دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Evaluation of molecular diversity and population structure analysis in some local black caraway (Nigella sativa L.) ecotypes using ISSR marker بررسی تنوع مولکولی و تجزیه ساختار جمعیت برخی از اکوتیپ‌های بومی سیاهدانه با استفاده از نشانگر ISSR 1 22 5709 10.22103/jab.2026.24178.1622 FA حمیدرضا فنایی موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، سازمان تحقیقات، ترویج و آموزش کشاورزی، کرج، ایران 0000-0001-6752-5782 مهدی حدادی نژاد استادیار، گروه علوم باغبانی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران 0000-0001-7776-4832 نادعلی باقری دانشیار گروه علوم باغبانی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران 0000-0001-8012-6866 مانی معرفت زاده خامنه محقق بخش تحقیقات ژنتیک و بانک ژن گیاهی ملی ایران، مؤسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، سازمان تحقیقات و آموزش کشاورزی، کرج، ایران 0000-0002-4976-5421 نوشین رحمانی فارغ‌التحصیل کارشناسی ارشد، گروه علوم باغبانی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران 0009-0001-3312-3096 پگاه بیضایی موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران 0009-0003-8056-2803 Journal Article 2024 10 13 Objective Black cumin (Nigella sativa L.), a plant belonging to the Ranunculaceae family with a 3000-year history, has wide applications in the pharmaceutical industry. Despite the increasing global trend in the use of medicinal and aromatic plants in various pharmaceutical, health, and therapeutic industries, and despite numerous studies on the agronomy of medicinal plants, a significant gap is felt in breeding evaluations aimed at achieving high-yielding cultivars suitable for cultivation under different conditions in the country. Materials and methods In this study, the genetic diversity of 20 black cumin ecotypes collected from different regions of Iran was investigated using the ISSR molecular marker. Genomic DNA was extracted from young, fresh leaves using the CTAB protocol based on the modified method of Lodhi et al. (1994). The obtained data were analyzed to calculate various indices such as Polymorphic Information Content (PIC), Resolving Power (Rp), and Marker Index (MI). Grouping was performed using cluster analysis (based on Jaccard's dissimilarity matrix and the Neighbor-joining method) and Principal Coordinate Analysis (PCoA) with the Darwin software. The population structure of the molecular data was also investigated using the STRUCTURE software. Results Out of the 10 primers used, nine produced scorable bands. The primers collectively amplified 77 bands, of which 55 were polymorphic. The average number of bands produced per primer was 6.56. Primer 3 had the highest PIC value (0.408), and primer 4 had the lowest (0.217). Based on the calculated values of PIC, MI, and Rp indices, the ISSR-1 primer was identified as the most suitable primer for assessing the genetic diversity of black cumin in this study. The observed genetic similarity based on these markers ranged from 0.123 to 0.485, indicating high genetic diversity among the studied ecotypes. Cluster analysis separated the studied ecotypes into three distinct groups; however, population structure analysis identified eight different population groups. Conclusions Overall, the results of this research indicate the existence of high and potential genetic diversity among the studied black cumin ecotypes. Given that native ecotypes are highly adapted to their environment, this collection can be introduced as a valuable genetic resource for future black cumin breeding programs. هدف: سیاهدانه با نام علمی Nigella sativa L. گیاهی از تیره آلاله و با قدمتی 3000 ساله است که کاربرد وسیعی در صنعت داروسازی دارد. علی‌رغم روند فزاینده استفاده از گیاهان دارویی و معطر در صنایع مختلف داروسازی، بهداشتی و درمانی در جهان و انجام مطالعات مختلف در زمینه به‌زراعی گیاهان دارویی، خلأ محسوسی در زمینه ارزیابی‌های به‌نژادی به‌منظور دستیابی به ارقام پر محصول و مناسب کشت در شرایط مختلف کشور احساس می‌شود. مواد و روش‌ها: در این مطالعه تنوع ژنتیکی 20 اکوتیپ سیاهدانه جمع‌آوری شده از مناظق مختلف کشور با استفاده از نشانگر مولکولی ISSR مورد بررسی قرار گرفت. DNA ژنومی از برگ‌های جوان و تازه با استفاده از دستورالعمل CTAB و بر اساس روش تغییر‌یافته Lodhi و همکاران (1994) انجام گرفت. داده‌های به‌دست آمده، برای محاسبه شاخص‌های مختلفی همچون محتوای اطلاعات چندشکلی، قدرت تفکیک و شاخص نشانگری تجزیه شدند و گروه‌بندی آن‌ها به کمک تجزیه خوشه‌ای (بر اساس ماتریس عدم تشابه جاکارد و به روش Neighbor joining) و تجزیه به مختصات اصلی به کمک نرم‌افزار Darwin انجام شد. ساختار جمعیت داده‌های مولکولی نیز با نرم‌افزار STRUCTURE بررسی و انجام شد. نتایج: از تعداد 10 آغازگر مورد استفاده تعداد نه آغازگر دارای باندهای قابل امتیازدهی بودند. آغازگرهای مورد استفاده در مجموع 77 باند تکثیر شده تولید کردند که از این بین تعداد 55 باند چندشکل مشاهده شد. میانگین تعداد باند تولید‌شده توسط هر آغازگر 56/6 بود. آغازگر سه از بیشترین (408/0) و آغازگر چهار (217/0) از کم‌ترین میزان شاخص محتوای اطلاعات چندشکلی برخوردار بودند. با توجه به مقادیر محاسبه شده شاخص‌های محتوای اطلاعات چندشکلی، شاخص نشانگری و شاخص قدرت تفکیک، آغازگر ISSR-1 به‌عنوان مناسب‌ترین آغازگر جهت بررسی تنوع ژنتیکی سیاهدانه در این مطالعه معرفی شد. میزان شباهت ژنتیکی مشاهده شده براساس اطلاعات این نشانگرها از 123/0 الی 485/0 متغیر بود که پایین بودن میزان شباهت ژنتیکی نشان دهنده وجود تنوع ژنتیکی بالا در بین اکوتیپ‌های مورد مطالعه است. نتایج تجزیه خوشه‌ای اکوتیپ‌های مورد بررسی را در سه گروه متمایز تفکیک کرد، با این وجود در تجزیه ساختار جمعیت تعداد هشت گروه جمعیتی مختلف شناسایی شد. نتیجه‌گیری: به طور کلی نتایج این تحقیق حاکی از وجود تنوع ژنتیکی بالقوه و بالا در بین اکوتیپ‌های سیاهدانه مورد مطالعه بود. با توجه به اینکه اکوتیپ‌های بومی دارای سازگاری بالا با محیط هستند می‌توان این مجموعه را به عنوان یک منبع ژنتیکی ارزشمند در برنامه‌های به‌نژادی آتی سیاهدانه معرفی نمود.

https://jab.uk.ac.ir/article_5709_63c3ddcc7b23daa1e42dc41f9a44a873.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Identification of EST-SSR regions in the transcriptome of Quercus infectoria using RNA-Seq technology شناسایی نواحی حاوی نشانگرهای EST-SSR در ترنسکریپتوم بلوط دارمازو (Quercus infectoria) با استفاده از فن‌آوری RNA-Seq 23 44 5710 10.22103/jab.2026.26408.1820 FA فروغ جودکی دانشگاه لرستان 0000-0002-5484-2890 احمد اسماعیلی استاد، گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرم‌آباد، ایران. 0000-0001-8718-3943 سید سجاد سهرابی دانشگاه لرستان 0000-0002-7528-5886 Journal Article 2025 12 10 Objective Gall oak (Quercus infectoria), is one of the extraordinary tree species and a valuable medicinal plant for its products, including galls and tannins. It is one of the most important species of the Quercus genus, which has been recognized and utilized as a medicinal plant since ancient times. Despite the importance of this species, limited basic genetic information has hindered research on this species. EST-SSR molecular markers, due to their high number of polymorphic loci, can provide specific genetic information. In this study, EST-SSR markers were identified in the Q. infectoria transcriptome generated through de novo assembly of RNA-Seq reads. Materials and methods The RNA sequencing technique was used for de novo transcriptome assembly and sequencing was performed by Illumina HiSeq 2500 platform. De-novo assembly was performed for high-quality reads using CLC Genomics Workbench (v7.5.0) software. For identification of microsatellite markers, MISA (Microsatellite searching Tool) was used. In this study, the microsatellites from mono-nucleotide to hexa-nucleotide were detected. To functionally group genes, GO analysis was performed. Also, mapping against the Plant Reactome pathway databases was performed to the identification of biological pathways associated with EST-SSR-containing unigenes. Results From 96,225 transcripts in the Q. infectoria transcriptome, 20505 EST-SSR markers were identified across 13368 unigenes, with 4,355 unigenes containing more than one marker locus. Among all types of repeats, mononucleotide repeats (11394, 55.57%) were the most abundant, followed by dinucleotide and three- nucleotide repeats with 23.92 and 18.82%, respectively. The highest percentage of mono-nucleotide motifs was A/T type, the highest percentage of di-nucleotide motifs was AG/CT type (68.46%), and the highest percentage of 3, 4, and 5 nucleotide motifs were AAG/CTT, AAAT/ATTT, and AAAAG/CTTTT type, respectively. Identification of biologically active pathways associated with SSR-containing unigenes was carried out using a plant database. Most unigenes were linked in signal transduction, protein metabolism, cell cycle, and gene expression (transcription) pathways. Analysis of the enriched pathways with SSR-containing unigenes also showed that the highest abundance was related to the membrane, nuclear, and metabolic pathways of compounds containing nucleobases. Conclusions This study provides valuable set of EST-SSRs for Q. infectoria and can provide the way for further functional and comparative genomic research on this species. هدف دارمازو یا بلوط گال‌زا (Quercus infectoria) از درختان دارویی ارزشمند حاوی گال‌ها و تانن‌ها است. این گیاه یکی از گونه‌های جنس Quercus است که از زمان‌های قدیم به عنوان یک گیاه دارویی شناخته شده است. با وجود اهمیت فراوان این گونه، محدودیت اطلاعات ژنتیکی، مطالعات در مورد آن را دچار مشکل کرده است. نشانگرهای مولکولی EST-SSR، به دلیل داشتن تعداد بالای مکان‌های چندشکلی، می‌تواند اطلاعات ژنتیکی ویژه‌ای را ارائه دهد. در این مطالعه، نشانگرهای EST-SSR موجود در ترنسکریپتوم Q. infectoria که از سرهم بندی نوپدید خوانش های حاصل از RNA-Seq ایجاد شده، شناسایی شدند. مواد و روش از تکنیک توالی‌یابی RNA به منظور ایجاد سرهم‌بندی نوپدید استفاده و توالی‌یابی توسط پلتفرم Illumina HiSeq 2500 انجام شد. سرهم‌بندی نوپدید برای خوانش‌های با کیفیت بالا با استفاده از نرم‌افزار CLC Genomics Workbench (v7.5.0) انجام شد. به منظور تعیین نواحی نشانگرهای ریزماهواره ازMISA (ابزار جستجوی ریزماهواره) استفاده شد. در این مطالعه، ریزماهواره‌های تک نوکلئوتیدی تا شش نوکلئوتیدی شناسایی شدند. برای گروه‌بندی عملکردی ژن‌ها، آنالیز هستی شناسی ژن‌ها انجام شد. همچنین، نقشه‌برداری در برابر پایگاه‌های داده Plant Reactome به منظور شناسایی مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با تک‌ژن‌های حاوی EST-SSR انجام شد. نتایج در این مطالعه، نواحی حاوی نشانگرهای EST-SSR در ترانسکریپتوم دارمازو که از سرهم‌بندی نوپدید خوانش‌های حاصل از RNA-Seq به دست آمده، شناسایی شدند. با بررسی 96225 یونی‌ژن از ترانسکریپتوم دارمازو، 20505 مورد ناحیه نشانگر EST-SSR در 13368 یونی‌ژن شناسایی شد که از این تعداد 4355 یونی‌ژن بیش از یک مکان نشانگر را دارا بودند. در بین نشانگرها، تکرار-های تک (مونو) نوکلئوتیدی (11394، 57/55 درصد) و پس از آن تکرار‌های دو و سه نوکلئوتیدی به‌ترتیب با 92/23 و 82/18 درصد دارای بیشترین فراوانی بودند. در مطالعه حاضر، بیشترین درصد موتیف‌های تک نوکلئوتیدی از نوع A/T، بیشترین موتیف‌های دی نوکلئوتیدی از نوع AG/CT (46/68 درصد) و بیشترین موتیف‌های 4،3، و 5 نوکلئوتیدی نیز به ترتیب از نوع AAG/CTT، AAAT/ATTT و AAAAG/CTTTT بودند. شناسایی مسیرهای فعال بیولوژیکی مرتبط با یونی‌ژن‌های دارای نشانگر با استفاده از پایگاه داده گیاهی انجام شد و بیشتر یونی‌ژن‌ها در مسیرهای انتقال سیگنال، متابولیسم پروتئین‌ها، چرخه سلولی، و بیان ژن (رونویسی) قرارگرفتند. بررسی مسیرهای غنی شده با یونی‌ژن‌های حاوی نشانگر نیز نشان داد که بیشترین فراوانی مربوط مسیرهای غشا، هسته و فرآیند متابولیکی ترکیبات حاوی نوکلئوبازها است. نتیجه گیری: این مطالعه مجموعه‌ای از EST-SSR‌های مفید را ارائه می‌کند و می‌تواند زمینه تحقیقات عملکردی و مقایسه‌ای ژنومی بیشتر را بر روی دارمازو فراهم کند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5710_810462d01f318bd13e628a77fc3f92c0.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Expression of fertility genes in testicular tissue of aged broiler roosters under the influence of serine amino acid and dietary choline supplementation بیان ژن های باروری در بافت بیضه خروس‌های مسن مادرگوشتی تحت تاثیر اسید آمینه سرین و مکمل کولین جیره 45 64 5711 10.22103/jab.2026.26330.1800 FA سیده زهرا بدوی دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح نژاد دام گروه علوم دامی –دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی -دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان محمود نظری دانشیار گروه علوم دامی دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی -دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان-ملاثانی-ایران 0000-0003-4417-4654 علی آقایی استادیار گروه علوم دامی –دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی -دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان سپیده رستمی دانش آموخته دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام گروه علوم دامی –دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی -دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان Journal Article 2025 11 18 Objective: Oxidative and membrane damage reduce the fertility, motility, and quality of the sperm with increasing age. Changes such as lowered phosphatidylcholine and increased phosphatidylserine weaken the membrane structure and the health of the sperm. Supplementation with choline and serine in the diet can increase the resistance of the sperm membrane to oxidative damage and increase the fertility and health of aging roosters. The StAR and PVRL3 genes, which are critical in sperm development, function, and sex hormone production, are among the genes targeted by this research to establish the effect these supplements have on the improvement of fertility. Materials and methods: This Study was conducted on 36 aged Ross 308 breeder cockerels for 10 weeks. The cockerels were randomly allocated into six treatment groups: 1) basal diet containing 0% serine and 0% choline, 2) 0% serine and 470 mg/kg supplementation of choline, 3) 0.15% serine without choline supplementation, 4) 0.15% serine with 470 mg/kg supplementation of choline, 5) 0.3% serine without choline supplementation, and 6) 0.3% serine with 470 mg/kg supplementation of choline. Four cocks from each group were killed at the end of the trial, and testicular tissue samples were collected and preserved in –80°C. The relative expression of the StAR and PVRL3 genes was identified using real-time PCR and was compared with the reference gene β-actin after normalization. Results: The results of this study showed that serine supplementation in the diet of roosters greatly reduced PVRL3 gene expression and greatly enhanced the StAR gene expression (P<0.05). Supplementation with choline elevated expression of both genes greatly (P<0.05). Although the effect of serine and choline in combination on the expression of the StAR gene was not significant (P>0.05), combined supplementation always had a significant enhancement of StAR expression (P<0.05). Additionally, simultaneous addition of 0.15% and 0.3% serine along with 470 mg/kg choline caused a significant decrease in PVRL3 expression (P<0.05), indicating that choline could not prevent the serine-induced reduction in PVRL3 gene expression. Conclusions: Supplementation with choline and serine significantly enhances fertility in aging cocks. Choline increases sperm membrane structure and mitochondrial ATP yield, and serine sustains glutathione production that keeps sperm away from oxidative stress. Both enhance testicular function and overall reproductive performance. هدف: با افزایش سن، استرس اکسیداتیو و آسیب به غشای اسپرم باعث کاهش کیفیت، تحرک و باروری خروس‌ها می‌شود. تغییراتی مانند کاهش فسفاتیدیل کولین و افزایش فسفاتیدیل سرین ساختار غشا و کیفیت اسپرم را تحت تأثیر منفی قرار می‌دهد. افزودن مکمل‌های سرین و کولین به رژیم غذایی، با تقویت مقاومت غشای اسپرم در برابر استرس اکسیداتیو، می‌تواند سلامت و باروری خروس‌های مسن را بهبود دهد. ژن‌های PVRL3 و StAR نیز با نقش کلیدی در رشد، عملکرد اسپرم و سنتز هورمون‌های جنسی، هدف پژوهش حاضر برای بررسی تأثیر این مکمل‌ها در تقویت باروری هستند. مواد و روش‌ها: این مطالعه روی 36 خروس مادر گوشتی مسن نژاد راس 308 بمدت 10 هفته انجام شد. خروس‌ها بصورت تصادفی در 6 تیمار مختلف قرار گرفتند. تیمارها شامل: 1) جیره پایه حاوی صفر درصد اسید آمینه سرین+ صفر درصد کولین، 2) صفر درصد سرین + تامین 470 میلی‌گرم بر کیلوگرم کولین، 3) 15/ 0 درصد اسیدآمینه سرین + صفر درصد مکمل کولین، 4) 15/ 0 درصد اسید آمینه سرین + تامین 470 میلی‌گرم بر کیلوگرم کولین، 5) 3/ 0 درصد اسیدآمینه سرین + جیره حاوی صفر درصد مکمل کولین و 6 ) 3/ 0 درصد اسید آمینه سرین + تامین 470میلی‌گرم کولین بودند. در انتهای آزمایش، 4 خروس از هر تیمار کشتار و قسمتی از بافت بیضه جدا شده و در دمای 80- ذخیره گردیدند. بیان نسبی ژن‌های StAR و PVRL3 با روش Real-time PCR اندازه‌گیری و با نرمالسازی نسبت به ژن مرجع (β-actin) تحلیل شدند. یافته‌ها: نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد، افزودن سرین در جیره خروس‌ها باعث کاهش معنی‌دار بیان ژن PVRL3 و افزایش معنی‌دار بیان ژن StAR شد (P<0.05) و افزودن کولین نیز بیان هر دو ژن را بطور معنی‌داری افزایش داد (P<0.05). اثر متقابل سرین و کولین بر بیان ژن StAR معنی‌دار نبود (P>0.05) اما همزمانی افزودن این دو به جیره منجر به افزایش معنی‌دار بیان این ژن شد (P<0.05). افزودن همزمان 15/0 و 3/0 درصد اسید آمینه سرین به همراه 470 میلی‌گرم بر کیلوگرم کولین سبب کاهش معنی‌دار بیان ژن PVRL3 شده (P<0.05) که نشان می‌دهد، حضور کولین نتوانسته از کاهش بیان ژن PVRL3 توسط سرین جلوگیری کند. نتیجه‌گیری: مصرف مکمل کولین و سرین باعث افزایش قابل‌توجه باروری در خروس‌های مسن می‌شود. کولین با تقویت ساختار غشای اسپرم و افزایش انرژی میتوکندری و سرین نیز با سنتز گلوتاتیون، از اسپرم در برابر استرس اکسیداتیو محافظت می‌کنند و منجر به بهبود عملکرد بیضه‌ها شده و باروری را بهبود می‌بخشند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5711_c10f48884c9c7fdbd9a7959c59eebea8.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Proteomic analysis of rice roots under time-course drought stress condition تجزیه پروتئوم ریشه برنج تحت دوره های زمانی تنش کمبود آب 65 86 5712 10.22103/jab.2026.25245.1707 FA پریسا اسدزاده دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز محمود تورچی استاد گروه به نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز 0000-0001-7123-9914 ساحل صفوی دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز ستسوکو کوماتسو استاد انستیتو تحقیقات علوم گیاهان زراعی 0000-0002-4514-357X Journal Article 2025 05 11 Objective Recent advancements in molecular biology and proteomics have generated significant hope for identifying candidate proteins associated with drought stress tolerance, which could facilitate essential steps in enhancing rice yield. The primary objective of this study was to comprehensively investigate the effects of drought stress on the morphological traits and the root proteome expression patterns of rice. Materials and Methods The experiment was designed and executed as a completely randomized design (CRD) with three replicates under strictly controlled laboratory conditions within a growth chamber. Drought stress treatments consisted of four distinct conditions: normal irrigation (flooding) as a control, and drought stress imposed for durations of 24, 36, and 48 hours. To analyze protein expression patterns, two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) followed by Coomassie Brilliant Blue staining was employed. Statistically significant protein spots were identified using mass spectrometry and bioinformatic tools based on isoelectric point (pI), molecular weight (MW), and specialized protein databases. The measured morphological traits included proline content, root dry weight, root diameter, root volume, root number, root length, and the shoot-to-root length ratio. Results The findings demonstrated that drought stress induced significant changes in proline content, root dry weight, root diameter, and root volume; however, its effects on root number, root length, and the shoot-to-root length ratio were not statistically significant. Increasing the stress duration to 48 hours led to a substantial increase in root dry weight, whereas 24-hour stress resulted in a noticeable increase in root volume and diameter. Additionally, proline levels in the roots showed a significant increase after 36 hours of stress. Proteomic analysis revealed that among 135 identified protein spots, 14 exhibited significant changes in expression under drought conditions. The upregulation of ferredoxin-oxidoreductase played a crucial role in mitigating stress impacts, whereas ribosomal proteins, glyceraldehyde-3-phosphate, and ATP synthase were downregulated. Other proteins, including fructose-1,6-bisphosphate aldolase, glucose-6-phosphate dehydrogenase, glycine dehydrogenase, and chitinase, initially showed decreased expression but exhibited an increasing trend as the stress duration reached 48 hours. Conclusion This study demonstrated that drought stress triggers significant structural changes in the roots and modulates the expression of specific proteins in rice, which are vital for plant adaptation mechanisms. The upregulation of ferredoxin-oxidoreductase and the dynamic expression of other proteins elucidate the molecular mechanisms of plant stress resistance. These findings can serve as a valuable foundation for the genetic improvement of rice varieties to enhance drought tolerance. هدف: پیشرفت‌های اخیر در بیولوژی مولکولی و پروتئومیکس، امیدهای تازه‌ای برای شناسایی پروتئین‌های کاندیدای تحمل به تنش کمبود آب ایجاد کرده است تا بتوان گام‌های اساسی در بهبود عملکرد برنج برداشت. هدف اصلی این پژوهش، بررسی دقیق اثر تنش کمبود آب بر صفات مورفولوژیکی و الگوی بیان پروتئوم ریشه برنج می‌باشد. مواد و روش‌ها: آزمایشی به‌صورت طرح کاملاً تصادفی با سه تکرار در شرایط کاملاً کنترل‌شده اتاقک رشد طراحی و اجرا گردید. تیمار کمبود آب شامل چهار شرایط مختلف شامل آبیاری عادی (غرقاب) و تنش کمبود آب به مدت ۲۴، ۳۶ و ۴۸ ساعت بود. برای بررسی دقیق الگوی بیان پروتئین‌ها، از روش الکتروفورز دوبعدی (2-DE) و رنگ‌آمیزی با کوماسی‌بلو استفاده شد. جهت شناسایی لکه‌های پروتئینی که از نظر آماری معنی‌دار بودند، از روش طیف‌سنجی جرمی و ابزارهای بیوانفورماتیک بر اساس نقطه ایزوالکتریک (pI)، وزن مولکولی (MW) و بانک‌های اطلاعاتی تخصصی استفاده گردید. صفات اندازه‌گیری‌شده شامل میزان پرولین، وزن خشک، قطر، حجم، تعداد و طول ریشه و همچنین نسبت طول اندام هوایی به ریشه بودند. نتایج: نتایج نشان داد که تنش کمبود آب باعث تغییرات معنی‌دار در صفات پرولین، وزن خشک، قطر و حجم ریشه شد، اما اثرات آن بر تعداد ریشه، طول ریشه و نسبت طول اندام هوایی به ریشه معنی‌دار نبود. افزایش مدت زمان تنش به ۴۸ ساعت منجر به افزایش چشمگیر وزن خشک ریشه گردید، در حالی که تنش ۲۴ ساعته باعث افزایش قابل‌توجه حجم و قطر ریشه شد. همچنین، میزان پرولین ریشه پس از ۳۶ ساعت تنش افزایش نشان داد. بررسی پروتئوم ریشه نشان داد که از میان ۱۳۵ لکه پروتئینی، ۱۴ لکه تحت تنش کمبود آب تغییرات معنی‌دار در بیان داشتند. افزایش بیان پروتئین فردوکسین اکسیدوردوکتاز نقش مهمی در کاهش اثرات تنش داشت، اما پروتئین‌های ریبوزومی، گلیسرآلدئید ۳-فسفات و ATP سنتاز کاهش بیان داشتند. پروتئین‌های فروکتوز ۱،۶-بیس‌فسفات آلدولاز، گلوکز ۶-فسفات دهیدروژناز، گلایسین دهیدروژناز و کتیناز ابتدا کاهش بیان داشتند، ولی با افزایش مدت تنش به ۴۸ ساعت مجدداً روند افزایشی نشان دادند. نتیجه‌گیری: این مطالعه نشان داد که تنش کمبود آب باعث تغییرات ساختاری در ریشه و تنظیم مجدد بیان پروتئین‌های خاص در برنج می‌شود که نقش مهمی در سازگاری گیاه دارند. افزایش بیان فردوکسین اکسیدوردوکتاز و تغییرات سایر پروتئین‌ها، مکانیسم‌های مقاومت گیاه به تنش را روشن ساخت. این یافته‌ها می‌توانند مبنای ارزشمندی برای بهبود ژنتیکی برنج جهت تحمل بهتر به تنش کمبود آب باشند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5712_a6b8deb7798e7532ade2a8934477d3ce.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Evaluation of plant-derived small molecules targeting FnBPA and sortase A of Staphylococcus aureus through molecular docking and minimum inhibitory concentration assays بررسی قابلیت ریزمولکول‎های گیاهی در مهار پروتئین‎های FnBPA و سورتاز A باکتری استافیلوکوکوس اورئوس با استفاده از روش‎های داکینگ مولکولی و تعیین حداقل غلظت مهارکنندگی 87 110 5713 10.22103/jab.2026.13660.1882 FA رضا توحیدی گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، مجتمع آموزش عالی تربت جام - ایران 0000-0002-4643-7836 کیارش قزوینی گروه میکروب شناسی و ویروس شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی مشهد، ایران 0000-0002-8538-1425 مرضیه قارونی محقق، مرکز تحقیقات سندرم متابولیک، دانشگاه علوم پزشکی مشهد، ایران 0000-0001-8214-4603 محمدرضا نصیری گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، ایران 0000-0001-7119-8155 Journal Article 2026 05 02 Objective Mastitis, an inflammation of the mammary glands, is a common infectious disease of dairy cows worldwide. Controlling this disease is challenging due to the emergence of antibiotic resistance. Using alternative or complementary compounds alongside antibiotics can be a sustainable solution for preventing and treating this disease. This study aimed to evaluate the effectiveness of plant-derived micromolecules in inhibiting Staphylococcus aureus, an important cause of mastitis, using molecular docking and determining the minimum inhibitory concentration (MIC). Materials and methods The 3D structures of the target proteins, including FnBPA and sortase A, were extracted from structural databases. After modeling and energy optimization, the structures were validated. A library of 460 plant-derived micromolecules was collected from reliable databases, and 3D structures were prepared for each molecule. Initial screening of the compounds was performed using computational tools based on pharmacodynamic properties and ADMET indices. Then, molecular docking was performed using PyRx version 0.8 software to investigate ligand-receptor interactions and calculate binding energies. Finally, the minimum inhibitory concentration (MIC) of two selected compounds, curcumin and indigo carmine, against Staphylococcus aureus in vitro was determined using the agar dilution method. Results The results of the protein structure validation process confirmed the quality of the models. Among 460 compounds, several small molecules with favorable binding energies in the range of -6 to -10 kcal/mol were identified. Compounds such as indigo, gliasperin A, sanguinarine, camptothecin, and indigo carmine exhibited the strongest binding affinity to FnBPA due to hydrogen bonds and stable hydrophobic interactions with receptor amino acids. Sortase A formed hydrogen and hydrophobic bonds with several small molecules whose binding energies ranged from -6.4 to -7.3 kcal/mol. In vitro results showed that curcumin and indigo carmine inhibited bacterial growth; their MIC values indicated effective antibacterial activity. Conclusions The findings of this study illustrated that several plant-derived micromolecules can effectively inhibit key pathogenic factors of Staphylococcus aureus. Combining computational and experimental results suggest that these compounds are promising candidates for the development of novel strategies to control mastitis and reduce reliance on antibiotics. They can also help address the growing challenge of antibiotic resistance. هدف: ورم پستان یک بیماری عفونی شایع گاوهای شیری در سراسر جهان است که موجب التهاب غدد پستانی می‌شود. کنترل این بیماری به دلیل ایجاد مقاومت آنتی ‌بیوتیکی چالش برانگیز است. معرفی ترکیبات جایگزین یا مکمل آنتی ‌بیوتیک‌ها می‌تواند راه حلی پایدار در پیشگیری و درمان این بیماری باشد. هدف از این مطالعه ارزیابی اثربخشی میکرومولکول‌های گیاهی در مهار باکتری استافیلوکوکوس اورئوس، یکی از عوامل مهم ایجاد ورم پستان، از طریق داکینگ مولکولی و تعیین حداقل غلظت مهاری (MIC) بود. مواد و روش‌ها: ساختارهای سه‌بعدی پروتئین‌های هدف، شامل FnBPA و sortase A، از پایگاه‌های داده ساختاری استخراج و پس از مدل‌سازی و بهینه‌سازی انرژی، ساختارها اعتبارسنجی شدند. کتابخانه‌ای متشکل از ۴۶۰ میکرومولکول گیاهی از پایگاه‌های داده معتبر جمع‌آوری و ساختارهای سه‌بعدی برای آن‌ها تهیه شد. غربالگری اولیه ترکیبات با استفاده از ابزارهای محاسباتی و بر اساس خواص فارماکودینامیکی و شاخص‌های ADMET انجام شد. سپس، داکینگ مولکولی با نرم‌افزار PyRx نسخه ۰.۸ برای بررسی برهمکنش‌های لیگاند-گیرنده و محاسبه انرژی‌های اتصال انجام گرفت. در نهایت، دو ترکیب انتخاب شده، کورکومین و ایندیگو کارمین، با استفاده از روش رقت در آگار برای تعیین حداقل غلظت مهاری (MIC) در برابر استافیلوکوکوس اورئوس در شرایط آزمایشگاهی ارزیابی شدند. نتایج: نتایج اعتبارسنجی ساختار پروتئین، کیفیت مدل‌ها را تأیید کرد. چندین مولکول کوچک با انرژی‌های اتصال مطلوب (در محدوده ۶- تا ۱۰- کیلوکالری بر مول) در بین ۴۶۰ ترکیب شناسایی شدند. ترکیباتی مانند ایندیگو، گلیاسپرین A، سانگوینارین، کامپتوتسین و ایندیگو کارمین قوی‌ترین میل اتصال را به FnBPA نشان دادند که ناشی از پیوندهای هیدروژنی و برهمکنش‌های آبگریز پایدار با آمینواسیدهای گیرنده بودند. سورتاز A با چندین مولکول کوچک که انرژی‌های اتصال آنها از ۶.۴- تا ۷.۳- کیلوکالری بر مول متغیر بود، پیوندهای هیدروژنی و آبگریز تشکیل داد. نتایج آزمایشگاهی نشان داد که کورکومین و ایندیگو کارمین رشد باکتری را مهار کرده و مقادیر MIC آن‌ها نشان‌دهنده فعالیت ضد باکتریایی موثر آن‌ها بود. نتیجه‌گیری: یافته‌های این مطالعه نشان داد که برخی از ریزمولکول‌های گیاهی به طور قابل توجهی عوامل بیماری‌زای کلیدی در استافیلوکوکوس اورئوس را می‌توانند مهار ‌کنند. ترکیب نتایج محاسباتی و آزمایشگاهی نشان می‌دهد که این مولکول‌ها می‌توانند کاندیداهای امیدوارکننده‌ای برای توسعه استراتژی‌های جدید کنترل ورم پستان، کاهش وابستگی به آنتی‌بیوتیک‌ها و راه حلی برای چالش مقاومت آنتی بیوتیکی باشند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5713_5e7d00134ba3a8b3e37edf5038bc51fc.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Differential responses of three spring rapeseed (Brassica napus) cultivars to salt stress: Analysis of morphological and biochemical traits, enzymatic activity and expression of the genes related to tolerance. پاسخ‌های افتراقی سه رقم کلزای (Brassica napus) بهاره به تنش شوری: تجزیه و تحلیل صفات مورفولوژیکی و بیوشیمیایی، فعالیت آنزیمی و بیان ژن های دخیل در تحمل تنش" 111 130 5714 10.22103/jab.2026.25620.1739 FA مریم عبدلی نسب دانشیار، گروه بیوتکنولوژی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان Journal Article 2025 07 23 Objective: Salinity stress is one of the major abiotic factors limiting agricultural productivity worldwide, negatively affecting plant growth, development, and yield. Rapeseed (Brassica napus) is the second most important oilseed crop after soybean and is recognized as an economically important agricultural crop. This study was conducted to investigate the effects of salinity stress on growth, physiological, biochemical, enzymatic, and molecular parameters of three spring rapeseed cultivars (Agamex, Trapper, and Hyola61) under controlled conditions. Materials and Methods: A factorial experiment was conducted in a completely randomized design with three replications at three salinity stress levels: zero (normal irrigation conditions), moderate (irrigated with EC 6.5), and severe salinity (irrigated with EC 12.7). Various morphological parameters (root length, stem height, root fresh and dry weight, pod number and 1000-seed weight), physiological and biochemical parameters (photosynthetic pigment concentration, proline content, soluble sugar content, protein and seed oil content) and antioxidant enzyme activities (catalase, polyphenol oxidase, guaiacol peroxidase and ascorbate peroxidase) were investigated to evaluate the response to salinity. Molecular analysis included RNA extraction from leaves, cDNA synthesis and Real time PCR to examine the expression changes in two genes related to the activity of late embryonic accumulation protein (LEA) and mitogen-activated protein kinase (Mapk) involved in stress resistance. Results: The results showed that with increasing salinity, a significant decrease in growth and reproductive performance was observed, the highest rate of which was observed in the Agamex cultivar. Photosynthetic pigments decreased, while proline and soluble sugars accumulated, indicating osmo-protective adaptation. Antioxidant enzyme activities were generally increased under moderate salinity, indicating enhanced defense against oxidative stress, mainly in Trapper and Hyola61 cultivars. Gene expression analysis revealed down-regulation of LEA gene expression and specific up-regulation of Mapk under salt stress, indicating transcriptional regulation to salinity. Conclusions: In this study, Trapper showed greater tolerance to salinity than the other two studied cultivars with better growth, higher yield, higher osmolyte and photosynthetic pigment accumulation, high antioxidant enzyme activity and gene expression patterns under salt stress. The Agamex cultivar showed greater sensitivity, while the Hyola61 cultivar showed moderate responses with specific strengths such as pigment retention and enzymatic antioxidant capacity. هدف: تنش شوری یکی از عوامل اصلی محدودکننده بهره‌وری کشاورزی در سراسر جهان است که بر رشد، نمو و عملکرد گیاه تأثیر منفی می‌گذارد. کلزا (Brassica napus) دومین محصول مهم از دانه های روغنی پس از سویا است و به عنوان یک محصول کشاورزی با اهمیت اقتصادی شناخته می شود. این مطالعه به منظور بررسی تنش شوری بر پارامترهای رشدی، فیزیولوژیکی، بیوشیمیایی، آنزیمی و مولکولی سه رقم کلزای بهاره (آگامکس، تراپر و هایولا61) در شرایط گلخانه صورت گرفت. ‌مواد و روش‌ها: آزمایشی به صورت فاکتوریل و در قالب طرح کاملاً تصادفی با سه تکرار با سه سطح تنش شوری صفر (شرایط نرمال آبیاری)، شوری متوسط (آبیاری با EC 6.5) و شوری شدید (آبیاری با EC 12.7) اجرا گردید. پارامترهای مختلف مورفولوژیکی (طول ریشه، ارتفاع ساقه، وزن تر و خشک ریشه، طول غلاف، تعداد غلاف در بوته، تعداد بذر در غلاف و وزن هزاردانه)، فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی (غلظت رنگدانه‌های فتوسنتزی، محتوای پرولین، قند محلول، محتوای پروتئین محلول کل، محتوای پروتئین بذر و روغن بذر) و فعالیت‌آنزیم‌های آنتی‌اکسیدانی (کاتالاز، پلی‌فنل اکسیداز، گایاکول پراکسیداز و آسکوربات پراکسیداز) برای ارزیابی پاسخ به شوری بررسی شدند. تجزیه و تحلیل مولکولی شامل استخراج RNA از برگ ، سنتز cDNA و انجامReal time PCR برای بررسی تغییرات بیان در دو ژن مرتبط با فعالیت پروتئین تجمع کننده در انتهای دوره جنینی (LEA)و پروتئین کینازی فعال شده با میتوژن (Mapk) دخیل در مقاومت به تنش بود. نتایج: نتایج نشان داد که با افزایش شوری، کاهش قابل توجهی در رشد و عملکرد تولیدمثلی مشاهده می‌شود که بیشترین میزان آن در رقم آگامکس مشاهده شد. رنگدانه‌های فتوسنتزی کاهش یافتند، در حالی که پرولین و قندهای محلول تجمع یافتند که نشان‌دهنده سازگاری اسمزی-محافظتی است. فعالیت آنزیم‌های آنتی‌اکسیدانی عموماً تحت شوری متوسط افزایش یافت که نشان‌دهنده افزایش دفاع در برابر تنش اکسیداتیو، عمدتاً در ارقام تراپر و هایولا61 می باشد. تجزیه و تحلیل بیان ژن، کاهش بیان ژن LEA و تعدیل اختصاصی Mapk را تحت تنش شوری نشان داد که نشان‌دهنده تنظیمات رونویسی نسبت به شوری است. نتیجه‌گیری: در این مطالعه رقم تراپر با رشد بهتر، عملکردبالاتر، تجمع اسمولیت و رنگدانه های فتوسنتزی بیشتر، فعالیت آنزیم‌های آنتی‌اکسیدان و الگوهای بیان ژن مطلوب تحت تنش شوری نسبت به دو رقم دیگر تحمل بیشتری به شوری نشان داد. رقم آگامکس حساسیت بیشتری نشان داد، در حالی که رقم هایولا61 پاسخ‌های متوسطی با نقاط قوت خاصی مانند حفظ رنگدانه و ظرفیت آنتی‌اکسیدانی آنزیمی نشان داد .

https://jab.uk.ac.ir/article_5714_0fe6a94848e5c68a54010b61b3e94b0e.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Integrating Phenotypic Evaluation and SNP Marker-Based Genomic Analysis for the Identification of Drought-Tolerant Wheat Genotypes تلفیق ارزیابی فنوتیپی و تحلیل ژنومی بر پایه نشانگر SNP برای شناسایی ژنوتیپ‌های گندم متحمل به تنش کم‌آبی 131 160 5715 10.22103/jab.2026.27223.1911 FA ملیحه رحیمی صادق گروه مهندسی تولید وژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران. 0009-0005-6352-4164 سمیه ساردویی نسب پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی، پژوهشگاه افضلی پور، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران 0000-0003-2589-3637 مریم دورانی نژاد گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران. سودابه گلستانی کرمانی استادیار، بخش مهندسی آب، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران شکوفه خاندانی گروه ژنتیک و به نژادی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران 0009-0002-8417-2012 ماجد عبوده گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، ایران محسن دشر بخش علوم خاک و منابع آب، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بصره، عراق قاسم محمدی نژاد پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی، پژوهشگاه افضلی پور، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران 0000-0002-5767-9734 آندرس بورنر بخش بانک ژن، مؤسسه لایبنیتس تحقیقات ژنتیک گیاهی و گیاهان زراعی (IPK)، گاترسلبن، آلمان احمد القضاه گروه علوم زیستی و علوم محیطی، دانشکده هنرها و علوم، دانشگاه قطر، دوحه، قطر Journal Article 2026 05 16 Objective: Drought is one of the abiotic stresses that reduces yield in agricultural crops, especially wheat in arid and semi-arid regions of the world. Evaluation of agronomic and physiological traits under drought stress conditions is useful for identifying traits affecting grain yield and drought-tolerant genotypes for use in breeding programs.. Methods: In this study, in order to evaluate grain yield potential and select drought-tolerant genotypes, 255 bread wheat genotypes were assessed under normal and drought stress conditions using a randomized complete block design with two replications at the Agricultural Research Farm of the RIPP, Shahid Bahonar University of Kerman. Genotyping was performed using a 90K single nucleotide polymorphism (SNP) array at the IPK, Germany. Data were analyzed using statistical methods including combined analysis of variance, correlation analysis, stepwise regression, and path analysis. In addition, stress tolerance indices and genomic estimated breeding values (GEBV) were estimated. Findings: The results of combined analysis of variance showed significant differences among genotypes, environments, and genotype × environment interaction for most traits. Most yield-related traits showed a positive correlation with grain yield. Based on regression and path analysis, the number of grains per unit area and thousand-grain weight had major effects on grain yield. Furthermore, the prediction accuracy of genomic estimated breeding values ranged from 0.56 to 0.82, and narrow-sense heritability ranged from 0.09 to 0.42, indicating efficiency of genomic selection under drought stress conditions. Based on the STS, genotypes 9, 40, 53, 80, 92, 120, 132, 205, 253, and 255 were identified as the most drought-tolerant genotypes. The results of genomic estimated breeding values also showed that genotypes 187, 123, 262, 21, and 43 had the highest yield potential under stress conditions. A significant positive Spearman rank correlation was observed between STS- and GEBV-based rankings (ρ = 0.705, P < 0.001), indicating substantial agreement between phenotypic and genomic selection approaches. Conclusion: In general, the number of grains per unit area, thousand-grain weight, and grain weight per plant were identified as the most important traits affecting grain yield under stress conditions. The results suggest that genomic selection complements rather than replaces phenotypic evaluation, and integrating both approaches can improve the accuracy of identifying drought-tolerant wheat genotypes هدف: خشکی از تنش‌‏های غیر زیستی است که موجب کاهش عملکرد در محصولات کشاورزی به ویژه گندم، در نواحی خشک و نیمه خشک جهان می‌‏شود. ارزیابی صفات زراعی و فیزیولوژیک در شرایط تنش کم‌آبی برای شناسایی صفات تأثیر‌گذار بر عملکرد دانه و شناسایی ژنوتیپ‌‏های متحمل به خشکی برای استفاده در برنامه‌‏های به‏‌نژادی مفید است. مواد و روش‌ها: در این مطالعه به منظور ارزیابی پتانسیل عملکرد دانه و انتخاب ژنوتیپ‌‏های متحمل به تنش کم‌آبی، 255 ژنوتیپ گندم نان در قالب طرح بلوک‌های کامل تصادفی با دو تکرار در شرایط نرمال و تنش کم‌آبی در مزرعه تحقیقاتی پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی دانشگاه شهید باهنر کرمان مورد ارزیابی قرار گرفتند همچنین ژنوتیپ‌یابی با استفاده از آرایه چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) با تراکم k90 در موسسه IPK آلمان انجام شد. برای تجزیه داده‌ها از روش‌های آماری شامل تجزیه واریانس مرکب، همبستگی، رگرسیون گام‌به‌گام و تجزیه علیت استفاده شد و همچنین شاخص‌های تحمل به تنش و ارزش‌های اصلاحی ژنومی (GEBV) برآورد گردید. نتایج: نتایج تجزیه واریانس مرکب تفاوت معنی‌داری بین ژنوتیپ‏‌ها، محیط و اثر متقابل ژنوتیپ × محیط برای اکثر صفات نشان داد. اکثر صفات مرتبط با اجزای عملکرد، همبستگی مثبتی با عملکرد دانه نشان دادند. بر اساس نتایج تجزیه رگرسیون و تجزیه علیت، صفات تعداد دانه در واحد سطح و وزن هزار دانه تأثیر عمده‌ای بر عملکرد دانه داشتند. همچنین، دقت پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی ژنومی در محدوده 56/0تا 82/0 و وراثت‌پذیری خصوصی بین 09/0 تا 42/0 برآورد شد که بیانگر کارآیی مناسب انتخاب ژنومی در شرایط تنش کم‌آبی است. مقایسه رتبه‌بندی ژنوتیپ‌ها بر اساس شاخص STS وGEBV نشان داد که بین دو روش همبستگی مثبت و معنی‌داری وجود دارد (705/0=ρ ، 001/0P <) و برخی ژنوتیپ‌ها، از جمله 40، 53 و 132، در هر دو روش در بین ژنوتیپ‌های برتر قرار گرفتند. نتیجه‌گیری: در مجموع، صفات تعداد دانه در واحد سطح، وزن هزار دانه و وزن دانه در بوته به‌عنوان مهم‌ترین صفات مؤثر بر عملکرد دانه در شرایط تنش شناسایی شدند. همچنین نتایج این پژوهش نشان داد که انتخاب ژنومی و شاخصSTS، با وجود تفاوت در مبنای ارزیابی، اطلاعات مکملی در شناسایی ژنوتیپ‌های متحمل به تنش کم‌آبی ارائه می‌کنند و استفاده تلفیقی از آن‌ها می‌تواند دقت انتخاب را در برنامه‌های اصلاحی افزایش دهد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5715_6e4243f5511fd6ef0f03e9f386d54403.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Integrated Network Based Analysis of miRNA–Gene Regulation and Transcription Factors in Hub Genes Associated with Subfertility in Cattle واکاوی یکپارچه مبتنی بر شبکه از تنظیم miRNA- ژن و فاکتورهای رونویسی در ژن‌های هاب مرتبط با کاهش باروری در گاو 161 186 5716 10.22103/jab.2026.26970.1879 FA زهرا رودباری گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه جیرفت، جیرفت، ایران. 0000-0002-3357-3126 مرتضی مختاری گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه جیرفت، جیرفت، ایران 0000-0002-3971-628X روح اله میرمحمودی گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه جیرفت، جیرفت، ایران. ارسلان برازنده گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه جیرفت، جیرفت، ایران. 0000-0001-7716-7624 سعیده اسکندری نسب ساهکویی دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل 0009-0001-6645-2718 Journal Article 2026 04 26 Objective Subfertility in cattle, arising from complex interactions among genetic, metabolic, immune, and developmental factors, represents a major bio economic challenge for the livestock industry and threatens the sustainability of production systems. This study aimed to identify hub genes associated with subfertility in cattle and to clarify their underlying molecular mechanisms within multilayer miRNA-gene-transcription factor regulatory networks using a network based systems biology framework. Materials and methods In the present study, gene expression data from six fertile and five subfertility samples were obtained from the GEO database (accession number GSE107741). After normalization, differential gene expression analysis was performed. Fertility related genes were selected using functional enrichment analysis, and a protein–protein interaction network was constructed. Hub genes were identified based on centrality indices, and regulatory networks including miRNAs and their promoter motifs were extracted and integratively combined. Results Network analysis led to the identification of hub genes IGF1, CD4, SPP1, ACAN, and TGFB3, which play key roles in regulating immune pathways, follicular growth, corpus luteum function, extracellular matrix remodeling, metabolism, and embryonic development. Post transcriptional regulatory analysis showed that the expression of these genes is simultaneously controlled by several fertility related miRNAs, and the strength of regulation depends on the cumulative effect of these miRNAs, enabling gradual and precise modulation of gene expression. Furthermore, the identification of key transcription factors including PATZ1, PBX3, ZNF454, CTCF, and FEZF2 indicates the presence of an upstream regulatory layer that ensures coordinated expression of hub genes through transcriptional control and chromatin architecture organization. Conclusions Overall, the findings of the present study indicate that subfertility in cattle results from disruptions in multilayer and interconnected miRNA-gene-transcription factor regulatory networks. The proposed network framework may provide a valuable basis for identifying molecular biomarkers and for developing targeted breeding and management strategies aimed at improving reproductive efficiency in cattle. هدف: کاهش باروری در گاو، که ناشی از برهم‌کنش پیچیده عوامل ژنتیکی، متابولیکی، ایمنی و تکوینی است، یکی از مهم‌ترین چالش‌های زیستی - اقتصادی در صنعت دامپروری به‌شمار می‌رود و تهدیدی جدی برای پایداری سامانه‌های تولیدی محسوب می‌شود. هدف از این پژوهش، شناسایی ژن‌های هاب مرتبط با افت باروری گاو و تبیین سازوکارهای مولکولی آن‌ها در چارچوب شبکه‌های تنظیمی چندلایه miRNA - ژن–فاکتور رونویسی با رویکرد سیستم‌زیستی مبتنی بر شبکه بود. مواد و روش‌ها: در پژوهش کنونی، داده‌های بیان ژنی ۶ نمونه بارور و ۵ نمونه با باروری کم از پایگاه داده GEO (شماره دسترسی GSE107741) استخراج و پس از نرمال‌سازی، تحلیل بیان تفاضلی انجام شد. ژن‌های مرتبط با باروری با استفاده از تحلیل غنی‌سازی عملکردی انتخاب شده و شبکه تعامل پروتئین–پروتئین برای آن‌ها ساخته شد. ژن‌های هاب بر اساس شاخص‌های مرکزیت شناسایی و شبکه‌های تنظیمی شامل miRNAها و موتیف‌های پروموتری آن‌ها استخراج و به‌صورت یکپارچه ادغام شدند. نتایج: تحلیل شبکه‌ای منجر به شناسایی ژن‌های هاب IGF1، CD4، SPP1، ACAN و TGFB3 شد که نقش محوری در تنظیم مسیرهای ایمنی، رشد فولیکولی، عملکرد جسم زرد، بازسازی ماتریکس خارج‌سلولی، متابولیسم و تکوین جنینی ایفا می‌کنند. تحلیل تنظیم پسارونویسی نشان داد که بیان این ژن‌ها تحت کنترل هم‌زمان چندین miRNA مرتبط با باروری قرار دارد و شدت این تنظیم به اثر تجمعی این miRNAها وابسته است، که امکان تنظیم تدریجی و دقیق بیان ژن را فراهم می‌کند. همچنین، شناسایی فاکتورهای رونویسی کلیدی شامل PATZ1، PBX3، ZNF454، CTCF و FEZF2 نشان‌دهنده وجود یک لایه تنظیمی بالادستی بالقوه است که می‌تواند از طریق کنترل رونویسی و سازمان‌دهی معماری کروماتین، در تنظیم بیان ژن‌های هاب نقش داشته باشد. نتیجه‌گیری: در مجموع، نتایج این پژوهش نشان داد که ژن‌های هاب IGF1، CD4، SPP1، ACAN و TGFB3 در مرکز یک شبکه تنظیمی چندلایه قرار دارند که از طریق تعامل هم‌زمان miRNAها و فاکتورهای رونویسی، مسیرهای کلیدی مرتبط با ایمنی، بازسازی بافتی و تکوین جنینی را تنظیم می‌کند. این یافته‌ها بیانگر آن است که اختلال در هماهنگی این شبکه تنظیمی می‌تواند یکی از سازوکارهای مولکولی مؤثر در کم‌باروری گاو باشد و ژن‌ها و تنظیم‌کننده‌های شناسایی‌شده می‌توانند به‌عنوان اهداف بالقوه برای مطالعات عملکردی و برنامه‌های به‌نژادی آینده مدنظر قرار گیرند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5716_fd4771e85e1f916f239624486bff502d.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Effect of emulsifier supplementation on UCP3 gene expression in different tissues of broiler chickens اثر مکمل امولسیفایر روی بیان ژن UCP3 در بافت‌های مختلف جوجه های گوشتی 187 202 5717 10.22103/jab.2026.27816.1995 FA رعنا عربزاده مدنی پور دانشجوی کارشناسی ارشد بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، ایران. محمدرضا محمدآبادی استاد بخش علوم دامی دانشگاه شهید باهنر کرمان 0000-0002-1268-3043 محمد سالارمعینی استاد بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، ایران. 0000-0003-3240-8521 امین خضری استاد بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، ایران 0000-0002-5371-9831 اولنا بابنکو استادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه ملی کشاورزی بیلا تسرکوا، بیلا تسرکوا، اوکراین. 0000-0002-8404-3272 ایرینا تیتارنکو گروه علوم دامی، دانشگاه ملی کشاورزی بیلا تسرکوا، بیلا تسرکوا، اوکراین. 0000-0001-6703-2232 الکساندر کلاشنیک دانشگاه ملی کشاورزی سومی، سومی، اوکراین 0000-0003-2354-3473 ویکتور سلینکو دانشیار دانشگاه کشاورزی دولتی پولتاوا، اوکراین. 0000-0002-1673-5840 سویتلانا اوسنکو دانشیار، دانشگاه کشاورزی ایالتی پولتاوا، اوکراین 0000-0001-9263-5625 مهدی مومن بخش علوم جراحی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه ویسکانسین-مدیسون، مدیسون، ویسکانسین، ایالات متحده آمریکا 0000-0002-2562-2741 Journal Article 2026 08 07 Objective Emulsifiers can change the access of cells to fatty acids by increasing fat digestion and absorption and affect the pathways regulating energy metabolism. The Uncoupling Protein 3 (UCP3) gene is known as one of the genes related to mitochondrial function, fatty acid oxidation, and maintaining cellular energy balance. The aim of this study was to investigate the effect of dietary emulsifier supplementation on the relative expression of the UCP3 gene in different tissues of broiler chickens. Materials and methods In this experiment, 320 Ross broiler chickens were studied in a completely randomized design. The experimental treatments included four types of diets (basal diet, diet with a 5% reduction in protein, diet with a 100 kcal reduction in metabolic energy, and diet with a simultaneous reduction of 5% protein and 100 kcal of energy) at two levels of no consumption and consumption of emulsifier supplement. Each treatment included four replicates and each replicate included 10 chickens. After the end of the 42-day rearing period, femur muscle, breast muscle, liver and spleen tissue samples were collected and frozen in liquid nitrogen. Total RNA was extracted, cDNA was synthesized and UCP3 gene expression was assessed using Real-Time PCR. GAPDH gene was used as a reference gene and changes in gene expression were calculated using the 2^-ΔΔCt method. Results The results showed that emulsifier supplement caused a relative decrease in UCP3 gene expression in all tissues studied. In femur muscle, a decrease in UCP3 expression was observed compared to the control group, but this change was not statistically significant (P>0.05). In breast muscle, emulsifier consumption caused a significant decrease in UCP3 gene expression (P<0.01). Also, the greatest decrease in expression was observed in liver tissue, which was statistically highly significant (P<0.001). In contrast, changes in UCP3 expression in spleen tissue were not significant. Conclusion Based on the results of this study, emulsifier supplementation, in addition to possibly improving dietary fat utilization, can modulate the expression of gene related to energy metabolism in different tissues of broiler chickens. The decrease in UCP3 expression in breast muscle and liver probably indicates an improvement in cellular energy status, a decrease in mitochondrial metabolic stress, and a decrease in the need to activate adaptive pathways related to fatty acid oxidation. These findings highlight the importance of investigating molecular responses to nutritional additives alongside performance indicators and could help develop more precise nutritional strategies in the poultry industry. هدف: امولسیفایرها با افزایش هضم و جذب چربی می‌توانند دسترسی سلول‌ها به اسیدهای چرب را تغییر داده و بر مسیرهای تنظیم‌کننده متابولیسم انرژی اثرگذار باشند. ژن Uncoupling Protein 3 (UCP3) به‌عنوان یکی از ژن‌های مرتبط با عملکرد میتوکندری، اکسیداسیون اسیدهای چرب و حفظ تعادل انرژی سلولی شناخته می‌شود. هدف از این پژوهش، بررسی اثر مکمل امولسیفایر جیره بر بیان نسبی ژن UCP3 در بافت‌های مختلف جوجه‌های گوشتی بود. مواد و روش‌ها: در این آزمایش، تعداد 320 قطعه جوجه گوشتی نژاد راس در قالب طرح کاملاً تصادفی مورد بررسی قرار گرفتند. تیمارهای آزمایشی شامل چهار نوع جیره (جیره پایه، جیره با کاهش 5 درصد پروتئین، جیره با کاهش 100 کیلوکالری انرژی متابولیسمی، و جیره با کاهش همزمان 5 درصد پروتئین و 100 کیلوکالری انرژی) در دو سطح عدم مصرف و مصرف مکمل امولسیفایر بود. هر تیمار شامل چهار تکرار و هر تکرار شامل 10 قطعه جوجه بود. پس از پایان دوره پرورش 42 روزه، نمونه‌های بافت عضله ران، عضله سینه، کبد و طحال جمع‌آوری و در نیتروژن مایع منجمد شدند. RNA کل استخراج، cDNA سنتز و بیان ژن UCP3 با استفاده از Real-Time PCR ارزیابی شد. ژن GAPDH به‌عنوان ژن مرجع مورد استفاده قرار گرفت و تغییرات بیان ژن با روش 2^-ΔΔCt محاسبه شد. نتایج: نتایج نشان داد که مکمل امولسیفایر موجب کاهش بیان نسبی ژن UCP3 در تمامی بافت‌های مورد بررسی گردید. در عضله ران، کاهش بیان UCP3 نسبت به گروه شاهد مشاهده شد، اما این تغییر از نظر آماری معنی‌دار نبود (P>0.05). در عضله سینه، مصرف امولسیفایر موجب کاهش معنی‌دار بیان ژن UCP3 شد. (P<0.01). همچنین، در بافت کبد بیشترین کاهش بیان مشاهده شد که از نظر آماری بسیار معنی‌دار بود (P<0.001). در مقابل، تغییرات بیان UCP3 در بافت طحال معنی‌دار نبود (P>0.05). نتیجه‌گیری: بر اساس نتایج این مطالعه، مکمل امولسیفایر علاوه بر بهبود احتمالی استفاده از چربی جیره، می‌تواند موجب تعدیل بیان ژن‌های مرتبط با متابولیسم انرژی در بافت‌های مختلف جوجه‌های گوشتی شود. کاهش بیان UCP3 در عضله سینه و کبد احتمالاً نشان‌دهنده بهبود وضعیت انرژی سلولی، کاهش فشار متابولیکی میتوکندری و کاهش نیاز به فعال شدن مسیرهای سازگاری مرتبط با اکسیداسیون اسیدهای چرب است. این یافته‌ها اهمیت بررسی پاسخ‌های مولکولی ناشی از افزودنی‌های تغذیه‌ای را در کنار شاخص‌های عملکردی نشان می‌دهد و می‌تواند به توسعه راهبردهای دقیق‌تر تغذیه‌ای در صنعت طیور کمک کند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5717_dae3312c4c6c7000a37ecfb7b0aeb0e4.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Biosynthesis of ZnO nanoparticles from plant extracts and using them to remove wastewater bacteria سنتز زیستی نانوذرات اکسید روی (ZnO) با استفاده از عصاره‌های گیاهی و کاربرد آن‌ها در حذف باکتری‌های فاضلاب 203 228 5517 10.22103/jab.2026.26832.1852 FA هاله فائز الجواهری دانشکده علوم، دانشگاه بابل، ۵۱۰۰۱، بابل، عراق. 0000-0001-9190-4301 نور س. ناجی دانشکده علوم، دانشگاه بابل، ۵۱۰۰۱، بابل، عراق. 0000-0002-6800-4353 اثیر س. ن. العزاوی علوم محیط‌زیست، دانشگاه القاسم سبز، ۵۱۰۰۱، بابل، عراق 0000-0001-6228-7412 Journal Article 2026 02 14 Objective The aim of this study was to investigate the antibacterial efficacy of greenly synthesized zinc oxide nanoparticles (ZnO NPs). These nanoparticles were prepared using eucalyptus and green tea extracts for wastewater treatment applications. Another aim was to compare the antibacterial performance of plant extracts alone with ZnO nanoparticles used at different concentrations to determine their practical potential for wastewater disinfection. Materials and Methods Plant extracts were first evaluated as control treatments. aqueous extracts of Eucalyptus leaves and green tea as reducing and stabilizing agents were used to synthesize ZnO nanoparticles. The synthesized nanoparticles were applied to wastewater samples at two concentrations (0.5 g and 1 g per 100 mL). Controlled laboratory conditions were used to incubate treated samples before analysis. Antibacterial activity was assessed through total bacterial count reduction. Scanning electron microscopy (SEM) was used to observe surface morphology and structural damage of bacterial cells. Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) was performed to confirm nanoparticle formation and detect functional group changes. Results Compared to herbal extracts alone, we observed a significant reduction in total bacterial counts after treatment with ZnO nanoparticles. The removal efficiency increased in the following order: plant extract < 0.5 g ZnO nanoparticles < 1 g ZnO nanoparticles, indicating a clear dose-dependent response. SEM images demonstrated cell wall disruption, deformation, and reduced bacterial attachment on treated samples, especially at the higher nanoparticle concentration. FTIR analysis revealed a decrease in the intensity of organic and bacterial-related functional groups after treatment. This observation was along with the appearance of characteristic ZnO absorption bands. It confirmed successful nanoparticle synthesis and structural stability. Conclusion The results of this study showed that compared to plant extracts alone, ZnO nanoparticles synthesized by green method have better antibacterial activity. The antibacterial performance increased with concentration, demonstrating a strong concentration-effect relationship. According to the results of this study, it can be concluded that greenly synthesized ZnO nanoparticles can be proposed as an efficient, sustainable and environmentally friendly material for wastewater treatment and microbial control. هدف: هدف از این پژوهش، بررسی کارایی ضدباکتریایی نانوذرات اکسید روی (ZnO) سنتز‌شده به روش سبز بود. این نانوذرات با استفاده از عصاره‌های اکالیپتوس و چای سبز برای کاربرد در تصفیه فاضلاب تهیه شدند. همچنین، مقایسه عملکرد ضدباکتریایی عصاره‌های گیاهی به‌تنهایی با نانوذرات ZnO در غلظت‌های مختلف، به‌منظور ارزیابی پتانسیل عملی آن‌ها در گندزدایی فاضلاب، از دیگر اهداف این مطالعه بود. مواد و روش‌ها: ابتدا عصاره‌های گیاهی به‌عنوان تیمارهای شاهد ارزیابی شدند. عصاره‌های آبی برگ اکالیپتوس و چای سبز به‌عنوان عوامل کاهنده و پایدارکننده برای سنتز نانوذرات ZnO مورد استفاده قرار گرفتند. نانوذرات سنتز‌شده در دو غلظت (5/0 گرم و ۱ گرم در ۱۰۰ میلی‌لیتر) به نمونه‌های فاضلاب افزوده شدند. نمونه‌های تیمار‌شده تحت شرایط کنترل‌شده آزمایشگاهی انکوبه شدند و سپس مورد تجزیه‌وتحلیل قرار گرفتند. فعالیت ضدباکتریایی از طریق کاهش شمارش کل باکتری‌ها ارزیابی شد. برای بررسی مورفولوژی سطح و آسیب ساختاری سلول‌های باکتریایی از میکروسکوپ الکترونی روبشی (SEM) استفاده گردید. همچنین طیف‌سنجی تبدیل فوریه مادون قرمز (FTIR) برای تأیید تشکیل نانوذرات و شناسایی تغییرات گروه‌های عاملی انجام شد. نتایج: در مقایسه با عصاره‌های گیاهی به‌تنهایی، پس از تیمار با نانوذرات ZnO کاهش معنی‌داری در شمارش کل باکتری‌ها مشاهده شد. کارایی حذف به ترتیب زیر افزایش یافت: عصاره گیاهی<5/0 گرم نانوذرات ZnO< ۱ گرم نانوذرات ZnO، که نشان‌دهنده پاسخ وابسته به دوز بود. تصاویر SEM تخریب دیواره سلولی، تغییر شکل و کاهش اتصال باکتری‌ها را در نمونه‌های تیمار‌شده، به‌ویژه در غلظت بالاتر نانوذرات، نشان دادند. نتایج FTIR کاهش شدت گروه‌های عاملی آلی و مرتبط با باکتری‌ها را پس از تیمار، همراه با ظهور باندهای جذبی مشخصه ZnO که بیانگر سنتز موفق نانوذرات و پایداری ساختاری آن‌ها بود نشان داد. نتیجه‌گیری: نتایج این پژوهش نشان داد که نانوذرات ZnO سنتز‌شده به روش سبز در مقایسه با عصاره‌های گیاهی به‌تنهایی، فعالیت ضدباکتریایی بالاتری دارند. عملکرد ضدباکتریایی با افزایش غلظت نانوذرات تقویت شد که بیانگر رابطه قوی غلظت-اثر است. بر اساس یافته‌های این مطالعه، نانوذرات ZnO سنتز‌شده به روش سبز می‌توانند به‌عنوان ماده‌ای کارآمد، پایدار و دوستدار محیط‌زیست برای تصفیه فاضلاب و کنترل میکروبی پیشنهاد شوند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5517_6c7cd904122e623ce625613d6af337c4.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Ameliorative effects of banana peel extract against malathion-induced reproductive toxicity in female rats اثرات بهبوددهنده عصاره پوست موز در برابر سمیت تولیدمثلی ناشی از مالاتیون در موش‌های صحرایی ماده 229 244 5518 10.22103/jab.2026.27084.1883 FA حسین فاضل گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه بابل، حله، عراق. 0000-0002-8547-2941 حسین جاسم الحربی دانشگاه الزهراوی، دانشکده علوم، کربلا، عراق. بتول محمد حسن العدیلی گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه بابل، حله، عراق Journal Article 2026 05 02 Objective Oxidative imbalance and reproductive dysfunction have been increasingly linked to exposure to malathion, a widely used organophosphate pesticide. This study evaluated the effects of subchronic oral malathion exposure on antioxidant status, reproductive hormones, and the histological architecture of ovarian and uterine tissues in female rats. Banana peel extract (BPE) was first characterized for antioxidant activity and selected phytochemical contents, and then assessed for its potential protective role against malathion-induced reproductive alterations. Materials and methods Forty adult nulliparous female rats (12 weeks old) were randomly assigned to eight groups (n = 5). The animals were orally treated for 30 consecutive days with distilled water (control), BPE (525 mg/kg), malathion at three doses (30, 90, or 150 mg/kg), or the corresponding malathion and BPE combinations. BPE was prepared using 50% acetone-water extraction and characterized by DPPH radical-scavenging activity and selected phytochemical measurements. Sampling was performed during the diestrus phase to reduce estrous cycle-related hormonal variation. Serum total antioxidant capacity (TAC), estradiol, and progesterone were measured, and ovarian and uterine tissues were examined histologically. Results BPE showed DPPH radical-scavenging activity, with an IC₅₀ value of 25.1 µg/mL, and contained measurable amounts of total tannins, total phenolics, total flavonoids, and dopamine. Malathion exposure induced dose-dependent reductions in serum TAC, estradiol, and progesterone. These changes were accompanied by ovarian and uterine histopathological alterations, including ovarian atrophy, stromal degeneration, hyalinization, epithelial desquamation, glandular alterations, and stromal thickening. Co-administration of BPE improved serum TAC, partially restored estradiol and progesterone levels, and was associated with less severe histological alterations compared with the corresponding malathion-treated groups. This improvement was more evident at the low and moderate malathion doses, whereas the protective response was limited at the highest dose. Conclusion Subchronic malathion exposure was associated with impaired antioxidant status, reduced reproductive hormone levels, and structural damage in ovarian and uterine tissues of female rats. Co-administration of BPE provided partial protection against these changes, most likely through its antioxidant phytochemical constituents. The protective response appeared to vary according to malathion dose, suggesting that the effect of BPE was dose-dependent rather than complete across all exposure levels. هدف: عدم تعادل اکسیداتیو و اختلالات تولیدمثلی به‌طور فزاینده‌ای با مواجهه با مالاتیون، یکی از آفت‌کش‌های ارگانوفسفره پرکاربرد، مرتبط شناخته شده‌اند. هدف این مطالعه بررسی اثرات مواجهه خوراکی نیمه‌مزمن با مالاتیون بر وضعیت آنتی‌اکسیدانی، هورمون‌های تولیدمثلی و ساختار بافت‌شناسی تخمدان و رحم در موش‌های ماده بود. همچنین، عصاره پوست موز ابتدا از نظر فعالیت آنتی‌اکسیدانی و برخی ترکیبات فیتوشیمیایی مورد ارزیابی قرار گرفت و سپس نقش حفاظتی احتمالی آن در برابر تغییرات تولیدمثلی ناشی از مالاتیون بررسی شد. مواد و روش‌ها: در این مطالعه، 40 سر موش صحرایی ماده بالغ و فاقد سابقه زایمان (12 هفته‌ای) به‌صورت تصادفی در هشت گروه (هر گروه 5 حیوان) تقسیم شدند. حیوانات به مدت 30 روز متوالی به‌صورت خوراکی با آب مقطر (گروه شاهد)، عصاره پوست موز (525 میلی‌گرم بر کیلوگرم)، مالاتیون در سه دوز 30، 90 و 150 میلی‌گرم بر کیلوگرم، یا ترکیب هر یک از دوزهای مالاتیون همراه با عصاره پوست موز تیمار شدند. عصاره پوست موز با استفاده از حلال استون-آب 50 درصد تهیه و از نظر فعالیت مهار رادیکال آزاد DPPH و برخی ترکیبات فیتوشیمیایی ارزیابی شد. ظرفیت تام آنتی‌اکسیدانی سرم، استرادیول و پروژسترون اندازه‌گیری شد و بافت‌های تخمدان و رحم از نظر بافت‌شناسی مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج: عصاره پوست موز فعالیت مهارکنندگی رادیکال آزاد DPPH را با مقدار IC₅₀ برابر با 1/25 میکروگرم بر میلی‌لیتر نشان داد و حاوی مقادیر قابل اندازه‌گیری تانن کل، ترکیبات فنولی کل، فلاونوئیدهای کل و دوپامین بود. مواجهه با مالاتیون باعث کاهش وابسته به دوز در ظرفیت تام آنتی‌اکسیدانی سرم، استرادیول و پروژسترون شد. این تغییرات با ضایعات بافت‌شناسی در تخمدان و رحم همراه بود که شامل آتروفی تخمدان، تخریب استروما، هیالینیزاسیون، ریزش اپی‌تلیوم، تغییرات غددی و ضخیم‌شدن استروما می‌شد. تجویز همزمان عصاره پوست موز موجب بهبود ظرفیت تام آنتی‌اکسیدانی سرم، بازگشت نسبی سطوح استرادیول و پروژسترون و کاهش شدت تغییرات بافتی در مقایسه با گروه‌های دریافت‌کننده مالاتیون شد. این اثر محافظتی در دوزهای پایین و متوسط مالاتیون آشکارتر بود، در حالی که در بالاترین دوز، میزان حفاظت محدودتر مشاهده شد. نتیجه‌گیری: مواجهه نیمه‌مزمن با مالاتیون با کاهش وضعیت آنتی‌اکسیدانی، افت سطح هورمون‌های تولیدمثلی و آسیب ساختاری در بافت‌های تخمدان و رحم موش‌های ماده همراه بود. تجویز همزمان عصاره پوست موز تا حدودی از این تغییرات جلوگیری کرد که احتمالاً ناشی از ترکیبات آنتی‌اکسیدانی و فیتوشیمیایی موجود در آن است. به نظر می‌رسد اثر حفاظتی عصاره پوست موز به دوز مالاتیون وابسته بوده و در تمامی سطوح مواجهه به‌طور کامل یکسان نبوده است.

https://jab.uk.ac.ir/article_5518_add5aebfcb33a2206b6497d53bc4f309.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Prevalence and molecular characterization of Cryptosporidium parvum in pet lovebirds from Babylon province, Iraq شیوع و شناسایی مولکولی Cryptosporidium parvum در مرغ عشق‌های زینتی استان بابل، عراق 245 258 5519 10.22103/jab.2026.27289.1925 FA سُهى فیصل سلمان گروه انگل‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم الخضراء، بابل 51013، عراق. صفاء م. کریم گروه انگل‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم الخضراء، بابل 51013، عراق 0000-0003-3885-5891 Journal Article 2026 05 25 Objective Cryptosporidium parvum is a globally important enteric protozoan with recognized veterinary and zoonotic significance; however, data on its occurrence in pet birds in Iraq remain limited. The aim of this study was to investigate the prevalence of Cryptosporidium parvum in pet lovebirds (Agapornis spp.) in Babylon Province, Iraq, using both conventional microscopic methods and molecular techniques. It also aimed to characterize the detected isolates through sequence and phylogenetic analyses. Materials and methods A total of 100 fecal samples were collected from pet lovebirds in various farm locations in Babylon, Iraq between October 2025 and January 2026. The Ziehl Neelsen stain was applied for the detection of Cryptosporidium parvum. Molecular detection of Cryptosporidium parvum was performed using a nested polymerase chain reaction (nested-PCR) targeting the partial region of the 18S rRNA gene. DNA was extracted from fecal samples. Polymerase chain reactions (PCR) with 50 μL final volume were performed. PCR products were electrophoresed on 1% agarose gel. Ten representative PCR-positive samples were selected for sequencing analysis. The Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 11 (MEGA11) software made the phylogram, and Clustal W did the alignments. The NCBI blast n server was used to compare the sequences. SPSS software was used to analyze the data. Results Molecular analysis revealed a significantly higher prevalence (34%, 34/100) compared to microscopic detection (21%, 21/100) (χ² = 6.70, p < 0.05), highlighting the superior sensitivity of PCR-based methods. Sequence analysis of the partial 18S rRNA gene showed the highest similarity to Cryptosporidium parvum isolates deposited in GenBank (99.15-99.79%). Phylogenetic tree analysis (PX907836, PX907837, PX907838, PX907839, PX907840, PX907841, PX907842, PX907843, PX907844, PX907845) targeting the partial 18S rRNA gene demonstrated that all isolates clustered closely with international reference strains, indicating low genetic divergence and possible epidemiological linkage. Spatial distribution showed the highest prevalence in Al-Kifl district (44%, 11/25), followed by Al-Hilla (36%, 9/25), while lower rates were observed in Al-Hashimia and Al-Musayyib (28%, 7/25 each), with no significant variation (p > 0.05). Minimal differences were observed between males (35.3%, 23/65) and females (31.4%, 11/35). Conclusion Collectively, these findings confirm the endemic presence of Cryptosporidium parvum in pet birds in Babylon Province and emphasize the importance of integrating molecular and phylogenetic approaches to enhance diagnostic accuracy and better understand transmission dynamics. هدف: Cryptosporidium parvum یک پروتوزوآی روده‌ای مهم در سطح جهانی است که از نظر دامپزشکی و بیماری‌زایی مشترک بین انسان و حیوان اهمیت دارد، اما اطلاعات مربوط به حضور آن در پرندگان خانگی در عراق محدود است. هدف این مطالعه بررسی شیوع Cryptosporidium parvum در مرغ عشق‌های زینتی (Agapornis spp.) در استان بابل عراق با استفاده از روش‌های میکروسکوپی متداول و تکنیک‌های مولکولی بود. همچنین، شناسایی ایزوله‌های به‌دست‌آمده از طریق آنالیز توالی و بررسی فیلوژنتیکی انجام شد. مواد و روش‌ها: تعداد 100 نمونه مدفوع از مرغ عشق‌های زینتی در مناطق مختلف پرورش در استان بابل، عراق، بین اکتبر 2025 تا ژانویه 2026 جمع‌آوری شد. برای شناسایی Cryptosporidium parvum از رنگ‌آمیزی زیل-نیلسن استفاده شد. تشخیص مولکولی با استفاده از نستد PCR (Nested-PCR) و با هدف تکثیر بخشی از ژن 18S rRNA انجام گرفت. DNA از نمونه‌های مدفوع استخراج شد و واکنش PCR با حجم نهایی 50 میکرولیتر انجام شد. محصولات PCR بر روی ژل آگارز 1٪ الکتروفورز شدند. ده نمونه مثبت به عنوان نماینده نمونه‌ها برای تعیین توالی انتخاب گردید. نرم‌افزار MEGA11 برای ترسیم درخت فیلوژنتیکی و Clustal W برای هم‌ترازی توالی‌ها استفاده شد. مقایسه توالی‌ها با استفاده از سرور BLAST در NCBI انجام گرفت و داده‌ها با نرم‌افزار SPSS تحلیل شدند. نتایج: آنالیز مولکولی، شیوع به‌طور معنی‌داری بالاتری (34%) نسبت به روش میکروسکوپی (21%) نشان داد (χ² = 6.70, p < 0.05) که بیانگر حساسیت بیشتر روش‌های مبتنی بر PCR است. تحلیل توالی بخشی از ژن 18S rRNA بیشترین شباهت را با ایزوله‌های Cryptosporidium parvum ثبت‌شده در GenBank (بین 15/99% تا 79/99%) نشان داد. بررسی درخت فیلوژنتیکی برای ایزوله‌های PX907836 تا PX907845 نشان داد که همه آن‌ها به‌طور نزدیک با سویه‌های مرجع بین‌المللی خوشه‌بندی می‌شوند و اختلاف ژنتیکی کمی دارند که می‌تواند نشان‌دهنده ارتباط اپیدمیولوژیک باشد. از نظر توزیع جغرافیایی، بیشترین شیوع در منطقه الکفل (44%) مشاهده شد، پس از آن الحله (36%)، در حالی که مناطق الهاشمیه و المسیب کمترین میزان (هر کدام 28%5) را نشان دادند و این تفاوت‌ها از نظر آماری معنی‌دار نبودند (p > 0.05). همچنین تفاوت اندکی بین نرها (3/35%) و ماده‌ها (4/31%) مشاهده شد. نتیجه‌گیری: مجموعه یافته‌های این مطالعه حضور بومی Cryptosporidium parvum را در پرندگان خانگی استان بابل تأیید می‌کند و بر اهمیت استفاده هم‌زمان از روش‌های مولکولی و فیلوژنتیکی برای افزایش دقت تشخیص و درک بهتر الگوهای انتقال تأکید دارد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5519_7b6982e584636e6a1cda934f1410299c.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Molecular identification and genetic diversity analysis of Ocimum basilicum L. using chloroplast matK sequences and Genome-wide SNP markers شناسایی مولکولی و تحلیل تنوع ژنتیکی ریحان با استفاده از توالی های کلروپلاستی متکا و نشانگرهای اسنیپ در سطح کل ژنوم 259 276 5520 10.22103/jab.2026.27125.1888 FA اُلا هاتف حازم دانشکده علوم، دانشگاه المستنصریه، بغداد، عراق. 0000-0002-4435-2417 میثم احسان علی الحسنی دانشکده علوم، دانشگاه المستنصریه، بغداد، عراق. 0009-0008-1711-7682 زینه امیر عبود دانشکده علوم، دانشگاه المستنصریه، بغداد، عراق. 0009-0005-9991-587X Journal Article 2026 05 07 Objective The economically significant aromatic crop sweet basil (Ocimum basilicum L.) needs thorough genetic analysis for breeding optimization and germplasm conservation. To clarify genetic diversity and population organization in farmed basil, we combined genome-wide SNP markers with chloroplast DNA barcoding (matK). Materials and methods A total of thirty different cultivated O. basilicum accessions were analyzed (10 accessions from three distinct geographic locations) in Baghdad, Iraq. The matK gene from each accession was amplified and sequenced using the Sanger sequencing. Genomic SNPs were generated using the genotyping-by-sequencing (GBS) method. After passing a quality control assessment, 6234 of the SNPs were considered valid high-quality SNPs. Genetic diversity, population structure, and differentiation were analyzed using haplotype analysis, STRUCTURE analysis, principal coordinates analysis (PCA), and statistical evaluation methods, including analysis of molecular variance (AMOVA) and Fst pairwise statistics. Results MatK sequencing revealed moderate genetic diversity among eight haplotypes was observed (Hd = 0.685 ± 0.045), whereas an excess of heterozygotes was identified in the SNP analysis (Ho = 0.092 ± 0.038; He = 0.251 ± 0.072; Fis = 0.634 ± 0.089; P < 0.001). Bayesian clustering suggests three genetically distinct populations (K = 3), while AMOVA results indicate 24.3% of the overall genetic variation is attributed to the population (Φst = 0.243, P < 0.001). Collectively, SNP markers exhibit relatively greater resolution than matK and demonstrate a moderate degree of correlation with matK-based genetic relationships (Mantel r = 0.523, P = 0.002). Conclusions Independent conservation is required for three genetically distinct populations with limited gene flow. The pronounced heterozygote deficit suggests that crosses between genetically distinct populations may enhance heterosis in breeding programs. Our results provide new biological insights into the genetic architecture of cultivated basil. These insights include the presence of three well-defined genetic clusters, a strong but structured lack of heterozygosity, and partial concordance between the chloroplast and nuclear genomes. These findings could improve our understanding of gene flow, domestication effects, and population differentiation in O. basilicum. Furthermore, they could provide a genomic framework for future breeding and conservation strategies. هدف: ریحان شیرین (Ocimum basilicum L.) یکی از گیاهان معطر و اقتصادی مهم است که برای بهینه‌سازی برنامه‌های اصلاح نژادی و حفاظت از ذخایر ژرم‌پلاسم، نیازمند مطالعات ژنتیکی جامع می‌باشد. هدف این پژوهش، بررسی تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیتی ریحان‌های کشت‌شده با استفاده از ترکیب روش بارکدگذاری DNA کلروپلاستی (matK) و نشانگرهای تک‌نوکلئوتیدی گسترده در سراسر ژنوم (SNP) بود. مواد و روش‌ها: در این مطالعه، 30 نمونه ژنتیکی (اکسشن) مختلف از O. basilicum مورد بررسی قرار گرفتند (10 اکسشن از هر یک از سه منطقه جغرافیایی متفاوت در بغداد، عراق). ژن matK از تمامی نمونه‌ها تکثیر و با استفاده از روش تعیین توالی سانگر (Sanger Sequencing) توالی‌یابی شد. همچنین، نشانگرهای SNP ژنومی با استفاده از روش تعیین ژنوتیپ مبتنی بر توالی‌یابی (GBS؛ Genotyping-by-Sequencing) تولید شدند. پس از کنترل کیفیت داده‌ها، تعداد 6234 نشانگر SNP با کیفیت بالا برای تحلیل‌های بعدی تأیید گردید. تنوع ژنتیکی، ساختار جمعیت و میزان تمایز ژنتیکی با استفاده از تحلیل هاپلوتیپی، نرم‌افزار STRUCTURE، تحلیل مختصات اصلی (PCA)، تحلیل واریانس مولکولی (AMOVA) و شاخص‌های Fst مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج: توالی‌یابی ژن matK وجود تنوع ژنتیکی متوسط را در قالب هشت هاپلوتیپ نشان داد (Hd = 0.685 ± 0.045؛ π = 0.0076 ± 0.0012). در مقابل، تحلیل SNPها کمبود قابل توجه هتروزیگوت‌ها را آشکار ساخت (Ho = 0.092 ± 0.038؛ He = 0.251 ± 0.072؛ Fis = 0.634 ± 0.089؛ P < 0.001). خوشه‌بندی بیزی سه جمعیت ژنتیکی متمایز (K = 3) را شناسایی کرد. نتایج تحلیل AMOVA نشان داد که 3/24 درصد از کل تنوع ژنتیکی به تفاوت میان جمعیت‌ها مربوط می‌شود (Φst = 0.243؛ P < 0.001). به‌طور کلی، نشانگرهای SNP نسبت به ژن matK قدرت تفکیک بیشتری داشتند و همبستگی متوسطی میان روابط ژنتیکی حاصل از این دو روش مشاهده شد (Mantel r = 0.523؛ P = 0.002). نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان می‌دهد که سه جمعیت ژنتیکی متمایز با جریان ژنی محدود وجود دارند که برای حفظ تنوع ژنتیکی، نیازمند برنامه‌های حفاظتی مستقل هستند. کمبود چشمگیر هتروزیگوت‌ها بیانگر آن است که تلاقی بین جمعیت‌های ژنتیکی متمایز می‌تواند موجب افزایش هتروزیس (برتری دورگه‌ای) در برنامه‌های اصلاح نباتات شود. یافته‌های این پژوهش بینش‌های جدیدی درباره ساختار ژنتیکی ریحان کشت‌شده فراهم می‌کند؛ از جمله وجود سه خوشه ژنتیکی مشخص، کمبود ساختارمند هتروزیگوت‌ها و همخوانی نسبی میان ژنوم کلروپلاستی و ژنوم هسته‌ای. این نتایج می‌توانند در درک بهتر جریان ژنی، اثرات اهلی‌سازی، تمایز جمعیت‌ها و تدوین راهبردهای آینده برای اصلاح و حفاظت ژنتیکی ریحان مؤثر باشند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5520_3557a86db669836730d946052d988e46.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 The effect of purified condensed tannins of the flowers of plane trees on the malignant activities of breast cancer cells تأثیر تانن‌های متراکم خالص‌شده گل‌های درخت چنار بر فعالیت‌های بدخیم سلول‌های سرطان پستان 277 296 5563 10.22103/jab.2026.27225.1908 FA محمد عبدالمالک علی البدهاوی مؤسسه مهندسی ژنتیک و بیوتکنولوژی، دانشگاه بغداد، بغداد 10011، عراق 0000-0003-1441-8339 سارا مهدی اللامی مؤسسه مهندسی ژنتیک و بیوتکنولوژی، دانشگاه بغداد، بغداد 10011، عراق 0009-0004-8240-5083 رامی التمیمی مؤسسه مهندسی ژنتیک و بیوتکنولوژی، دانشگاه بغداد، بغداد 10011، عراق 0009-0008-7272-1831 محمد مونس دخیل دانشکده دامپزشکی، دانشگاه بغداد، بغداد 10011، عراق 0000-0002-1938-8098 صفاء احسان عطا مرکز آموزش‌های مداوم، دانشگاه المستنصریه، بغداد 14022، عراق 0009-0004-8252-9967 Journal Article 2026 05 16 Objective Platanus (plane tree) flowers are rich in condensed tannins (CTs), which have been reported to possess various bioactive properties. However, their specific anti-cancer effects on triple-negative breast cancer cells remain poorly characterized. This study aimed to evaluate the dose-dependent effects of purified Platanus flower CTs on cellular proliferation, migration, and the expression of key malignant-related genes (PCNA and MMP9) in MDA-MB-231 breast cancer cells. Materials and methods MDA-MB-231 cells were treated with serial concentrations of purified Platanus flower CTs (1.25, 2.5, and 5 mg/mL). Cellular proliferation was assessed by calculating doubling time using time-lapse microscopy and ImageJ single-cell tracking. Migration was evaluated using a wound-healing assay. Gene expression levels of Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA) and Matrix Metallopeptidase 9 (MMP9) were measured by RT-qPCR. Cell division rates and wound-healing migration were continuously monitored using the Axio Imager time-lapse system. Statistical analyses were conducted using GraphPad Prism software Results Time-lapse analyses showed a clear dose-dependent response. Higher CT concentrations (2.5 and 5 mg/mL) induced complete cell death within the first hour. Treatment at 1.25 mg/mL produced a potent cytostatic effect without acute toxicity, significantly extending the doubling time from approximately 18 hours (control) to approximately 22 hours (P < 0.05). The wound-healing assay revealed significantly reduced wound closure (65-75%) after 24 hours compared to control (80-95%; P < 0.05). Molecular analysis demonstrated that 1.25 mg/mL CTs downregulated PCNA expression by 65% and MMP9 expression by 40%. The pattern of differential gene expression observed herein is fully concordant with both proliferation and migration assays. Conclusions Purified condensed tannins isolated from Platanus flowers demonstrate significant anti-malignant activity against MDA-MB-231 triple-negative breast cancer cells through a dual mechanism: suppressing proliferation via PCNA downregulation and inhibiting migration via MMP9 downregulation. These findings support the potential of Platanus flower CTs as promising candidates for anti-cancer drug development. هدف: گل‌های درخت چنار سرشار از تانن‌های متراکم هستند که دارای ویژگی‌های زیست‌فعال متعددی گزارش شده‌اند. با این حال، اثرات ضدسرطانی اختصاصی این ترکیبات بر سلول‌های سرطان پستان سه‌گانه منفی هنوز به‌خوبی شناخته نشده است. هدف پژوهش، ارزیابی اثرات وابسته به دوز این ترکیبات بر تکثیر سلولی، مهاجرت سلولی و بیان ژن‌های کلیدی مرتبط با بدخیمی (PCNA و MMP9) در سلول‌های سرطان پستان MDA-MB-231 بود. مواد و روش‌ها: سلول‌های MDA-MB-231 با غلظت‌های متوالی تانن‌های متراکم خالص‌شده گل چنار (25/1، 5/2 و 5 میلی‌گرم بر میلی‌لیتر) تیمار شدند. تکثیر سلولی از طریق محاسبه زمان دوبرابر شدن سلول‌ها با استفاده از میکروسکوپی تایم‌لپس (Time-lapse) و رهگیری تک‌سلولی توسط نرم‌افزار ImageJ ارزیابی شد. مهاجرت سلولی با استفاده از آزمون ترمیم زخم مورد بررسی قرار گرفت. میزان بیان ژن‌های آنتی‌ژن هسته‌ای سلول‌های در حال تکثیر (PCNA) و متریکس متالوپپتیداز 9 به روش RT-qPCR اندازه‌گیری شد. نرخ تقسیم سلولی و مهاجرت ناشی از ترمیم زخم به‌طور مداوم با استفاده از سامانه تصویربرداری زمان‌گریز Axio Imager پایش گردید. تحلیل‌های آماری با نرم‌افزار GraphPad Prism انجام شد. یافته‌ها تحلیل‌های تایم‌لپس پاسخ وابسته به دوز آشکاری را نشان دادند. غلظت‌های بالاتر تانن‌های متراکم (5/2 و 5 میلی‌گرم بر میلی‌لیتر) موجب مرگ کامل سلول‌ها در ساعت نخست تیمار شدند. تیمار با غلظت 25/1 میلی‌گرم بر میلی‌لیتر بدون ایجاد سمیت حاد، اثر سیتواستاتیک (مهارکننده رشد سلولی) قوی ایجاد کرد و زمان دوبرابر شدن سلول‌ها را به‌طور معنی‌داری از حدود 18 ساعت در گروه شاهد به حدود 22 ساعت افزایش داد (P<0.05). نتایج آزمون ترمیم زخم نیز کاهش معنی‌دار بسته‌شدن زخم را پس از 24 ساعت نشان داد؛ به‌طوری که میزان ترمیم زخم در گروه‌های تیمارشده 65 تا 75 درصد بود، در حالی که این مقدار در گروه شاهد بین 80 تا 95 درصد مشاهده شد (P<0.05). بررسی‌های مولکولی نشان داد که تیمار با 25/1 میلی‌گرم بر میلی‌لیتر تانن متراکم، بیان ژن PCNA را 65 درصد و بیان ژن MMP9 را 40 درصد کاهش می‌دهد. الگوی تغییرات بیان ژنی مشاهده‌شده کاملاً با نتایج آزمون‌های تکثیر و مهاجرت سلولی همخوانی داشت. نتیجه‌گیری: تانن‌های متراکم خالص‌شده جداشده از گل‌های چنار، فعالیت ضدبدخیمی قابل‌توجهی علیه سلول‌های سرطان پستان سه‌گانه منفی MDA-MB-231 نشان دادند. این اثر از طریق دو سازوکار اصلی اعمال می‌شود: مهار تکثیر سلولی از طریق کاهش بیان ژن PCNA و مهار مهاجرت سلولی از طریق کاهش بیان ژن MMP9. یافته‌های این پژوهش نشان می‌دهد که تانن‌های متراکم گل چنار می‌توانند به‌عنوان گزینه‌های امیدوارکننده‌ای برای توسعه داروهای ضدسرطان مورد توجه قرار گیرند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5563_d02e9bdc27a894e882fa0c9055c99722.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Combined effects of Ganoderma lucidum filtrate and sodium bicarbonate on the growth and Fumonisin B2 producing Aspergillus niger isolated from bean grains اثرات ترکیبی فیلتراسیون Ganoderma lucidum و بی‌کربنات سدیم بر رشد و Aspergillus niger تولیدکننده فومونیزین B2 جداشده از دانه‌های لوبیا 297 314 5564 10.22103/jab.2026.27316.1931 FA نرجس کاظم فرهود گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه القادسیه، الدیوانیه، عراق. عبدالامیر س. سعدون گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه القادسیه، الدیوانیه، عراق 0000-0003-0871-5863 Journal Article 2026 05 29 Objective Contamination of food products with mycotoxins represents a serious risk to human health. More than 400 mycotoxins have been reported in food and agriculture products. This research aimed to investigate the combined effects of G. lucidum filtrate and sodium bicarbonate on fungal growth and fumonisin B2-producing A. niger, providing a potential integrated strategy for controlling toxigenic fungi in stored legumes. Materials and methods Bean grain fungus isolates were gathered from retail outlets and local markets in Al-Diwaniyah Governorate, Iraq. Molecular approaches like PCR and morphology were used to isolate and identify fungal species. The macroscopic and microscopic aspects of fungal isolates were initially examined. Genomic DNA from Aspergillus niger isolates was extracted. To identify the isolated Aspergillus niger strain, the MaximeTM PCR PreMix (i-Taq) Kit was used. The Poisoned Food Technique was used to evaluate the inhibitory effect of Ganoderma lucidum filtrate on the radial growth of the toxigenic fungus Aspergillus niger. To evaluate the effect of sodium bicarbonate on the radial growth of Aspergillus niger, three concentrations of sodium bicarbonate 10, 20, and 30 mg/mL were prepared and incorporated into PDA medium. The combined impact of G. lucidum filtrate and sodium bicarbonate on A. niger's dry weight by adding three concentrations of each to PDB medium was studied. Results Fumonisin B2 was toxic at 112.6 ppb and 8.7 ppb. A. niger growth and toxicity were suppressed biologically using Ganoderma lucidum filtrate. Fungal growth was suppressed by 69.8% in solid medium and 55.34 percent in liquid media. The chemical treatment of sodium bicarbonate reduced fungal dry biomass by 49.42% in liquid culture and radial growth by 71.4 percent on solid media. The combination treatment inhibited A. niger combined, showing the potential of chemical and biological control techniques. Conclusion Overall, the results of this study showed that Ganoderma lucidum filtrate and sodium bicarbonate, individually and in combination, are able to inhibit the growth and reduce the biomass of fumonisin B2-producing Aspergillus niger in vitro. However, the amount of fumonisin B2 production was not examined after the treatments, and therefore a direct relationship between the inhibition of fungal growth and the reduction of toxin production cannot be confirmed. These findings indicate the potential of these compounds as antifungal agents in vitro and require further studies, including safety assessment, mechanism of action, and application in real food systems. هدف: آلودگی مواد غذایی به مایکوتوکسین‌ها یکی از خطرات جدی برای سلامت انسان محسوب می‌شود. تاکنون بیش از 400 نوع مایکوتوکسین در محصولات غذایی و کشاورزی گزارش شده است. هدف این پژوهش بررسی اثرات ترکیبی فیلتراسیون قارچ Ganoderma lucidum و بی‌کربنات سدیم بر رشد قارچ Aspergillus niger تولیدکننده فومونیزین B2 بود تا راهبردی تلفیقی برای کنترل قارچ‌های توکسین‌زا در حبوبات انبارشده ارائه شود. مواد و روش‌ها: جدایه‌های قارچی از دانه‌های لوبیا جمع‌آوری‌شده از فروشگاه‌ها و بازارهای محلی استان دیوانیه عراق به دست آمدند. شناسایی قارچ‌ها با استفاده از ویژگی‌های ریخت‌شناسی و روش‌های مولکولی از جمله PCR انجام شد. در ابتدا خصوصیات ماکروسکوپی و میکروسکوپی جدایه‌ها بررسی گردید. DNA ژنومی از جدایه‌های Aspergillus niger استخراج شد و برای تأیید شناسایی این گونه از کیت Maxime™ PCR PreMix (i-Taq) استفاده شد. اثر بازدارندگی فیلتراسیون Ganoderma lucidum بر رشد شعاعی قارچ توکسین‌زای A. niger با استفاده از روش غذای مسموم (Poisoned Food Technique) ارزیابی گردید. برای بررسی اثر بی‌کربنات سدیم، سه غلظت 10، 20 و 30 میلی‌گرم بر میلی‌لیتر تهیه و به محیط کشت PDA افزوده شد. همچنین اثر ترکیبی فیلتراسیون G. lucidum و بی‌کربنات سدیم بر وزن خشک A. niger با افزودن سه غلظت از هر یک به محیط کشت مایع PDB مورد مطالعه قرار گرفت. نتایج: مقادیر فومونیزین B2 در نمونه‌های مورد بررسی به‌ترتیب 6/112 و 7/8 قسمت در میلیارد (ppb) گزارش شد. رشد و سمیت A. niger به‌صورت زیستی توسط فیلتراسیون Ganoderma lucidum مهار گردید. این تیمار باعث کاهش 8/69 درصدی رشد قارچ در محیط جامد و 34/55 درصدی در محیط مایع شد. تیمار شیمیایی با بی‌کربنات سدیم نیز موجب کاهش 42/49 درصدی زیست‌توده خشک قارچ در محیط مایع و 4/71 درصدی رشد شعاعی در محیط جامد گردید. تیمار ترکیبی هر دو عامل بیشترین مهار را بر A. niger نشان داد و پتانسیل استفاده همزمان از روش‌های کنترل زیستی و شیمیایی را آشکار ساخت. نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که فیلتراسیون Ganoderma lucidum و بی‌کربنات سدیم، چه به‌صورت منفرد و چه به‌صورت ترکیبی، قادر به مهار رشد و کاهش زیست‌توده Aspergillus niger تولیدکننده فومونیزین B2 در شرایط آزمایشگاهی هستند. با این حال، میزان تولید فومونیزین B2 پس از اعمال تیمارها اندازه‌گیری نشد؛ بنابراین نمی‌توان ارتباط مستقیمی بین مهار رشد قارچ و کاهش تولید سم را تأیید کرد. این یافته‌ها پتانسیل این ترکیبات را به‌عنوان عوامل ضدقارچی در شرایط آزمایشگاهی نشان می‌دهد، اما انجام مطالعات تکمیلی شامل ارزیابی ایمنی، بررسی مکانیسم اثر و آزمون در سامانه‌های واقعی غذایی ضروری است.

https://jab.uk.ac.ir/article_5564_853bb47a93581ead37b1bcd749d34787.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 A comparative study of the antifungal activity of green-synthesized ZnO nanoparticles, garlic extract, and conventional antifungal agents against Cryptococcus spp. isolated from pigeon droppings مطالعه مقایسه‌ای فعالیت ضدقارچی نانوذرات اکسید روی سنتزشده به روش سبز، عصاره سیر و داروهای ضدقارچی متداول علیه گونه‌های کریپتوکوکوس جداشده از فضولات کبوتر 315 338 5565 10.22103/jab.2026.27226.1910 FA نور ثائر طالب گروه میکروبیولوژی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه دیالی، عراق. 0000-0002-1645-4803 هیباء یاسین عباس گروه پاتولوژی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه دیالی، عراق 0009-0009-0906-4346 شهد عبدالمجید اسود گروه میکروبیولوژی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه دیالی، عراق 0009-0006-9293-555X نور علی فالح گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه دیالی، عراق 0009-0002-5013-4077 أنعام فؤاد حسین گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه دیالی، عراق 0000-0002-9183-4638 Journal Article 2026 05 16 Objective Cryptococcus neoformans and Cryptococcus laurentii are opportunistic fungal pathogens associated with cryptococcosis, and pigeon droppings serve as a major environmental reservoir for these organisms. Increasing antifungal resistance and toxicity of conventional therapies have prompted the search for alternative antimicrobial agents. This study aimed to evaluate and compare the antifungal activity of green-synthesized zinc oxide nanoparticles (ZnO NPs), garlic (Allium sativum) extract, and conventional antifungal agents against Cryptococcus spp. isolated from pigeon droppings. Materials and methods A total of 40 pigeon dropping samples were collected from different locations in Diyala Governorate, Iraq. Fungal isolation was performed using Sabouraud dextrose agar supplemented with chloramphenicol, and identification was confirmed through microscopic examination and the VITEK 2 system. Antifungal susceptibility testing was conducted using the agar well diffusion method and broth microdilution assay. Yeast cell viability was assessed using the resazurin-based Alamar Blue indicator. ZnO nanoparticles were synthesized via a green method using garlic extract as a reducing and stabilizing agent. Results Among the examined samples, 13 (32.5%) were positive for Cryptococcus spp., of which 61.5% were identified as C. neoformans and 38.4% as C. laurentii. Both ZnO nanoparticles and garlic extract exhibited significant, concentration-dependent antifungal activity against the tested isolates. ZnO nanoparticles demonstrated notable inhibitory effects, with variable inhibition zones and minimum inhibitory concentration (MIC) values ranging across tested concentrations. Similarly, garlic extract showed appreciable antifungal activity against both species, although with slightly lower potency compared to nanoparticles. Conventional antifungal agents, including itraconazole and fluconazole, also showed inhibitory effects; however, variability in susceptibility patterns was observed among isolates. Conclusion Overall, the results indicate that green-synthesized ZnO nanoparticles possess strong antifungal potential, likely due to their nanoscale size, high surface area, and ability to disrupt fungal cellular structures. Garlic extract also contributes antifungal bioactivity through its phytochemical constituents, particularly allicin. The combined findings suggest that both green nanotechnology and plant-derived compounds may serve as promising complementary or alternative strategies for managing Cryptococcus infections, particularly in the context of emerging antifungal resistance. هدف: Cryptococcus neoformans و Cryptococcus laurentii قارچ‌های بیماری‌زای فرصت‌طلبی هستند که با بیماری کریپتوکوکوزیس ارتباط دارند و فضولات کبوتر یکی از مهم‌ترین مخازن محیطی این میکروارگانیسم‌ها محسوب می‌شود. افزایش مقاومت قارچی و سمیت ناشی از درمان‌های ضدقارچی متداول، ضرورت جستجوی عوامل ضدمیکروبی جایگزین را برجسته ساخته است. هدف این مطالعه، ارزیابی و مقایسه فعالیت ضدقارچی نانوذرات اکسید روی سنتزشده به روش سبز، عصاره سیر و داروهای ضدقارچی رایج علیه گونه‌های Cryptococcus جداشده از فضولات کبوتر بود. مواد و روش‌ها: در مجموع، 40 نمونه فضولات کبوتر از مناطق مختلف استان دیالی عراق جمع‌آوری شد. جداسازی قارچ‌ها با استفاده از محیط کشت سابورو دکستروز آگار حاوی کلرامفنیکل انجام شد و شناسایی آنها از طریق بررسی میکروسکوپی و سامانه VITEK 2 تأیید گردید. حساسیت ضدقارچی با استفاده از روش انتشار در چاهک آگار و آزمون رقت‌سازی متوالی در محیط مایع ارزیابی شد. زنده‌مانی سلول‌های مخمری با استفاده از شناساگر آلامار بلو مبتنی بر رزازورین بررسی گردید. نانوذرات اکسید روی به روش سنتز سبز و با استفاده از عصاره سیر به‌عنوان عامل احیاکننده و پایدارکننده تولید شدند. نتایج: از میان نمونه‌های بررسی‌شده، 13 نمونه (32/5 درصد) از نظر گونه‌های Cryptococcus مثبت بودند که از این میان، 61/5 درصد به عنوان C. neoformans و 38/4 درصد به عنوان C. laurentii شناسایی شدند. نانوذرات اکسید روی و عصاره سیر هر دو فعالیت ضدقارچی معنی‌دار و وابسته به غلظت علیه جدایه‌های مورد مطالعه نشان دادند. نانوذرات اکسید روی اثرات مهاری قابل توجهی ایجاد کردند و در غلظت‌های مختلف، هاله‌های عدم رشد و مقادیر متفاوت حداقل غلظت مهارکنندگی مشاهده شد. به‌طور مشابه، عصاره سیر نیز فعالیت ضدقارچی مطلوبی علیه هر دو گونه نشان داد، اگرچه قدرت اثر آن اندکی کمتر از نانوذرات بود. داروهای ضدقارچی متداول از جمله ایتراکونازول و فلوکونازول نیز اثرات مهاری قابل توجهی داشتند، اما الگوهای حساسیت در میان جدایه‌های مختلف متفاوت بود. نتیجه‌گیری: به طور کلی، نتایج این مطالعه نشان داد که نانوذرات اکسید روی سنتزشده به روش سبز دارای پتانسیل ضدقارچی قوی هستند که احتمالاً ناشی از اندازه نانومتری، سطح ویژه بالا و توانایی آنها در تخریب ساختارهای سلولی قارچ‌ها است. عصاره سیر نیز به واسطه ترکیبات فیتوشیمیایی خود، به‌ویژه آلیسین، فعالیت ضدقارچی قابل توجهی از خود نشان داد. این یافته‌ها بیانگر آن است که فناوری نانوی سبز و ترکیبات مشتق‌شده از گیاهان می‌توانند به عنوان راهبردهای مکمل یا جایگزین امیدوارکننده برای کنترل و درمان عفونت‌های ناشی از Cryptococcus، به‌ویژه در شرایط افزایش مقاومت ضدقارچی، مورد استفاده قرار گیرند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5565_d2a452edff079ca6980edcf54cc49945.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Experimental and In Silico evaluation of a novel ZnO/Alhagi maurorum/PVA composite film against multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa harboring blaTEM and blaIMP genes ارزیابی تجربی و درون‌سیلیکویی (In Silico) یک فیلم کامپوزیتی نوین ZnO/Alhagi maurorum/PVA علیه سویه‌های مقاوم به چند دارو از Pseudomonas aeruginosa حامل ژن‌های blaTEM و blaIMP 339 372 5566 10.22103/jab.2026.27227.1909 FA نسرین کاظم راضی گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم برای بانوان، دانشگاه بابل، عراق. 0000-0002-5121-9219 شیرین صباح کامل گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم برای بانوان، دانشگاه بابل، عراق 0009-0003-5968-4582 صفا حسن راضی گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه سبز القاسم، بابل 51013، عراق 0009-0004-4197-583X حسین ج. حسین گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم برای بانوان، دانشگاه بابل، عراق 0000-0002-5968-8263 علی ه. المرزوقی گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم برای بانوان، دانشگاه بابل، عراق 0000-0003-1572-7395 لبنی عبدالعظیم مرکز تحقیقات DNA، دانشگاه بابل، عراق اسراء ا. ابراهیم گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم برای بانوان، دانشگاه بابل، عراق 0000-0002-8488-9964 علی سلام کشکول دانشگاه فنی میانه، مؤسسه فنی کوت، عراق Journal Article 2026 05 16 Objective A major contributor to burn infections, Pseudomonas aeruginosa is known for its aggressiveness and medication resistance. This study was carried out to prepare and characterize ZnONPs/PVA (nanoparticles) film loaded with Alhagi maurorum extract for multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa isolated from skin burn infections, as well as to molecularly detect and sequence blaTEM and blaIMP genes followed by an in-silico docking analysis to investigate the antibacterial mechanism. Materials and methods Alhagi maurorum shoots were collected. Voucher specimens were retained. The GC-MS analysis was performed. Zinc oxide nanoparticles (ZnO-NPs) were used in the polymer matrix. Comprehensive assessments were conducted to demonstrate the successful entrapment and homogeneous distribution of bioactivating nanocomponents in the polymeric matrix of the fabricated composite film. Fifty bacterial isolates were obtained from burn swabs that had been isolated from the burn unit at AL-Sadiq Teaching Hospital, Babylon, Iraq. The antimicrobial susceptibility of P. aeruginosa isolates (n = 20) was determined. Genomic DNA from bacterial isolates was isolated and PCR was performed. The nucleotide sequences of the blaTEM gene from P. aeruginosa were acquired from the National Center for Biotechnology Information (NCBI). SPSS software was used for statistical analysis. Results GC-MS revealed that the mass spectrum and structure of twelve chemical components extracted from Alhagi maurorum using methanol are displayed in the GC-MS data. Among them, 9,12-Octadecadienoic acid (Z,Z)-(Linoleic) was unique. By incorporating these phytochemicals into a PVA polymer matrix with zinc nanoparticles, we created a film that decomposes naturally. The film was tested against medical isolates of Pseudomonas aeruginosa, which are drug-resistant bacteria. Among 50 bacterial isolates, 20 were identified as P. aeruginosa. PCR analysis revealed the presence of blaTEM and blaIMP genes in a substantial proportion of the isolates. Molecular docking results suggest that the ZnO nanostructure has the highest binding potential toward the 4b7q protein compared to linoleic acid and PVA. The strong binding affinity and low inhibition constant of ZnO highlight its potential role as a stable binder or inhibitor, whereas linoleic acid and PVA are less effective. Conclusion: The strong antibacterial properties of the composite film are probably the result of the PVA polymer, zinc nanoparticles, and plant extract working in concert. The ZnO/Alhagi/PVA composite film demonstrated promising antibacterial and antioxidant activities and may represent a potential biodegradable wound-dressing material for managing MDR P. aeruginosa infections. هدف: باکتری سودوموناس آئروژینوزا یکی از عوامل اصلی عفونت‌های ناشی از سوختگی است که به دلیل بیماری‌زایی بالا و مقاومت دارویی شناخته می‌شود. این مطالعه با هدف تهیه و مشخصه‌یابی فیلم نانوکامپوزیتی ZnO/PVA حاوی عصاره گیاه Alhagi maurorum برای مقابله با سویه‌های مقاوم به چند دارو از P. aeruginosa جداشده از عفونت‌های پوستی ناشی از سوختگی انجام شد. همچنین شناسایی مولکولی و تعیین توالی ژن‌های blaTEM و blaIMP و به دنبال آن تحلیل اتصال مولکولی درون‌سیلیکویی به منظور بررسی مکانیسم ضدباکتریایی انجام گرفت. مواد و روش‌ها: سرشاخه‌های گیاه Alhagi maurorum جمع‌آوری و نگهداری شدند. آنالیز GC-MS بر روی عصاره گیاهی انجام شد. نانوذرات اکسید روی در ماتریس پلیمری به کار گرفته شدند. ارزیابی‌ برای تأیید به‌دام‌افتادن موفق و توزیع یکنواخت نانوترکیبات زیست‌فعال در ماتریس پلیمری فیلم کامپوزیتی ساخته‌شده انجام شد. تعداد 50 جدایه باکتریایی از سواب‌های بیماران بستری به دست آمد. حساسیت ضد‌میکروبی جدایه‌های P. aeruginosa (20 جدایه) تعیین شد. DNA ژنومی از جدایه‌های باکتریایی استخراج و PCR انجام گردید. توالی‌های نوکلئوتیدی ژن blaTEM مربوط به P. aeruginosa از پایگاه NCBI استخراج شد. برای تجزیه و تحلیل آماری از نرم‌افزار SPSS استفاده گردید. نتایج: نتایج GC-MS نشان داد که طیف جرمی و ساختار دوازده ترکیب شیمیایی استخراج‌شده از گیاه Alhagi maurorum با استفاده از متانول در داده‌های GC-MS قابل مشاهده است. در میان این ترکیبات، اسید 9،12-اکتادکادی‌انوئیک (Z,Z) (اسید لینولئیک) از ویژگی خاصی برخوردار بود. با ترکیب این مواد فیتوشیمیایی در ماتریس پلیمری PVA همراه با نانوذرات روی، فیلمی زیست‌تخریب‌پذیر تولید شد. این فیلم در برابر جدایه‌های بالینی Pseudomonas aeruginosa که دارای مقاومت دارویی بودند، مورد آزمایش قرار گرفت. از میان 50 جدایه باکتریایی، 20 جدایه به عنوان P. aeruginosa شناسایی شدند. نتایج PCR وجود ژن‌های blaTEM و blaIMP را در درصد قابل توجهی از جدایه‌ها نشان داد. نتایج داکینگ مولکولی حاکی از آن بود که نانوساختار ZnO در مقایسه با اسید لینولئیک و PVA بیشترین توانایی اتصال به پروتئین را دارد. میل اتصال قوی و ثابت مهاری پایین ZnO نقش بالقوه آن را به عنوان یک متصل‌شونده یا مهارکننده پایدار نشان می‌دهد، در حالی که اسید لینولئیک و PVA کارایی کمتری داشتند. نتیجه‌گیری: خواص ضدباکتریایی قوی این فیلم کامپوزیتی احتمالاً حاصل اثر هم‌افزای پلیمر PVA، نانوذرات روی و عصاره گیاهی است. فیلم کامپوزیتی ZnO/Alhagi/PVA فعالیت‌های ضدباکتریایی و آنتی‌اکسیدانی امیدبخشی از خود نشان داد و می‌تواند به عنوان یک ماده زیست‌تخریب‌پذیر بالقوه برای پانسمان زخم در مدیریت عفونت‌های ناشی از P. aeruginosa مقاوم به چند دارو مورد استفاده قرار گیرد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5566_b0c7ae2316c7e8214fd659e4bc8a0dea.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Wheat straw extract as a green reducing agent for the synthesis of Copper, Iron, and Zinc nanoparticles استفاده از عصاره کاه گندم به عنوان عامل کاهنده سبز برای سنتز نانوذرات مس، آهن و روی 373 390 5567 10.22103/jab.2026.27283.1924 FA سرا ی. محمود گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه موصل، عراق 0009-0002-4257-1912 هدیل ا. العامری گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه موصل، عراق 0000-0001-8977-6021 Journal Article 2026 05 25 Objective The current study aims to utilize wheat straw for the green synthesis of copper oxide (CuONPs), iron oxide (FeONPs), and zinc oxide (ZnONPs) nanoparticles, as well as to characterize the synthesized nanoparticles using Energy-Dispersive X-ray Spectroscopy (EDS), UV-Visible (UV-Vis) spectroscopy, and X-ray Diffraction (XRD) techniques. Materials and methods The eco-friendly and green synthesis of copper, iron and zinc oxide nanoparticles was done using wheat straw. X-ray diffraction (XRD) was used to reveal the structural properties of the synthesized particles, under the condition of Cu Kα radiation (wavelength λ = 1.5406 Å). The diffraction patterns were compared to standard data (JCPDS) to identify the crystalline structure of the resulting diffraction patterns. The crystallinity of materials was successfully identified using scanning electron microscopy associated with energy dispersive x-ray spectroscopy (SEM-EDS) and the optical properties of the prepared nanoparticles were obtained using UV-Vis spectroscopy in the wavelength range 200-800 nm. Results The X-ray diffraction (XRD) spectrum of the copper oxide nanoparticles (CuONPs) confirmed the successful preparation of partially crystalline copper oxide, suggesting a mixed crystalline structure where the maximum peak is the one at about 43.3 degrees. The diffraction pattern of the iron oxide nanoparticles (FeONPs), however, revealed no sharp diffraction peaks and had a broad scattering, suggesting a low degree of crystallinity. Likewise, the diffraction pattern of the zinc oxide nanoparticles (ZnONPs) did not show peaks with high crystallinity to zinc oxide but rather a broad hump-like diffraction pattern. The energy-dispersive X-ray spectroscopy (EDS) analysis confirmed the presence of the constituent elements of all the synthesized nanoparticles and the key elements that were being analysed were found. The synthesized nanoparticles should, however, be confirmed for their oxide nature with other complementary techniques like X-ray photoelectron spectroscopy (XPS), detailed X-ray diffraction (XRD) analysis, or Fourier-transform infrared spectroscopy (FTIR). Conclusions It is concluded that these results give an idea for the sustainable production of nanoparticles using agricultural wastes. In particular, the results presented here illustrate how wheat straw extract can be used as an environmentally friendly reducing agent in the green synthesis of Cu, Fe and Zn nanoparticles. X-ray diffraction (XRD) analysis has shown that the oxide nanoparticles are crystalline in nature, and the energy-dispersive X-ray spectroscopy (EDS) analysis has confirmed that the elements of which the oxide nanoparticles are composed are present. هدف: این مطالعه با هدف سنتز نانوذرات اکسید مس (CuONPs)، نانوذرات اکسید آهن (FeONPs) و نانوذرات اکسید روی (ZnONPs) از کاه گندم با استفاده از رویکرد سنتز سبز و همچنین مشخصه‌یابی نانوذرات سنتزشده به وسیله پراش پرتو ایکس (XRD)، طیف‌سنجی پراکندگی انرژی پرتو ایکس (EDS) و طیف‌سنجی فرابنفش-مرئی (UV–Vis) انجام شد. مواد و روش‌ها: نانوذرات اکسید مس، اکسید آهن و اکسید روی از کاه گندم به روش سنتز سبز و سازگار با محیط زیست تولید شدند. ویژگی‌های ساختاری نانوذرات سنتزشده با استفاده از پراش پرتو ایکس (XRD) و تابش Cu Kα (λ = 1.5406 Å) مورد بررسی قرار گرفت. الگوهای پراش به‌دست‌آمده با داده‌های مرجع استاندارد JCPDS مقایسه شدند تا فازهای بلوری مواد شناسایی شوند و اندازه بلورک‌ها با استفاده از معادله دبای–شرر (Debye–Scherrer) برآورد گردید. ترکیب عنصری و خلوص نانوذرات با استفاده از میکروسکوپ الکترونی روبشی مجهز به طیف‌سنجی پراکندگی انرژی پرتو ایکس (SEM–EDS) ارزیابی شد. علاوه بر این، طیف‌سنجی UV–Vis برای بررسی ویژگی‌های نوری نانوذرات سنتزشده در محدوده طول موج 200 تا 800 نانومتر به کار گرفته شد. نتایج: آنالیز XRD نانوذرات اکسید مس (CuONPs) وجود یک ساختار بلوری مختلط را نشان داد که شدیدترین پیک آن در حدود زاویه 43/3 درجه مشاهده شد. این نتیجه بیانگر تشکیل موفق نانوساختار اکسید مس با بلورینگی نسبی است. در مقابل، الگوی پراش نانوذرات اکسید آهن (FeONPs) دارای ویژگی‌های پراکندگی گسترده و فاقد پیک‌های تیز پراش بود که نشان‌دهنده ساختاری با بلورینگی بسیار پایین یا تقریباً آمورف است. به‌طور مشابه، نانوذرات اکسید روی (ZnONPs) نیز الگوی پراش پهن و برآمده‌ای را بدون پیک‌های مشخص و تیز مربوط به اکسید روی با بلورینگی بالا نشان دادند. نتایج آنالیز EDS حضور عناصر اصلی تشکیل‌دهنده تمامی نانوذرات سنتزشده را در نواحی مورد بررسی تأیید کرد. با این حال، ماهیت اکسیدی نانوذرات سنتزشده باید با استفاده از روش‌های مکملی مانند طیف‌سنجی مادون قرمز تبدیل فوریه (FTIR)، طیف‌سنجی فوتوالکترون پرتو ایکس (XPS) یا آنالیز دقیق‌تر XRD بیشتر تأیید شود. نتیجه‌گیری: یافته‌های این پژوهش نشان می‌دهد که عصاره کاه گندم می‌تواند به عنوان یک عامل کاهنده سازگار با محیط زیست برای سنتز سبز نانومواد مبتنی بر مس، آهن و روی مورد استفاده قرار گیرد. نتایج XRD وجود نانوذرات اکسید مس، اکسید آهن و اکسید روی با بلورینگی نسبی را نشان داد و آنالیز EDS حضور عناصر متناظر را تأیید کرد. این نتایج از قابلیت استفاده از پسماندهای کشاورزی برای تولید پایدار و سازگار با محیط زیست نانوذرات حمایت می‌کند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5567_18cdf49ea54eec029238fcc95f76ce41.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Gross morphological and physiological evaluation of hepatic alterations induced by whey protein supplementation in healthy adult male albino rats ارزیابی مورفولوژیک ماکروسکوپی و فیزیولوژیک تغییرات کبدی ناشی از مصرف مکمل پروتئین وی در موش‌های صحرایی آلبینوی نر بالغ سالم 391 410 5568 10.22103/jab.2026.27258.1920 FA زید علی زیدان گروه کالبدشناسی و بافت‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه سبز القاسم، بابل 51013، عراق. 0009-0006-6040-2775 اخلاص عابد حمزه العلوانی گروه کالبدشناسی و بافت‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه سبز القاسم، بابل 51013، عراق. Journal Article 2026 05 21 Objective The liver is a highly complex visceral organ that provides integrated metabolic, digestive, detoxifying, endocrine regulatory and immune functions and thus, is indispensable for the maintenance of homeostasis in the whole body. This study evaluated the impact of nutritional whey protein supplementation on liver-related morphophysiological alterations in healthy adult male albino rats. Materials and methods Thirty-six rats were randomly allocated into three equal groups: a control group, a low-dose whey protein group (5 g/kg body weight), and a high-dose whey protein group (10 g/kg body weight), with oral supplementation continued for six weeks. At the end of the experiment, body weight, liver weight, liver to body weight ratio, and selected serum biochemical markers, including alanine aminotransferase (ALT), aspartate aminotransferase (AST), superoxide dismutase (SOD), malondialdehyde (MDA), and triglycerides (TG), were evaluated. Receiver operating characteristic (ROC) analysis was also performed to assess the discriminatory value of the investigated markers. Results The results demonstrated significant reductions in final body weight and liver weight in both whey protein-treated groups compared with the control group, whereas the liver to body weight ratio showed a declining trend without reaching statistical significance. Biochemically, ALT and AST showed mild elevations that were not statistically significant. In contrast, SOD, MDA, and TG were significantly increased in the treated groups, indicating enhanced oxidative stress, lipid peroxidation, and disturbed lipid handling. ROC analysis further revealed limited diagnostic utility for ALT and AST, whereas SOD, MDA, and TG showed strong discriminatory performance, with MDA exhibiting the highest overall predictive accuracy. Collectively, these findings indicate that whey protein supplementation at the tested doses in healthy rats induced a measurable hepatic metabolic and oxidative burden rather than clear enzyme-defined hepatocellular injury. Conclusions The study suggests that oxidative and lipid-related biomarkers may provide greater sensitivity than conventional transaminases for detecting early liver-related responses to excessive protein supplementation. هدف: کبد یک اندام احشایی بسیار پیچیده است که با ایفای نقش‌های متابولیکی، گوارشی، سم‌زدایی، تنظیم غدد درون‌ریز و عملکردهای ایمنی، نقش اساسی در حفظ هموستاز (تعادل داخلی) بدن ایفا می‌کند. ازاین‌رو، عملکرد طبیعی آن برای سلامت کل بدن ضروری است. هدف این مطالعه، ارزیابی تأثیر مصرف مکمل غذایی پروتئین وی بر تغییرات مورفولوژیک و فیزیولوژیک مرتبط با کبد در موش‌های صحرایی آلبینوی نر بالغ سالم بود. مواد و روش‌ها: تعداد 36 سر موش صحرایی به‌صورت تصادفی در سه گروه مساوی تقسیم شدند: گروه شاهد، گروه دریافت‌کننده دوز پایین پروتئین وی (5 گرم به ازای هر کیلوگرم وزن بدن) و گروه دریافت‌کننده دوز بالای پروتئین وی (10 گرم به ازای هر کیلوگرم وزن بدن). مکمل به‌صورت خوراکی به مدت شش هفته تجویز شد. در پایان آزمایش، وزن بدن، وزن کبد، نسبت وزن کبد به وزن بدن و تعدادی از شاخص‌های بیوشیمیایی سرم شامل آلانین آمینوترانسفراز، آسپارتات آمینوترانسفراز، سوپراکسید دیسموتاز، مالون‌دی‌آلدئید و تری‌گلیسرید اندازه‌گیری شدند. همچنین، برای ارزیابی قدرت افتراق شاخص‌های مورد مطالعه، تحلیل منحنی مشخصه عملکرد گیرنده انجام گرفت. نتایج: نتایج نشان داد که وزن نهایی بدن و وزن کبد در هر دو گروه دریافت‌کننده پروتئین وی در مقایسه با شاهد به‌طور معنی‌داری کاهش یافت. در مقابل، نسبت وزن کبد به وزن بدن گرچه روند کاهشی داشت، اما این کاهش از نظر آماری معنی‌دار نبود. مقادیر آنزیم‌های ALT و AST افزایش خفیفی را نشان دادند که از نظر آماری معنی‌دار نبود. در مقابل، سطوح SOD، MDA و TG در گروه‌های تیمار به‌طور معنی‌داری افزایش یافت که بیانگر تشدید استرس اکسیداتیو، افزایش پراکسیداسیون لیپیدی و اختلال در متابولیسم چربی‌ها بود. نتایج تحلیل ROC نیز نشان داد که ALT و AST ارزش تشخیصی محدودی برای شناسایی تغییرات ایجادشده دارند، در حالی که شاخص‌های SOD، MDA و TG عملکرد افتراقی مطلوبی از خود نشان دادند و در میان آن‌ها، MDA بالاترین دقت پیش‌بینی را داشت. به‌طور کلی، یافته‌های این پژوهش نشان می‌دهد که مصرف مکمل پروتئین وی در دوزهای مورد بررسی، در موش‌های سالم بیشتر موجب ایجاد بار متابولیکی و استرس اکسیداتیو در کبد شده است تا اینکه آسیب آشکار سلول‌های کبدی همراه با افزایش قابل توجه آنزیم‌های کبدی را ایجاد کند. نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان می‌دهد که شاخص‌های مرتبط با استرس اکسیداتیو و متابولیسم لیپیدها، نسبت به آنزیم‌های متداول کبدی، حساسیت بیشتری برای شناسایی پاسخ‌های اولیه کبد به مصرف بیش از حد مکمل‌های پروتئینی دارند و می‌توانند به عنوان نشانگرهای مناسب‌تری برای ارزیابی تغییرات اولیه عملکرد کبد مورد استفاده قرار گیرند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5568_139c3c1b7ca46a9d4fd6d163d98af635.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Isolation and molecular detection of E. coli isolated from feces of sheep جداسازی و شناسایی مولکولی Escherichia coli جداشده از مدفوع گوسفندان 411 424 5569 10.22103/jab.2026.27393.1945 FA صابرین ابراهیم محسن گروه میکروب‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه بغداد، عراق. 0000-0001-5931-8855 تغرید جبار حمادی گروه آسیب‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه بغداد، عراق. 0009-0009-6131-5288 رواء ج. محمد گروه میکروب‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه بغداد، عراق. 0009-0008-4296-0575 Journal Article 2026 06 07 Objective Escherichia coli is one of the most significant pathogens that cause infections in the digestive systems of animals, especially sheep, causing huge economic losses due to deaths, decreased productivity, and expenses on treatment. Moreover, Escherichia coli is a zoonosis which can be dangerous for people. Therefore, the identification of this pathogen is extremely important. The goal of this research was the isolation and identification of Escherichia coli from feces of diarrhetic sheep in Abu Ghraib city, Baghdad, Iraq, by bacteriological, VITEK 2, and PCR techniques (uidA and uspA genes). Also, pathogenicity of the isolates was assessed in experimentally infected mice. Materials and methods Fecal samples of forty sheep suffering from diarrhea were cultured in MacConkey and Eosin Methylene Blue (EMB) agars. Presumptive identification of bacteria isolated was done using cultural and biochemical tests followed by VITEK 2 automated test for confirmation. DNA isolation from the bacterial isolates was done while polymerase chain reaction (PCR) techniques using uidA and uspA primers were employed. Pathogenicity testing of E. coli was done through oral infection in mice using a dose of 1 × 10⁸ CFU/ml. Tissue fixation was done, and histopathology tests of intestinal and gastric tissues were done after that. Results Out of forty samples, seventeen (42.5%) were found to be positive for E. coli. Isolated bacteria formed typical pink colonies in MacConkey agar and metallic green sheen colonies in EMB agars. The isolates were identified as Escherichia coli using the automated VITEK 2 system with 97% confidence level. PCR results showed amplicon formation at the expected sizes of 623 bp (uidA gene) and 884 bp (uspA gene). Histopathology tests showed that infection resulted in severe lesions in the intestines and stomach of experimentally infected mice. Lesions included villous degeneration, inflammatory cells infiltration, disruption of the mucosa, congestion of blood vessels, and necrosis of gastric glands and gastric epithelium. Conclusion The results of the study show that a significant number of E. coli are associated with diarrheic sheep, and the importance of using a combination of conventional and molecular techniques for the identification of the isolate is evident. هدف: اشرشیا کلی یکی از مهم‌ترین عوامل بیماری‌زای دستگاه گوارش در حیوانات، به‌ویژه گوسفندان است که با ایجاد تلفات، کاهش بهره‌وری و افزایش هزینه‌های درمان، خسارات اقتصادی قابل توجهی به صنعت دامپروری وارد می‌کند. علاوه بر این، E. coli یک عامل بیماری‌زای مشترک بین انسان و حیوان محسوب می‌شود و می‌تواند سلامت انسان را نیز تهدید کند. بنابراین، شناسایی دقیق این پاتوژن از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. هدف این پژوهش، جداسازی و شناسایی اشرشیاکلی از مدفوع گوسفندان مبتلا به اسهال در شهر ابوغریب، بغداد، عراق، با استفاده از روش‌های باکتری‌شناسی، سیستم VITEK 2 و واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) بر اساس ژن‌های uidA و uspA بود. همچنین بیماری‌زایی جدایه‌ها در موش‌های آلوده‌شده به‌صورت تجربی ارزیابی شد. مواد و روش‌ها: نمونه‌های مدفوع از 40 رأس گوسفند مبتلا به اسهال جمع‌آوری و بر روی محیط‌های کشت مک‌کانکی و ائوزین متیلن بلو کشت داده شدند. شناسایی اولیه باکتری‌های جداشده بر اساس ویژگی‌های کشت و آزمون‌های بیوشیمیایی انجام گرفت و سپس با استفاده از سیستم خودکار VITEK 2 تأیید شد. DNA ژنومی از جدایه‌های باکتریایی استخراج و واکنش زنجیره‌ای پلیمراز با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن‌های uidA و uspA انجام شد. برای ارزیابی بیماری‌زایی، موش‌ها به‌صورت خوراکی با دوز 1 × 10⁸ واحد تشکیل‌دهنده کلنی در هر میلی‌لیتر آلوده شدند. پس از آن، نمونه‌های بافتی تثبیت شده و مطالعات آسیب‌شناسی بافتی بر روی روده و معده انجام گردید. نتایج: از مجموع 40 نمونه بررسی‌شده، 17 نمونه (5/42 درصد) از نظر Escherichia coli مثبت بودند. باکتری‌های جداشده در محیط مک‌کانکی کلنی‌های صورتی‌رنگ و در محیط EMB کلنی‌هایی با جلای سبز فلزی ایجاد کردند که از ویژگی‌های اختصاصی اشرشیاکلی است. این جدایه‌ها با استفاده از سیستم خودکار VITEK 2 با 97 درصد اطمینان به عنوان Escherichia coli شناسایی شدند. نتایج PCR تشکیل قطعات تکثیرشده (آمپلیکون) با اندازه‌های مورد انتظار 623 جفت‌باز برای ژن uidA و 884 جفت‌باز برای ژن uspA را نشان داد. بررسی‌های آسیب‌شناسی بافتی نشان داد که آلودگی تجربی موجب ایجاد ضایعات شدیدی در روده و معده موش‌ها گردید. این ضایعات شامل دژنراسیون پرزهای روده، نفوذ سلول‌های التهابی، تخریب مخاط، احتقان عروق خونی، و نکروز غدد و اپی‌تلیوم معده بود. نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که درصد قابل توجهی از موارد اسهال در گوسفندان با حضور اشرشیاکلی همراه است. همچنین، به‌کارگیری همزمان روش‌های متداول باکتری‌شناسی و روش‌های مولکولی، دقت و اطمینان بیشتری در شناسایی این باکتری فراهم می‌کند و می‌تواند در تشخیص سریع و کنترل بیماری‌های ناشی از E. coli در دام‌ها مؤثر باشد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5569_d3c95acb3f4a091abb1fdc056dc68c1c.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Integrated biocontrol of okra root rot caused by Fusarium solani and Macrophomina phaseolina using Pseudomonas fluorescens and Saccharomyces cerevisiae کنترل زیستی تلفیقی پوسیدگی ریشه بامیه ناشی از Fusarium solani و Macrophomina phaseolina با استفاده از Pseudomonas fluorescens و Saccharomyces cerevisiae 425 438 5576 10.22103/jab.2026.27237.1913 FA احمد فالح شموخ گروه حفاظت گیاه، دانشکده کشاورزی، دانشگاه میسان، عراق. 0000-0003-1858-1352 نورین عبد الزهره حسن گروه حفاظت گیاه، دانشکده کشاورزی، دانشگاه میسان، عراق. 0000-0001-6024-4873 وداد مرید حمود گروه حفاظت گیاه، دانشکده کشاورزی، دانشگاه میسان، عراق 0009-0007-3449-2815 قصی حطاب ماضی گروه حفاظت گیاه، دانشکده کشاورزی، دانشگاه میسان، عراق 0000-0001-5528-7182 Journal Article 2026 05 17 Objective This study evaluated the antagonistic potential of the yeast Saccharomyces cerevisiae and the bacterium Pseudomonas fluorescens against Fusarium solani and Macrophomina phaseolina, the causal agents of okra (Abelmoschus esculentus L.) root rot and seedling damping-off. The research involved isolation and identification of the pathogens, assessment of their pathogenic variability, and evaluation of biological control agents under laboratory and greenhouse conditions. Materials and methods Three isolates of F. solani and two isolates of M. phaseolina were obtained from infected okra plants collected from different locations. Significant variation in pathogenicity was observed among the isolates. The isolate F1 of F. solani exhibited the highest virulence, causing a significant reduction in seed germination and increasing seedling mortality by 43.2% and 49.4%, respectively, compared with the untreated control. Results In vitro assays demonstrated that P. fluorescens effectively inhibited the radial growth of F. solani and M. phaseolina by 48.36% and 64.7%, respectively. Similarly, S. cerevisiae exhibited significant antifungal activity, particularly at the fifth dilution, where growth inhibition reached 74.1% for F. solani and 76.1% for M. phaseolina. These findings demonstrate that both biological agents significantly suppressed fungal growth under in vitro conditions. Pathogenicity tests confirmed that infection with F. solani and M. phaseolina significantly reduced seed germination and increased seedling mortality. However, application of biological treatments reduced disease severity. Among all treatments, the combined application of M. phaseolina with P. fluorescens produced the best results, significantly improving germination percentage and reducing seedling mortality compared to pathogen-only treatments. Greenhouse experiments further revealed that both S. cerevisiae and P. fluorescens, applied individually or in combination, significantly enhanced seed germination, chlorophyll content, vegetative growth, and leaf area. Moreover, the combined treatment exhibited a strong synergistic effect in suppressing pathogen activity, reducing disease incidence and severity, and promoting overall plant growth performance. Conclusion Overall, the results of this study demonstrate that S. cerevisiae and P. fluorescens are promising eco-friendly biological control agents that can be effectively used in integrated management strategies for controlling okra root rot disease caused by F. solani and M. phaseolina. These findings support the development of sustainable disease management approaches that reduce reliance on chemical fungicides while improving plant health and productivity. هدف: این مطالعه با هدف ارزیابی توان آنتاگونیستی مخمر Saccharomyces cerevisiae و باکتری Pseudomonas fluorescens علیه قارچ‌های Fusarium solani و Macrophomina phaseolina، عوامل ایجادکننده پوسیدگی ریشه و مرگ گیاهچه در بامیه انجام شد. این پژوهش شامل جداسازی و شناسایی عوامل بیماری‌زا، بررسی تفاوت‌های بیماری‌زایی آن‌ها و ارزیابی عوامل کنترل زیستی در شرایط آزمایشگاهی و گلخانه‌ای بود. مواد و روش‌ها: سه جدایه از Fusarium solani و دو جدایه از Macrophomina phaseolina از گیاهان بامیه آلوده جمع‌آوری‌شده از مناطق مختلف جداسازی شدند. بین جدایه‌ها از نظر شدت بیماری‌زایی اختلاف قابل توجهی مشاهده شد. جدایه F1 از F. solani بیشترین حدت بیماری‌زایی را نشان داد و در مقایسه با تیمار شاهد، موجب کاهش معنی‌دار درصد جوانه‌زنی بذر و افزایش مرگ‌ومیر گیاهچه‌ها به ترتیب به میزان 2/43 درصد و 4/49 درصد شد. نتایج: آزمون‌های آزمایشگاهی نشان داد که Pseudomonas fluorescens رشد شعاعی قارچ‌های F. solani و M. phaseolina را به ترتیب 36/48 درصد و 7/64 درصد مهار کرد. همچنین، Saccharomyces cerevisiae فعالیت ضدقارچی قابل توجهی از خود نشان داد. این نتایج نشان داد که هر دو عامل زیستی در شرایط آزمایشگاهی به‌طور مؤثری رشد قارچ‌های بیماری‌زا را مهار می‌کنند. آزمون‌های بیماری‌زایی نیز تأیید کرد که آلودگی با F. solani و M. phaseolina موجب کاهش معنی‌دار درصد جوانه‌زنی بذر و افزایش مرگ‌ومیر گیاهچه‌ها می‌شود. با این حال، کاربرد عوامل کنترل زیستی شدت بیماری را به‌طور چشمگیری کاهش داد. در میان تمامی تیمارها، کاربرد همزمان P. fluorescens همراه با M. phaseolina بهترین نتیجه را به همراه داشت و در مقایسه با تیمارهای آلوده به عامل بیماری‌زا، موجب افزایش معنی‌دار درصد جوانه‌زنی و کاهش مرگ‌ومیر گیاهچه‌ها شد. نتایج آزمایش‌های گلخانه‌ای نیز نشان داد که Saccharomyces cerevisiae و Pseudomonas fluorescens، چه به‌صورت منفرد و چه به‌صورت ترکیبی، موجب افزایش معنی‌دار درصد جوانه‌زنی، میزان کلروفیل، رشد رویشی و سطح برگ شدند. افزون بر این، کاربرد توأم این دو عامل زیستی اثر هم‌افزایی قابل توجهی در مهار فعالیت عوامل بیماری‌زا، کاهش شیوع و شدت بیماری و بهبود رشد کلی گیاه از خود نشان داد. نتیجه‌گیری: به‌طور کلی، نتایج این پژوهش نشان می‌دهد که Saccharomyces cerevisiae و Pseudomonas fluorescens عوامل کنترل زیستی امیدبخش و سازگار با محیط زیست هستند که می‌توان از آن‌ها به‌طور مؤثر در برنامه‌های مدیریت تلفیقی بیماری برای کنترل پوسیدگی ریشه بامیه ناشی از Fusarium solani و Macrophomina phaseolina استفاده کرد. این یافته‌ها از توسعه راهکارهای پایدار مدیریت بیماری حمایت می‌کنند؛ راهکارهایی که ضمن کاهش وابستگی به قارچ‌کش‌های شیمیایی، سلامت و بهره‌وری گیاه را نیز بهبود می‌بخشند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5576_d0cbf1a1aa1726784df15a81ead214f7.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Green synthesis of silver nanoparticles using Sidr and Spring honey and evaluation of their antibacterial activity against clinical Staphylococcus aureus isolates سنتز سبز نانوذرات نقره با استفاده از عسل سدر و عسل بهاره و ارزیابی فعالیت ضدباکتریایی آن‌ها علیه جدایه‌های بالینی Staphylococcus aureus 439 460 5577 10.22103/jab.2026.27423.1948 FA راشا ندیم عبدالله گروه زیست‌شناسی، دانشکده آموزش ـ القرنه، دانشگاه بصره، بصره، عراق 0009-0007-8255-8591 علی ذارب شعبان گروه زیست‌شناسی، دانشکده آموزش ـ القرنه، دانشگاه بصره، بصره، عراق 0000-0002-4093-8082 اسماعیل جمعه عباس گروه زیست‌شناسی، دانشکده آموزش ـ القرنه، دانشگاه بصره، بصره، عراق 0000-0003-0791-6778 Journal Article 2026 06 11 Objective Diabetic foot infections (DFIs) are among the most serious complications of diabetes mellitus and are frequently associated with multidrug-resistant Staphylococcus aureus, limiting the effectiveness of conventional antibiotic therapy. This study aimed to green synthesize silver nanoparticles (AgNPs) using two types of natural honey (Sidr and Spring honey), characterize the synthesized nanoparticles, and evaluate their antibacterial activity and synergistic effect with amoxicillin/clavulanic acid against clinical S. aureus isolates. Materials and methods Silver nanoparticles were synthesized using silver nitrate, with natural honey serving as both the reducing and stabilizing agent. The synthesized nanoparticles were characterized using UV–Vis spectroscopy, scanning electron microscopy (SEM), X-ray diffraction (XRD), Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR), energy-dispersive X-ray spectroscopy (EDX), and zeta potential analysis. Their antibacterial activity was evaluated using the agar well diffusion method, and synergistic activity with amoxicillin/clavulanic acid was assessed against clinical S. aureus isolates. Results UV–Vis spectroscopy showed a characteristic surface plasmon resonance peak at 422 nm, confirming nanoparticle formation. SEM analysis revealed predominantly spherical nanoparticles with particle sizes ranging from 15.45 to 30.34 nm. XRD confirmed the crystalline structure of the AgNPs, while zeta potential values of approximately −23 mV indicated good colloidal stability. The synthesized AgNPs exhibited concentration-dependent antibacterial activity, with a maximum inhibition zone of 21.8 mm. Spring honey-derived AgNPs demonstrated slightly higher antibacterial activity than Sidr honey-derived AgNPs. The combination of AgNPs with amoxicillin/clavulanic acid significantly enhanced antibacterial activity compared with either treatment alone (P < 0.05). Conclusion Honey-mediated silver nanoparticles exhibited favorable physicochemical characteristics, effective antibacterial activity, and a significant synergistic effect with amoxicillin/clavulanic acid against clinical Staphylococcus aureus isolates from diabetic foot infections. The use of natural honey as an eco-friendly reducing and stabilizing agent provides a sustainable approach for nanoparticle synthesis and highlights the potential of these nanoparticles as adjunct antimicrobial agents for improving therapeutic efficacy while potentially reducing antibiotic dosage and limiting the development of bacterial resistance. هدف: عفونت‌های پای دیابتی (Diabetic Foot Infections; DFIs) از مهم‌ترین و جدی‌ترین عوارض بیماری دیابت شیرین به شمار می‌روند و اغلب با حضور سویه‌های Staphylococcus aureus مقاوم به چند دارو همراه هستند که اثربخشی درمان‌های متداول آنتی‌بیوتیکی را محدود می‌کنند. هدف این مطالعه، سنتز سبز نانوذرات نقره (AgNPs) با استفاده از دو نوع عسل طبیعی (عسل سدر و عسل بهاره)، مشخصه‌یابی نانوذرات سنتزشده و ارزیابی فعالیت ضدباکتریایی آن‌ها و نیز بررسی اثر هم‌افزایی آن‌ها با آموکسی‌سیلین/کلاوولانیک اسید علیه جدایه‌های بالینی Staphylococcus aureus بود. مواد و روش‌ها: نانوذرات نقره با استفاده از نیترات نقره سنتز شدند و عسل طبیعی به‌عنوان عامل کاهنده و پایدارکننده مورد استفاده قرار گرفت. نانوذرات سنتزشده با استفاده از طیف‌سنجی فرابنفش–مرئی (UV–Vis)، میکروسکوپ الکترونی روبشی (SEM)، پراش پرتو ایکس (XRD)، طیف‌سنجی مادون قرمز تبدیل فوریه (FTIR)، طیف‌سنجی پراکندگی انرژی پرتو ایکس (EDX) و آنالیز پتانسیل زتا مشخصه‌یابی شدند. فعالیت ضدباکتریایی آن‌ها با روش انتشار در چاهک آگار ارزیابی شد و اثر هم‌افزایی آن‌ها با آموکسی‌سیلین/کلاوولانیک اسید علیه جدایه‌های بالینی S. aureus مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: نتایج طیف‌سنجی UV–Vis وجود یک پیک مشخص رزونانس پلاسمون سطحی در طول موج 422 نانومتر را نشان داد که تشکیل موفق نانوذرات نقره را تأیید کرد. تصاویر SEM نشان داد که نانوذرات عمدتاً دارای شکل کروی بوده و اندازه آن‌ها بین 45/15 تا 34/30 نانومتر متغیر است. نتایج XRD ساختار بلوری نانوذرات نقره را تأیید کرد، در حالی که مقادیر پتانسیل زتا در حدود 23- میلی‌ولت بیانگر پایداری مناسب سوسپانسیون کلوئیدی نانوذرات بود. نانوذرات نقره سنتزشده فعالیت ضدباکتریایی وابسته به غلظت از خود نشان دادند و بیشترین قطر هاله عدم رشد 8/21 میلی‌متر بود. نانوذرات سنتزشده با استفاده از عسل بهاره، فعالیت ضدباکتریایی اندکی بیشتر از نانوذرات تهیه‌شده با عسل سدر نشان دادند. همچنین، ترکیب نانوذرات نقره با آموکسی‌سیلین/کلاوولانیک اسید در مقایسه با هر یک از این عوامل به‌تنهایی، موجب افزایش معنی‌دار فعالیت ضدباکتریایی شد (P < 0.05). نتیجه‌گیری: نانوذرات نقره سنتزشده با واسطه عسل دارای ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی مطلوب، فعالیت ضدباکتریایی مؤثر و اثر هم‌افزایی قابل توجه با آموکسی‌سیلین/کلاوولانیک اسید علیه جدایه‌های بالینی Staphylococcus aureus جداشده از عفونت‌های پای دیابتی بودند. استفاده از عسل طبیعی به‌عنوان عامل کاهنده و پایدارکننده سازگار با محیط زیست، رویکردی پایدار برای سنتز نانوذرات فراهم می‌کند و پتانسیل این نانوذرات را به‌عنوان عوامل ضدمیکروبی کمکی در افزایش اثربخشی درمان، کاهش احتمالی دوز آنتی‌بیوتیک‌ها و محدود کردن روند ایجاد مقاومت باکتریایی نشان می‌دهد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5577_ac53fab47b547a0d47b77e424cf119ba.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Evaluation of the effect of Funneliformis mosseae on enhancing the tolerance of Capsicum annuum L. to cadmium and lead stress ارزیابی اثر Funneliformis mosseae در افزایش تحمل Capsicum annuum L. به تنش کادمیوم و سرب 461 478 5629 10.22103/jab.2026.27340.1936 FA ساره جمال جلیل مرکز تحقیقات و موزه تاریخ طبیعی عراق، دانشگاه بغداد، بغداد، عراق. 0009-0009-8903-8278 ثامر ا. ا. محسن گروه زیست‌شناسی، دانشکده آموزش علوم پایه، ابن‌الهیثم، دانشگاه بغداد، بغداد، عراق. 0000-0002-5025-9278 شیماء ا. هـ. نعمه گروه کالبدشناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه جابر بن حیان، بغداد، عراق. 0009-0004-6578-7868 Journal Article 2026 06 02 Objective Heavy metal pollution harms plants, so using biological methods to mitigate it is important. Arbuscular mycorrhizal fungi have been known to enhance mineral nutrition to plants, particularly uptake of comparatively immobile nutrients like phosphorus (P), zinc (Zn) and copper (Cu), and increase nitrogen uptake and water use efficiency. This study aimed to evaluate the effectiveness of Funneliformis mosseae inoculation in enhancing the growth and tolerance of Capsicum annuum L. under cadmium (Cd) and lead (Pb) stress conditions. Materials and methods The experiment was conducted over a period of 160 days using areplicated experimental design to evaluate the effects of Funneliformis mosseae under lead and cadmium stress. A pot experiment was conducted under the greenhouse conditions at the University of Baghdad. The experiment utilized a completely randomized design (CRD) featuring six replicates for each treatment. These treatment groups were established to assess the growth of Capsicum annuum plants in clay soil. Plant growth was assessed by measuring fresh and dry weights and stem and root while Pb and Cd concentrations were determined in root tissues and soil using Atomic Absorption Spectrophotometry (AAS). The statistical analysis of the experimental data was performed using the Statistical Analysis System (SAS) software (Version 9.4) Results Statistical analysis using two-way ANOVA indicated significant differences (P ≤ 0.05) among the experimental treatments. Inoculation with Funneliformis mosseae improved the growth of hot pepper plants, as reflected by higher fresh and dry biomass together with increased shoot and root lengths under lead and cadmium stress. Furthermore, AAS analysis revealed lower Pb and Cd concentrations in the roots of mycorrhiza-inoculated plants, suggesting that mycorrhizal inoculation effectively reduced heavy metal stress. Conclusion This study provides evidence that mycorrhizal inoculation can be integrated into sustainable management strategies for crops grown in heavy metal-contaminated soils. The use of Funneliformis mosseae offers a practical biological approach to improving plant performance while minimizing the impact of lead and cadmium on agricultural systems. هدف: آلودگی فلزات سنگین اثرات زیان‌باری بر رشد و عملکرد گیاهان دارد؛ ازاین‌رو، استفاده از روش‌های زیستی برای کاهش آثار این آلودگی از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. قارچ‌های میکوریز آربوسکولار به دلیل افزایش جذب عناصر معدنی، به‌ویژه عناصر نسبتاً کم‌تحرکی مانند فسفر، روی و مس، همچنین بهبود جذب نیتروژن و افزایش کارایی مصرف آب، نقش مهمی در ارتقای رشد گیاهان ایفا می‌کنند. هدف این مطالعه، ارزیابی کارایی تلقیح قارچ Funneliformis mosseae در بهبود رشد و افزایش تحمل گیاه فلفل (Capsicum annuum L.) تحت تنش ناشی از کادمیوم (Cd) و سرب (Pb) بود. مواد و روش‌ها: این آزمایش طی مدت 160 روز و با استفاده از یک طرح آزمایشی تکراردار به‌منظور بررسی اثرات قارچ Funneliformis mosseae تحت تنش سرب و کادمیوم انجام شد. آزمایش گلدانی در شرایط گلخانه‌ای دانشگاه بغداد و بر پایه طرح کاملاً تصادفی (CRD) با شش تکرار برای هر تیمار اجرا گردید. برای ارزیابی رشد گیاهان Capsicum annuum در خاک رسی، این تیمارهای آزمایشی در نظر گرفته شد. رشد گیاه با اندازه‌گیری وزن تر و خشک، طول ساقه و ریشه ارزیابی شد. همچنین، غلظت سرب و کادمیوم در بافت ریشه و خاک با استفاده از دستگاه طیف‌سنجی جذب اتمی (Atomic Absorption Spectrophotometry) اندازه‌گیری گردید. تجزیه‌وتحلیل آماری داده‌ها با استفاده از نرم‌افزار Statistical Analysis System (SAS) نسخه 9.4 انجام شد. نتایج: نتایج تحلیل آماری با استفاده از آزمون تحلیل واریانس دوطرفه (Two-way ANOVA) اختلاف معنی‌داری (P ≤ 0.05) را بین تیمارهای آزمایشی نشان داد. تلقیح با قارچ Funneliformis mosseae موجب بهبود رشد گیاهان فلفل شد؛ به‌گونه‌ای که وزن تر و خشک گیاه، همچنین طول اندام هوایی و ریشه، در شرایط تنش سرب و کادمیوم افزایش یافت. علاوه بر این، نتایج آنالیز جذب اتمی (AAS) نشان داد که غلظت سرب و کادمیوم در ریشه گیاهان تلقیح‌شده با میکوریزا کمتر از گیاهان شاهد بود. این یافته بیانگر آن است که تلقیح میکوریزی توانسته است به‌طور مؤثری شدت تنش ناشی از فلزات سنگین را کاهش دهد. نتیجه‌گیری: نتایج این پژوهش شواهدی را ارائه می‌دهد که تلقیح با قارچ‌های میکوریزی می‌تواند به‌عنوان بخشی از راهبردهای مدیریت پایدار برای کشت گیاهان در خاک‌های آلوده به فلزات سنگین مورد استفاده قرار گیرد. استفاده از Funneliformis mosseae یک راهکار زیستی، عملی و سازگار با محیط زیست برای بهبود رشد گیاه و کاهش اثرات زیان‌بار سرب و کادمیوم بر سامانه‌های کشاورزی فراهم می‌آورد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5629_5c6287be4de9ff5afeaec72d54436fcf.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Molecular characterization of mutations in methicillin resistant coagulase negative Staphylococcus pasteuri from various food samples ویژگی‌یابی مولکولی جهش‌ها در Staphylococcus pasteuri کوآگولاز منفی مقاوم به متی‌سیلین جداشده از نمونه‌های مختلف مواد غذایی 479 496 5628 10.22103/jab.2026.27378.1944 FA زهراء ا. احمد گروه زیست‌فناوری، دانشکده علوم، دانشگاه الانبار، رمادی، عراق. 0009-0008-6566-3805 اسماء س. احمد دانشکده علوم مهندسی کشاورزی، دانشگاه بغداد، بغداد، عراق. 0000-0003-2207-1179 هدی م. محمود . گروه زیست‌فناوری، دانشکده علوم، دانشگاه الانبار، رمادی، عراق. 0000-0003-1278-5960 Journal Article 2026 06 06 Objective Staphylococci are naturally present in the bodies of animals and humans, particularly in the digestive and respiratory systems. Staphylococcus spp. are widespread microorganisms in food environments, having been isolated from a variety of products, including meat, dairy, and ready-to-eat foods. This aim of the current study was to isolate and identify Staphylococcus pasteuri from various food products (meat and cheese) and food handlers, and to characterize their antibiotic resistance profiles and genetic mutations using the whole-genome data. Materials and methods A total of 58 food samples (fresh meat, cooked meat, and cheese) and 13 hand swabs from food handlers were collected in Baghdad, Iraq. The Kirby-Bauer disc diffusion method was used to screen isolates for methicillin resistance. Output of this method was confirmed via the VITEK 2 system. Selected resistant strains were sequenced using Illumina technology to study whole-genome sequencing (WGS) and to analyze resistance genes and single-nucleotide polymorphisms (SNPs). Results Staphylococcus pasteuri was successfully isolated from the tested food samples and food handlers. The results highlighted its potential transmission through the food chain. A high prevalence of multi-drug resistance traits was determined by considering phenotypic and molecular characterization. Key metabolic pathways, including NAD+ dependent enzymes and the phosphoenolpyruvate phosphotransferase system (PTS) were revealed by WGS analysis. These results indicated high metabolic versatility and adaptability to different type of food environments. Moreover, significant plasticity was revealed by genomic analysis. These results were characterized by the presence of mobile genetic elements, resistance determinants, and numerous single-nucleotide polymorphisms (SNPs). Notably, high-impact mutations were detected within uncharacterized domains (DUFs), specifically DUF3310 and DUF771, which may possess novel regulatory functions. Conclusion The results of the present study showed that S. pasteuri has a highly flexible and comprehensive genomic architecture. This enables it to survive, adapt, and spread antibiotic resistance through the food chain. This is a significant public health concern that must be addressed. هدف: استافیلوکوک‌ها به‌طور طبیعی در بدن انسان و حیوانات، به‌ویژه در دستگاه‌های گوارش و تنفس، حضور دارند. گونه‌های Staphylococcus از جمله میکروارگانیسم‌های رایج در محیط‌های مرتبط با مواد غذایی هستند و از محصولات متنوعی نظیر گوشت، فرآورده‌های لبنی و غذاهای آماده مصرف جداسازی شده‌اند. هدف این مطالعه، جداسازی و شناسایی Staphylococcus pasteuri از انواع فرآورده‌های غذایی (گوشت و پنیر) و همچنین از دست‌اندرکاران تهیه و عرضه مواد غذایی، و بررسی الگوهای مقاومت آنتی‌بیوتیکی و جهش‌های ژنتیکی آن‌ها با استفاده از داده‌های توالی‌یابی کل ژنوم بود. مواد و روش‌ها: در مجموع 58 نمونه مواد غذایی شامل گوشت تازه، گوشت پخته و پنیر، به همراه 13 نمونه سواب دست از کارکنان تهیه و عرضه مواد غذایی، از شهر بغداد، عراق، جمع‌آوری شد. برای غربالگری مقاومت به متی‌سیلین از روش انتشار دیسک کربی–باوئر (Kirby–Bauer) استفاده شد و نتایج آن با سیستم خودکار VITEK 2 تأیید گردید. تعدادی از سویه‌های مقاوم برای توالی‌یابی کل ژنوم (Whole-Genome Sequencing; WGS) با استفاده از فناوری Illumina انتخاب شدند تا ژن‌های مقاومت و پلی‌مورفیسم‌های تک‌نوکلئوتیدی (Single-Nucleotide Polymorphisms; SNPs) مورد بررسی قرار گیرند. نتایج: Staphylococcus pasteuri با موفقیت از نمونه‌های غذایی و نیز از دست‌اندرکاران تهیه مواد غذایی جداسازی شد و نتایج، احتمال انتقال این باکتری از طریق زنجیره غذایی را نشان داد. بررسی‌های فنوتیپی و مولکولی، شیوع بالای ویژگی‌های مقاومت به چند دارو را در جدایه‌ها آشکار ساخت. تحلیل توالی‌یابی کل ژنوم (WGS) وجود مسیرهای متابولیکی مهم، از جمله آنزیم‌های وابسته به NAD⁺ و سامانه انتقال فسفوانول‌پیرووات فسفوترانسفراز (Phosphoenolpyruvate Phosphotransferase System; PTS) را نشان داد. این یافته‌ها بیانگر توان متابولیکی بالا و قابلیت سازگاری گسترده این باکتری با انواع مختلف محیط‌های غذایی است. همچنین، تحلیل ژنومی انعطاف‌پذیری ژنتیکی قابل توجهی را نشان داد که با حضور عناصر ژنتیکی متحرک، تعیین‌کننده‌های مقاومت آنتی‌بیوتیکی و تعداد زیادی پلی‌مورفیسم تک‌نوکلئوتیدی (SNP) همراه بود. از جمله یافته‌های مهم، شناسایی جهش‌های با اثر زیاد در دومین‌های با عملکرد ناشناخته (Domains of Unknown Function; DUFs، به‌ویژه DUF3310 و DUF771 بود که احتمالاً دارای نقش‌های تنظیمی جدید هستند. نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که Staphylococcus pasteuri دارای ساختار ژنومی بسیار انعطاف‌پذیر و پیچیده‌ای است که به آن امکان بقا، سازگاری با محیط‌های مختلف و انتشار ژن‌های مقاومت آنتی‌بیوتیکی در زنجیره غذایی را می‌دهد. این ویژگی‌ها، S. pasteuri را به یک نگرانی مهم در حوزه سلامت عمومی و ایمنی مواد غذایی تبدیل می‌کند و ضرورت پایش و کنترل آن را بیش از پیش آشکار می‌سازد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5628_2548a4ac7ad6eddd035bced24ec6d964.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Molecular identification and phylogenetic characterization of the fig bud mite Aceria ficus (Acari: Eriophyidae) from Iraq using mitochondrial COI sequences شناسایی مولکولی و ویژگی‌یابی فیلوژنتیکی کنه جوانه انجیر Aceria ficus (Acari: Eriophyidae) از عراق با استفاده از توالی‌های میتوکندریایی ژن COI 497 510 5630 10.22103/jab.2026.27259.1921 FA ز. ا. التمیمی گروه محیط‌زیست، دانشکده علوم محیط‌زیست، دانشگاه سبز القاسم، بابل، عراق. 0009-0006-7923-9015 فریال ح. صداق گروه حفاظت گیاه، دانشکده علوم مهندسی کشاورزی، دانشگاه بغداد، بغداد، عراق. 0000-0003-0427-0633 Journal Article 2026 05 21 Objective Aceria ficus (Acari: Eriophyidae), is one of the minute microscopic pests that feed on plant tissues and are characterized by their high specialization and environmental sensitivity. This group is considered among the mite types whose classification is regarded as a challenge because of the great morphological similarity among closely related species, which makes traditional diagnosis ineffective when using morphological traits alone. This study aimed to molecularly identify Aceria ficus collected from Iraqi fig orchards using the mitochondrial COI gene, compare the obtained sequences with available GenBank records, and infer their phylogenetic relationships Materials and methods During the 2024-2025 seasons, a survey of several fig orchards was conducted in Baghdad (Abu Ghraib) and Babil Province (Al-Kifl and Al-Siyahi) to collect mite samples. Following rigorous morphological identification of the specimens as Aceria ficus, genetic and phylogenetic analyses were performed using the Cytochrome c oxidase subunit I (COI) marker. Results BLASTn analysis of the amplified COI fragments, utilizing LCO1490/HCO2198 primers, revealed a maximum sequence identity of 82% with Aceria microcis. The relatively low sequence identity (82%) does not provide definitive species-level identification. Instead, it reflects the absence of authenticated COI sequences of Aceria ficus in GenBank. Therefore, species identification relied on the combination of morphological examination and molecular phylogenetic analysis. Consequently, the nucleotide sequences obtained in this study represent the first publicly available COI sequences of Aceria ficus deposited in GenBank under accession numbers PV123164-PV123173. Genetic relatedness analysis using MEGA 12 and the Neighbor-Joining (NJ) method placed all nucleotide sequences of the CO1 region from the identified Aceria ficus samples in a single cluster, separate from other species, confirming their belonging to the same species Conclusion Neighbor-Joining (NJ) phylogenetic analysis conducted in MEGA12 grouped all sequenced samples into a single, highly supported clade, formed a distinct clade separated from the reference sequences included in the present analysis, further corroborating the molecular distinctiveness of the identified populations. هدف: کنه Aceria ficus (Acari: Eriophyidae) یکی از آفات میکروسکوپی بسیار ریز است که از بافت‌های گیاهی تغذیه می‌کند و به دلیل اختصاصی بودن میزبان و حساسیت زیاد به شرایط محیطی شناخته می‌شود. این گروه از کنه‌ها به دلیل شباهت ریخت‌شناختی بسیار زیاد میان گونه‌های نزدیک به هم، از دشوارترین گروه‌ها برای رده‌بندی محسوب می‌شوند؛ به‌گونه‌ای که تشخیص سنتی بر پایه ویژگی‌های مورفولوژیک به‌تنهایی اغلب قابل اعتماد نیست. هدف این مطالعه، شناسایی مولکولی Aceria ficus جمع‌آوری‌شده از باغ‌های انجیر عراق با استفاده از ژن میتوکندریایی سیتوکروم c اکسیداز زیرواحد I (COI)، مقایسه توالی‌های به‌دست‌آمده با داده‌های موجود در پایگاه GenBank و بررسی روابط فیلوژنتیکی آن‌ها بود. مواد و روش‌ها: در طی فصل‌های زراعی 2024-2025، از چندین باغ انجیر در بغداد (ابوغریب) و استان بابل (الکفل و السیاحی) نمونه‌برداری انجام شد و نمونه‌های کنه جمع‌آوری گردید. پس از شناسایی دقیق ریخت‌شناختی نمونه‌ها به‌عنوان Aceria ficus، مطالعات ژنتیکی و فیلوژنتیکی با استفاده از نشانگر سیتوکروم c اکسیداز زیرواحد I (COI) انجام شد. نتایج: نتایج تحلیل BLASTn بر روی قطعات تکثیرشده ژن COI با استفاده از آغازگرهای LCO1490/HCO2198 نشان داد که بیشترین میزان همانندی توالی (82 درصد) با گونه Aceria microcis وجود دارد. این میزان نسبتاً پایین همانندی، امکان شناسایی قطعی گونه را تنها بر اساس داده‌های توالی فراهم نمی‌کند و عمدتاً ناشی از نبود توالی‌های تأییدشده ژن COI مربوط به Aceria ficus در پایگاه GenBank است. ازاین‌رو، شناسایی گونه بر اساس تلفیق ویژگی‌های ریخت‌شناختی و تحلیل فیلوژنتیکی مولکولی انجام شد. در نتیجه، توالی‌های نوکلئوتیدی به‌دست‌آمده در این پژوهش به‌عنوان نخستین توالی‌های عمومی ژن COI مربوط به Aceria ficus در پایگاه GenBank با شماره‌های دسترسی PV123164 تا PV123173 ثبت شدند. تحلیل خویشاوندی ژنتیکی با استفاده از نرم‌افزار MEGA 12 و روش Neighbor-Joining (NJ) نشان داد که تمامی توالی‌های ناحیه COI مربوط به نمونه‌های شناسایی‌شده Aceria ficus در یک خوشه (Clade) واحد و مجزا از سایر گونه‌ها قرار گرفتند که تعلق همه نمونه‌ها به یک گونه را تأیید می‌کند. نتیجه‌گیری: تحلیل فیلوژنتیکی با روش Neighbor-Joining (NJ) در نرم‌افزار MEGA 12 تمامی نمونه‌های تعیین توالی‌شده را در یک شاخه تکاملی (Clade) واحد با پشتیبانی آماری بالا گروه‌بندی کرد. این شاخه به‌طور مشخص از توالی‌های مرجع موجود در تحلیل حاضر متمایز بود و بدین ترتیب، تمایز مولکولی جمعیت‌های شناسایی‌شده Aceria ficus را به‌خوبی تأیید کرد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5630_f84d465177e84bb4e756a8319443cdcb.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Contributing to reducing the damage caused by Fusarium solani that causes rot of wheat seeds and roots using Trichoderma harzianum and gibberellic acid کمک به کاهش خسارت ناشی از Fusarium solani که باعث پوسیدگی بذر و ریشه گندم می‌شود با استفاده از Trichoderma harzianum و اسید جیبرلیک 511 524 5637 10.22103/jab.2026.27134.1890 FA محمد نائل راضی گروه زراعت، دانشکده کشاورزی و تالاب‌ها، دانشگاه ذی‌قار، ذی‌قار، 64001، عراق. 0000-0002-0681-9610 Journal Article 2026 05 09 Objective This study evaluated the efficacy of Trichoderma harzianum and gibberellic acid (GA₃) in mitigating the adverse effects of Fusarium solani on growth and yield attributes of wheat (Triticum aestivum L.). The research also examined whether integrating biological control with GA₃ could improve wheat performance under pathogen stress. Materials and methods The experiment was carried out in the winter season and the treatments were arranged in a factorial experiment as the presence or absence of T. harzianum and F. solani and four concentrations of gibberellic acid (0, 100, 200, and 300 mg L⁻¹). Parameters related to growth and yield were measured. This included plant height, length of roots, area of leaves, length of spikes, number of tillers per plant, number of grains per spike, and weight of 1000 grains. All data were analyzed statistically using the ANOVA technique. Mean comparisons were made at the 0.05 probability level. Results Data for most of the traits studied differed significantly (P ≤ 0.05) among treatments. The combined treatment with T. harzianum and gibberellic acid significantly enhanced all the parameters of wheat growth and productivity compared to the untreated plants. Integrated application significantly improved growth and yield traits compared with pathogen-inoculated plants. On the other hand, most of the parameters of growth and yield were significantly reduced when plants were grown in soil infested with F. solani as compared with plants grown in pathogen-free soil, which confirms the deleterious effect of this pathogen. Besides, the T. harzianum treatments ameliorated the adverse effects of pathogen infection and enhanced plant vigor and productivity. The improvement observed reveals an effective interaction between biological control and plant growth regulation in alleviating disease-induced stress. Conclusion The results prove that the application of T. harzianum with gibberellic acid is effective in reducing the adverse effects of F. solani on wheat. In fact, this treatment improved growth, yield components, and overall plant performance. Therefore, use of T. harzianum in combination with gibberellic acid may be considered a sustainable and environmentally friendly approach to increase wheat productivity under pathogen stress. هدف: این پژوهش با هدف ارزیابی کارایی قارچ Trichoderma harzianum و اسید جیبرلیک (GA₃) در کاهش اثرات زیان‌بار Fusarium solani بر شاخص‌های رشد و عملکرد گندم (Triticum aestivum L.) انجام شد. همچنین، بررسی شد که آیا تلفیق کنترل زیستی با اسید جیبرلیک می‌تواند عملکرد گندم را در شرایط تنش ناشی از این عامل بیماری‌زا بهبود بخشد یا خیر. مواد و روش‌ها: این آزمایش در فصل زراعی زمستان اجرا شد و تیمارها به‌صورت یک آزمایش فاکتوریل شامل حضور یا عدم حضور Trichoderma harzianum و Fusarium solani و چهار غلظت اسید جیبرلیک (0، 100، 200 و 300 میلی‌گرم در لیتر) طراحی گردید. صفات مرتبط با رشد و عملکرد شامل ارتفاع گیاه، طول ریشه، سطح برگ، طول سنبله، تعداد پنجه در هر بوته، تعداد دانه در هر سنبله و وزن هزار دانه اندازه‌گیری شدند. تمامی داده‌ها با استفاده از روش تجزیه و تحلیل واریانس بررسی شدند و مقایسه میانگین‌ها در سطح احتمال 05/0 انجام گرفت. نتایج: نتایج نشان داد که بیشتر صفات مورد بررسی بین تیمارهای مختلف دارای اختلاف معنی‌دار بودند (P ≤ 0.05). کاربرد همزمان Trichoderma harzianum و اسید جیبرلیک، در مقایسه با گیاهان شاهد، موجب بهبود معنی‌دار تمامی شاخص‌های رشد و عملکرد گندم شد. همچنین، این تیمار تلفیقی در مقایسه با گیاهان آلوده به عامل بیماری‌زا، رشد و اجزای عملکرد را به‌طور قابل توجهی افزایش داد. در مقابل، کشت گیاهان در خاک آلوده به Fusarium solani باعث کاهش معنی‌دار بیشتر صفات رشد و عملکرد نسبت به گیاهان رشد یافته در خاک عاری از پاتوژن شد که اثرات زیان‌بار این قارچ را تأیید می‌کند. با این حال، تیمارهای حاوی Trichoderma harzianum توانستند اثرات منفی آلودگی را تا حد زیادی کاهش داده و موجب افزایش رشد، شادابی و بهره‌وری گیاه شوند. بهبود مشاهده‌شده بیانگر وجود یک اثر متقابل مؤثر میان کنترل زیستی و تنظیم‌کننده رشد گیاهی در کاهش تنش ناشی از بیماری است. نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که کاربرد همزمان Trichoderma harzianum و اسید جیبرلیک در کاهش اثرات زیان‌بار Fusarium solani بر گیاه گندم مؤثر است. این تیمار موجب بهبود رشد، اجزای عملکرد و عملکرد کلی گیاه شد. بنابراین، استفاده تلفیقی از Trichoderma harzianum و اسید جیبرلیک می‌تواند به‌عنوان یک راهکار پایدار و سازگار با محیط زیست برای افزایش تولید گندم در شرایط تنش ناشی از عوامل بیماری‌زا مورد استفاده قرار گیرد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5637_71d2d6ccac82f8a334937ff0fcdc0d8a.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Effect of auxins on root quality and anatomical integrity in tissue-cultured date palm (Phoenix dactylifera L.) cv. Mirhaj تأثیر اکسین‌ها بر کیفیت ریشه و یکپارچگی آناتومیکی در نخل خرمای کشت‌شده در شرایط کشت بافتی (Phoenix dactylifera L.) رقم میرهاج 525 538 5647 10.22103/jab.2026.27328.1935 FA محمد د. عبدالحادی گروه باغبانی و فضای سبز، دانشکده کشاورزی، دانشگاه دیالی، دیالی، عراق 0000-0002-9186-1564 احمد محمود ابراهیم گروه زیست‌فناوری محیط‌زیست، مرکز زیست‌فناوری و محیط‌زیست، دانشگاه فلوجه، فلوجه، عراق. 0000-0001-9670-5360 میاده ت. الجبوری گروه باغبانی و فضای سبز، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بغداد، بغداد، عراق. 0009-0001-9653-8563 مسلم مؤید ن. الدیینی مرکز تحقیقات محیط‌زیست، دانشگاه فناوری بغداد، بغداد، عراق. 0009-0003-4261-2582 Journal Article 2026 05 30 Objective Rooting represents a crucial phase in the micropropagation of date palm, and root quality is an important determinant of successful plantlet establishment. This study aimed to investigate the effects of two widely used auxins, indole-3-butyric acid (IBA) and naphthalene acetic acid (NAA), on rooting efficiency, root morphology, and anatomical structure in tissue-cultured date palm (Phoenix dactylifera L.) cv. Mirhaj. Special attention was given to identifying root malformations associated with different auxin types and concentrations, as well as understanding their anatomical characteristics. Materials and methods The experiment was conducted in 2024 using shoots derived from indirect somatic embryogenesis of cv. Mirhaj. Uniform shoots at the elongation stage were selected and cultured on full-strength semi-solid Murashige and Skoog (MS) medium supplemented with IBA or NAA at concentrations of 0.1, 0.25, and 0.5 mg L-1. Six treatments were arranged in a completely randomized design with fifteen replicates per treatment, where each shoot represented one replicate. Three shoots were cultured per 380 ml bottle containing 50 ml of medium. Cultures were maintained under controlled environmental conditions. After eight weeks, data were collected on rooting percentage, number of roots per shoot, root length, secondary root formation, and incidence of root malformations. For anatomical analysis, cross-sections of healthy and malformed roots were prepared, fixed in 70% ethanol, stained with safranin and fast green, and examined under a light microscope. Results Auxin type and concentration significantly influenced rooting performance and root morphology. NAA at 0.25 and 0.5 mg L-1 produced the highest rooting percentage (90%) and increased the number of roots per shoot. In contrast, IBA at 0.1 mg L-1 resulted in the longest roots, indicating better elongation capacity. However, higher concentrations of NAA led to shorter roots and a marked increase in root malformations, reaching 50% at 0.5 mg L-1. No malformations were observed with low IBA concentrations. Anatomical analysis revealed severe structural abnormalities in malformed roots, including disrupted vascular tissues and irregular cellular organization. Conclusion The findings highlight a trade-off between rooting efficiency and root quality. While NAA improved rooting percentage, it negatively affected root structure. Low-concentration IBA, particularly 0.1 mg L⁻¹, promoted longer roots with no observed malformations under the conditions tested, suggesting its potential suitability for producing morphologically and anatomically sound roots. هدف: ریشه‌زایی مرحله‌ای حیاتی در ریزازدیادی نخل خرما محسوب می‌شود و کیفیت ریشه یکی از عوامل تعیین‌کننده مهم در استقرار موفق گیاهچه است. این مطالعه با هدف بررسی اثرات دو اکسین پرکاربرد، ایندول-3-بوتیریک اسید و نفتالین استیک اسید، بر کارایی ریشه‌زایی، مورفولوژی ریشه و ساختار آناتومیکی در نخل خرمای رقم میرهاج کشت‌شده در شرایط کشت بافتی انجام شد. مواد و روش‌ها: این آزمایش در سال 2024 با استفاده از شاخساره‌های حاصل از جنین‌زایی سوماتیکی غیرمستقیم رقم میرهاج انجام شد. شاخساره‌های یکنواخت در مرحله طویل‌شدن انتخاب و در محیط نیمه‌جامد Murashige and Skoog (MS) با غلظت کامل، حاوی IBA یا NAA با غلظت‌های 1/0، 25/0، و 50/0 میلی‌گرم در لیتر کشت شدند. شش تیمار در قالب طرح کاملاً تصادفی با 15 تکرار برای هر تیمار تنظیم شدند که در آن هر شاخساره به‌عنوان یک تکرار در نظر گرفته شد. سه شاخساره در هر بطری 380 میلی‌لیتری حاوی 50 میلی‌لیتر محیط کشت قرار داده شدند. پس از هشت هفته، داده‌های مربوط به درصد ریشه‌زایی، تعداد ریشه در هر شاخساره، طول ریشه، تشکیل ریشه‌های ثانویه و میزان بروز ناهنجاری‌های ریشه جمع‌آوری شد. برای تجزیه‌وتحلیل آناتومیکی، مقاطع عرضی از ریشه‌های سالم و دارای ناهنجاری تهیه و با استفاده از میکروسکوپ نوری بررسی شدند. نتایج: نوع و غلظت اکسین تأثیر معنی‌داری بر عملکرد ریشه‌زایی و مورفولوژی ریشه داشت. NAA با غلظت‌های 25/0 و 50/0 میلی‌گرم در لیتر بیشترین درصد ریشه‌زایی (90%) را ایجاد کرد و تعداد ریشه‌ها در هر شاخساره را افزایش داد. در مقابل، IBA با غلظت 1/0 میلی‌گرم در لیتر منجر به تولید بلندترین ریشه‌ها شد که نشان‌دهنده ظرفیت بهتر برای طویل‌شدن ریشه بود. بااین‌حال، غلظت‌های بالاتر NAA موجب کوتاه‌تر شدن ریشه‌ها و افزایش قابل توجه ناهنجاری‌های ریشه شد؛ به‌طوری‌که میزان ناهنجاری‌ها در غلظت 50/0 میلی‌گرم در لیتر به 50% رسید. در غلظت‌های پایین IBA هیچ‌گونه ناهنجاری مشاهده نشد. تجزیه‌وتحلیل آناتومیکی، ناهنجاری‌های ساختاری شدیدی را در ریشه‌های دارای ناهنجاری نشان داد که شامل اختلال در بافت‌های آوندی و سازمان‌یافتگی نامنظم سلولی بود. نتیجه‌گیری: یافته‌های این پژوهش وجود یک توازن میان کارایی ریشه‌زایی و کیفیت ریشه را نشان می‌دهد. اگرچه NAA درصد ریشه‌زایی را بهبود بخشید، اما بر ساختار ریشه اثر منفی داشت. IBA با غلظت پایین، به‌ویژه 1/0 میلی‌گرم در لیتر، تحت شرایط مورد بررسی موجب تولید ریشه‌های بلندتر و بدون ناهنجاری مشاهده‌شده شد؛ بنابراین، این غلظت می‌تواند برای تولید ریشه‌هایی با ساختار مورفولوژیکی و آناتومیکی سالم مناسب باشد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5647_06563f3b418fe57f8fc331872343ce44.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Assessing the feasibility of marine animal tissue culture for lab-grown seafood in maritime systems ارزیابی امکان‌پذیری کشت بافت جانوران دریایی برای تولید غذای دریایی کشت‌شده در آزمایشگاه در سامانه‌های دریایی 539 552 5649 10.22103/jab.2026.25258.1711 FA آبیشک کومار پاندی استادیار، دانشگاه کالینگا، نایا رایپور، چتیسگر، هند. 0009-0005-3712-5629 دیپا بیسواس استادیار، دانشگاه کالینگا، نایا رایپور، چتیسگر، هند. 0009-0009-6875-7134 Journal Article 2025 05 13 Objective The current study attempts to explore the viability of using marine animal TC to generate seafood in laboratories. The current work focuses on exploring the biological and technical constraints associated with the large-scale culturing of marine organisms, especially in generating CBS. The current research is expected to shed light on the potential of CBS as a sustainable alternative in the seafood sector. Materials and Methods Tissue cultures of marine organisms, which include fish and crustaceans, have been utilized to assess the viability of producing CBS on a large scale. This includes the use of cell line generation, the creation of serum-free media, and the design of bioreactors. The integration of genetic engineering with conventional AC techniques was used to establish an ideal growth environment for the cells. Several culture conditions were assessed, including resistance to hypoxia, regulation of pH, and adaptation to low temperatures. Results This experiment indicated that marine animal cells, especially those from fish and crustaceans’ muscles, were better adapted to hypoxia and low temperatures than terrestrial cells. This is beneficial for CBS fabrication since it facilitates effective growth and differentiation of cells in the bioreactor. Furthermore, cell cultures derived from fish tissues were capable of forming tissue-like constructs on biodegradable scaffolds, which could pave the way for growing seafood in the laboratory. However, there were challenges associated with the creation of serum-free medium and bioreactor design. Conclusion In conclusion, marine animal tissue culture can potentially be used as a viable technology for growing seafood sustainably. While there are a myriad of physiological benefits associated with using marine cells in the manufacture of cultured seafood, much remains to be accomplished in addressing some technical challenges in this area, including the development of serum-free medium, culturing of cell lines, and bioreactor design. Solving these problems could usher in a paradigm shift in the industry, offering a sustainable solution to the burgeoning global demand for seafood. هدف: مطالعه حاضر تلاش می‌کند امکان استفاده از کشت بافت (TC) جانوران دریایی برای تولید غذای دریایی در آزمایشگاه را بررسی کند. پژوهش حاضر بر بررسی محدودیت‌های زیستی و فنی مرتبط با کشت در مقیاس بزرگ جانداران دریایی، به‌ویژه در تولید غذای دریایی کشت‌شده (CBS)، تمرکز دارد. انتظار می‌رود پژوهش حاضر بتواند بر ظرفیت غذای دریایی کشت‌شده (CBS) به‌عنوان یک جایگزین پایدار در بخش تولید غذای دریایی روشنگری کند. مواد و روش‌ها: از کشت‌های بافتی جانداران دریایی، شامل ماهی‌ها و سخت‌پوستان، برای ارزیابی امکان‌پذیری تولید غذای دریایی کشت‌شده (CBS) در مقیاس بزرگ استفاده شد. این فرایند شامل تولید رده‌های سلولی، ایجاد محیط‌های کشت بدون سرم و طراحی زیوراکتورها بود. تلفیق مهندسی ژنتیک با روش‌های متداول کشت سلولی حیوانی (AC) برای ایجاد یک محیط رشد ایده‌آل برای سلول‌ها مورد استفاده قرار گرفت. شرایط مختلف کشت، از جمله مقاومت به کمبود اکسیژن، تنظیم pH و سازگاری با دماهای پایین، مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج: این آزمایش نشان داد که سلول‌های جانوران دریایی، به‌ویژه سلول‌های عضلانی ماهی‌ها و سخت‌پوستان، در مقایسه با سلول‌های جانوران خشکی‌زی سازگاری بیشتری با کمبود اکسیژن و دماهای پایین داشتند. این ویژگی برای تولید غذای دریایی کشت‌شده (CBS) سودمند است، زیرا رشد و تمایز مؤثر سلول‌ها را در زیوراکتور تسهیل می‌کند. علاوه بر این، کشت‌های سلولی حاصل از بافت‌های ماهی قادر به تشکیل ساختارهای شبه‌بافتی بر روی داربست‌های زیست‌تخریب‌پذیر بودند که می‌تواند زمینه را برای پرورش غذای دریایی در آزمایشگاه فراهم کند. بااین‌حال، چالش‌هایی در ارتباط با ایجاد محیط کشت بدون سرم و طراحی زیوراکتور وجود داشت. نتیجه‌گیری: در نتیجه، کشت بافت جانوران دریایی می‌تواند به‌طور بالقوه به‌عنوان یک فناوری قابل‌اجرا برای تولید پایدار غذای دریایی مورد استفاده قرار گیرد. اگرچه استفاده از سلول‌های دریایی در تولید غذای دریایی کشت‌شده با مزایای فیزیولوژیکی متعددی همراه است، اما برای رفع برخی چالش‌های فنی موجود در این حوزه، از جمله توسعه محیط‌های کشت بدون سرم، کشت رده‌های سلولی و طراحی زیوراکتورها، هنوز اقدامات زیادی مورد نیاز است. حل این مشکلات می‌تواند موجب ایجاد یک تغییر اساسی در این صنعت شود و راهکاری پایدار برای پاسخ‌گویی به تقاضای فزاینده جهانی برای غذای دریایی ارائه دهد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5649_337cd73a31464dd4adfc3c5dbc356cd0.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Effect of chitosan on in vitro growth and bioactive metabolite production in Lavandula angustifolia Mill. تأثیر کیتوزان بر رشد درون‌شیشه‌ای (in vitro) و تولید متابولیت‌های زیست‌فعال در Lavandula angustifolia Mill. 553 574 5663 10.22103/jab.2026.27369.1943 FA محمد ا. محمد گروه زیست‌فناوری، دانشکده علوم، دانشگاه الانبار، رمادی 31001، عراق. 0000-0002-7693-8252 براء ح. صالح گروه زیست‌شناسی، دانشکده آموزش بانوان، دانشگاه الانبار، رمادی 31001، عراق 0009-0002-3968-5185 احمد ا. مشعان گروه زیست‌فناوری، دانشکده علوم، دانشگاه الانبار، رمادی 31001، عراق 0009-0001-4524-6106 م. س. الراوی گروه فارماکولوژی و سم‌شناسی، دانشکده داروسازی، دانشگاه الانبار، رمادی 31001، عراق 0000-0002-6247-3511 علی ف. المحمدی گروه کشاورزی حفاظتی، مرکز مطالعات بیابان، دانشگاه الانبار، رمادی 31001، عراق. 0000-0003-1840-1681 Journal Article 2026 06 05 Objective Low production of bioactive metabolites remains one of the major limitations in commercial production of Lavandula angustifolia. Chitosan has been proposed as an effective elicitor for enhancing secondary metabolite biosynthesis under in vitro conditions. This study aimed to evaluate the effect of chitosan, a biological derivative of chitin, on the growth and active compound content of lavender plants cultured in vitro. Materials and methods A completely randomized design with four chitosan concentrations (0, 50, 100, and 200 mg L⁻¹) was used. Moreover, ten biological replicates per treatment were used for in vitro cultured Lavandula angustifolia plantlets. Vegetative growth parameters, including plant height, branch number, leaf number, fresh weight, and dry weight were recorded, after four weeks of culture. GC–MS was used for analysing volatile metabolites and HPLC was applied for quantifying phenolic compounds. Results The results of the current study showed that plant growth and metabolite accumulation are significantly influenced by chitosan (p < 0.05). Using chitosan (100 mg L⁻¹) produced the highest biomass, except for number of branches that the greatest number of branches was recorded at 50 mg L⁻¹. This treatment, in comparison with the control increased plant height (90%), fresh weight (199%), and dry weight (142%). At this concentration, the highest levels for quercetin, rosmarinic acid, luteolin, apigenin, caffeic acid, and ferulic acid were 95.6 ppm, 90.5 ppm, 88.7 ppm, 83.9 ppm, 81.4 ppm, and 70.6 ppm, respectively. In contrast, 50 mg L⁻¹ chitosan induced the accumulation of 2-nitroethyl propionate, whereas 200 mg L⁻¹ reduced both growth and phenolic accumulation, indicating inhibitory effects at higher concentrations. Conclusion The current research showed that chitosan can successfully increase the growth and secondary metabolite production of Lavandula angustifolia cultured in vitro in a concentration-dependent manner. Overall, 100 mg L⁻¹ was the optimum concentration because it produced the highest biomass and phenolic accumulation, although the maximum branch number was observed at 50 mg L⁻¹. Our results showed that supplementing in vitro culture media with 100 mg L⁻¹ chitosan can be used as a practical strategy for improving the production of valuable bioactive compounds in lavender. For validation of the underlying mechanisms and support commercial application, it would be better to perform further molecular and greenhouse studies. هدف: تولید پایین متابولیت‌های زیست‌فعال همچنان یکی از محدودیت‌های اصلی در تولید تجاری اسطوخودوس محسوب می‌شود. کیتوزان به‌عنوان یک محرک مؤثر برای افزایش زیست‌ساخت متابولیت‌های ثانویه در شرایط in vitro پیشنهاد شده است. این مطالعه با هدف ارزیابی اثر کیتوزان، که یک مشتق زیستی از کیتین است، بر رشد و میزان ترکیبات فعال گیاهان اسطوخودوس کشت‌شده در شرایط in vitro انجام شد. مواد و روش‌ها: یک طرح کاملاً تصادفی با چهار غلظت کیتوزان شامل 0، 50، 100 و 200 میلی‌گرم در لیتر مورد استفاده قرار گرفت. همچنین، برای هر تیمار، ده تکرار زیستی از گیاهچه‌های اسطوخودوس کشت‌شده در شرایط in vitro استفاده شد. پارامترهای رشد رویشی شامل ارتفاع گیاه، تعداد شاخه‌ها، تعداد برگ‌ها، وزن تر و وزن خشک پس از چهار هفته کشت ثبت شدند. برای تجزیه ‌ وتحلیل متابولیت‌های فرّار از روش GC–MS و برای اندازه‌گیری ترکیبات فنولی از روش HPLC استفاده شد. نتایج: نتایج مطالعه حاضر نشان داد که رشد گیاه و تجمع متابولیت‌ها به‌طور معنی‌داری تحت تأثیر کیتوزان قرار گرفتند (p < 0.05). استفاده از کیتوزان با غلظت 100 میلی‌گرم در لیتر بیشترین میزان زیست‌توده را تولید کرد، به‌جز تعداد شاخه‌ها که بیشترین تعداد شاخه در غلظت 50 میلی‌گرم در لیتر مشاهده شد. این تیمار در مقایسه با شاهد، موجب افزایش ارتفاع گیاه (90 درصد)، وزن تر و وزن خشک درصد) شد. در این غلظت، بیشترین مقادیر ترکیبات کوئرستین، اسید رزمارینیک، لوتئولین، آپیژنین، اسید کافئیک و اسید فرولیک به‌ترتیب برابر با 6/95 ppm، 5/90 ppm، 7/88 ppm، 9/83 ppm، 4/81 ppm و 6/70 ppm بود. در مقابل، کیتوزان با غلظت 50 میلی‌گرم در لیتر موجب تجمع ترکیب 2-nitroethyl propionate شد، در حالی‌که غلظت 200 میلی‌گرم در لیتر باعث کاهش رشد و کاهش تجمع ترکیبات فنولی گردید که نشان‌دهنده اثرات بازدارنده در غلظت‌های بالاتر است. نتیجه‌گیری: پژوهش حاضر نشان داد که کیتوزان می‌تواند رشد و تولید متابولیت‌های ثانویه در اسطوخودوس کشت‌شده در شرایط in vitro را به‌صورت وابسته به غلظت افزایش دهد. به‌طور کلی، غلظت 100 میلی‌گرم در لیتر به‌عنوان غلظت بهینه شناخته شد، زیرا بیشترین میزان زیست‌توده و تجمع ترکیبات فنولی را ایجاد کرد؛ اگرچه بیشترین تعداد شاخه در غلظت 50 میلی‌گرم در لیتر مشاهده شد. نتایج ما نشان داد که افزودن 100 میلی‌گرم در لیتر کیتوزان به محیط‌های کشت in vitro می‌تواند به‌عنوان یک راهبرد عملی برای بهبود تولید ترکیبات زیست‌فعال ارزشمند در اسطوخودوس مورد استفاده قرار گیرد. برای اعتبارسنجی مکانیسم‌های زیربنایی و حمایت از کاربرد تجاری، انجام مطالعات مولکولی و گلخانه‌ای بیشتر پیشنهاد می‌شود.

https://jab.uk.ac.ir/article_5663_ac71e0079799a57cc6616312cbbbaf84.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Effects of chronic cigarette smoke exposure and alcohol exposure on testicular histopathology, morphometry, and gene expression in adult male rats اثر مواجهه مزمن با دود سیگار و الکل بر هیستوپاتولوژی بیضه، مورفومتری و بیان ژن در موش‌های صحرایی نر بالغ 575 592 5667 10.22103/jab.2026.27465.1953 FA اسماء محمد مکی گروه آناتومی و بافت‌شناسی انسانی، دانشکده پزشکی، دانشگاه بابل، عراق. 0000-0002-0929-7985 شیماء ا. العبیدی گروه آناتومی و بافت‌شناسی انسانی، دانشکده پزشکی، دانشگاه بابل، عراق. 0000-0002-1518-5170 Journal Article 2026 06 17 Objective Cigarette smoking and alcohol are two important lifestyle factors that affect male reproductive health. However, the effects of individual and combined chronic exposure to cigarette smoke and alcohol on testicular architecture, selected gene expression profiles, and spermatogenesis remain incompletely understood. The aim of this study was to investigate the chronic effects of cigarette smoke and alcohol on histological, morphometrical and molecular status in testicular tissue in adult male rats. Materials and methods Forty adult male Sprague-Dawley rats were randomly divided in four groups (n = 10 per group). These groups were control, cigarette smoke-exposed, alcohol-exposed, and combined cigarette smoke- and alcohol-exposed groups. The exposure period was 8 weeks. Testicular histopathological and morphometric changes were evaluated. Moreover, the expression of genes related to oxidative stress (Nrf2 and HO-1), apoptosis (Bax and Bcl-2), steroidogenesis (StAR and CYP11A1), and spermatogenesis (DAZL and SYCP3) was assessed using quantitative real-time PCR (qRT-PCR). Results The results showed that exposure to cigarette smoke, alcohol or their combination significantly reduced the expression of Nrf2, HO-1, StAR, CYP11A1, DAZL, Bcl-2 and SYCP3. While, it increased the expression of Bax (P < 0.05). These molecular changes were accompanied by significant histopathological and morphometric changes. For example, it caused a decrease in the diameter of the seminiferous tubules, a decrease in the thickness of the germinal epithelium, a decrease in the density of spermatogenic cells and a decrease in the density of Leydig cells. The most pronounced changes were observed in the combined exposure group. Conclusions Chronic cigarette smoking and alcohol drinking negatively impact the structure and function of the testes through mechanisms of oxidative stress, apoptosis, inhibition of steroidogenesis, and disordered spermatogenesis. The combined exposure generates amplifying damage which far exceeds what each factor causes in isolation, suggesting that such lifestyle habits may represent major male infertility risk factors together. هدف: سیگار کشیدن و مصرف الکل دو عامل مهم سبک زندگی هستند که بر سلامت تولیدمثل مردان تأثیر می‌گذارند. بااین‌حال، اثرات مواجهه مزمن و منفرد یا ترکیبی با دود سیگار و الکل بر ساختار بیضه، الگوهای منتخب بیان ژن و اسپرم‌زایی هنوز به‌طور کامل شناخته نشده است. هدف این مطالعه، بررسی اثرات مزمن دود سیگار و الکل بر وضعیت بافت‌شناختی، مورفومتریک و مولکولی بافت بیضه در موش‌های صحرایی نر بالغ بود. مواد و روش‌ها: چهل موش صحرایی نر بالغ از نژاد Sprague-Dawley به‌طور تصادفی به چهار گروه تقسیم شدند (10 موش در هر گروه). این گروه‌ها شامل گروه شاهد، گروه در معرض دود سیگار، گروه در معرض الکل و گروه در معرض ترکیبی دود سیگار و الکل بودند. دوره مواجهه 8 هفته بود. تغییرات هیستوپاتولوژیک و مورفومتریک بیضه ارزیابی شد. علاوه بر این، بیان ژن‌های مرتبط با استرس اکسیداتیو (Nrf2 و HO-1)، آپوپتوز ( Bax و Bcl-2)، استروئیدزایی ( StAR و CYP11A1)، و اسپرم‌زایی ( DAZL و SYCP3) با استفاده از روش واکنش زنجیره‌ای پلیمراز کمی در زمان واقعی (qRT-PCR) مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج: نتایج نشان داد که مواجهه با دود سیگار، الکل یا ترکیب آن‌ها، بیان ژن‌های Nrf2، HO-1، StAR، CYP11A1، DAZL، Bcl-2 و SYCP3 را به‌طور معنی‌داری کاهش داد، در حالی‌که بیان Bax افزایش یافت (P < 0.05). این تغییرات مولکولی با تغییرات معنی‌دار هیستوپاتولوژیک و مورفومتریک همراه بودند. برای مثال، این مواجهه‌ها موجب کاهش قطر لوله‌های منی‌ساز، کاهش ضخامت اپی‌تلیوم زایشی، کاهش تراکم سلول‌های اسپرم‌زا و کاهش تراکم سلول‌های لایدیگ شدند. بارزترین تغییرات در گروه مواجهه ترکیبی مشاهده شد. نتیجه‌گیری: مصرف مزمن سیگار و الکل از طریق مکانیسم‌های مرتبط با استرس اکسیداتیو، آپوپتوز، مهار استروئیدزایی و اختلال در اسپرم‌زایی، تأثیرات منفی بر ساختار و عملکرد بیضه‌ها دارد. مواجهه ترکیبی موجب ایجاد آسیب تشدیدشده‌ای می‌شود که به‌مراتب فراتر از آسیب ایجادشده توسط هر یک از عوامل به‌تنهایی است؛ این امر نشان می‌دهد که چنین عادات سبک زندگی، در صورت همراهی با یکدیگر، می‌توانند از عوامل خطر مهم ناباروری مردان باشند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5667_c34a7191f6e9948068b83e7179ea3da8.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Morphological, histological, and gene expression profiling of the respiratory system in the Iraqi hoopoe (Upupa epops) بررسی ریخت‌شناختی، بافت‌شناختی و الگوی بیان ژن در دستگاه تنفسی هدهد عراقی (Upupa epops) 593 614 5668 10.22103/jab.2026.27563.1962 FA سلیم صالح علی الخاقانی گروه آناتومی و بافت‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم الخضراء، بابل، 51013، عراق. 0000-0002-7712-7267 رنین صفاء حمد گروه آناتومی و بافت‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم الخضراء، بابل، 51013، عراق. 0009-0006-3360-7513 علی کاظم حمادی الجبوری گروه تولیدات دامی، دانشگاه سومر، دانشکده کشاورزی، بابل، 51013، عراق 0000-0003-2841-3168 اخلاص عبد حمزه العلوانی گروه آناتومی و بافت‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم الخضراء، بابل، 51013، عراق جعفر غازی عباس الجبوری گروه آناتومی و بافت‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم الخضراء، بابل، 51013، عراق 0000-0003-1568-4081 مصطفی فاضل گروه آناتومی و بافت‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم الخضراء، بابل، 51013، عراق. 0009-0008-4223-7176 احلام ج. ح. الخماس گروه آناتومی و بافت‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم الخضراء، بابل، 51013، عراق 0000-0002-4970-4071 اسامه مرتضی گروه آناتومی و بافت‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم الخضراء، بابل، 51013، عراق. 0009-0008-6992-9033 آمنه عماد جواد گروه آناتومی و بافت‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم الخضراء، بابل، 51013، عراق. 0009-0007-7384-4393 محمد صلاح حسن سماوی گروه آناتومی و بافت‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم الخضراء، بابل، 51013، عراق. 0009-0006-4626-3609 سراج م. الکفاجی گروه آناتومی و بافت‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم الخضراء، بابل، 51013، عراق. 0000-0003-0425-9901 صابرین م. الجنابی گروه آناتومی و بافت‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم الخضراء، بابل، 51013، عراق. 0009-0005-2453-6576 حوراء ک. جودی گروه فیزیک پزشکی، دانشکده دانشگاه حله، بابل، عراق. 0000-0002-3225-6217 Journal Article 2026 07 05 Objective Studies have shown that the anatomical and functional organization of the avian respiratory system is highly specialized. However, in the hoopoe (Upupa epops), the integrated morphological, histological, and molecular features of the respiratory system have not yet been fully and clearly studied and reported. The aim of this study was to characterize the respiratory system of the hoopoe (Upupa epops) using an integrated morphological, histological, and molecular approach. The molecular analysis focused on genes involved in oxygen sensing, vascular signaling, and inflammation. Materials and methods Gross morphometry, histological analysis with hematoxylin and eosin and Masson's trichrome staining, and reverse transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) were used to study eight adult hoopoes (Upupa epops). Gene expression analysis was performed for hypoxia-inducible factor 1-alpha (HIF1A), vascular endothelial growth factor A (VEGFA), and tumor necrosis factor (TNF). The reference gene was ACTB. Appropriate paired statistical tests were used to assess morphometric measurements and gene expression levels. Correlation analyses were applied to study associations between molecular and structural variables. Results Tracheal diameter decreased significantly from cranial to caudal with a strong effect (p<0.001). The thickness of the left and right lungs was similar (p>0.05). Histological examination revealed ciliated pseudostratified epithelium and goblet cells in the trachea. The submucosa contained seromucous glands and was supported by hyaline cartilage. The lungs exhibited parabronchi, atria, infundibula, and a dense network of air capillaries. Hypoxia-inducible factor 1-alpha levels were higher in the lung compared to the trachea (p<0.05; fold-change >1.5). Vascular Endothelial Growth Factor A levels also increased in the lung (p<0.05; fold-change >1.5). Tumor Necrosis Factor (TNF (levels remained low and did not show a tissue difference (p>0.05). HIF1A and VEGFA levels were positively correlated across samples (r>0.6, p<0.05). Actin cytoskeleton beta (ACTB) expression was stable across the analyzed tissues. These molecular findings were consistent with the dense capillary network observed histologically. Conclusion The higher HIF1A transcript abundance observed in lung tissue may indicate enhanced activation of oxygen-responsive pathways; however, because HIF-1α protein levels and direct tissue oxygenation were not measured, these findings should not be interpreted as direct evidence of tissue hypoxia. This multi-level approach validates the use of combined morpho-histological and RT-qPCR analysis to characterize avian respiratory health and adaptation. هدف: مطالعات نشان داده‌اند که سازمان‌یافتگی آناتومیکی و عملکردی دستگاه تنفسی پرندگان بسیار تخصص‌یافته است. بااین‌حال، در هدهد (Upupa epops)، ویژگی‌های یکپارچه ریخت‌شناختی، بافت‌شناختی و مولکولی دستگاه تنفسی هنوز به‌طور کامل و روشن مورد مطالعه قرار نگرفته‌اند. هدف این مطالعه، بررسی ویژگی‌های دستگاه تنفسی ه هدهد (Upupa epops) با استفاده از یک رویکرد یکپارچه ریخت‌شناختی، بافت‌شناختی و مولکولی بود. تجزیه‌وتحلیل مولکولی بر ژن‌های دخیل در حس‌کردن اکسیژن، پیام‌رسانی عروقی و التهاب متمرکز بود. مواد و روش‌ها: برای مطالعه هشت هدهد بالغ (Upupa epops) از مورفومتری ماکروسکوپی، تجزیه‌وتحلیل بافت‌شناختی با استفاده از رنگ‌آمیزی هماتوکسیلین و ائوزین و تری‌کروم ماسون، و واکنش زنجیره‌ای پلیمراز کمی با رونویسی معکوس (RT-qPCR) استفاده شد. تجزیه‌وتحلیل بیان ژن برای فاکتور القاشونده با هیپوکسی 1-آلفا (HIF1A)، فاکتور رشد اندوتلیال عروقی A (VEGFA) و فاکتور نکروز توموری (TNF) انجام شد. ژن مرجع ACTB بود. برای ارزیابی اندازه‌گیری‌های مورفومتریک و سطوح بیان ژن، از آزمون‌های آماری زوجی مناسب استفاده شد. تجزیه‌وتحلیل‌های همبستگی برای بررسی ارتباط میان متغیرهای مولکولی و ساختاری به کار رفتند. نتایج: قطر نای از قسمت جمجمه‌ای به سمت قسمت دمی به‌طور معنی‌داری کاهش یافت و این اثر از شدت بالایی برخوردار بود (p<0.001). ضخامت ریه چپ و راست مشابه بود (p>0.05). بررسی بافت‌شناختی، وجود اپی‌تلیوم مژک‌دار کاذب‌چندلایه و سلول‌های جامی را در نای نشان داد. لایه زیرمخاطی حاوی غدد سرو‌موکوسی بود و توسط غضروف هیالین حمایت می‌شد. ریه‌ها دارای پارابرونش‌ها، دهلیزها، اینفاندیبولا و شبکه متراکمی از مویرگ‌های هوایی بودند. سطوح فاکتور القاشونده با هیپوکسی 1-آلفا در ریه در مقایسه با نای بالاتر بود (p<0.05; fold-change >1.5). سطوح فاکتور رشد اندوتلیال عروقی A نیز در ریه افزایش یافت (p<0.05; fold-change >1.5). سطوح فاکتور نکروز توموری (TNF) پایین باقی ماندند و تفاوتی بین بافت‌ها نشان ندادند (p>0.05). سطوح HIF1A و VEGFA در نمونه‌ها همبستگی مثبت داشتند (r>0.6, p<0.05). بیان بتا اکتین اسکلت سلولی (ACTB) در بافت‌های مورد بررسی پایدار بود. این یافته‌های مولکولی با شبکه متراکم مویرگی مشاهده‌شده در بررسی بافت‌شناختی مطابقت داشتند. نتیجه‌گیری: فراوانی بیشتر رونوشت HIF1A مشاهده‌شده در بافت ریه ممکن است نشان‌دهنده فعال‌شدن بیشتر مسیرهای پاسخ‌دهنده به اکسیژن باشد. بااین‌حال، از آنجا که سطوح پروتئین HIF-1α و اکسیژن‌رسانی مستقیم بافت اندازه‌گیری نشدند، این یافته‌ها نباید به‌عنوان شواهد مستقیم هیپوکسی بافتی تفسیر شوند. این رویکرد چندسطحی، استفاده از ترکیب تجزیه‌وتحلیل‌های مورفو-بافت‌شناختی و RT-qPCR را برای بررسی سلامت و سازگاری دستگاه تنفسی پرندگان تأیید می‌کند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5668_048e9aee4ffe42efbf7865f0bd5a2fa4.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Effects of sodium azide (NaN3) treatment on in vitro growth and genetic variation in the Garnem rootstock اثر تیمار آزید سدیم (NaN₃) بر رشد درون‌شیشه‌ای و تنوع ژنتیکی پایه Garnem 615 628 5686 10.22103/jab.2026.27271.1922 FA سارا علی محمد الحیانی گروه باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه دیالی، عراق. 0000-0002-7295-9574 محمد د. عبدلهادی گروه باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه دیالی، عراق 0000-0002-9186-1564 ایاد عاصی عبید گروه باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه دیالی، عراق 0000-0001-5853-9664 Journal Article 2026 05 23 Objective Sodium azide is a mutagenic chemical used to create genetic diversity in plants. The aim of this study was to investigate the effect of different concentrations of sodium azide on the in vitro growth of Garnem rootstock and to identify possible changes in the sequence of the chloroplast rbcL gene after treatment. Materials and methods This study was conducted on Garnem rootstock under in vitro conditions from August 2021 to June 2022. Homogenized explants were treated with sodium azide at concentrations of 13 and 26 mg/L for 60 minutes, and untreated samples were considered as controls. Each treatment consisted of 10 independent replicates. After treatment, the explants were cultured in proliferation medium containing 6 mg/L kinetin (Kin) and 1 mg/L 6-benzylaminopurine (BA). Mortality percentage, number of branches, branch length and number of leaves were evaluated. Also, a fragment of the rbcL gene was amplified by PCR and sequenced in the control and treated samples. Sequence similarity was examined using BLAST. Results Sodium azide affected the survival and growth of branches. The highest mortality of explants (70%) was observed at a concentration of 26 mg/L, while no mortality was recorded in the control treatment. The highest average number of branches and leaves was obtained in the control. The length of branches also differed between the treatments; the highest value was observed at a concentration of 26 and the lowest value at a concentration of 13 mg/L. Sequence comparison showed that in the studied region of the rbcL gene of the treated samples, there were possible changes in some nucleotides. The studied sequences had a high similarity with the reference sequence of Prunus persica rbcL with accession number JN114836.1 in GenBank. Conclusion Sodium azide affected the viability and in vitro growth of Garnemo basal explants in a concentration-dependent manner. Also, sequence changes in the studied region of the chloroplast rbcL gene were observed after treatment. However, to confirm the mutational nature, heritability, and extent of these changes, further biological replicates and sequencing of additional genomic regions are necessary. هدف: آزید سدیم یک ماده شیمیایی جهش‌زا است که برای ایجاد تنوع ژنتیکی در گیاهان مورد استفاده قرار می‌گیرد. هدف از این مطالعه، بررسی اثر غلظت‌های مختلف آزید سدیم بر رشد درون‌شیشه‌ای پایه Garnem و شناسایی تغییرات احتمالی در توالی ژن کلروپلاستی rbcL پس از تیمار بود. مواد و روش‌ها: این مطالعه بر روی پایه Garnem تحت شرایط درون‌شیشه‌ای، از اوت 2021 تا ژوئن 2022 انجام شد. ریزنمونه‌های همگن با آزید سدیم در غلظت‌های 13 و 26 میلی‌گرم در لیتر به مدت 60 دقیقه تیمار شدند و نمونه‌های تیمارنشده به‌عنوان شاهد در نظر گرفته شدند. هر تیمار شامل 10 تکرار مستقل بود. پس از تیمار، ریزنمونه‌ها در محیط تکثیر حاوی 6 میلی‌گرم در لیتر کینتین (Kin) و 1 میلی‌گرم در لیتر 6-بنزیل‌آمینوپورین (BA) کشت شدند. درصد مرگ‌ومیر، تعداد شاخه‌ها، طول شاخه‌ها و تعداد برگ‌ها ارزیابی شد. همچنین، قطعه‌ای از ژن rbcL با استفاده از روش PCR تکثیر و در نمونه‌های شاهد و تیمارشده تعیین توالی شد. میزان شباهت توالی‌ها با استفاده از BLAST بررسی گردید. نتایج: آزید سدیم بر زنده‌مانی و رشد شاخه‌ها تأثیر گذاشت. بیشترین میزان مرگ‌ومیر ریزنمونه‌ها (70 درصد) در غلظت 26 میلی‌گرم در لیتر مشاهده شد، در حالی‌که در تیمار شاهد هیچ مرگ‌ومیری ثبت نشد. بیشترین میانگین تعداد شاخه‌ها و برگ‌ها در تیمار شاهد به دست آمد. طول شاخه‌ها نیز بین تیمارها متفاوت بود؛ به‌طوری‌که بیشترین مقدار در غلظت 26 میلی‌گرم در لیتر و کمترین مقدار در غلظت 13 میلی‌گرم در لیتر مشاهده شد. مقایسه توالی‌ها نشان داد که در ناحیه مورد مطالعه از ژن rbcL در نمونه‌های تیمارشده، تغییرات احتمالی در برخی نوکلئوتیدها وجود دارد. توالی‌های مورد مطالعه شباهت بالایی با توالی مرجع ژن rbcL در گونه Prunus persica با شماره دسترسی JN114836.1 در بانک ژنی GenBank داشتند. نتیجه‌گیری: آزید سدیم به‌صورت وابسته به غلظت بر زنده‌مانی و رشد درون‌شیشه‌ای ریزنمونه‌های پایه Garnem تأثیر گذاشت. همچنین، پس از تیمار، تغییراتی در توالی ناحیه مورد مطالعه از ژن کلروپلاستی rbcL مشاهده شد. بااین‌حال، برای تأیید ماهیت جهشی این تغییرات، قابلیت وراثت آن‌ها و میزان گسترش این تغییرات، انجام مطالعات بیشتر با تعداد تکرارهای زیستی بیشتر و تعیین توالی نواحی ژنومی اضافی ضروری است.

https://jab.uk.ac.ir/article_5686_07bb5fdef1ee99d35eaccce14f8b5540.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Dose-dependent effects of neotame on hepatic Th and Cyp1a2 mRNA expression, dopamine level, and hepatic histopathology in male rats اثرات وابسته به دوز نئوتام بر بیان mRNA ژن‌های کبدی Th و Cyp1a2، سطح دوپامین و هیستوپاتولوژی کبد در موش‌های صحرایی نر 629 648 5696 10.22103/jab.2026.27817.1996 FA رنداح ف. حسن دانشکده علوم، دانشگاه القاسم الخضراء، 51013، بابل، عراق 0000-0001-6313-8769 حسن ک. العوادی دانشکده علوم، دانشگاه القاسم الخضراء، 51013، بابل، عراق 0000-0003-0895-838X روا س. ا. العزاوی دانشکده علوم، دانشگاه القاسم الخضراء، 51013، بابل، عراق. 0000-0002-2559-703X Journal Article 2026 08 07 Objective Neotame is a high-intensity, non-caloric dipeptide sweetener structurally related to aspartame that is approved for use in foods and beverages. Because it is metabolized in the liver and shares structural features with compounds shown to disturb hepatic drug-metabolizing enzymes and catecholaminergic signaling, concerns persist regarding its dose-dependent effects on hepatic gene expression and dopaminergic-related systemic function. This study was designed to evaluate the dose-dependent effects of orally administered neotame on the hepatic expression of tyrosine hydroxylase (TH) and cytochrome P450 1A2 (CYP1A2) genes, serum dopamine concentration, liver function biomarkers, and hepatic histoarchitecture in adult male albino rats. Material and methods Four groups of ten adult male Wistar rats (forty rats in total) were randomly selected. One group of animals was a control group treated with solvent and the other three groups were treated with neotame for 60 consecutive days. The doses used were 250, 500, or 750 mg/kg body weight per day, administered by oral gavage. Hepatic TH and CYP1A2 mRNA expression was quantified by quantitative real-time reverse-transcription PCR (qRT-PCR) with normalization to validated reference gene. Serum dopamine was measured by ELISA; liver function was assessed via ALT, AST, ALP, total protein, and total bilirubin; and liver sections were examined histopathologically. Data were analyzed by one-way ANOVA with Duncan's and Tukey's post-hoc test, and Pearson correlation coefficients were calculated between gene expression and biochemical/histological markers. Results Neotame produced a dose-dependent downregulation of hepatic TH mRNA and a concomitant reduction in serum dopamine, together with dose-dependent upregulation of hepatic CYP1A2 mRNA and elevation of ALT and AST activities, accompanied by progressively more severe periportal inflammation, hepatocellular vacuolation, and mild fibrosis at the highest dose. TH expression correlated positively with serum dopamine and negatively with CYP1A2 expression and liver enzyme activities. Conclusion This study suggests that dose-dependent changes in hepatic Th and Cyp1a2 mRNA expression, serum dopamine concentration, liver biochemical markers, and liver histopathology in male rats may be due to the fact that these animals were chronically exposed to high doses of neotame. These results confirm the need for further studies to use more reference genes, perform protein level measurements, and evaluate the mechanism of the relevant signaling pathways. هدف: نئوتام یک شیرین‌کننده دی‌پپتیدی با شدت شیرینی بالا و بدون کالری است که از نظر ساختاری با آسپارتام ارتباط دارد و برای استفاده در مواد غذایی و نوشیدنی‌ها تأیید شده است. این مطالعه با هدف بررسی اثرات وابسته به دوز تجویز خوراکی نئوتام بر بیان ژن‌های تیروزین هیدروکسیلاز (TH) و سیتوکروم P450 1A2 (CYP1A2) در کبد، غلظت دوپامین سرم، شاخص‌های عملکرد کبد و ساختار بافتی کبد در موش‌های صحرایی نر بالغ آلبینو طراحی شد. مواد و روش‌ها: چهار گروه شامل 10 موش صحرایی نر بالغ نژاد ویستار (در مجموع 40 موش) به‌صورت تصادفی انتخاب شدند. یک گروه از حیوانات به‌عنوان گروه کنترل با حلال تیمار شد و سه گروه دیگر به مدت 60 روز متوالی با نئوتام تیمار شدند. دوزهای مورد استفاده شامل 250، 500 یا 750 میلی‌گرم به ازای هر کیلوگرم وزن بدن در روز بود که از طریق گاواژ خوراکی تجویز شد. بیان mRNA ژن‌های کبدی TH و CYP1A2 با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز کمی بلادرنگ با رونویسی معکوس (qRT-PCR) و با نرمال‌سازی نسبت به ژن مرجع، اندازه‌گیری شد. دوپامین سرم با استفاده از روش ELISA ا ندازه‌گیری شد. عملکرد کبد از طریق اندازه‌گیری ALT، AST، ALP، پروتئین تام و بیلی‌روبین تام ارزیابی شد و مقاطع کبدی نیز از نظر هیستوپاتولوژیک مورد بررسی قرار گرفتند. داده‌ها با استفاده از آزمون ANOVA یک‌طرفه همراه با آزمون‌های پس‌آزمون دانکن و توکی تجزیه‌وتحلیل شدند و ضرایب همبستگی پیرسون بین بیان ژن و شاخص‌های بیوشیمیایی/بافت‌شناختی محاسبه شد. نتایج: نئوتام باعث کاهش وابسته به دوز بیان mRNA ژن TH در کبد و کاهش همزمان دوپامین سرم شد. در مقابل، افزایش وابسته به دوز بیان mRNA ژن CYP1A2 در کبد و افزایش فعالیت آنزیم‌های ALT و AST مشاهده شد. این تغییرات با افزایش تدریجی شدت التهاب اطراف ورید باب، واکوئله‌شدن سلول‌های کبدی و ایجاد فیبروز خفیف در بالاترین دوز همراه بود. بیان TH با غلظت دوپامین سرم همبستگی مثبت و با بیان CYP1A2 و فعالیت آنزیم‌های کبدی همبستگی منفی داشت. نتیجه‌گیری: این مطالعه نشان می‌دهد که تغییرات وابسته به دوز در بیان mRNA ژن‌های کبدی Th و Cyp1a2، غلظت دوپامین سرم، شاخص‌های بیوشیمیایی کبد و هیستوپاتولوژی کبد در موش‌های صحرایی نر ممکن است ناشی از قرارگیری مزمن این حیوانات در معرض دوزهای بالای نئوتام باشد. این نتایج بر ضرورت انجام مطالعات بیشتر برای استفاده از ژن‌های مرجع بیشتر، اندازه‌گیری سطوح پروتئینی و بررسی مکانیسم مسیرهای پیام‌رسانی مرتبط تأکید می‌کنند.

https://jab.uk.ac.ir/article_5696_b8cfbf77a3d250a4523ba67a65a7d031.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Molecular Detection of Toxoplasma gondii Using Real-Time PCR in Broiler Chickens from Baghdad City, Iraq تشخیص مولکولی Toxoplasma gondii با استفاده از PCR زمان واقعی در جوجه‌های گوشتی شهر بغداد، عراق 649 662 5697 10.22103/jab.2026.27651.1976 FA رانا محمد ابراهیم گروه میکروب‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه بغداد، بغداد، عراق. 0009-0007-1955-0570 Journal Article 2026 07 17 Objective Toxoplasma gondii is an intracellular protozoan parasite responsible for toxoplasmosis, an important zoonotic disease affecting humans and animals worldwide. Broiler chickens are considered potential sources of infection due to their exposure to contaminated environments and their role in food transmission. The present study aimed to detect T. gondii in broiler chickens in Baghdad city using conventional PCR and reverse transcription quantitative PCR (RT-qPCR) techniques. Materials and methods A total of 50 broiler chicken samples were collected from local live chicken selling and slaughtering markets in different areas of Baghdad city, including Abu Ghraib, Al-Ghazaliya, Al-Adl, Al-Shorja, and Jameela markets, during the period from January 2026 to June 2026. Blood samples were collected under aseptic conditions and transferred to the College of Veterinary Medicine, University of Baghdad, for molecular examination. Genomic DNA was extracted for conventional PCR analysis, while total RNA was extracted, reverse-transcribed into cDNA, and analyzed by RT-qPCR targeting the B1 gene of T. gondii. Results Conventional PCR successfully amplified the 18S rRNA gene, producing the expected 976 bp amplicon confirmed by agarose gel electrophoresis. T. gondii was identified in 20 of 50 (40.0%) blood samples from broiler chickens, whereas 30 (60.0%) were negative for T. gondii by RT-qPCR targeting of B1 gene. Ct values ranged from 27.5 to 41.9 in the positive samples. The difference between positive and negative samples (P = 0.0471, P ≤ 0.05) was proved by statistical analysis of the data. Conclusion The study concluded that broiler chickens in Baghdad city may play an important role in the transmission of toxoplasmosis and represent a potential public health risk. Real-Time PCR was found to be a sensitive and reliable method for molecular detection of T. gondii infection in broiler chickens. هدف: Toxoplasma gondii یک انگل تک‌یاخته‌ای داخل‌سلولی است که عامل بیماری توکسوپلاسموز، یک بیماری مهم مشترک بین انسان و حیوان، در سراسر جهان محسوب می‌شود. جوجه‌های گوشتی به دلیل قرار گرفتن در معرض محیط‌های آلوده و نقش آن‌ها در انتقال آلودگی از طریق مواد غذایی، به‌عنوان منابع بالقوه عفونت در نظر گرفته می‌شوند. مطالعه حاضر با هدف شناسایی T. gondii در جوجه‌های گوشتی شهر بغداد با استفاده از روش‌های PCR معمولی و PCR کمی زمان واقعی با رونویسی معکوس (RT-qPCR) انجام شد. مواد و روش‌ها: در مجموع، 50 نمونه از جوجه‌های گوشتی از بازارهای محلی فروش و کشتار مرغ زنده در مناطق مختلف شهر بغداد، شامل بازارهای ابوغریب، الغزالیه، العدل، الشورجه و جمیله، طی دوره زمانی ژانویه 2026 تا ژوئن 2026 جمع‌آوری شد. نمونه‌های خون در شرایط آسپتیک جمع‌آوری و برای بررسی‌های مولکولی به دانشکده دامپزشکی دانشگاه بغداد منتقل شدند. DNA ژنومی برای انجام PCR معمولی استخراج شد. سپس RNA تام استخراج شد و پس از رونویسی معکوس به cDNA، با استفاده از RT-qPCR و با هدف قرار دادن ژن B1 متعلق به T. gondii مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: PCR معمولی با موفقیت ژن 18S rRNA را تکثیر کرد و محصول مورد انتظار به اندازه 976 جفت‌باز تولید شد که با استفاده از الکتروفورز روی ژل آگارز تأیید گردید. T. gondii در 20 مورد از 50 نمونه خون جوجه‌های گوشتی (40.0%) شناسایی شد، درحالی‌که 30 نمونه (60.0%) در RT-qPCR با هدف قرار دادن ژن B1 برای T. gondii منفی بودند. مقادیر Ct در نمونه‌های مثبت از 5/27 تا 9/41 متغیر بود. تحلیل آماری داده‌ها اختلاف بین نمونه‌های مثبت و منفی را نشان داد (P = 0.0471, P ≤ 0.05). نتیجه‌گیری: این مطالعه نشان داد که جوجه‌های گوشتی در شهر بغداد ممکن است نقش مهمی در انتقال توکسوپلاسموز داشته باشند و به‌عنوان یک خطر بالقوه برای سلامت عمومی مطرح باشند. PCR در زمان واقعی (Real-Time PCR) به‌عنوان روشی حساس و قابل اعتماد برای تشخیص مولکولی عفونت T. gondii در جوجه‌های گوشتی شناخته شد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5697_cd3109c63bf4323e6b987a5923becb96.pdf

دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2228-6705 18 4 2026 12 22 Comparative evaluation of early humoral and cytokine responses induced by four commercial infectious bursal disease vaccines in broiler chickens ارزیابی مقایسه‌ای پاسخ‌های هومورال و سیتوکینی اولیه القاشده توسط چهار واکسن تجاری بیماری بورس عفونی در جوجه‌های گوشتی 663 676 5708 10.22103/jab.2026.27641.1971 FA علاء جواد کاظم گروه آسیب‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم الخضراء، بابل 51013، عراق 0000-0002-3496-2342 رائد حسین صالح ربیع گروه آسیب‌شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه القاسم الخضراء، بابل 51013، عراق 0000-0001-6054-1149 Journal Article 2026 07 15 Objective Infectious bursal disease virus (IBDV) is an important viral pathogen of broiler chickens because of its tropism for immature B lymphocytes in the bursa of Fabricius and its potential to cause immunosuppression. The current study compared the initial immune responses created by 4 commercially available IBD vaccines in broiler chickens through stimulation of both serological and cytokine responses. Materials and methods A total of 250 one-day-old Ross 308 broiler chicks were randomly divided into 5 groups of 50 birds and allocated into their respective treatment received one of four types of commercial vaccine (G1-G4) and the control (G5) (Didn't receive vaccine). The antibody response of the immune system was assessed using indirect ELISA on day 1, 10, 15, 20 and 25. Quantitative RT-PCR (qRT-PCR) was performed on days 1-25 to measure the relative expression of IL-1 beta and IFN-gamma. In addition, the field isolate used (used in challenge study) was identified as containing IBDV by conventional RT-PCR targeting VP2. Results The maternal antibody titers for each group are similar at 1 day old. At 10 and 15 days of age, Group 1 had the highest antibody titer with the initial humoral response at those times and approached the highest final titer at 25 days. Both Groups 2 and 3 had an intermediate antibody titer at 20 days of age greater than that of Group 1. The expression levels of IL-1β did not vary significantly between groups but Group 1 had the greatest fold increase as measured by the number of individuals who were part of the analysis. Conversely, the level of IFN-γ expression was significantly different between groups. To summarize, the commercial IBD vaccine candidates examined differed in the timing and the intensity of their resultant immune responses. Of the 3 groups, Group 1 had the most favorable early immunogenicity profile by inducing earlier humoral antibody development, a stronger expression of IFN-γ, and the highest final IgY titer. Conclusion The findings suggest the use of integrated immune kinetics could be used as a means to generate comparative immunogenicity data of IBD vaccines in broiler chicken populations. هدف: ویروس بیماری بورس عفونی (IBDV) یک عامل بیماری‌زای ویروسی مهم در جوجه‌های گوشتی است، زیرا تمایل بافتی آن به لنفوسیت‌های B نابالغ موجود در بورس فابریسیوس می‌تواند موجب سرکوب سیستم ایمنی شود. مطالعه حاضر پاسخ‌های ایمنی اولیه ایجادشده توسط چهار واکسن تجاری بیماری بورس عفونی (IBD) را در جوجه‌های گوشتی، از طریق تحریک پاسخ‌های سرولوژیک و سیتوکینی، مقایسه کرد. مواد و روش‌ها: در مجموع، 250 قطعه جوجه گوشتی یک‌روزه نژاد Ross 308 به‌صورت تصادفی به پنج گروه 50 قطعه‌ای تقسیم شدند و در گروه‌های درمانی مربوطه قرار گرفتند. چهار گروه، هرکدام یکی از چهار نوع واکسن تجاری را دریافت کردند (G1-G4) و گروه پنجم به‌عنوان گروه کنترل (G5) در نظر گرفته شد و واکسن دریافت نکرد. پاسخ آنتی‌بادی سیستم ایمنی با استفاده از ELISA غیرمستقیم در روزهای 1، 10، 15، 20 و 25 ارزیابی شد. همچنین، RT-PCR کمی (qRT-PCR) در روزهای 1 تا 25 برای اندازه‌گیری بیان نسبی IL-1β و IFN-γ انجام شد. علاوه بر این، جدایه میدانی مورد استفاده در مطالعه چالش، با استفاده از RT-PCR معمولی و هدف قرار دادن ژن VP2، از نظر وجود IBDV شناسایی شد. نتایج: تیتر آنتی‌بادی مادری در همه گروه‌ها در سن یک‌روزگی مشابه بود. در سنین 10 و 15 روزگی، گروه 1 بالاترین تیتر آنتی‌بادی را نشان داد و در این زمان‌ها دارای پاسخ هومورال اولیه بیشتری بود و در روز 25 به بالاترین تیتر نهایی نزدیک شد. هر دو گروه 2 و 3 در سن 20 روزگی تیتر آنتی‌بادی متوسطی داشتند که از تیتر گروه 1 بیشتر بود. سطح بیان IL-1β بین گروه‌ها تفاوت معنی‌داری نداشت، اما گروه 1 بیشترین افزایش بیان را بر اساس تعداد افراد واردشده در تحلیل نشان داد. در مقابل، سطح بیان IFN-γ بین گروه‌ها تفاوت معنی‌داری داشت. به‌طور کلی، واکسن‌های تجاری IBD مورد بررسی از نظر زمان و شدت پاسخ‌های ایمنی ایجادشده با یکدیگر تفاوت داشتند. در میان سه گروه مورد بررسی، گروه 1 مطلوب‌ترین الگوی ایمنی‌زایی اولیه را داشت؛ زیرا موجب ایجاد زودتر آنتی‌بادی هومورال، بیان قوی‌تر IFN-γ و بالاترین تیتر نهایی IgY شد. نتیجه‌گیری: یافته‌ها نشان می‌دهند که استفاده از سینتیک یکپارچه پاسخ‌های ایمنی می‌تواند به‌عنوان روشی برای تولید داده‌های مقایسه‌ای درباره ایمنی‌زایی واکسن‌های IBD در جمعیت جوجه‌های گوشتی مورد استفاده قرار گیرد.

https://jab.uk.ac.ir/article_5708_36165c62f7b7df72863d470d73302627.pdf