دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67058220160822The effects of drought stress on morpho-physiological characters and expression of OsCat A in rice seedlingتاثیر تنش خشکی بر خصوصیات مورفو-فیزیولوژیک و بیان ایزوفرم A ژن کاتالاز (OsCat A) در گیاهچه برنج116151810.22103/jab.2016.1518FAراحلهپناه آبادیدانش آموخته کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه بیوتکنولوژی، دانشکده فناوریهای نوین، دانشگاه شهید بهشتی تهراناسدالهاحمدی خواهاستادیار گروه بیوتکنولوژی، دانشکده فناوریهای نوین، دانشگاه شهید بهشتی تهرانحسینعسکریاستادیار گروه بیوتکنولوژی، دانشکده فناوریهای نوین، دانشگاه شهید بهشتی تهرانJournal Article20151203Drought stress is one of the most important limiting factors of crop plants in Iran and worldwide. To assess the response of mutant line MT149 to drought stress in comparison to parental cultivar Neda, a factorial experiment was conducted in a completely randomized design. Drought stress (-6 bar) was induced using poly ethylene glycol 6000 and leaf growth dynamics and chlorophyll <em>a</em> and <em>b</em> contents were evaluated in different time series (0, 12, 24 and 36 hours after stress treatment). Results showed that effects of genotype, time and stress were significant on all investigated characters. Also, mean`s comparisons showed that mutant line MT149 was superior over than itself parental counterpart. Furthermore, assessment of catalase gene isoform A (<em>OsCat A</em>) in different times after stress showed that parental cultivar Neda experienced a significant down-regulation of catalase <em>A</em> gene, while MT149 experienced a significant up-regulation of the gene in the same time. Based on the results of this research it can be concluded that one of evidences on a higher drought tolerance of MT149 is probably up-regulation of <em>OsCat A</em> to scavenge the ROS toxicities.تنش خشکی یکی از مهمترین عوامل محدود کننده تولید گیاهان زراعی در ایران و جهان میباشد. به منظور بررسی واکنش لاین موتانت MT149 به شرایط تنش خشکی و مقایسهی آن با رقم والدی ندا در مرحله گیاهچهای، آزمایشی به صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملاً تصادفی اجرا گردید. تنش خشکی (6- بار) با استفاده از محلول پلی اتیلن گلیکول 6000 اعمال شد و دینامیک رشد برگ و میزان کلروفیلهای <em>a</em> و <em>b</em> در زمانهای مختلف پس از تنش (0، 12، 24 و 36 ساعت بعد از اعمال تنش) ارزیابی شدند. نتایج نشان داد که اثر ژنوتیپ، زمان و تیمار بر تمامی خصوصیات مورد بررسی معنیدار بود. مقایسه میانگینها نیز نشان داد که لاین موتانت نسبت به رقم والدی خود از نظر همه خصوصیات مورد مطالعه برتری داشت. همچنین بررسی بیان ایزوفرم A ژن کاتالاز (<em>OsCat A</em>) در زمانهای مختلف بعد از تنش نشان داد که رقم والدی ندا در زمان 24 ساعت پس از تنش کاهش معنیداری (7- برابر) در بیان ژن کاتالاز نشان داد، اما لاین موتانت MT149 در همین زمان افزایش بسیار معنیداری (8/15 برابر) در بیان ژن کاتالاز نشان داد. بر اساس نتایج این تحقیق میتوان نتیجه گرفت که احتمالاً یکی از دلایل تحمل بالاتر رقم موتانت MT149 به تنش خشکی، افزایش بیان ژن <em>OsCat A</em> برای رفع اثرات سمّی ROS میباشد.دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67058220160822Prion Protein Gene (Prp) Polymorphism in Iranian Ghezel, Harki and Makoei Sheep Breeds Using PCR-SSCP Technique and Sequencingچند شکلی ژن پروتئین پرایون(PrP) با استفاده از تکنیک PCR-SSCP و تعیین توالی مستقیم در گوسفندان نژاد ایرانی قزل، هرکی و ماکویی1730151910.22103/jab.2016.1519FAوحیددانشدانشجوی دکتری، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساریسید حسنحافظیاندانشیار، گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساریقدرت الهرحیمی میانجیاستاد، گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساریایوبفرهادیاستادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساریJournal Article20150802Scrapie or transmissible spongiform encephalopathy (TSE), is an infectious fatal disease of sheep and goats which affects the central nervous system. In the present study, 300 blood samples were collected from three breeds of Iranian indigenous Ghezel, Harki and Makoei sheep breeds. A DNA fragment with the length of 173 bp from exon 3 of PrP gene was amplified with specific primer pairs. The banding pattern of each sample in the study population was identified by means of PCR-SSCP. Then, after sequencing, comparison and analysis of the observed polymorphism between different breeds were performed at codons: 136, 154 and 171. In the present study, tow haplotypes of ARR and ARQ were identified and the wild type scrapie-susceptible ARQ was the most frequent haplotype. In this study more than 98% of animals were with the genotype ARQ/ARQ which was classified as low resistance to this disease. Three novel alleles (L178, E147 and L173) were observed for the first time in this study. The comparison of genotype frequency between Makoei-Ghezel and Makoei-Harki sheep breeds were statistically significant (P<0.05).The data from the current study may help to establish a breeding program for controlling of scrapie in Iranian sheep population.اسکراپی یا بیماری انسفالوپاتی های اسفنجی شکل قابل انتقال (TSE) یک بیماری عفونی کشنده گوسفند و بز است که روی سیستم عصبی مرکزی حیوان تاثیر می گذارد. در این پژوهش، از 300 راس گوسفند نژاد بومی قزل، ماکویی و هرکی نمونه های خون جمع آوری و با استفاده از یک جفت پرایمر اختصاصی یک قطعه 173 جفت بازی از اگزون سه ژن پروتئین پرایون تکثیر شد. با استفاده از تکنیک PCR-SSCP الگوی باندی برای هر یک از نمونه ها در جمعیت مورد مطالعه شناسایی و بعد از توالی یابی چند شکلی های مشاهده شده در کدون های 136، 154 و 171 آنالیز و مقایسه آن بین نژادهای مختلف انجام گرفت. در این مطالعه دو هاپلوتایپ ARR و ARQ شناسایی شد که بیشترین فراوانی مربوط به هاپلوتایپ حساس به اسکراپی (ARQ) بود. بیش از 98 درصد نمونه ها با داشتن ژنوتیپ ARQ/ARQ در دسته گوسفندان با مقاومت پائین نسبت به این بیماری قرار گرفتند. سه چند شکلی جدید L178, E147و L173برای اولین بار در جهان در این مطالعه مشاهده شد. مقایسه فراوانی هاپلو ژنوتیپی بین نژاد های ماکویی- قزل و ماکویی- هرکی از نظر آماری معنی دار بود (05/0P<). اطلاعات بدست آمده در این پژوهش شاید بتواند برای برنامه های اصلاحی جهت کنترل این بیماری در جمعیت گوسفندان ایران موثر باشد.دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67058220160822Callus Induction and Direct Shoot Regeneration in Lepidium draba L. Explantsالقای کالوس و باززایی مستقیم در ریزنمونههای مختلف گیاه دارویی ازمک (Lepidium draba L.)3152152010.22103/jab.2016.1520FAزهرازینهـاریدانش آموخته کارشناسی ارشد رشته بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه شهید باهنر کرمانشهرامپورسیدیدانشیار گروه بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه شهید باهنر کرمانجعفرذوالعلیاستادیار گروه بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه شهید باهنر کرمانJournal Article20151101<em>Lepidium draba</em> through the production of anti-cancer and anti-microbial compound, sulforaphane, is considered a valuable medicinal plants.Therefore, optimization of in vitro tissue culture to facilitate genetic transformation and improvement of traits in this plant is important. This study was conducted, by cotyledon, stem and root explants in MS medium in the form of two separate tests. Data were analyzed in a factorial experiment based on completely randomized design. In the first experiment with different concentrations of growth regulators NAA and BAP, the highest response rate, direct shoot regeneration rate and direct shoot generation were related to root explants. The highest root production rate and root generation were showed in cotyledons explants. 1 mgl<sup>-1</sup> BAP without NAA induced the highest direct shoot generation in root explants. Cotyledons explants in 2 mgl<sup>-1</sup> NAA and 0.5 mgl<sup>-1</sup> BAP produced the highest Root production rate and the highest root generation. Callus induction rate and callus initiation of stem explants were more than others, but the callus regeneration rate in three studied explants showed no significant difference. The highest shoot generation from regenerated callus was observed in the cotyledons explants. The second experiment with a combination of different concentrations of 2,4-D and BAP, under the influence of two treatments darkness and 16h photoperiod was performed. The highest investigated traits were in the 16h photoperiod. Cotyledons and stem explants were showed the highest callus induction rate and leaf explants showed the greatest weight of callus; While the highest callus regeneration rate and callus growth rate were obtained from the root explants. From leaf explants, the highest callus weight was obtained from 0.5 mgl<sup>-1</sup> 2,4-D with 3 mgl<sup>-1</sup> BAP and the most growth rate of callus was obtained from 0.5 and 1 mgl<sup>-1</sup> 2,4-D and 3 mgl<sup>-1</sup> BAP. Also the combination of 2 mgl<sup>-1</sup> 2,4-D with 2 mgl<sup>-1</sup> BAP and 3 mgl<sup>-1</sup> BAP, produced the highest callus regeneration in root explants.گیاه ازمک به واسطه تولید ترکیب ضدسرطانی و ضدمیکروبی سولفورافان، از گیاهان دارویی ارزشمند بهحساب میآید. بهینهسازی روشهای کشتبافت بهمنظور آسان نمودن استحصال ترکیباتدارویی آن، فرآیند انتقالژن و نیز بهبود صفات این گیاهدارویی، بسیار مهم است. این تحقیق، با ریزنمونههای برگلپهای، ساقه و ریشه در محیط کشت MS در قالب دو آزمایش جداگانه، صورت گرفت. تجزیه دادهها به صورت آزمایش فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی انجام شد. در نتایج آزمایش اول با غلظتهای متفاوتی از تنظیمکنندههای رشدNAA وBAP، بیشترین درصد پاسخدهی، شاخهزایی مستقیم و میانگین تعداد شاخه در ریزنمونه ریشه و بیشترین درصد ریشهزایی و میانگین تعداد ریشه در ریزنمونه برگلپهای مشاهده شد. تیمار 1 میلیگرم در لیتر BAP بدون حضور NAA سبب القای بیشترین میانگین تعداد شاخه مستقیم در جداکشت ریشه گردید. برگلپهای در تیمار 2 میلیگرم درلیتر NAA و5/0 میلیگرم درلیترBAP بالاترین درصد ریشهزایی و میانگین تعداد ریشه را تولید کرد. درصد کالوسزایی و آغازش کالوس ریزنمونه ساقه بیشتر از دیگر ریزنمونهها بود، درحالیکه درصد باززایی کالوس در سه ریزنمونه مورد مطالعه اختلاف معنیداری نداشت. اما بیشترین میانگین تعداد شاخههای حاصل از کالوسهای باززاشده در ریزنمونه برگلپهای دیده شد. آزمایش دوم با ترکیبی از غلظتهای مختلف 2,4-D و BAP، تحت تاثیر دو تیمار تاریکی مطلق و 16 ساعت دوره روشنایی، انجام شد. طبق نتایج، بالاترین مقدار صفات مورد بررسی، مربوط به تیمار 16 ساعت دوره روشنایی بود. ریزنمونههای برگلپهای و ساقه بیشترین درصد کالوسزایی و ریزنمونه برگی بیشترین وزن کالوس را نشان دادند. درحالیکه بالاترین درصد باززایی کالوس و نرخ رشد کالوس از ریزنمونه ریشه بدست آمد. بیشترین وزن کالوس در ریزنمونه برگی و درغلظت 5/0 میلیگرم در لیتر 2,4-D و3 میلیگرم در لیتر BAP و بالاترین نرخ رشد کالوس در ریزنمونه ریشه و در غلظت 5/0 یا 1 میلیگرم در لیتر 2,4-D و3 میلیگرم در لیتر BAP و بیشترین درصد باززایی کالوس در ریزنمونه ریشه و درغلظت 2 میلیگرم در لیتر 2,4-D و2 میلیگرم در لیتر BAP و یا تنها درغلظت 3 میلیگرم در لیتر BAP مشاهده شد.دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67058220160822Study of population structure and stratification two ecotypes buffalo with dense single nucleotide polymorphism markers using Admixture, MDS, PCA and GC methodsبررسی ساختار و لایه بندی جمعیت گاومیشهای اکوتیپ آذری و شمالی با نشانگرهای متراکم چند شکل تک نوکلئوتیدی با استفاده از روشهای Admixture، GC، PCA و MDS5368152110.22103/jab.2016.1521FAزهراعزیزیدانشجوی دکتری،گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریزعباسرافتدانشیار، گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریزجلیلشجاعاستاد، گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریزحسینمرادی شهربابکاستادیار، گروه علوم دامی،پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهرانمحمدمرادی شهر بابکاستاد، گروه علوم دامی،پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهرانJournal Article20151221In applications of population genetics, classification of individuals in a sample into populations is important. With the development of high throughput genotyping technologies many markers such as SNPs are available which useful in the study of genetic diversity and structure population. The purpose of this research was to study of population structure and stratification buffaloes from different areas of the two ecotypes (Azari and North) using data SNPChip 90K. A total of 258 buffalo from Ardabil, West Azarbaijan, East Azarbaijan and Guilan provinces were sampled and genotyped. The result showed weak population stratification with λ =1.056 for GC method. Also the plots obtained from PCA and MDS showed separation of different provinces based on genetic distance and these animals have closed genetic relationship. Admixture method represents same results and admixture between individual from different provinces of two ecotypes and k=3 have low error cross validation. These methods are generally able to separate the animals. The results showed the close genetic relationship between two ecotypes from 4 different provinces.در کاربردهای ژنتیک جمعیت، اختصاص افراد به جمعیتهای مربوط به خود اهمیت دارد. با توسعه تکنولوژی تعیین ژنوتیپ در مقیاس وسیع بسیاری از نشانگرها از جمله اسنیپ ها برای این مطالعات قابل دسترس شدهاند که این اسنیپها در مطالعه تنوع ژنتیکی دامهای اهلی و ساختار جمعیت سودمند هستند. هدف این تحقیق بررسی ساختار و لایهبندی گاومیشهای مناطق مختلف دو اکوتیپ آذری و شمالی با استفاده از دادههای SNPChip 90 با روشهای معمول بررسی ساختار جمعیت بود که برای این منظور تعداد 258 گاومیش از استانهای آذربایجان شرقی، آذربایجان غربی و اردبیل مربوط به اکوتیپ آذری و از استان گیلان مربوط به اکوتیپ شمالی نمونهگیری و تعیین ژنوتیپ شدند. نتایج حاصل از کنترل ژنومیک لایه بندی ضعیفی با =1.056λ نشان داد که حاکی از وجود اختلاط (ساختار ضعیفی) در بین دو اکوتیپ است. پلاتهای حاصل از تجزیه مولفههای اصلی و مقیاس بندی چند بعدی، تفکیک این دو اکوتیپ و استانهای مختلف دو اکوتیپ را براساس فواصل انجام داد. روش Admixture نیز نزدیکی فاصله ژنتیکی افراد استانهای مختلف دو اکوتیپ را نشان داد که البته افراد خالصی هم در این بین وجود داشتند و k=3 خطای اعتبارسنجی پایینی داشت. این روشها قادر به جداسازی کلی حیوانات به تودههای مربوطه بودند و نتایج این تحقیق گویای ارتباط ژنتیکی نزدیک افراد چهار استان مختلف از دو اکوتیپ آذری و شمالی بوددانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67058220160822Assessment of artificial operon in Bacillus subtilis to control transcriptionبررسی اپرون مصنوعی در باکتری باسیلوس سوبتیلیس (Bacillus subtilis) به منظور کنترل رونویسی6982152210.22103/jab.2016.1522FAپرستومجیدیانگروه اصلاح نباتات، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منایع طبیعی مازندرانحمیدنجفی زرینیاستادیار، گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ایران.کن-ایچییوشیدااستاد، گروه اگروبایوساینس، دانشگاه کوبه، ژاپنغلامعلیرنجبرعلوم کشاورزی و منابع طبیع علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساریقربانعلینعمت زادهساری ساری-کیلومتر 9 جاده خزر آباذ دانشگاه کشاورزی ساری- پژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری طبرستانJournal Article20160222In this study, we proposed the artificial operon which is capable of reversible transcriptional regulation control in <em>Bacillus subtilis</em>. Firstly, the <em>cre<sub>up</sub></em> and <em>cre<sub>down</sub></em> were mutated to release from CCR phenomenon. Then, the structural genes of <em>gnt</em> operon were placed under the control of constitutively strong promoter to degrade gluconate constitutively. In addition, the reporter gene (lacZ) was introduced under control of <em>gnt</em> promoters to evaluate functionality of the artificial operon. The results of pulse induction system showed no enzyme activity of each strain in the absence of inducer. By addition of 1 mM gluconate, the highest enzyme activity was shown at 1h after addition of inducer, and then the inducer degraded to turn off the operon. The maximum activation of enzyme was observed in 2h and 4h after addition of 2.5 and 5 mM gluconate into culture media, respectively. Our data indicated that the longer degradation of inducer and higher enzyme activity was appeared by more concentration of gluconate as well as growth arrest. It is suggested to use the pulse induction system and reversible artificial operon to achieve huge amount of special metabolite at short period of bacterial growth.در این مطالعه، اپرون مصنوعی <em>gnt</em> با قابلیت تنظیم رونویسی برگشتپذیر در باکتری باسیلوس سوبتیلیس با استفاده از القاءکننده گلوکونات ایجاد شد. ابتدا، جهت عدم تاثیر پدیده بازدارندگی کاتابولیتی کربن بر روی میزان رونویسی، در ناحیه اتصالی پروتئین کاتابولیتی A در توالیهای <em>cre<sub>up</sub></em> و <em>cre<sub>down</sub></em> جهش ایجاد شد. سپس، ژنهای ساختاری اپرون گلوکونات تحت کنترل یک پروموتر مداوم قوی (P<em><sub>rpsO</sub></em>) به منظور تجزیه پذیری مداوم القاءکننده گلوکونات قرار گرفتند. از ژن گزارشگر lacZ نیز در پائین دست پروموترهای <em>gnt</em> جهت ارزیابی کارکرد اپرون مصنوعی استفاده شد. نتایج حاصل از القاء ضربهای نشان داد که آنزیم بتاگالاکتوزیداز در هر یک از سویههای جهشیافته، در زمان صفر یا عدم حضور القاءکننده فعالیتی نشان نداد. با اضافه کردن 1 میلیمولار القاءکننده، حداکثر فعالیت آنزیم و تجمع متابولیت در 1 ساعت بعد از اضافه شدن القاءکننده دیده شد و به دنبال آن با تجزیه القاءکننده فعالیت آنزیم متوقف شد. با افزودن 5/2 و 5 میلیمولار گلوکونات به محیط کشت، حداکثر فعالیت آنزیم بتاگالاکتوزیداز به ترتیب در زمانهای 2h و 4h مشاهده شد. دادههای ما بیانگرصرف زمان طولانیتری برای تجزیه القاءکننده و به تبع آن روشن ماندن اپرون در مدت زمان بیشتر و توقف رشد سلولی در حضور غلظتهای بیشتری از القاءکننده بود. به طور کلی، میتوان استفاده از سیستم القاء ضربهای و اپرونهای مصنوعی برگشتپذیر را جهت تولید وسیع متابولیتهای خاص در بازه زمانی کوتاهی از رشد باکتریها در مطالعات بعدی پیشنهاد کرد.دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67058220160822Investigations of linkage disequilibrium phase in chromosome 6 of Holstein breedبررسی فاز عدم تعادل لینکاژی بر روی کروموزوم شماره 6 گاوهای نژاد هلشتاین8398152310.22103/jab.2016.1523FAمریمنصرتی2- استادیارگروه علوم کشاورزی، دانشگاه پیام نور، صندوق پستی 3697-19395 تهران، ایرانمجتبیطهمورث پورمشهد - دانشگاه فردوسی مشهد - گروه علوم داملوکافونتانزیاستاددانشکدهکشاورزی-غذا و مرکز PP ژنومیک دانشگاه بلونیا، ایتالیامحمدرضانصیریمشهد مشهد دانشگاه فردوسی مشهد دانشکده کشاورزی بخش علوم دامی0000-0001-7119-8155Journal Article20130311In whole genome association study, genomic selection, Determining of extent and level of linkage disequilibrium (LD) is important in sample size and marker density. In this experiment, the blood and sperm samples were collected form 1089 Holstein bulls and 2030 markers on chromosome 6 were genotyped by using Illumina Bovine SNP50K BeadChip based on UMD3.1 genome assembly. Data were corrected for missing genotyped SNP and individual with unknown genotype by Plink. After correction 1606 markers remained (79%). The average observed heterozygosity was 0.37 and 80% of the markers had minor all frequency more than 0.2. The LD was calculated with r<sup>2</sup> and Dˊ by Haploview v4.2. The extent of LD in this study was 40 kb with r<sup>2</sup>=0.3. The r<sup>2</sup> value was decreasing to 0.2 (moderate level) in 80kb and 0.1 (background level) in 300 kb. The effective population size has been decreased to 100 individual in 10 generations ago. The 49 haplotype blocks with range 18-472 kb were detected that covering the 10.6 Mb of whole chromosome. These results showed that between 4000-70000 markers or one marker per 40-75 kb will be need for whole genome association study in this Holstein population.در مطالعات ارتباطی و انتخاب ژنومی تعیین وسعت عدم تعادل لینکاژی، در تشخیص میزان نشانگر مورد نیاز و اندازه نمونه، اهمیت دارد. دراین پژوهش از 1089 گاو نر هلشتاین نمونه خون و اسپرم تهیه شد و با استفاده از بسته نشانگری K50 شرکت ایلومینا ژنوتیپ 2030 نشانگر بر روی کروموزوم شماره 6 بر مبنای اسمبلی UMD3.1 ژنوم گاو تعیین شد. دادهها برای جهش تکنوکلئوتیدی نادرست و افراد با ژنوتیپهای نامشخص با استفاده از نرمافزار Plink تصحیح شد. پس از تصحیح 1606 نشانگر (%79) باقی ماند. متوسط هتروزیگوسیتی مشاهده شده 37/0 بود و %80 نشانگرها حداقل فراوانی آللی بالاتر از 2/0 داشتند. عدم تعادل لینکاژی با محاسبه دو پارامتر Dˊ و r<sup>2</sup> از طریق نرمافزار Haploview محاسبه شد. در این مطالعه وسعت عدم تعادل لینکاژی kb40 ( 3/0=r<sup>2</sup> ) برآورد شد و مقدار r<sup>2</sup> در kb80 به 2/0(سطح متوسط) و در kb300 به 1/0 (سطح پایه)کاهش یافت. اندازه موثر جمعیت در 10 نسل قبل حدود 100 راس بود. علاوه بر این، 49 بلوک هاپلوتیپی با دامنه kb472-18 و پوشش Mb 6/10 از کل کروموزم شناسایی شد. نتایج این پژوهش نشان داد که بطور تقریبی بین 70000- 40000 نشانگر یا یک نشانگر به ازاء هر kb 75-40 برای مطالعات ارتباطی کل ژنوم در این جمعیت مورد نیاز است.دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67058220160822Assessment of diversity and genetic relationships in Pomegranate genotypes using AFLP markerارزیابی تنوع و روابط ژنتیکی ژنوتیپهای انار با استفاده از نشانگر AFLP99112152410.22103/jab.2016.1524FAرضانظیفی گلیردیدانشجوی سابق بیوتکنولوژی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساریغفارکیانیاستادیار گروه بیوتکنولوژی و اصلاح نباتات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساریعلیدهستانی کلاگرپژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساریسید حمیدرضاهاشمیپژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساریJournal Article20150103Pomegranate (<em>Punica granatum</em> L.) is native to Iran with several ecotypes which have been adapted to various climatic conditions and diseases. Although it is one of the important exported fruits, there is not a precise identification criteria to determine the authenticity of genetic inheritance and proprietary rights in the country. In the present study the genetic relationships of 47 pomegranate genotypes, including 9 cultivated genotypes (from the collection of Yazd) and 38 wild genotypes (from Mazandaran, Gilan and Golestan provinces), were investigated with AFLP markers. Using 10 primer combinations, 825 bands were obtained of which 697 showed polymorphism. Among the primers, primer combination of M-CTT and E-ACG showed the highest number of bands (148) and primer combination of E-ACC, M-CTG produced the lowest number of bands (40). The average value for PIC was 0.21, while Average Marker Index (MI) was 17.33 that the highest one belonged to primer combination of M-CAC and E-AAG. Maximum genetic similarity belonged to Bahnamir with Shirin Kan Tehran samples and the minimum genetic similarity observed between Berenjestanak and Khosh Darreh. Principal component analysis showed that 57% of the total variance was explained by first three components. The identified primer combinations in this study could be used as a powerful tool for determination of genetic relationships between Pomegranate genotypesانار (<em>Punica granatum</em> L.) گیاهی بومی ایران میباشد. به رغم اینکه انار از مهمترین محصولات صادراتی ایران به شمار میرود، اما شناسنامه دقیقی برای تعیین اصالت ژنتیکی و حفظ حقوق مالکیت این ذخیره توارثی گرانبها در کشور وجود ندارد. در پژوهش حاضر برای بررسی روابط ژنتیکی 47 ژنوتیپ انار، شامل 9 ژنوتیپ زراعی (از کلکسیون انار یزد) و 38 ژنوتیپ وحشی (از استانهای مازندران، گیلان و گلستان)، از نشانگر AFLP استفاده گردید. با استفاده از 10 ترکیب آغازگری تعداد 825 نوار (باند) بدست آمد، که تعداد 697 نوار چندشکلی نشان دادند. از بین آغازگرهای مورد استفاده، ترکیب آغازگری M-CTT و E-ACG با 148 نوار بیشترین تعداد نوار و ترکیب آغازگری E-ACC و M-CTGبا 40 نوار کمترین تعداد نوار را تولید کردند. مقدار متوسط محتوای اطلاعات چند شکلی (PIC) برای آغازگرها برابر با 21/0 بدست آمد. متوسط شاخص نشانگر (MI) 33/17 بدست آمد که بیشترین آن مربوط به ترکیب آغازگری M-CAC و E-AAG میباشد. بیشترین شباهت ژنتیکی بین نمونه های بهنمیر و شیرینکن تهران و کمترین میزان شباهت بین نمونههای برنجستانک و خوش دره دیده شد. تجزیه به مولفه های اصلی نشان داد که 3 مولفه در مجموع 57 درصد واریانس کل را توجیه می نماید. از ترکیبهای آغازگری شناخته شده در این پژوهش می توان به عنوان ابزار قدرتمندی در تعیین روابط ژنتیکی در بین ژنوتیپهای انار استفاده نمود.دانشگاه شهید باهنر کرمان (دانشکده کشاورزی و پژوهشکده فناوری تولیدات گیاهی) و انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایرانمجله بیوتکنولوژی کشاورزی2228-67058220160822Evaluation of IL-2 and IL-12 mRNA expression in vaccinated guinea pigs with inactivated type O foot-and-mouth disease vaccineبررسی بیان mRNA ژنهای IL-2 و IL-12 در خوکچههای هندی واکسینه شده با واکسن غیر فعال شده تب برفکی تیپ O113126152510.22103/jab.2016.1525FAابراهیمهنربخشدانشآموخته کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، ایرانعلی اصغراسلمی نژاددانشیار ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، ایرانمحمدرضانصیریاستاد ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، ایرانسعیدزیباییاستادیار موسسه تحقیقات سرم و واکسن سازی رازی شعبه مشهد، ایرانرضاپسندیدهدانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان، ملاثانی، اهواز، ایران.Journal Article20150815Foot-and-mouth disease (FMD) is a severely contagious viral disease that mainly affects cloven-hoofed livestock and wildlife. Foot-and-mouth disease is an endemic disease in Iran that sometimes caused considerable losses of livestock, especially in young animals. In this study mRNA expression of interleukin-2 (IL-2) and interleukin-12 (IL-12) cytokines was evaluated in vaccinated guinea pigs with inactivated type O FMD vaccine (without adjuvant). Blood samples were collected from saphenous vein of eight male guinea pigs (at control and vaccinated groups) at 7 and 28 days after the first vaccination. Total mRNAs were extracted using the column RNA isolation kit and subsequently reverse-transcribed into cDNA. Then relative real-time PCR assay was used to analyze of quantification of IL-2 and IL-12 expression. The expression of IL-2 gene had not significant difference in vaccinated animals compared to the control group in the first and second blood samples but IL-12 gene expression significantly increased (P<0.05). Evaluation of cytokines genes expression can be as a valuable adjunct for assessment of effects of new vaccines on immune system in future studies.تب برفکی یک بیماری ویروسی بشدت واگیردار است که عمدتاً دامهای سمشکافته و حیوانات وحشی را متأثر میسازد. تب برفکی در ایران یک بیماری بومی محسوب شده که گاهی همهگیریهای آن موجب خسارتها و تلفات سنگین به خصوص در دامهای جوان میشود. در این مطالعه، بیان mRNA ژنهای سایتوکاینی IL-2 و IL-12 در خوکچههای هندی واکسینه شده با واکسن غیر فعال شده تب برفکی تیپ O (بدون استفاده از یاور) مورد بررسی قرار گرفت. نمونههای خون از سیاهرگ سافن 8 سر خوکچه هندی نر (در دو گروه شاهد و واکسینه) در روزهای 7 و 28 پس از اولین واکسیناسیون گرفته شد. استخراج RNA کل از نمونههای خون با استفاده از کیت استخراج ستونی صورت گرفت و پس از آن طی واکنش نسخهبرداری معکوس به cDNA تبدیل شد. سپس به منظور بررسی بیان ژنهای IL-2 و IL-12از روش Real-time PCR نسبی استفاده شد. نتایج نشان داد بیان ژن IL-2 در حیوانات واکسینه شده نسبت به گروه شاهد در خونگیریهای اول و دوم تفاوت معنیداری نداشت، ولی افزایش معنیداری در بیان ژن IL-12 مشاهده شد (P<0.05). از تغییر سطوح بیان ژنهای سایتوکاینی میتوان به عنوان شاخصهایی جهت ارزیابی اثرات واکسنهای جدید بر سیستم ایمنی در مطالعات آینده استفاده نمود.