بود. مواد و روش‌ها: در مجموع ۳۰ نمونه بالینی از ادرار میانی (MSU) و ترشحات زخم جمع‌آوری شد. شناسایی فنوتیپی E. coli بر اساس شکل، اندازه، بافت و رنگ کلنی‌ها روی محیط کشت انجام و با استفاده از سیستم VITEK 2 Compact تأیید شد. از میان آن‌ها، ۱۰ سویه به‌عنوان MDR تأیید شدند که 100% مقاومت نسبت به سیپروفلوکساسین (CIP) و سفتازیدیم (CAZ) نشان دادند. تعیین حداقل غلظت مهاری (MIC) با روش ریزرقیق‌سازی چکر‌بورد انجام شد و شاخص غلظت مهاری کسری (FIC) محاسبه گردید. بررسی بیان ژن‌های emrD و marA با روش RT-qPCR انجام شد. تحلیل آماری داده‌ها با نرم‌افزارهای SPSS نسخه 27 و GraphPad Prism نسخه 10 صورت گرفت. نتایج: ترکیب CIP و CAZ میزان MIC را از 200 و 260 میکروگرم بر میلی‌لیتر (به‌صورت جداگانه) به 50 میکروگرم بر میلی‌لیتر (به‌صورت ترکیبی) کاهش داد و شاخص ΣFIC برابر با 4995/0 نشان‌دهنده اثر هم‌افزایی قوی بود. ترکیب آنتی‌بیوتیک‌ها (CIP و CAZ) با باکتریوسین‌ها و لوسین فعالیت ضدباکتریایی بیشتری ایجاد کرد، به‌ویژه در غلظت‌های 50 تا 60 میکروگرم بر میلی‌لیتر که با کاهش معنی‌دار نرخ رشد باکتری (P < 0.01) همراه بود. بررسی بیان ژنی نشان داد که در تمامی درمان‌های ترکیبی، کاهش قابل‌توجهی در بیان ژن‌های emrD و marA رخ داده است. بیان ژن emrD از 36/±06/1 (کنترل) به 05/0±05/0 (CIP/leucine) کاهش یافت و بیان ژن marA از 47/0±17/1 به 02/0±03/0 (CAZ/bacteriocin) رسید. برای همه مقادیر P < 0.01 بود. نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه از به‌کارگیری ترکیبات آنتی‌بیوتیک-کمکی به‌عنوان راهبردی امیدبخش برای مقابله با عفونت‌های ناشی از E. coli مقاوم به چند دارو حمایت می‌کند. این یافته‌ها با مطالعات جهانی درباره هم‌افزایی ضد‌میکروبی همسو بوده و اهداف ژنی جدیدی را برای کنترل تغییرات مقاومت معرفی می‌کند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5375_ce6f0b6ddba498c5c1c4ac0cb122811e.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Therapeutic effects of Citrullus colocynths nanoparticles on Streptozotocin-induced diabetic rats: Improvement of pancreatic histology اثرات درمانی نانوذرات هندوانه ابوجهل (Citrullus colocynthis) بر رت‌های دیابتی القاشده با استرپتوزوتوسین: بهبود بافت‌شناسی پانکراس 435 448 5362 10.22103/jab.2026.26900.1858 FA محمد عبدالحامد یونس دانشکده تکنیک‌های بهداشت و پزشکی، دانشگاه فنی میانی، بغداد، عراق. Journal Article 2026 02 23 Objective Diabetes mellitus is a chronic metabolic disorder. This disorder occurs when insulin secretion is insufficient or insulin function is impaired, and blood sugar levels increase. Continuously elevated blood sugar levels cause oxidative stress and structural damage in pancreatic tissue. This damage is most commonly seen in beta cells of the islets of Langerhans. One of the medicinal plants with antidiabetic properties is colocynthia (Citrullus colocynthis). Therefore, our aim was to study the therapeutic effects of colocynthia nanoparticles (CCNPs) on pancreatic histology, insulin levels, oxidative stress markers, and blood glucose levels in streptozotocin (STZ)-induced diabetic rats. Materials and methods Four groups of male Wistar rats were randomly selected. These four groups included the control group, untreated diabetic rats, diabetic rats treated with colocynthia (Citrullus colocynthis) extract, and diabetic rats treated with CCNPs. We used an intraperitoneal injection of streptozotocin (STZ) to induce diabetes. The treatment period was 28 days. We used standard biochemical methods to measure blood glucose and serum insulin levels. We measured the antioxidant effect of the treatments using oxidative stress parameters. We examined pancreatic tissues histologically to examine structural changes in the islets of Langerhans. Results Treatment with CCNPs significantly reduced blood glucose levels. In the other groups, namely the untreated diabetic and extract-treated groups, insulin levels increased significantly. Oxidative stress markers improved in the CCNP group mice. In these mice, beta cell density increased, pancreatic islet architecture was restored, and cellular destruction was reduced. On the other hand, in untreated diabetic animals, pancreatic islets were severely shrunk and beta cells were damaged. Therefore, it can be said that the therapeutic efficacy of the nanoparticle formulation is greater than that of the crude plant extract. Conclusion Our experimental results confirmed the protective and restorative role of Citrullus colocynthis nanoparticles on pancreatic tissue in diabetic mice. CCNPs improved blood sugar control. In addition, their use increased insulin secretion and reduced oxidative stress. Therefore, it can be concluded that the use of nanoparticle-based formulations from medicinal plants may potentially provide a promising and innovative approach for diabetes management. هدف: دیابت ملیتوس یک اختلال متابولیک مزمن است که با هیپرگلیسمی ناشی از کاهش ترشح انسولین یا اختلال در عملکرد آن مشخص می‌شود. هیپرگلیسمی پایدار موجب استرس اکسیداتیو و آسیب ساختاری در بافت پانکراس می‌گردد؛ این آسیب به‌ویژه در سلول‌های بتای جزایر لانگرهانس مشهود است. گیاه Citrullus colocynthis (هندوانه ابوجهل) در مطالعات پیشین دارای خواص ضد دیابتی گزارش شده است. بنابراین، هدف این پژوهش ارزیابی اثرات درمانی نانوذرات هندوانه ابوجهل (CCNPs) بر بافت‌شناسی پانکراس، سطح انسولین، شاخص‌های استرس اکسیداتیو و سطح گلوکز خون در رت‌های دیابتی القاشده با استرپتوزوتوسین (STZ) بود. مواد و روش‌ها: رت‌های نر ویستار به‌صورت تصادفی به چهار گروه تقسیم شدند: کنترل، دیابتی بدون درمان، دیابتی تیمار شده با عصاره هندوانه ابوجهل، و دیابتی تیمار شده با نانوذرات هندوانه ابوجهل. دیابت با یک تزریق داخل صفاقی استرپتوزوتوسین (STZ) القا شد. دوره درمان ۲۸ روز به طول انجامید. سطح گلوکز خون و انسولین سرم با روش‌های بیوشیمیایی استاندارد اندازه‌گیری شد. برای ارزیابی اثر آنتی‌اکسیدانی تیمارها، شاخص‌های استرس اکسیداتیو بررسی شدند. در پایان آزمایش، بافت پانکراس جمع‌آوری و از نظر بافت‌شناسی برای ارزیابی تغییرات ساختاری در جزایر لانگرهانس مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: نتایج نشان داد که درمان با CCNPs در مقایسه با گروه دیابتی بدون درمان، کاهش معنی‌داری در سطح گلوکز خون ایجاد کرد. همچنین در مقایسه با گروه‌های دیابتی بدون درمان و تیمار شده با عصاره، رت‌های دریافت‌کننده CCNPs افزایش معنی‌داری در سطح انسولین نشان دادند. شاخص‌های استرس اکسیداتیو در گروه CCNP به‌طور قابل‌توجهی بهبود یافت. بررسی بافت‌شناسی نشان داد که در رت‌های تیمار شده با CCNPs تراکم سلول‌های بتا افزایش یافته، ساختار جزایر پانکراسی به‌طور واضح بازسازی شده و دژنراسیون سلولی کاهش یافته است. در مقابل، گروه دیابتی بدون درمان کاهش شدید اندازه جزایر و آسیب سلول‌های بتا را نشان داد. اثربخشی درمانی فرمولاسیون نانوذره‌ای بیشتر از عصاره خام گیاه بود. نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که نانوذرات هندوانه ابوجهل دارای اثرات محافظتی و ترمیمی بر بافت پانکراس در رت‌های دیابتی هستند. CCNPs کنترل گلیسمی را بهبود بخشیده، ترشح انسولین را افزایش داده و استرس اکسیداتیو را کاهش دادند. بنابراین، استفاده از فرمولاسیون‌های نانوپایه مشتق از گیاهان دارویی می‌تواند رویکردی نوآورانه و امیدبخش در مدیریت دیابت محسوب شود.

https://jab.uk.ac.ir/article_5362_d8eefbdd9a833226a5814619439b0428.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Transformation of shrimp shell waste into biochar-nanochitosan slow-release fertilizer for enchanced maize productivity تبدیل پسماند پوسته میگو به کود آهسته‌رهش بیوچار-نانوکیتوزان برای افزایش بهره‌وری ذرت 449 466 5363 10.22103/jab.2026.26447.1814 FA آستین لوکوم دانشکده ریاضیات و علوم طبیعی، دانشگاه دولتی گورونتالو، اندونزی. آرفیانی ریزکی پاراماتا دانشکده شیلات و علوم دریایی، دانشگاه دولتی گورونتالو، اندونزی ویوین روینی کونوسا دانشکده ریاضیات و علوم طبیعی، دانشگاه حسن‌الدین، اندونزی مگدالنا لیتای دانشکده ریاضیات و علوم طبیعی، دانشگاه حسن‌الدین، اندونزی Journal Article 2025 12 06 Objective This study aimed to develop and evaluate a biochar-nanochitosan-based slow-release fertilizer (SRF-Bio Pjhonska Plus) derived from agricultural and fisheries waste, and to determine its optimal application dose for improving vegetative growth and yield of maize cultivated on degraded tropical soils. Specifically, the research investigated the effects of diffrerent SRF-Bio Phonska Plus dosages on plant height, leaf number, stem diameter, and maize ear weight, compare to conventional Phonska fertilizer. Materials and methods The researh was conducted from June to September 2025 at the Chemistry Laboratory, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Gorontalo State University. Nanochitosan was synthesized from shrimp shell chitosan using the ionic gelation method with sodium tripolyphosphate as a crossliker, followed by spray drying. Biochar was produced from corn cob waste through pyrolysis at 500 °C under limited oxygen conditions. The ferilizer formulation was prepared by granulating Phonska fertilizer and biochar at 3:7 ratio using molasses as a binder, followed by surface encapsulation with a 1% nanochitosan solution to form SRF-Bio Phonska Plus granules. Nutrient release bahvior (N, P, and K) was evaluated using a static water immersion test. A completely randomized design with four treatments and three replications was applied to maize cultivation experiments, and data were analyzed using ANOVA followed by Duncan’s Multiple Range Test (DMRT) at α = 0.05. Result Characterization result showed that the synthesized nanochitosan had a average particle size of approximately 552 nm with porous and near-spherical morphology, suitable for nutrient encapsulation. Biochar exhibition low moisture and ash content, indicating good structural stability and adsorption capacty. The SRF-Bio Phonska Plus demonstrate significantly slower and more controlled N, P, and K release compared to conventional fertilizer. In maize application, the 7.5 g SRF-Bio Phonska Plus treatment produced the highest plant height, leaf number, stem diameter, and cob weight, outperforming both lower and heigher dosages as well as conventional fertilizer. Conclusion The integration of corn cob biochar and nanohitosan derived from shrimp shell waste into SRF-Bio Phonska Plus effectively enhanced nutrient use efficiency and maize productivity on degraded soils. The optimal dosage of 7.5 g provided synchronized nutrient release aligned with plant demand, supporting both vegetative generative growth. This formulation demonstrates strong potential as an environmentally friendly and sustainable fertilizer strategy for tropical agricultural systems. هدف: این مطالعه با هدف توسعه و ارزیابی یک کود آهسته‌رهش مبتنی بر بیوچار-نانوکیتوزان مشتق‌شده از پسماندهای کشاورزی و شیلاتی و تعیین دوز بهینه مصرف آن برای بهبود رشد رویشی و عملکرد ذرت کشت‌شده در خاک‌های تخریب‌شده مناطق گرمسیری انجام شد. به‌طور خاص، اثر مقادیر مختلف این کود بر ارتفاع بوته، تعداد برگ، قطر ساقه و وزن بلال ذرت در مقایسه با کود متداول Phonska بررسی گردید. مواد و روش‌ها: این پژوهش از ژوئن تا سپتامبر ۲۰۲۵ در آزمایشگاه شیمی دانشکده ریاضیات و علوم طبیعی دانشگاه دولتی گورونتالو انجام شد. نانوکیتوزان از کیتوزان استخراج‌شده از پوسته میگو با استفاده از روش ژلاسیون یونی و سدیم تری‌پلی‌فسفات به‌عنوان عامل پیونددهنده سنتز شد و سپس به روش خشک‌کردن پاششی تهیه گردید. بیوچار از پسماند بلال ذرت از طریق پیرولیز در دمای ۵۰۰ درجه سانتی‌گراد و در شرایط اکسیژن محدود تولید شد. فرمولاسیون کود با دانه‌بندی کود Phonska و بیوچار در نسبت ۳ به ۷ و با استفاده از ملاس به‌عنوان چسب تهیه شد و سپس با محلول ۱٪ نانوکیتوزان پوشش‌دهی سطحی گردید تا گرانول‌های SRF-Bio Phonska Plus تشکیل شود. رفتار آزادسازی عناصر نیتروژن، فسفر و پتاسیم با آزمون غوطه‌وری ایستا در آب ارزیابی شد. آزمایش مزرعه‌ای بر اساس طرح کاملاً تصادفی با چهار تیمار و سه تکرار اجرا گردید و داده‌ها با آزمون آنالیز واریانس و سپس آزمون چنددامنه‌ای دانکن در سطح معنی‌داری 05/0 تحلیل شدند. نتایج: نتایج مشخصه‌یابی نشان داد نانوکیتوزان سنتزشده دارای اندازه متوسط ذرات حدود ۵۵۲ نانومتر با مورفولوژی متخلخل و تقریباً کروی است که برای کپسوله‌سازی عناصر غذایی مناسب می‌باشد. بیوچار دارای رطوبت و خاکستر پایین بود که نشان‌دهنده پایداری ساختاری و ظرفیت جذب مطلوب آن است. کود SRF-Bio Phonska Plus آزادسازی عناصر N، P و K را به‌صورت آهسته‌تر و کنترل‌شده‌تر نسبت به کود متداول نشان داد. در کاربرد روی ذرت، تیمار 5/7 گرم از SRF-Bio Phonska Plus بیشترین ارتفاع بوته، تعداد برگ، قطر ساقه و وزن بلال را تولید کرد و نسبت به دوزهای کمتر و بیشتر و همچنین کود متداول عملکرد بهتری داشت. نتیجه‌گیری: ادغام بیوچار حاصل از بلال ذرت و نانوکیتوزان مشتق از پسماند پوسته میگو در فرمولاسیون SRF-Bio Phonska Plus به‌طور مؤثری کارایی مصرف عناصر غذایی و بهره‌وری ذرت را در خاک‌های تخریب‌شده افزایش داد. دوز بهینه 5/7 گرم موجب همزمانی آزادسازی عناصر غذایی با نیاز گیاه شده و رشد رویشی و زایشی را بهبود بخشید. این فرمولاسیون پتانسیل بالایی به‌عنوان راهبردی پایدار و سازگار با محیط‌زیست برای کشاورزی مناطق گرمسیری دارد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5363_85d474296b6e61fd46b407efd0204169.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Hepatoprotective of Moringa oleifera seeds extract loading chitosan nanoparticles (MOS-CNPs) via induction of gene expression of NRF2 against CCl4-induced hepatic damage in male rats اثر محافظتی کبدی عصاره بذر Moringa oleifera بارگذاری‌شده در نانوذرات کیتوزان (MOS-CNPs) از طریق القای بیان ژن NRF2 در برابر آسیب کبدی القاشده با CCl₄ در رت‌های نر 467 488 5403 10.22103/jab.2026.26905.1862 FA حیدر علی صاحب دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم سبز، 51013 بابل، عراق 0000-0003-0940-0628 حسن کاطع العوادی دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم سبز، 51013 بابل، عراق حمزه هاشم الشکری دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم سبز، 51013 بابل، عراق. 0000-0002-6215-3681 Journal Article 2026 02 23 Objective Liver diseases are a major health problem worldwide, and oxidative stress is involved in the pathogenesis of chemical-induced liver injury. Moringa oleifera (MO) seeds have potent antioxidant and hepatoprotective activities, which are, however, restricted by poor bioavailability. Chitosan nanoparticles (CNPs) are marketed as versatile delivery systems for bioactive compounds, offering improved pharmacokinetic profiles. The hepatoprotective and antioxidant potential of Moringa oleifera seeds ethanolic extract (MOSEE) loaded chitosan nanoparticles (CNPs) (MOS-CNPs) against carbon tetrachloride (CCl4)-induced hepatic injury in male rats. Materials and methods Forty male rats were randomly divided into five groups (n=8): Control (normal saline/olive oil), CCl4 only (negative control), CCl4 and MOS extract, CCl4 + MOS-CNPs Low dose and CCl4 + MOS-CNPs High dose. The experiment lasted 8 weeks. Biochemical markers of serum alanine aminotransferase (ALT), aspartate aminotransaminase (AST), alkaline phosphatase (ALP) total protein, and total bilirubin were measured. The antioxidant status was estimated by total antioxidant capacity (T-AOC) and malondialdehyde (MDA) levels. Liver tissue histopathology was analyzed and gene expression of NRF2 determined by qRT-PCR. Results CCl4 treatment elevated serum ALT (217.95±9.87 U/L), AST (200.89±12.45 U/L), ALP (320.91±15.67 U/L) and TB (2.76±0.24 mg/dL) whilst decreased TP levels (4.15±0.28 g/dL) when compared to control groups(p<0,001). MOS-CNPs treatment dose-dependently reversed the above changes, and it had the best effect in high-dose group, such as ALT (77.96±5.12 U/L), AST (79.69±6.23 U/L), ALP (155.98±10.45 U/L), TB (0.99 ± 0.08 mg/dL) and TP (6.99 ± 0.32 g/dL). The activities of antioxidant markers in supplementation with MOS-CNPs 500 mg/kg markedly increased T-AOC (4.46±0.21 mmol/L) and lowered MDA (3.06±0.25 μmol/L) compared to the model group CCl4 (p<0.001). The expression of the NFR2 gene was markedly increased by MOS-CNPs treated groups in contrast to CCl4-intoxicated rats. Histopathological analysis confirmed the biochemical data showing decreased hepatocellular necrosis, inflammatory infiltration and fatty degenerescence. Conclusion MOS-CNPs have a better hepatoprotective and antioxidant effect as compared to free MOS extract by virtue of improved bioavailability and the controlled release pattern. The high-dose (500 mg/kg) provided the greatest protection against CCl4-induced liver damage by regulating oxidative stress and activation of the NRF2 antioxidant signaling pathway. هدف: بیماری‌های کبدی یکی از مشکلات عمده سلامت در سراسر جهان هستند و استرس اکسیداتیو در پاتوژنز آسیب‌های کبدی ناشی از مواد شیمیایی نقش دارد. بذرهای Moringa oleifera (مورینگا اولیفرا) دارای فعالیت‌های آنتی‌اکسیدانی و محافظت‌کننده کبدی قوی هستند، اما فراهمی زیستی پایین، کارایی آن‌ها را محدود می‌کند. نانوذرات کیتوزان (CNPs) به‌عنوان سامانه‌های انتقالی چندمنظوره برای ترکیبات زیست‌فعال شناخته می‌شوند که موجب بهبود ویژگی‌های فارماکوکینتیکی می‌گردند. هدف این مطالعه بررسی اثرات محافظت‌کننده کبدی و آنتی‌اکسیدانی عصاره اتانولی بذر مورینگا (MOSEE) بارگذاری‌شده در نانوذرات کیتوزان (MOS-CNPs) در برابر آسیب کبدی القاشده با تتراکلرید کربن (CCl₄) در رت‌های نر بود. مواد و روش‌ها: چهل رت نر به‌طور تصادفی به پنج گروه (8=n) تقسیم شدند: گروه کنترل (سالین نرمال/روغن زیتون)، گروه دریافت‌کننده CCl₄ (کنترل منفی)، گروه CCl₄ + عصاره MOS، گروه CCl₄ + MOS-CNPs با دوز پایین، و گروه CCl₄ + MOS-CNPs با دوز بالا. مدت آزمایش 8 هفته بود. شاخص‌های بیوشیمیایی شامل آلانین آمینوترانسفراز (ALT)، آسپارتات آمینوترانسفراز (AST)، آلکالین فسفاتاز (ALP)، پروتئین تام (TP) و بیلی‌روبین تام (TB) اندازه‌گیری شد. وضعیت آنتی‌اکسیدانی از طریق ظرفیت آنتی‌اکسیدانی کل (T-AOC) و سطح مالون‌دی‌آلدئید (MDA) ارزیابی گردید. همچنین بافت کبد از نظر آسیب‌شناسی بافتی بررسی و بیان ژن NRF2 با روش qRT-PCR اندازه‌گیری شد. نتایج: تیمار با CCl₄ موجب افزایش معنی‌دار ALT (217.95±9.87 U/L)، AST (200.89±12.45 U/L)، ALP (320.91±15.67 U/L) و بیلی‌روبین تام (2.76±0.24 mg/dL) و کاهش پروتئین تام (4.15±0.28 g/dL) نسبت به گروه کنترل شد (p<0.001). درمان با MOS-CNPs به‌صورت وابسته به دوز، این تغییرات را معکوس کرد و بهترین نتایج در گروه دوز بالا مشاهده شد:ALT (77.96±5.12 U/L)، AST (79.69±6.23 U/L)، ALP (155.98±10.45 U/L)، TB (0.99 ± 0.08 mg/dL)، و TP (6.99 ± 0.32 g/dL). تجویز MOS-CNPs با دوز 500 mg/kg باعث افزایش معنی‌دار T-AOC (4.46±0.21 mmol/L) و کاهش MDA (3.06±0.25 μmol/L) در مقایسه با گروه CCl₄ شد (p<0.001). بیان ژن NRF2 در گروه‌های دریافت‌کننده MOS-CNPs به‌طور چشمگیری افزایش یافت. یافته‌های بافت‌شناسی نیز کاهش نکروز سلول‌های کبدی، نفوذ سلول‌های التهابی و دژنراسیون چرب را تأیید کردند. نتیجه‌گیری: نانوذرات کیتوزان حاوی عصاره بذر مورینگا (MOS-CNPs) در مقایسه با عصاره آزاد، به دلیل فراهمی زیستی بهتر و الگوی آزادسازی کنترل‌شده، اثر محافظت‌کننده کبدی و آنتی‌اکسیدانی قوی‌تری نشان دادند. دوز بالای 500 mg/kg بیشترین محافظت را در برابر آسیب کبدی ناشی از CCl₄ از طریق تنظیم استرس اکسیداتیو و فعال‌سازی مسیر سیگنال‌دهی آنتی‌اکسیدانی NRF2 فراهم کرد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5403_0ab29d27ee3d792a55e1ad47fde30828.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 Biological and organic remediation of heavy metal-contaminated soil and its effects on soil biological activity and L-glutaminase enzyme activity زیست‌پالایی و اصلاح آلی خاک آلوده به فلزات سنگین و تأثیر آن بر فعالیت زیستی خاک و فعالیت آنزیم ال-گلوتامیناز 489 508 5404 10.22103/jab.2026.26784.1845 FA میعاد م. الجابری گروه خاک و منابع آب، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بصره، عراق. 0000-0002-2925-6689 Journal Article 2026 02 08 Objective Soil pollution is one of the most serious problems facing the scientists and agriculturists, which in addition to cause health problem for human and livestock, it reduces the yield quality and quantity of plants. One of the important reasons for reducing plant yield is the harmful effect of pollutants (e.g. heavy metals) on biological activities of soil microorganisms, responsible for C and nutrients cycle in soil. Therefore, the aim of this study was to evaluate the combination of biological (fungal inoculation) and organic amendments. Because with this evaluation, their effectiveness in reducing heavy metal toxicity and restoring soil biological functions can be compared. Materials and methods An incubation experiment was conducted to examine the role of bioremediation (Aspergillus niger) or organic amendments (Humic acid and cow manure) to reduce the negative effect of some heavy metals (Cd, pb, and Zn) on biological indices (total number of A. niger, CO2 evolution and L-glutaminase activity) of silty loam soil collected from Basrah province, south of IRAQ. Aspergillus niger inoculant added to soil at population density of 50 × 103cfu; humic acid and cow manure added at rates of 20L ha-1 and 4% respectively. Results Results showed that Cd, Pb and Zn inhibited all the biological parameters and the highest effect were recorded for Cd with a decreasing percentage of 30.67, 13.93 and 45.34% for total number of A. niger, CO2 evolution and L- glutaminase activity, respectively. However, the addition of A. niger, humic acid, or cow manure significantly reduced the available heavy metal concentrations from soil and then reduced their negative effect on biological indices. Using of the A. niger inoculant was the more effective overcoming among other strategies with 89.02% reduction in DTPA-extractable heavy metals (%) compared with 63.48 and 48.71% for HA and cow manure, respectively. Consequently, the A. niger inoculant increased the number of total A. niger, CO2 evolution and L- glutaminase activity in polluted soil by 164.71, 35.31 and 89.32%, respectively. Conclusion A. niger inoculation was the most effective strategy for reducing heavy metal bioavailability and restoring soil biological activity under controlled incubation conditions. However, Further research is needed to understand how heavy metals and soil amendments affect plant growth under real field conditions. هدف: آلودگی خاک یکی از جدی‌ترین مشکلات پیش روی دانشمندان و کشاورزان است که علاوه بر ایجاد مشکلات بهداشتی برای انسان و دام، موجب کاهش کمّی و کیفی عملکرد گیاهان می‌شود. یکی از دلایل مهم کاهش عملکرد گیاهان، اثرات زیان‌بار آلاینده‌ها (مانند فلزات سنگین) بر فعالیت‌های زیستی میکروارگانیسم‌های خاک است که مسئول چرخه کربن و عناصر غذایی در خاک می‌باشند. بنابراین، هدف این مطالعه ارزیابی ترکیب زیست‌پالایی (تلقیح قارچی) و اصلاح‌کننده‌های آلی و مقایسه کارایی آن‌ها در کاهش سمیت فلزات سنگین و بازگرداندن عملکردهای زیستی خاک بود. مواد و روش‌ها: یک آزمایش انکوباسیون به‌منظور بررسی نقش زیست‌پالایی با استفاده از قارچ Aspergillus niger و همچنین اصلاح‌کننده‌های آلی (اسید هیومیک و کود دامی گاوی) در کاهش اثرات منفی برخی فلزات سنگین (کادمیم Cd، سرب Pb و روی Zn) بر شاخص‌های زیستی شامل تعداد کل A. niger، میزان آزادسازی CO₂ و فعالیت آنزیم ال-گلوتامیناز در خاک سیلتی-لوم جمع‌آوری‌شده از استان بصره (جنوب عراق) انجام شد. تلقیح A. niger با تراکم جمعیتی 50 × 103 واحد تشکیل‌دهنده کلنی (cfu) به خاک افزوده شد. اسید هیومیک و کود گاوی نیز به‌ترتیب با مقادیر 20 لیتر در هکتار و 4 درصد به خاک اضافه گردیدند. نتایج: نتایج نشان داد که Cd، Pb و Zn تمامی شاخص‌های زیستی را مهار کردند و بیشترین اثر مربوط به کادمیم بود که باعث کاهش 67/30، 93/13 و 34/45 درصدی به‌ترتیب در تعداد کل A. niger، آزادسازی CO₂ و فعالیت آنزیم ال-گلوتامیناز شد. با این حال، افزودن A. niger، اسید هیومیک یا کود گاوی به‌طور معنی‌داری غلظت فلزات سنگین قابل‌دسترس در خاک را کاهش داده و در نتیجه اثرات منفی آن‌ها بر شاخص‌های زیستی را کم کرد. استفاده از تلقیح A. niger مؤثرترین راهکار در مقایسه با سایر تیمارها بود و موجب کاهش 02/89 درصدی فلزات سنگین قابل استخراج با DTPA شد، در حالی که این میزان برای اسید هیومیک و کود گاوی به‌ترتیب 48/63 و 71/48 درصد بود. در نتیجه، تلقیح A. niger موجب افزایش 71/164، 31/35 و 32/89 درصدی به‌ترتیب در تعداد کل A. niger، آزادسازی CO₂ و فعالیت آنزیم ال-گلوتامیناز در خاک آلوده گردید. نتیجه‌گیری: تلقیح A. niger مؤثرترین راهبرد برای کاهش زیست‌دسترسی فلزات سنگین و احیای فعالیت زیستی خاک در شرایط کنترل‌شده انکوباسیون بود. با این حال، انجام تحقیقات بیشتر برای درک تأثیر فلزات سنگین و اصلاح‌کننده‌های خاک بر رشد گیاهان در شرایط واقعی مزرعه ضروری است.

https://jab.uk.ac.ir/article_5404_93557b8ba1d2d50967502a74f50f9e0b.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 2 2026 05 22 The therapeutic and immunomodulatory effects of black pomegranate peel extract (from Iraq) plus to sirolimus in an experimental rat’s model of ulcerative colitis اثرات درمانی و تعدیل‌کننده ایمنی عصاره پوست انار سیاه (منشأ عراق) به‌همراه سی‌رولیموس در مدل آزمایشی کولیت اولسراتیو در موش صحرایی 509 528 5424 10.22103/jab.2026.27057.1876 FA سارا س. عبدالعباس گروه فیزیولوژی، بیوشیمی و فارماکولوژی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه بغداد، بغداد، عراق. فلاح م. ک. الرکابی گروه فیزیولوژی، بیوشیمی و فارماکولوژی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه بغداد، بغداد، عراق. Journal Article 2026 04 25 Objective Ulcerative colitis is a chronic type of inflammatory bowel disease that is characterized by chronic colonic mucosa injury. Current treatments for the disease only provide symptomatic management rather than a cure. The present study aimed to investigate the therapeutic and antioxidant effects of ethanolic black pomegranate peel extract (BPPEE) used as monotherapy or in combination with sirolimus and compare the effects to those of standard sulfasalazine treatment in the 2,4-dinitrobenzenesulfonic acid-induced colitis rat model. Materials and methods Rats were randomly divided into eight groups: a negative control group, a positive control group, and treatment groups with different doses of BPPEE (200 and 300 mg/kg), sulfasalazine, and sirolimus, and the combination of BPPEE and sirolimus, for four weeks. Black pomegranate fruits were collected from Karbala orchards in Iraq in September 2024, and the extract was formulated using 70% ethanol supplemented with 1% acetic acid of this fruit. The extract was characterized by physical features of dark purple in color, thick and viscous nature, sour in taste, and aromatic smell, with the extraction yield being 42.5%. Therapeutic effects were determined on the basis of clinical observation, changes in body weight, histological and transmission electron microscopy study of colon tissues and the measurement of oxidative stress markers including myeloperoxidase and malondialdehyde. Results There was a marked improvement in clinical signs and a gradual recovery of body weight in all treated groups compared to the positive control group. The histological and electron microscopy analyses showed that there was a marked improvement in the integrity of the cellular structure of the colonic epithelium in comparison to the positive control group, especially in those animals treated with the combination therapy. Moreover, these two groups showed a marked decrease in myeloid peroxidase (MPO) and myelondylaldehyde (MDA) levels. Conclusion These findings show that the black pomegranate peel extract has anti-inflammatory and antioxidant properties. Moreover, the use of the black pomegranate peel extract in conjunction with sirolimus has shown a significant synergistic effect in the improvement of clinical, histological, and biochemical parameters in the ulcerative colitis model. Thus, the use of the black pomegranate peel extract in conjunction with sirolimus could be regarded as a promising approach in the management of ulcerative colitis. هدف: کولیت اولسراتیو نوعی بیماری التهابی مزمن روده است که با آسیب مزمن مخاط کولون مشخص می‌شود. درمان‌های موجود عمدتاً فقط علائم بیماری را کنترل می‌کنند و درمان قطعی ارائه نمی‌دهند. هدف این مطالعه بررسی اثرات درمانی و آنتی‌اکسیدانی عصاره اتانولی پوست انار سیاه (BPPEE) به‌صورت تکی یا در ترکیب با سی‌رولیموس و مقایسه آن با درمان استاندارد سولفاسالازین در مدل کولیت القاشده با 2,4-دی‌نیتروبنزن‌سولفونیک اسید در موش صحرایی بود. مواد و روش‌ها: موش‌ها به‌طور تصادفی به هشت گروه تقسیم شدند: گروه کنترل منفی، گروه کنترل مثبت، و گروه‌های درمانی شامل دوزهای مختلف BPPEE (200 و 300 میلی‌گرم بر کیلوگرم)، سولفاسالازین، سی‌رولیموس، و ترکیب BPPEE با سی‌رولیموس به مدت چهار هفته. میوه‌های انار سیاه در سپتامبر 2024 از باغ‌های کربلا در عراق جمع‌آوری شدند و عصاره با استفاده از اتانول 70% همراه با 1% اسید استیک تهیه گردید. عصاره دارای رنگ بنفش تیره، بافت غلیظ و چسبناک، طعم ترش و بوی معطر بود و بازده استخراج 42.5% گزارش شد. اثرات درمانی بر اساس مشاهدات بالینی، تغییرات وزن بدن، بررسی‌های بافت‌شناسی و میکروسکوپ الکترونی عبوری از بافت کولون، و اندازه‌گیری شاخص‌های استرس اکسیداتیو شامل مایلوپراکسیداز (MPO) و مالون‌دی‌آلدئید (MDA) ارزیابی شد. نتایج: در تمامی گروه‌های تیمار شده در مقایسه با گروه کنترل مثبت، بهبود قابل‌توجهی در علائم بالینی و افزایش تدریجی وزن بدن مشاهده شد. بررسی‌های بافت‌شناسی و میکروسکوپ الکترونی نشان داد که یکپارچگی ساختار سلولی اپی‌تلیوم کولون به‌طور قابل‌توجهی بهبود یافته است، به‌ویژه در گروه‌هایی که درمان ترکیبی دریافت کردند. همچنین در این گروه‌ها کاهش معنی‌داری در سطوح MPO و MDA مشاهده شد. نتیجه‌گیری: یافته‌های این مطالعه نشان می‌دهد که عصاره پوست انار سیاه دارای خواص ضدالتهابی و آنتی‌اکسیدانی است. همچنین استفاده همزمان از این عصاره با سی‌رولیموس اثر هم‌افزایی قابل‌توجهی در بهبود شاخص‌های بالینی، بافتی و بیوشیمیایی در مدل کولیت اولسراتیو دارد. بنابراین، این ترکیب می‌تواند به‌عنوان یک رویکرد امیدوارکننده در مدیریت کولیت اولسراتیو مطرح شود.

https://jab.uk.ac.ir/article_5424_2464eb6f6e6e717e78b12450c4872b96.pdf