Evaluation of Genetic diversity Rose (Rosa hybrid) flower genotypes using CDDP & RAPD markers

ارزیابی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ­های گل رز (Rosa hybrid) با استفاده از نشانگر­های CDDP و RAPD

یزدان اقبال نژاد^۱، عباس سعیدی*¹، ابراهیم بیرامی زاده²

^۱گروه علوم و زیست فناوری گیاهی، دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران.

 ²هیئت علمی موسسه ملی گیاهان زینتی (NIOP)، تحقیقات باغبانی علوم، تحقیقات کشاورزی، آموزش و توسعه، محلات، ایران.

تاریخ دریافت: 06/12/1395، تاریخ پذیرش: 22/04/1396

چکیده

شناخت تنوع ژنتیکی و طبقه‌بندی ذخایر توارثی (ژرم‌پلاسم) در پیش‌برد اهداف به­‌نژادی و مدیریت حفظ ذخایر ژنتیکی گیاهان دارای نقش اساسی می­باشد. از این­رو، به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی ۲۰ ژنوتیپ رز با استفاده از ۶ نشانگر CDDP و ۲۰ نشانگر RAPD صورت گرفت. برای تعیین تشابه بین ژنوتیپ­های رز از ضریب تشابه جاکارد استفاده گردید و گروه­بندی ژنوتیپ­ها به روش اتصال همسایگی (NJ) انجام شد. دامنه ضریب تشابه ژنتیکی بین ژنوتیپ­‌ها ۰۴/۰ تا ۷۷/۰ برای نشانگر CDDP و برای نشانگر RAPD بین ۰۵/۰ تا ۷۹/۰ به‌دست­آمد. درصد چند­شکلی نشانگرهای CDDP و نشانگر RAPD، ۱۰۰ درصد برآورد گردید. تجزیه خوشه­‏ای نشانگرهای CDDPو RAPD ژنوتیپ­‏ها را به سه گروه تقسیم­‌بندی کرد. مطالعه حاضر نشان داد نشانگرCDDP  به خوبی ژنوتیپ­های رز را از هم تفکیک نمودند و این اولین گزارش آنالیز تنوع ژنتیکی رز با استفاده از نشانگر مولکولی که براساس ناحیه DNA هدف­گذاری­شده (CDDP) در مقایسه با نشانگر RAPD، است. نشانگر CDDP به‌عنوان سیستم مولکولی جدید برای ارزیابی ژرم‌­پلاسم رز معرفی شد.

واژه­های کلیدی: تنوع ژنتیکی، نشانگرRAPD ، نشانگرCDDP ، تجزیه خوشه‏­ای، رز.

مقدمه

گل رز که متعلق به خانواده گل سرخیان و زیر خانواده Rosoideae می­‌باشد، دارای بیش از ۲۰۰ گونه و ۱۸۰۰۰ رقم بوده و یکی از معروف­‌ترین گیاهان زینتی است (Gudin, 2000). اگر چه حدود 200 گونه مختلف رز وجود دارد اما تنها 11 گونه از آنها در تولید ارقام مهم امروزی مورد استفاده قرار گرفته­اند (Rout, 1999). تعداد کروموزوم­های پایه در جنس رز هفت عدد (۷n=) می­باشد و در بین آنها از گونه­های ۱۴ =x  ۲n =۲ تا ۵۶=x۸= n۲ دیده می­شود. (Rout, 1999). بیشتر گونه­‌های رز دیپلویید هستند در حالیکه بیشتر ارقام تولید شده جدید تتراپلویید می‌باشند. هیبرید بین آنها امکان تولید تریپلوییدهایی با باروری بسیار پایین را ایجاد می‌­کند. این مساله می­تواند بوسیله تولید آلوتتراپلوییدها از دیپلوییدها و یا تولید هگزاپلوییدهای بارور بوسیله دوبل کردن کروموزوم­های گیاهان تریپلویید عقیم حل شود (Zielinski et al., 2004). گل رز از دیرباز یک گیاه ارزشمند در زمینه­ی دارویی، غذایی و مورد توجه ایرانیان بوده­است (Ozkan et al., 2004). اصلاح گل رز از ابتدای شروع کشت آن یعنی در حدود ۴۰۰ سال پیش از میلاد توسط کشاورزان و با استفاده از روش قلمه­‌زدن و گسترش پایه­های بهتر و پر محصول‌تر صورت می­گرفته­است (Streeper, 1990). اطلاع از روابط ژنتیکی گونه­های مختلف برای بهره­وری موفق و پایدار از تنوع ژنتیکی موجود ضروریست. ارزیابی تنوع ژنتیکی گیاهی شانس بروز ژن­های مفید را بالا می­برد که از اولین پیش نیازهای ضروری برای برنامه ریزی در جهت حفاظت و اهلی­کردن و بهره­برداری پایدار از آنها است (1996 Tilman, &Wedin ) با پیشرفت علم، کشاورزان با استفاده از تلاقی­های هدفمند اقدام به ایجاد پایه­های جدید و پرمحصول کردند و انتخاب پایه­‌ها بر مبنای خصوصیات ظاهری گیاه انجام گرفتZhang & Gandelin, 2003) ). حفظ و نگهداری ذخایر توارثی آن بررسی تنوع موجود بین ژنوتیپ­های رز از اهمیت ویژه­ای برخوردار است (Teyssier et al., 1996). بررسی تنوع ژنتیکی در گیاهان با استفاده از صفات مورفولوژیک و بیوشیمیایی همواره معمول بوده است (Chtourou-Ghorbel et al., 2002). اگر چه نشانگرهای مورفولوژیکی به طور سنتی در علوم زیستی مورد استفاده قرار گرفته­اند با توجه به محدودیت­های این صفات از جمله تعداد اندک این صفات و نیز تاثیر سن و محیط بر روی صفات مذکور، به موجب آن توجه محققین این علوم به انواع نشانگرهای ژنتیکی معطوف شده است (Gharehyazi, 1996 ). در دهه­های اخیر با استفاده از نشانگرهای مولکولی اختلاف ژنتیکی پایه­های والد با دقت بیشتری برآورد می­شود و این امر موجب تسریع و دقت بالاتر در روند اصلاح گل رز شده­است (Rout et al., 2003). جهت بررسی تنوع و ساختار ژنتیکی ژنوتیپ­های گیاهی نشانگرهای مولکولی از جمله RAPD^[1] Li et al., 2006)) ، AFLP^[2] و SSR^[3] (Baydar et al., 2004) برای ارزیابی تنوع زیستی گونه‌‌­های مختلف رز در مناطق مختلف بکار برده شده‌‌اند. نشانگرهای مولکولی RAPD از جمله نشانگرهای مبتنی بر DNA است که به طور وسیع در برنامه­های تعیین تنوع ژنتیکی و ساختار ژنتیکی جمعیت­ها در گونه­های گیاهی بکار می­روند. در ابتدا نشانگر RAPD بطور وسیع جهت نقشه­یابی ژنی و شناسایی مکان­های ژنی صفات کیفی بکار گرفته می­‌شد و سپس بطور گسترده جهت مطالعه تنوع ژنتیکی در جمعیت­های طبیعی بکار رفته­است (Prasad et al., 2006). بررسی تنوع ژنتیکی رازیانه با استفاده از نشانگر RAPD انجام شد و مشاهده شد که این نشانگر به خوبی پلی­مورفیسم بین اکوتیپ­ها را نشان می­دهد (Taheri et al., 2016) ارزیابی تنوع ژنتیکی به کمک ۲۵ آغازگرRAPD  در بین ۳۰ ژنوتیپ گل رز انجام شد و میزان ۱۰۰ درصد چند شکلی برآورد گردید و آنالیز نتایج نشان داد که این نشانگر در شناسایی نواحی چندشکلی و تخمین فاصله ژنتیکی و مدیریت ژرم­پلاسم این گونه می­تواند مفید باشد (Azeem, et al., 2012).

نشانگرهای  RAPDاز متداولترین نشانگرها در روش­های آنالیز تنوع ژنتیکی به دلیل سادگی روش، هزینه کم و نیاز به تجهیزات بسیار ساده در گیاهان می­باشند (Upadhya et al., 2004). پاسخ­های آن اغلب تکرار­ناپذیر است (Masuzaki et al., 2007) و لازم است از تکنیک­های نشانگرهای مولکولی مدرن استفاده شود که متکی به اطلاعات توالی ژنوم بوده و همچنین تکنیک­های نشانگری مبتنی بر نواحی محافظت­شده ژن استفاده گردد که از جمله این نشانگرها می­توان به نشانگر CDDP اشاره نمود. نشانگر CDDP در مقایسه با RAPD پرایمر­هایی با طول بیشتر و با دمای اتصال بالاتر ۵۰ تا ۷۰ درجه بوده که در نهایت باعث بهبود قابلیت تکثیر می­شود. علاوه بر این، روش مذکور بر روی مناطق ژنی متمرکز است و اطلاعات کاملی از ژنوم در مقایسه با RAPD که نشانگری تصادفی است این نشانگربه ما می­دهد (Hajibarat et al., 2015). با توجه به رشد فوق العاده پایگاه داده­های عمومی زیستی و توسعه نشانگرهای حفاظت­شده DNA (Andersen & Lubberstedt, 2003) و آغاز روند عبور از نشانگرهای مولکولی تصادفی به سمت نشانگرهای اختصاصی متصل شونده به ژنهای خاص است. به موجب این امر سیستم­های نشانگری جدیدی مانند چندشکلی DNA حفاظت­شده (Collard & Mackill, 2009) (CDDP[4]) مورد توجه بیشتری قرار گرفت. مناطق حفاظت شده DNA اغلب در گونه­های مختلف گیاهی حفظ شده­اند (Andersen & Lubberstedt, 2003). این روش بر روی بستر آگارز اعمال­شده و روشی ساده و نسبتاً ارزان است و می­تواند معایب نشانگر RAPD را پوشش دهد. اساساً روش­های CDDP و RAPD مشابه روش ISSR هستند زیرا در هر دو مورد از یک پرایمر واحد به عنوان پرایمرهای پیشرو و پسرو استفاده می­شود (Collard & Mackill, 2009; Gorji et al., 2011). به دلیل سهولت کار (ساده و نسبتا ارزان) و نیز تکرار­پذیری بالای نشانگرCDDP نسبت به RAPD استفاده از این نشانگر به عنوان سیستم نشانگری جدید و همچنین مکمل سایر نشانگرها در تهیه نقشه­یابی QTL و تجزیه تفرق بالک را می­توان پیشنهاد نمود (Wang et al., 2009). استفاده نشانگرهای CDDP در مطالعه حاضر برای اولین بار بر روی ژنوتیپ­های رز گزارش شد. هدف از این مطالعه تعیین پتانسیل ایجاد چندشکلی توسط نشانگرهای مولکولی در رز و همچنین تعیین تنوع ژنتیکی میان این ژنوتیپ­ها می­باشد.

مواد و روش­ها

مواد گیاهی در پژوهش حاضر شامل ۲۰ ژنوتیپ رز بوده که از پژوهشکده گل و گیاه زینتی محلات تهیه شد و مورد بررسی تنوع ژنتیکی قرار گرفتند. این تحقیق در دانشگاه شهید بهشتی و دانشکده مهندسی انرژی و فناوری­های نوین صورت گرفت (جدول۱).

فرآیند استخراج DNA ژنومی از برگ­های تازه روییده و جوان رز به کمک روش CTAB تغییر­یافته انجام شد (Saghai-Maroof et al., 1984). کمیت و کیفیت DNA با استفاده از اسپکتوفتومتر (ND1000) در طول جذب ۲۶۰ نانومتر تعیین شد. پس از تعیین غلظت نمونه­هایDNA ، واکنش زنجیره­ای پلیمراز با استفاده از ۶ نشانگر CDDPو ۲۰ نشانگر  RAPD صورت گرفت. مشخصات نشانگرها در (جدول۲) آورده­شده­‏است. واکنش زنجیره­ای پلیمراز در حجم 15 میکرولیتر شامل 2 میکرولیتر از DNA تهیه شده در حجم 10 نانوگرم در میکرولیتر، 2/1 میکرولیتر آغازگر با غلظت 10U ،9/0 میکرولیتر dNTPs با غلظت 10 میلی مولار، 2/1 میکرولیتر MgCl2 با غلظت 25 میلی مولار، 5/1 میکرولیتر بافر با غلظت X 10 ،2/0 میکرولیتر تک پلیمراز با غلظت U 5 و 8/5 میکرولیتر آب دو بار استریل بود. تکثیر در دستگاه ترموسایکلر (اپندورف) که برای ۳۵ سیکل برنامه‏ریزی شده بود به شرح زیر صورت گرفت:3 دقیقه در C°92 جهت واسرشت سازی اولیه و به دنبال آن ۳۵ سیکل هرکدام شامل۱ دقیقه در C°92، ۵/۱ دقیقه درC° ۴۸ و ۲ دقیقه در  C°72 جهت بسط نهایی انجام پذیرفت. به منظور آشکارسازی چند­شکلی بین نمونه­ها از ژل آگارز ۱ درصد استفاده شد. رنگ­آمیزی ژل با استفاده از اتیدیوم بروماید ۱ میکروگرم در میکرولیتر و عکس­برداری ژل با استفاده از دستگاه ژل داک (Axygen) صورت گرفت.

جدول ۱ - اسامی ژنوتیپ­های استفاده شده در تحقیق حاضر.

Table 1- Names of rose genotypes used in present study.

تجزیه و تحلیل داده­ها

امتیازدهی براساس وجود و یا عدم وجود نوار به ترتیب با اعداد ۰ و ۱ برای ژنوتیپ‌­های مورد مطالعه با استفاده از نرم­افزار Excel انجام شد. برای بدست آوردن ماتریس فاصله ژنتیکی از نرم افزارNTSYS pc (Ver 2.02) استفاده شد. آزمون مانتل برای مقایسه ماتریس­های عدم تشابه با دندروگرام­های بدست­آمده توسط نشانگرهای CDDP و RAPD  توسط نرم­افزارNTSYS  محاسبه گردید. به منظور گروه­‏بندی و تفسیر روابط ژنتیکی از روش تجزیه خوشه­‏ای اتصال همسایگی با استفاده از نرم‏افزار Splitstree Ver (4.13.1 )  انجام شد. اندازه­گیری پارامترهای ژنتیکی (محتوای اطلاعات چندشکلی و شاخص نشانگر) برای هر دو نشانگر با استفاده از نرم­افزار Power Marker نیز محاسبه شد. مقادیر PIC^[5] برای هر جفت آغازگر بر پایه رابطه PIC=∑ [ 2Pi (1-Pi)] (Roldan-Ruiz et al., 2000) محاسبه گردید. به طوری که Pi برابر با فراوانی آلل تکثیر­شده و (1-Pi) فراوانی آلل غایب در نظر گرفته­شد. شاخص نشانگر[6](MI) براساس تعداد باندهای چند­شکل در هر واحد سنجش و با استفاده از معادله MI=DI×EMR محاسبه گردید. در این رابطه DI شاخص تنوع (Diversity Index) و EMR ضریب موثر چندگانه (Effective Multiplex Ratio) هستند که DI=1-∑p_i²و npβi EMR= است. Piفراوانی آللiام، np تعداد مکان­های چند­شکل و  βiنسبتی از مکان­های چند­شکل و به صورت β=n_np/(np+β) محاسبه گردید که n_npتعداد مکان­های تک­شکل است.(Roldan-Ruiz et al.,2000) صحت دندروگرام حاصل توسط بوت استرپ با ۱۰۰ تکرار بررسی شد که این کار برای تعیین میزان دقت برآوردگرهای حاصل از داده نمونه صورت می­گیرد (Efron & Tibshirani, 1993).

جدول۲- آغازگرهایRAPD،  CDDP و توالی آن­ها.

Table2-RAPD and CDDP markers and their sequences.

نتایج و بحث

میزان محتوای اطلاعات چندشکلی برای نشانگر­های CDDP و RAPD ، تعداد نوار­های چندشکل، شاخص نشانگر و درصد چندشکلی (جدول۳) محاسبه شده است. الگوی باندی هر دو نشانگر در شکل ۱ آورده­شده­است. از مجموع ۲۰ نشانگر مورد استفاده در تحقیق ۵ نشانگر RAPD پلی مورفیسم نشان دادند. مجموع کل نوارهای بدست آمده از نشانگرRAPD ، ۲۸ نوار می­باشد که اکثر نوارها چند شکل بودند. میزان محتوای چند شکلی نشانگر RAPD از ۳۳/۰ تا ۴۳/۰متغیر بود و میانگین محتوای چند­شکلی 39/0 برآورد گردید. بیشترین و کمترین میزان محتوای چند­شکلی نشانگر RAPD مربوط به آغازگر OPC-20 با مقدار ۴۳ درصد و آغازگر OPL-08 با مقدار ۳۳ درصد اختصاص یافت. تعداد آلل­های مشاهده­شده نشانگرRAPD  در دامنه­ی بین ۳ تا ۸ باند و درصد چند شکلی این نشانگر۱۰۰ درصد برآورد گردید.

شکل۱- الگوی نواری

Figure1-Banding pattern of OPC-20 and WRKY-R1 markers in some rose genotypes.

مجموع کل نوار­های بدست­آمده توسط نشانگرهای CDDP ،۳۲ باند بود که اکثر این نوار­ها چند شکل بودند. میزان محتوای چند­شکلی از 25/0تا 41/0 با میانگین 36/0 محاسبه گردید. بیشترین و کمترین میزان محتوای چند شکلی به ترتیب به نشانگر KNOX2 و WRKY-3R به میزان 25/0تا41/0 اختصاص یافت. مقادیر محاسبه شده شاخص نشانگر ، آغازگرهای مورد مطالعه در محدوده­ی بین 5/0تا 82/2 برآورد گردید. اندازه قطعات تکثیر­شده با استفاده از نشانگر RAPD بین ۲۵۰ تا ۳۰۰۰ بوده­است و نیز اندازه این قطعات با استفاده از نشانگر CDDP به میزان ۲۰۰ تا ۲۰۰۰ محاسبه شد.

جدول۳ – نتایج حاصل از بررسی ژنوتیپ­های رز با استفاده از نشانگرهای CDDP وRAPD.

Table 3-Results of the survey genotypes rose using CDDP and RAPD markers.

شکل۲-تجزیه کلاستر۲۰ ژنوتیپ­های رز با استفاده از نشانگرهایRAPD  به روش NJ.

Figure 2-Dendrogram of twenty genotypes of rose using RAPD markers based on Neighbor-Joining method.

شکل۳- تجزیه کلاستر ۲۰ ژنوتیپ­های رز با استفاده از نشانگرهای CDDP به روش NJ.

Figure 3-Dendrogram of twenty genotypes of rose using CDDP markers based on Neighbor-Joining method.

بیشترین مقدار شاخص نشانگر(MI) متعلق به نشانگر  WRKY-1Rبود که نشان‌­دهنده قدرت تفکیک بالای این نشانگر نسبت به سایر نشانگرها می­باشد. دامنه تشابه ژنتیکی نشانگر RAPD از 04/0تا 77/0 متغیر بود و میانگین آنها بین تمامی نمونه­ها 41/0 و برای داده­های CDDP تشابه ژنتیکی بین 05/0 تا 79/0 متغیر بود و میانگین آنها 42/0 بین نمونه­ها تعیین شد. با توجه به تفاوت قابل ملاحظه­ای که بین ژنوتیپ­های رز با استفاده از نشانگر RAPD  و CDDP مشاهده شد می­توان نتیجه­گیری کرد که به احتمال زیاد این دو ژنوتیپ باید مبدا متفاوتی داشته باشند و همچنین این امکان وجود دارد که ژنوتیپ­های یکسانی در طی زمان و بر اثر مهاجرت به نقاط مختلف منتقل و تحت شرایط محیطی دچار تغییر شدند (Ramazani, 2006).

در مطالعه تنوع ژنتیکی سه جمعیت مختلف گل­های زنبق با هشت نشانگر RAPD چند­شکلی مشخص شده به میزان ۳۵ درصد برآورد گردید (Artyukova & Etal,2001). نشانگرهای RAPD همچنین کارایی خود را در تعیین روابط ژنتیکی و تلاقی­های درون گونه­ای میان گونه­های وحشی گلایول جنوب آفریقا به اثبات رسانده­اند (Takatsu et al., 2001). مطالعه تنوع ژنتیکی موجود در ۲۰ توده بومی بابونه آلمانی همراه با ۵ واریته وارداتی از اروپا با استفاده از صفات مورفولوژیکی و نشانگر RAPD نیز توسط محققان صورت گرفته­است (Solouki et al., 2008). نشانگرهای مولکولی RAPD برای ارزیابی و مطالعه تنوع ژنتیکی ذخایر گیاهی که هیچ گونه اطلاعات اولیه ژنومی ندارند و تنوعی بین آنها مشاهده نمی­شود، از کارایی بالایی برخوردار می­باشد.  به طورکلی با  توجه به نتایج این تحقیق و همسویی آن با نتایج بدست­آمده سایر محققان می­توان اعلام نمود که روش RAPD روشی مفید و کارآمد برای بررسی تنوع ژنتیکی در گیاه رز می­باشد (Solouki et al., 2008).

روابط ژنتیکی بین نشانگرها با استفاده از تجزیه کلاستر برای RAPD و CDDP در شکل ۲ و ۳ نشان داده­شده­است. تجزیه کلاستر با استفاده از داده­های RAPD و CDDP ژنوتیپ­ها را به سه گروه تقسیم­بندی نمود (شکل۲و۳). کلاستر اول و دوم در هر دو نشانگر ژنوتیپ­های مشابهی (cool water، مویاسی، رز سیاه مینیاتوری، مینیاتوری ابلق، رز معطر، Mol1، ابلق خارجی،PV6 ، مشکی، ساناز مینیاتوری قرمز) را در برداشتند و در تجزیه خوشه­ای هر دو نشانگر کلاستر سوم شامل ژنوتیپ­های (PY3، رز هفت رنگ، رز صورتی وندنتا، PY52) بود. الگوی گروه­بندی ژنوتیپ­ها در نشانگر RAPD و CDDPنسبتاً مشابه است. ضریب همبستگی بین دو نشانگر با استفاده از نرم افزار NTSYS محاسبه شده و به میزان RAPD و CDDP 87/0 بود و میزان بالای این ضریب نشان­دهنده آن است که این دو نشانگر به جای یکسانی از ژنوم متصل شده­اند و در نتیجه می­توان گفت ارزیابی مشابهی از روابط ژنتیکی توسط هر دو نشانگر آشکار شده­است. همچنین آزمون مانتل جهت مطالعه تحلیل تنوع ژنتیکی محصولات زراعی به ویژه معلوم نمودن تطابق ماتریس­های حاصل از سیستم نشانگری مختلف بر روی یک مجموعه ژنوتیپ مورد استفاده قرار می­گیرد. (Mohammadi & Prasanna, 2003). نشانگر CDDP نشانگر پلی­مورفی هستند که برای بررسی تنوع ژنتیکی گل رز در این پژوهش مورد استفاده قرار گرفته و سایر محققان دیگر نیز برای بررسی تنوع ژنتیکی ۴۰ رقم گندم اصلاح­شده ایرانی از دو نشانگر CDDP و SCOT استفاده شد. نتایج ارزیابی مولکولی نشان داد که نشانگرهای CDDP توانایی بالایی در ارزیابی تنوع و تفکیک­کردن ارقام گندم را دارند (Hamidi et al., 2014). در پژوهش دیگری که بر روی گل داوودی با استفاده از نشانگر CDDP صورت گرفت مشاهده شد که این نشانگر به عنوان سیستم مارکری جدید می­تواند به خوبی آنالیز تنوع ژنتیکی ژرم پلاسم موجود را انجام دهد (Tian et al., 2013). نتایج دیگر محققان با تحقیق ما مطابقت داشت. مطالعه حاضر اهمیت تحقیقات مولکولی را تاکید می­کند که در تشخیص تنوع ژنتیکی بین ژنوتیپ­ها و در انتخاب والدین متنوع و مناسب برای انجام یک برنامه اصلاحی موفق مبتنی بر تلاقی باید مورد توجه قرار گیرد. با توجه به محدودیت­های تکرارپذیری و تصادفی­بودن نشانگرهای RAPD در این مطالعه از نشانگر جدیدی مثل CDDP به عنوان یک روش جدید نشانگر DNAکه بخش خاصی از ژنوم یا ژنهای منتخب را از طریق طراحی پرایمر مناسب شناسایی می­کند، برای تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی رز استفاده شده­است. نشانگر CDDP گزینه­ای برتر نسبت به نشانگرهایی نظیر RAPD یا ISSR می­باشد و نشانگر CoRAP مانند نشانگر CDDP بوده که می­تواند به خوبی برای بررسی تنوع ژنتیکی گیاهان مورد استفاده قرار گیرد ( Karami et al., 2015; Ghorbani et al., 2000 Wang et al., 2013;). پژوهشی برای بررسی تنوع ژنتیکی ۳۰ ژنوتیپ نخود از ۱۱ نشانگر CDDP و ۹ نشانگر SCoT استفاده شد. درصد چند شکلی و میزان پلی مورفیسم _­نشانگرCDDP ، نسبت به SCoT بالاتر بوده­است و بیانگر آن است که این نشانگر برای تشخیص میزان پلی­مورفیسم مناسب می­باشد (Hajibarat et al., 2015). این پژوهش هم نشان داد که نشانگر CDDP به خوبی توانایی شناسایی چندشکلی را دارد و به عنوان جایگزین برای سایر نشانگرهای تصادفی برای آنالیز ژنتیکی و تهیه نقشه صفات کمی می­توان از آن استفاده نمود. نشانگر CDDP استفاده­شده در این تحقیق ابزار سودمندی برای ارزیابی تنوع ژنتیکی، تشخیص و شناسایی سریع و قابل اعتماد ژنوتیپ­های رز می­باشند. لذا می­توان از این داده­های مولکولی بعنوان ابزاری کارآمد در برنامه­های اصلاحی این گیاه، بخصوص برنامه­های گزینش و هیبریداسیون جهت تهیه ارقام هیبرید استفاده نمودet al.,2012)  Rabiei). این مطالعه نه­تنها برای بررسی منشاء این محصول، بلکه برای مدیریت منابع ژنتیک و استفاده­های آن در برنامه­های اصلاحی کاربردی، علی الخصوص برای توسعه یک مجموعه مرکزی کاربرد دارد. اطلاعات موجود در مورد تنوع ژنتیکی ما را قادر می­سازد که ژرم­پلاسم در دسترس را به گروه­های هتروتیک مختلف طبقه­بندی نمائیم که از اهمیت ویژه­ای در برنامه­های مبتنی بر تلاقی رز برخوردار است.