مجله بیوتکنولوژی کشاورزی، مقالات علمی- پژوهشی را به شکل مقاله، مقاله کوتاه و مقاله مروری (به دعوت هیئت تحریریه از متخصصان و صاحب‌نظران) که حاصل پژوهش در زمینه‌های بیوتکنولوژی کشاورزی (اعم از گیاهی، دام و طیور، آبزیان و در رابطه با کشت بافت، مهندسی ژنتیک، نشانگرها و...) باشند منتشر می‌کند.

 چهار فایل ضروری که باید از طریق سامانۀ دریافت مقاله‌ها ارسال شوند: 1. فایل اصلی مقاله (بدون نام نویسندگان)، 2. فایل مشخصات نویسندگان با فرمت یاد شده؛ 3.  فرم تعهدنامه (باید شامل عنوان مقاله و نام و نام خانوادگی تمام نویسندگان باشد و به امضای همه نویسندگان رسیده باشد)؛ و 4. فرم تضاد منافع (باید توسط نویسنده مسئول امضاء و به همراه فایل مقاله بارگذاری شود). مجله بیوتکنولوژی کشاورزیبا احترام به قوانین اخلاق در نشریات تابع قوانین کمیتۀ اخلاق در انتشار (COPE) است و از آیین‌نامۀ اجرایی قانون پیشگیری و مقابله با تقلب در آثار علمی پیروی می‌نماید.

مجله بیوتکنولوژی کشاورزی بر اساس ارزیابی و رتبه‌بندی سال 1399 کمیسیون نشریات وزارت عتف دارای «رتبه الف» است.