شناسایی تنوع ژنوم در اکوتیپ‌‌های مختلف بزهای بومی ایران با استفاده از روش توالی‌یابی کل ژنوم

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 بخش مهندسی علوم‌دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، ایران و بخش تحقیقات علوم‌دامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان فارس، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، شیراز، ایران

2 بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید با هنر کرمان. کرمان، ایران

3 استاد بخش مهندسی علوم‌دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران

4 آزمایشگاه ژنتیک، اصلاح نژاد و تولید مثل حیوانات استان شانگژی، دانشکده علوم و فنون حیوانات، دانشگاه شمال غرب چین، یانگلینگ، 712100 ، چین

چکیده

هدف: به دلیل سازگاری با شرایط محیطی، اکوتیپ‌های متفاوتی از بز بومی در مناطق جغرافیایی مختلف کشور دیده می‌شوند که به لحاظ ویژگی‌های ظاهری و تولیدی تنوع زیادی دارند. تاکنون مطالعه جامعی در سطح کل ژنوم برای شناسایی تنوع ژنتیکی بز‌های بومی صورت نگرفته است. لذا هدف این مطالعه شناسایی ویژگی‌های ژنومیکی این ذخایر بومی بمنظور سازماندهی برنامه‌های مناسب برای بهره‌برداری و حفاظت از آنها است. 
مواد و روش‌ها: در این مطالعه توالی‌های کل ژنوم 36 راس بز بومی ایران از پایگاه دادهNCBI  دانلود و آنالیز شد. توالی‌یابی کل ژنوم داده‌های مطالعه شده به صورت Paired-End توسط شرکت ایلومینا و دستگاه‌های توالی‌یاب Hiseq2500 و Hiseq2000   انجام شده است. کنترل کیفیت توالی داده‌های خام توسط برنامهFastQC  انجام شد. برای همردیفی توالی داده‌ها با ژنوم مرجع بز (ARS1, GCF_001704415.1) از الگوریتم BWA-MEM بکار برده شده در بسته نرم افزاری BWA استفاده شد. برای حذف PCR duplicates از خروجی‌های همردیفی از برنامه Picard استفاده شد. پردازش خروجی‌های همردیفی با ژنوم مرجع در دو مرجله شامل همردیفی مجدد حذف و اضافه‌های کوچک و کالیبره‌کردن مجدد نمره کیفیت باز با استفاده از برنامه GATK انجام شد. میانگین عمق پوشش برای خروجی‌های همردیفی با ژنوم مرجع با استفاده از دستور depth به کار برده شده در نرم افزارsamtools  محاسبه شد‌ند. چندریختی‌های تک‌نوکلئوتیدی (SNPs) توسط ابزار UnifiedGenotyper بکار رفته در برنامه GATK شناسایی شد‌ند. مقادیر تنوع نوکلئوتیدی و ضریب همخونی ژنومی بر اساس‌SNP های هموزیگوت برای هر فرد با استفاده از دستور het به کار رفته در برنامهVCFtools  محاسبه شد‌ند.
نتایج: میانگین عمق پوشش داده‌های استفاده شده در این مطالعه X 25/11 بود. میانگین تعداد چند‌ریختی‌های تک نوکلئوتیدی در ژنوم 36 راس بز بومی ایران 7495554 بود. مقادیر ضریب همخونی ژنومی در اکوتیپ‌های مختلف بز‌های بومی ایران از 01/0 – تا 4/0 متغیر بود. کمترین مقدار ضریب همخونی ژنومی در ژنوم اکوتیپ بز بومی همدان مشاهده شد (01/0 –) و بیشترین مقدار ضریب همخونی در ژنوم اکوتیپ بز بلوچی سیستان و بلوچستان مشاهده شد.  همچنین مقادیر میانگین درصد هتروزیگوسیتی مشاهده و مورد انتظار محاسبه شده برای چند ریختی‌های تک نوکلئوتیدی در ژنوم اکوتیپ‌های بز بومی ایران از 27/10 تا 75/17 و 33/17 تا 57/17 متغیر بود.
نتیجه‌گیری: این پژوهش بینش مهمی در مورد تنوع ساختاری ژنوم بز‌های بومی ایران را نشان می‌دهد که تا کنون از نظر ژنتیکی مورد ارزیابی قرار نگرفته‌اند. نتایج بدست از این تحقیق می‌تواند در طراحی برنامه‌های حفاظتی و اصلاح نژادی برای بز‌های بومی ایران مورد استفاده قرار گیرند. 

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Identification of genome diversity in Iranian goat ecotypes using whole genome sequencing method

نویسندگان [English]

  • Zeinab Amiri Ghanatsaman 1
  • Ahmad Ayatollahi Mehrgardi 2
  • Ali Esmaeelizadeh Koshkoiyeh 3
  • Hojjat Asadollahpour Nanaei 4
1 Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran and Animal Science Research Department, Fars Agricultural and Natural Resources, Research and Education Center, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Shiraz, Iran
2 Department of Engineering Animal Sciences, Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran
3 Professor, Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran
4 Key Laboratory of Animal Genetics, Breeding and Reproduction of Shaanxi Province, College of Animal Science and Technology, Northwest A&F University, Yangling, 712100, China
چکیده [English]

Objective
Due to adaptation to environmental conditions, different ecotypes of native goat can be seen in different geographical regions of the country, which are very diverse in terms of appearance and production characteristics. So far, no comprehensive study has been done at the whole genome level to identify the genetic diversity of native goats. Therefore, the aim of this study is to identify the genomic characteristics of these native reserves in order to organize appropriate programs for their exploitation and protection.
Materials and methods
In this study, the whole genome sequence of 36 Iranian native goats were downloaded from the NCBI database and analyzed. Whole genome sequencing of the studied data was done by Illumina company and Hiseq2500 and Hiseq2000 sequencing machines. Quality control of raw sequence data was done by FastQC program. The BWA-MEM algorithm applied in the BWA software package was used to align the data sequence with the goat reference genome (ARS1, GCF_001704415.1). The alignment outputs with the reference genome were processed in two steps, including realignment around small deletions and insertions and base quality score recalibration using GATK program.The mean depth for the alignment output with the reference genome was calculated using the depth command applied in the samtools software. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified by the UnifiedGenotyper tool used in the GATK program. The values of nucleotide diversity and genomic inbreeding coefficient based on homozygous SNPs for each individual were calculated using the het command used in the VCFtools program.
Results
The mean depth of the used data in this study was 11.25 X. The average number of single nucleotide polymorphisms in the 36 Iranian native goat genomes was 7495554. The genomic inbreeding coefficient values in different ecotypes of Iranian native goat varied from -0.01 to 0.4. The lowest genomic inbreeding coefficient value was observed in the Hamedan native goat genome (-0.01) and the highest genomic inbreeding coefficient value was observed in the Balochi goat ecotype genome of Sistan and Baluchistan. Also, the average of percentage observed and expected of heterozygosity values was calculated for single nucleotide polymorphisms in the o Iranian native goat ecotype genomes varied from 10.27 to 17.75 and from 17.33 to 17.57.
Conclusions
This research shows an important insight about the structural diversity of the Iranian native goat genomes, which have not been evaluated genetically so far. The results obtained from this research can be used in the design of conservation and breeding programs for Iranian native goats.

کلیدواژه‌ها [English]

  • : Iranian native goat
  • SNPs
  • Whole genome sequencing
اکبری رسول، اسماعیلی زاده کشکوئیه علی، امیری قنات سامان زینب، آیت اللهی مهرجردی احمد (1399) شناسایی تنوع ژنوم در مرغ مرندی با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 12، 161-167.
امیری قنات سامان زینب، اسمعیلی زاده کشکوئیه علی.، اسدی فوزی مسعود (1395) بررسی تنوع ساختاری ژنگان سگ و گرگ بومی ایران با روش توالی­یابی کل ژنوم. مجله علوم دامی ایران 47 (2)، 277-271. 
الماسی محمد، رشیدی امیر، رزم کبیر محمد (1394) برآورد پسروی ناشی از همخونی در صفات مرتبط با رشد در بزغاله­های مرخز. نشریه پژوهش در نشخوارکنندگان 3 (3)، 149-133.
بازگیر حمیده، اسماعیلی زاده کشکوئیه علی، امیری قنات سامان زینب، اسدی فوزی مسعود (1400) شناسایی تنوع ژنوم در مرغ لاری با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم.‎ مجله بیوتکنولوژی کشاورزی (2) 13، 189-204.
پاپی نادر، میرزایی فرهاد (1398) معرفی بزهای بومی ایران. سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، ص. 3-2.
پور مومنی علی، روشنفکر هدایت اله.، نصیری محمد تقی.، فیاضی جمال (1393) بررسی روند همخونی و تأثیر آن بر صفات تولیدی در بز نجدی. اولین کنگره سراسری الکترونیکی فناوری­های نوین ایران با هدف دستیابی به توسعه پایدار ، 1-9.
توحیدی نژاد فاطمه، محمدآبادی محمدر ضا، ا سمعیلی زاده کشکوئیه علی، نجمی نوری عذرا (1393) مقایسه سطوح مختلف بیان ژن Rheb در بافت‌های مختلف بز کرکی راینی. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی (4)6 ،٥٠-٣٥.
روحی پور مرضیه، نظری محمود، بیگی نصیری محمد تقی (1398) تجزیه و تحلیل ژنتیکی و فیلوژنتیکی بز عدنی بر اساس ژن سیتوکرومb. پژوهش­های تولیدات دامی 10 (26)، 84-89.  
روحی پور مرضیه، نظری محمود، بیگی نصیری محمد تقی (1399) تعیین ساختار، روابط فیلوژنتیک و تنوع ژنتیکی ناحیه کنترل میتوکندریایی بز عدنی. مجله ژنتیک نوین 15 (4)، 304-297.
شریعت مریم، داشاب غلامرضا، وفای واله مهدی (1398) مقایسه روند تکاملی و فیلوژنتیکی توالی نوکلئوتیدی ناحیه HVR1 ژنوم میتوکندری در بز و سایر گونه­های دامی. پژوهش­های تولیدات دامی (10) 23، 143-133.
شمس الدینی نژاد هادی، بحرینی بهزادی محمد رضا (1395) بررسی تنوع ژنتیکی بز کرکی رائینی با استفاده از روش تحلیل شجره. نشریه پژوهش در نشخوارکنندگان، 4 (1)، 76-55.
عباس زاده مهرآبادی اسماعیل، محمدآبادی محمدرضا، اسمعیلی زاده کشکوئیه علی، علی نقی زاده روح الله (1389) مطالعه چندشکلی اگزون2 ژن DRB3-GOLA در بز ندوشن با استفاده از روشRFLP-PCR . پژوهش‌های علوم دامی ایران 3(3 ،)279-274.
عسکری ناهید، باقی زاده امین، محمدآبادی محمدرضا (1389) مطالعه تنوع ژنتیکی در چهار جمعیت بز کرکی راینی با استفاده از نشانگرهای ISSR .مجله ژنتیک نوین ٥ ،٥٦-٤٩.
عسکری ناهید، محمدآبادی محمدرضا، بیگی نصیری محمدتقی و همکاران (١٣٧٨) مطالعه تنوع ژنتیکی بز کرکی راینی با استفاده از نشانگرهای ربزماهواره. مجله دانش کشاورزی ١٨ ،١٦١-١٥٥.
قادری زفره ای مصطفی، دارفین هوشنگ، صمدیان فرهاد، ترابی آزاده، شریعت مریم (1398) آنالیز فیلوژنتیکی ناحیه سیتوکروم B ژنوم میتوکندری چند نژاد بز بومی ایران. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی (4) 11، 34-19.
کریمی عوری وحید، هدایت ایوریق نعمت، سید شریفی رضا، نیک بین سعید (1396) بررسی ساختار ژنتیکی و تجزیه فیلوژنتیکی جمعیت بز خلخالی با استفاده از ژنوم میتوکندری. ژنتیک نوین (2) 12، 227-217.
محمدآبادی محمدرضا (1398) بیان ژن کالپاستاتین در بز کرکی راینی با استفاده از Real Time PCR. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 11(4)، 235-219.
محمدآبادی محمدرضا (1399) بیان ژن ESR1 در بز کرکی راینی با استفاده از real time PCR‎. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 12(1)، 192-177.
محمدآبادی محمدرضا، اسدالله پور نعنایی حجت (1400) بیان ژن لپتین در بز کرکی راینی با استفاده ازReal Time PCR. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 13(1)، 214-197.
محمدی اهوازی غزال، نظری محمود، حیدری راضیه (1398) آنالیز ژنتیکی و فیلوژنتیکی ناحیه HVR1 میتوکندری در سه نژاد گوسفند ایرانی. مجله ژنتیک نوین 14 (3)، 219-211.
محمدی اهوازی غزال، نظری محمود، محمدآبادی محمدرضا، حیدری راضیه (1398) تجزیه و تحلیل ژنتیکی و فیلوژنتیکی ناحیه HVR1  میتوکندری در سه نژاد گوسفند ایرانی .مجله ژنتیک مدرن (3) 14، 219-211.
References
Abbaszadeh E, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh A, Alinaghizadeh R (2011) The Polymorphism of Exon 2 of GOLA-DRB3 Gene in Nadushan Goat Using PCR-RFLP. Iran J Anim Sci Res 3, 274-279 (In Persian).
   Akbary R, Esmaeelizadeh A, Amiri Ghanatsaman, Z, Ayatollahi Mehrjerdi A (2020) Identification of genome diversity in marandi chicken using whole genome sequencing method.  Agric Biotechnol J 12(1), 161-176 (In Persian).
Alkan C, Coe BP, Eichler EE (2011) Genome structural variation discovery and genotyping. Nat Rev Genet 12(5), 363-376.
Almasi M, Rashidi A, Razm Kabir M (2015) Estimation of inbreeding depression on growth traits in Merkhaz goats. J Rumin Res 3 (3), 133-149 (In Persian).
Amiri Ghanatsaman Z, Esmailizadeh Koshkoiyeh A, Asadi Fozi M (2016) Study of structural diversity of genome Iranian native dog and wolf with the method whole genome sequencing. Iran J Anim Sci 47,271-277 (In Persian).
Asadollahpour Nanaei H, Cai Y, Alshawi A et al. (2023) Genomic analysis of indigenous goats in Southwest Asia reveals evidence of ancient adaptive introgression related to desert climate. Zool Res 44(1), 18-27.
Asadollahpour Nanaei H, Kharrati-Koopaee H, Esmailizadeh A (2022) Genetic diversity and signatures of selection for heat tolerance and immune response in Iranian native chickens. BMC Genomic 23(1), 1-13.
Askari N, Mohammadabadi MR, Baghizadeh A (2011) ISSR markers for assessing DNA polymorphism and genetic characterization of cattle, goat and sheep populations. Iran J Biotechnol 9, 222-229.
Askari N, Mohammadabadi MR, Beygi Nassiry MT et al. (2009) Study of Genetic Diversity of Raeini Cashmere Goat Based on Microsatellite Markers. J Agric Sci 18, 155-161 (In Persian).
Barazandeh A, Mohammadabadi MR, Ghaderi-Zefrehei M et al. (2016) Predicting CpG Islands and Their Relationship with Genomic Feature in Cattle by Hidden Markov Model Algorithm. Iran J Appl Anim Sci 6 (3), 571-579.
Barazandeh A, Mohammadabadi MR, Ghaderi-Zefrehei M et al. (2019). Whole genome comparative analysis of CpG islands in camelid and other mammalian genomes. Mamm Biol 98, 73-79.
Bazgir H, Esmaeelizadeh A, Amiri Z, Asadi Fouzi M (2021) Identification of genome diversity in Lari chicken using whole genome sequencing method. Agric Biotechnol J 13(2), 189-204 (In Persian).
Bickhart DM, Rosen BD, Koren S et al. (2017) Single-molecule sequencing and chromatin conformation capture enable de novo reference assembly of the domestic goat genome. Nat Genet 49(4), 643-650.
Buysse K, Delle Chiaie B, Van Coster R et al. (2009) Challenges for CNV interpretation in clinical molecular karyotyping: lessons learned from a 1001 sample experience. Eur J Med Genet 52, 398-403.
Danecek P, Auton A, Abecasis G et al. (2011) The variant call format and vcftools. Bioinformatics 27, 2156-2158.
Frankham R (1994) Conservation of genetic diversity for animal improvement. In Proceedings of the 5th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production XI, 385-392.  
Ghaderi Zefrehi M, Darfarin H, Samadian F et al. (2020) Phylogenetic analysis of cytochrome B of mitochondrial genome in some Iranian goat breeds. J Agric Biotechnol 11(4), 19-34(In Persian).
Gholizadeh P, Torbati M, Javanmard A, Alijani SA (2022) Genetic Variation within and between Three Iranian Goat Populations Using Nine Microsatellite Markers. Iran J Appl Anim Sci 12(1), 119-127.
Gray IC, Campbell DA, Spurr NK (2000) Single nucleotide polymorphisms as tools in human genetics. Hum Mol Genet 9, 2403-2408.
Guo J, Tao H, Li P et al. (2018) Whole-genome sequencing reveals selection signatures associated with important traits in six goat breeds. Sci. Rep 8(1), 1-11.
Hirst KK (2008) The History of the Domestication of Goats. Archaeology. The New York Times Company. Erişim Tarihi, USA, 1.
Karimi V, Hedayet Evrigh N, Seyed Sharifi R, Nikbin S (2017). Invetigation of genetic structure of Khalkhali goat using mitochondrial genome. Mod Genet 2, 1-11 (In Persian).
Kerstens HHD, Crooijmans RPMA, Veenendaal A et al. (2009) Large scale single nucleotide polymorphism discovery in unsequenced genomes using second generation high throughput sequencing technology: applied to turkey. BMC Genomic 10, 479-10.
Kharrati Koopaee H, Esmailizadeh Koshkoiyeh A (2014) SNPs genotyping technologies and their applications in farm animals breeding programs. Braz Arch Biol Technol, 57, 87-95.
Kim JY, Jeong S, Kim KH et al. (2019) Discovery of genomic characteristics and selection signatures in Korean indigenous goats through comparison of 10 goat breeds. Front Genet 10, 699.
Li H, Durbin R (2009) Fast and accurate short read alignment with burrows–wheeler transform. Bioinformatics 25, 1754-1760.
Li H, Handsaker B, Wysoker A et al. (2009) The sequence alignment/map format and sam tools. Bioinformatics 25, 2078-2079.
Mahmoudi B, Fayazi J, Shokri-Gharelo R, Manafiazar G (2019). Population genetic structure and performing assignment test on six Iranian native goats using simple sequence repeat markers. J Cent Eur Agric 20(1), 74-92.
Masoudzadeh SH, Mohammadabadi MR, Khezri A et al. (2020) Dlk1 Gene Expression in Different Tissues of Lamb. Iran J Appl Anim Sci 10 (4), 669-677.
McKenna A, Hanna M, Banks E et al. (2010) The genome analysis toolkit, a mapreduce frame work for analyzing next-generation dna sequencing data. Genome Res 20, 1297-1303.
Metzker ML (2010) Sequencing technologies - the next generation. Nat Rev Genet 11, 31-46.
Moghadaszadeh M, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh Koshkoieh A (2015) Association of Exon 2 of BMP15 Gene with the Litter Size in the Raini Cashmere Goat. Genet the 3rd Millennium 13, 4062-4067.
 Mohamadi ahvazi Gh, Nazari M, Mohamadabadi MR, Heidari R (2019) Genetic and phylogenetic analysis of mitochondrial HVR1 region in three breeds of Iranian sheep. Modern Genetic J 14(3), 211-219 (In Persian).
Mohamadipoor Saadatabadi L, Mohammadabadi M, Amiri Z et al. (2021) Signature selection analysis reveals candidate genes associated with production traits in Iranian sheep breeds. BMC Vet Res 17 (1), 1-9.
Mohammadabadi MR (2019) Expression of calpastatin gene in Raini Cashmere goat using Real Time PCR. Agric Biotechnol J 11 (4), 219-235 (In Persian).
Mohammadabadi MR (2020) Expression of ESR1 gene in Raini Cashmere goat using real time PCR. Agric Biotechnol J 12 (1), 177-192 (In Persian).
Mohammadabadi MR, Asadollahpour Nanaei H (2021) Leptin gene expression in Raini Cashmere goat using Real Time PCR. Agric Biotechol J 13 (1), 197-214 (In Persian).
 Nakazato T, Ohta T, Bono H (2013) Experimental design-based functional mining and characterization of high-throughput sequencing data in the sequence read archive. PLoS One 8, e77910.
Nazari-Ghadikolaei A, Mehrabani-Yeganeh H, Miarei-Aashtiani SR et al. (2018) Genome-wide association studies identify candidate genes for coat color and mohair traits in the Iranian Markhoz goat. Front Genet 9, 105.
Papi N, Mirzaei F (2018) Introduction of native Iranian goats. Agricultural Research, Education and Extension Organization, pp.2-3 (In Persian).
Pour Momeni A, Roshanfekr HE, Nasiri MT, Fayazi J (2014) Investigating the process of inbreeding and its effect on production traits in Najdi goats. The First National Electronic Congress of Iran's New Technologies with the Aim of Achieving Sustainable Development, 1-9 (In Persian).
Rohipoor M, Nazari M, Beigi nassiri M (2021) Population structure, Genetic diversity and phylogenetic analysis of control region of mtDNA in Adani goat breed. Mod. Genet J 15(4), 297-304 (In Persian).
Rohipoor M, Nazari M, Beigi Nassiri MT (2019) Genetic and Phylogenetic Analysis of Adani Goat Population Based on Cytochrome B Gene. Res Anim prod 10(26), 84-89 (In Persian).
Safaei SMH, Dadpasand M, Mohammadabadi M et al. (2023) An Origanum majorana Leaf Diet Influences Myogenin Gene Expression, Performance, and Carcass Characteristics in Lambs. Anim 13 (1), e14 .
Shahsavari M, Mohammadabadi M, Khezri A et al. (2021) Correlation between insulin-like growth factor 1 gene expression and fennel (Foeniculum vulgare) seed powder consumption in muscle of sheep. Anim Biotechnol 1-11.
Shahsavari M, Mohammadabadi M, Khezri A et al. (2022) Effect of Fennel (Foeniculum Vulgare) Seed Powder Consumption on Insulin-like Growth Factor 1 Gene Expression in the Liver Tissue of Growing Lambs. Gene Expr 21(2), 21-26.
Shamsaddini Nejad H, Bahreini Behzadi M.R (2016) A study on genetic diversity of Raeini Cashmere Goat using pedigree analysis. J Rumin Res 14 (1), 55-76.
Shamsalddini S, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh AK (2016) Polymorphism of the prolactin gene and its effect on fiber traits in goat. Russ J Genet 52, 461–465.
Shariat M, Dashab GR, Vafaye Valleh M (2019) Comparison of Phylogenetic and Evolutionary of Nucleotide Squences of HVR1 region of Mitochondria genom in Goats and Other Livestock Species. Res Anim Prod 10(23), 133-143 (In Persian).
Suh Y, Vijg J (2005) SNP discovery in associating genetic variation with human disease phenotypes. Mutat Res 573, 41-53.
Tohidi nezhad F, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh AK, Najmi Noori A (2015) Comparison of different levels of Rheb gene expression in different tissues of Raini Cashmir goat. Agric Biotechnol J 6, 35-50 (In Persian).
Zeder MA, Hesse B (2000) The initial domestication of goats (Capra hircus) in the Zagros mountains 10,000 years ago. Science 287(5461), 2254-2257.
Zeng L, Tu XL, Dai H et al. (2019) Whole genomes and transcriptomes reveal adaptation and domestication of pistachio. Genome Biol 20, 1-13.
  Zheng Z, Wang X, Li M (2020) The origin of domestication genes in goats. Sci Adv 6(21), eaaz5216.